Bases de données des mutations

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1 Bases de données des mutations CFMDB CFTR2 CFTR-France / Registre Corinne THEZE, Corinne BAREIL Laboratoire de génétique moléculaire Montpellier Atelier Muco, Lille, septembre 2014

2 Accès libre Initiée en 1989, consortium «Cystic Fibrosis Genetic Analysis» Catalogue de variations du gène CFTR Soumission par les labos lors de la 1ere identification du variant Septembre 2014

3 Nom «HGVS» Nom usuel Génotype Contributeur Clinique Mise à jour ou info supp Annotations phénotypique, génotypique limitées

4 2010 Application nomenclature HGVS

5 2010 Application nomenclature HGVS CFMDB HGVS Codon stop p.gly542x p.gly542ter ou p.gly542* Gde délétion bornes? c.(?_2989)_(3468_?)del c.2989-?_3468+?del

6 2010 Application nomenclature HGVS CFMDB HGVS Codon stop p.gly542x p.gly542ter ou p.gly542* Gde délétion bornes? c.(?_2989)_(3468_?)del c.2989-?_3468+?del Deep intronic kbA>G c kba>g c a>g kbC->T c c>t c c>t

7 Insertion : 81 petites insertions 75 % insertion sont dans repeat = duplication dup TCGGCGATGTTTTTT - CTGGAGAT TCGGCGATGTTTTTTTCTGGAGAT TCGGCGATGTTTTTTTCTGGAGAT CFMDB c.227_228inst c.228_229inst c.233_234inst c.49_50instt HGVS c.233dup c.233dup c.233dup c.49_50dup Délétion del CAGACATATACCAAATCC CAGACATATACCAAATCC CAGACATACCAAATCC CAGACATACCAAATCC CFMDB HGVS c.111_112 delat c.112_113del

8 Guidelines HGVS NM_ :c.112_113del https://mutalyzer.nl/index

9 Accès libre Initié en 2009 Implication phénotypique et fonctionnelle des variants CFTR => mutation CF causing quand en trans CF causing? => critères cliniques des patients

10 25 Registres CF patients Clinique TS (62 %) fonction pulmonaire (63 %) statut pancréatique (76 %) colonisation pseudomonas 89% variants identifiés variations différentes 159 variations, fréq allélique 0,01% 96% des allèles CF identifiés

11 variations, fréquence allélique 0,01% évaluation clinique et fonctionnelle chez les patients 80 PTC => CF causing! 2 délétions en phase (507 et 508del) 10 site épissage => impact ARN? 65 faux sens => impact protéine? fq chez pères et dans 1,000 génomes

12 CFTR2 web 200 mutations caractérisées

13 127 (129) (12) (6) CFTR2 web 200 mutations caractérisées

14 MOYENNES TS f pulmonaire PI/PS Pseudomonas âge Résumé résultats études fonctionnelles (Nat Genet)

15 Nomenclature HGVS : mêmes remarques que CFMDB 15 insertions décrites => 13 erreurs ins au lieu de dup 5T c [5] c t[5]

16 CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation https://cftr.iurc.montp.inserm.fr/cftr/ Initiée en Décembre 2008 Collaboration entre 9 laboratoires de niveau 2 et Vaincre La Mucoviscidose Accès restreint aux collaborateurs

17 CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Compiler : TOUS les phénotypes CF Mais aussi CFTR-RD Sujets sains hétérozygotes composites Suspicion fœtale de mucoviscidose CFTR- France Curation à Montpellier TOUTES les variations Causales Non-classées (Supposés) Neutres +/- ségrégation familiale

18 CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Compiler : TOUS les phénotypes CF Mais aussi CFTR-RD Sujets sains hétérozygotes composites Suspicion fœtale de mucoviscidose CFTR- France Curation à Montpellier TOUTES les variations Causales Non-classées (Supposés) Neutres +/- ségrégation familiale Pour : Annoter les variants Analyser les corrélations génotype/phénotype Interpréter la pathogénicité des variants non-classés Favoriser les études collaboratives

19 CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Compiler : TOUS les phénotypes CF Mais aussi CFTR-RD Sujets sains hétérozygotes composites Suspicion fœtale de mucoviscidose CFTR- France Curation à Montpellier TOUTES les variations Causales Non-classées (Supposés) Neutres +/- ségrégation familiale Résultats des outils bioinformatiques Données issues de la littérature Pour : Annoter les variants Analyser les corrélations génotype/phénotype Interpréter la pathogénicité des variants non-classés Favoriser les études collaboratives

