COURS DE BACTERIOLOGIE MEDICALE
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- Marie-Jeanne Aubin
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1 Centre d Enseignement COURS DE BACTERIOLOGIE MEDICALE - SESSION Organisé conjointement par l Institut Pasteur et la Collégiale des " Microbiologistes Hospitalo - Universitaires"! DU 21 Mars AU 13 Mai 2011
2 COURS DE BACTERIOLOGIE MEDICALE - Session Organisé conjointement par l Institut Pasteur et la Collégiale des "Microbiologistes Hospitalo -Universitaires" C e cours a pour but d aborder la Bactériologie Médicale. Son premier objectif est d étudier les caractères nécessaires au diagnostic d une grande diversité de genres bactériens isolés en laboratoire médical, vétérinaire, pharmaceutique et industriel. Ceci sera réalisé au moyen de techniques classiques conventionnelles et de galeries rapides couramment utilisées en laboratoire. Son second objectif est d étudier les quelques espèces représentant ces genres bactériens afin d illustrer les caractères différentiels de genre. Les diagnostics différentiels d espèces seront apportés par des travaux dirigés, des démonstrations, des diapositives et de la bibliographie. Son approche médicale est renforcée par l étude des prélèvements et leurs isolements sur milieux sélectifs, ainsi que par la réalisation et l interprétation d antibiogrammes. Les techniques de Biologie Moléculaire, faites en travaux pratiques, seront celles appliquables et utiles aux diagnostics bactériologiques. Ce Cours a lieu au CENTRE D'ENSEIGNEMENT de l'institut Pasteur Pavillon Louis Martin 28, rue du Docteur Roux PARIS CEDEX 15 CONFERENCES : Salle N 1 TRAVAUX PRATIQUES : 1 er Etage
3 1 ère SEMAINE Lundi 21 Mars Martine KIREDJIAN, Isabelle LEQUEUTRE, Guylène K OUAS, Michel THIBAULT 9:00-10:00 Accueil des étudiants et présentation du cours. Patrick TRIEU-CUOT Marie-Hélène NICOLAS-CHANOINE (HOPITAL BEAUJON -92 CLICHY) Michel SIMONET (CHU 59 LILLE) 10 :00-12:30 Biodiversité et génétique des populations microbiennes Sylvain BRISSE 13 :30-16:00 Physiologie et métabolisme Odile BOUVET (INSERM U.722 FACULTE DE MEDECINE XAVIER BICHAT PARIS) 16 :15... TRAVAUX PRATIQUES : Etude d une souche bactérienne pure : Isolement, Etat Frais et Gram Mardi 22 Mars 9 :00-11 :00 Génétique Bactérienne Patrick TRIEU-CUOT 11:15-13:15 Antibiotiques : Structure et mode d action Laurent GUTMANN (HOPITAL EUROPEEN GEORGES POMPIDOU - PARIS ) 14:00-16:00 Antibiotiques : Mécanismes de résistance Roland LECLERCQ (CHU de CAEN 14 CAEN) 16 :00. TRAVAUX PRATIQUES : Etude d une souche pure d entérobactérie : Ensemencement des caractères de famille et antibiogrammes Mercredi 23 Mars 9:00-11:30 Entérobactéries Martine KIREDJIAN 11:45-13:15 Entérobactéries (sensibilité aux antibiotiques) Alain PHILIPPON (GROUPE HOSPITALIER COCHIN St VINCENT DE PAUL 75 PARIS) 14:00... TRAVAUX PRATIQUES : Etude d une souche pure d entérobactérie : Ensemencement des caractères d espèce Lecture des antibiogrammes Jeudi 24 Mars 9:00-11:15 Le genre Shigella Muriel MACE 11:30-13:30 Pseudomonas Katy JEANNOT-PLESIAT 14:15... TRAVAUX PRATIQUES : Etude d une souche pure d entérobactérie : Lecture des galeries Vendredi 25 Mars 9:00-11:00 Salmonella François-Xavier WEILL 11:15-13:15 Yersinia Michel SIMONET (CHU 59 LILLE) 14:00-16:00 Génomes et diversité bactérienne Philippe GLASER 16:00... TRAVAUX PRATIQUES : Bilan de la semaine et discussion des résultats
