RAPPORT FINAL. INTERREG III B «Espace Atlantique» IDENTIFICATION DU PROJET CODE et SIGLE : 092 CastaneaREG

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1 Avec la participation de l Union Européenne Projet cofinancé par le FEDER IDENTIFICATION DU PROJET CODE et SIGLE : 092 CastaneaREG INTERREG III B «Espace Atlantique» RAPPORT FINAL 1

2 SOMMAIRE DU RAPPORT IDENTIFICATION DU PROJET IDENTIFICATION DU CHEF DE FILE EVALUATION DU FONCTIONNEMENT DU PARTENARIAT STRUCTURE DU PILOTAGE DU PROJET PILOTAGE DU PROJET FONCTIONNEMENT DU PARTENARIAT LES OBJECTIFS TRANSNATIONAUX DU PROJET RAPPEL DES RESULTATS ATTENDUS DESCRIPTION DES RESULTATS OBTENUS ASPECTS INNOVANTS LES OBJECTIFS DU PROJET METHODOLOGIE ACTIONS REALISEES A - Inventaire des Ressources Génétiques Châtaignier des régions de l Espace Atlantique (Action N 1) B - Choix, définition, récolte et distribution du matériel végétal à étudier (Action N 3) - 12 C - Etude de la variabilité génétique et phénotypique - analyse des données définition d une collection des principales variétés cultivées dans les régions de l Espace Atlantique (Actions N 4 N 6 et N 7) D - Création d une base de données des variétés fruitières avec données passeport et données de caractérisation (Actions N 2 et N 5) E - Diffusion des résultats (Action N 8) INFORMATION ET COMMUNICATION PERSPECTIVES CONFORMITE AVEC LA LETTRE D OCTROI RESPECT DES POLITIQUES COMMUNAUTAIRES DECLARATION DU CHEF DE FILE ANNEXE 1 : CALENDRIER ET DATES CLES DU PROJET ANNEXE 2 : ARCHIVAGE DES PIECES JUSTIFICATIVES ORIGINALES ANNEXE 3 : ARCHIVAGE DES DOCUMENTS CLES DU PAR LE PROJET ANNEXE 4 : RECAPITULATIF DU FEDER VERSE ANNEXE 5 : INDICATEURS DU PROGRAMME ANNEXE 6 : INDICATEURS DU PROJET

3 IDENTIFICATION DU PROJET NUMERO DU PROJET: 092 SIGLE : CastaneaREG INTITULE : Evaluation, analyse et gestion de la biodiversité au sein de l espèce Castanea sativa (châtaignier européen) dans les régions de l Espace Atlantique PRIORITE : C Promotion de l Environnement, Gestion durable des Activités Economiques et des Ressources Naturelles MESURE : 1 Protection de l Environnement et des Ressources Naturelles NOMBRE DE PARTENAIRES PAR PAYS : ESP: 2 partenaires Universidad de Santiago de Compostela Escola Politécnica Superior, Campus de Lugo, Lugo CIFA LOURIZÁN XUNTA DE GALICIA Carretera de Marin Km 5, Pontevedra FR : 2 Partenaires INRA UMR Biodiversité Gènes Ecosystèmes 71, avenue Edouard Bourlaux Villenave d Ornon INRA Unité de Recherche sur les Espèces Fruitière et la Vigne 71, avenue Edouard Bourlaux Villenave d Ornon PT : 1 partenaire Organisation :Estação Florestal Nacional-INIAP Quinta do Marquês, Nova Oeiras Oeiras Portugal 3

4 IDENTIFICATION DU CHEF DE FILE ORGANISATION DU CHEF DE FILE : INRA NOM DU REPRESENTANT CHEF DE FILE : Frédéric Laigret ADRESSE : INRA Unité de Recherche sur les Espèces Fruitière et la Vigne 71, avenue Edouard Bourlaux Villenave d Ornon PAYS : France COORDONNEES DE LA PERSONNE CHARGEE DE LA REALISATION DE CE RAPPORT ORGANISATION : INRA UREF NOM ET PRENOM : BARRENECHE Teresa ADRESSE : 71 avenue Edouard-Bourleaux, BP81, Villenave d Ornon Cédex PAYS : France NUMERO TELEPHONE: + 33 (0) NUMERO FAX: + 33 (0) [email protected] 4

5 EVALUATION DU FONCTIONNEMENT DU PARTENARIAT STRUCTURE DU PILOTAGE DU PROJET : Enumérer les différentes Comités et groupes constitués et définir succinctement leur fonctionnement. Coordination du projet : INRA-UREF Dr. Frédéric LAIGRET Comité de Pilotage : Dr F. Laigret (Chef de File) ou son représentant (Dr T. Barreneche et/ou M. Lafargue (INRA-UREF), Dr A. Kremer et/ou C. Robin (INRA-UMRBiogeco), Dr. S. Pereira (USC), Dr. Josefa Fernández- Lopez (CIFA Lourizan), Dr. Rita Costa (EFN-INIAP) Le Comité de Pilotage met en place et assure le suivi de la réalisation des différentes actions prévues dans le cadre du projet. Le Comité de Pilotage s est réuni à l occasion des réunions annuelles réalisées dans le cadre du suivi du projet. Composition du Comité d orientation : Dr F. Laigret (Chef de File), Dr A. Kremer, Dr. S. Pereira (USC), Dr. J.A. Pardos Carrion (Universidad Politécnica de Madrid), Dr. R. Oliveira e Silva (EFN-INIAP) Orienter le projet et redéfinir certaines actions au vu des résultats obtenus. Le Comité d orientation a été peu sollicité, en effet les actions prévues n ont pas été modifiées. Les solutions aux problèmes techniques rencontrés ont été apportées par le Comité de Pilotage. PILOTAGE DU PROJET CALENDRIER DES REUNIONS ET DES RENCONTRES DES STRUCTURES DE PILOTAGE (Type de communication et périodicité) Réunions Annuelles de Suivi du projet: Réunion de démarrage du projet : «Kick off meeting» (1 ère Réunion), 20 Février Deuxième réunion du projet Oeiras (Portugal), Avril Troisième réunion du projet Pontevedra (Espagne) 4-6 juillet Réunions du Comité de Pilotage couplées aux réunions annuelles 1 ère Réunion 20 Février ème Réunion 20 Avril ème Réunion 6 Juillet Réunions de Travail Réunion de travail (objet : coordination et choix des descripteurs phénotypiques) organisée en marge du 3th International Chestnut Congress Chaves (Portugal), 20 Octobre Communication Permanente par e mail et/ou par téléphone 5

6 FONCTIONNEMENT DU PARTENARIAT ASPECTS POSITIFS, NEGATIFS, A AMELIORER,. Aspects positifs : Le partenariat a permis de réaliser une étude d envergure qui ne peut être envisagée que dans le cadre d une coopération trans-nationale. Bonne entente, communication et solidarité entre partenaires. Au delà des aspects scientifiques et techniques, la coopération européenne nous a enrichi également d un point de vue culturel et humain. Elle a permis une meilleure connaissance des partenaires entre eux, ce qui facilitera de futures collaborations. Elle a également facilité la familiarisation des partenaires aux traditions et coutumes des différents pays impliqués dans le projet. Pour l USC (partenaire N 2) le projet a eu beaucoup d aspects positifs comme le montrent les nombreux résultats obtenus, une partie d entre eux publiés dans des revues scientifiques, congrès ou sur le web et d autres en cours de publication. La base de données créée est un outil précieux qui mérite d être étendu par le biais d autres descripteurs et données en l orientant également vers des objectifs de futurs plans d amélioration du châtaignier. A améliorer : Par l ampleur du projet et les difficultés techniques rencontrées, les réunions d échanges n ont pas été assez fréquentes ceci mériterait d être amélioré à l avenir. Il faudrait prévoir au moins deux réunions de coordination/an, afin de faciliter la communication entre partenaires. De courts séjours (workshops) serait très fructueux pour favoriser le transfert de méthodologies et la gestion de résultats. Aspects négatifs : La bureaucratie, en particulier le processus de justification des dépenses est long et complexe. Une plus grande flexibilité dans les lignes budgétaires serait souhaitable, il faudrait favoriser pendant la réalisation du projet, les échanges entre rubriques dans le budget approuvé selon les besoins. Les procédures pour le remboursement des dépenses ont constitué le plus grand frein au bon déroulement du projet. Dans certains cas la certification des dépenses a pu prendre 9 mois, ce délai n a pas permis à certains partenaires d utiliser le budget alloué dans les délais impartis pour la réalisation des actions du projet.. Suggestion: La principale proposition qui peut être adressée aux projets financés par l UE consiste en la nécessité de faciliter la présentation de propositions compétitives ainsi que leur approbation, et ce d autant plus que la proposition est innovante et qu elle émane d un réseau qui a déjà fonctionné et dont l ensemble des partenaires a su démontrer ses compétences et sa capacité de travailler ensemble. Le nombre important d appels d offres difficiles à élaborer, fait que les chercheurs soient mobilisés par une multitude de réponses à appel d offres face à la difficulté actuelle d obtenir des ressources pour réaliser leurs missions de recherche. LES OBJECTIFS TRANSNATIONAUX DU PROJET Rappel des résultats attendus Les résultats attendus sont : un inventaire des Ressources Génétiques du châtaignier fruitier et forestier dans les principales régions atlantiques de France, Espagne et Portugal, l analyse de la diversité génétique (phénotypique et neutre) de C. sativa dans les trois pays à l échelle trans nationale et à l aide d une méthodologie commune et standardisée, le développement d une première base de données des collections de cultivars comprenant des données «passeport», des descripteurs primaires et secondaires liés à l évaluation agronomique du matériel collecté et des données moléculaires, la diffusion des résultats au moyen de publications scientifiques et de notes d information aux producteurs et/ou sylviculteurs Ces résultats permettront à terme la constitution d une première proposition de liste de variétés fruitières et de populations naturelles de Castanea sativa constituant une base de collection commune des trois pays, une gestion et une conservation rationnelle du patrimoine génétique sur le long terme 6

7 Description des résultats obtenus Identification dans les trois pays des principales régions de production de variétés de châtaignier, identification des principales populations «naturelles» des régions atlantiques. En utilisant la même méthodologie environ 600 accessions des régions atlantiques des trois pays de la Normandie au Sud Ouest de la France et du Nord d Espagne jusqu aux îles Canaries ont été caractérisées (par morphologie et à l aide de microsatellites). Au Portugal, les cultivars des trois principales régions (Nord, Centre et Sud) ainsi que ceux des îles Açores et de Madère ont également été caractérisés. Une grande diversité a été mise en évidence et les relations entre cultivars ont pu être établies. De même la diversité génétique de 40 populations «naturelles» a été décrite, ces populations ont également été étudiées pour certains caractères adaptatifs (résistance au Phytophthora, phénologie et croissance). Les niveaux de diversité sont importants, des populations différenciées ont été mises en évidence (populations basques en France) qui montrent par ailleurs un bon niveau de tolérance au Phytophthora. Trois groupes de diversité ont pu être identifiés en Espagne, la plus grande diversité ainsi que le plus grande variabilité pour les caractères adaptatifs étudiés a été identifiée dans les populations de la zone Nord. Au Portugal, les populations du Nord (région de Trás-os-Montes) révèlent les plus forts indices de diversité génétique et la population des Açores les plus faibles ceci est probablement dû au fait que la population des Açores n est peut-être pas une population «naturelle». Comme dans le cas de certaines populations françaises (notamment la population de Saint Pée sur Nivelle) des allèles originaux (spécifiques des espèces exotiques C. crenata et C. mollissima) ont été trouvés dans les populations «naturelles» portugaises. L occurrence de ces allèles suggère des introgressions de matériel exotique dans les populations de châtaignier européen, d où la nécessite de gérer de manière spécifique ces peuplements «originaux». Par ailleurs, il apparaît essentiel d initier une réflexion sur la stratégie à développer rapidement pour conserver l originalité des populations locales de châtaignier. Les populations «naturelles varient entre elles pour leur comportement vis à vis du Phytophthora, en outre une variabilité intra-populations, avec des valeurs d héritabilité modérés (0,39-0,50) a pu également être mise en évidence dans les populations espagnoles. En ce qui concerne la sensibilité au Cryphonectria, un continuum de sensibilité a pu être révélé, tous les cultivars ne présentent pas la même sensibilité certains notamment certains cultivars français présentent un comportement proche de la variété (CA 125) utilisée comme contrôle de faible sensibilité. La première base de données de Ressources Génétiques fruitières de châtaignier a été réalisée, elle est disponible en ligne. Contribution de la coopération transnationale par rapport à la VALEUR AJOUTEE du projet. Donner un chiffre de 1 (négatif) à 4 (remarquable) et justifier Dès lors que l on s adresse à une espèce comme le châtaignier, dont la distribution ne s arrête pas aux frontières, la dimension trans nationale s avère fondamentale. La réalisation d une étude de cette envergure ne peut être envisagée sans la coopération européenne. D un point de vues scientifique elle est donc fondamentale. Par ailleurs, la coopération européenne a permis également des échanges techniques entre partenaires. 1) Ainsi, les techniciens de l UREF (Chef de file) et de l UMR Biogeco (partenaire n 1) ont pu acquérir les méthodologies et les techniques nécessaires à la multiplication végétative du châtaignier (bouturage) auprès du CIFA de Lourizan (partenaire n 3). 2) De même l INRA-UREF a apporté aux différents partenaires au début du projet, son expérience dans la caractérisation moléculaire et a facilité par la maîtrise et les compétences dont il disposait la réalisation de la base de données CastaneaREG. 3) Les partenaires EFN (partenaire N 4) et le partenaire USC (partenaire N 2) ont échangé des échantillons pour standardiser la lecture des allèles de la péninsule ibérique. 4) Par la suite cette standardisation a été enrichie par les analyses d échantillons représentatifs de chaque pays réalisés dans un seul laboratoire (Chef de File). Le fait d utiliser des marqueurs moléculaires communs a permis de comparer les cultivars de l Espace Atlantique et de résoudre des problèmes de synonymie et d homonymie. Cela a permis également de déterminer le processus de domestication qui a donné lieu à l apparition des principaux cultivars de la Péninsule Ibérique. La coopération transnationale a été très positive pour le groupe de travail constitué dans le cadre de ce projet. Ce groupe continue à travailler ensemble en répondant à de nouveaux appels d offre de recherche profitant de la dynamique surgie de ce premier projet commun finalisé. La base de données CastaneaREG, crée dans le cadre de ce projet est une ressource potentielle qui doit et devra être largement exploitée dans l avenir. Il s agit d un outil de référence de données de ressources génétiques qui peut devenir également fondamental pour des études ultérieures portant sur l amélioration et l évaluation des ressources génétiques. 7

8 ASPECTS INNOVANTS Les aspects Innovants du Projet se situent à trois niveaux : 1-Au niveau des méthodes - la constitution d un premier réseau de coopération et de coordination trans-national et trans-régional de gestion, caractérisation, évaluation et préservation des Ressources Génétiques et de la bio-diversité du châtaignier européen - la standardisation des méthodes scientifiques et techniques, c est-à-dire que l on compare le matériel végétal des trois régions de l Espace Atlantique à l aide d outils harmonisés afin d éviter des manipulations coûteuses et redondantes entre pays. 2-Au niveau des outils - la définition d un ensemble de critères phénotypiques et de marqueurs moléculaires qui sont nécessaires suffisants pour la description des variétés fruitières et des populations forestières - création d une base de données informatique, voire bio-informatique pour les données moléculaires. A plus long terme on pourra même envisager d alimenter cette base de données avec les séquences d ADN de Castanea sativa, - une automatisation (séquenceur automatique) des marqueurs moléculaires microsatellites (SSR). 3- Au niveau des approches Ce projet est une approche «active» de sauvegarde des Ressources Génétiques de l Espace Atlantique. Elle privilégie l utilisation de l espèce de châtaignier indigène dans les reboisements par exemple, plutôt que l introduction de variétés ou/et de génotypes étrangers au milieu européen et considérés comme à priori plus performants sur certains critères. Cette démarche est basée sur une volonté de connaissance et d exploitation de la richesse génétique des variétés locales de châtaigniers cultivés et des populations naturelles. Nombre d emplois crées PREVUS Aucun Nombre d emplois crées REALISES En France 1 CDD en 2004 et 2006 En Espagne 1 chercheur à temps complet Hommes Femmes Hommes Femmes LES OBJECTIFS DU PROJET L objectif principal est la constitution d un réseau trans-national d étude et de sauvegarde des Ressources Génétiques du châtaignier qu il soit fruitier et forestier, en établissant une stratégie commune de conservation, de gestion, d évaluation et d échange de l espèce indigène C. sativa. La coopération entre instituts et organisations de France, Espagne et Portugal permettra : 1) d explorer la diversité génétique du châtaignier dans toute la zone atlantique continentale 2) de partager le travail en fonction des compétences des différents partenaires : sur l ensemble du matériel échantillonné, les études de la diversité à l aide des marqueurs moléculaires seront effectuées par les partenaires utilisant en routine les marqueurs isozymes ou microsatellites, et celles concernant la sensibilité du châtaignier aux maladies fongiques seront réalisées de manière concertée par les partenaires français et espagnols. 3) de constituer une base de données trans-nationale : à l inverse de nombreuses espèces ligneuses, il n existe actuellement pour le châtaignier aucune base de données, nationale ou européenne, des Ressources Génétiques fruitières 4) d établir et de gérer de façon commune une «core-collection» ex situ et in situ, représentative des diverses régions. 8

