Bases de données et ressources pour la protéomique

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Dimension: px
Commencer à balayer dès la page:

Download "Bases de données et ressources pour la protéomique"

Transcription

1 Bases de données et ressources pour la protéomique Lydie LANE, Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), CALIPHO Group 25 septembre 2012, Workshop «Protéomique et Maladies Rares»

2 Bases de données et protéomique sont indissociables Question biologique? Expérience de protéomique Echantillon, instrumentation = «Metadata» Entrepôts de données Spectres = «Données brutes» Bases de données de séquences Résultat biologique Protéines d intérêt Protéines identifiées Outils d analyse (graphes, enrichissement ) Bases de données d annotation (fonction, localisation, modifications )

3 1- Sauvegarde des données brutes de protéomique Question biologique? Expérience de protéomique Echantillon, instrumentation = «Metadata» Entrepôts de données Spectres = «Données brutes» Bases de données de séquences Résultat biologique Protéines d intérêt Protéines identifiées Outils d analyse (graphes, enrichissement ) Bases de données d annotation (fonction, localisation, modifications )

4

5

6

7 ProteomeCentral for ProteomeXchange 8 datasets released and announced 16 identifiers reserved for datasets in process

8 2- Identification de protéines Question biologique? Expérience de protéomique Echantillon, instrumentation = «Metadata» Entrepôts de données Spectres = «Données brutes» Bases de données de séquences Résultat biologique Protéines d intérêt Protéines identifiées Outils d analyse (graphes, enrichissement ) Bases de données d annotation (fonction, localisation, modifications )

9 La base de données de séquences utilisée pour l identification des peptides à partir des spectres doit être «complète» pour un organisme donné

10

11 Comment définir un protéome humain complet? ~ protein coding-genes alternative splicing of mrna 2-5 fold increase post-translational modifications of proteins (PTMs) fold increase ~ 5'000'000 different proteins ~ 50 to transcripts (mrnas)

12 Le protéome humain dans entrées (~gènes codants); isoformes d épissage dans entrées: séquences protéiques; variants; liés à des maladies; les autres sont des polymorphismes PTMs (50% prouvées expérimentalement).

13 Une ressource spécifique pour les protéines humaines Ne remplace pas UniProtKB/Swiss-prot qui reste la base de référence pour les séquences humaines Vise à intégrer des résultats d expériences à haut débit en transcriptomique, protéomique etc Avec un souci constant de qualité

14 PTMs > variants [= UniProtKB (65 000) + dbsnp + COSMIC]

15 nextprot est la première ressource à avoir implémenté le format PEFF = Proteomics-enriched FASTA format, ce qui devrait permettre aux outils d identification un accès plus facile aux informations de variants et de PTM. >nxp:q9hcu4 \NcbiTaxId=9606 \Pname=Cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 2 \Gname=CELSR2 \Processed=(1 31 SIGNAL)( CHAIN) \ModRes=(1591 MOD:00035) (1810 MOD:00035) \Variant=( Q)( H)( R)( A) MRSPATGVPL PTPPPPLLLL LLLLLPPPLL GDQVGPCRSL GSRGRGSSGA CAPMGWLCPS SASNLWLYTS RCRDAGTELT GHLVPHHDGL RVWCPESEAH IPLPPAPEGC PWSCRLLGIG GHLSPQGKLT LPEEHPCLKA PRLRCQSCKL AQAPGLRAGE RSPEESLGGR RKRNVNTAPQ FQPPSYQATV PENQPAGTPV ASLRAIDPDE GEAGRLEYTM DALFDSRSNQ FFSLDPVTGA VTTAEELDRE TKSTHVFRVT AQDHGMPRRS ALATLTILVT DTNDHDPVFE QQEYKESLRE NLEVGYEVLT VRATDGDAPP NANILYRLLE GSGGSPSEVF EIDPRSGVIR TRGPVDREEV ESYQLTVEAS DQGRDPGPRS TTAAVFLSVE DDNDNAPQFS EKRYVVQVRE DVTPGAPVLR VTASDRDKGS NAVVHYSIMS GNARGQFYLD AQTGALDVVS PLDYETTKEY TLRVRAQDGG RPPLSNVSGL VTVQVLDIND NAPIFVSTPF QATVLESVPL GYLVLHVQAI DADAGDNARL EYRLAGVGHD FPFTINNGTG WISVAAELDR EEVDFYSFGV EARDHGTPAL TASASVSVTV LDVNDNNPTF TQPEYTVRLN EDAAVGTSVV TVSAVDRDAH SVITYQITSG NTRNRFSITS

16 3- Filtrage des résultats d identification Question biologique? Expérience de protéomique Echantillon, instrumentation = «Metadata» En^trepôts de données Spectres = «Données brutes» Bases de données de séquences Résultat biologique Protéines d intérêt Protéines identifiées Outils d analyse (graphes, enrichissement ) Bases de données d annotation (fonction, localisation, modifications )

17 Différentes vues pour une même protéine

18 Exemple : dans la vue «Expression», les données obtenues au niveau mrna et protéine ont été intégrées et unifiées

19 Accès par programme Toutes les données inclues dans nextprot (expression, localisation subcellulaire, variants et PTM) peuvent être explorées par une application dédiée

20 3- Analyse des résultats d identification Question biologique? Expérience de protéomique Echantillon, instrumentation = «Metadata» Entrepôts de données Spectres = «Données brutes» Bases de données de séquences Résultat biologique Protéines d intérêt Protéines identifiées Outils d analyse (graphes, enrichissement ) Bases de données d annotation (fonction, localisation, modifications )

21 Outils d analyse de listes de protéines De nombreux outils bioinformatiques proposent une analyse statistique du contenu en annotation. La plupart analysent les termes GO présents dans les entrées (DAVID, AmiGO etc..) nextprot va proposer prochainement un outil mesurant l enrichissement de tout type d annotation

22 Outil d enrichissement (beta test) Exemple : Liste de 49 partenaires de Lyn Enrichissement en UniProt KWs :

23 4- Intégration des données de protéomique Question biologique? Expérience de protéomique Echantillon, instrumentation = «Metadata» Entrepôts de données Spectres = «Données brutes» Bases de données de séquences Résultat biologique Protéines d intérêt Protéines identifiées Outils d analyse (graphes, enrichissement ) Bases de données d annotation (fonction, localisation, modifications )

