LA BIOSÉCURITÉ DANS LES ÉLEVAGES BOVINS LAITIERS

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1 ÉCOLE NATIONALE VÉTÉRINAIRE D ALFORT Année 2013 LA BIOSÉCURITÉ DANS LES ÉLEVAGES BOVINS LAITIERS THÈSE Pour le DOCTORAT VÉTÉRINAIRE Présentée et soutenue publiquement devant LA FACULTÉ DE MÉDECINE DE CRÉTEIL le par Nicolas, Louis, Raymond VALLARINO Né le 27 juin 1989 à Paris 13 ème (Paris) JURY Président : Pr. Professeur à la Faculté de Médecine de CRÉTEIL Membres Directeur : Mr MILLEMANN Yves Professeur à l ENVA, Pathologie du Bétail Assesseur : Mr BOSSE Philippe Professeur à l ENVA, Zootechnie Invité : Mr HESKIA Bernard Professeur contractuel à l ENVA, Pathologie du Bétail

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5 REMERCIEMENTS Au Professeur De la Faculté de Médecine de Créteil, Pour nous avoir fait l honneur d accepter la présidence de notre jury de thèse Hommage respectueux. A Monsieur Yves Millemann, Professeur à l École Nationale Vétérinaire d Alfort Pour avoir dirigé cette thèse Pour son aide au cours de la réalisation de ce travail et son encadrement Sincères remerciements. A Monsieur Philippe Bossé, Professeur à l École Nationale Vétérinaire d Alfort Pour sa participation à la correction de ce travail et ses conseils avisés Sincères remerciements. A Monsieur Bernard Heskia, Professeur contractuel à l École Nationale Vétérinaire d Alfort Pour l intérêt qu il a porté à ce travail et son soutien précieux dans sa réalisation Sincères remerciements.

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7 A tous les Vétérinaires que j ai croisés durant mes études, Pour votre patience et votre pédagogie à mon égard. A ma mère, Pour tout l amour, la confiance et le soutien que tu m as apportés au cours de ma vie malgré un quotidien par toujours facile. A mon frère, Pour avoir toujours été présent à mes côtés. A Céline, Pour tout ce que nous avons partagé ensemble. A tous mes amis, Simplement pour ce que vous êtes. A Alfort, Cette belle école.

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9 TABLE DES MATIÈRES LISTE DES FIGURES LISTE DES TABLEAUX INTRODUCTION PREMIÈRE PARTIE : OBJECTIFS DE LA BIOSÉCURITÉ B DANS UN ÉLEVAGE LAITIER LA PATHOLOGIE COLLECTIVE EN ÉLEVAGE LAITIER QUELQUES RAPPELS D ÉPIDÉMIOLOGIE Notions de sensibilité et de réceptivité Sources d agents pathogènes Individus vivants Environnement Animaux morts et produits d origine animale Existence de différents modes de transmission Maladies contagieuses Maladies non contagieuses et transmission par vecteur LES MALADIES USUELLES À CONSIDÉRER Statistiques des élevages laitiers français Les maladies du veau Spécificités du veau laitier Étiologie et clinique des principales maladies des veaux Les mammites des vaches laitières Définitions et étiologie Facteurs épidémiologiques appliqués aux mammites Les maladies contagieuses Les maladies de première catégorie Les maladies de seconde catégorie et les maladies certifiées GRANDS PRINCIPES DE LA BIOSÉCURITÉ EMPÊCHER L INTRODUCTION DE NOUVELLES MALADIES DANS L ÉLEVAGE : LA BIOSÉCURITÉ EXTERNE Quarantaine systématique des animaux entrants Gestion des flux de personnes et de matériel Classement des visiteurs par catégorie Mesures de circulation et d hygiène pour les personnes Contaminations entre élevages voisins LIMITER LA PROPAGATION INTERNE D AGENTS PATHOGÈNES : LA BIOSÉCURITÉ INTERNE Restriction des contacts entre ateliers distincts Séparation des animaux par classes d âge et statuts Organisation du travail Ordre chronologique dans les différentes tâches Hygiène du personnel DEUXIÈME PARTIE : CRÉATION ET MISE EN PLACE D UN PLAN DE BIOSÉCURITÉ LES ZONES DE VIE ET DE PRODUCTION DES ANIMAUX INFORMATIONS ET MATÉRIELS DESTINÉS AUX PERSONNES Affichage des consignes Contrôle des véhicules et installation de rotoluves Hygiène des visiteurs et du personnel Installation de pédiluves et désinfection des bottes Distribution de matériel à usage unique

10 ORGANISATION DES BÂTIMENTS Conception des bâtiments Type de sol et surface par animal Gestion des paramètres d ambiance Lieu de vie des jeunes Zone de quarantaine Tests de dépistage à l entrée Stockage des aliments Sécurisation des bâtiments LA PRODUCTION LAITIÈRE ET LE RISQUE DE MAMMITES La prévention des mammites La réalisation de la traite GESTION DES PÂTURES ET DES CULTURES Renouvellement des pâtures Biosécurité des cultures Contacts avec le voisinage et la faune sauvage CROISSANCE ET HYGIÈNE DU TROUPEAU DE RENOUVELLEMENT AUTOUR DU VÊLAGE Préparation de la mère au vêlage Participation active à l éveil et l hygiène du nouveau-né Le box de vêlage Premiers soins Prise colostrale et transfert d immunité passive Recommandations actuelles Intérêt de la vaccination des mères DE LA NAISSANCE AU SEVRAGE Premières vaccinations Influence de la qualité de l alimentation sur la santé des veaux DU SEVRAGE À LA MISE À LA REPRODUCTION Augmenter la résistance des animaux aux infections Appliquer une médication préventive Préparer les génisses à la mise à la reproduction NETTOYAGE ET DÉSINFECTION NETTOYAGE COMPLET Retrait du fumier et nettoyage à sec Lavage haute pression Qualité de l eau utilisée DÉSINFECTION Protocole de désinfection Normes nationales et européennes concernant l usage des désinfectants Directive «Biocides» Produits disponibles pour l usage agricole VIDE SANITAIRE VÉRIFICATION DE L EFFICACITÉ DE LA DÉSINFECTION SPÉCIFICITÉS DE L ENCLOS DE VÊLAGE DÉSINFECTANTS POUR PÉDILUVES, ROTOLUVES ET MATÉRIELS LUTTE CONTRE LES NUISIBLES DÉSINSECTISATION Insectes présents dans les élevages laitiers français La mouche domestique La petite mouche domestique La mouche d automne La mouche des cornes L éristale (ver à queue) Le petit ténébrion Principes de la désinsectisation Méthodes de lutte contre les insectes Lutte biologique Lutte mécanique

11 Lutte chimique Respect de l environnement et normes règlementaires LUTTE CONTRE LES RONGEURS Les rongeurs présents dans les élevages Dératisation et lutte préventive LES ANIMAUX DOMESTIQUES ÉLIMINATION DES DÉCHETS D ÉLEVAGE L ÉPANDAGE DU FUMIER ET DU LISIER LE COMPOSTAGE DU FUMIER Principe du compostage Réalisation du compostage Stérilisation des fumiers L UTILISATION DES DÉCHETS POUR PRODUIRE DE L ÉNERGIE : LA MÉTHANISATION Introduction à la méthanisation Mise en place du procédé et intérêts CONCLUSION BIBLIOGRAPHIE ANNEXES

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13 Liste des figures Figure 1 : Organismes non réceptifs, réceptifs, et sensibles Figure 2 : Rôle de source virulente d un organisme réceptif sensible ou non sensible Figure 3 : Conséquences d une infection par le virus de la BVD pendant la gestation Figure 4 : Sources, modes de transmission et vecteurs des maladies infectieuses Figure 5 : Schéma d un rotoluve simple Figure 6 : Photographie d un rotoluve Figure 7 : Taux de veaux survivants au cours des premières semaines de vie suivant la qualité du colostrum Figure 8 : Exemple de détergent pour trempage et décapage d un bâtiment d élevage Figure 9 : Fiche technique d un désinfectant courant en élevage Figure 10 : Notice d utilisation du TH5 du laboratoire Sogeval Figure 11 : Pictogrammes de dangers chimiques Figure 12 : Étapes de la digestion anaérobie de matière organique

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15 Liste des tableaux Tableau 1 : Estimation de la perte financière due aux mammites dans un élevage de 40 vaches laitières Tableau 2 : Agents pathogènes responsables de diarrhées en fonction de l âge des veaux Tableau 3 : Recommandations de surface de vie par animal Tableau 4 : Principaux tests de dépistages réalisables à l introduction Tableau 5 : Protocoles de vaccination du veau contre les virus respiratoires usuels Tableau 6 : Résistance d agents responsables de diarrhées néonatales dans le milieu extérieur Tableau 7 : Avantages et inconvénients des principaux désinfectants d élevage Tableau 8 : Désinfectants actifs contre les protozoaires responsables de diarrhées néonatales Tableau 9 : Désinfectants usuels à usage agricole et leurs fabricants Tableau 10 : Familles courantes d insecticides utilisés en élevage Tableau 11 : Principaux insecticides commercialisés en France en Tableau 12 : Caractéristiques physio-morphologiques des rats et des souris adultes Tableau 13 : Principaux rodenticides et formulations utilisés en élevage Tableau 14 : Techniques d épandage du fumier sur les terres

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17 Introduction L élevage bovin laitier est un secteur qui se développe de plus en plus quant à la capacité de production des vaches laitières. Cette tendance à mettre en place des animaux à la limite de leurs capacités physiologiques s accompagne bien évidemment d une fragilité exacerbée envers les divers agents pathogènes présents dans leur environnement. Qu il s agisse de micro-organismes commensaux des élevages ou d agents pathogènes plus spécifiques, leur présence et surtout la pression infectieuse qu ils exercent ont pour conséquence une dégradation des performances des animaux, une augmentation de la fréquence et de la gravité des maladies, ainsi qu un accroissement des frais vétérinaires. Tous ces éléments vont entraîner une perte de production, et in fine une baisse des revenus de l éleveur. Il convient donc de mettre en place des mesures de prévention vis-à-vis de ces divers agents pathogènes, appelées mesures de biosécurité. La biosécurité correspond ainsi à l ensemble des pratiques ayant pour but de limiter la pression infectieuse dans un élevage. Il devient alors intéressant de distinguer la biosécurité interne qui veut empêcher la propagation de l ensemble des micro-organismes à l intérieur de l élevage, de la biosécurité externe qui vise à réduire au maximum l introduction de nouveaux microbes, virus ou parasites dans l enceinte de vie des animaux. Toutes ces mesures doivent être mises en place par l éleveur, lui-même accompagné d une personne spécialisée dans ce secteur. Elles ont diverses orientations, en allant de la conception des bâtiments et de la gestion des mouvements d animaux, de personnes et de matériel, jusqu aux plans de nettoyage, désinfection et vide sanitaire. Ce sont des aspects très développés en élevages porcin et aviaire, mais peu pour le moment chez les éleveurs bovins, en particulier laitiers. En effet, la présence d animaux tout au long de l année ne permet pas de réaliser un vide sanitaire suffisant pour l élimination des agents pathogènes majeurs. Il conviendra donc de se pencher davantage sur des considérations zootechniques et épidémiologiques usuelles, des plans de médication préventive ou encore des protocoles de désinfection de locaux ou de matériels. L objectif de cette thèse est donc simple. Il s agit de réunir ce qui existe actuellement comme données sur la biosécurité dans les élevages bovins, plus particulièrement laitiers, et de définir ce qu il convient de faire dans une exploitation laitière française moyenne pour améliorer la santé et le bien-être des animaux. Une exploitation agricole étant une entreprise, la finalité de ces efforts est bien évidemment la rentabilité de l élevage et l amélioration des revenus et des conditions de travail de l éleveur. Nous allons donc nous pencher dans une première partie, rassemblant des données bibliographiques, sur l épidémiologie des maladies animales majeures en élevage laitier, puis sur la définition et les principes de la biosécurité

18 Nous étudierons ensuite dans une seconde partie toutes les particularités de l élevage bovin vis-à-vis de l organisation d une exploitation, de la croissance des génisses de renouvellement, de la façon de nettoyer, désinfecter et protéger des bâtiments d élevage dans le but d assainir l environnement des animaux, et enfin de mettre en place des pratiques adéquates d élimination des déchets de l élevage. Il s agira donc d une partie plus pratique avec l objectif de créer une trame utilisable pour élaborer un plan de biosécurité qui se voudra le plus efficace possible

19 Première Partie : Objectifs de la biosécurité dans un élevage laitier

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21 1.1. La pathologie collective en élevage laitier Avant de savoir comment lutter contre des agents pathogènes variés, et ce qu il convient de faire dans ce que nous appelons ici un plan de biosécurité, nous allons nous pencher sur quelques exemples des maladies les plus représentées dans nos élevages laitiers. Pour ce faire, quelques notions d épidémiologie semblent nécessaires afin de savoir de quoi nous parlons lorsque nous abordons des notions de sensibilité, de réceptivité, de source ou de mode de transmission, par exemple Quelques rappels d épidémiologie Les définitions et notions fondamentales qui suivent ont pour la plupart comme source le livre d Épidémiologie Appliquée à la lutte collective contre les maladies animales transmissibles majeures, TOMA et al., Notions de sensibilité et de réceptivité Tous les organismes vivants sont potentiellement sujets à être infectés par des agents pathogènes variés, que ce soit par un virus, une bactérie ou un parasite (uni- ou pluricellulaire). Il existe des agents pathogènes qui ont la capacité d infecter un grand nombre d espèces, comme le virus de la rage par exemple, et qui sont par conséquent peu spécifiques. Mais il y a une majorité de ces agents qui sont beaucoup plus spécifiques d une espèce (ou d une famille). Ainsi, lorsque nous parlons de réceptivité, la première définition est le fait qu un animal est réceptif lorsque l agent pathogène considéré est capable d y pénétrer et de s y multiplier. L aspect principal de cette définition concerne donc la spécificité d espèce du micro-organisme pathogène. Mais en allant plus loin, nous nous rendons vite compte qu un animal peut appartenir à une espèce cible d un virus, par exemple, mais y être plus ou moins réceptif selon le moment de sa vie. En effet, il existe une variation de la réceptivité en fonction du temps, de l état physiologique, de l âge, ou de l état immunitaire, déficient lors de situations de stress ou de mise-bas par exemple. Cela fait apparaître la notion de seuil de réceptivité. Un animal faiblement réceptif aura donc «besoin» d une plus grande quantité d agents pathogènes pour être infecté, qu un animal très réceptif. Malgré tout, une espèce réceptive à un micro-organisme pathogène le reste quoi que l on puisse faire, et il conviendra donc de lutter plus contre la présence de l agent pathogène dans le milieu de vie de l animal que contre la capacité de celui-ci à infecter les animaux considérés. Il existe par contre un second aspect dans l action d un agent pathogène sur un organisme : la sensibilité. Cette notion correspond à la capacité d un organisme un bovin dans notre cas à exprimer des signes cliniques de la maladie suite à l infection par l agent pathogène. La sensibilité ne concerne évidemment que les animaux réceptifs à un agent pathogène. Il existe une proportion d animaux réceptifs mais non sensibles à un agent pathogène. Cette proportion est très variable selon les maladies