9 METHODOLOGIE L ensemble des actions concourt à la réalisation des objectifs ci dessus. Pour rendre plus facile la lecture de ce rapport, les résultats sont présentés en cinq parties, pour chaque partie sont indiquées les actions inscrites dans la lettre d octroi A Inventaire des Ressources Génétiques Châtaignier des régions de l Espace Atlantique (Action N 1) A.1 Etude Bibliographique A.2 Analyse d Archives A.3 Entretiens avec différents acteurs de la Filière B Choix, définition, récolte et distribution du matériel végétal à étudier (Action N 3) B.1 Choix du matériel B.2 Récolte B.3 Distribution du matériel C- Etude de la variabilité génétique et phénotypique - analyse des données définition d une «core-collection»des principales variétés cultivées (Actions N 4 N 6 et N 7 C.1 Diversité génétique C.1.1 Choix des outils (SSR) C.1.2 Génotypage C.1.3 Analyse des Données C. 2 Etude de la Variabilité des Populations Naturelles pour les Caractères Adaptatifs C.2.1 Phénologie C.2.2 Croissance C.2.3 Résistance au Phytophthora («maladie de l encre») C.3 Etude de la Variabilité Phénotypique des Variétés Fruitières de Châtaignier C.3.1 Choix des descripteurs phénotypiques C.3.2 Caractérisation des Variétés pour les différents critères agromorphologiques C.3.3 Caractérisation des Variétés pour la résistance au Cryphonectria («chancre») D - Création d une base de données des variétés fruitières avec données passeport et données de caractérisation (Actions N 2 et N 5) D.1 Structure de la base de données D.2 Interface Web D.3 Table descripteurs passeport D.4 Création des tables de descripteurs morphologiques D.5 Préparation des données à intégrer dans la base D.6 Intégration des données D.7 Intégration des photos D.8 Vérification des données et tests D.9 Mise en ligne de la base de données E Diffusion des résultats (Action N 8) 9

10 ACTIONS REALISEES ACTION : 1 NATURE DE L ACTION : A -Inventaire des Ressources Génétiques Châtaignier des régions de l Espace Atlantique Résultats Attendus Liste des régions de l Espace Atlantique concernées par la culture ou l exploitation du châtaignier. Liste des peuplements forestiers et liste des principales variétés traditionnelles de châtaignier des régions atlantiques des trois pays : Espagne, France et Portugal Mise en Œuvre de l action Les méthodologies utilisées pour la réalisation de cette action ont supposé essentiellement des recherches documentaires et bibliographiques. La situation était différente suivant les pays, de ce fait la démarche suivie pour l obtention des informations nécessaires à cette action a varié suivant le cas. En Espagne, les populations naturelles ont été choisies en se basant sur la carte de distribution du châtaignier de l Inventaire Forestier National et sur la base de résultats d une étude préalable portant sur la variation adaptative des populations espagnoles de châtaignier. Pour les variétés cultivées, le matériel à étudier a été défini en se basant sur les résultats de l inventaire des cultivars espagnols. Les variétés ont été localisées dans des vergers privés sur la base des informations fournies par les agriculteurs. En France, en début du projet l inventaire existant était beaucoup plus limité que celui disponible en Espagne. En outre, les démarches poursuivies ont été différentes selon que l on s adressait au châtaignier forestier et aux variétés cultivées : 1) Le Chef de file et le partenaire n 1 (UMR Biogeco) ont choisi avec Mme I. Bilger (responsable de la thématique «Peuplements porte graines» du CEMAGREF) les peuplements de châtaignier représentatifs des régions atlantiques 2) En revanche, pour les variétés cultivées et à la différence de l Espagne par exemple, des inventaires exhaustifs n étaient pas disponibles au début du projet. Des recherches documentaires basées aussi bien sur la bibliographie (Breisch, H ; Bruneton-Governatori A ; Leterme, 1999) que sur des dossiers d archives (archives INRA) ont été nécessaires. En outre, des informations ont été recherchées auprès de nombreux acteurs de la filière: Syndicat des Producteurs de Châtaignes et de Marrons du Périgord (Dordogne), M. Breisch (Ctifl de Lanxade), Mme Bauer du Conservatoire de Rignac (Aveyron), M. Duguet de la Société Pomologique du Berry, M. Le Bouler de la Pépinière Forestière Expérimentale de Guémené (Loire Atlantique). Au Portugal, les populations «naturelles» ont été choisies comme en Espagne sur la carte de distribution du châtaignier de l Inventaire Forestier National. Pour les variétés cultivées les récoltes ont été faites dans les collections de variétés des Services d Agriculture et aussi dans des vergers privés sur la base des informations fournies par ces Services. 10

11 Partenaires impliqués dans la réalisation de l action Nom partenaire Pays Rôle dans la réalisation de l action Lieux d exécution INRA UREF Chef de File France Villenave d Ornon INRA UMR Biogeco Partenaire N 1 Universidade Santiago de Compostela Partenaire N 2 CIFA de Lourizan Partenaire N 3 EFN ISCBN Partenaire N4 France Description des résultats obtenus Participation à l inventaire des peuplements forestiers des régions atlantiques françaises Inventaire des variétés traditionnelles de châtaignier des régions atlantiques françaises Participation à l inventaire des peuplements forestiers des régions atlantiques françaises Espagne Inventaire des variétés traditionnelles de châtaignier des régions atlantiques espagnoles Espagne Inventaire des peuplements forestiers des régions atlantiques espagnoles Portugal Inventaire des peuplements forestiers et des variétés traditionnelles des régions atlantiques du Portugal Cestas Lugo Pontevedra Oeiras Liste des principaux peuplements forestiers de l Espace Atlantique. Identification des principales régions de l Espace Atlantique traditionnellement vouées à la «culture» du châtaignier. En France : Bretagne, Charentes, Centre, Dordogne, Limousin, Aveyron et Pyrénées Atlantiques. Liste des principales variétés cultivées dans ces régions En Espagne, l inventaire national des cultivars de châtaignier a pu être réalisé et les principaux cultivars utilisés par les agriculteurs ont pu être identifiés. Au Portugal, la liste des principales populations et l identification des régions et des variétés à étudier pour les actions présentées dans les parties B, C et D ont été identifiées. Dates clés de l action Mars à Juin 2004 Justification des écarts entre l action prévue et l action réalisée, le cas échéant Pas d écart entre l action prévue et l action réalisée. Coût Total de l action (en euros) TTC :

12 ACTION : 3 NATURE DE L ACTION : B - Définition et Collecte du Matériel Végétal à Etudier Résultats Attendus Liste d échantillons (feuilles, châtaignes, rameaux) des principales populations «naturelles» et des principales variétés cultivées de châtaignier des régions de l Espace Atlantique des trois pays. Mise en Œuvre de l action A la suite de l action 1 les populations «naturelles» et les principales variétés cultivées de châtaignier à intégrer dans les études ont été choisies et collectées dans les trois pays En Espagne : Selon l inventaire national forestier, en Espagne les populations «naturelles» de châtaignier occupent ha, distribuées de manière non continue dans différentes zones. La zone la plus étendue se situe dans le Nord entre la Galice et la Navarre et couvre 70% de la surface totale. Plusieurs tâches discontinues de châtaignier se localisent dans le Centre-Ouest (12% de la surface totale) et le Sud (10.3%). L essai préliminaire portant sur l étude des caractères adaptatifs avait permis d identifier trois régions bien différenciées : peuplements de châtaigniers méditerranéens, peuplements de châtaigniers atlantiques et peuplements de châtaigniers des montagnes septentrionales. L échantillonnage nécessaire au projet a été réalisé en tenant compte de cette régionalisation. Dix sept peuplements «forestiers» distribués en régions ont été étudiés : 5 peuplements correspondent à la zone méditerranéenne (région A), 4 peuplements à la côte atlantique nord-ouest (région B) et 8 populations des montagnes septentrionales (région C) (cf Figure 3 partie C du rapport) En ce qui concerne les variétés fruitières, le matériel à étudier a été défini en se basant sur les résultats de l inventaire des cultivars espagnols. Une grande partie des cultivars inclus dans le projet avait été préalablement étudié à l aide d isozymes ceci a permis de choisir les cultivars qui présentaient des génotypes différents. Dans les zones qui n avaient pas été étudiées jusqu alors, la plupart des accessions identifiées ont été étudiées; elles ont été localisées dans des vergers privés sur la base des informations fournies par les agriculteurs. Dans l ensemble les échantillons ont été récoltés par le partenaire n 2. Celui-ci ayant établi une collaboration ancienne avec le «Cabildo Insular de Tenerife» et le «Cabildo Insular de La Palma» ce sont ces organismes qui ont directement transmis au partenaire n 2 le matériel des îles Canaries. Les zones étudiées correspondent à celles pour lesquels la culture du châtaignier a été prouvée, c'est-à-dire là où les châtaigniers avaient été multipliés végétativement par greffage. En France, La récolte du matériel végétal, feuilles (nécessaires à l étude de la diversité cf. partie C1) et les châtaignes (étude de la variabilité adaptative, notamment sensibilité au Phytophthora cf partie C2) des peuplements naturels a été réalisées par l INRA-UMR Biogeco (partenaire n 1) et l INRA UREF (Chef de file) en collaboration avec le CEMAGREF et les techniciens de la DRAF des régions concernées. Une partie du matériel (châtaignes de 3 populations) a été en outre envoyée au CIFA (partenaire N 3) pour la réalisation des études de variabilité adaptative (phénologie et sécheresse). A l exception des variétés détenues par l INRA UREF dans ses collections, des prospections ont été réalisées pour repérer les variétés et récolter les feuilles (nécessaires à 12

13 l étude de la diversité cf. partie C1) ou les rameaux (étude de la sensibilité au chancre C2). La stratégie utilisée pour obtenir les variétés a été différente suivant les régions, dans certains cas les variétés ont été repérées et les prospections ont été réalisées directement par l INRA UREF auprès des cultivateurs (Charentes, une partie de la Dordogne). Dans d autres cas le matériel a été identifié par l intermédiaire de l interprofession (CIREA, Ctifl), les collectes étant ensuite assurées par l INRA UREF. Parfois, le matériel a été obtenu par le biais d associations de producteurs (Syndicat des Producteurs de Châtaignes et de Marrons du Périgord), de conservatoires (Conservatoire de Rignac, Aveyron), d associations d amateurs (Société Pomologique du Berry) ou de pépiniéristes (Pépinières Lafitte Pays Basque). Le pays de Redon impliqué dans une dynamique de relance de la variété «Marron de Redon» a également fourni par le biais de la Pépinière Forestière Expérimentale de Guémené une partie du matériel de Bretagne. Ainsi, certains des principaux acteurs concernés par le devenir du châtaignier fruitier des régions de l Espace Atlantique ont été régulièrement informés du déroulement du projet. Le nombre de variétés qui ont été récoltées diffère selon les régions; par exemple le nombre de variétés collectées en Dordogne a été très important. En effet, ce département historiquement très impliqué dans la culture du châtaignier (1 er département castaneïcole au XIXème siècle ; Bruneton-Governatori A. 1999) continue à maintenir une production importante de châtaignier. Il a donc été relativement aisé de trouver, un nombre important de variétés du moins en termes de dénominations. En revanche, dans d autres régions, le nombre de variétés retrouvées a été plus limité pour différentes raisons, soit elles ont disparu, décimées par les maladies (Pays Basque), ou bien les informations permettant d avoir accès aux variétés ne sont plus accessibles (Région de Chevanceaux). Au Portugal la récolte du matériel végétal, feuilles (nécessaires à l étude de la diversité cf. partie C1) et les châtaignes (étude de la variabilité adaptative, notamment sensibilité au Phytophthora cf partie C2) des peuplements naturels a été réalisées par l EFN-INIA (partenaire n 4) en collaboration avec les techniciens des Services d Agriculture locales: Direcção Geral de Agricultura de Trás-os-Montes e Alto Douro, Direcção Geral de Agricultura de Entre-Douro e Minho, Direcção Geral de Agricultura da Beira Litoral, Direcção Geral de Agricultura da Beira Interior. Partenaires impliqués dans la réalisation de l action Nom partenaire Pays Rôle dans la réalisation de l action INRA UREF Chef de File INRA UMR Biogeco Partenaire n 1 France France 1) Participation au Choix et à la Collecte des populations naturelles de châtaignier des régions atlantiques françaises. 2) Choix et collecte des principales variétés cultivées des régions atlantiques françaises. 3) Coordination des collectes du matériel des populations naturelles réalisées avec l appui des DDAF (directions départementales de l Agriculture et de la Forêt). 4) Coordination des collectes des variétés cultivées de châtaignier réalisées en collaboration avec certains acteurs de la filière (Conservatoires, pépiniéristes, etc) Participation au Choix et à la Collecte des populations naturelles de châtaignier des régions atlantiques françaises. Lieu/x d exécution 1 et 2) Villenave d Ornon, Dordogne, Poitou Charente, Limousin, Pays Basque 3) Normandie, Bretagne, Centre, Limousin, Dordogne 4) Bretagne, Centre, Aveyron Dordogne et Pays Basque. 13

14 Universidade Santiago de Compostela Partenaire n 2 CIFA de Lourizan Partenaire n 3 EFN ISCBN Partenaire n 4 Espagne Choix et Collecte des principales variétés cultivées dans les régions atlantiques d Espagne Espagne Choix et à la Collecte des populations naturelles de châtaignier des régions atlantiques d Espagne Portugal Choix et à la Collecte des populations naturelles et des principales variétés cultivée du Portugal Galicia, Asturias, El Bierzo, Avila, Extremadura Salamanca, Andalucia, Islas Canarias Coruña, Lugo, Pontevedra, Asturias, León, Alava, Caceres, Malaga Trás-os-Montes, Entre-Douro e Minho, Beira Interior, Beira Litoral, Alto Alentejo, Açores, Madeira. Résultats Obtenus La figure 1 présente la localisation de l ensemble des peuplements échantillonnés (signalés par un point vert) ainsi que les régions dans lesquelles les variétés fruitières ont été collectées (les régions sont signalées par un point rouge) dans le cadre de ce projet. On constate que les populations «naturelles» étudiées ainsi que les régions d origine des variétés fruitières choisies couvrent amplement l aire de distribution et de culture du châtaignier dans l Espace Atlantique. Populations «naturelles» La figure 2 indique l origine géographique des populations «naturelles» choisies et récoltées en France, 15 populations ont été échantillonnées et étudiés couvrant ainsi l ensemble des régions atlantiques françaises où l on trouve du châtaignier. La localisation géographique des populations espagnoles est rapportée dans la figure 3. Le matériel a été récolte à deux périodes de l année: en hiver collecte de bourgeons pour les études de diversité (izosymes et SSR) et en automne récolte de fruits (châtaignes) pour les études portant sur la variation adaptative des populations. Dix sept populations «naturelles» de Castanea sativa ont été choisies, échantillonnées et décrites, couvrant ainsi une partie importante de l aire de distribution de l espèce dans le territoire espagnol. Au Portugal, huit peuplement forestiers ont également été identifiés et récoltés dans le Nord (Serra de Bornes, Donai), dans le Centre (Manteigas, Alcongosta, Gardunha) dans le Sud (Marvão), dans les Açores (une population) et à Madeire (une population) (Figure 4). Les détails des informations concernant l ensemble des populations «naturelles» étudiées sont rapportés dans le tableau 1 14

15 Populations Naturelles Régions de Collecte des variétés fruitières Iles Açores Iles Madeire Iles Canaries Figure 1 Localisation des populations «naturelles» et régions de collecte des variétés fruitières étudiées dans les trois pays 15

16 VIG CR 6 PO R M.A LO U QU E FO R CR 5 CIS MA B fer ars CR 4 MC U R CR 7 CR 8 MR X AN C CR 2 CR 9 CR 3 CR 1 BU R CR 1 TIE CR 1 CR 10 INTERREG III B «Espace Atlantique» Nor mandie Finistèr e Sai nt-mar can Ille et Rance Daumer ay Naintr e Romagne Meller an Li mousin Villef r anche de Pér igor d Saint Cer nin Saint Laur ent Saint-Pée-sur -Nivelle Sar e Haspar r en Bar cus Figure 2 : Localisation des populations «naturelles» étudiées en France CR12 CR4 # # # CR5 # CR13 CR14 CR9 # # CR7 # # # CR15 # CR6 CR8 CR11 # # CR10 CR2 # CR1 # CR2B # CR16 CR3 # Figure 3 : Localisation des populations étudiées en Espagne 16