24 Vue proteomique

25 Infrastructures bioinformatiques pour le HUPO Human Proteome Project Ab/IHC data MS data identifications study metadata mass spec output files ProteomeXchange EBI PRIDE (MS/MS) ISB PASSEL (SRM) PeptideAtlas reprocessing Raw storage

26 Remerciements ProteomExchange consortium UniProtKB consortium The Human Protein Atlas GO consortium nextprot et tous les biocurateurs qui maintiennent ces ressources utilisables gratuitement par la communauté

L'analyse protéomique et les sciences -omiques: des données massives à interpréter et sauvegarder

L'analyse protéomique et les sciences -omiques: des données massives à interpréter et sauvegarder L'analyse protéomique et les sciences -omiques: des données massives à interpréter et sauvegarder Christine CARAPITO, Alexandre BUREL, Patrick GUTERL, Alexandre WALTER, Jérôme PANSANEL, Fabrice VARRIER,

Plus en détail

L ANALYSE DE DONNÉES AU SERVICE DES UTILISATEURS. Lorène Allano 16 Avril 2013

L ANALYSE DE DONNÉES AU SERVICE DES UTILISATEURS. Lorène Allano 16 Avril 2013 L ANALYSE DE DONNÉES AU SERVICE DES UTILISATEURS Lorène Allano 16 Avril 2013 Question? Expert Aide à la décision Expériences Digitalisation Analyse automatique Visualisation Outils adapté Données numériques

Plus en détail

Introduction à la bioinformatique

Introduction à la bioinformatique Faculté des Sciences - Rabat Laboratoire de Microbiologie et Biologie Moléculaire -------------------------------------- Université Mohamed V - Agdal Faculté des Sciences B.P. 1014 - Rabat - MAROC TD Biologie

Plus en détail

BIN 1002: INTÉGRATION BIOSCIENCES/INFORMATIQUE

BIN 1002: INTÉGRATION BIOSCIENCES/INFORMATIQUE BIN 1002: INTÉGRATION BIOSCIENCES/INFORMATIQUE Plan de Cours Automne 2015 Professeurs: Sylvie Hamel, Département d Informatique et de Recherche Opérationnelle Guillaume Lettre, Institut de Cardiologie

Plus en détail

Soumission de données brutes de séquences à SRA. Novembre 2013

Soumission de données brutes de séquences à SRA. Novembre 2013 Soumission de données brutes de séquences à SRA Novembre 2013 1 Objectif Soumettre les données brutes issues du séquençage haut débit aux banques publiques d archivage Données : séquences brutes (reads)

Plus en détail

TD5 : Prédiction de la structure tridimensionnelle d une protéine Modélisation moléculaire

TD5 : Prédiction de la structure tridimensionnelle d une protéine Modélisation moléculaire TD5 : Prédiction de la structure tridimensionnelle d une protéine Modélisation moléculaire Vous aurez besoin des programmes suivant : d un éditeur de séquence d un visualiseur de structure 3D (PyMOL) Avant-propos

Plus en détail

Quelques pistes pour gérer et analyser l'information. S. Granjeaud ICIM (bio)informaticien

Quelques pistes pour gérer et analyser l'information. S. Granjeaud ICIM (bio)informaticien Quelques pistes pour gérer et analyser l'information S. Granjeaud ICIM (bio)informaticien Contrôle Qualité en DIGE Contrôle Qualité en DIGE Contrôle Qualité en DIGE Statistiques en DIGE Statistiques en

Plus en détail

Infrastructure informatique et bioinformatique. protéines à haut-débit

Infrastructure informatique et bioinformatique. protéines à haut-débit Journée Protéomique - INRIA Montbonnot 1er juin 2006 Infrastructure informatique et bioinformatique pour l identification de protéines à haut-débit R. Lavigne D. Ousmanou C. Pineau Plate-forme Protéomique

Plus en détail

L étude des gènes et des protéines facilitée par l utilisation du web service ProteINSIDE

L étude des gènes et des protéines facilitée par l utilisation du web service ProteINSIDE L étude des gènes et des protéines facilitée par l utilisation du web service ProteINSIDE KASPRIC Nicolas Thèse débutée en février 2013 Equipe Amuvi Encadrants : Muriel BONNET Brigitte PICARD Avec l appui

Plus en détail

Notions de bioinformatique

Notions de bioinformatique Notions de bioinformatique Souvent les avancées des biotechnologies ont été possibles du fait d avancées technologiques relevant d autres domaines que la biologie. - En juillet 1995 le séquençage d Haemophilus

Plus en détail

Biomarqueurs en Cancérologie

Biomarqueurs en Cancérologie Biomarqueurs en Cancérologie Définition, détermination, usage Biomarqueurs et Cancer: définition Anomalie(s) quantitative(s) ou qualitative(s) Indicative(s) ou caractéristique(s) d un cancer ou de certaines

Plus en détail

FORMULAIRE de soumission de PROJET de SEQUENÇAGE A HAUT DEBIT

FORMULAIRE de soumission de PROJET de SEQUENÇAGE A HAUT DEBIT Plate-forme Transcriptome et Epigénome (PF2) FORMULAIRE de soumission de PROJET de SEQUENÇAGE A HAUT DEBIT Séquençage des ARNs (RNA-seq, TSS mapping, mirna-seq) et de produits d immuno-précipitation de

Plus en détail

Plateforme de Recherche de Mutations. Vincent MEYER contact: pfm@genoscope.cns.fr

Plateforme de Recherche de Mutations. Vincent MEYER contact: pfm@genoscope.cns.fr Plateforme de Recherche de Mutations contact: pfm@genoscope.cns.fr La plateforme recherche de mutations La plateforme mutation: - Gis Institut des maladies rares et IbiSA. - Les instituts thématiques de

Plus en détail

Quelle (bio)informatique pour la protéomique?