22 En considérant un agent pathogène donné, nous pouvons donc classer l ensemble des animaux d élevage en trois catégories : - Non réceptifs : pas de multiplication possible de l agent infectieux ; - Réceptifs non sensibles : infection et multiplication de l agent pathogène, mais absence de signes cliniques de la maladie ; - Réceptifs sensibles : animaux pouvant tomber malades suite à infection et multiplication. En règle générale, il y a une grande part des individus réceptifs qui ne sont pas sensibles à l agent pathogène. C est pourquoi lorsque nous voulons éliminer une maladie d un élevage, il ne suffit pas de retirer les animaux malades, puisqu il en resterait un grand nombre porteurs de l agent pathogène. On peut observer sur la figure 1 la multiplication de l agent pathogène selon la réceptivité et la sensibilité de l organisme cible. Figure 1 : Organismes non réceptifs, réceptifs, et sensibles (TOMA et al., 2001) Un organisme non réceptif ne permet pas la multiplication d un agent pathogène et ne présente donc pas d infection. En revanche, des organismes réceptifs présentent une courbe d infection (multiplication de l agent pathogène dans l organisme suite à la contamination), et peuvent avoir des signes cliniques (organisme sensible) ou pas (organisme réceptif non sensible). Ce qu il faut retenir de ces définitions est donc que la réceptivité d un individu vis-àvis d un agent pathogène correspond à la capacité de ce dernier à s y multiplier, alors que la

23 sensibilité est la capacité de l agent à provoquer le développement d un processus morbide chez son hôte. C est donc plus sur le groupe des individus sensibles qu il est possible de jouer. Il est également important de noter qu il y a généralement une grande partie des individus réceptifs qui ne sont pas sensibles à un agent pathogène, élément que l on pourrait nommer partie immergée de l iceberg. Ces individus peuvent néanmoins jouer un rôle important sur le plan épidémiologique Sources d agents pathogènes Le premier élément responsable de l apparition, du maintien ou de la propagation d une maladie au sein d un effectif est l existence d une source de l agent pathogène responsable. Tant que cette source existe, il n y a aucun moyen de faire disparaître la maladie, même si elle reste en état de latence dans le cas où tous les individus sont immunisés. Il n y a alors plus de symptômes de la maladie, mais bien une persistance de l agent pathogène, et tout nouvel animal naïf par rapport à cet agent pourra contracter la maladie. Il est donc d une importance primordiale de définir les différentes sources potentielles d agents infectieux à partir du moment où l on veut améliorer la santé d un groupe d individus Individus vivants Les animaux vivants sont les premiers à considérer lorsque l on aborde la notion de source d agent pathogène. Un animal est une source à partir du moment où il est porteur de l agent pathogène, et excréteur donc en capacité de le transmettre à un autre individu, qu il soit de la même espèce ou non. Ainsi, un animal non réceptif ne peut pas être une source, mais tout au plus un vecteur passif (au sens large) de l agent infectieux s il le transporte sur lui et le transmet à un autre animal réceptif. Nous n allons donc nous intéresser qu aux animaux réceptifs. Les animaux vivants, sources d un agent pathogène, peuvent le transmettre soit par leurs excrétions, soit par leur sang par l intermédiaire d un vecteur. Un animal est donc une source lorsqu il est excréteur de particules infectieuses, ou bien que l agent infectieux est présent dans son sang. Une excrétion susceptible d induire la contamination d un autre individu est appelée matière virulente. Il existe une multitude de matières virulentes selon la pathogénie propre à chaque agent infectieux. Ces matières virulentes peuvent être des aérosols, des sécrétions muqueuses, de l urine, des fèces, du sperme, etc. Lors de septicémies, l ensemble de l animal est contaminant pour un congénère, y compris la peau ou les organes internes (sur un cadavre par exemple). Tout cela est à rapprocher du mode de transmission spécifique de l agent pathogène, que nous verrons ultérieurement. Un animal réceptif sensible est facilement détectable dans un troupeau, puisqu il présente des signes cliniques de la maladie. Le risque de contamination des autres individus à partir de cet animal réside dans le fait qu un animal cliniquement malade est la plupart du temps très infectieux, il pourra ainsi disséminer rapidement l agent pathogène. Par exemple, un avorton brucellique contient à Brucelles (TOMA et al., 2001). Mais cet individu sera vite repéré et mis à l écart, et ne sera généralement pas très dangereux pour la santé du troupeau. En revanche, les animaux porteurs de l agent infectieux et ne présentant pas de signes cliniques sont nettement plus problématiques. Ces animaux sont soit des individus réceptifs

24 non sensibles (porteur sain), soit des individus sensibles avant ou après l expression clinique. Cela correspond à l excrétion durant la période d incubation (porteur précoce) ou à l excrétion après disparition des symptômes (porteur guéri ou porteur chronique). Il ne faut pas oublier non plus les individus initialement sensibles dont les symptômes sont atténués suite à une vaccination et dont le dépistage clinique est difficile voire impossible. Ces derniers seront tout de même plus ou moins contaminants malgré la vaccination (suivant le type de vaccin et de maladie). Il faut tout de même noter qu un porteur sain présente une virulence moindre par rapport à un animal cliniquement malade. La période d incubation est très variable selon les maladies, allant de quelques heures à plusieurs jours, mais cette durée est généralement assez courte. L animal est donc contagieux avant l'apparition des signes cliniques, et peut diffuser l agent pathogène durant quelques jours avant d être dépisté et isolé. Après la disparition des signes cliniques, il existe deux possibilités d évolution. La première est la guérison et une disparition rapide de la virémie. Dans ce cas, le risque de transmission aux congénères est minime puisque l animal sera encore isolé lorsque l agent infectieux va disparaître. Mais il est également possible d observer un portage chronique (ou latent) avec une absence d expression clinique visible, mais une persistance de l agent pathogène dans l organisme soit à bas bruit, soit avec des pics d activité et multiplication (Herpesvirus par exemple). Tout cela est résumé dans la figure 2, qui représente le risque de contagiosité d un animal selon qu il est sensible ou non sensible. Figure 2 : Rôle de source virulente d un organisme réceptif sensible ou non sensible (TOMA et al., 2001) Un animal réceptif, qu il soit sensible ou non sensible (nous considérons ici comme non sensibles les animaux vaccinés), présente une courbe de virémie ou d excrétion similaire, et donc la même possibilité de transmission de l agent pathogène malgré l absence de signes cliniques. Il convient tout de même de moduler cela, étant donné qu un animal malade excrétera en réalité plus de particules virulentes en raison de la présence même de signes cliniques. Par exemple, lors de broncho-pneumonie chez un jeune veau, l animal tousse et diffuse donc beaucoup plus de virus qu un animal porteur sain, tout comme dans une diarrhée à Rotavirus ou Coronavirus

25 Enfin, nous prendrons l exemple d une dernière catégorie d animaux particulièrement dangereux en ce qui concerne la propagation et la persistance de certains agents pathogènes dans un groupe, les Infectés Permanents Immunotolérants (IPI). Considérons une vache gestante, naïve vis-à-vis de l agent pathogène donné (le BVDV ou Bovine Viral Diarrhea Virus), qui y est soumise durant une certaine période de sa gestation. Suivant la période de cette gestation, soit le fœtus meurt (début de gestation), soit elle donne naissance à un veau normal infecté et malade (fin de gestation), soit le fœtus devient infecté de façon permanente et immunotolérant vis-à-vis du virus. Ces individus ne sont pas malades (jusqu à la rupture de l immunotolérance, après quelques mois à quelques années, et ils meurent à ce moment là) mais sont contagieux et transmettent le virus à leurs congénères. Ils sont aussi très difficilement détectables, puisqu ils sont négatifs lors de sérologie (absence d anticorps) et uniquement positifs à la virologie ou à la détection des antigènes viraux. Par conséquent, il est très difficile de se débarrasser de ces individus, heureusement relativement peu nombreux. La figure 3 présente l exemple des conséquences de l infection d un fœtus par le virus de la BVD suivant le stade de gestation. Figure 3 : Conséquences d une infection par le virus de la BVD pendant la gestation (Source : MILLEMANN, 2008) Dans le cadre de notre exemple, lors d une infection par le BVDV pendant la gestation, il existe une assez large fenêtre durant laquelle il y a une possible création d un Infecté Permanent Immunotolérant (IPI). C est une situation très embarrassante, car il est très délicat d éliminer le virus d un élevage, et cela est encore plus marqué lors de synchronisation des femelles, qui sont au même stade de gestation lors d un passage potentiel du virus sur l exploitation Environnement L environnement des animaux est très fréquemment une source d agents pathogènes. En effet lorsqu un animal est malade, il excrète dans son milieu de vie des particules virulentes qui vont persister même s il est isolé du reste du troupeau. La durée du risque est directement fonction de la résistance de l agent infectieux dans le milieu, elle-même fonction du type de particule, des conditions externes et du milieu sur lequel la particule est déposée. On entend par environnement l ensemble des supports potentiellement en contact avec les animaux et pas uniquement le sol ou les bâtiments (BRISABOIS et al., 1997). Nous pouvons différencier les supports fixes (matériels, vêtement, locaux, sol), des supports mobiles (eau, air, homme et animaux non réceptifs, véhicules). L air comprend également l ensemble des particules et des insectes transportés par le vent. Les arthropodes non hématophages peuvent être une source environnementale en déplaçant sur leurs membres des particules infectieuses. Nous pouvons citer comme exemples Salmonella spp., Staphylococcus aureus, ou Listeria monocytogenes (BRISABOIS et al., 1997)

26 La multiplication des agents pathogènes dans le milieu extérieur est très rare, l environnement agit, la grande majorité du temps, comme «conservateur» durant une durée généralement limitée. Il existe quelques exceptions comme Listeria monocytogenes dans les ensilages dans certaines conditions, mais elles sont rares. La durée de la persistance dans l environnement est très variable. Afin d illustrer cette variabilité, il suffit de comparer la survie d un mycoplasme, qui est de quelques minutes (en raison de l absence de protection externe et de la dessiccation rapide), à celle d une spore de Bacillus anthracis (fièvre charbonneuse), qui condamne des champs entiers durant plusieurs dizaines d années. Il existe des facteurs d inactivation des agents pathogènes, comme par exemple les ultraviolets, une très haute ou très basse température, l oxydation, la dessiccation, etc (TOMA et al., 2001). Il apparaît donc qu il est éventuellement possible de jouer soit sur le temps (à partir du moment où l on connaît la survie d un micro-organisme dans des conditions données), soit sur certains de ces facteurs d inactivation pour diminuer la quantité d un agent pathogène dans l environnement des animaux Animaux morts et produits d origine animale Les animaux morts sur l exploitation peuvent toujours transmettre des agents pathogènes s ils restent en contact avec le reste des individus (ANDERSON, 2009). Mais le risque de transmission de maladies à partir de cadavres est plus important lorsqu il s agit de zoonoses, dans le cadre de maladies professionnelles, ce qui sort de notre sujet (bien que la biosécurité puisse également s intéresser à la contamination de l Homme à partir de maladies animales). Il est donc important d isoler les cadavres et de les éliminer le plus rapidement possible. Tout cela est vrai également pour les produits et sous-produits d origine animale qui présentent des risques de contamination d autres individus, principalement dans le cadre des zoonoses. LORENZ et al. (2011a) nous donnent malgré tout quelques exemples de transmission d agents infectieux entre individus de la même espèce par l intermédiaire de produits d origine animale : le lait de vache à mammite donné aux veaux, ou encore le tas de fumier à proximité du bâtiment de vie des jeunes. Mais ces éléments restent marginaux et rentrent peu en ligne de compte dans le cadre des sources d agents pathogènes que nous décrivons Existence de différents modes de transmission La dernière chose qu il convient d étudier lorsque nous voulons comprendre la propagation d une maladie au sein d un groupe, après avoir décrit quels sont les agents pathogènes, où ils vivent et qui ils infectent, et, bien sûr, comment ils se transmettent entre un individu porteur (cliniquement malade ou non) et un individu initialement sain. Cette transmission peut se faire de différentes manières selon que la maladie est contagieuse ou non, mais aussi selon le degré de résistance et de survie du micro-organisme pathogène dans l environnement

27 Maladies contagieuses Contamination directe Une maladie contagieuse est une maladie qui se transmet très aisément entre deux individus, que ce soit par contact direct ou par l intermédiaire de matériel ou d objets, et ne nécessitant pas l intervention d un vecteur. Ces maladies sont à l origine de la synthèse par l individu malade de sécrétions contenant l élément infectieux, donc de matière virulente. La contamination directe entre deux organismes peut être horizontale ou verticale. Une contamination horizontale est réalisée par contact direct entre deux individus qui vivent ensemble, comme un contact de mufle à mufle, une transmission au veau par le lait ou une transmission lors de la reproduction par exemple. La contamination verticale est une transmission de l agent pathogène au cours de la gestation, de la mère au fœtus. Il ne s agit pas à proprement parler de matière virulente, mais le contact entre les deux individus est parfaitement qualifiable de direct. Nous pouvons citer comme exemple la brucellose. La base de la lutte contre ce type de contamination passe bien évidemment par l isolement des animaux malades dès qu ils sont détectés dans le troupeau. Le seul bémol concerne la possible formation d IPI lors de transmission verticale, comme nous l avons vu plus haut, indétectables le plus souvent sur le plan clinique. Contamination indirecte La contamination indirecte concerne toujours les maladies contagieuses, et est fonction de la résistance de l agent pathogène dans l environnement, puisqu il s agit d une transmission par l intermédiaire d éléments du milieu de vie des animaux. La distance sur laquelle une particule virulente peut se déplacer est très variable, toujours selon la résistance de cette particule et ce qui permet son déplacement. Une contamination est qualifiée d indirecte dans l exemple précédent des champs contaminés par la fièvre charbonneuse, la maladie étant contagieuse et se transmettant d un individu à un autre par l intermédiaire du sol. L air (vecteur de la fièvre aphteuse sur de longues distances par exemple), les véhicules, ou les arthropodes non hématophages, comme les mouches, sont des moyens de transmission indirecte fréquents, sur des distances pouvant aller jusqu à plusieurs kilomètres Maladies non contagieuses et transmission par vecteur Le troisième type de transmission d un agent infectieux d un individu à un autre repose sur l action d un vecteur au sens strict. Un vecteur est un arthropode hématophage qui prélève du sang contaminé dans un organisme à l occasion d une piqûre, et le transmet à un autre organisme lors d une piqûre suivante. Selon l agent pathogène considéré, la transmission peut nécessiter obligatoirement un vecteur (Fièvre Catarrhale Ovine ou FCO), ou se réaliser par hasard à l occasion d une piqûre. Il existe trois types de transmission par un vecteur suivant la multiplication ou non de l agent pathogène dans l arthropode : la transmission passive, la transmission biologique, et la transmission par un hôte intermédiaire. Lors de transmission passive, il n y a pas de multiplication du micro-organisme dans le vecteur, ce qui limite la propagation de la maladie à une courte distance. La grande majorité des maladies peuvent théoriquement être transmises ainsi, mais ce mécanisme reste quelque chose d anecdotique. Pour quelques infections