17 Figure 4 : Localisation des populations étudiées au Portugal 17

18 Tableau 1 Caractéristiques de l ensemble des populations naturelles étudiées dans le cadre du projet Nom de la Population Code de la population Pour étude de la diversité Pour étude de la sensibilité au Phytophthora Commune Région * Pays Nombre d Individus échantillonnés/pop et date de récolte Long (Sexag) Lat (Sexag) Altitud (m) Normandie N F1 Quincampoix Haute-Normandie France 30 (2004) E N Saint-Marcan Ma F4 Saint-Marcan Bretagne France 30 (2004) W N 4-96 Ille et Rance IR F3 Guipel Bretagne France 30 (2004) W N Finistère F F2 Cleder Bretagne France 30 (2004) W N 0-79 Daumeray Dau F5 Daumeray Pays de la Loire France 30 (2004) W N Naintre Na F6 Naintre Poitou Charente France 30 (2004) E N Romagne Ro non étudiée Romagne Poitou Charente France 30 (2004) E N Melleran Me F7 Melleran Poitou Charente France 30 (2004) E N Peyrat-le- France 30 (2004) E N Limousin L F11 Château Limousin Villefranche du Villefranche du France 30 (2005) E N Périgord VP F9 Périgord Aquitaine France 30 (2005) E Saint Cernin SC F10 Saint Cernin Aquitaine N France 30 (2005) E Saint Laurent SL F8 Saint Laurent Aquitaine N Barcus Ba F15 Barcus Aquitaine France 30 (2004) W N Hasparren non étudiée F13 Hasparren Aquitaine France 30 (2004) W N Saint-Pée-sur- Saint-Pée-sur- France 30 (2004) W N Nivelle SP F14 Nivelle Aquitaine Sare Sa F12 Sare Aquitaine France 30 (2004) W N El Tiemblo 1 Ávila (A) Espagne º 31' 57" W 40º 20' 43" N Hervás 2 Cáceres (A) Espagne º 51' 52" W 40º 15' 13" N Hervás 3 Cáceres (A) Espagne º 52' 31" W 40º 15' 21" N Ronda 4 Málaga (A) Espagne º 18' 04" W 36º 32' 14 "N Guadalupe 17 Cáceres (A) Espagne º 20' 00" W 39º 28' 00" N 950 Maniños 5 A Coruña (B) Espagne º 11' 41" W 43º 26' 39" N

19 Sigrás 6 A Coruña (B) Espagne º 21' 47" W 43º 17' 07" N 100 San Cibrán 7 Pontevedra (B) Espagne º 40' 56" W 42º 11' 17" N Eume 13 A Coruña (B) Espagne º 02' 16" W 43º 24' 17" N 214 Chantada 8 Lugo (C) Espagne º 51' 60" W 42º 36' 32" N 680 Mercurín 9 Lugo (C) Espagne º 10' 16" W 42º 37' 51" N Nundiellos 10 Asturias (C) Espagne º 45' 51" W 43º 13' 04" N 400 Antoñana 11 Álava (C) Espagne º 24' 28" W 42º 41' 48" N 735 Etxaguen 12 Álava (C) Espagne º 43' 30" W 42º 59' 30" N 680 Catasós 14 Pontevedra (C) Espagne º 05' 32" W 42º 38' 12" N 580 Mercurín 15 Lugo (C) Espagne º 09' 51" W 42º 38' 18" N 650 Médulas 16 León (C) Espagne º 46' 10'' W 42º 27' 25'' N 850 Serra de Bornes Nord Portugal 30 (2006) W N 977 Estrada de Donai Nord Portugal 31 (2006) W N 724 Manteigas Centre Portugal 33 (2005) W N 744 Alcongosta Centre Portugal 32 (2005) W N 667 Gardunha Centre Portugal 32 (2006) W N 1221 Marvão Sud Portugal 31 (2006) W N 771 Azores Iles des Azores Portugal 20 (2007) W N 51 Madeira Ile de Madeire Portugal 30(2007) W N 75 *Pour les populations espagnoles, la lettre indiquée entre parenthèses correspond à la région à laquelle appartient la population en termes adaptatifs comme défini par Fernández et al (2005) Pour les populations espagnoles, la colonne nombre d individus échantillonnés/population a été subdivisée en 2 sous-colonnes, la première rapporte le nombre d individus échantillonnés pour l étude de diversité avec les marqueurs biochimiques (isozymes) et la deuxième le nombre pour l étude avec les SSR. 19

20 Variétés Cultivées En ce qui concerne les variétés cultivées, un total de 750 accessions a été étudié qui correspondent à plus de 300 cultivars différents. En Espagne un total de 300 accessions greffées ont été récoltées puis étudiées, ces accessions échantillonnées du Nord de l Espagne jusqu aux îles Canaries, pourraient correspondre à 159 cultivars (Tableau 2 et Figure 5). Parmi celles-ci, 41 accessions proviennent d Andalousie (14 cultivars); 61 des Asturies (38 cultivars); 20 accessions sont originaires d El Bierzo (9 cultivars); 88 des Iles Canaries (45 cultivars), les accessions des Iles Canaries se distribuent de la manière suivante : 5 accessions correspondent à un cultivar collectées à El Hierro, 10 correspondant à 7 cultivars de la Gomera, 33 accessions correspondant à 17cultivars on été récoltés à La Palma, et 40accessions (20 cultivars) à Tenerif. En outre 28 accessions (8 cultivars) proviennent du Centre de l Espagne (Ávila, Extremadura et Salamanca); et 62 accessions correspondant à 46 cultivars ont été recoltés en Galice. Chaque arbre a été identifié (longitude, latitude et altitude). Un total de 150 variétés traditionnelles de châtaignier ayant des dénominations différentes provenant de différentes régions atlantiques françaises ont été collectées et étudiées, la figure 6 présente les départements d origine des différentes variétés, la liste des variétés est rapportée dans le tableau 3. Tableau 2 : Origine et nombre d accessions de variétés cultivées échantillonnées en Espagne Iles Canaries Origine des accessions Nombre d Accessions Nombre de cultivars correspondants Andalousie Asturies El Bierzo 20 9 El Hierro 5 1 Gomera 10 7 La Palma Tenerife Centre 28 8 Galice TOTAL

21 L av ictor ia LaO rota va Ara Pue rto de l acr uz T Pi C r PAR QU EN ACIO NA L D ELT EID E R ave lo R C g L am atan za M M La o Esp eran za D pa M MR C g D o D R a M M G P r h g MP t P c A r M a M D s fo A r A rafe ro C r Co ruje ro C gc asta gran de D hde lha ya D pa D epa ta D sd esa la D ono sa G ran de M an so D G M o r a SAN TA CRU Z DET EN ERIF E M M M P P P R t Mat ance ro M ol lar M ula to Pico Cla ro P icu do o c g Pi Piñe ro P oleg re Re don do T Tem pra no N G B Rg N V N G B V Va O C Vq Va V CO O D Va Va Va Va C PeC Pe Gl C Fr V Vq V Pe Z Z VaN Ll Pr Fr Ll O V D D N Pe Vq V Z L r L r Gl Va Fr Va Pr P L r Vq P C Va Fr DI CaD Ra Ll Gl V Ra I P V Ra Va V I P Ll P N Ca GlPr L P Ra P P P V BPA B A PI P L B V L Gl DP Rp Rg B DPA V P A V Ca G Rp BV DP BA A B T Rp B A B B N Rp Rg Rp RpI Ca I VN A Rg Rp N I A I I Vn Lo Fa V Rp A T A Di Pe T I Ve Pr Gl L rgl Pi La INTERREG III B «Espace Atlantique» Galicia Asturias FRANCE Castilla-León (El Bierzo) Castilla-León (Salamanca y Ávila) y Extremadura PORTUGAL Co He Pa C C T Pi SPAIN Andalucía Canary Islands MORROCO AFRICA LA PALMA TENERIFE HIERRO GOMERA GRAN CANARIA SAHARA Figure 5. Principales zones de production de châtaigne en Espagne et échantillonnage réalisé pour le projet 1 Bretagne Indre Charente Maritime Limousin Dordogne Pyrénées Atlantiques Aveyron Figure 6: Départements d origine des variétés fruitières étudiées en France 1 PEREIRA-LORENZO, S., DIAZ-HERNANDEZ, B., CIORDIA-ARA, M., ASCASIBAR-ERRASTI, J., RAMOS-CABRER, A.M., SAU, F Spanish chestnut cultivars. HortScience, 36(2): PEREIRA-LORENZO, S.; RAMOS-CABRER, A.M.; DÍAZ-HERNÁNDEZ, M.B.; CIORDIA-ARA, M.; RÍOS-MESA, D Chemical composition of chestnut cultivars from Spain. Scientia Horticulturae, 107:

22 Tableau 3 : Liste et département d origine des variétés cultivées françaises étudiées Au Portugal un total de 315 accessions correspondant à 22 cultivars a été collecté dans les régions atlantiques (Tableau 4) 22

23 Tableau 4 Liste, date de récolte et département d origine des variétés cultivées portugaises étudiées Varietés 2004 (TM, BI, BL) BI BL EDM BL TM Martainha Longal Judia Lada Côta Bária Enxerta Negra Verdeal Rebordã Aveleira Zeive V. Ossos Redonda Riscada Demanda Testa Boi Trigueira 7 7 Lamela Colarinha 8 8 Amarelal Boa Ventura TM= Trás-os-Montes, EDM= Entre-Douro e Minho, BI= Beira Interior, BL= Beira Litoral, Dates clés de l action En France les variétés cultivées et les populations «naturelles» ont été récoltées de mars-juin 2004 et de juin à juillet En Espagne la première année (2004) a été la plus intense en matière la localisation des cultivars, une grande partie des régions productrices avaient été échantillonnées préalablement. Seul le matériel manquant ou nécessaire à la répétition de certaines expérimentations a été récolté les années suivantes. Les observations morphologiques ont été répétées plusieurs années. En ce qui concerne les populations naturelles espagnoles, l échantillonnage a été réalisé en deux étapes. Pendant l hiver début 2004 les populations et les arbres ont été choisis et les bourgeons ont été récoltés (30 individus/population) pour les études de diversité génétiques (isozymes et microsatellites), la deuxième étape des prospections a été réalisée au mois d octobre Au Portugal, les variétés cultivées ont été échantillonnées en 2004 et 2005 (cf. tableau 4), l échantillonnage des populations «naturelles» s est déroulé essentiellement en 2205 et 2006, pour des raisons techniques la collecte des populations des populations de Madère et des Açores n a pu avoir lieu que début Justification des écarts entre l action prévue et l action réalisée, le cas échéant Pas d écart entre l action prévue et l action réalisée. Coût Total de l action (en euros) TTC : Total 23

24 ACTIONS : 4, 6 et 7 NATURE DE L ACTION : C1 Etude de la variabilité génétique et phénotypique, analyse des données, défintion d une «core collection» Résultats attendus C.1 Etude de la Diversité Génétique du Châtaignier Inventaire de la diversité génétique. Paramètres de diversité et de différenciation des populations «naturelles». Structuration de la diversité. Caractérisation des variétés cultivées et définition d une collection représentative de la diversité des variétés cultivées de l Espace Atlantique. Mise en Œuvre de l action Marqueurs Utilisés Microsatellites Parmi les nombreux marqueurs moléculaires aujourd hui disponibles, pour l étude de la diversité génétique le choix s est porté sur les microsatellites. Ce sont des marqueurs polymorphes, leur nombre n est pas limité, ils sont neutres et ils permettent en outre de s affranchir de l effet de l environnement. L ensemble des microsatellites développés chez le châtaignier et disponibles au début du projet (Steinkellner et al, 1997 ; Kampfer et al, 1998 ; Buck et al, 2003 ; Marinoni et al, 2004) a été testé par l INRA-UREF afin de définir le set de marqueurs le mieux adapté à cette étude. La figure 7 présente la localisation sur la carte génétique du châtaignier (Casasoli et al ; Barreneche et al. 2004) des 10 microsatellites choisis. 1 C 0,0 I ,9 N ,3 I ,0 S ,3 PGI 29,3 D13-278_1 30,6 D12-328/1 31,7 M _2 38,2 Z3-800/1 40,1 L _1 43,7 QpZAG119 47,0 I12-443/1 47,2 QpZAG36 48,3 CsCAT6 49,9 I _1 51,2 R ,3 M7-1292_1 57,3 S /1 59,5 Z ,3 Q6-1169/1 67,4 QrZAG7 69,0 N5-1156_2 69,1 R ,4 N ,2 T /1 73,6 PGDH 79,0 P ,5 F _2 96,0 F10-720_1 98,7 I C 0,0 Q d 10,8 QpZAG110 16,9 L17-519_2 B 18,8 N id H 23,7 E7-308_1 B 23,9 Q H 29,7 T9-1681_1 B 30,8 D i 31,7 M _1 32,3 I _1 33,1 L /1 33,3 S11-738_1 34,0 Q6-633_1 35,7 K ,0 quru-ga-oa01 36,9 EMCs4 37,8 Q /1 40,0 I _2 41,9 I ,9 I /1 47,2 Q10-349_2di 57,8 I i 2 C 0,0 D ,1 B _1d 5,9 Z ,1 QrZAG5db 12,6 T ,4 I _1 19,8 CsCAT14d 20,9 R d 21,9 CsCAT17d 24,2 Z19-615_1 24,3 B /1 25,3 D /2 25,5 I11-492/1 26,5 DIA 29,1 E4-1599/2 30,8 EMCs22 32,7 R d 33,8 F5-523_1 35,0 K9-959_1 38,2 I d 40,7 E6-943_2 45,7 F ,6 C9-820_1 51,0 G ,3 Q ,6 X20-984_2d 70,0 Q i 8 C 0,0 D ,1 F15-467_2d 11,3 L ,6 L17-959_1 19,4 F ,8 I _2 22,1 CsCAT15 23,8 CsCAT41 24,2 I _1 24,7 B10-738_1 27,1 K2-2030/1 27,6 CsCAT1 29,0 K ,2 CsCAT5S 34,8 R ,6 F3-1517_1 48,2 R ,9 I _1d 52,1 I ,7 C C 0,0 B5-779/2 4,1 Q i 4,9 M _2 9,8 T g 11,5 Q7-523/1 12,5 I _1 12,7 Z ,3 E ,1 M ,0 M4-455_1 17,4 L ,6 I7-1169/1d 20,0 G17-959_1 21,6 L8-492/1 22,1 CsCAT5L 25,1 I _2 28,2 A16-418_2 28,3 QrZAG4 31,3 I _1 37,7 D1-886_2d 37,8 T ,1 F ,1 Z _1 47,6 I18-861/1 9C 0,0 B ,9 K2-1033/1 6,7 B1-1100_2 T _2d 19,3 EMCs15 21,9 I /2i 28,7 QpZAG15 35,8 QrZAG31S 38,6 P ,3 T ,2 I _2id 45,5 X ,4 N ,8 S ,9 T /1 56,1 0,0 B _2d 11,5 B _1 18,2 I _1i 27,5 Z ,4 T15-841_2 38,4 F15-569/2d 40,2 L _1 42,2 E1-588_1 46,1 I _2 47,9 B12-697_1 50,2 rdna5s 52,4 G _1 64,6 I /2id 67,8 K ,3 A2-723/1 71,1 E20-424_1 71,6 I ,7 EMCs38 74,8 N ,0 A ,1 F ,6 S ,2 QpZAG58L 89,1 Z ,2 I ,0 Z19-538_2 93,3 K ,5 Q Ces microsatellites ont été choisis pour leur niveau de polymorphisme qui permet de notamment distinguer des variétés très proches. En outre, ils sont distribués sur l ensemble du génome, ce sont des marqueurs stables et d un point de vue technique ils ont été retenus pour 4C 10C 0,0 QpZAG58Sb 3,3 I /1i 8,7 K ,7 D ,3 Q ,7 M7-615_2 27,4 CsCAT2 27,8 R2-396_2i 30,9 I ,5 C _1 33,2 R4-1907_1g 35,6 K9-257_2 37,7 B12-935/1 38,9 QrZAG11 47,1 QrZAG96 56,8 X ,0 QpZAG9b 11,8 I _1 17,3 N ,8 A ,5 Z3-1261_2 25,0 B ,7 I ,0 I _1d 31,5 B4-533_2 32,2 EMCs14 33,0 EMCs11 34,5 I ,3 I _1d 39,6 I _2 42,7 D ,9 K4-451_1d 51,5 I ,2 Figure 7: Carte Génétique du Châtaignier 0,0 5C 11C E4-600_2 T E20-349/2 23,5 N ,8 N1-1599_1 31,6 M ,3 D8-322_1 37,3 M2-394_2 39,4 N1-1230/1 40,3 G4-2276_1 44,4 EMCs1 45,9 T9-1107_1d 54,5 M ,9 6C 0,0 CsCAT16 2,1 A ,4 quru-ga-oc011 5,9 F _1d 8,9 D ,0 I _2d 10,6 K12-935_2d 11,6 B _2d 13,6 F17-738/1 14,2 CsCAT8 14,9 I ,5 QrZAG31Lb 18,9 I ,0 G4-1722_1 21,5 F10-467_2d 21,9 N ,6 X ,1 QrZAG20 26,1 CsCAT7 33,6 S4-820_1 34,8 Z ,5 EMCs2 57,4 F /1 61,4 N12-685/1 67,1 X ,0 12C A15-843_2 P14-959_1 13,7 I _2 20,2 A10-923_1 22,6 A i 24,4 G17-418_1 24,8 CsCAT3 27,7 L ,8 GOT2 32,9 EMCs32 37,9 Microsatellites choisis 24