Quelle (bio)informatique pour la protéomique? Quelle (bio)informatique pour la protéomique? Christophe Bruley - CEA Grenoble 1 Informatique pour la spectrométrie de masse Positionnement et activité de l équipe (bio)informatique Pas d activité qui

Plus en détail

Biologie Intégrative Projet Fédérateur Biogenouest

Biologie Intégrative Projet Fédérateur Biogenouest Biologie Intégrative Projet Fédérateur Biogenouest Coordinateurs: C. Pineau (INSERM U625 & PF protéomique BGO) D. Eveillard (LINA Université de Nantes UMR CNRS 6241) Animateur: Y. Le Bras (Biogenouest)

Plus en détail

LIPM-BIOINFO / BBRIC. Projet INRA Archive. Pérennité et partage des données

LIPM-BIOINFO / BBRIC. Projet INRA Archive. Pérennité et partage des données Projet INRA Archive Pérennité et partage des données Constat Progression exponentielle de la production des données de séquences (et autres) Fluctuation des politiques du SRA@NCBI ou ENA@EBI En outre,

Plus en détail

Big data et sciences du Vivant L'exemple du séquençage haut débit

Big data et sciences du Vivant L'exemple du séquençage haut débit Big data et sciences du Vivant L'exemple du séquençage haut débit C. Gaspin, C. Hoede, C. Klopp, D. Laborie, J. Mariette, C. Noirot, MS. Trotard bioinfo@genopole.toulouse.inra.fr INRA - MIAT - Plate-forme

Plus en détail

Le package XCMS pour l analyse de profils de chromatographie liquide spectrométrie de masse

Le package XCMS pour l analyse de profils de chromatographie liquide spectrométrie de masse JOURNÉE R Vendredi 24 mai 2013 Le package XCMS pour l analyse de profils de chromatographie liquide spectrométrie de masse Séverine ZIRAH (szirah@mnhn.fr) Muséum National d Histoire Naturelle, Département

Plus en détail

INFORMATIQUE : LOGICIELS TABLEUR ET GESTIONNAIRE DE BASES DE DONNEES

INFORMATIQUE : LOGICIELS TABLEUR ET GESTIONNAIRE DE BASES DE DONNEES MINISTERE DE LA COMMUNAUTE FRANCAISE ADMINISTRATION GENRALE DE L ENSEIGNEMENT ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE ENSEIGNEMENT DE PROMOTION SOCIALE DE REGIME 1 DOSSIER PEDAGOGIQUE UNITE DE FORMATION INFORMATIQUE

Plus en détail

Protéomique Séance 1 Introduction aux données de protéomique et aux outils de recherche

Protéomique Séance 1 Introduction aux données de protéomique et aux outils de recherche Protéomique Séance 1 Introduction aux données de protéomique et aux outils de recherche Mathieu Courcelles BCM2003 26 Mars 2009 BCM2003-H09 Protéomique Démonstrateur: Mathieu Courcelles Questions? Via

Plus en détail

Intégration de données multiéchelles pour caractériser la. qualité des fruits

Intégration de données multiéchelles pour caractériser la. qualité des fruits Intégration de données multiéchelles pour caractériser la qualité des fruits Workshop IN-OVIVE - PAFIA 02/07/2013 Julie Bourbeillon et François Vallée Contexte La pomme 1er fruit dans le panier de la ménagère

Plus en détail

Mise en place de serveurs Galaxy dans le cadre du réseau CATI BBRIC

Mise en place de serveurs Galaxy dans le cadre du réseau CATI BBRIC Mise en place de serveurs Galaxy dans le cadre du réseau CATI BBRIC {Sebastien.Carrere, Ludovic.Legrand,Jerome.Gouzy}@toulouse.inra.fr {Fabrice.Legeai,Anthony.Bretaudeau}@rennes.inra.fr CATI BBRIC 35 bioinformaticiens

Plus en détail

WASSELIN Thierry, BARTHELEMY Nicolas

WASSELIN Thierry, BARTHELEMY Nicolas Journée des Doctorants IPHC, 12/02/2010 500 750 1000 1250 1500 1750 2000 2250 2500 2750 m/z WASSELIN Thierry, BARTHELEMY Nicolas Directeur: VAN DORSSELAER Alain Laboratoire de Spectrométrie de Masse Bio-Organique

Plus en détail

Master de Bioinformatique et Biologie des Systèmes Toulouse http://m2pbioinfo.biotoul.fr Responsable : Pr. Gwennaele Fichant

Master de Bioinformatique et Biologie des Systèmes Toulouse http://m2pbioinfo.biotoul.fr Responsable : Pr. Gwennaele Fichant Master de Bioinformatique et Biologie des Systèmes Toulouse http://m2pbioinfo.biotoul.fr Responsable : Pr. Gwennaele Fichant Parcours: Master 1 : Bioinformatique et biologie des Systèmes dans le Master

Plus en détail

La base de données PROTICdb 2 pour la protéomique: nouveautés et perspectives. III ème Rencontre des plate-formes protéomiques de la région PACA

La base de données PROTICdb 2 pour la protéomique: nouveautés et perspectives. III ème Rencontre des plate-formes protéomiques de la région PACA La base de données PROTICdb 2 pour la protéomique: nouveautés et perspectives III ème Rencontre des plate-formes protéomiques de la région PACA La base de données PROTICdb 2 pour la protéomique Gestion

Plus en détail

CONSEIL STRATÉGIQUE. Services professionnels. En bref

CONSEIL STRATÉGIQUE. Services professionnels. En bref Services professionnels CONSEIL STRATÉGIQUE En bref La bonne information, au bon moment, au bon endroit par l arrimage des technologies appropriées et des meilleures pratiques. Des solutions modernes adaptées

Plus en détail

Comment se repérer parmi les différents régimes de financements associés au programme Coopération du 7 ème PCRD?