28 seulement il s agit du mode de transmission principal, voire exclusif. C est le cas notamment de l Anémie Infectieuse des Équidés ou de la Leucose Bovine Enzootique. Lorsque l on observe une multiplication du micro-organisme dans l arthropode, on parle de transmission biologique. L insecte piqueur avale l agent infectieux, qui se multiplie dans son système vasculaire ou salivaire. La distance de transport de l agent pathogène est beaucoup plus grande, du fait de la résistance bien plus longue de cet agent dans le vecteur. La dissémination peut atteindre plusieurs dizaines de kilomètres, lorsque l insecte est véhiculé par le vent, voire plusieurs milliers de kilomètres si il est transporté par un avion. Nous citerons comme exemple la FCO, la fièvre Q, ou la tularémie. Il existe une forte sélectivité des espèces d arthropodes vis-à-vis des différents agents pathogènes. Cela est donc à l origine d une «carte» et d un «calendrier» des maladies selon la survie de telle ou telle espèce de vecteur dans une région et à une saison données. Pour revenir à notre dernier exemple, la FCO (Orbivirus) est spécifiquement transmise par des Culicoïdes, tandis que Coxiella burnetii ou Francisella tularensis sont généralement transmises par des tiques Ixodidés. Enfin, certains micro-organismes peuvent être transmis d un individu à un autre par un hôte intermédiaire. Selon TOMA et al. (2001), on peut considérer que ce phénomène est assimilable à une transmission vectorielle. Il s agit dans la plupart des cas de protozooses, mais c est un phénomène globalement rare ou du moins peu intéressant dans le contexte de cette thèse. Pour illustrer ce propos, la leishmaniose ou le paludisme se transmettent de la sorte. En conclusion de cette première sous-partie, ces notions de base épidémiologiques sont nécessaires afin de bien appréhender où vivent (ou survivent dans le cadre du milieu extérieur) les agents pathogènes, quels sont les animaux cibles de ces agents, de quelle manière reconnaître les animaux infectés, et comment la transmission se fait à partir de la source. Tout cela nous permet donc dans un second temps de transposer ces notions très théoriques au cas d un élevage bovin laitier moyen afin de comprendre contre quelles maladies il va falloir lutter pour atteindre notre but d assainir l élevage et comment lutter contre ces maladies. Nous pourrons alors mettre en place de façon beaucoup plus rigoureuse un plan adéquat, applicable à chaque élevage Les maladies usuelles à considérer Les maladies usuelles que l on peut retrouver dans un élevage ont des conséquences économiques et sanitaires très importantes. Nous allons prendre quelques exemples afin d illustrer ce propos avec les mammites des vaches laitières, puis les maladies les plus fréquentes des veaux : les diarrhées et les pneumonies

29 Statistiques des élevages laitiers français Selon ALLIE et l Institut de l Élevage (2011), la France comptait exploitations de plus de cinq vaches laitières, dont 69 % d entre elles avec plus de 40 vaches laitières. Le nombre de vaches laitières en France s élevait à au premier janvier 2011, dont environ 69 % de Prim Holstein, 18 % de Montbéliardes et 12 % de Normandes. La Bretagne, la Normandie et les Pays de la Loire concentraient 45 % du cheptel laitier reproducteur français au premier janvier La production laitière moyenne d une vache était de kg de lait par an, et kg de lait par lactation pour les éleveurs adhérents au contrôle laitier. Cela nous donne une livraison de lait annuelle sur la France de millions de litres en La France produisait ainsi 17 % de la collecte totale de lait dans l Union Européenne à 27. En utilisant les chiffres du site Internet Web Agri (2009) et en réalisant une moyenne du prix du lait sur 2011 et 2012, nous obtenons un prix moyen payé au producteur de 322 euros les 1000 litres. Nous pouvons donc réaliser le tableau 1 qui suit, permettant d estimer la perte financière occasionnée par une vache atteinte de mammite clinique et traitée avec des antibiotiques pendant cinq jours pour un temps d attente de 10 traites par exemple, soit un lait jeté pendant 10 jours (5 jours de traitement puis 5 jours de temps d attente après la dernière administration). Nous prenons l exemple de la Cefquinome pour le temps d attente (Cobactan pommade intramammaire, MSD). Nous nous plaçons dans le cas d un élevage de 40 vaches laitières avec la moitié des vaches qui feront une unique mammite clinique au cours de l année (situation très sous-estimée par rapport à la réalité du terrain). Tableau 1 : Estimation de la perte financière due aux mammites cliniques dans un élevage de 40 vaches laitières Nous voyons ici qu en imaginant qu une vache sur deux présentera une mammite durant l année, ce qui est très faible par rapport à la réalité, il y a une perte financière directe de 1160 euros pour l éleveur, sans compter le coût médical du traitement. Avec la valeur moyenne d achat du lait, cet éleveur devrait avoir un chiffre d affaire sur l atelier laitier de : 2100 par vache x 40 vaches = euros, et la perte due aux mammites est donc égale à 1,4 % du chiffre d affaire. Cette estimation est beaucoup plus élevée en réalité en considérant les mammites sub-cliniques entrainant un manque à produire et des pénalités de paiement du lait. Source des hypothèses : WebAgri (2009), Institut de l Élevage (2011). Production (kg) Valeur ( ) Perte associée ( ) 1 vache / an vache / jour 18 5,80-1 mammite (10 jours) mammites Nous allons maintenant nous pencher sur les veaux. Les maladies principales contre lesquelles il faut lutter sont la diarrhée et la pneumonie. Ces maladies occasionnent des frais vétérinaires, ainsi qu une perte potentielle de l animal ou un animal moins apte à renouveler le cheptel lorsqu il sera adulte. Toute vache qui produit du lait a nécessairement fait un veau, et l intervalle vêlage-vêlage étant habituellement légèrement supérieur à un an, on peut estimer que sur 40 vaches en lactation, il y a 35 veaux produits sur l année. Avec un taux de renouvellement d environ 30 %, une douzaine de femelles servira à remplacer les vaches réformées. Il reste donc 23 veaux à vendre, ce qui produit un chiffre d affaire de 2300 euros (le prix moyen d un veau laitier étant de 100 euros selon le site internet WebAgri). Une mauvaise gestion du vêlage associée à une mauvaise hygiène peut faire perdre un tiers des

30 veaux, ce qui représente 760 euros. Cela ne prend pas en compte le fait de devoir acheter des nouvelles femelles si le troupeau de jeunes est insuffisant pour renouveler le cheptel, ni les frais vétérinaires souvent importants. Suite à ces observations, nous conviendrons que l amélioration des conditions d hygiène des animaux d un troupeau est intéressante ne serait-ce que d un point de vue purement économique, en ne prenant en compte que les pertes nettes de lait et d animaux. À cela viennent se rajouter les maladies infectieuses, les pertes économiques dues à une baisse insidieuse de la production laitière en cas de mauvais état des animaux, le bien-être animal, ainsi que le risque de zoonose ou de transmission de maladies à d autres élevages. Nous allons donc nous intéresser plus spécifiquement à quelques unes des maladies fréquemment rencontrées en élevage laitier Les maladies du veau Spécificités du veau laitier Dans la production laitière française, les veaux en tant que tels n ont qu une faible valeur commerciale. Les vaches Prim Holstein, race majoritaire de la filière lait, n ont pas une bonne valeur marchande du fait de la sélection génétique sur la production laitière et non sur la conformation de la carcasse, et leurs veaux encore moins, pesant généralement moins de 40 kg à la naissance. Ceux-ci sont séparés de la mère rapidement après le vêlage, logés dans des cases individuelles et nourris au lait en poudre. Les mâles sont vendus la plupart du temps à quelques semaines et une majorité des femelles sont conservées pour constituer le troupeau de renouvellement, destiné à remplacer les vaches réformées (le taux habituellement observé est compris entre 25 et 30 %). Les maladies des veaux laitiers ont donc des conséquences selon deux axes. La première, qui est secondaire, est la perte économique directe due à la mort de l animal. Cela peut représenter quelques centaines d euros par an, ce qui n est pas énorme en comparaison avec le chiffre d affaire moyen d un élevage. En revanche, plusieurs auteurs s accordent pour dire qu une génisse qui tombe malade, grandit moins vite que ses consœurs, coûte de l argent en soins vétérinaires et en traitements, et finalement donnera une vache moins performante à l âge adulte. Une étude de VIRTALA et al. (1996) montre par exemple qu une pneumonie sur une femelle durant le premier mois de vie diminue le GMQ (Gain moyen quotidien) de 66 grammes, et chaque semaine de maladie diminue la taille adulte au garrot de 0,2 cm. Le second axe est donc la perte de croissance, de résistance aux maladies, ainsi que la diminution de la production laitière future engendrée par des troubles de la santé des jeunes animaux. Une bonne gestion des génisses a une importance multiple. Cela permet de diminuer la mortalité, ce qui baisse non seulement les pertes économiques directes, mais augmente également le choix des animaux pour constituer le troupeau de renouvellement. Par ailleurs, comme nous l avons vu plus haut, l amélioration de la santé du troupeau de remplacement, permet une croissance plus rapide, une mise à la reproduction plus jeune, et de meilleures performances à un plus jeune âge. Ainsi, les maladies d intérêt chez le veau, en dehors des maladies infectieuses d importance zoosanitaire, sont la diarrhée et les troubles respiratoires, communément appelés pneumonies. Selon une étude américaine, la diarrhée serait responsable de 52 % des

31 mortalités de veaux non sevrés, contre 25 % pour les pneumonies, et que les pneumonies seraient responsables de 44 % des mortalités chez les veaux sevrés (RUEST, 2006). Les agents infectieux responsables sont nombreux, et sont généralement des germes commensaux opportunistes. Selon RUEST (2006), l apparition d une infection dépend donc de la pression infectieuse (ou de la virulence de l agent pathogène), de la saison, du milieu de vie des animaux, dont tout particulièrement l ambiance climatique, et de l état immunitaire du veau (ou de la génisse). Il semble donc possible, avec l aide des bonnes méthodes, d agir sur ces trois facteurs, afin de limiter les pathologies du jeune dans l élevage. Diarrhées de veaux Étiologie et clinique des principales maladies des veaux Les diarrhées de veau sont généralement concentrées avant le sevrage. Les divers agents pathogènes responsables sont plus ou moins spécifiques d un âge précis. Nous récapitulons dans le tableau 2 ci-dessous les agents à l origine de diarrhée en fonction de l âge des animaux. Tableau 2 : Agents pathogènes responsables de diarrhées en fonction de l âge des veaux (Source : RUEST, 2006) Le diagnostic étiologique est souvent basé sur l âge de l animal, associé aux signes cliniques. Il faut rajouter à ces agents les Salmonella, qui sont à l origine de diarrhées graves, souvent mortelles, mais qui n ont pas spécialement d âge prédominant. Les adultes sont fréquemment porteurs asymptomatiques de Salmonelles. Agent pathogène Escherichia coli Rotavirus Coronavirus Cryptosporidium spp. Giardia spp. Eimeria spp. Âge d apparition < 4 jours 4 à 14 jours 4 à 30 jours 4 à 30 jours > 7 jours > 21 jours Lors d un épisode de diarrhée, il y a souvent plusieurs agents associés, ce qui aggrave encore les symptômes. Cela concerne 25 à 30 % des cas selon RUEST (2006). Il faut également noter qu il existe souvent des facteurs prédisposant à la diarrhée, comme l alimentation déséquilibrée ou le stress. C est à cette occasion de fragilité du système digestif que des germes opportunistes viennent surinfecter. Les signes cliniques usuels sont une hyperthermie associée à des selles liquides et une chute d appétit. L animal est souvent déshydraté, ce qui engendre un déséquilibre électrolytique et une acidose métabolique. C est à cause de cette acidose que la mortalité est élevée. Escherichia coli cause uniquement une diarrhée osmotique durant les quatre premiers jours de vie. En revanche, les virus et les Cryptosporidies sont à l origine de lésions sur la muqueuse intestinale et donc de diarrhée mixte (sécrétoire et par malabsorption). Il peut en résulter bien évidemment des conséquences sur du long terme (LORENZ et al., 2011b). L excrétion de l agent pathogène varie suivant celui qui est considéré, mais ils sont dans l ensemble très contagieux et se transmettent rapidement et directement d un veau à son congénère. Il faut donc vite isoler un animal malade et surveiller attentivement l apparition de symptômes sur les autres animaux du lot (LORENZ et al., 2011b). Mais le problème réside dans le fait que le lot suivant présentera la même maladie en l absence de mesures

32 complémentaires. Il faudra alors s intéresser aux méthodes d élevage et de désinfection des locaux, ainsi qu à l hygiène du personnel s occupant des veaux. Troubles respiratoires et pneumonies Deuxième dominante pathologique des jeunes bovins, que ce soit en élevage laitier ou allaitant, les troubles respiratoires sont fréquemment responsables d une forte morbidité (contagiosité de l agent pathogène élevée) et d une mortalité non négligeable. Il s agit même de la première cause de mortalité chez les veaux sevrés selon GORDEN et PLUMMER (2010). Cliniquement nous observons une forte hyperthermie (souvent supérieure à 39,5 C) associée à une dyspnée expiratoire ou mixte, de l abattement et de l anorexie. Il n est pas rare que la dyspnée soit à l origine d une cyanose des muqueuses lors d un fort encombrement de l arbre bronchique ou lors de discordance. Tout cela conduit à des frais vétérinaires parfois élevés, ainsi qu une faiblesse générale des animaux et des pertes. Ces maladies touchent aussi bien les jeunes veaux non sevrés que les génisses, et lorsqu un animal est atteint dans un lot, les autres contractent la maladie en quelques jours. Tout comme dans les diarrhées, il y a plusieurs agents pathogènes bien répertoriés : des virus et des bactéries. Souvent, des facteurs environnementaux ou médicaux influencent l apparition d une pneumonie dans un groupe de veaux. Selon LORENZ et al. (2011c), les virus mis en cause sont l Herpesvirus bovin 1 (BHV1), le virus Parainfluenza 3 (PI3) et le virus respiratoire syncytial bovin (BRSV). En ce qui concerne les bactéries, elles ne sont pas beaucoup plus nombreuses : Mycoplasma bovis, Pasteurella multocida, Mannheimia haemolytica et Histophilus somni. Il faut noter que le Mycoplasme agit généralement en synergie avec d autres agents infectieux, notamment Pasteurella (RUEST, 2006). Ces bactéries sont des organismes commensaux de l environnement ou de la flore nasale des bovins et leur pathogénicité est fonction de leur concentration et de l état immunitaire des veaux. Ainsi, il semblerait qu un veau infecté par le BVDV soit prédisposé à développer une pneumonie, du fait tout d abord du tropisme respiratoire de ce virus engendrant une infection primaire ou d'une synergie avec d autres pathogènes, mais aussi de l immunodépression qu il entraine (LORENZ et al., 2011c). La plupart de ces infections étant causées par des germes de l environnement opportunistes, il a été montré que plusieurs facteurs favorisent l apparition de la maladie et des signes cliniques (LORENZ et al., 2011c). Un exemple tiré de l élevage allaitant montre que les veaux nés à l extérieur développent beaucoup moins de maladies respiratoires que ceux nés en bâtiment (STOKKA, 2010). Cela est peu applicable à l élevage laitier, mais est une bonne illustration de l importance des facteurs de risque dans la fragilité du système respiratoire des veaux. Dans l élevage laitier à proprement parler, les animaux vivant en groupe sont beaucoup plus sujets à des pneumonies que les animaux vivant seuls, de même que ceux partageant leur air avec des adultes, ou lors de surpeuplement des stabulations (GORDEN et PLUMMER, 2010). Il apparaît donc, tout comme pour les phénomènes de diarrhées, qu il est parfaitement possible d éliminer ou au moins de limiter la prévalence de pneumonies chez les veaux dans un élevage. Pour cela, deux aspects sont à prendre en compte : la pression infectieuse en pathogènes (à diminuer par l hygiène, la désinfection et la ventilation), ainsi que l état immunitaire des jeunes, du vêlage à la mise à la reproduction. On pourra donc mettre en place un certain nombre de mesures pour améliorer la santé des veaux, et des adultes en devenir. La mise en place de lots de veaux est associée à un mélange des germes et peut donc être un facteur de risque supplémentaire