25 la précision et la «répétabilité» de leur révélation. Ce choix a été réalisé en accord avec les différents partenaires du projet. En outre les population espagnoles ont également été étudiées à l aide de marqueurs biochimiques (isozymes). Les loci isoenzymatiques étudiés sont les suivant : alcohol dehydrogenase (ADH, E.C ), phosphoglucomutase (PGM-2, E.C ), glucose phosphato isomerase (PGI-2, E.C ), malato dehydrogenase (MDH-2, MDH-3, E.C ), peroxydase (PRX-2, E.C ), 6-phosphoglucose dehydrogenase (6PGD- 2, E.C ), diaphorase (DIA1, DIA-2, E.C ), UTP-glucose-1-phosphateuridyltransferase (UGP-1, E.C ), shikimate dehydrogenase (SDH, E.C ) et isocitrato dehydrogenase (IDH1, IDH-2, E.C Echantillonnage L échantillonnage du matériel étudié a été différent selon qu on s adressait aux populations naturelles ou aux variétés fruitières. Pour les populations naturelles 30 arbres/ population ont été analysés pour un ensemble de 17 populations en Espagne (c'est-à-dire un total de 496 individus pour l étude de la diversité à l aide des microsatellites et 513 individus étudiés avec des isozymes), 15 populations en France (soit 450 individus) et 8 Populations au Portugal (240 individus). Soit un total de plus d un millier d arbres analysés. Méthodologie commune utilisée L extraction de l ADN total a été faite à partir de jeunes feuilles prélevées sur chaque variété. Les feuilles ont été broyées en utilisant le moulin «MM 300» (Retsch/Qiagen). L extraction de l ADN a été réalisée à l aide du Kit «DNeasy 96 Plant Kit» (Qiagen, Hilden Allemagne)), en suivant le protocole pour feuilles congelées. La qualité de l ADN extrait a été vérifiée par dosage au spectrophotomètre et sur gel d agarose à 1%. L amplification des microsatellites a été réalisée par PCR (Polymorphism Chain Reaction), les protocoles d amplification appliqués, sont ceux rapportés par Marinoni et al (2004). L amplification des fragments d ADN a été vérifiée sur gel d agarose à 2% et visualisée après coloration au Bromure d Ethidium. L ensemble des partenaires a utilisé la même méthode d extraction et les mêmes protocoles d amplification de l ADN Différentes méthodes et techniques permettent de visualiser les marqueurs microsatellites. L objectif du projet étant d inventorier la diversité du châtaignier des régions atlantiques de France, d Espagne et du Portugal, cela suppose un nombre important de manipulations, il a été décidé dès le début du projet d automatiser la détection des microsatellites en utilisant des séquenceurs. Ces systèmes simplifient les manipulations et réduisent les risques d erreurs. Compte tenu du coût très élevé de ces équipements, il ne pouvait pas être envisagé d équiper l ensemble des partenaires du projet avec le même modèle de séquenceur. Il a été donc décidé que chaque partenaire aurait recours à l équipement dont il disposait ou auquel il avait accès. Les études moléculaires ont alors été réalisées en utilisant 4 modèles de séquenceur différents. L INRA UREF a distribué à tous les partenaires de l ADN de variétés témoins afin d homogénéiser la lecture des profils microsatellites. Le tableau 5 présente las différents séquenceurs utilisés. Tableau 5 : Séquenceurs utilisés par les différents partenaires Partenaire Séquenceur INRA-UREF CQ 8000 Beckman Coulter INRA-UMR Biogeco Licor Universidade Santiago de Compostela (USC) ALFexpressII (Amersham Biosciences, Stockholm, Sweden) CIFA de Lourizan CQ 8000 Beckman Coulter EFN ISCBN ABI Prism 310 Pour harmoniser la lecture des profils obtenus avec les différents séquenceurs, il a été décidé que tous les partenaires utilisent des témoins communs. Dès le début du projet, un set de variétés témoins a été distribués à tous les partenaires, néanmoins, cette mesure ne s est pas 25

26 avérée suffisante pour harmoniser l ensemble des données. Pour pallier à ce problème l UREF (Chef de file) a donc analysé pour chaque partenaire un échantillon d individus (de l ordre d une trentaine/ partenaire) sur le séquenceur dont elle dispose (Beckman Coulter). Chaque échantillon comprenait l ensemble des allèles observés pour chaque microsatellite dans le matériel végétal étudié par le partenaire. De même les partenaires de l USC et de l EFN ont également échangé un ensemble de variétés, afin d homogénéiser les profils des variétés de la péninsule ibérique. Cet ensemble de mesures a permis d identifier les correspondances entre les différents séquenceurs utilisés dans le projet et donc d harmoniser les profils de l ensemble des variétés et des populations étudiées. Néanmoins cela a supposé des manipulations supplémentaires, des lectures de données additionnelles et la transformation des fichiers de données de l ensemble des partenaires en tenant compte des correspondances identifiées. L objectif de ce projet était de faire l inventaire de la diversité génétique du châtaignier, on s est donc intéressé à plusieurs paramètres de la diversité, notamment, la richesse allèlique (nombre d allèles différents identifié à chaque locus dans chaque population) et la diversité H de Nei. La structure génétique a été déterminée par les paramètres des statistiques de F (Fst, Fit et Fis) et l analyse AMOVA. Le flux génétique entre populations a été estimé par Nm=0, 25 (1-Fst)/Fst. Finalement l algorithme Macov Chanin Monte Carlo du programme Structure a été utilisé pour identifier les populations ancestrales et la présence de zones hybrides. Partenaires impliqués dans la réalisation de l action Nom partenaire Pays Rôle dans la réalisation de l action Lieux d exécution INRA UREF Chef de File France Villenave d Ornon INRA UMR Biogeco Partenaire n 1 Universidade Santiago de Compostela USC Partenaire n 2 1) Choix des marqueurs SSR 2) Etude de la diversité génétique des variétés cultivées françaises à l aide de marqueurs microsatellites (SSR) 3) Tests Comparatifs des profils génétiques des variétés et des populations françaises 4) Tests Comparatifs d homogénéisation des profils génétiques des variétés et des populations de l ensemble des 3 pays France Etude de la diversité génétique des populations «naturelles» françaises à l aide de marqueurs microsatellites (SSR) Espagne 1) Etude de la diversité génétique des variétés cultivées espagnoles à l aide de marqueurs microsatellites 2) Tests Comparatifs des profils génétiques des variétés espagnoles et portugaises Cestas Lugo CIFA Lourizan Partenaire n 3 Espagne Etude de la diversité génétique des populations «naturelles» espagnoles à l aide de marqueurs microsatellites (SSR) et de marqueurs biochimiques (isozymes) Pontevedra EFN INIAP Partenaire n 4 Portugal 1) Etude de la diversité génétique des variétés cultivées et des populations «naturelles» portugaises à l aide de marqueurs microsatellites 2) Tests Comparatifs des profils génétiques des variétés espagnoles et portugaises Oeiras Résultats Obtenus Diversité génétique des Populations En Espagne, 17 poulations naturelles ont été étudiées avec 10 isozymes polymorphes et 10 microsatelites. Les allèles identifiés sont les suivants : CsCAT16 (allèles 130, 134, 136, 145, 147 e 151), QpZAG110 (allèles 205, 209, 212, 216, 218, 222), QpZAG36 (213, 219, 221, 223, 225), EMCs2 (157, 160, 162), EMCs15 (86, 89, 92, 95, 98), CsCAT14 (138, 146, 154, 156), EMCs14 (128, 131, 137, 140), CsCAT41B (214, 218, 220, 222, 224, 227, 234), 26

27 QrZAG96 (156, 158, 160, 162, 164, 166, 170, 172), CsCAT3 (200, 2004, 206, 212, 227, 229, 232, 234, 236, 238, 240, 242, 244, 246, 250, 252, 254). Les valeurs de He varient de 0.22 a 0.35 (en moyenne 0.28). Les population qui ont montré la plus faible diversité sont les populations 1, 4, 11 y 15. Les populations qui présentent lea plus grande richesse allèlique sont les populations du Nord. Le dendrogramme construit avec les distances génétiques de Nei a permis d identifier trois groupes de populations, un groupe formé par les populations méditérranéennes (populations 1, 2, 3, 4, 16, 9, 10 y 15); un autre constitué par les populations de la côte nord et des montagnes septentrionales ( 5, 6, 11, 12 e 13); le dernier groupe rassemble les populations du Sud de la Galice (7 et 14). Le programme STRUCTURE avec une analyse réalisée sur 19 loci confirme cette division et permet d identifier une zone hybride constituée essentiellement par les populations 8, 10, 15, 16 y 17. En France, le nombre d allèles différents identifié à chaque locus dans chaque population constitue la richesse allèlique. Pour l ensemble des populations étudiées cette valeur varie en moyenne entre 1.20 pour EMCs14 et 8.07 allèles pour CsCAT3. (Tableau 6), certains locus sont donc plus polymorphes que d autres. La richesse allèlique pour l ensemble des locus et des populations est en moyenne proche de 5, elle est du même ordre pour chaque population (entre 4.4 et 5.2) à l exception des populations de Sare et de Saint Pée sur Nivelle (St P) (Figure 8) Tableau 6 : Richesse allèlique par locus et par population SSR N Ma IR F Dau Na Ro Me L VP St C St L Ba St P Sa Moyenne EMCs ,33 EMCs ,20 EMCs ,20 CsCAT ,07 CsCAT ,47 CsCAT ,00 CsCAT ,33 QrZAG ,93 QpZAG ,93 QpZAG ,00 Moyenne 4,4 4,6 4,9 5,1 5,2 4,8 4,9 4,9 5,1 4,6 4,3 4,6 4,7 6,3 5,8 4,95 Richesse allelique N Ma IR F Dau Na Ro Me L VP St C St L Ba SP Sa Populations Figure 8 : Distribution de la richesse allèlique dans les populations françaises La diversité génétique de Nei (H) est la probabilité pour que deux allèles tirés au hasard dans une population ne soient pas identiques. La figure 9 présente la diversité H de Nei pour les 27

28 populations étudiées, dans cet ensemble, la population de Saint Pée sur Nivelle se détache nettement 0,6600 0,6400 0,6200 0,6000 0,5800 0,5600 0,5400 0,5200 0,5000 Diversité N Ma IR F Dau Na Ro Me L VP St C Populations Figure 9 : Diversité H des populations étudiées St L Ba SP Sa Le Fst paramètre de différenciation qui rend compte des différences de fréquence allèliques entre populations a été calculé (Tableau 7). On constate que la différenciation globale entre populations Fst =0.126 est forte et plus élevée que chez la plupart des espèces d arbres forestiers. Tableau 7 : Valeurs de Fst Groupes Fst Populations des régions atlantiques Toutes les populations des régions atlantiques sans les populations Basques Populations Basques Si on analyse les données par paires de population, on remarque que les populations basques sont significativement différenciées, l exclusion de ces populations permet d obtenir un Fst =0.067 Celui-ci est proche des valeurs rapportées par Frascaria et al, 1993 pour les populations de châtaignier de France, étudiées en utilisant des isozymes. Les populations basques se différencient entre elles (Fst=0.197), dans ce groupe de populations la population de Saint Pée sur Nivelle semble être à l origine de cette différenciation. Cette population présente des allèles originaux, qui sont probablement à l origine de cette différenciation. Au Portugal, les populations du Nord, notamment la population de Donai de la région de Trás-os-Monte, révèlent les plus forts indices de diversité génétique et la population des Açores les plus faibles ceci est probablement dû au fait que la population des Açores n est peut-être pas une population «naturelle». Comme dans le cas de certaines populations françaises (notamment la population de Saint Pée sur Nivelle) des allèles originaux (spécifiques des espèces exotiques C. crenata et C. mollissima) ont été trouvés dans les populations «naturelles» portugaises. Ces allèles pourraient provenir des espèces exotiques introduites, il y aurait donc probablement des introgressions du matériel exotique dans les populations de châtaignier européen. Les indices de diversité observés dans les populations portugaises sont supérieurs à ceux obtenus pour les populations espagnoles en utilisant des izosymes. (Monteagudo and Fernández-López, J, 2007). La valeur moyenne de l indice est de 0,723 et l indice Ho atteint la valeur de 0,655. (Tableau 8). Le Fst calculé pour tous les loci est de 0.149, proche de la valeur de Fst obtenue quand on considère l ensemble des populations françaises (Fst=0.126). 28

29 Tableau 8 : Paramètres génétiques calculés pour les populations portugaises (Nombre d allèles observés / population (A), richesse allèlique (Ar), heterozygotie observée (Ho), héterozygotie attendue (He). Diversité génétique des variétés fruitières de châtaignier des régions atlantiques Les Principaux cultivars espagnols ont été définis, les synonymes, homonymies ont peu être identifiés en se basant sur les données moléculaires mais également sur les caractéristiques Le polymorphisme (nombre de variants pour un même microsatellite) des microsatellites a été étudié sur l ensemble des variétés fruitières des régions françaises de l Espace Atlantique (150 variétés) et sur les témoins. Plus de soixante allèles différents ont été détectés avec une moyenne de 6,7 allèles par microsatellite. Tous les microsatellites sont polymorphes avec au minimum 3 allèles par microsatellite (EMCs14) et au maximum 12 allèles pour CsCAT3. Pour faciliter les comparaisons l ensemble des variétés de chaque département a été considéré comme une population de variétés indépendantes. La Figure 10 présente à titre d exemple, les fréquences allèliques observées pour le microsatellite EMCS15 au sein des variétés du Berry. Cinq allèles ont été identifiés dans cette population. On constate que les allèles 79 et 82 sont peu fréquents (3% et 6% respectivement) alors que l allèle 91 prédomine. Pour ce même microsatellite, dans la population témoin, les fréquences de différents allèles sont plus équilibrées. 29

30 EMCs15 Berry EMCs15 Témoin Figure 10 : Distribution des fréquences allèliques observées pour EMCS 15 au sein des variétés du Berry et dans les variétés témoins La diversité génétique des variétés des différentes populations étudiées a également été comparée à celle des témoins. Pour ce faire deux paramètre de diversité ont été calculés : la richesse allèlique, indice simple qui rend compte du nombre de variants qui existent dans une population et l hétérozygotie qui est basée sur la fréquence des variants dans la population. A titre d exemple on peut signaler que les variétés traditionnelles de Dordogne ne différent pas significativement des variétés témoins pour leur richesse allèlique (nombre équivalent de variants) (Figure 11. En revanche les variétés témoins ont une hétérozygotie significativement plus grande que celle des variétés de Dordogne (Figure 12). Ce résultat s explique par la présence dans le set témoin utilisé de variétés modernes, (d hybrides interspécifiques), sélectionnés pour leurs combinaisons génétiques «originales». Richesse Allèlique Diversité Dor dogne Témoins 0.64 Dordogne Témoins Fig 11 : Richesse allèlique moyenne des variétés de Dordogne et des témoins Fig 12 : Diversité des variétés de Dordogne et des témoins Cependant, si on compare l ensemble des variétés fruitières traditionnelles de châtaignier aux populations «naturelles» de châtaignier des régions atlantiques françaises (étudiées par le partenaire n 1 l UMR Biogeco), on constate qu en moyenne les variétés traditionnelles ont une diversité comparable aux populations «naturelles», aussi bien en termes de richesse allèlique que d hétérozygotie. Les relations génétiques entre les variétés françaises ont été étudiées, les marqueurs utilisés ont permis distinguer entre elles 90% des variétés (Figure 13). Ils ont, en outre, permis de mettre en évidence trois cas de figure : 1) des séries de variétés identiques, portant des dénominations différentes (variétés synonymes), ie : Trefoule et Peyroune (Dordogne) Verjaunan et Jaunan (Berry) En termes de conservation il n est pas utile de conserver toutes les variétés synonymes. 30