Comment se repérer parmi les différents régimes de financements associés au programme Coopération du 7 ème PCRD? Comment se repérer parmi les différents régimes de financements associés au programme Coopération du 7 ème PCRD? Novembre / Décembre 2008 Par Caroline Gérard Chaque sujet de recherche inscrit dans un appel

Plus en détail

Peu de peptides (petite protéine) Pas de hit en MS Mais signal suffisant pour fragmenter et donc identification MSMS

Peu de peptides (petite protéine) Pas de hit en MS Mais signal suffisant pour fragmenter et donc identification MSMS Séquence epérimentale d analyse MALDI Robot digester Digestion enzymatique «in gel» Dépôt sur cible MALDI : PAC acquisition MS Spectre de masse des peptides Recherche Mascot PMF Dépôt sur PAC acquisition

Plus en détail

MANUEL QUALITÉ. Plate-forme Biopuces Toulouse. selon la norme ISO 9001 version 2008

MANUEL QUALITÉ. Plate-forme Biopuces Toulouse. selon la norme ISO 9001 version 2008 1 MANUEL QUALITÉ Plate-forme Biopuces Toulouse selon la norme ISO 9001 version 2008 135, avenue de Rangueil - 31077 TOULOUSE CEDEX 4 Tél. 05 61 55 96 87 - fax 05 61 55 94 00 http://biopuce.insa-toulouse.fr

Plus en détail

Introduction à l analyse statistique et bioinformatique des puces à ADN

Introduction à l analyse statistique et bioinformatique des puces à ADN Formation INSERM 10 février 2004 Introduction à l analyse statistique et bioinformatique des puces à ADN Gaëlle Lelandais lelandais@biologie.ens.fr 1 Première Partie Analyse d une puce à ADN : Le recherche

Plus en détail

PHARMACIEN POLYTECHNICIEN SCIENCES CHIMIQUES VERSUS DE LA SANTÉ SCIENCES BIOLOGIQUES?

PHARMACIEN POLYTECHNICIEN SCIENCES CHIMIQUES VERSUS DE LA SANTÉ SCIENCES BIOLOGIQUES? PHARMACIEN POLYTECHNICIEN DE LA SANTÉ SCIENCES CHIMIQUES VERSUS SCIENCES BIOLOGIQUES? Professeur Pascale Cohen Professeur Marc Leborgne ISPB-Pharmacie Université Lyon I Quelle est la place actuelle de

Plus en détail

Feuille de Route pour la Conservation du Patrimoine Culturel Numérique

Feuille de Route pour la Conservation du Patrimoine Culturel Numérique Feuille de Route pour la Conservation du Patrimoine Culturel Numérique Contexte Le projet DCH-RP - Feuille de route pour la conservation du patrimoine culturel numérique est une action de coordination

Plus en détail

Fida KHATER & Abdoulaziz MOUSSA 03 mars 2012 - Journée Portes Ouvertes à l'um2

Fida KHATER & Abdoulaziz MOUSSA 03 mars 2012 - Journée Portes Ouvertes à l'um2 DEVELOPPEMENT D UNE INTERFACE GRAPHIQUE : LOCAL WEB GUI FOR BLAST (LWBG), POUR LES TRAITEMENTS DE DONNEES BIOLOGIQUES Fida KHATER & Abdoulaziz MOUSSA 03 mars 2012 - Journée Portes Ouvertes à l'um2 Plan

Plus en détail

TRANSPORT DE VOYAGEURS

TRANSPORT DE VOYAGEURS ATTENTION VISUEL BASSE DEF!!! FORMATION Transport LICENCE PROFESSIONNELLE TRANSPORT DE VOYAGEURS Le transport de voyageurs revêt différentes formes : transport urbain, inter-urbain, ou voyages touristiques

Plus en détail

Projet de développement du module de gestion de PPEAO, version 2

Projet de développement du module de gestion de PPEAO, version 2 Gestion et mise à jour d une base de données sur les Peuplements de poissons et la Pêche artisanale des Ecosystèmes estuariens, lagunaires ou continentaux d Afrique de l Ouest Projet de développement ECOUTIN

Plus en détail

Annotation de protéines

Annotation de protéines JS Varré Université Lille 1 jean-stephane.varre@lifl.fr http://www.lifl.fr/~varre jean-stephane.varre@lifl.fr 1 / Pourquoi faire de l annotation automatique de protéines? Il est difficile de trouver expérimentalement

Plus en détail

Système de Gestion de Fichiers

Système de Gestion de Fichiers Chapitre 2 Système de Gestion de Fichiers Le système de gestion de fichiers est un outil de manipulation des fichiers et de la structure d arborescence des fichiers sur disque et a aussi le rôle sous UNIX

Plus en détail

Plan. Comparaison de 2 séquences. Dotplot, alignement optimal Recherche de similarité. Alignement multiple. Phylogénie moléculaire

Plan. Comparaison de 2 séquences. Dotplot, alignement optimal Recherche de similarité. Alignement multiple. Phylogénie moléculaire Plan 1 Banques de données 2 Comparaison de 2 séquences Dotplot, alignement optimal Recherche de similarité 3 Alignement multiple l 4 Phylogénie moléculaire Recherche de similarité 1 séquence (Query) comparée

Plus en détail

PNV 2009. Travaux dirigés n 1

PNV 2009. Travaux dirigés n 1 PNV 2009 Travaux dirigés n 1 Le maintien du statut hydrique est une contrainte majeure pour la croissance et le développement des plantes terrestres. Ces organismes peuvent en particulier être soumis à

Plus en détail

Série : STL Spécialité biotechnologies SESSION 2014 BACCALAURÉAT TECHNOLOGIQUE

Série : STL Spécialité biotechnologies SESSION 2014 BACCALAURÉAT TECHNOLOGIQUE BACCALAURÉAT TECHNLGIQUE Série : STL Spécialité biotechnologies SESSIN 2014 CBSV : sous épreuve coefficient 4 Biotechnologies : sous épreuve coefficient 4 Durée totale de l épreuve: 4 heures Les sujets

Plus en détail

Génomique et GPU. Jean Michel Batto jean-michel.batto@jouy.inra.fr

Génomique et GPU. Jean Michel Batto jean-michel.batto@jouy.inra.fr Génomique et GPU Jean Michel Batto jean-michel.batto@jouy.inra.fr INRA, Laboratoire de Génétique Microbienne Centre de Recherche de Jouy en Josas (78) Forum TER@TEC, Ecole Supélec (91), 1 er Juillet 2009

Plus en détail

Résumé de thèse de David Kieffer. Titre : Études Bio-informatiques et statistiques des mécanismes de l infidélité de la transcription.