33 Les mammites des vaches laitières Définitions et étiologie Avant de définir concrètement les mammites et agents pathogènes qui en sont responsables, il faut rappeler certaines particularités de la mamelle de vache, extraites des cours de Production Laitière (REMY, 2009a). Une mamelle est composée de quatre quartiers, totalement indépendants et imperméables les uns par rapport aux autres vis-à-vis des pathogènes. Ainsi, lors d une contamination d un quartier à un autre, il y a généralement un élément extérieur qui a permis ce passage (mis à part le cas de la contamination hématogène). Chaque quartier est équipé d un trayon ouvert sur l extérieur via le canal du trayon, obturée entre les traites par la contraction d'un sphincter. Le canal du trayon joue un rôle important dans la protection contre les contaminations bactériennes par ses plis muqueux sièges d'une immunité locale. Une mammite peut être clinique ou sub-clinique. Une mammite clinique est une inflammation de la mamelle (un ou plusieurs quartiers) accompagnée de signes cliniques parfois seulement mineurs (grumeaux dans le lait) mais pouvant aller aux signes généraux tels que de la fièvre. Une mammite sub-clinique ne se traduit généralement que par une augmentation du nombre de cellules dans le lait (> / ml), sans symptômes spécifiques. Cette distinction est importante lors de la détermination du diagnostic étiologique des mammites. En effet, lorsqu il y a plus de mammites cliniques, avec un comptage cellulaire somatique du lait de tank (CCST) faible, cela nous oriente vers des germes dit d environnement. La vache sera infectée par un tel germe une fois après la traite, et développera une mammite clinique d apparition aigue, avec signes généraux. En revanche lorsque les mammites subcliniques prédominent, avec par conséquent un CCST élevé, nous sommes d avantage dans le modèle germe de traite (respectivement «major» et «minor» en anglais). La contamination de la mamelle se fait par l intermédiaire de la machine à traire, et l animal subit la présence répétée du germe. Il n y a alors pas de symptômes généraux mais simplement une augmentation du nombre de cellule. Cette augmentation se répercute sur le lait de tank lors de mammites de traites car de nombreuses vaches sont en mammite subclinique (REMY, 2009a). Nous allons donc définir ces deux modèles, car le diagnostic étiologique est important lors de la mise en place du plan de lutte. Les germes d environnement les plus fréquents sont Escherichia coli et Streptococcus uberis. On peut ajouter à ces bactéries une majorité des entérobactéries (notamment Klebsiella), mais qui sont beaucoup plus rares. Lorsque l on réalise un typage de ces bactéries (selon REMY, 2009a), on obtient des souches différentes selon les animaux (caractère polyclonal), ce qui oriente bien sur le fait qu il s agit de germes environnementaux qui affectent la mamelle de diverses vaches en raison d une fragilisation de celles-ci. En revanche dans le cas des germes de traite, la souche est généralement très conservée (caractère monoclonal) avec une à deux souches responsables de 80 % des mammites d un troupeau. Cela oriente vers une transmission des germes de vache à vache, par la machine à traire. La transmission de germes de traite lorsqu une vache se couche dans une flaque de lait d une congénère dans la stabulation existe mais est très rare. Ces germes sont principalement des staphylocoques (Staphylococcus aureus, Staphylococcus à coagulase négative) et d autres streptocoques (Streptococcus agalactiae, Streptococcus dysgalactiae, Streptococcus uberis dans certaines conditions). Il existe d autres germes responsables de mammites, que l on peut difficilement classer dans la catégorie traite ou environnement et qui sont rares comme les levures

34 (Candida), Arcanobacterium pyogenes (responsable de la mammite d été avec transmission par une petite mouche, Hydrotaea irritans), Pseudomonas aeruginosa (dans la machine à traire ou l environnement), ainsi que les mycoplasmes. Selon KIRK et MELLENBERGER (2002), les mycoplasmes testés en routine dans le lait de tank sont présents dans moins de 5 % des exploitations. Cependant, ces germes peuvent être responsables de grosses pertes économiques car leur élimination est très difficile et ils sont à l origine de mammites chroniques avec des animaux porteurs latents. La principale espèce est Mycoplasma bovis, les autres mycoplasmes étant très peu représentés. Il est donc essentiel d éviter qu une exploitation soit contaminée par des mycoplasmes, qui peuvent également être responsables de divers types de troubles, comme des arthrites, des pneumonies ou des troubles de la reproduction. Les mycoplasmes étant très peu résistants dans l environnement, cette attention toute particulière doit donc faire partie des critères de surveillance lors de la quarantaine des nouveaux entrants Facteurs épidémiologiques appliqués aux mammites Source : ROUSSEL et BENDALI (2008) ; REMY (2009a). Nous venons de voir les agents pathogènes d importance dans les différents types de mammites que l on peut rencontrer usuellement en élevage laitier, ainsi que les diverses sources, à savoir la litière pour les germes d environnement, et les mamelles des congénères pour les germes de traite. Nous allons donc nous pencher sur les facteurs qui peuvent influencer l infection d une mamelle (réceptivité et sensibilité), et sur les modalités de transmission des germes et donc de persistance de mammites dans un troupeau. Comme nous l avons vu plus haut, une mamelle a ses propres moyens de défense pour lutter contre les infections potentielles : des défenses basses (structure du trayon, peau, canal) et des défenses hautes (système immunitaire de la mamelle). Cependant certains facteurs influencent le risque de contamination d un quartier au moment de la traite, ou simplement lorsque l animal est couché dans sa litière. Épidémiologiquement parlant, les paramètres utilisés pour quantifier les mammites dans un troupeau sont le comptage cellulaire somatique du lait de tank (CCST), le comptage cellulaire somatique individuel (CCSI) et le taux de cas cliniques (REMY, 2009a). Nous pouvons également nous pencher sur le taux de guérison, le nombre de nouvelles infections, ou le moment d apparition de la mammite par rapport au vêlage. Nous ne nous intéresserons pas plus à ces paramètres, étant donné qu ils ne servent qu à se donner une idée du type de mammite et donc du type de germe, mais n ont pas d intérêt direct sur la prévention des mammites à l échelle d un troupeau. Ainsi, la réceptivité concerne les facteurs qui modulent la pénétration du germe dans la mamelle. Il s agit donc par exemple du diamètre du trayon (sur lequel il est difficile de jouer), la quantité et la qualité de la couche kératinisée du trayon, ou bien, plus intéressant pour nous, les lésions du trayon dues à de mauvais réglages de la machine à traire. Les facteurs de sensibilité sont la surtraite, un stress trop marqué avant, pendant ou directement après la traite, ou un tarissement traumatisant (déficit d immunité locale de la mamelle à la prochaine lactation). Il existe des facteurs de risque qui ne jouent ni sur la sensibilité ni sur la réceptivité, comme les phénomènes d impact ou la propreté de la machine à traire, ce qui sera détaillé dans les modes de transmission. Par ailleurs, LAM et al. (1997) ont montré qu un quartier infecté par un germe de traite est moins fréquemment touché par un germe d environnement

35 Une vache réceptive et sensible est capable de développer une mammite, qu elle soit clinique ou sub-clinique. Le germe responsable de cette mammite ne sera pas transmis de la même manière selon qu il décrit un modèle de traite ou d environnement. Les germes de traite sont transmis pendant la traite et sont donc contagieux et peu résistants dans l environnement. Les germes d environnement sont la plupart du temps dans les fèces et contaminent une mamelle généralement dans les quelques heures suivant la traite, moment où la vache va se coucher, la mamelle est plus enflammée et le canal du trayon est plus ouvert. Les germes d environnement ont donc comme source la litière, puisque ce sont des germes commensaux et présents dans les bouses (REMY, 2009a). Nous ne nous pencherons donc pas plus sur le mode de transmission de ces germes. Les germes de traite sont quant à eux transmis au cours de la traite ou directement après. Pour qu une vache soit infectée, il faut qu une vache l ayant précédée ait excrété le germe dans son lait et qu il soit resté dans la machine, ou alors que l éleveur le transmette par se mains ou son matériel. Les sources sont donc les vaches infectées (généralement de façon chronique), les manchons trayeurs, le matériel de traite et les mains de l éleveur s il ne porte pas de gants. Les manchons trayeurs fissurés ou micro-fissurés sont de très bonnes sources de germes de traite puisque les désinfectants utilisés quotidiennement n arrivent pas à pénétrer dans ces fissures. Un germe présent dans la griffe ou dans le manchon trayeur peut remonter dans la mamelle à l occasion d un dysfonctionnement de la machine à traire (le vide de traite empêchant en temps normal un reflux de lait). Il peut néanmoins y avoir une entrée de germes de traite juste après la traite lorsque le canal est humide et plus ou moins ouvert après un dépôt des germes près de l entrée du trayon, ce qui justifie le post-trempage dans une solution désinfectante. Un quartier malade peut ainsi contaminer les autres quartiers du même individu, ou encore une vache malade peut contaminer la suivante. Ces phénomènes sont le «reverse flow» (flux inverse, ou traite humide) avec remontée du lait de mélange de la griffe vers tous les quartiers (infections de quartiers sains sur une même vache), ou l impact, lorsqu un manchon trayeur se détache du trayon par exemple, d où une entrée d air et une pulvérisation du lait vers les autres quartiers. Il y aura donc un certain nombre de mesures potentielles à mettre en œuvre pour diminuer la prévalence des mammites dans un troupeau, et améliorer l état sanitaire des animaux producteurs Les maladies contagieuses Lorsque nous parlons de maladies contagieuses, nous parlons de certains agents pathogènes qui ne sont pas présents normalement sur une exploitation et dans un cheptel, contrairement aux maladies que nous venons d évoquer. Ce sont des germes (virus, ou bactéries principalement) qui se transmettent d une ferme à une autre par les véhicules ou personnes, les animaux achetés ou le voisinage. L objectif est donc dans ce cas de protéger l élevage par rapport à l extérieur, tandis que dans les maladies du veau ou les mammites il s agissait d assainir l élevage lui-même et de limiter la propagation de maladies au sein de l exploitation. Par ailleurs, ces maladies contagieuses ne sont généralement pas curables et nécessitent donc l élimination des animaux atteints Les maladies de première catégorie Ce sont des maladies qui posent un problème de santé publique et qui sont réglementées par l état. Il s agit anciennement des Maladies Animales Réputées Contagieuses (MARC). Les informations de ce paragraphe sont basées sur les cours de Maladies

36 Contagieuses de l ENVA (BENET, DUFOUR, HADDAD, 2009). Ces maladies font l objet de mesures sanitaires préfectorales lorsqu elles touchent un élevage, qui peuvent aller jusqu à l abattage de tout le cheptel. Elles sont heureusement rares et très contrôlées en France, ce qui limite la possibilité d introduction dans une exploitation. Il s agit par exemple de la Fièvre Aphteuse (FA), la Fièvre Catarrhale Ovine (FCO), la Tuberculose, la Brucellose, l Encéphalopathie Spongiforme Bovine (ESB) ou la Leucose Bovine Enzootique (LBE). Ce sont des maladies graves, parfois des zoonoses (comme la tuberculose, la brucellose ou l ESB). Nous n allons pas détailler ces maladies, mais il faut savoir qu il est important que l éleveur ait une bonne gestion des animaux entrants et une bonne connaissance des élevages d origine de ces animaux pour éviter de contaminer son exploitation et de risquer la mise en place de mesures réglementaires. La France est indemne de la plupart de ces maladies, mais pas les pays d Europe de l est ou du Maghreb, avec lesquelles il existe des échanges d animaux ou de produits d origine animale. Il faut également noter que la brucellose évolue à bas bruit dans la faune sauvage et qu il est par conséquent important de faire attention aux contacts de son cheptel avec celle-ci. Par ailleurs, la tuberculose est actuellement en recrudescence en France. Enfin, concernant la FCO, la transmission se fait exclusivement par un vecteur, comme nous l avons vu plus haut. L élimination des insectes a été la première méthode mise en place dans le cadre de la lutte contre cette maladie. La vaccination est actuellement le moyen de lutte mis en place Les maladies de seconde catégorie et les maladies certifiées Ces maladies sont moins réglementées par les instances publiques car elles sont moins graves d un point de vue sanitaire. Les maladies de seconde catégorie étaient anciennement appelées Maladies Animales à Déclaration Obligatoire (MADO). Il n y a donc pas de contrôle au niveau de l état, mais certains groupements d éleveurs ou GDS (Groupement de Défense Sanitaire) organisent des campagnes de dépistage contre certaines d entre elles. Ce sont des maladies qui touchent beaucoup d élevages français, et qui évoluent de façon chronique dans l exploitation en se transmettant d une génération à la suivante. Elles occasionnent la plupart du temps peu de symptômes aigus, mais plutôt des avortements réguliers, une baisse de la production laitière globale de l élevage, de la mortalité chez les jeunes ou encore une perte d état générale et un défaut d engraissement. Les principales maladies traitées ici en exemples sont la paratuberculose, la BVD, l IBR et la néosporose (VERMUNT et PARKINSON, 2000). Ces agents pathogènes ne sont pas à l état normal dans l environnement des animaux, mais doivent rentrer dans l élevage soit par les entrées d animaux malades, soit par le matériel ou les hommes se déplaçant entre plusieurs exploitations. L identification des maladies présentes et absentes sur l exploitation est donc essentielle. La paratuberculose est une maladie bactérienne due à Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis. Cette bactérie est très fréquente dans les élevages français, et est à l origine de diarrhée chronique et d une forte perte d état corporel malgré un appétit conservé. Elle infecte les animaux dès le plus jeune âge soit par voie oro-fécale lorsque les jeunes vivent avec les adultes, durant les premiers mois de vie, soit par transmission par le colostrum et le lait contaminé de la mère. Elle reste latente dans l organisme et commence à s exprimer après quelques gestations. Selon le site internet My Dairy Vet (2010), la bactérie peut résister deux à quatre ans dans les pâtures, et neuf à douze mois dans le fumier. Il est par conséquent très difficile de s en débarrasser, d autant plus qu il n existe pas de traitement contre ce germe. Le