4 2 ème SEMAINE Lundi 28 Mars Martine KIREDJIAN, Isabelle LEQUEUTRE, Guylène K OUAS, Michel THIBAULT 9:00-11:00 Epidémiologie : marqueurs moléculaires Marie-Hélène NICOLAS-CHANOINE (HOPITAL BEAUJON - CLICHY) 11:15-13:00 Campylobacter Francis MEGRAUD (CHU BORDEAUX II VICTOR SEGALEM - 33 BORDEAUX) 14:00... TRAVAUX PRATIQUES : Etude d un mélange (J1) Etude d une souche pure (1 ère série) : Ensemencer les caractères de genre et d espèce Ensemencer les antibiogrammes Mardi 29 Mars 9:00-10:15 Identification bactérienne par spectrométrie de masse de Etienne CARBONNELLE type MALDI-TOF (HOPITAL EUROPEEN GEORGES POMPIDOU 75 PARIS) 10:30-13:00 Milieux de culture Olivier GAILLOT (CHU 59 LILLE) 14:00... TRAVAUX PRATIQUES : Etude d un mélange (J2) Lecture des galeries (1 ère série) Lecture des antibiogrammes Extraction ADN et PCR Mercredi 30 Mars 8 :30-9 :00 TRAVAUX PRATIQUES : Electrophorèse des amplifiats 9:00-10:45 Stenotrophomonas, Burkholderia et Flavobactéries : Christine SEGONDS Taxonomie et identification (CHU-PURPAN 31 TOULOUSE) 11:00-12:30 Stenotrophomonas, Burkholderia et Flavobactéries : Christine SEGONDS sensibilité aux antibiotiques (CHU-PURPAN 31 TOULOUSE) 14:00... TRAVAUX PRATIQUES : Etude d un mélange (J3 et fin) Etude d une souche pure (2 ème série) : Ensemencer les caractères de genre et d espèce Ensemencer les antibiogrammes Analyse des réultats de la PCR Jeudi 31 Mars 9:00-11:00 Vibrio Marie-Laure QUILICI 11:15-12:30 Prélèvements bactériologiques Etienne CARBONNELLE (HOPITAL EUROPEEN GEORGES POMPIDOU 75 PARIS) 14:00... TRAVAUX PRATIQUES : Lecture des galeries (2 eme série) Lecture des antibiogrammes Vendredi 1 er Avril 9:00-11:00 Principes des techniques de biologie moléculaire appliquées Julien LOUBINOUX aux diagnostics bactériologiques (HÔPITAL COCHIN Service Bactériologie 75 PARIS) 11:15-13:15 Escherichia coli entéropathogènes et entérohémorragiques Patricia MARIANI (HOPITAL ROBERT DEBRE -75 PARIS) 14:00-15:30 Démonstration internet en bactériologie Alain PHILIPPON (GROUPE HOSPITALIER COCHIN St VINCENT DE PAUL 75 PARIS) 15:30... TRAVAUX PRATIQUES : Bilan de la semaine et discussion des résultats
5 3 ème SEMAINE Martine KIREDJIAN, Isabelle LEQUEUTRE, Guylène K OUAS, Michel TIBAULT Lundi 4 Avril 10:00-12:00 Pasteurella-Actinobacillus Olivier GAILLOT (CHU LILLE 59 LILLE) 14:00... TRAVAUX PRATIQUES : Présentation de la semaine Etude de 2 souches pures (1 ère série) Ensemencer les caractères de genre Mardi 5 Avril 9:00-11:00 Haemophilus et bactéries du groupe HACEK Olivier GAILLOT (CHU LILLE 59 LILLE) 11:15-13:15 Acinetobacter Marie-Laure JOLY-GUILLOU (CHU ANGERS 49 ANGERS) 14:00... TRAVAUX PRATIQUES : Etude des 2 souches pures (1 ère série) Ensemencer les caractères d espèce Mercredi 6 Avril 9:00-11:00 Neisseria et Branhamella Muhamed-Kheir TAHA 11:15-13:15 Entérocoques Jean-Luc MAINARDI (HÔPITAL EUROPEEN GEORGES POMPIDOU 75 PARIS) 14:00... TRAVAUX PRATIQUES : Etude de souches pures (1 ère série) : Lecture