Résumé de thèse de David Kieffer. Titre : Études Bio-informatiques et statistiques des mécanismes de l infidélité de la transcription. Résumé de thèse de David Kieffer Titre : Études Bio-informatiques et statistiques des mécanismes de l infidélité de la transcription. Dans le cadre de la lutte contre le cancer, l'entreprise Genclis (Genomic

Plus en détail

Les bases de données transcriptionnelles en ligne

Les bases de données transcriptionnelles en ligne Les bases de données transcriptionnelles en ligne Différents concepts en régulation transcriptionnelle sites de fixation - in vitro/vivo? - quelle technique? - degré de confiance? facteur de transcription

Plus en détail

Automatisation des copies de systèmes SAP

Automatisation des copies de systèmes SAP Pour plus d informations sur les produits UC4 Software, visitez http://www.liftoff-consulting.com/ Automatisation des copies de systèmes SAP Introduction Le thème de la copie des systèmes SAP est une source

Plus en détail

EMME : un environnement de gestion des métadonnées expérimentales

EMME : un environnement de gestion des métadonnées expérimentales EMME : un environnement de gestion des métadonnées expérimentales Basé sur l'utilisation de l'infrastructure ISA Cyril Monjeaud Ingénieur sur la plate-forme GenOuest, Rennes PLAN Introduction L'infrastructure

Plus en détail

SECRETARIAT : INTEGRATION DE LOGICIELS BUREAUTIQUES

SECRETARIAT : INTEGRATION DE LOGICIELS BUREAUTIQUES MINISTERE DE LA COMMUNAUTE FRANCAISE ADMINISTRATION GENERALE DE L ENSEIGNEMENT ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE ENSEIGNEMENT DE PROMOTION SOCIALE DE REGIME 1 DOSSIER PEDAGOGIQUE UNITE DE FORMATION SECRETARIAT

Plus en détail

NIMBUS TRAINING. Mise en œuvre d une SGBD dans toutes les étapes du projet. Déscription. Objectifs. Publics. Durée. Pré-requis

NIMBUS TRAINING. Mise en œuvre d une SGBD dans toutes les étapes du projet. Déscription. Objectifs. Publics. Durée. Pré-requis Mise en œuvre d une SGBD dans toutes les étapes du projet. Déscription A partir des retours d expérience, et des préconisations des éditeurs, présenter les facteurs clés de succès et les bonnes pratiques

Plus en détail

Analyses MALDI-TOF. Acquisition des spectres de masse en mode automatique

Analyses MALDI-TOF. Acquisition des spectres de masse en mode automatique Analyses MALDI-TOF Acquisition des spectres de masse en mode automatique Etape préliminaire : Afin d optimiser vos analyses en mode automatique, il est nécessaire de réaliser différentes séries d acquisition

Plus en détail

Analyse in silico de génomes, protéomes et transcriptomes. «Génomique comparative» V.2012.1. Protocole TD

Analyse in silico de génomes, protéomes et transcriptomes. «Génomique comparative» V.2012.1. Protocole TD Magistère Biotechnologies Analyse in silico de génomes, protéomes et transcriptomes «Génomique comparative» V.2012.1 Protocole TD Notes : Scripts et données sur : http://rna.igmors.u-psud.fr/gautheret/cours/analinsilico

Plus en détail

Programme de formation Trois jours de 9h à 12h et 13h à 17h

Programme de formation Trois jours de 9h à 12h et 13h à 17h Innovation - Prévention conseil - accompagnement - formation Programme de formation Trois jours de 9h à 12h et 13h à 17h «Formation des Membres du C.H.S.C.T.» Avec Suivi et Accompagnement d un an Contact

Plus en détail

II. A compter de 2008 : simplifier les prévisions budgétaires et faciliter la constatation des opérations

II. A compter de 2008 : simplifier les prévisions budgétaires et faciliter la constatation des opérations LA SIMPLIFICATION DU TRAITEMENT BUDGETAIRE DES OPERATIONS DE CESSIONS D IMMOBILISATIONS (A TITRE ONEREUX) Préalable : Les opérations de cession à titre gratuit s analysent comme des subventions d équipement

Plus en détail

Sécurité de données holistique. Comment protéger vos données sensibles contre toutes les menaces

Sécurité de données holistique. Comment protéger vos données sensibles contre toutes les menaces Comment protéger vos données sensibles contre toutes les menaces Sécurité de communications holistique Comment protéger vos données sensibles contre toutes les menaces Quand il s agit d informations relevant

Plus en détail

Plate-forme Bio-informatique. Laboratoire de Bio-informatique et de Génomique intégratives. Utilisateurs (public, privé )

Plate-forme Bio-informatique. Laboratoire de Bio-informatique et de Génomique intégratives. Utilisateurs (public, privé ) Plate-forme Bio-informatique Valorisation et soutien Laboratoire de Bio-informatique et de Génomique intégratives Recherche et développement collaboration Utilisateurs (public, privé ) Proposer des solutions

Plus en détail

Dossier de presse. L Anses lance son nouveau site Internet

Dossier de presse. L Anses lance son nouveau site Internet Dossier de presse L Anses lance son nouveau site Internet Diffuser-Expliquer-Partager www.anses.fr Contact presse : Elena Séité 01 49 77 27 80 elena.seite@anses.fr www.anses.fr Sommaire : L Anses lance

Plus en détail

A.MILLIET et J-C ROLIN

A.MILLIET et J-C ROLIN ANALYSE FONCTIONNELLE Analyse fonctionnelle - Analyse fonctionnelle externe : Expression du besoin (Bête à cornes), Identification des fonctions de service (Diagramme Pieuvre). - Analyse fonctionnelle

Plus en détail

De la biologie molécualire à la génomique

De la biologie molécualire à la génomique De la biologie molécualire à la génomique Pierre Neuvial École Nationale de la Statistique et de l Administration Économique Méthodes statistiques pour la biologie Plan du cours 1 Introduction à la biologie

Plus en détail

SPECIAL. n 50 Protéomique et Maladies Rares. Zofia Lipecka (www.zofialipecka.fr)

SPECIAL. n 50 Protéomique et Maladies Rares. Zofia Lipecka (www.zofialipecka.fr) SPECIAL n 50 Protéomique et Maladies Rares Zofia Lipecka (www.zofialipecka.fr) Association loi 1901. Membre du Conseil International des Sociétés d'électrophorèse (ICES). Siège Social : 5 Rue des Myrtilles

Plus en détail

COMPTE RENDU SUR L ÉTAT DE LA MISE EN OEUVRE RAPPORT AU COMITÉ DE VÉRIFICATION ET D ÉVALUATION (CVÉ) DU 25 SEPTEMBRE 2008.