37 coût de la paratuberculose dans un élevage de 50 vaches laitières est estimé à 1330 $ (environ 1000 euros) par MCKENNA et al. (2006). Ce chiffre comprend la perte de production, le remplacement des animaux malades, la fragilité vis-à-vis des autres maladies, et la diminution de la valeur de la carcasse lors de l abattage. La diarrhée virale bovine est la maladie que nous avons vue en exemple de la formation d animaux IPI plus haut. Le virus responsable entre dans un élevage par un animal infecté, par un véhicule sale, le matériel et le personnel venant d une ferme infectée. Il est également très difficile de l éliminer d une exploitation. Les conséquences financières d une infection par le BVDV en élevage sont principalement l accroissement du nombre d inséminations par vache et de l intervalle vêlage-vêlage, ainsi que la perte de production et l augmentation des réformes. Une estimation du coût de la BVD dans un élevage laitier moyen selon STOTT et al. (2012) est de 63 euros par animal et par an, soit plus de 3000 euros pour un élevage de 50 vaches laitières, tandis que la vaccination coûterait 48 euros par animal et par an. Le seul traitement de la BVD est l élimination des sources, à savoir les individus IPI, et de protéger les animaux naïfs par une vaccination. La rhinotrachéite infectieuse bovine (ou IBR) est une maladie certifiée en France. Elle est inscrite sur les cartes d identification des bovins français lorsque le statut de l élevage est connu, ce qui permet à l acheteur de savoir si l animal est issu d un troupeau testé contre cette maladie. Il s agit de l Herpesvirus bovin de type 1 (BHV-1), qui peut donc être en état de latence dans l organisme. C est un germe très contagieux et les animaux porteurs sains sont assez fréquents, d où l importance du dépistage lors de l achat d un nouvel individu. Les signes cliniques chez les animaux symptomatiques sont des inflammations du tractus respiratoire supérieur, et une chute significative de la production laitière, mais la forme clinique n existe plus en France. Selon un auteur néo-zélandais (VERMUNT et PARKINSON, 2000), les animaux sont généralement contaminés par des individus plus vieux lorsqu ils entrent dans le cheptel producteur, ou par un nouvel animal arrivant dans un troupeau naïf. La transmission est quasi-exclusivement directe, les herpesvirus étant des virus enveloppés donc très peu résistants dans l environnement. Les pertes économiques dues à l IBR sont difficilement estimables, mais peuvent facilement atteindre plusieurs milliers d euros par an, en raison de la baisse de la production de lait, d'une diminution de la fertilité, et de l obligation de réformer des animaux. L IBR n a bien sûr pas de traitement possible. Enfin, la dernière maladie que nous allons aborder est la néosporose. C est une maladie moins grave que celles précédemment citées, mais il est tout aussi difficile de l éliminer d un élevage. Elle est due au protozoaire Neospora caninum. Le principal signe d appel est l augmentation du nombre d avortements. Le parasite évolue à l état latent chez un grand nombre d animaux, les veaux sont généralement normaux, et occasionnellement un avortement a lieu sans que l on en comprenne l origine. Les veaux nés normalement sont néanmoins porteurs du parasite et des avortements apparaissent de génération en génération. Selon une étude de ASMARE et al. (2012), les vaches ayant avorté ou donné un mort né sont positives à Neospora caninum dans plus de 17 % des cas, et dans certaines exploitations, nous pouvons observer jusqu à 30 % d animaux positifs. La néosporose est donc responsable d une grosse perte financière, une vache ayant avorté ne produisant pas de lait. Bien que cela soit assez méconnu, l introduction de la maladie dans un élevage est due à l achat d une vache porteuse. Elle transmettra la maladie à la plupart de ses filles (transmission verticale). Les produits d avortement (fœtus et placenta) ne sont pas directement contagieux pour les autres vaches du troupeau. En revanche, s ils sont ingérés par un chien, celui-ci servira d hôte intermédiaire au parasite et ses selles seront infectantes pour les autres vaches (COMBES, Agri 85, 2009)

38 Ainsi, il existe une multitude de maladies d élevage qui sont à l origine de pertes économiques, de pertes d animaux, et de perte de temps pour l éleveur. Tout cela pose également le problème de la qualité sanitaire de l exploitation, allant avec le maintien des diverses qualifications et autorisations de commercialisation de denrées alimentaires à destination des Hommes. La biosécurité a pour but de lutter contre l apparition de ces maladies dans un élevage sain et de limiter la propagation des germes entre les individus de l exploitation. Une série de mesures, simples et de bon sens pour la plupart, avec un certain degré d organisation et d hygiène, sont indispensables pour protéger l élevage dans son ensemble. La figure 4 ci-après présente la diversité des sources, moyens de transmission et vecteurs (au sens large) vivants et inertes

39 Figure 4 : Sources, modes de transmission et vecteurs des maladies infectieuses

40 1.2. Grands principes de la biosécurité La biosécurité a pour objectifs d assainir un élevage, d améliorer la santé des animaux, et, par conséquent, de limiter les risques de transmission de zoonoses à l Homme. Il y a deux axes principaux dans la mise en place d un plan de lutte contre les maladies des animaux de rente, ici les bovins producteurs de lait : supprimer le risque d introduction des agents pathogènes nouveaux dans l élevage, et limiter au maximum la multiplication et la transmission d agents pathogènes à l intérieur même de l exploitation. C est ce que nous allons voir dans ce qui suit, afin de mieux estimer les différentes étapes pratiques que nous devrons mettre en place dans le plan de biosécurité appliqué à un élevage Empêcher l introduction de nouvelles maladies dans l élevage : la biosécurité externe WALLACE (2003) présente des niveaux de biosécurité externe à appliquer suivant la qualification de l élevage. Il classe ainsi tous les élevages en six niveaux de risque de faire pénétrer des agents infectieux : de 1 (risque très faible) à 6 (risque très élevé). Ainsi, un élevage classé 1 est totalement clos ou élevage fermé (aucune entrée d animal, élevage sain vis-à-vis de certaines maladies, contrôle strict de toutes les entrées de nourriture). Dans un élevage classé 2 ou 3, il n y a pas d entrée d animaux, mais des sorties pour expositions ou prêts pour un élevage classé 3. Les élevages classés 4, 5 ou 6 achètent des animaux, dont le statut sanitaire est connu pour les élevages classés 4 et 5, ou non pour les élevages classés 6, et font une quarantaine (4) ou non (5 et 6). Cette liste est ensuite nécessaire selon cet auteur pour adapter le plan de biosécurité à l élevage selon la catégorie dans laquelle ce dernier se place. Cela représente un exemple, mais montre surtout à quel point l attention doit être portée sur les nouvelles entrées d agents pathogènes dans un élevage sain. Une fois entré dans l exploitation, le germe responsable d une maladie sera en effet très difficile à éliminer. L ensemble de ces mesures peuvent donc être appelées biosécurité externe, puisqu elles ont pour but d isoler l élevage de l extérieur, sanitairement parlant au moins. Elles passent ainsi par le contrôle des animaux entrants, des personnes et véhicules se déplaçant sur l exploitation, ainsi que du matériel servant à plusieurs élevages Quarantaine systématique des animaux entrants Comme nous avons pu le voir dans la première partie, la plupart des maladies infectieuses présentes en France et potentiellement nuisibles aux élevages laitiers, sont très fréquemment introduites dans l élevage par les nouveaux animaux. Il convient de comprendre dans les nouveaux animaux de l exploitation aussi bien les achats que les individus qui sont sortis et rentrés, en ayant été en contact avec d autres animaux. Cela se produit par exemple lors d expositions, concours, ou prêts de taureaux entre élevages. Un individu porteur d un agent pathogène va le transmettre très rapidement à une grande partie du cheptel, puisque les

41 animaux déjà présents dans l élevage sont naïfs par rapport à ce germe. Ils seront généralement nombreux à développer des signes cliniques de la maladie et l éleveur peut être confronté à une forte mortalité lors de ce premier contact. La première chose à faire pour éviter d introduire de nouvelles maladies dans l élevage est donc de vérifier le statut sanitaire des animaux achetés. Il s agit non seulement de bien choisir la provenance de l animal ou du lot acheté, mais aussi de vérifier que celui-ci ne soit pas porteur d un agent pathogène, par son état de santé et des tests de dépistage. S il exprime des signes cliniques, un éleveur s en rendra compte et n achètera pas cet individu. En revanche, il y a de nombreux cas dans lesquels un animal est porteur latent ou en phase d incubation et contaminera le cheptel. Un porteur latent peut exprimer une maladie suite à un stress, il est donc important de respecter une période de quarantaine lors de toute nouvelle entrée dans un élevage. Il en est de même pour un animal rentrant d un concours qui peut parfaitement être en incubation d une maladie. Il doit donc être mis à l écart durant quelques semaines, avant d être à nouveau incorporé au reste du troupeau. Dans ce cadre, la quarantaine a pour but d observer les animaux et de surveiller l apparition de toute maladie. La période d incubation d une maladie étant rarement de plus de quelques semaines, la quarantaine généralement conseillée est trois à quatre semaines (SYLVESTRE, 2004). Le second intérêt de la période de quarantaine est bien sûr de réaliser des tests de dépistage, afin de mettre en évidence les animaux porteurs latents avant qu ils ne soient en contact avec le troupeau. En France, il existe des maladies qui sont régulièrement dépistées et pour lesquelles la plupart des élevages et des animaux ont un statut (comme l IBR), ce qui permet à l acheteur de savoir d où provient l animal. En revanche, d autres tests de dépistage sont nécessaires pour les infections non suivies usuellement, comme la néosporose, la paratuberculose (SYLVESTRE, 2004), ou la FCO (la vaccination n est plus obligatoire et il n y a pas de dépistage obligatoire) Gestion des flux de personnes et de matériel L autre voie d entrée d une maladie dans un élevage naïf est le transport passif par l Homme ou le matériel (véhicules compris). Afin de pouvoir prévenir les entrées d agents pathogènes, il est important de classer les visiteurs par catégories. Cela permet une meilleure adaptation des mesures à la personne qui pénètre dans l exploitation. L autre point essentiel est l hygiène de tout ce qui peut être en contact avec les animaux du troupeau, à savoir aussi bien les personnes que les véhicules ou le matériel commun Classement des visiteurs par catégorie BOWMAN et SHULAW (2001) classent les personnes potentiellement présentes sur l élevage en trois catégories selon le risque qu elles transportent des agents pathogènes : - Risque faible : visiteurs urbains ou sans contact avec les animaux de production. Ces personnes devraient simplement porter des vêtements et des bottes propres, ne pas apporter de nourriture sur l exploitation ni toucher les animaux. Il est tout de même important de dire à ces visiteurs de se laver les mains avant de quitter l exploitation afin de limiter le risque de contaminer d autres élevages ;

42 - Risque modéré : personnes allant régulièrement dans des fermes, mais avec des contacts réduits avec les animaux (livreurs, laitier, ouvriers du bâtiment, ). Il faudrait rajouter à la liste précédemment établie de laver et désinfecter systématiquement les bottes avant et après être passé sur l exploitation ; - Risque fort : personnes ayant des contacts très fréquents avec les animaux (éleveurs, inséminateurs, vétérinaires, ouvriers agricoles, ). Dans ce cas, les recommandations sont de plusieurs ordres. Tout d abord, le véhicule doit être propre extérieurement comme intérieurement et la personne doit arriver sur l exploitation habillée déjà proprement. Le matériel doit également être propre et désinfecté avant de venir sur la ferme. L utilisation de gants ou de cottes jetables peut être envisagée, et les vêtements et bottes doivent être nettoyés et désinfectés avant de quitter l élevage. Ce classement est très théorique et tiré de références américaines où les exploitations sont beaucoup plus grandes qu en France, mais dans le cadre de nos élevages de taille plus restreinte, il vaut mieux appliquer les recommandations les plus exigeantes. Ce qu il faut retenir de cela est qu il est essentiel que l éleveur, bien que s imposant personnellement des règles d hygiène, ne doit pas oublier l ensemble des personnes qui entrent régulièrement voire quotidiennement sur son exploitation Mesures de circulation et d hygiène pour les personnes Nous allons nous baser sur le fait que n importe quelle personne pénétrant sur l exploitation présente un danger potentiel, les individus à faible risque (urbains sans contact avec des animaux de rente) étant très peu représentés sur une ferme. Dès lors, il est nécessaire de délimiter des zones autorisées et des chemins de passage pour tous les passants. La cour de la ferme est un lieu de passage pour un grand nombre de véhicules, comme le camion de la laiterie, l inséminateur, le camion de fuel ou encore le vétérinaire. La plupart de ces personnes passent leur journée dans des exploitations agricoles et sont donc des vecteurs non négligeables de maladies et d agents pathogènes (SYLVESTRE, 2004). Il est de la responsabilité de l éleveur de veiller au respect des consignes d hygiène et de sécurité qu il établira dans son exploitation. L entrée de la ferme doit être bien délimitée et le passage des véhicules doit être indiqué. Le chemin d entrée et le parking ne doivent pas être des lieux de passage des animaux lors de leurs déplacements, mais uniquement réservés aux véhicules et personnes arrivant de l extérieur. Aucun véhicule extérieur ne devrait entrer sur l exploitation (y compris le véhicule personnel de l éleveur), mais uniquement ceux qui restent dans la ferme. Il y a ainsi un «zonage» qui est fait au sol selon l autorisation de circuler pour les véhicules. Cela correspond à des zones propres et des zones sales. Ainsi, le personnel et les véhicules ne doivent pas franchir ces limites dans une désinfection préalable (WOODGER, 1997). L éleveur peut matérialiser cela par des cordes suspendues par exemple. L entrée dans la zone de vie des animaux doit être délimitée par un sas et une zone de désinfection des bottes. Par ailleurs, toutes les zones de la ferme ne doivent pas être accessibles aux visiteurs, surtout les zones sensibles. Selon le College of Veterinary Medicine, University of Georgia (CVM UGA, 2005), il est essentiel que les zones à risque ne soient pas du tout accessibles, tout comme les zones de vie des porcelets dans un élevage naisseur porcin. Ces endroits sont principalement les enclos des jeunes veaux, la salle de traite et du tank, ainsi que les locaux de stockage des aliments

43 Contaminations entre élevages voisins La dernière source potentielle d agents pathogènes dangereux pour l élevage est le matériel qui est prêté entre exploitants voisins, coopératives, ou encore le matériel vétérinaire ou d insémination. C est à l éleveur de surveiller la propreté de tout matériel qui entre sur son exploitation et qui sera en contact avec ses animaux, et d imposer que celui-ci soit propre et désinfecté correctement (ANDERSON, 2005). Ainsi, tout ce qui rentre sur la ferme après avoir servi à d autres animaux doit absolument avoir été lavé efficacement et désinfecté avec un produit adéquat. Ces produits doivent donc être à disposition du visiteur, ainsi qu un accès à un point d eau (chaude si possible). Le matériel à usage unique doit bien évidemment être privilégié, ce qui n est pas toujours possible. Le vétérinaire ne pouvant pas stériliser ses instruments divers entre deux visites, il est nécessaire que la désinfection soit efficace et faite avant d arriver sur la ferme. Les élevages se regroupant de plus en plus aujourd hui, il est très fréquent que le gros matériel d élevage soit commun à plusieurs exploitations, notamment au travers d'une coopérative. Cela est intéressant financièrement pour l éleveur, mais constitue aussi un risque d importer dans sa ferme les germes et maladies des élevages voisins. Il est par conséquent très important de surveiller que le matériel que l éleveur emprunte à la communauté soit propre et désinfecté efficacement avant d arriver sur son élevage. Une bonne désinfection passe d abord par un nettoyage complet et un retrait de toute matière organique, puis l application d un désinfectant concentré durant une durée définie par le fabricant. Nous pourrions citer l exemple du prêt de la bétaillère à un voisin, qui n est pas nettoyée avant de servir aux animaux de la ferme. Nous verrons les protocoles précis ultérieurement, mais il est tout de même important de noter que les trois possibilités d introduction d un agent pathogène dans un élevage sont facilement évitables à partir du moment où l on applique des règles simples d organisation et d hygiène. Cela concerne les animaux que l on achète (pratiques qui commencent à entrer dans les mentalités des éleveurs), mais aussi la surveillance des passages de véhicules et de personnes, ainsi que la propreté du matériel utilisé sur les animaux. Il faut noter également qu il peut y avoir des contaminations par voisinage direct avec d autres exploitations, comme dans le cas de contacts avec animaux vivant dans des prairies adjacentes, ou lors de ruissellement d eau contaminée Limiter la propagation interne d agents pathogènes : la biosécurité interne Le second élément qu un plan de biosécurité bien construit doit mettre en avant est d éviter une multiplication des agents pathogènes déjà présents sur l élevage et de veiller à les éliminer. Cela prend bien sûr en compte aussi bien les maladies contagieuses (réglementées) que les agents opportunistes. En effet, ces derniers se développeront beaucoup plus sur un lot ou un groupe d individus soumis à une pression infectieuse si cette dernière est plus forte. La propagation d un germe à l intérieur d un élevage peut se faire d un atelier à un autre (par exemple d un atelier d engraissement de taurillons à un atelier laitier), mais aussi entre les divers groupes ou lots d un même atelier. Nous ne parlerons pas dans cette partie du cas des transmissions entre animaux d espèces différentes sur la même exploitation, puisque ce cas doit être traité comme l introduction d une nouvelle maladie. Cette transmission de maladie