31 2) des séries de variétés portant le même nom qui se sont avérés différentes pour les marqueurs étudiés (variétés homonymes). Certaines comme la variété «Barbaoude» de Capdrot et la Variété «Barbaoude» de Nabirat diffèrent pour 6 marqueurs. Les variétés homonymes méritent d être conservées, et ce d autant plus que leur originalité génétique appréciée par les microsatellites est vérifiée pour les caractéristiques morphologiques et agronomiques. 3) certaines variétés portent le même nom mais se distinguent entre elles tout en restant très proches, ie : la variété «Camberoune» (clone témoin) et la variété de même nom récoltée à Capdrot en Dordogne. Il s agit probablement de représentants de la même «variété population». Cette situation s observe également en Espagne et au Portugal, elle traduit une similitude des pratiques de diffusion des variétés, utilisées traditionnellement par les cultivateurs des trois pays. Au Portugal, toutes les amorces ont bien amplifié. Avec le séquenceur utilisé (ABI 310) les tailles des allèles observés ont été souvent les plus faibles, elles ont été utilisées comme référence sauf lorsque une série plus complète était observé en Espagne ou en France. Un total de 11 loci a été analysé, en effet les amorces CsCAT41 peuvent dans certains cas amplifier deux loci polymorphes. Les variétés portugaises ont montré une grande variabilité présentant différents clones et génotypes. Toutes les variétés portugaises sont polyclonales, les variétés du Nord sont plus variables que celles du Sud. Ceci peut être expliqué par les échanges de matériel végétal réalisé lors des greffages, pratique usuelle dans la région dans la région du Nord qui est la région de production la plus importante. Outre ces résultats, au cours de ce projet des allèles spécifiques (marqueurs spécifiques ; EMCS14 allèle 137 et CsCAT41 allèle 200) des espèces exotiques de châtaignier (Castanea crenata et Castanea mollissima) ont été identifiés. Ces allèles sont des outils de choix pour faciliter l identification d hybrides interspécifiques, pour l authentification de variétés modernes, pour l identification de l origine de certains peuplements et par conséquent pour la gestion de ces peuplements / populations «naturelles» de châtaignier. 31

32 * * * * * ESIA LEE TREF O U LE PEY RO U N E Ro t4 In c V ay sse1 In c G irard eau 2 In c lech âtaig n ier Fleix 1 In c D u ran In c Bo u rru eju illac V ariétéjap o n ais CO U TIN E BA RBA O U D E Camp erg u e1 In c LaP o ilu e LaBo u rru e LIMEY LLO LA RO U ILLE CA Y RO LLES CA SSA G N O LLE TO U TBO N N E FREY SS IN ETTE BO U RRIQ U ETTE BA G ILETTE H A TIFD EP LA N S O EIG EO LA D E P EY REIn c PELO N FIN PELO N FIN LA N O IRE LaRo u g e LA CO TTE SA IN TCERN IN BO U RRIQ U ETTE Bro u ssalle N A O U MEY N O TTE MA LP A S RO U G ETA RD IV E LA P O IN TU E MEY N O TTE CO U TIN E2 Cro u zel3 In c LeMarro n Ro t1 In c Camp erg u e2 In c le3 0 0 an s?be Co mm2 In c G ran d eep in e Fleix 3 In c PETITERO U SS E Les5 Frères Ro t2 In c LaRo u zière G irard eau 1 In c S A IN TCLO U D Co mm1 In c Co mm3 In c G au d ilin c CA MBERO U N E CA MBELO U N E V IRO U ILLERE N EG RIERE MA RRO N D ELA RO CA L REY G EA SS E BA RBA O U D E Co mm4 In c LA PETITEPRECO CE LCO N TA L LA MO U ÏN E Cro u zel1 In c F A G ETTE LO U TIERIn c H A TIFD ELA G U EP CH A BIRA CIn c Fleix 2 In c Sau v ag e LeMarro n A RA IRES Marro n d espy rén n CH A TA IG N ED U TA IL Mo n telu tin c PELO U N EIn c Mo n telu t2 In c Ro t3 In c LaPetiteRo u g e TREFO U G N E TO U RN IERIn c H A TIV ED U F A U X Cro u zel2 In c Cro u zel4 In c LA V ILLEMO RIN Sain tjean In c LeJap o n ais de Coefficient Figure 13: Dendrogramme des Variétés traditionnelles de Dordogne (Méthode d agrégation UPGMA, distance de Rogers) *. Variétés synonymes Variétés homonymes 32

33 C.2 Etude de la Variabilité des Populations Naturelles pour les Caractères Adaptatifs Résultats attendus Evaluation de la gamme de variabilité des populations «naturelles» représentatives de l Espace atlantique pour une série de caractères adaptatifs, tels que la phénologie, la croissance et la résistance au Phytophthora. Mise en Œuvre de l action C.2.1 Etude de Caractères adaptatifs: Phénologie Croissance-Résistance sécheresse et au froid Parmi les 17 populations identifiées pour l étude de la diversité génétique (cf. partie C1), 20 graines/ issues de pollinisation libre ont été récoltées pour 9 populations. Les neuf populations ont été choisies parmi les 17 de manière à disposer de 3 populations de chaque région.. Les graines ont été divisées en deux lots, une partie a été envoyée à l INRA-UMRBiogeco (partenaire N 1) pour la réalisation des tests de sensibilité au Phytophthora sp. Le deuxième lot a été conservé au réfrigérateur. Il a été semé à la fin du mois de mars 2005 afin d obtenir les plants et mettre en place les essais visant à étudier la résistance à la sécheresse et la croissance. Pendant l été 2005, les deux essais ont été installés dans la pepinière. Deux essais supplémentaires ont été rajoutés, l un visant à étudier la résistance au froid, et l autre portant sur la sensibilité Phytophthora, celui-ci a été réalisé en parallèle à celui effectué par le l UMR BIogeco (partenaire N 1) et qui est présenté dans le paragraphe C.2.3. Ces essais ont été réalisés sur des tiges excisées. Les populations, les familles et les tailles des échantillons étudiés sont résumées dans le tableau 9. Tableau 9. Taille des échantillons étudiés dans les essais portant sur la variabilité adaptative (résistance à la sécheresse, phénologie, résistance au froid et résistance Phytophthora sp.). Caractères quantitatifs Region 1 POP 2 Commune Province Sécheresse 3 Phénologie 4 R. Froid 5 R. Phyt. 8 A 1 El Tiemblo Ávila 401(10) 434(29) - - A 2 Hervás Cáceres 372(10) 238(25) - - A 3 Hervás Cáceres A 4 Ronda Málaga 194(10) 74(14) 100 (8) 79(8) A 17 Guadalupe Cáceres (8) 80(8) B 5 Maniños A Coruña 157(10) 45(19) - - B 6 Sigrás A Coruña (8) 72 (9) B 7 San Cibrán Pontevedra 109(10) 56(17) - - B 13 Eume A Coruña 146(10) 44(15) - - C 8 Chantada Lugo (6) 77(8) C 9 Mercurín Lugo C 10 Nandiello Asturias 172(10) 96(17) 90 (6) 60 (6) C 11 Antoñana Álava C 12 Etxaguen Álava C 14 Catasós Pontevedra 296(10) 168(23) - - C 15 Mercurín Lugo 382(10) 430(26) - - C 16 Médulas León (5) 44(5) SR140 Francia 55(10) 14(5) STS Francia 269(10) 291(20) SR60 Francia 57(10) 6(1) Nº total d individus(nbre de familles) 2610(120) 544(41) 712(45) 33

34 1 Regions définies dans Fernández et al (2005) par rapport à la phénologie de débourrement. A = région méditerranéenne, B = region atlantique; C = region septentrionale. 2 Population = Peuplement 3 Sécheresse: Nombre de familles dans un essai en conditions contrôlées/sécheresse. 4 Phénologie: Nombre de familles dans un essai en pépinière portant sur l étude du débourrement, formation de bourgeon terminal et vigueur. 5 Resistencia al frio: Nombre de familles étudiées en essai en chambre froide avant débourrement. 6 Resistencia a Phythophthora sp. : Nombre de familles /population étudiées dans un essai d inoculation en serre Dans le tableau 10 sont présentées les caractéristiques climatiques des peuplements étudiés dans les essais de sécheresse et de phénologie. La figure 14 présente les diagrammes climatiques des peuplements étudiés pour le comportement à la sécheresse et la phénologie. Tableau 10. Description climatique des peuplements étudiés dans les essais de sécheresse et phénologie.. POP 2 Commune P 3 T 4 TmO 5 TmO* 6 TO 7 TO* 8 Dp 9 Xi 10 (mm) (ºC) (ºC) (ºC) (ºC) (ºC) Région A 1 1 El Tiemblo Hervás Ronda Media región Région B 1 5 Maniños San Cibrán Eume Media región Région C 1 10 Nundiellos Catasós Mercurín Media Región France STS Regions definies dans Fernández et al (2005) par rapport à la phénologie de débourrement. A = région méditerranéenne, B = region atlantique; C = region septentrionale 2 Population = Peuplement 3 Précipitations annuelles (mm) 4 Temperature moyenne annuelle (ºC) 5 Intervalle de températures entre la valeur maximale et la vamleur minimale de la moyenne mensuelle de température journalière (ºC) 6 Oscillation entre la valeur maximale et le minimum de la moyenne mensuelle de la température journalière (ºC) 7 Intervalle de températures entre la valeur minimale de la température minimale absolue et la valeur maximale de la température maximale absolue (ºC) 8 Oscillaation entre la valeur minimale de la température minimale absolue et la valeur maximale de la température maximale absolue (ºC) 9 Nombre de mois pendant lesquels P<2T 10 Índice de sécheresse calculé comme Xi=Σ(2T-P) si P<2T o Xi=0 si P>2T 34

35 Figure 14. Climodiagrammes des populations étudiées dans les essais de sécheresse et phénologie. Région A Region B Región C 35

36 a) Etude de la résistance à la sécheresse. L essai a été réalisé en serre, deux traitements ont été appliqués: T1, avec un substrat =capacité sur le terrain par le biais d irrigation journalière et T2 avec un traitement sde sécheresse périodique l humidité du substrat atteignant 40 % de la capacité sur le terrain, suivi d irrigation.. L essai comprenait un total de 2610 plantes et il a été installé le 15 Mars Las plantes ont été cultivées en conteneur jusqu au 28 Juillet, à cette date le traitement de sécheresse a été appliqué à la moitié des individus. L essai a été poursuivi pendant 2.5 mois.pendant la durée de l essai différents critères ont été mesurés: taille totale des plantes, survie, et formation du bourgeon terminal. A la fin de l essai les symptômes de défoliation, la mort apicale et la matière séche ont été enregistrés. Des analyses de variance afin de déterminer l effet du traitement de sécheresse / traitement ctémoins ont été effectués, de même les paramètres génétiques tel que l héritabilité et le coefficient de différenciation entre populations ont été calculés. b) Etude du rythme de croissance annuel étudié en pépinière L essai a été installé en pépinière en pots, un total de 1896 plantes et 211 familles a été étudié. L essai a été installé en 2005, mais il a été évalué en 2007 et continue aà être évalué en Le débourrement a été enregistre 6 fois pendant le printemps 2007 (entre le 13/03/2007 et le 11/05/2007) et la formation de bourgeon terminal a été étudiée 18 fois (du 14/06/2007 au 12/11/2007). Dans les deux cas des échelles de 8 et 4 stades respectivement ont été suivies. Les variables analysées sont les suivantes: le nombre de jours entre le premier janvier et le stade 4 de débourrement (plant ayant débourré) et de même jusqu au stades 2 et 4. Ces variables ont été calculées pour chaque individu. c) Etude de la résitance aux gelées de printemps et d été (essais réalisé en chambre froide) L essai de variation de la résistance au froid de printemps et automne a été réalisé en évaluant le comportement de 6 populations naturelles, soit un total de 41 familles issues de pollinisation libre. L évaluation a été réalisée sur tige excisée, dans un essai de provenancesdescendances installé à Rebordelo (Pontevedra), les tiges ont été soumises au froid artificiel en chambre froide et chaque apex a été évalué ultérieurement en ce qui concerne les dégâts visibles sur les tissus des bourgeons et des tiges.le nombre total de tiges étudié est de 544. La relation entre la sensibilité au froid et la phénologie (débourrement et chute des feuilles) a été également étudiée. C2.2 Etude de la sensibilité au Phytophthora (maladie de l encre) Dans le cadre du projet, deux essais ont été conduits pour étudier la sensibilité des populations naturelles au Phytophthora. La méthodologie utilisées dans le deux cas a été celle de l innoculation sur tige excisée, les modalités spécifiques appliquées dans chaque cas sont présentées ci-dessous. 1 er essai : La sensibilité à l encre a été évaluée pour des provenances de châtaigniers des trois pays (14 de France, 9 d Espagne et 3 du Portugal) (cf Tableau 11) par l UMRBiogeco (partenaire n 1). Il s agit des populations «naturelles» pour lesquelles la diversité génétique a été caractérisée. Ces populations ont été placées dans des conditions identiques et analysées dans un même laboratoire ce qui permet d obtenir des résultats comparables évitant ainsi des biais dûs à une multiplicité de conditions expérimentales et d expérimentateurs. Pour des raisons de disponibilité de matériel végétal (problème de récolte de certaines populations dû aux conditions climatiques de l automne 2004) et de faisabilité d essais impliquant un nombre de populations important, la totalité des populations étudiées dans le cadre du projet pour la diversité génétique (15 en France, 10 au début du projet en Espagne et 8 populations au Portugal) n ont pas pu être intégrées dans cette étude. Néanmoins les principales populations des trois pays sont inclues dans l essai. Pour chaque peuplement de châtaigniers, des graines ont été ramassées au pied de trente arbres. Cinq graines par arbre ont été semées en serre afin 36

37 de constituer des provenances constituées de trois plants de chacun des trente arbres mères. La germination des graines n a pas été homogène entre toutes les provenances, il en a résulté un nombre de plants différents par provenance (Tableau 11) : en moyenne 72 plants par provenance ont été obtenus pour les provenances d origine française, 53 pour celle d origine espagnole et 73 pour celles du Portugal (Photo 1). Le Clone CA15 étant considéré ici comme témoin de résistance L expérimentation a été répétée trois fois : à chaque fois une plantule de chaque arbre mère et trois plants du clone CA15 ont été inoculés. Les plants ont été inoculés en mai par dépôt d une pastille de culture de P. cinnamomi (isolat 9, collection INRA BioGeCo) sur une blessure sur la tige effectuée à l aide d un scalpel à 10 cm environ du collet de chaque plantule. Le diamètre des tiges a été mesuré le jour de l inoculation (diam). Les lésions ont été mesurées 7 jours après inoculation (LL1) et 14 jours après inoculation. A cette date, certains plants avaient la tige complètement ceinturée par la lésion (plants ceinturés) ce qui pouvait entraîner le flétrissement de la tige au dessus du point d inoculation (plants flétris) De ce fait la longueur totale (LL2) mais aussi la demi-longueur de lésion (en dessous du point d inoculation, dll2) ont été mesurées. Le pourcentage final de plants flétris (% pf) et de plants et de plants ceinturés par la lésion (%pc) a été estimé pour chaque provenance. Les corrélations entre variables ont été étudiées et les analyses de variance des variables ont été effectuées à l aide du logiciel SAS (cf. Tableau 12) Tableau 11 : Provenance des descendances de châtaignier étudiées pour la sensibilité au Phytophthora Pays Code Populations Nom Population Commune Région Nombre Espagne France Portugal E1 El Tiemblo Avila 81 E2 Hervás Caceres 66 E3 Ronda Malaga 33 E4 Armada Mañinos Coruña 43 E5 Capela Bembibre Pontevedra 27 E6 Nundiellos Asturias 57 E7 Eume Coruña 42 E8 Catasós Pontevedra 57 E9 Mercurín Lugo 78 F1 Normandie Quincampoix Haute-Normandie 81 F2 Finistère Cleder Bretagne 52 F3 Ille et Rance Guipel Bretagne 78 F4 Saint-Marcan Saint-Marcan Bretagne 84 F5 Daumeray Daumeray Pays de la Loire 86 F6 Naintre Naintre Poitou Charentes 75 F11 Limousin Peyrat-le-Château Limousin 86 F8 Saint Laurent Saint Laurent Aquitaine 89 F9 Villefranche du Périgord Villefranche du Périgord Aquitaine 90 F10 Saint Cernin Saint Cernin Aquitaine 86 F12 Sare Sare Aquitaine 70 F13 Hasparren Hasparren Aquitaine 81 F14 Saint-Pée-sur-Nivelle Saint-Pée-sur-Nivelle Aquitaine 80 F15 Barcus Barcus Aquitaine 86 P1 Bragança Trás-os-Montes 79 P2 Manteigas Beira Interior 63 P3 Serra de Bornes Trás-os-Montes 85 37