des caractères Début de la 2 ème série d identification : Ensemencer les caractères de genre Jeudi 7 Avril 9:00-12:00 Bordetella (Cours et démonstration) Nicole GUISO 14:00... TRAVAUX PRATIQUES : Etude des 2 souches pures (2 ème série) Ensemencer les caractères d espèces Extraction d ADN et PCR Vendredi 8 Avril 9:00-11:00 Impact de l antibiothérapie sur les écosystèmes Antoine ANDREMONT bactériens humains (GROUPE HOSPITALIER BICHAT CLAUDE BERNARD 75 PARIS) 13:30... TRAVAUX PRATIQUES : Etude de souches pures (2 ème série) : lecture des caractères Electrophorèse et analyse résultats de la PCR Bilan de la semaine et discussion des résultats
6 4 ème SEMAINE Isabelle LEQUEUTRE, Guylène K OUAS, Julien LOUBINOUX, Céline PLAINVERT, Olivier POUPEL, Michel THIBAULT Lundi 11 Avril 9:30-10:15 TRAVAUX PRATIQUES :Identification bactérienne Antibiogramme 10:30-12:30 Streptocoques et germes apparentés Claire POYART (GROUPE HOSPITALIER COCHIN St VINCENT DE PAUL 75 PARIS) 13:30... TRAVAUX PRATIQUES : Suite Mardi 12 Avril 9:00-11:00 Hélicobacter Josette RAYMOND (GROUPE HOSPITALIER COCHIN St VINCENT DE PAUL 75 PARIS) 11:15-13:15 Pneumocoques Emmanuelle VARON (HÔPITAL EUROPEEN GEORGES POMPIDOU 75 PARIS) 14:00... TRAVAUX PRATIQUES : Identification bactérienne Antibiogramme Mercredi 13 Avril 10:30-12:30 Staphylocoques : taxonomie, résistance aux antibiotiques François VANDENESCH et pouvoir pathogène (HÖPITAL LOUIS PRADEL 69 BRON/LYON) 14: TRAVAUX PRATIQUES : Identification bactérienne Antibiogramme Jeudi 14 Avril 10:15-12:15 Corynébactéries Philippe RIEGEL (INSTITUT DE BACTERIOLOGIE 67 STRASBOURG) 14: Mycoplasma et ureaplasma (cours + démonstration) Cécile BEBEAR (CHU BORDEAUX II VICTOR SEGALEN 33 BORDEAUX) Vendredi 15 Avril 10:15-13:15 Chlamydiae (cours + démonstration) Bertille DE BARBEYRAC (CHU BORDEAUX II VICTOR SEGALEN 33 BORDEAUX) 14:00... TRAVAUX PRATIQUES : Identification bactérienne Discussion des résultats
7 5 ème SEMAINE Philippe BOUVET, Michel-Robert POPOFF, Christelle MAZUET, Guylène K OUAS, Lundi 18 Avril 9:30-10:30 Bactériologie Anaérobie : Généralité Michel-Robert POPOFF 10:45-13:00 Physiologie, taxonomie et identification Philippe BOUVET Anaérobies à Gram positif 13:30... TRAVAUX PRATIQUES : Pré-identification de différentes souches. Antibiogrammes Mardi 19 Avril 9:30-11:15 Anaérobies non sporulées à Gram négatif (1) : Philippe BOUVET Taxonomie, identification 11:30-13:30 Les cocci anaérobies : principaux genres et Hélène MARCHANDIN intérêt d une approche polyphasique (HOPITAL ARNAUD DE VILLENEUVE 34 MONTPELLIER) dans la taxonomie des nouvelles espèces 14:00... TRAVAUX PRATIQUES : Lecture des caractères de J1 Ensemencement : API 32A - Portoir complémentaire Recherche de C. botulinum par PCR Mercredi 20 Avril 9:30-10:15 Anaérobies non sporulés à Gram négatif (2) : Philippe BOUVET Pouvoir pathogène 10:30-13:00 TRAVAUX PRATIQUES : Résultats PCR Lecture des galeries classiques Atelier Clostridium difficile Pré-identification de non-sporulés Antibiogrammes Recherche de gènes de toxines de C. perfringens par PCR 13:30-15:00 Résistance aux antibiotiques Thierry LAMBERT (FACULTE DE PHARMACIE 92 CHATENAY-MALABRY) 15:00... TRAVAUX PRATIQUES : Suite