44 sera pris en compte dans la biosécurité externe de l exploitation, car il est faut dans la mesure du possible qu il n y ait pas d échanges entre des ateliers d animaux d espèces différentes coexistant au sein de la même exploitation Restriction des contacts entre ateliers distincts Depuis quelques décennies, il y a de moins en moins d élevages en nombre d exploitations, malgré un nombre quasi-constant d animaux (bovins laitiers et allaitants regroupés). Ceci implique un regroupement des éleveurs, et donc une augmentation de la taille des fermes. Il y a donc plus de personnes travaillant sur la même exploitation et de plus en plus en des lieux où sont regroupés plusieurs ateliers, comme de la production laitière et de la production de viande (élevages naisseurs-engraisseurs, voire engraisseurs uniquement). Dans la plupart des cas les ateliers sont distincts géographiquement parlant, mais il est important de noter que ce ne sont pas forcément les mêmes maladies qui sont prépondérantes d un groupe à l autre et qu un agent pathogène peut facilement se transporter ou être transporté d un lieu à un autre (ANDERSON, 2009). Il est donc essentiel que chaque atelier soit géré par des personnes spécifiques (dans le cas de grosses exploitations), ou a minima que les exploitants prennent l habitude d avoir une hygiène exemplaire lorsqu ils passent d un atelier à un autre Séparation des animaux par classes d âge et statuts Comme vu plus haut, un animal peut être infecté lorsqu il est réceptif à l agent pathogène. Dans certaines maladies contre lesquelles nous allons vouloir lutter, la transmission se fait dès le plus jeune âge à partir d adultes contaminés que ce soit par les fèces ou par le lait de la mère (pour la paratuberculose par exemple). La meilleure solution pour éviter la transmission de ces maladies est donc d isoler le veau le plus rapidement possible après la naissance, et de maintenir le logement des jeunes dans un autre bâtiment que le lieu de vie des adultes (RUEST, 2006). Par ailleurs, un animal malade (présentant des signes cliniques) est significativement plus contagieux qu un porteur sain puisqu il excrète des agents pathogènes dans certaines productions corporelles (Virus Respiratoire Syncytial Bovin dans les secrétions respiratoires, Brucelles dans les produits d avortement). Il est par conséquent très important de détecter très tôt tout symptôme évocateur de maladie et d isoler l animal malade dans une zone que l on peut appeler «infirmerie». L infirmerie doit absolument être isolée des autres bâtiments et sans contact possible ni avec la stabulation, ni avec les jeunes, ni encore avec les animaux en zone de quarantaine (ANDERSON, 2009). Dans le cas de plusieurs animaux malades, il peut être nécessaire que chaque animal soit seul afin d éviter les contaminations croisées. Enfin, dans un élevage touché par la BVD, une attention particulière doit être apportée aux vaches en cours de gestation, puisque la persistance de la maladie dans l exploitation est due principalement à la création d IPI. Les vaches gestantes doivent donc être mises à l écart des jeunes, et plus particulièrement durant la période de création possible d IPI, soit entre 30 (à 40 selon les auteurs) et 125 jours de gestation

45 Pour certaines maladies il peut être intéressant de contaminer les nouveaux individus (animaux achetés ou jeunes nés sur l élevage) à un stade physiologique n engendrant pas trop de conséquences. Cela permet la création d une immunité naturelle, puis d une vie «normale» dans un milieu contaminé. C est le cas par exemple pour certaines maladies abortives pour lesquelles une immunité créée avant la gestation évite un avortement si la génisse est placée en cours de gestation dans un lot contaminé Organisation du travail Ordre chronologique dans les différentes tâches Nous nous plaçons dans le cas de bâtiments, pièces ou salles séparées par des cloisons pleines. Les animaux isolés par catégories ou lots ne peuvent pas s inter-contaminer directement, mais le problème de la manipulation persiste, a fortiori en élevage laitier ou la présence humaine parmi les animaux est forte. L éleveur ou le technicien transporte sur lui ou sur son matériel une multitude d agents infectieux. Il convient donc d adopter un ordre dans les tâches à effectuer, en allant de la zone la plus «fragile» à la zone la plus «risquée» (à la pression infectieuse potentielle la plus forte). Ces techniques sont déjà très développées en élevage industriel (porcin et aviaire) car une bactérie qui s implante dans un lot de porcelets fait énormément de dégâts. Malheureusement, les éleveurs laitiers ne mettent pas encore en place ce genre de pratiques. Il est encore beaucoup trop fréquent de voir un éleveur faire la traite, puis curer la stabulation et enfin aller donner à boire aux veaux, sans changer de cotte, désinfecter ses bottes, voire sans même se laver les mains. Ce paragraphe tient du bon sens, mais il semble nécessaire de l expliciter (CULLOR, 2004). Dans des élevages de grande taille, il faut que la personne qui s occupe des jeunes soit quasi-exclusivement limitée à cette tâche, ou du moins ne soigne pas les adultes malades ni ne manipule du fumier. Dans un élevage de taille usuelle il n y a évidemment pas suffisamment de personnel pour répartir les tâches de cette manière, mais il faudra alors respecter un ordre logique et veiller à ce qu il y ait une réelle désinfection de la personne et du matériel lors du passage entre deux lots ou deux groupes d animaux. La traite étant faite tôt, elle est nécessairement réalisée en premier. Après celle-ci, l éleveur doit changer de cotte et désinfecter ses bottes, puis s occuper des veaux. C est seulement après qu il nettoie la stabulation, nourrit les adultes, puis soigne les individus malades, et enfin va s'occuper des animaux en quarantaine. La zone de quarantaine doit systématiquement être le dernier endroit où l éleveur se rend (CVM UGA, 2005) Hygiène du personnel L hygiène passe tout d abord par les mains, qui sont au contact direct de l animal. C est un vecteur extrêmement fréquent de transmission de maladies contagieuses entre les animaux d une même ferme. Un éleveur laitier a souvent les mains usées par la traite, avec la formation de crevasses, qui sont des nids à germes. Le premier conseil à apporter est donc de porter des gants durant la traite pour limiter la transmission d un germe responsable de mammite d une vache à la suivante. Les gants en latex offrent une surface lisse qui est beaucoup plus imperméable aux germes et plus facilement nettoyable (REMY, 2009a). Le port de gants n est pas agréable pour travailler manuellement, aussi il est normal que les éleveurs n en utilisent pas pour le reste des taches quotidiennes de la ferme. En

46 revanche la qualité du lavage et de la désinfection des mains est un facteur de risque sur lequel nous pouvons parfaitement jouer. Il suffit pour cela de suivre les recommandations usuelles en termes de type de savon et de durée de lavage. Nous citerons par exemple JORDAN et al. (2001), qui écrivent que le lavage des mains nécessite six étapes, dont un temps de frottement au savon d au moins 20 secondes en insistant sur les ongles et les gerçures. Selon DUNN (2011), la durée minimale est également 20 secondes, mais il insiste aussi sur l importance d utiliser fréquemment des solutions hydro-alcooliques s il n y a pas de possibilité d avoir accès à de l eau et du savon, en pâtures par exemple. Le second principal aspect de l hygiène du personnel concerne les bottes et les vêtements. Bien qu il y ait un ordre des tâches à effectuer qui soit mis en place, il est tout de même nécessaire de veiller à se désinfecter les bottes à chaque changement de lieu avec des brosses et de l eau chaude pour retirer la matière organique. La désinfection dans un pédiluve n a d effet que si les bottes sont préalablement propres. Les bottes devraient être réservées à la ferme et y rester en permanence, elles ne doivent pas servir à une autre activité. De même, les vêtements doivent être propres chaque jour et être exclusivement réservés à la ferme. En cas de contact avec des animaux malades ou avec les animaux en quarantaine, il peut être nécessaire de changer de cotte avant de retourner s occuper des veaux ou de faire la traite du soir. Comme nous l avons dit plus haut, le véhicule servant sur la ferme doit rester à peu près propre et l éleveur doit laver et désinfecter ses bottes avant d y monter (ANDERSON, 2009). Il existe encore un aspect qui n est pas négligeable, le risque de zoonose transmise à l éleveur et à tout individu travaillant avec du bétail. L hygiène du personnel dans un élevage doit également être respectée dans ce cadre. La liste des zoonoses professionnelles liées à l élevage de bovins est rappelée dans l Annexe 1. Ce qu il faut retenir de cette première partie est basé sur du bon sens. La lutte contre les maladies en élevage relève de deux aspects : la biosécurité externe (éviter l introduction de maladies sur l élevage) et la biosécurité interne (limiter la propagation et la pullulation de germes à l intérieur de l élevage). Pour mettre en place un plan efficace de biosécurité, il faut prendre en considération ces deux axes. Ainsi, un bon plan devra s intéresser à la surveillance des entrées sur l exploitation, qu il s agisse d animaux, de personnes ou véhicules, ou de corps inertes. Il ne faut donc pas oublier qu un agent pathogène peut entrer par la voie des airs, par l eau, les écoulements, ou les aliments. Il devra également y avoir une attention portée à l organisation du travail à l intérieur de la ferme pour minimiser la propagation d un agent pathogène entre les animaux de l exploitation, et surtout entre deux lots ou deux groupes d individus

47 Deuxième Partie : Création et mise en place d un plan de Biosécurité L objet de cette deuxième partie est un travail bibliographique et de réflexion personnelle sur la mise en place d un plan de biosécurité de façon pratique. Elle veut se prétendre utile à un éleveur, un conseiller d élevage ou un vétérinaire pour réunir dans un unique document les étapes principales d un tel plan. Elle n a en effet pas vocation d expliquer précisément par des détails scientifiques les tenants et aboutissants de la biosécurité, ce qui n aurait pas d utilité pour la compréhension et l établissement d un tel plan, mais bien de définir au cours des pages ce qu il faudrait faire réellement dans un élevage laitier pour protéger la santé des bovins et améliorer l état sanitaire de l exploitation

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49 2.1. Les zones de vie et de production des animaux Dans un élevage laitier, la zone à risque concernant une contamination provenant de l extérieur est bien évidemment le lieu de vie des animaux, ainsi que la salle de traite, ou encore le local de stockage des aliments. L essentiel de l attention portera donc sur la protection de ces zones et ses conséquences sur l isolement des animaux vis-à-vis d autres élevages et congénères. Cet isolement nécessite une attention portée sur plusieurs menaces : les visiteurs et leurs véhicules et matériels, les nouveaux animaux arrivant dans l exploitation ou la faune sauvage, mais aussi la contamination des cultures et des pâtures par exemple. Concernant les contaminations provenant de l intérieur même de l élevage, l attention devra être portée sur le lieu de vie des jeunes et la transmission de mammites pendant la traite. Nous allons donc traiter ces divers aspects dans les paragraphes qui suivent Informations et matériels destinés aux personnes Affichage des consignes Une exploitation laitière est un lieu de circulation intensive au cours de la journée et de l année. Une multitude d intervenants passe sur la ferme à longueur de journée et la plupart d entre eux circule entre fermes tout le temps. Vecteurs potentiels d agents pathogènes, ceuxci représentent un risque de contamination de l élevage par une maladie jusqu alors absente. La première chose à faire par l éleveur pour faire respecter les consignes qu il a établies est de les afficher dans tous les lieux où les visiteurs peuvent passer et d'inscrire aux autres endroits que l accès est interdit (NOORDHUIZEN et al., 2008). Nous appellerons cela les zones interdites. Ces zones interdites aux visiteurs comprennent au minimum les cases des veaux, la pièce où est installé le tank à lait (sauf pour la récupération du lait par la laiterie), ainsi que le lieu de stockage des aliments. Il est important d orienter le visiteur dès l accès à la ferme et de signaler ouvertement le lieu de parking. Il faut que ce lieu soit isolé du reste de l exploitation et surtout qu il ne s agisse pas d'un point de passage des animaux lors de leurs déplacements. L entrée de la ferme doit, si possible, être unique, et indiquée comme telle. Il est nécessaire d installer des pédiluves à l entrée, ainsi qu à chaque changement d environnement à l intérieur même de l exploitation, et pour chaque pédiluve de placer une affiche rappelant l obligation de l utiliser après le lavage des bottes. Il faut également mettre à l entrée de la ferme une fiche synthétique de consignes, de façon bien visible, afin d expliciter les règles d hygiène propres à l exploitation. Celle-ci doit résumer la nécessité de lavage des bottes, des mains, les zones interdites, ainsi qu un sens de circulation dans la ferme. Chaque éleveur peut la faire de la manière qu il préfère. Un exemple est visible dans l Annexe Contrôle des véhicules et installation de rotoluves Tout véhicule entrant sur l exploitation doit être propre. Lorsqu il s agit de véhicules de personnes travaillant avec les animaux d élevage, il est important de vérifier qu ils soient

50 propres à l extérieur et à l intérieur. Intérieurement, il ne doit pas y avoir de boue ou de bouse transportées par des bottes ou vêtements sales. À l extérieur, il doit y avoir un minimum de matière organique, et les roues et arches de roues doivent être exemptes de saletés au maximum (WOODGER, 1997). Par ailleurs, il est important de surveiller ce flux de véhicules et de ne laisser entrer dans l exploitation que ceux qui sont nécessaires. Il faut limiter les circulations et veiller à ce qu ils se garent dans la zone prévue à cet effet, le plus loin possible des animaux comme vu précédemment. La personne dans le véhicule devrait utiliser des protections sur les bottes, des vêtements de protection et avoir systématiquement les mains propres avant d y monter. Pour les véhicules et personnels devant obligatoirement venir au contact étroit des zones de vie des animaux, il faut aménager des circuits et des zones spécifiques, notamment pour le camion de la laiterie, le livreur d aliments, le camion emportant les animaux vivants (installation d un quai d embarquement à l écart des stabulations) ou encore le camion d équarrissage (dépôt des animaux morts loin des bâtiments d élevage). Parallèlement à la propreté du véhicule dans son ensemble, il peut être intéressant d installer dans le chemin d entrée de la ferme un rotoluve avec du désinfectant. Certaines entreprises vendent des rotoluves mais il est possible d en construire un en béton. Celui-ci peut être très simple à mettre en place avec uniquement une bâche agricole dans un creux du chemin, remplie de désinfectant concentré. Le désinfectant utilisé peut être le même que celui qui sert aux pédiluves ou à la désinfection des bâtiments. Nous verrons les détails dans la partie concernant la désinfection, ainsi qu en annexe. Nous pouvons observer un rotoluve en coupe transversale et longitudinale dans la figure 5 ci-après, et une photographie d un rotoluve sur la figure 6. Réalisation d un rotoluve (SCHMIDT, 2003) Couche de paille ou de sable, épaisse (quelques dizaines de centimètres) ; Bâche à ensilage (pour sa résistance) d au moins 8 mètres de longueur, et relever les bords avec du sable ou un petit muret afin d avoir une petite profondeur dans le creux (10 centimètres suffisent) ; Recouvrir de matière absorbante (paille, sciure, copeaux) ; Imbiber d eau froide (toute la hauteur de la matière absorbante) ; Mettre du désinfectant une fois par jour, et remplir d eau quand nécessaire. L intérêt des rotoluves est assez discuté, car l effet désinfectant est limité selon certains auteurs. Ainsi, il semblerait que la présence d un rotoluve entraîne insidieusement un manque d attention portée à la propreté. Si l éleveur est conscient du fait qu un rotoluve n est efficace que sur un véhicule déjà propre, une désinfection avant et après passage dans la ferme est un plus

51 Figure 5 : Schéma d un rotoluve simple (Adapté de SCHMIDT, 2003) Figure 6 : Photographie d un rotoluve (Source : PELLOTIER, [ consulté le 4 décembre 2012)