COMPTE RENDU SUR L ÉTAT DE LA MISE EN OEUVRE RAPPORT AU COMITÉ DE VÉRIFICATION ET D ÉVALUATION (CVÉ) DU 25 SEPTEMBRE 2008. ÉVALUATION DE LA POLITIQUE DE 1996 SUR LE LOGEMENT DANS LES RÉSERVES (200750) DATE D APPROBATION DU CVÉ: 25/04/2008 POLITIQUES SOCIO-ÉCONOMIQUES ET OPÉRATIONS RÉGIONALES 1. L AINC profite de l évaluation

Plus en détail

Cumulo Numbio 2015. La révolution next-generation sequencing et les enjeux de l'expansion de la bioinformatique pour les biologistes.

Cumulo Numbio 2015. La révolution next-generation sequencing et les enjeux de l'expansion de la bioinformatique pour les biologistes. Cumulo Numbio 2015 La révolution next-generation sequencing et les enjeux de l'expansion de la bioinformatique pour les biologistes. Human genome sequence June 26th 2000: official announcement of the completion

Plus en détail

Un logiciel libre conçu pour aider à la validation des identifications en protéomique et pour mieux exploiter les données de séquençage de novo

Un logiciel libre conçu pour aider à la validation des identifications en protéomique et pour mieux exploiter les données de séquençage de novo Un logiciel libre conçu pour aider à la validation des identifications en protéomique et pour mieux exploiter les données de séquençage de novo Hélène Rogniaux & Dominique Tessier I.N.R.A. UR1268 Biopolymères

Plus en détail

La fonction ressources humaines et sa professionnalisation

La fonction ressources humaines et sa professionnalisation La fonction ressources humaines et sa professionnalisation Présentation d Alain Meignant 4ème Conférence Formation du Secteur de l Energie et des Mines Alger 20/11/2007 1 Conclusions d une étude auprès

Plus en détail

Examen de Génomique et Protéomique Fonctionnelle M2 BBSG (Mastères Recherche et Pro) 2 février 2006 Durée 3h. Partie1. Génomique fonctionnelle

Examen de Génomique et Protéomique Fonctionnelle M2 BBSG (Mastères Recherche et Pro) 2 février 2006 Durée 3h. Partie1. Génomique fonctionnelle Examen de Génomique et Protéomique Fonctionnelle M2 BBSG (Mastères Recherche et Pro) 2 février 2006 Durée 3h L examen comporte deux parties, l une axée sur la génomique fonctionnelle et l autre sur la

Plus en détail

exemple de végétaux exposés au benzène atmosphérique Sylvain Dumez sylvain.dumez@univ-lille2.fr

exemple de végétaux exposés au benzène atmosphérique Sylvain Dumez sylvain.dumez@univ-lille2.fr Approches écotoxicogénomiques et application à la biosurveillance exemple de végétaux exposés au benzène atmosphérique Sylvain Dumez sylvain.dumez@univ-lille2.fr Laboratoire des Sciences végétales et fongiques,

Plus en détail

Tutoriel Cloud IFB. IBI - 1 Utilisation de base du Cloud IFB

Tutoriel Cloud IFB. IBI - 1 Utilisation de base du Cloud IFB Tutoriel Cloud IFB IBI - 1 Utilisation de base du Cloud IFB Sommaire I. Créer un compte sur le cloud IFB II. Instancier une VM III. Echanger les données IV. Gérer les disques virtuels V. Utiliser un bureau

Plus en détail

Introduction pratique au Développement orienté Modèle Pierre Parrend, Mars 2005

Introduction pratique au Développement orienté Modèle Pierre Parrend, Mars 2005 MDA : Un Tutoriel Introduction pratique au Développement orienté Modèle Pierre Parrend, Mars 2005 1 Sommaire Table des matières 1 Sommaire 1 2 Introduction 2 2.1 A qui s adresse ce tutoriel......................

Plus en détail

Quelques termes-clef de biologie moléculaire et leur définition

Quelques termes-clef de biologie moléculaire et leur définition Acide aminé (AA) Quelques termes-clef de biologie moléculaire et leur définition Isabelle Quinkal INRIA Rhône-Alpes Septembre 2003 Petite molécule dont l enchaînement compose les protéines - on dit qu

Plus en détail

Respect des règles d hygiène

Respect des règles d hygiène Respect des règles d hygiène Le respect des bonnes pratiques d hygiène de fabrication, par chaque opérateur, constitue le préalable à toute démarche de maîtrise de la sécurité des aliments. Vérifier les

Plus en détail

Information aux parents. Les séquences en mathématique

Information aux parents. Les séquences en mathématique Information aux parents Les séquences en mathématique Un changement important La possibilité de choisir une séquence pour 4 e et 5 e secondaire n est plus un classement mais un véritable choix. Extrait

Plus en détail

Les microarrays: technologie pour interroger le génome

Les microarrays: technologie pour interroger le génome Les microarrays: technologie pour interroger le génome Patrick DESCOMBES patrick.descombes@frontiers-in-genetics.org Plate forme génomique NCCR Frontiers in Genetics Université de Genève http://genomics.frontiers-in-genetics.org

Plus en détail

Mascot VS Phenyx. Emmanuelle COM. Plate-forme protéomique Biogenouest, Rennes

Mascot VS Phenyx. Emmanuelle COM. Plate-forme protéomique Biogenouest, Rennes Mascot VS Phenyx Emmanuelle COM Plate-forme protéomique Biogenouest, Rennes Ecole chercheur publier et échanger les résultats des analyses protéomiques _ Grande Motte _ 16 juin 2009 Page 1 Procédure classique

Plus en détail

Les grandes bases de données en biologie et les. Guy Perrière. Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique. Forum «Big Data» 16 mai 2014

Les grandes bases de données en biologie et les. Guy Perrière. Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique. Forum «Big Data» 16 mai 2014 Les grandes bases de données en biologie et les problèmes associés Forum «Big Data» Guy Perrière Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique 16 mai 2014 Guy Perrière (PRABI) Forum «Big Data» 16 mai 2014 1 / 17

Plus en détail

Cinq années de mutualisa/on des ressources en calcul scien/fique au PSMN de l ENS Lyon

Cinq années de mutualisa/on des ressources en calcul scien/fique au PSMN de l ENS Lyon Cinq années de mutualisa/on des ressources en calcul scien/fique au PSMN de l ENS Lyon Hervé Gilquin 1 octobre 2012 Sommaire de la présenta/on Historique. Personnels Infrastructures. Fonc/onnement. Exemples.