38 Photo 1 : Provenances étudiées pour la sensibilité au Phytophthora 2ème essai En parallèle de l étude conduite par l UMRBiogeco (partenaire n 1) le CIFA de Lourizan (partenaire n 3) a réalisé une étude de sensibilité à Phytophthora portant sur six populations espagnoles, afin de compléter l évaluation pour ce caractère des populations de ce pays.l innoculation a été réalisée sur un total de 712 tiges des 6 populations, representées par 45 familles de pollinisation libre. Il s agit des mêmes populations étudiées dans l essai de résistance au froid (cf Tableau 7 et partie C2.1c). Trois populations provennaient du Nord humide (6, 8, 10), une de l intérieur sec (16), une du centre (17) et une du Sud (4). L innoculum utilisé correspondait au groupe de compatibilité A2 de Phytophthora cinnamomii. L innoculation a été réalisé dans des tiges de 30 cm de croissance apicale de l anné précédente et l innoculation a été réalisée Un essai a été mis en place en serre en février 2006, dans des conditions d humidité relative controlée de 100% grâce au un système de fog-air. La longueur des lésions provoquées par le champignon ont été mesurées s 14, 21 et 28 jours après l innoculation. Partenaires impliqués dans la réalisation de l action Nom partenaire Pays Rôle dans la réalisation de l action Lieux d exécution INRA UMR Biogeco France Réalisation des tests de sensibilité au Villenave d Ornon Phytophthora CIFA Lourizan Partenaire n 3 Résultats Obtenus Analyse des résultats Espagne Réalisation des tests de comportement à la sécheresse, au froid, de phénologie et de sensibilité au Phytophthora Analyse des résultats C.2.1 Etude de Caractères adaptatifs: la Phénologie et de la Croissance Pontevedra Essai de résistance au stress hydrique. Les résultats permettent de dire que le traitement de sécheresse appliqué n a pas affecté la croissance en hauteur, ni le début de la formation du bourgeon terminal, mais en revanche il a eu un effet important surt la production de matière séche, la survie et la défoliation. Des differences très importantes entre populations ont été montrées pour tous les caractères. Une correlation entre survie et production de matière séche a été clairement identifiée. Les populations méditérranéennes présentan une survie plus importante que les populations du 38

39 Nord 7 et 10. Parmi tous les caractères étudiés la matière séche présente la plus forte héritabilité. Etude du rythme de croissance annuelle, essai installé en pépinière L analyse des données par ANOVA a permis de quantifier dasn la variabilité totale l importance de la provenance(qst) et de la famille(h2f). Les valeurs de différenciation géographique sont apparus plus élevés pour les dates de débourrement que pour la formation de bourgeon terminal, avec respectivement des valeurs de Qst de 0,21 et de 0,12. Cependant la variabilité à l intérieur des populations a été très importante pour les deux variables, la formation de bourgeon terminal étant légèremetn plus élevée. Les valeurs de h2f atteignent respectivement 0,42 y 0,55 pour le débourrement et la formation de bourgeon terminal.la croissance en hauteur s est arrêtée début Juin avec le début des températures diurnes élevées. Résistance aux gelées de printemps et d automne essai réalisé en chambre froide Les analyses ont permis d identifier des différences significatives entre populations aussi bien en ce qui concerne les gelées de printemps que celles d automne. Dans tous les cas la variation intra-populations a été inférieure à la variation entre populations.. Le froid de la localité d origine pourrait expliquer les differences de comportement observées pour les populations du Nord. Etude de la sensibilité au Phytophthora (maladie de l encre) 1 er Essai Les différentes variables analysées sont toutes corrélées les unes avec les autres. L accroissement en longueur des lésions (estimé par les LL) et celui en largeur (estimé par pc et pf) sont donc deux composantes de la sensibilité caractérisant de façon similaire le comportement des provenances Tableau 12. Corrélation (coefficient de Pearson) entre les variables étudiées (moyenne par provenance) LL1 LL2 diam dll2 %pf %pc LL LL diam dll %pf %pc En orange foncé : corrélations significatives à 1%, en clair à 5%. L analyse de variance a été effectuée sur la variable dll2. Elle indique un effet significatif de l effet provenance et de l expérience (Tableau 13). L absence d interaction nous permet de comparer cependant les provenances entre elles à l aide des moyennes générales et avec le clone CA15, réputé résistant. (Figure 15) Tableau 13. Résultats de l analyse de variance de la variable dll2. Source DF Type III SS Mean Square FValue Pr > F Bloc <.0001 Provenance <.0001 Prov*bloc

40 dll2( mm) F2 F12 CA15 F14 F11 F3 F1 F4 F5 F13 E3 F15 F9 E7 E1 E4 F6 F8 E2 F10 P1 P3 P2 E6 E5 E9 E8 Figure 15: Sensibilité moyenne des provenances des trois pays (estimée par la variable demi-longueur de lésion 14 jours après inoculation). En jaune les provenances de France, en orange clair celles du Portugal et en orange foncé celles d Espagne. Le clone hybride CA15 est en blanc. On observe un continuum de la sensibilité. Seules les provenances des deux extrêmes ont des niveaux de sensibilité significativement différents: c'est-à-dire les provenances F2, F12, F14 et F11, de faible sensibilité similaire à celle du clone résistant CA15, et les provenances P2, P1, P3, E6, E5, E9 et E8 de forte sensibilité. Ces différences de sensibilité sont en accord avec des résultats précédents mettant en évidence la variation génétique de la sensibilité du châtaignier à l encre (Robin et al. 2006) et les plus forts niveaux de résistance de certaines provenances du Pays Basque (F12 et F14). 2 ème Essai Comme dans le premier essai, la variable étudiée est la longueur de la lésion. L importance de la longueur de la lésion (reliée à la résistance) a été estimée en fonction de la population d origine et de la famille dans la population par ANOVA. Les résultats montrent qu il existe des différences entre populations ainsi qu une variabilité intra-populations, avec des valeurs d héritabilité modérés (0,39-0,50). Les populations du Nord apparaissent plus résistantes que celles du Sud. 40

41 C.3 Etude de la Variabilité Phénotypique des Variétés Fruitières de Châtaignier Résultats attendus Description des principales variétés fruitières de l Espace Atlantique des 3 pays Mise en Œuvre de l Action Les critères phénotypiques utilisés dans le projet pour décrire morphologiquement les variétés ont été choisis parmi les critères rapportés dans la bibliographie (Ramos-Cabrer. et al, 2005), parmi ceux définis par l Union Internationale pour la Protection des Obtentions Végétales (UPOV) et enfin certains critères ont été choisis spécifiquement dans le cadre du projet (Tableau. 14). Les observations ont été réalisées en suivant les recommandations des auteurs ou de l UPOV. Elles ont été réalisées sur plusieurs années consécutives. Les critères étudiés ont concerné essentiellement les stades phénologiques, les caractéristiques des fruits et la résistance au Cryphonectria (chancre) Tableau 14 : Liste des critères phénotypiques étudiés sur les variétés fruitières Critère Référence Date de Débourrement Foliaire CastaneaREG Epoque de débourrement Foliaire UPOV descripteur n 8 Date de début de Floraison Mâle CastaneaREG Epoque de Début de Floraison Mâle UPOV descripteur n 11 Date de Floraison Femelle CastaneaREG Epoque de début de Floraison Femelle UPOV descripteur n 12 Embryonnie du fruit (%) UPOV descripteur n 27 Date de Mâturité CastaneaREG Epoque de Début de Mâturité des Fruits UPOV descripteur n 26 Forme du Fruit UPOV descripteur n 30 Longueur des Epines Ramos-Cabrer. et al, 2005 Rapport L/l du fruit (en %) Ramos-Cabrer. et al, 2005 Rapport L/l du fruit (évalué qualitativement) Ramos-Cabrer. et al, 2005 Poids moyen des fruits Ramos-Cabrer. et al, 2005 Nombre de fruits /Kg Ramos-Cabrer. et al, 2005 Résistance au Cryphonectria CastaneaREG Etude de la sensibilité au Cryphonectria La sensibilité au chancre du châtaignier, causée par C. parasitica, a été évaluée dans un premier test pour des cultivars des trois pays (11 de France, 7 d Espagne et 5 du Portugal, et dans un deuxième test uniquement sur huit cultivars français. Trois isolats de C. parasitica (deux français et un portugais) ont été utilisés. Trois répétitions par cultivar et isolat ont été réalisées mais pour les cultivars espagnols le nombre de tiges disponibles n était pas suffisant. Des segments de 20 cm de longueur et de 2 cm de diamètre ont été inoculés de la façon suivante : sur une blessure réalisée à l emporte pièce, une pastille de culture de C. parasitica de même taille était déposée. Le site de l inoculation était recouvert par du film plastique. Les tiges ont été disposées dans des béchers contenant du peu d eau et installées dans une chambre climatisée (25 C/18 C, 16h/8h, 80% HR).Quatorze jours après inoculation, les lésions induites par l inoculation étaient mesurées. Les analyses de variance de la variable longueur de lésion ont été effectuées à l aide du logiciel SAS. 41

42 Partenaires impliqués dans la réalisation de l action Nom partenaire Pays Rôle dans la réalisation de l action Lieu/x d exécution INRA UREF Chef de File France INRA UMR Biogeco Partenaire n 1 Universidade Santiago de Compostela USC Partenaire n 2 EFN INIAP Partenaire n 4 Résultats Obtenus France Description des Variétés Participation au choix des descripteurs phénotypiques (15 descripteurs) Observations sur le terrain et mesures des caractères choisis Photos des variétés et des fruits étudiés Coordination avec les partenaires n 2 et n 4 associés à la description des variétés. Réalisation des tests de sensibilité au Cryphonectria Analyse des résultats Espagne Participation au choix des descripteurs phénotypiques (15 descripteurs) Observations sur le terrain et mesures des caractères choisis pour les variétés espagnoles Photos des variétés et des fruits étudiés Portugal Participation au choix des descripteurs phénotypiques (15 descripteurs) Observations sur le terrain et mesures des caractères choisis pour les variétés portugaises Photos des variétés et des fruits étudiés. Villenave d Ornon Dordogne Aveyron Villenave d Ornon Lugo Oeiras Les principales variétés de châtaignier des régions atlantiques des trois pays ont été décrites pour les critères résumés dans le tableau 14 (descripteurs primaires et secondaires), l ensemble des informations a été intégré dans la base de données (cf partie D Actions N 2 et 5). A titre d exemple, les caractéristiques du fruit de certaines variétés sont présentées ci dessous (Photos 2 et 3) Photo 2 : «Júdia» Portugal Photo 3 : «Jabudo» Espagne 42

43 Sensibilité au Cryphonectria Du fait de l origine différente des cultivars (les cultivars d Espagne et du Portugal ont été envoyés par la poste et n ont pas pu être inoculés dès leur récolte) l analyse de variance a été réalisée pays par pays. (Tableau 15) Tableau 15 : Résultats de l analyse de variance de la longueur de lésion Cultivars français : Source DF Type III SS Mean Square FValue Pr > F Variété Isolat <.0001 Var*Iso Cultivars espagnols : Source DF Type III SS Mean Square FValue Pr > F Variété Isolat Var*Iso Cultivars portugais :: Source DF Type III SS Mean Square FValue Pr > F Variété Isolat Var*Iso Un effet significatif «cultivar» n est obtenu que pour les cultivars français. L effet «isolat» est significatif pour les cultivars français, et proche de la significativité pour les cultivars des autres pays. Du fait des données manquantes (certains isolats n ont pas pu être utilisés pour tous les cultivars) la sensibilité au chancre est représentée par les moyennes estimées des longueurs de lésion (Figure 16) Cultivars français CA520 CA393 CA138 CA803 CA541 CA449 CA114 CA577 CA109 CA146 CA Cultivars portugais espagnols Cultivars espagnols portugais 0 Martaiha Longal Cota Judia Aveleira Figure 16 : Sensibilité à Cryphonectria parasitica des cultivars des trois pays moyenne estimée des longueurs de lésion (en mm, l estimation n est pas réalisée pour les cultivars pour lesquels il y a des données manquantes) 43

44 Une deuxième série de cultivars français a été testée, en intégrant le cultivar CA125 qui montre en verger une faible sensibilité au chancre (Robin et al. 1998) et trois autres cultivars testés au cours du premier test. (Figure 17) Les longueurs de lésion moyennes de ces trois cultivars sont du même ordre de grandeur que celles obtenues lors du premier test. L analyse de variance révèle un effet significatif pour le cultivar (Tableau 16) Tableau 16 : Résultats de l analyse de variance de la longueur de lésion pour les cultivars français Source DF Type III SS Mean Square FValue Pr > F Variété Isolat Var*Iso Comparaison de moyennes de longueur de lésion mesurées au cours des deux tests de sensibilité : 1er test 2ième test Clone n moyenne n moyenne CA CA CA CA520 CA448 CA501 CA393 CA111 CA125 Figure 17 : Sensibilité à Cryphonectria parasitica de cultivars français moyenne estimée des longueurs de lésion (en mm, pour les cultivars CA109 et CA114, l estimation n est pas possible à cause des données manquantes) Compte tenu des conditions d expérimentation (cultivars récoltés dans trois pays différents) il est difficile de comparer les cultivars des trois pays. Cependant dans les deux tests réalisés on observe un continuum de la sensibilité au chancre chez les différents cultivars testés. En particulier parmi les cultivars français testés (16 au total), il existe différents niveaux de sensibilité. En considérant que le cultivar CA125 a un niveau faible de sensibilité (noté 3, le niveau 1 correspondant aux cultivars résistants), les différents cultivars peuvent être notés 3 ou 5 (Tableau 17). Cependant ces résultats sont à prendre avec précaution lorsqu un seul test a été effectué et lorsque les trois isolats n ont pas pu être utilisés. 44

45 Tableau 17 : Sensibilité au Cryphonectria des Principaux Cultivars des régions atlantiques françaises Cultivar N de Clone Note sensibilité au chancre Marron de Laguepie CA109 5 Belle Epine CA114 5 Marron de Redon CA138 5 Montagne CA448 5 Camberoune CA449 5 Montagne CA520 5 Précoce des Pyrénées CA541 5 Verdale CA577 5 Précoce Rosière CA803 5 Marron de Lyon CA111 3 Bouche de Bétizac (Témoin) CA125 3 Marron de Chevanceaux CA146 3 Marron de Chevanceaux CA393 3 Marron de Goujounac CA500 3 Despont 3 CA En conclusion, il s avère possible de réaliser des estimations de la sensibilité au chancre pour des cultivars, à condition de pouvoir récolter suffisamment de tiges remplissant les conditions nécessaires (tiges de l année de diamètre d au moins 2 cm), par ailleurs, ces tests ne peuvent être comparatifs qu à condition de récolter tous les cultivars dans les mêmes conditions et de disposer de référence de sensibilité (CA125 ou châtaigniers asiatiques). En effet on observe une bonne répétabilité des résultats pour le cultivar CA125, testé à plusieurs occasions, et pour les trois cultivars (CA520, CA114 et CA109) testés deux fois au cours de cette expérimentation.. C.4 Liste des Variétés représentatives de la diversité des régions atlantiques des trois pays L ensemble des résultats présentés dans la partie B et la partie C (C1 et C3) nous permettent de proposer une liste de variétés pouvant constituer une collection noyau représentative de la diversité de ressources génétiques de châtaignier de l Espace Atlantique, cette collection pourra à terme être optimisée (Tableau 18) Tableau 18 Collection représentative des ressources génétiques fruitières de châtaignier de l Espace Atlantique Variétés Région d origine Pays d origine Amarelante Orense (Galicia) Espagne Arafero Tenerife (Iles Canaries) Espagne Aveleira Dão-Lafões et Beira Interior Portugal Bagilette Dordogne (Aquitaine) France Barbaoude Dordogne (Aquitaine) France Bária Beira Interior Portugal Bossue Indre (Centre) France Bouchaud Indre (Centre) France Bourriquette Dordogne (Aquitaine) France Bravo Beira Interior Portugal Camberounne Dordogne (Aquitaine) France Carmeille Dordogne (Aquitaine) France Cassagnolle Dordogne (Aquitaine) France 45