52 Hygiène des visiteurs et du personnel Installation de pédiluves et désinfection des bottes Les personnes rentrant dans l exploitation et se déplaçant entre les différents lots d animaux sont des vecteurs passifs de germes et de maladies par leurs vêtements et leurs bottes. Bien que certaines règles d hygiène soient affichées et respectées, il n empêche qu un simple lavage des bottes ne suffit pas à éliminer les agents pathogènes qu elles portent. Il est donc nécessaire d installer des pédiluves avec du désinfectant à l entrée de la ferme et aux différents changements de groupes d animaux à l intérieur même de l élevage (ANDERSON, 2009). Il faut tout de même noter qu un désinfectant n est efficace que sur un matériel propre et exempt de toute matière organique visible. Les pédiluves doivent être placés à l entrée principale et de manière réfléchie dans le reste de l élevage suivant les zones à risque, c'est-à-dire à l entrée et à la sortie du bâtiment des veaux, à l entrée et à la sortie de l infirmerie et de la zone de quarantaine, et à l entrée de la salle de traite. Ils doivent être à l abri de la pluie pour éviter la dilution du désinfectant et doivent être chauffés l hiver pour éviter le gel (ne pas ajouter d antigel). Dans le cas d une fréquentation habituelle sur la ferme, les pédiluves doivent être changés tous les deux jours, plus en cas de fort passage (SCHMIDT, 2003). Réalisation d un pédiluve (SCHMIDT, 2003) : Un pédiluve devrait être composé de deux bacs en plastique. Le premier est rempli d eau pure avec une brosse et sert à nettoyer toute trace de bouse ou de fumier sur les bottes et particulièrement les semelles, car les matières organiques inactivent la plupart des désinfectants. Le second sert à la désinfection, sachant que le trempage doit durer au moins 30 secondes, voire 1 à 2 minutes. Les désinfectants usuels sont à base de chlorhexidine, de glutaraldéhyde ou de produits oxydants (cf. partie désinfection et annexes) Distribution de matériel à usage unique Le matériel à usage unique peut être un plus intéressant pour les visiteurs qui seront en contact proche avec les animaux, ou alors les personnes qui naviguent entre les fermes mais ne s approchent pas des troupeaux. En effet, ces derniers ne touchant pas des animaux, ne respectent pas spécialement de conditions d hygiène, notamment en ce qui concerne le nettoyage et la désinfection des bottes. La distribution de sur-bottes peut être nécessaire dans ce cadre (ANDERSON, 2009). Par ailleurs, la distribution de cottes jetables est à recommander lorsque l élevage se trouve dans une région où il y a une forte concentration d élevages avec des maladies contagieuses. En ce qui concerne les gants en latex, la plupart des intervenants de l élevage en sont déjà équipés, mais l éleveur peut en porter lui-même, comme nous l avons déjà évoqué Organisation des bâtiments L objectif de cette partie est d aborder de façon pratique comment devrait être organisée une exploitation laitière au niveau de l aménagement des lieux. De multiples facteurs structuraux peuvent être à l origine d une entrée ou d une multiplication accrue de micro-organismes pathogènes. Bien que la structuration même de l exploitation ne soit

53 intéressante que dans le cadre de la création d une ferme et qu un éleveur ne puisse pas modifier ensuite en profondeur les lieux, il reste tout de même certains facteurs sur lesquels il est intéressant de jouer. Nous n aborderons pas comment construire un bâtiment d élevage, puisque cet aspect est plutôt du ressort d un conseiller spécialisé tant la structure peut être complexe, mais plutôt ce qui peut être modifiable sur une exploitation préexistante Conception des bâtiments Type de sol et surface par animal Ce paragraphe ne s intéresse qu au logement des adultes, le logement des jeunes étant présenté plus tard. Il existe deux principaux types de logement chez les bovins adultes laitiers en France : la stabulation libre et le système de logettes. La stabulation entravée est de moins en moins fréquente chez nous. Dans une stabulation libre, il peut y avoir une aire bétonnée, ou alors la stabulation est composée d une aire paillée totale. La configuration qui nécessite le moins de paille et qui se salit le moins vite est l'étable à logettes (VIN et VIN-DEKOKER, 2006). La stabulation est organisée en couloirs en sol bétonné plein ou en caillebotis (avec des racleurs automatiques la plupart du temps) le long desquels il y a des logettes. Le sol des logettes est en terre battue ou en béton, recouvert de tapis en caoutchouc, de paille, ou de sciure. L inconvénient de ce type de logement est le coût d installation, ainsi que la perte de place puisqu il n est pas possible de mettre autant d animaux sur une même surface que dans une stabulation libre. Par ailleurs, il faut que les logettes soient très bien adaptées au troupeau car elles peuvent être à l origine de lésions dans le cas contraire (notamment dans le cas d un défaut de la distance entre la barre anti-avancée et le seuil de la logette). Il n est donc pas possible de changer de troupeau sans modifier les logettes, sauf lorsque les nouvelles vaches ont le même gabarit. Le second type de logement majoritairement utilisé par les éleveurs est la stabulation libre. Il s agit d un grand parc rempli en totalité ou en partie d une aire paillée, avec un accès à l auge éventuellement équipée de cornadis. Les vaches se déplacent et se couchent où elles veulent dans cet espace. L espace nécessaire par animal est moindre que dans le cas de logettes, mais la stabulation est beaucoup plus rapidement sale et le besoin quotidien en paille par animal est plus élevé. L autre inconvénient est qu il y a une accumulation de fumier sous la paille rajoutée tous les jours, qui fermente et chauffe. Les bactéries commensales s y multiplient donc très bien et en font une source majeure de germes, notamment pour les germes d environnement responsables de mammites (LAGRANGE et al., 2006). La fermentation du fumier est également à l origine d une augmentation du taux d ammoniac, ce que nous verrons dans le paragraphe suivant. Le tableau 3 ci-après présente les recommandations de surface par animal pour les vaches laitières et les génisses de plus de 6 mois

54 Tableau 3 : Recommandations de surface de vie par animal (Source : LAGRANGE et al., 2006) Remarque : une aire paillée en pente est très rare en élevage laitier, il s agit plus d une habitude dans les cases de taurillons à l engrais. L aire non paillée devant l auge est une dalle de béton en caillebotis ou non qui doit être surélevée d au moins 15 cm par rapport à la litière. Ces chiffres sont donnés pour une vache laitière Prim Holstein de poids vif dans la moyenne nationale, soit entre 600 et 700 kg (source : Association Française des éleveurs de Prim Holstein, 2012) Gestion des paramètres d ambiance L ambiance dans un bâtiment d élevage est assurée par une multitude de facteurs. Une bonne ambiance signifie un meilleur confort des animaux, et une baisse de la sensibilité des animaux aux pathogènes présents, donc une meilleure productivité et une meilleure santé du troupeau. Les paramètres d ambiance à prendre en compte sont la température, l hygrométrie, la concentration en gaz nocifs, la vitesse de l air et la luminosité (VIN et VIN-DEKOKER, 2006). En mettant la luminosité à part qui est un paramètre jouant sur la production laitière, l expression des chaleurs et divers phénomènes physiologiques nycthéméraux (en excluant l effet antimicrobien des rayonnements ultra-violets), tous les autres paramètres peuvent favoriser l apparition de maladies et notamment de troubles respiratoires, principalement chez les jeunes (veaux d élevage et génisses de moins d un an), ce que nous allons détailler dans ce qui suit. Toujours selon VIN et VIN-DEKOKER (2006), les intervalles de température recommandés varient suivant les groupes d animaux : - Veaux de moins de 8 jours : +10 à +25 C ; - Veaux de 8 à 30 jours : +5 à +25 C ; - Bovins en croissance et bovins adultes : -5 à +22 C. Il faut cependant noter que la température ambiante peut être différente de celle ressentie par les animaux, notamment si l hygrométrie ou la vitesse de l air augmentent (en période froide la température ressentie est alors plus basse que la température ambiante). L hygrométrie dans le bâtiment augmente rapidement puisqu un bovin adulte produit en moyenne 11 litres d eau par jour (CAPDEVILLE et TILLIE, 1995). L ammoniac est un gaz nocif qui est concentré dans les déjections. Il y a donc généralement une plus forte concentration en ammoniac dans une stabulation libre que dans un système de logettes. Ce gaz est irritant pour les voies respiratoires et cause des trachéites ou des bronchites. On considère que la concentration maximale moyenne dans l air ambiant

55 ne devrait pas excéder 5 à 7 ppm, ce qui correspond au seuil à partir duquel l Homme peut le sentir (VIN et VIN-DEKOKER, 2006). Un défaut de température, une odeur d ammoniac lorsque l on rentre dans une stabulation, une sensation de courant d air ou une humidité excessive sont autant de facteurs négatifs pour le bon équilibre des animaux. L origine principale de ces effets est la ventilation du bâtiment. Dans un élevage bovin, la ventilation est généralement naturelle en raison de la taille du bâtiment et des nombreuses ouvertures. Il existe différents types de bâtiments d élevage que nous ne détaillerons pas ici, mais il faut savoir que les bâtiments sont soit ouverts avec un long pan non construit sur l avant, soit fermés. Dans les deux cas, la ventilation naturelle fait appel à l effet cheminée plus, éventuellement, l effet vent. Plusieurs paramètres techniques sont à respecter pour obtenir une bonne ventilation. L efficacité du dispositif peut être vérifiée en effectuant une appréciation de l ambiance climatique. Pour cela il faut utiliser des fumigènes, réaliser des mesures d'anémométrie, d'hygrométrie et de taux d ammoniac (ambiant et quelques dizaines de centimètres au dessus du sol pour simuler ce que respire un bovin couché) Lieu de vie des jeunes Les jeunes doivent être isolés des adultes pour les raisons que nous avons développées en première partie. Cet élément doit être renforcé lorsque l élevage est touché par la paratuberculose, puisque ce sont les jeunes qui sont les plus sensibles à cette bactérie et qu elle se transmet par les bouses (WALLACE, 2003). Dans un tel élevage, il est également très important de ne pas laisser les jeunes téter leur mère. Les jeunes veaux doivent être mis au monde dans un enclos de mise bas spécifique et propre puis rapidement transférés dans des cases individuelles dans un bâtiment ou des niches à veaux à l extérieur jusqu à un minimum de trois semaines (VIN et VIN-DEKOKER, 2006), avant d être mis en petits lots de génisses pour permettre une bonne socialisation. Le problème se pose moins pour les veaux mâles qui sont vendus très jeunes dans la plupart des cas. Dans l idéal, les jeunes en cases puis en groupe doivent être dans un autre bâtiment que celui des adultes, et les plus éloignés possibles de la fosse à fumier. Les cases sont efficaces contre les germes et parasites commensaux si les parois sont pleines et les animaux soignés des sains vers les malades. En revanche l effet sur les maladies respiratoires est plus intéressant dans le cas des niches à veaux. Certains auteurs (RUEST, 2006) recommandent de différer le placement en groupes après le sevrage pour éviter d infliger deux stress simultanément. Actuellement, il est recommandé d espacer les niches de 1,2 mètre entre elles (pour limiter la contamination des veaux entre eux), de 3 mètres par rapport au bâtiment principal et de 17 mètres par rapport à la sortie de ventilation. Les génisses ne devraient pas être regroupées par lots de plus de 7 individus, ce qui diminue de façon significative la mortalité due aux maladies respiratoires. En bâtiment, le minimum de volume d air prévu par veau devrait être de 7 à 10 m 3 avant deux mois, puis 15 m 3 de deux à six mois pour diminuer l incidence des maladies respiratoires (VIN et VIN-DEKOKER, 2006). Par ailleurs, le fait de séparer les veaux qui ont déjà eu un épisode de maladie respiratoire des autres diminuerait les pneumonies après le sevrage des veaux n ayant jamais été malades (BACH et al., 2011)

56 Dans les cases individuelles, VIN et VIN-DEKOKER (2006) recommandent une surface paillée sur un caillebotis (pour faciliter l élimination de l urine) avec une largeur au moins égale à la hauteur du veau (70 à 90 cm) et une longueur supérieure à la longueur du veau (120 à 150 cm). Si les jeunes veaux sont placés dans une stabulation libre avec DAL (distributeur automatique de lait), il faut une surface minimum paillée de 1,7 m² par animal jusqu à 2 mois, puis 3 m² d aire paillée et 1,5 m² d aire bétonnée entre 2 et 6 mois. L écart maximal d âge entre les animaux ne devrait pas excéder trois semaines dans un même lot. Par ailleurs, il est important de privilégier une température froide à une température élevée. Lorsqu il fait chaud, les animaux respirent plus vite et excrètent ou reçoivent plus de germes respiratoires. Il en est de même lorsque l atmosphère est trop humide, avec de plus une augmentation de la quantité d aérosols, pathogènes ou non (VIN et VIN-DEKOKER, 2006). Ces problèmes se règlent avec la ventilation que nous avons vue dans le paragraphe précédent Entrées de nouveaux arrivants Zone de quarantaine En abordant ce sujet de façon plus pratique par rapport à la première partie, il faut que la zone de quarantaine soit totalement isolée du reste du cheptel. Cela est nécessaire pour deux raisons : protéger le troupeau de maladies extérieures possibles transmises par les nouveaux arrivants et être sûr qu aucun animal présentant des symptômes durant la période de quarantaine n ait été infecté par le troupeau. À cette seconde fin, il est très important de désinfecter la zone de quarantaine entre chaque lot d animaux achetés. L isolement par rapport au reste de la ferme comprend l isolement de l enclos dans un autre bâtiment et un accès sécurisé (au niveau de l hygiène) à ce lieu. Il faut donc installer des pédiluves, voire laisser à disposition des combinaisons jetables si cela est possible (WALLACE, 2003). Une grande majorité des maladies des bovins a une durée d incubation de moins de deux semaines. Il est donc recommandé d établir une période de quarantaine de 3 à 4 semaines pour être sûr ou quasi certain qu aucun animal ne soit porteur d une maladie usuelle. Cette durée peut être réduite à 2 semaines lorsqu il s agit d animaux de la ferme qui sont reviennent (WALLACE, 2003). Il est très important de surveiller les animaux tous les jours pour pouvoir détecter l apparition de symptômes qui peuvent être subtils et fugaces. Un animal malade en quarantaine doit être isolé très rapidement s il est avec d autres individus pour qu il ne risque pas de les rendre malades à leur tour, d autant plus si l incubation est longue. Il faut alors prolonger la quarantaine de tous les animaux. Il ne doit pas y avoir de contact direct entre les animaux en quarantaine et les animaux de l élevage, et les animaux en quarantaine doivent utiliser des zones séparées de logement, d alimentation et de vêlage, dans la mesure du possible (ANDERSON, 2009) Tests de dépistage à l entrée Comme nous l avons vu plus haut, la quarantaine doit être l occasion de réaliser un certain nombre de tests de dépistage. Suivant les régions, il est fréquent d avoir des élevages classés indemnes ou non d IBR, mais il est moins fréquent d acheter un animal testé pour la