Plus en détail

Le réseau professionnel des enseignants. Focus sur les fonctionnalités majeures

Le réseau professionnel des enseignants. Focus sur les fonctionnalités majeures Le réseau professionnel des enseignants Focus sur les fonctionnalités majeures LES GRANDES BRIQUES FONCTIONNELLES Briques fonctionnelles Réseau social professionnel Créer son profil, se présenter, constituer

Plus en détail

Cours 10136A: Configuration, gestion et maintenance des serveurs Windows Server 2008

Cours 10136A: Configuration, gestion et maintenance des serveurs Windows Server 2008 Cours 10136A: Configuration, gestion et maintenance des serveurs Windows Server 2008 Ce cours dirigé d une durée de 30 heures reprend le contenu des formations Windows Server 2008 à destination des spécialistes

Plus en détail

Introduction à la Bio-Informatique IFT3295/IFT6291/BIN6000. Nadia El-Mabrouk DIRO, Université de Montréal

Introduction à la Bio-Informatique IFT3295/IFT6291/BIN6000. Nadia El-Mabrouk DIRO, Université de Montréal Introduction à la Bio-Informatique IFT3295/IFT6291/BIN6000 Nadia El-Mabrouk DIRO, Université de Montréal Qu est-ce que la Bioinformatique? Qu est-ce que la Bio-informatique? Champs multi-disciplinaire

Plus en détail

L UTILISATION DE L INTERFACE DE MAINTENANCE ÉCLAIRAGE PUBLIC SOUS LATITUDE18.

L UTILISATION DE L INTERFACE DE MAINTENANCE ÉCLAIRAGE PUBLIC SOUS LATITUDE18. L UTILISATION DE L INTERFACE DE MAINTENANCE ÉCLAIRAGE PUBLIC SOUS LATITUDE18. Service Système d Information Géographique. Direction des Services Techniques. Introduction : Afin d améliorer le service apporté

Plus en détail

EMME : un environnement de gestion des métadonnées expérimentales

EMME : un environnement de gestion des métadonnées expérimentales EMME : un environnement de gestion des métadonnées expérimentales Basé sur l'utilisation d'isa Infrastructure Cyril Monjeaud Ingénieur sur la plate-forme GenOuest, Rennes PLAN Introduction ISA Infrastructure

Plus en détail

M06/5/COMSC/SP1/FRE/TZ0/XX INFORMATIQUE NIVEAU MOYEN ÉPREUVE 1. Mardi 2 mai 2006 (après-midi) 1 heure 30 minutes INSTRUCTIONS DESTINÉES AUX CANDIDATS

M06/5/COMSC/SP1/FRE/TZ0/XX INFORMATIQUE NIVEAU MOYEN ÉPREUVE 1. Mardi 2 mai 2006 (après-midi) 1 heure 30 minutes INSTRUCTIONS DESTINÉES AUX CANDIDATS IB INFORMATIQUE NIVEAU MOYEN ÉPREUVE 1 DIPLOMA PROGRAMME PROGRAMME DU DIPLÔME DU BI PROGRAMA DEL DIPLOMA DEL BI M06/5/COMSC/SP1/FRE/TZ0/XX 22067017 Mardi 2 mai 2006 (après-midi) 1 heure 30 minutes INSTRUCTIONS

Plus en détail

Projet ANR SAMOGWAS. Specific Advanced MOdels for Genome-wide Association Studies. Journée de lancement officielle. Nantes - vendredi 11 octobre 2013

Projet ANR SAMOGWAS. Specific Advanced MOdels for Genome-wide Association Studies. Journée de lancement officielle. Nantes - vendredi 11 octobre 2013 Projet ANR SAMOGWAS Specific Advanced MOdels for Genome-wide Association Studies Journée de lancement officielle Nantes - vendredi 11 octobre 2013 1 Les partenaires LINA Nantes GIGA-R Liège INSERM Nantes

Plus en détail

ProteomeBinders. Vers une infrastructure européenne de ressources pour les agents de liaison dirigés contre le protéome humain.

ProteomeBinders. Vers une infrastructure européenne de ressources pour les agents de liaison dirigés contre le protéome humain. ProteomeBinders Vers une infrastructure européenne de ressources pour les agents de liaison dirigés contre le protéome humain GT MaBioVis 27 mars 2008 Introduction ProteomeBinders Projet européen FP6 Participation

Plus en détail

INTRODUCTION À LA BIO-INFORMATIQUE

INTRODUCTION À LA BIO-INFORMATIQUE Biologie moléculaire-2016 1 INTRODUCTION À LA BIO-INFORMATIQUE Dans cette section, on désire vous donner une introduction sur l utilisation du site web du National Center for Biotechnology Information

Plus en détail

SyMeTRIC. projet régional pour le développement de la Médecine Systémique. alban.gaignard@univ-nantes.fr

SyMeTRIC. projet régional pour le développement de la Médecine Systémique. alban.gaignard@univ-nantes.fr SyMeTRIC projet régional pour le développement de la Médecine Systémique alban.gaignard@univ-nantes.fr portage scientifique : Jérémie Bourdon (LINA), Richard Redon (Inst. du Thorax) Systems Medicine Développer

Plus en détail

Évaluations des capacités des ONG humanitaires : répondent-elles à leur objectif? Résume

Évaluations des capacités des ONG humanitaires : répondent-elles à leur objectif? Résume Évaluations des capacités des ONG humanitaires : répondent-elles à leur objectif? Résume Juin 2015 REMERCIEMENTS ICVA remercie ses membres, son bureau et les partenaires de leurs cotisations, financements

Plus en détail

Comment reproduire les résultats de l article : POP-Java : Parallélisme et distribution orienté objet

Comment reproduire les résultats de l article : POP-Java : Parallélisme et distribution orienté objet Comment reproduire les résultats de l article : POP-Java : Parallélisme et distribution orienté objet Beat Wolf 1, Pierre Kuonen 1, Thomas Dandekar 2 1 icosys, Haute École Spécialisée de Suisse occidentale,