46 Castagrande Tenerife (Iles Canaries) Espagne Côta Beira Interior Portugal Dorée de Lyon Corrèze (Limousin) France Ederra Pyrénées Atlantiques (Aquitaine) France Enxerta Alentejo Portugal Esialée Dordogne (Aquitaine) France Famosa Orense (Galicia) Espagne Garrida Lugo (Galicia) Espagne Grilloletta Aveyron (Midi Pyrénées) France Grosse Patouillette Indre (Centre) France Grosse Rousse Aveyron (Midi Pyrénées) France Hatif de Laguepie Dordogne (Aquitaine) France Ipharra Pyrénées Atlantiques (Aquitaine) France Injerta Cáceres (Extremadoure) Espagne Jabuda La Palma (Iles Canaries) Espagne Jai Corrèze (Limousin) France Jaunan Indre (Centre) France Júdia Dão-Lafões et Beira Interior Portugal Lada Beira Interior Portugal Lamela Trás-os Montes e Alto Douro Portugal La Poilue Dordogne (Aquitaine) France La Villemorin Dordogne (Aquitaine) France La Rouille Dordogne (Aquitaine) France Le 300 ans Dordogne (Aquitaine) France Le Châtaignier Dordogne (Aquitaine) France Le Marron Dordogne (Aquitaine) France Les Cinq Frères Dordogne (Aquitaine) France Longal Orense (Galicia) Espagne Longal Dão-Lafões Portugal Loura Lugo (Galicia) Espagne Luguesa Lugo (Galicia) Espagne Malpas Dordogne (Aquitaine) France Mamoya Aveyron (Midi Pyrénées) Portugal Marigoule Hybride interspécifique très cultivé en Dordogne France Martainha Dão-Lafões Portugal Marron de Chevanceaux Dordogne (Aquitaine) France Marron de Lyon Aveyron (Midi Pyrénées) France Marron de Pays Aveyron (Midi Pyrénées) France Marron de Redon Morbihan (Bretagne) France Marron double de Lot et Garonne (Aquitaine) France Goujounac Marrone Aveyron (Midi Pyrénées) France Mondicoune Aveyron (Midi Pyrénées) France Montagne Dordogne (Aquitaine) France Mulata Tenerife (Iles Canaries) Espagne Negral, Lugo (Galicia) Espagne Negral Beira Interior Portugal Nouzillarde Corrèze (Limousin) France Parede Lugo (Galicia) Espagne Patouillette Noire Indre (Centre) France Patouillette Jaune Indre (Centre) France Pelon Fin Dordogne (Aquitaine) France Perotte Indre (Centre) France Petite Rousse Dordogne (Aquitaine) France Picudo Tenerife (Iles Canaries) Espagne Pilonga Málaga (Andalousie) Espagne Planta Alajar Huelva (Andalousie) Espagne Plate Tarn (Midi Pyrénées) France Plato Rousso Aveyron (Midi Pyrénées) France Portaloune Dordogne (Aquitaine) France 46

47 Précoce des Caux Aveyron (Midi Pyrénées) France Précoce des Pyrénées Pyrénées Atlantiques (Aquitaine) France Preta Beira Interior Portugal Polegre Tenerife (Iles Canaries) Espagne Quartier d Orange Indre (Centre) France Rebordã Dão-Lafões (Centre) Portugal Redonda Trás-os Montes e Alto Douro Portugal Raydoun Doto Aveyron (Midi Pyrénées) France Riscada Trás-os Montes e Alto Douro Portugal Ronde Tarn (Midi Pyrénées) France Rouge Corrèze (Limousin) France Rouge de Quezac Aveyron (Midi Pyrénées) France Rouge Tardive Dordogne (Aquitaine) France Rousse de Nay Pyrénées Atlantiques (Aquitaine) France Saint Cernin Dordogne (Aquitaine) France Saint Cloud Dordogne (Aquitaine) France Saint Jean Dordogne (Aquitaine) France Savoye Aveyron (Midi Pyrénées) France Sucquette Aveyron (Midi Pyrénées) France Teillette de la Vigne Aveyron (Midi Pyrénées) France Temprana Málaga (Andalousie) Espagne Trefougne Dordogne (Aquitaine) France Variété Japonaise Dordogne (Aquitaine) France Ventura Orense (Galicia) Espagne Verata Centre et Extremadoure Espagne Vertuale Aveyron (Midi Pyrénées) France Vilar de Ossos Trás-os Montes e Alto Douro Portugal Virevent Limousin France Virouillère Dordogne (Aquitaine) France Zeive Trás-os Montes e Alto Douro Portugal En Espagne quelques cultivars comme Parede et Longal (Pereira-Lorenzo et al., 2001; Pereira-Lorenzo et al.,en préparation) ont été amplement multipliés pendant les 300 dernières années. Dans le Nord de l Espagne les cultivars les plus populaires son Amarelante, Negral, Famosa, Longal, Ventura, Garrida, Loura et Luguesa. Dans le centre de l Espagne en Extramadoure sont amplement cultivés Injerta et Verata in dans le Sud de l Espagne les meilleurs sont Planta Alajar, Temprana and Pilonga are the best. Dans les îles Canaries, les cultivars les plus fréquents et les plus dispersés sont Mulata in Tenerife et Jabuda in La Palma (Pereira-Lorenzo et al., 2001,2007). Arafero, Castagrande, Picudo and Polegre produisent les plus grands fruits. En Espagne les hybrides interspécifiques sont une alternative dans les régions atlantiques, où ils montrent une grande capacité d adaptation. (Figure 18 et Tableau 19) 47

48 Figure 18. Diversité des cultivars de châtaignier espagnols. Les photographies correspondent aux principaux cultivars. (Pereira-Lorenzo et al., J.Amer.Soc.Hor.Sci.). 48

49 Tableau 19 Principales caractéristiques des cultivars de châtaignier espagnols les plus importants (Pereira-Lorenzo et al., 2006, 2007). Region Cultivar Nuts/kg Poly-embryonic Central nut Lateral nut Use nuts (%) weight weight (g) Andalucía Dieguina Marron Andalucía Helechal "Marron glace" Andalucía Pilonga "Marron glace" Andalucía Planta Alajar "Marron glace" Andalucía Temprana "Marron glace" Andalucía Tomasa Fresh Andalucía Vazqueña "Marron glace" Asturias Chamberga/Valduna Fresh Asturias Grúa Fresh Castilla-León Injerta Marmalades, purées Castilla-León Negral Fresh Extremadura Injerta Marron glace Extremadura Verata Marron Galicia Amarelante "Marron" Galicia Famosa "Marron" Galicia Garrida "Marron glace" Galicia Inxerta "Marron" Galicia Loura "Marron" Galicia Longal Marmalades, purées Galicia Luguesa "Marron" Galicia Negral Marmalades, purées Galicia Parede Marmalades, purées Galicia Presa Fresh Galicia Raigona Marmalades, purées Galicia Rapada Fresh Galicia Ventura "Marron" Canary Islands Arafero "Marron glace" Canary Islands Castagrande Fresh Canary Islands Picudo "Marron" Canary Islands Polegre "Marron glace" 49

50 Dates clés des actions C.1 Etude de la Diversité Génétique du Châtaignier Choix des microsatellites : Mars-Avril 2004 Expérimentations : 2004, 2005, 2006 Analyses des données fin 2004, 2005, 2006, 2007 C.2 Etude de la Variabilité des Populations Naturelles pour les Caractères Adaptatifs Etude de la Phénologie et de la Croissance 2004 : récolte et semis des graines installation, suivi et mesures des essais 2007 nouvelle évaluation de certains caractères (sécheresse) Etude de la sensibilité au Phytophthora (maladie de l encre) Décembre 2004 : semis des graines en serre Mai 2005 : inoculation par P. cinnamomi Juin 2005 : mesure et analyse de la sensibilité C.3 Etude de la Variabilité Phénotypique des Variétés Fruitières de Châtaignier Description des Variétés Avril Juin 2004, 2005, 2006 Septembre Octobre 2004, 2005, 2006 Tests de sensibilité au Cryphonectria Octobre 2006 : premier test Décembre 2006 : second test Janvier-Juin 2007 : analyses des résultats Justification des écarts entre l action prévue et l action réalisée, le cas échéant C.1 Etude de la Diversité Génétique du Châtaignier L action prévue a été réalisée néanmoins des difficultés techniques non prévues au début du projet ont provoqué un retard dans la réalisation de cette action, ce retard a finalement été répercuté à l ensemble du projet qui n a pas pu être terminé dans les délais prévus. Les difficultés d ordre technique rencontrées concernent essentiellement l harmonisation des profils moléculaires des variétés et des populations. Comme indiqué dans la mise en œuvre de cette action, pour réaliser la caractérisation moléculaire du châtaignier nous avons utilisé des outils communs (SSR) et des méthodes communes (protocoles d amplification communs) néanmoins pour des raisons de coût, un système de révélation des microsatellites unique à tous les partenaires n a pas été choisi au début du projet. Pour harmoniser la lecture des profils obtenus avec les différents séquenceurs, il a été décidé que tous les partenaires utilisent des témoins communs. Cette mesure ne s est pas avérée suffisante pour harmoniser l ensemble des données. Pour pallier à ce problème l INRA-UREF (Chef de file) a donc analysé pour chaque partenaire un échantillon d individus (de l ordre d une trentaine/ partenaire) sur le séquenceur dont elle dispose (Beckman Coulter). Chaque échantillon comprenait l ensemble des allèles observés pour chaque microsatellite dans le matériel végétal étudié par le partenaire. Ceci a permis d identifier les correspondances entre les 50

51 différents séquenceurs utilisés dans le projet et donc d harmoniser les profils de l ensemble des variétés et des populations étudiées. Néanmoins cela a supposé des manipulations supplémentaires, des lectures de données additionnelles et la transformation des fichiers de données de l ensemble des partenaires en tenant compte des correspondances identifiées. En Espagne un plus grand nombre de populations «naturelles» et un plus grand nombre de loci ont été étudiés C.2 Etude de la Variabilité des Populations Naturelles pour les Caractères Adaptatifs Pas d écart entre l action prévue et l action réalisée. C.3 Etude de la Variabilité Phénotypique des Variétés Fruitières de Châtaignier Pas d écart entre l action prévue et l action réalisée. Coût Total des Actions N 4, N 6 et N 7 (en euros) TTC :

52 ACTIONS : 2 et 5 NATURE DE L ACTION : Création d une base de données des variétés fruitières de l Espace Atlantique avec données passeport et donnés de caractérisation Résultats attendus Base de données des principales variétés fruitières de l Espace Atlantique, accessible en ligne Mise en Œuvre de l Action L INRA-UREF a pris en charge la réalisation de la structure de la base de données. Dès le début du projet il a été décidé que la structure serait similaire à celle de la base de données Européenne des Prunus définie au sein du réseau ECP/GR Prunus (European Cooperative Programme for Crop Genetic Resources Networks. Working Group Prunus) de Bioversity International. Une fois la structure crée, l INRA-UREF (Chef de File) a défini les descripteurs passeport, à préparé les différents fichiers de base : fichiers données passeport, fichiers données phénotypiques, fichiers données moléculaires ainsi que les informations concernant les correspondances des pays, regions et subdivisions ainsi que les tables de correspondances des instituts.. Il a fourni ces fichiers au partenaires n 2 (Universidade de Santiago de Compostela) et au partenaire n 4 (EFN) afin qu ils soient complétés. Le Chef de file a quant à lui complété les fichiers avec les données des variétés fruitières françaises. L ensemble des fichiers contenant les données a été centralisé par l INRA-UREF (Chef de file) puis intégré dans la base de données. Partenaires impliqués dans la réalisation de l action Nom partenaire Pays Rôle dans la réalisation de l action Lieu/x d exécution INRA UREF Chef de File France Réflexion sur la structure de la base de Villenave d Ornon données Création de la structure Choix des descripteurs passeport Préparation des fichiers des données à intégrer dans la base Fichiers des Données passeport Fichiers de Données phénotypiques Fichiers des Données moléculaires Intégration des données des trois pays dans la base de données Intégration des photos des variétés des trois pays Vérification de l ensemble des données en collaboration avec les partenaires n 2 et n 4 Mise en ligne de la base de données Universidade Santiago de Compostela USC Partenaire n 2 Gestionnaire de la base de données Espagne Alimentation des fichiers avec les données obtenues dans les actions 4 et 6, (partie C) pour les variétés fruitières d Espagne. Photos des variétés fruitières des régions atlantiques d Espagne. Participation à la vérification de l ensemble des données inclues dans la base Lugo 52

53 EFN INIAP Partenaire n 4 Résultats Obtenus Portugal Alimentation des fichiers avec les données obtenues dans les actions 4 et 6, (partie C) du Portugal. Photos des variétés fruitières des régions atlantiques du Portugal Participation à la vérification de l ensemble des données inclues dans la base Oeiras Base de données Ressources Génétiques des Variétés fruitières des 3 pays La base de données des principales variétés fruitières des régions atlantiques de France, Espagne et Portugal réalisée dans le cadre du projet, est accessible en ligne à l adresse suivante : D un point de vue technique la base de données CastaneaREG fonctionne avec MySQL comme système de gestion de bases de données. L'interface web a été développée en PHP et la base est rendue accessible sur internet via le serveur web Apache. Elle est hébergée par le Centre Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) partenaire de l INRA-UREF au sein de la plateforme Bioinformatique de Bordeaux Elle possède une structure similaire à celle de la base de données Européenne des Prunus qui est gérée dans le cadre du groupe consultatif ECP/GR Prunus (European Cooperative Programme for Crop Genetic Resources Networks. Working Group Prunus) de Bioversity International. Les descripteurs passeport utilisés dans la base de données sont les descripteurs EURISCO. Conseillés par Bioversity International. La base de données comprend également des descripteurs de caractérisation (données morphologiques et données moléculaires). En outre, des photos des variétés (arbre et fruit) ont été intégrées dans la base. L interface web comprend trois niveaux d accès : un accès public, un accès partenaires, réserve pour l instant aux partenaires du projet CastaneaREG et un accès privé réservé au gestionnaire de la base (Figure 20). Différents types de requêtes peuvent être réalisées, des requêtes rapides (ie : par nom de la variété) et des requêtes plus complexes (ie : incluant les données passeport et de caractérisation) (Figure 21) C est une base conviviale et évolutive, elle pourra être étendue aussi bien en termes de descripteurs qu en termes de variétés. Elle pourra également intégrer des données en provenance d autres régions des pays concernés ou d autres pays d Europe. Elle peut donc être considérée comme le point de départ de la future base européenne de ressources génétiques fruitières de châtaignier. Dates clés des actions Dernier trimestre 2006 Réflexion sur la structure Création de la structure Choix des descripteurs passeport Premier semestre 2007 Préparation des données à intégrer dans la base Intégration des données Intégration des photos Vérification et Mise en ligne 53

54 Coût Total des Actions N 2 et N 5 (en euros) TTC : Le coût total de ces actions (N 2 et N 5) indiqué ici comprend uniquement le coût d élaboration de la structure de la base de données, d acquisition de données passeport, de coordination dans l élaboration des fichiers de données, de tests de fonctionnement et de mise en ligne. Les coûts des caractérisations morphologiques et moléculaires ont été comptabilisés dans la partie C. Figure 20 : Page d Accueil de la base de données CastaneaREG 54

55 ACTIONS : 8 NATURE DE L ACTION : Figure 21 : Exemple de résultat de recherche avancée Résultats attendus D - Diffusion des résultats Communiquer et transmettre les résultats obtenus au cours du projet. Cette action correspond au plan d Information et Communication du projet. Mise en Œuvre de l Action En ce qui concerne l information et la communication les cibles avaient été identifiées au début du projet, elles concernaient: les professionnels (interprofession, réseaux de conservation, producteurs et pépiniéristes), les scientifiques et dans une moindre mesure le grand public. Pour atteindre ces cibles différents outils d information et communication avaient été définis. Scientifiques Communication et diffusion orientées vers le monde scientifique ont été réalisées d une part par le biais de la participation à des colloques, à des séminaires et d autre part à travers des publications dans des revues scientifiques. Professionnels Les actions de communication à l adresse des professionnels ont été réalisées au cours de réunion de travail, lors de rencontres de professionnels (salons ou ateliers) Grand Public Communication essentiellement à travers d internet (tout d abord par l intégration du projet dans les sites web des différents partenaires puis par la réalisation d un site web du projet, 55

56 CastaneaREG), par la participation à des salons, par la presse et par la base de données mise en ligne. Partenaires impliqués dans la réalisation de l action Nom partenaire Pays Rôle dans la réalisation de l action Lieu/x d exécution INRA UREF France Promotion du projet et diffusion des Villenave d Ornon et les Chef de File résultats différents sites où se sont déroulés des réunions ou des INRA UMR Biogeco Partenaire n 1 Universidade Santiago de Compostela USC Partenaire n 2 CIFA Lourizan Partenaire n 3 EFN INIAP Partenaire n 4 Résultats Obtenus Site web : France Promotion du projet et diffusion des résultats Espagne Promotion du projet et diffusion des résultats Espagne Promotion du projet et diffusion des résultats Portugal Promotion du projet et diffusion des résultats En cours de restructuration, nouvelle adresse sera communiquée ultérieurement. colloques Cestas et les différents sites où se sont déroulés des réunions ou des colloques Lugo et les différents sites où se sont déroulés des réunions ou des colloques Pontevedra et les différents sites où se sont déroulés des réunions ou des colloques Oeiras et les différents sites où se sont déroulés des réunions ou des colloques Presse : «Interreg Espace Atlantique» un Projet d Etude du Châtaignier Européen» Bulletin du BERD N 17 Mai