20 CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation individus

21 CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation 719 variants différents variants total Non disease-causing 8% Unclassified variants 37% Disease-causing 55%

22 CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation 719 variants différents variants total Non disease-causing 8% Unclassified variants 37% Disease-causing 55%

23 CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation 719 variants différents variants total Non disease-causing 8% Corrélations génotype-phénotype Les variations «large spectre» Exemples : L206W, R347H, S945L Unclassified variants 37% Disease-causing 55% Classées «CF-causing» par CFTR2 mais pas que CFTR-France (trans mut sévère) L206W : 21 CF et 31 CFTR-RD R347H : 18 CF et 10 CFTR-RD S945L : 12 CF et 5 CFTR-RD Important pour le conseil génétique

24 CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation 719 variants différents variants total Non disease-causing 8% Unclassified variants 37% Disease-causing 55% Corrélations génotype-phénotype Les associations de variants en cis Exemples : Connu : CFTR2 CFTR-France I148T ; 3199del6 8 patients S1251N ; F508C X 7 patients V754M ; CFTRdele3-10,14b-16 X 3 patients Moins connu : G622D ; G>A X 6 patients (2 ségrégations) Important pour la pratique quotidienne des laboratoires de diagnostic

25 CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation 719 variants différents variants total Non disease-causing 8% Unclassified variants 37% Disease-causing 55% 74 % de faux-sens

26 CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation 719 variants différents variants total Occurrence des 198 faux-sens non-classés Non disease-causing 8% > 10x 6x y 10x Unclassified variants 37% Disease-causing 55% 3x y 5x 2x Difficile à interpréter 74 % de faux-sens gros travail à réaliser pour caractériser ces faux-sens! ( 7% étiquetés dans CFTR2)

27 CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Comment faciliter l interprétation des variants?

28 CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Comment faciliter l interprétation des variants? 1 / Compléter et affiner les données cliniques des patients

29 CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Comment faciliter l interprétation des variants? 1 / Compléter et affiner les données cliniques des patients Juin 2013 : convention entre le Registre National et CFTR-France : échanges de données - Banque de données patients (infos cliniques +++ et mutations causales) - Données proviennent des CRCM CF +++ mais aussi DNN et quelques CFTR-RD - Dernier bilan annuel : données patients suivis MAJ annuelle / suivi du patient Erreur possible de retranscription des mutations et génotype incomplet

30 Collaboration CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Comment faciliter l interprétation des variants? 1 / Compléter et affiner les données cliniques des patients + CFTR-France + Registre Données cliniques précises/complètes + suivi patient Correction/complément génotype - CF : 43 % TS -F508del / I148T F508del / 3199del6;I148T - CF : 33 % PI/PS -F508del / G827X F508del / E827X - suivi NBS ( 450 enfants) -F508del / C>T F508del /? - -

31 Collaboration CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Comment faciliter l interprétation des variants? 1 / Compléter et affiner les données cliniques des patients + CFTR-France + Registre Données cliniques précises/complètes + suivi patient Correction/complément génotype - CF : 43 % TS -F508del / I148T F508del / 3199del6;I148T - CF : 33 % PI/PS -F508del / G827X F508del / E827X - suivi NBS ( 450 enfants) -F508del / C>T F508del /? - - Données anonymisées Recherche des correspondances patients communs entre les 2 banques CF (50% des CF de CFTR-France) 121 CFTR-RD 304 NBS données cliniques du registre en attente

32 CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Comment faciliter l interprétation des variants? 2 / Recenser les études fonctionnelles publiées Seibert et al Sosnay et al Van Goor et al / Caractériser l impact fonctionnel de variations Prédictions bioinformatiques (198 faux-sens) Etudes in vitro Etudes ex vivo => projet collaboratif : analyse fonctionnelle 19 faux-sens (impact sur épissage prédit)

33 CFTR-France Bientôt un accès public

34 CFTR-France Bientôt un accès public Infos générales -CFTR-France - gène et protéine - variations (nomenclature HGVS, classification, ) - CFTR-opathies Moteur de recherche variant Statistiques - variations - génotypes - phénotypes

35 Merci de votre attention

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