Jeudi 21 Avril 9:30-12:00 Clostridium toxinogènes Michel-Robert POPOFF 13:30-14 :30 Quand et comment rechercher les bactéries anaérobies? Francine MORY (CHU NANCY 54 NANCY) 14:30... TRAVAUX PRATIQUES : Lecture des galeries conventionnelles Antibiogrammes (E - test) Recherche de gènes de toxines de C. perfringens par PCR Vendredi 22 Avril 9:00-10:30 Clostridium difficile : Pouvoir pathogène Frédéric BARBUT et épidémiologie (HÔPITAL SAINT-ANTOINE 75 PARIS) 10:45-12:45 Le microbiote intestinal : Patricia LEPAGE Principales caractéristiques, moyens d étude (INRA JOUY-EN-JOSAS) 13:30... TRAVAUX PRATIQUES : Résultats PCR Lecture des tests de pré-identification Lecture des antibiogrammes Discussion
8 6 ème SEMAINE Lundi 25 Avril Nadine LEMAITRE, Isabelle PODGLAJEN, Michel THIBAULT, Guylène K OUAS *** FERIE PAQUES*** Mardi 26 Avril 9:00-10:30 Agents du bioterrorisme Patrick BERCHE (GROUPE HOSPITAHLIER NECKER ENFANTS MALADES 75 PARIS) 10:45-13:15 Les Mycobactéries Nicolas VESIRIS (HOPITAL PITIE SALEPETRIERE - 75 PARIS) 14:00... TRAVAUX PRATIQUES : Nadine LEMAITRE Acido-alcoolo-résistance et examen microscopique (CHU LILLE 59 LILLE) TRAVAUX DIRIGES : Les prélèvements pour recherche de mycobactéries Mise en culture, Identification des bacilles de la tuberculose : tests phénotypiques et moléculaires Mercredi 27 Avril 9:00-11:00 Leptospira Mathieu PICARDEAU 11:00-12:30 Borrelia Benoît JAULHAC (INSTITUT DE BACTERIOLOGIE 67 STRASBOURG) 14:00... TRAVAUX DIRIGES : Nadine LEMAITRE Identification des mycobactéries atypiques par tests phénotypiques (CHU LILLE 59 LILLE) et moléculaires Antibiogrammes des mycobactéries : Bacilles de la tuberculose et mycobactéries atypiques Typage moléculaire des bacilles de la tuberculose Jeudi 28 Avril 9:00-11:00 Bartonella (taxonomie - épidmiologie) Henri-Jean BOULOUIS (ENVA 94 MAISON ALFORT) 14:00... TRAVAUX PRATIQUES et DEMONSTRATIONS : Isabelle PODGLAJEN Legionella (HÔPITAL EUROPEEN GEORGES POMPIDOU 75 PARIS) Vendredi 29 Avril 9:30... Brucella (cours + démonstrations) Bruno GARIN-BASTUJI / David ALBERT (AFSSA- 94 MAISON ALFORT) 14:00-15:30 Syphillis Nicolas DUPIN (IHÔPITAL TARNIER 75 PARIS)
9 7 ème SEMAINE Patrick TRIEU-CUOT, Michel THBAULT, Isabelle LEQUEUTRE, Guylène K OUAS Lundi 2 Mai 8:30-9:45 TRAVAUX PRATIQUES : Extraction de l ADN 10:30-12:30 Rickettsies Pierre-Edouard FOURNIER (UNIVERSITE DE LA MEDITERRANEE 13 MARSEILLE) 13:30... TRAVAUX PRATIQUES : Extraction de l ADN (suite) PCR (ARN 16S, SodA) Mardi 3 Mai 11:15-13:15 Légionella Sophie JARRAUD (HÔPITAL EDOUARD HERRIOT 69 LYON) 13:30... TRAVAUX PRATIQUES : Electrophorèse des amplifiats (suite) Séquençage Mercredi 4 Mai 11:15-13:15 Listeria Marc LECUIT 13:30... TRAVAUX PRATIQUES : Analyse des séquences et identification Jeudi 5 Mai 9:30-12:00 Nouveaux agents infectieux Michel DRANCOURT (UNIVERSITE DE LA MEDITERRANEE 13 MARSEILLE) 13:30... TRAVAUX PRATIQUES : Analyse des séquences et identification (suite) Vendredi 6 Mai 9:00... TRAVAUX PRATIQUES (suite et fin) 11: 00-13:30 Nocardia Patrick BOIRON (FACULTE DE PHARMACIE 69 LYON)
10 8 ème SEMAINE DU LUNDI 9 AU VENDREDI 13 MAI EXAMEN ECRIT ET TRAVAUX PRATIQUES
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