57 Salons : Présentation du projet au SIFEL (Salon International des fruits et des Légumes) Agen Mars 2005 Colloques et Congrès: Barreneche T, Costa R, Fernández-Lopez J, Kremer A, Pereira-Lorenzo S, Ramos Guedes-Lafargue M, Robin C and F Laigret. CastaneaREG Evaluation, analysis and management of Biodiversity with regard to the species Castanea sativa Mill, (European Chestnut) in the regions of the Atlantic Area 3th International Chestnut Congress Chaves (Portugal) Octobre (Poster) Pereira-Lorenzo S, Ramos Cabrer A.M, Díaz-Hernández M.B, Cordia-Ara M, Rios-Mesa D, Gonzalez- Díaz J, Caruncho-Picos L. Chestnut cultivars in Spain. 3th International Chestnut Congress Chaves (Portugal) Octobre (Communication) Ramos Cabrer, A.M.; Caruncho-Picos L.; Díaz-Hernández M.B.; Cordia-Ara M.; Rios-Mesa D.; Gonzalez- Díaz J.; Pereira-Lorenzo, S. Study of Spanish chestnut cultivars using SSR markers. International Symposium "Optimisation, Productivity and Sustainability of Chestnut Ecosystems in Mediterranean Europe".Catania Italia febrero (Communication ). Costa, R., Rodrigues, D., Marum, L. Ribeiro, C., Valdiviesso., T. Molecular characterisation of Portuguese chestnut cultivars by SSRs. Resumo publicado nas Actas do International Symposium Optimisation, Productivity and Sustainability of Chestnut Ecosystems in Mediterranean Europe Catania, Italy February 2005 (Communication). Barreneche T, Decourcelle T, Robin C, Capdeville G Capdevielle X, Reynet P, Lafargue M, Franzini R, Laigret F, et A Kremer. Diversité génétique du châtaignier européen, Castanea sativa Mill. dans les régions de l Espace Atlantique. Colloque : «Recherche Innovation en Horticulture, Semences et Paysage Les 3èmes Rencontres du Végétal» Angers Novembre (Communication) Ribeiro C., Costa R. Ramos Cabrer A.M., Pereira-Lorenzo S.- Assessement of Genetic Variability of Chestnut in the Iberian Península By SSRs. XXXII Jornadas de Genética held at Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro. Vila Real, Portugal 2-5th April 2006.(Communication). Pereira-Lorenzo S. El castaño y otras especies forestales. III Congreso de Mejora Genética de Plantas. Valencia. España13-15 Septembre Pereira-Lorenzo, S., Costa, R., Ramos-Cabrer, A., Ribeiro, C., Silva, M., Barreneche, T. (2007) Standard set of microsatellite reference alleles for identification of Castanea species and hybrids of the Atlantic Area. Tree Biotechnology Juin. Ponta Delgada, Azores, Portugal. (Communication). Díaz Raquel, Oystein Johnsen, Fernández-López Josefa. Spring and autum cold hardiness in Spanish wild populations of Castanea sativa. Congrès International population genetics and genomics of forest trees: from gene function to evolutionary dynamics and conservation. Madrid 4 Octobre 2006 (Communication) Miranda-Fontaiña ME, Fernández-López Josefa. Genetic variation in susceptibility to Phytophthora cinamomii of Spanish natural chestnut populations. Congrès International 57

58 population genetics and genomics of forest trees: from gene function to evolutionary dynamics and conservation. Madrid 4 Octobre 2006 (Communication) Monteagudo Ana Belén et Fernández López Josefa.. Genetic structure of Castanea sativa wild populations from Spain Congrès International population genetics and genomics of forest trees: from gene function to evolutionary dynamics and conservation. Madrid 4 Octobre 2006 (Communication) Pereira-Lorenzo, S., Costa, R., Ramos-Cabrer, A., Ribeiro, C., Silva, M., Barreneche, T. (2007) Standard set of microsatellite reference alleles for identification of Castanea species and hybrids of the Atlantic Area. Tree Biotechnology Juin. Ponta Delgada, Azores, Portugal. (Communication). Pereira- Lorenzo S. SSR in chestnut species. Congrès IUFRO Azores. 4 Juin 2007 Monteagudo, Ana Belén, Fernández-López, Josefa. Reference values of genetic parameters in Spanish chestnut conservation. II Congreso Ibérico do castañeiro. Universidade de Trás Os Montes Juin 2007 Ribeiro, C: Silva,M., Batista, D. Costa R. Genetic structure of chestnut populations (Castanea sativa Mill.) in Portugal. II Congreso Ibérico do castañeiro. Universidade de Trás Os Montes e Alto Douro, Portugal Juin (Communication). Fernández López. Josefa "Annual growth rhytm of a mediterraneam tree (Castanea sativa) Workshop Adaptive traits for breeding zone delineation. Congrès européen lié au projet TREEBREEDEX organisé por le Centro de Investigacións Ambientais de Lourizán Madrid 26 Février Robin C et Barreneche T. Genetic variation in resistance to Ink Disease in European chestnut Workshop Adaptive traits for breeding zone delineation. Congrès européen lié au projet TREEBREEDEX Madrid 26 Février 2008 Barreneche T. Diversité et Ressources Génétiques du châtaignier Castanea sativa Mill dans les régions de l Espace Atlantique. Journée de formation: connaissances théoriques et pratiques approfondies du châtaignier. Ecole d Ingénieurs de Lullier (EIL) Jussy Suisse 11 Avril (Communication) Barreneche T. Diversidad y Recursos Genéticos del castaño Castanea sativa Mill en las regiones del Espacio Atlántico. I Xornadas Internacionais do Castiñeiro. Ourense, Mai 2008 (Communication) Fernández López Josefa. As poboacións autóctonas de castiñeiro e a selección de materiais de reproducción. I Xornadas Internacionais do Castiñeiro. Ourense, Mai 2008 (Communication) Publication scientifiques: Ramos Cabrer, A.M.; Caruncho-Picos L.; Díaz-Hernández M.B.; Ciordia-Ara M.; Rios-Mesa D.; Gonzalez- Díaz J.; Pereira-Lorenzo, S Study of Spanish chestnut cultivars using SSR markers. Advances in Horticultural Science, 20(1):

59 Pereira-Lorenzo S, Rios-Meza D, Gonzalez- Díaz A.J., Ramos Cabrer A.M Los castañeros de Canarias. CCBAT - Cabildo de Tenerife; CAP - Cabildo de La Palma, 136 PP. ISBN: Plusieurs articles transmis à des revues scientifiques mais pas encore acceptés. Base de données Base de Données «Fruit Chestnut Genetic Resources of the Atlantic Area» Septembre Réunions de Travail : Réunion scientifique : Présentation «Diversité génétique du châtaignier européen, Castanea sativa Mill. dans les régions de l Espace Atlantique» INRA de Bordeaux 10 Février Réunion annuelle de coordination Unité expérimentale/unité de recherche : Présentation des résultats du projet lors de la communication : «Le châtaignier arbre à bois arbre à pain et ses maladies» Bourran (47) 28 Avril Réunion de conservateurs Présentation du projet lors de la réunion des conservateurs de châtaignier du Sud-Est. Lattes 6 Juin Réunion professionnels forestiers»: Présentation du projet lors de la Réunion «Plantation de châtaignier à bois et amélioration génétique : Etat des lieux et perspectives» organisée par l IDF, Bordeaux 15 Février Réunion de travail avec les professionnels (arboriculture) Présentation des résultats du projet CastaneaREG. Les résultats obtenus dans le projet ont servi de base à la sélection de variétés de Dordogne candidates à l intégration dans une future collection de variétés traditionnelles de Dordogne. Participants : CIREA (Centre Inter Régional d'expérimentation Arboricole) (Douville 24) Ctifl-(Lanxade 24) Syndicat des Producteurs de Châtaignes et de Marrons du Perigord -INRA. Bordeaux 9 Juillet 2007 Présentation des résultats du projet CastaneaREG. Les résultats obtenus dans le projet ont servi de base à une collaboration en vue de la mise en place, d une collection des variétés de châtaignier de Dordogne et d une réflexion pour la relance d un réseau national de conservation de châtaignier. Collaboration prévue dans le cadre du programme Compétitivité régionale et emploi Aquitaine Réunion CIREA (Centre Inter Régional d'expérimentation Arboricole) - INRA. Bordeaux 22 Août Présentation des résultats du projet CastaneaREG. Les résultats du projet ainsi que la base de données ont été présentés lors de la réunion annuelle des techniciens BGSO section châtaigne qui s est déroulée à l INRA Bordeaux le 1 er Février Présentation à titre d exemple de la base de données CastaneaREG lors de la réunion du Working Group 1 du Projet COST n 863. Thème de la réunion Improvement of conservation and characterization of small berries genetic resources, Paris Mai

60 Dates clés de l action Coût Total de l action N 8 (en euros) TTC : INFORMATION ET COMMUNICATION (cf. partie D) Le plan d information et de Communication constitue l action N 8 du projet et est présenté dans la partie D (cf. page 55) PERSPECTIVES EST-CE QUE LE PROJET A REUSSI A CONSTRUIRE UN RESEAU TRANSNATIONAL PERENNE? NON Le réseau n est pas pérenne car cela supposerait qu il puisse être autonome financièrement, néanmoins le projet a permis de créer un réseau de scientifiques qui se connaissent et connaissent les ressources et les compétences de leurs partenaires, permettant ainsi une plus grande réactivité pour répondre à des appels d offre concernant le châtaignier. En outre, par les relations de confiance crées dans le cadre de ce projet, les partenaires savent qu à l avenir si nécessaire ils peuvent faire appel à leurs expertises réciproques. Parmi la liste de thèmes prioritaires proposés par la Commission pour la période , identifiez ceux qui sont d intérêt pour vous : Accessibilité et Transports NON Types activités envisageables. Gestion de l eau NON Types activités envisageables. Prévention des risques maritimes NON Types activités envisageables. Réseaux Recherche&Développement OUI Types activités envisageables. Souhaitez vous recevoir plus d informations sur le futur programme de coopération territoriale ? OUI 60

61 CONFORMITE AVEC LA LETTRE D OCTROI et ses éventuels avenants. Le projet a-t-il respecté les termes de la Lettre d octroi? OUI Préciser s il y a eu des avenants à la lettre d octroi : nombre, date et motif. NON Le projet a-t-il respecté le partenariat présenté dans la lettre d octroi? OUI Le projet a-t-il respecté le plan de financement? OUI Le projet a-t-il respecté le calendrier présenté dans la lettre d octroi? NON au niveau des actions à réaliser OUI au niveau des dépenses à réaliser En termes de réalisation de certaines actions le calendrier n a pas été totalement respecté suit aux problèmes techniques déjà mentionnés (cf partie C1 justification des écarts) et dûs également au fait que le projet portait sur une espèce vivante dont il faut tenir compte du cycle végétatif de l espèce faisant l objet du projet. Néanmoins en termes de financements, les remboursements demandés ont respecté le calendrier établi par la lettre d octroi, c est à dire les dépenses financées concernent la période comprise entre début 2004 et fin Le projet a-t-il respecté toutes les obligations dans les actions d information et de publicité le logo du programme et le drapeau de l Union Européenne? OUI RESPECT DES POLITIQUES COMMUNAUTAIRES Le projet a-t-il respecté les législations nationales et communautaires en matière de : - marchés publiques? OUI - concurrence? OUI - d environnement? OUI - d égalité de chances? OUI Justifier les réponses. Les partenaires du projet étaient des institutions de recherche des trois pays qui respectent les législations nationales et communautaires en termes de marchés publiques, de concurrence, d environnement et d égalité de chances DECLARATION DU CHEF DE FILE En tant que chef de file, je déclare que les informations de ce rapport d activité final et ses annexes reflètent fidèlement les actions et les résultats du projet pendant la durée du projet. Date : 4 Juin 2008 Nom et Prénom (en majuscules) LAIGRET Frédéric Fonction au sein de l organisation Directeur d Unité Signature et cachet : 61

62 ANNEXE 1 : CALENDRIER ET DATES CLES DU PROJET Date de dépôt du Formulaire de candidature Date jj/mm/aaa 07/03/2003 Commentaires (le cas échéant) Date d approbation définitive du dossier par le Comité de Gestion 17/09/2003 Date de signature de la lettre d octroi par le chef de file 16/12/2003 Date début du projet 01/01/2004 Date de demande de modification N 1 (le cas échéant) Date signature avenant N 1 Date de demande de modification N 2 (le cas échéant) Date signature avenant N 2 Date fin projet 31/12/2006 Demande de délais pour présentation des certifications et du rapport final. Courriers envoyés 13 Juillet 2007 et 21 décembre

63 ANNEXE 2 : ARCHIVAGE DES PIECES JUSTIFICATIVES ORIGINALES (de dépenses, de recettes, etc. ) application article 4 de la lettre d octroi Chef de File et Partenaires Lieu/x d archivage Chef de File Partenaire 1 Partenaire 2 Partenaire 3 Partenaire 4 INRA-SDAR (Copies à INRA-UREF) INRA-SDAR (Copies à INRA-UREF) UCS- Servicio Contabilidad (Copies à INRA-UREF) CIFA-Lourizan (Copies à INRA-UREF) EFN- INIA Oeiras (Copies à INRA-UREF) ANNEXE 3 : ARCHIVAGE DES DOCUMENTS CLES DU PAR LE PROJET Document Lieu/x d archivage Lettre d octroi Lettres d engagement Accord de partenariat Modification (le cas échéant) INRA-UREF Villenave d Ornon INRA-UREF Villenave d Ornon INRA-UREF Villenave d Ornon Modifications lignes budgétaires 2004, 2005 et INRA-UREF Villenave d Ornon 63

64 ANNEXE 4 : RECAPITULATIF DU FEDER VERSE Des dépenses du partenaire N 3 sont en cours de certification. 64

65 ANNEXE 5 : INDICATEURS DU PROGRAMME TABLEAU COMPARATIF ENTRE LES INDICATEURS DE REALISATION PREVUS ET REALISES A LA FIN DU PROJET Ne renseigner que les indicateurs relatifs à la mesure sur laquelle votre projet est financé. (Cf. formulaire de candidature point 12 et 3.10) PRIORITÉ C Indicateurs de réalisation et de résultat - (Quantifier les indicateurs ) Prévus Réalisés MESURE C-1 Nombre de projets de prévention de la pollution Nombre d études visant la protection environnementale et des ressources naturelles M3 d eau économisée Marqueurs moléculaires identifiés Nombre de critères phénotypiques Nombre de génotypes identifiés variétés cultivées Nombre de génotypes retenus pour la «core collection» A définir selon résultats 100 Nombre de Populations «naturelles» étudiées MESURE C-2 Surface(m2) protégée Espaces dégradés sur lesquels les projets ont agi Nombre d actions relatives à la gestion des côtes, des estuaires et des zones humides Nombre de projets de protection et réhabilitation de la faune caractéristique des zones humides et estuaires Nombre de projets de protection et réhabilitation des zones humides et estuaires MESURE C-3 Nombre d actions de formation réalisées Aucune 1 Nombre d activités de sensibilisation réalisées Aucune 20 Nombre de projets sur les énergies renouvelables Nombre de participants aux actions de formation Pas action 60 prévue Justification des écarts entre les indicateurs de réalisation prévus et obtenus, le cas échéant Pas d écart, au contraire dans certaines zones un nombre plus important de génotypes et de populations que celui prévu initialement a été étudié afin d avoir un disposer d un échantillon plus représentatif et par conséquent pouvoir avoir une meilleure appréciation de la diversité du châtaignier dans les régions de l Espace Atlantique ANNEXE 6 : INDICATEURS DU PROJET Pour les projets disposant d indicateurs complémentaires aux indicateurs de la mesure. Indicateurs de réalisation et de résultat à partir des ceux que le projet avait proposé Prévus Réalisés dans le Formulaire de Candidature - ( Quantifier les indicateurs ) Base de données 1 1 Rapports Annuels 3 3 Publications dans des revues scientifiques Nombre non spécifié en début de projet Publications dans des revues de vulgarisation (en cours de projet le choix a été fait de favoriser plutôt les réunions d échanges et vulgarisation) Nombre non spécifié en début de projet Pour l instant 3 et plusieurs en cours 8 65