Plus en détail

Atelier 5/11/2013. Structure de la chromatine et marques épigénétiques

Atelier 5/11/2013. Structure de la chromatine et marques épigénétiques Atelier 5/11/2013 Structure de la chromatine et marques épigénétiques La chromatine ADN ADN + Histones = Nucleosome ADN + Protéines + ARNs = Chromatine Niveau extrême de condensation = Chromosome métaphasique

Plus en détail

TPS 5 : Prise en main du système de Développement IMAP137L. Préparation. Objectifs : Manipulation :

TPS 5 : Prise en main du système de Développement IMAP137L. Préparation. Objectifs : Manipulation : TPS 5 : Prise en main du système de Développement IMAP137L Préparation 1. Prendre connaissance de l annexe de ce TP et revoir les pages 110-126 du cours. 2. Quels sont les principaux constituants du Système

Plus en détail

SQL Server 2012 - SQL, Transact SQL Conception et réalisation d'une base de données

SQL Server 2012 - SQL, Transact SQL Conception et réalisation d'une base de données Le modèle relationnel 1. Introduction 9 2. Rappels sur le stockage des données 9 2.1 Les différentes catégories de données 10 2.1.1 Les données de base 10 2.1.2 Les données de mouvement 10 2.1.3 Les données

Plus en détail

Structures Familles, domaines et sites protéiques Ontologie Cluster de transcrits. O. Lecompte Bioinformatique

Structures Familles, domaines et sites protéiques Ontologie Cluster de transcrits. O. Lecompte Bioinformatique Banques Séquences nucléiques protéiques mixtes Structures Familles, domaines et sites protéiques Ontologie Cluster de transcrits PROSITE banque de motifs et de profils caractéristiques de domaines ou de

Plus en détail

Modalités d utilisation de la matériauthèque physique :

Modalités d utilisation de la matériauthèque physique : Guide d utilisation Innovathèque Alsace Grand-Est est une base de données qui référence plus de 2 000 échantillons, et s enrichit tous les ans d environ 200 nouveaux matériaux sélectionnés pour leurs caractères

Plus en détail

STAGE D INTEGRATION PROFESSIONNELLE : BACHELIER EN COMPTABILITE

STAGE D INTEGRATION PROFESSIONNELLE : BACHELIER EN COMPTABILITE MINISTERE DE LA COMMUNAUTE FRANCAISE ADMINISTRATION GENERALE DE L ENSEIGNEMENT ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE ENSEIGNEMENT DE PROMOTION SOCIALE DE REGIME 1 DOSSIER PEDAGOGIQUE UNITE DE FORMATION STAGE

Plus en détail

Retour sur les sessions

Retour sur les sessions Retour sur les sessions Session 1 : Modèles de données dans le cadre de systèmes d informations multi-sources en écologie Session 2 : Enrichissement et représentation de données multi-sources en écologie

Plus en détail

Système d informations : Intégrer des logiciels de gestion des activités périscolaires

Système d informations : Intégrer des logiciels de gestion des activités périscolaires Service Conseil et développement Système d informations : Intégrer des logiciels de gestion des activités périscolaires Mardi 6 octobre 2015 Salle Emeraude Rencontre 6 octobre 2015 Objectifs de cet atelier

Plus en détail

Renforcement de la surveillance des installations hydrauliques EDF HYDRAULIQUE Astrid HOTELLIER (EDF-DTG)

Renforcement de la surveillance des installations hydrauliques EDF HYDRAULIQUE Astrid HOTELLIER (EDF-DTG) Colloque sur les atouts de l hydraulique 26.11.13 Renforcement de la surveillance des installations hydrauliques EDF HYDRAULIQUE Astrid HOTELLIER (EDF-DTG) Disponibilité Sécurité/Sûreté Performance Maintenance

Plus en détail

DOSSIER PEDAGOGIQUE LABORATOIRE D ETUDES DE MARCHES ET STATISTIQUE APPLIQUEE

DOSSIER PEDAGOGIQUE LABORATOIRE D ETUDES DE MARCHES ET STATISTIQUE APPLIQUEE MINISTERE DE LA COMMUNAUTE FRANCAISE ADMINISTRATION GENERALE DE L ENSEIGNEMENT ENSEIGNEMENT DE PROMOTION SOCIALE DE REGIME 1 DOSSIER PEDAGOGIQUE UNITE D ENSEIGNEMENT LABORATOIRE D ETUDES DE MARCHES ET

Plus en détail

ETUDES DE MARCHES ET STATISTIQUE APPLIQUEE

ETUDES DE MARCHES ET STATISTIQUE APPLIQUEE MINISTERE DE LA COMMUNAUTE FRANCAISE ADMINISTRATION GENERALE DE L ENSEIGNEMENT ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE ENSEIGNEMENT DE PROMOTION SOCIALE DE REGIME 1 DOSSIER PEDAGOGIQUE UNITE DE FORMATION ETUDES

Plus en détail

VOXLOG CAPTURE AUDIO. Solution de. et de DONNÉES ASSOCIÉES ************************************************

VOXLOG CAPTURE AUDIO. Solution de. et de DONNÉES ASSOCIÉES ************************************************ Solution de CAPTURE AUDIO et de DONNÉES ASSOCIÉES ************************************************ Gagner du temps Diminuer le temps passé sur les procès-verbaux et améliorer votre précision lors de la

Plus en détail

Travaux pratiques. avec. WordPress. Karine Warbesson

Travaux pratiques. avec. WordPress. Karine Warbesson Travaux pratiques avec WordPress Karine Warbesson Toutes les marques citées dans cet ouvrage sont des marques déposées par leurs propriétaires respectifs. Mise en pages réalisée par ARCLEMAX Illustration

Plus en détail

ENRICHISSEZ VOS REFERENCES BANCAIRES!

ENRICHISSEZ VOS REFERENCES BANCAIRES! ENRICHISSEZ VOS REFERENCES BANCAIRES! CONTEXTE Mars 2000 Mise en place du projet SEPA, espace de paiement européen unifié, par les pays membres de l'epc (Conseil européen des paiements) lors du Conseil

Plus en détail

Post-traitement et analyse des données

Post-traitement et analyse des données V. Garcia J. Dupiot Post-traitement et analyse des données PAGE 1 Post-traitement et analyse des données Post-traitement. Production des séquences Evaluation de la qualité de séquençage Analyse / pipeline

Plus en détail