57 BVD, la paratuberculose et encore moins pour la néosporose ou la mycoplasmose. Dans le tableau 4 ci-dessous sont récapitulés une partie des tests existant actuellement sur le marché et qu il peut être intéressant de réaliser à l introduction d un animal. La sélection de tel ou tel test doit être faite avec avis du vétérinaire et suivant la région et l origine de l animal. Tableau 4 : Principaux tests de dépistages réalisables à l introduction (d après BURET, 2006, données IDAC) Abréviations : Ac=Anticorps ; Ag=Antigène ; MAP=Mycobacterium avium paratuberculosis Maladie Méthode Objet de la recherche Meilleure sensibilité Meilleure spécificité Âge minimum IBR Elisa individuel Ac anti-gb 100 % 99,5 % Naissance Elisa individuel Ac anti-map 100 % 100 % 2 ans Paratuberculose Coproculture MAP Détection de 50 germes / g de fèces 100 % mois RT PCR ADN de MAP 10 germes / g de fèces 100 % mois Elisa individuel indirect Ag viral Gp % 100 % 3 mois BVD Elisa individuel compétition Ac antigp % 100 % 6 mois RT PCR ARN du virus Détection de 120 virus / échantillon sanguin 100 % Naissance Néosporose Elisa individuel Ac anti-n. caninum 98 % 100 % 6 mois Elisa individuel Ac anti-c. burnetii 100 % 99,5 % Naissance Fièvre Q PCR ADN de C. burnetii 40 germes / échantillon 100 % Naissance

58 Stockage des aliments Les aliments et l eau peuvent parfaitement être à l origine d une contamination des animaux du troupeau. Nous n avons pas spécialement abordé le sujet avant ce paragraphe, mais il est très important que les aliments soient contrôlés et isolés (BAMN, 2004). La diminution du risque de transmission d agents pathogènes par les aliments passe par plusieurs niveaux. La première chose à faire est bien sûr de vérifier l origine des aliments achetés (qualité, stérilisation, pesticides pour réduire le nombre de germes par exemple). Le lieu de stockage est important aussi : il doit être intégralement nettoyé et désinfecté chaque fois qu il est vide, et avant d y réinstaller un nouveau lot d aliments. De même, la zone de stockage doit être efficacement isolée vis-à-vis des oiseaux et des rongeurs. Un second aspect important de l hygiène des aliments distribués aux animaux, est qu il faut absolument éviter d utiliser le même matériel pour le fumier et pour la nourriture (ANDERSON, 2009). Si cela n est pas possible, il est nécessaire de nettoyer et désinfecter correctement ce matériel. Par ailleurs, l ajout de conservateurs peut limiter la multiplication bactérienne. Les refus doivent être retirés tous les jours et il faut veiller attentivement à ne pas distribuer de moisissures avec la ration. Enfin, il est important de surveiller l hygiène des aliments produits par l éleveur, nous aborderons ce sujet ultérieurement. L eau d abreuvement peut également être une source de contamination du cheptel. L eau de réseau de distribution est propre et désinfectée donc est peu à risque. En revanche, tous les élevages n utilisent pas le réseau de distribution d eau mais parfois de l eau locale récupérée. Celle-ci doit être contrôlée régulièrement au niveau des pathogènes qu elle peut transporter, mais aussi des produits toxiques pour les animaux (comme des pesticides), puisqu elle est sujette aux ruissellements. S il y a d autres élevages à proximité, il est nécessaire de désinfecter cette eau avant de la distribuer aux animaux. Le stockage de l eau doit être totalement à l abri des écoulements depuis le fumier, ainsi que des rongeurs (CVM UGA, 2005). Concernant la distribution de l eau aux animaux, les abreuvoirs doivent être lavés quotidiennement, et être disposés de manière judicieuse. Ainsi, il faudrait placer les abreuvoirs dans les zones de la stabulation moins fréquentés par les animaux pour limiter les projections de bouses, et les isoler des écoulements (par exemple sous les gouttières) Sécurisation des bâtiments Selon une publication du College of Veterinary Medicine de l UGA (CVM UGA, 2005), la biosécurité concerne le risque d introduction d une maladie dans un élevage accidentellement ou intentionnellement. Bien que cela ne soit pas rapporté en France, il est tout de même nécessaire de sécuriser les bâtiments contre les visiteurs non désirés. La protection physique des bâtiments et des sols passe ainsi par plusieurs éléments. Selon ces auteurs, il faut qu il y ait une unique entrée sur la ferme (ce que nous conseillons par ailleurs également) avec une porte d accès contrôlée. Il faudrait également des détecteurs de mouvement et des caméras de surveillance aux entrées des divers locaux. Les bâtiments non utilisés devraient être fermés à clef, de même que les pièces de stockage du lait et des aliments. Enfin, un programme de surveillance du voisinage devrait être mis en place. Tous ces éléments n ont pas forcément d intérêt sur notre territoire, les cas de nuisances sanitaires volontaires étant quasi-inexistants. En revanche certaines idées peuvent être conservées car elles sont intéressantes pour la protection contre les rongeurs, les animaux

59 de compagnie, ou les visiteurs (involontairement dans une grande majorité des cas) comme le fait de fermer à clef les bâtiments inutilisés ou les lieux de stockage, ou encore d avoir une entrée unique sur l exploitation La production laitière et le risque de mammites Comme nous l avons vu plus haut, les mammites sont dues à des germes de traite ou des germes d environnement. Les germes de traite (Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae, etc ) provoquent généralement des mammites subcliniques, tandis que les germes d environnement (Escherichia coli ou Streptococcus uberis principalement) sont plutôt à l origine de mammites cliniques avec forte détérioration de l état général. Mais ce ne sont que des critères servant à estimer l étiologie la plus probable des mammites d un troupeau. Des bonnes conditions d hygiène et des attentions portées à certains moments de la vie des vaches laitières peuvent jouer sur le risque de développer des mammites et ainsi en diminuer la prévalence La prévention des mammites Les vaches infectées par un germe responsable de mammites sont fréquemment porteuses chroniques. Afin d éliminer les mammites d un élevage, les deux étapes primordiales sont la suppression des sources de germes et la prévention des nouvelles infections (Source : REMY, 2009a). La suppression des sources passe soit par la réforme des animaux porteurs chroniques, soit le choix d un traitement adapté au tarissement. Les situations dans lesquelles il faut réformer une vache sont les mammites chroniques, les vaches présentant une mammite clinique deux lactations de suite, ou encore les mammites qui guérissent et rechutent. Par ailleurs, selon une étude de GREEN et al. (2007), le taux de mammites cliniques durant le premier mois de lactation est directement corrélé à la gestion du tarissement, comme par exemple l administration de traitements intramammaires de tarissement ou la vie en pâture qui diminuent le taux de mammites cliniques. L objectif d un traitement au tarissement est de réaliser l étanchéité du trayon et stimuler les défenses de la mamelle. En revanche l utilisation d antibiotiques intramammaires systématiquement au tarissement est de plus en plus discutée et semble devoir être réservée aux vaches à comptages cellulaires individuels élevés (GREEN et al., 2007). L effet protecteur n est plus prouvé et l idée de sélectionner des germes résistants à l antibiotique utilisé pose des questions. Selon une étude de ROBERT et al. (2006), il y a une différence de prévalence de mammites à streptocoques chez les vaches traitées aux antibiotiques mais pas concernant les mammites à colibacilles. Nous allons maintenant nous intéresser à la prévention des nouvelles infections. Les recommandations habituelles concernent déjà l hygiène lors de la traite et le bon fonctionnement de la machine à traire, ce que nous verrons dans le paragraphe suivant. Il est important que la traite ne soit pas stressante. La vache doit être dans un environnement calme, routinier et confortable (REMY, 2009a). La première cause de stress chez les vaches laitières est une traite douloureuse, que l on peut remarquer par des lésions sur les trayons (ulcères, crevasses, éversions du canal du trayon)

60 L hygiène doit également être surveillée après la traite, à savoir au niveau de la litière. Les trayons sont ouverts après la traite pendant une à deux heures et c est à ce moment-là que la plupart des germes d environnement pénètrent dans la mamelle. Il faut donc que les vaches ne se couchent pas directement après la traite, et aient une litière propre. L idée généralement adoptée est de distribuer la ration juste après la traite pour que les vaches ne se couchent pas immédiatement, et que la litière soit propre. Par ailleurs un trempage post-traite avec un produit désinfectant est essentiel pour détruire les germes de traite encore présents sur le trayon. Une litière accumulée pendant trop longtemps commence à fermenter et est un écosystème parfait pour les germes. La gestion de cette fermentation peut se faire par une mesure régulière de la température de la litière, reflétant bien le niveau de microbisme. Il est important que la paille soit stockée au sec, et que la quantité mise en stabulation libre (de type paillée avec aire bétonnée) soit de 1,2 à 1,6 kg/m²/jour (REMY, 2009a). Le type de sol dans les élevages en logettes peut jouer également sur l hébergement de micro-organismes, l idéal étant le tapis en caoutchouc éventuellement avec de la sciure de bois par-dessus. Selon CULLOR (2004), il est recommandé de prélever et faire analyser le lait de tank pour les germes courants de l élevage et de la région tous les mois, voire toutes les deux semaines. Par ailleurs, l entretien du sol des logettes avec enlèvement des bouses doit être fait une à deux fois par jours. WHITE et al. (2001) écrivent qu il y a des interactions d ordre écologique entre les différents micro-organismes responsables de mammites, que lorsque l on traite un animal, on libère une niche pour un autre germe, et qu il est donc essentiel de lutter simultanément contre les germes de traite et d environnement. Il existe des protections croisées entre les différentes familles de germes de mammites, ce qui jouera sur les traitements mis en place. Par ailleurs, une étude de GERLOFF (1992) a montré qu un apport en sélénium dans la ration diminuait l incidence des mammites. Cela reste tout de même à adapter selon le contexte d exploitation car les rations des bovins ont fait des progrès rapidement et sont aujourd hui généralement bien complémentées en oligo-éléments. Enfin, les mycoplasmes responsables de mammites occasionnent fréquemment un portage chronique. Lorsqu un élevage est contaminé, la seule chose à faire est d éliminer les vaches porteuses et de faire des tests de dépistage sur tous les nouveaux animaux, toutes les mammites cliniques ainsi que, tous les mois, sur le lait de tank (KIRK et MELLENBERGER, 2002) La réalisation de la traite Les informations de ce paragraphe sont tirées du Cours de Production Laitière de REMY (2009a). Comme nous l'évoquions plus haut, les vaches doivent subir une traite agréable. Il faut considérer que le stress pour une vache a lieu dans la salle de traite, mais aussi dans l aire d attente. La traite devient stressante lorsqu elle est douloureuse. La première chose à faire est de limiter l égouttage, c'est-à-dire de s équiper d une machine à traire avec décrochage automatique, ou de surveiller attentivement la fin de traite. L hygiène durant la traite correspond à une succession d actes simples à réaliser proprement. L éleveur doit se laver les mains régulièrement durant la traite afin de limiter la transmission d un germe d une vache à la suivante. La préparation des trayons passe par un bon nettoyage avec des lavettes individuelles ou une douchette. Les lavettes semblent le meilleur moyen de nettoyer les trayons sans douleur, avec de l eau tiède et du savon. Il ne

61 faut pas nettoyer la mamelle en entier, au risque d augmenter la quantité de germes sur le trayon et de favoriser les mammites. Lorsqu on utilise un produit de pré-trempage, il faut le laisser agir au moins 30 secondes afin qu il ait le temps d avoir eu son action antimicrobienne. Dans tous les cas il faut tirer quelques jets de lait dans un pot à fond noir afin de détecter précocement les mammites. Quelle que soit la méthode de préparation de la mamelle, il faut que le trayeur obtienne un bon reflexe d éjection du lait, cela permet que l éjection du lait se fasse en une fois et que la mamelle soit bien vidée à la fin de la traite, surtout lors de décrochage automatique. Après la traite, il faut appliquer un produit de trempage. Ce sont des produits antiseptiques, et certains ont un effet filmogène qui empêche les phénomènes de capillarité et limitent donc l approche des germes de l orifice du trayon. En revanche, ils n obturent pas le canal du trayon. En ce qui concerne la machine à traire à proprement parler, deux éléments sont à prendre en compte. Le premier correspond à des phénomènes occasionnant des lésions sur les trayons, qui deviennent alors une source de germe. Ce sont l égouttage ou les anneaux de compression par exemple, ou encore un vide de traite trop élevé. Le second type d éléments aggravant les mammites est lorsque la traite est à l origine d une transmission de germes. Nous pouvons citer par exemple des manchons trayeurs ou des tubes PVC vieux, donc fissurés et réservoirs de germes, surtout lorsque le circuit de la machine à traire n est pas suffisamment désinfecté. À cela s ajoutent les phénomènes d impact ou de traite humide déjà cités. En conclusion sur la traite, l éleveur doit faire vérifier sa machine à traire très régulièrement et pratiquer les nettoyages et désinfections de l ensemble de la machine après chaque traite. Par ailleurs, le tarissement est un moment essentiel pour la qualité de la lactation suivante et la diminution du risque de mammite durant les 30 jours post-vêlage. Enfin, il faut retenir au niveau de l hygiène générale autour de la traite qu un bon nettoyage des trayons est essentiel, que le trempage en fin de traite est indispensable, que les vaches ne doivent pas se coucher directement après la traite et qu il faut donc distribuer la ration à l auge et pailler la stabulation pendant la traite. L utilisation de cornadis bloquant peut être nécessaire Gestion des pâtures et des cultures Renouvellement des pâtures Les pâtures sont le lieu de contamination privilégié pour les parasites, principalement digestifs. Il y a des éleveurs qui font une rotation des pâtures mais il faut pour cela avoir suffisamment de terrain. Dans le cadre d exploitation de petite ou moyenne taille, le plus important à respecter est de ne pas mettre les jeunes en première année de pâture sur les mêmes terrains que les adultes l année précédente. En effet, les jeunes sont particulièrement sensibles aux parasites car non immunisés et il faut par conséquent les placer sur des pâtures saines où les adultes ne sont jamais allés. S il n y pas d autre possibilité, il faut toujours faire passer les jeunes sur les pâtures saines, même avant les animaux en deuxième saison de pâture (1 à 2 ans). Les programmes de vermifugation seront discutés plus loin. Les informations de ce paragraphe sont extraites du site internet du GDS

62 En ce qui concerne les agents pathogènes des maladies infectieuses non parasitaires, certains ont la capacité de résister à l extérieur entre deux lots, voire pendant un hiver et réapparaitre à la saison de pâturage suivante. Il est malheureusement difficile voire impossible de désinfecter tous les terrains d un élevage. Cela n est d ailleurs pas souhaitable car nuirait à la faune et la flore naturelle. En revanche il est envisageable de désinfecter des chemins empruntés fréquemment par les animaux, les cours en terre entre les bâtiments d élevage. Selon SCHMIDT (2003), il est possible de nettoyer les chemins herbeux à la chaux vive, à la dose de 2 tonnes par hectare. Pour les sols en terre battue, on peut utiliser du lait de chaux (400 à 500 kg / 1000 m²), et en faisant appel à un professionnel, de la soude caustique (solution à 3% et 30 à 50 kg / 1000 m²), ou éventuellement de l acide peracétique. Malgré tout, la question du respect de l environnement se pose à ce stade Biosécurité des cultures La majorité des élevages français produisent eux-mêmes une partie des aliments destinés à leur troupeau. Cela est nécessaire pour la plupart d entre eux d un point de vue financier, en raison du prix des aliments à l achat, et ainsi valoriser leurs terres. L usage des pesticides est toujours d actualité (sauf pour les élevages suivant un cahier des charges «biologique» bien sûr), mais les cultures ne sont pas pour autant protégées contre la faune sauvage ou le voisinage. Comme nous l avions vu en première partie, les aliments peuvent être une source d agents pathogènes transmissibles aux animaux de l exploitation. Cet élément est négligé en France pour le moment car il n est pas entré dans les mœurs que les cultures de la ferme peuvent être à l origine de l importation d une maladie infectieuse dans l élevage, mais il est de plus en plus développé aux États-Unis ou au Canada. La biosécurité des cultures apparaît presque aussi importante qu une bonne protection de l élevage en temps que tel, afin de mettre en place un plan de biosécurité qui se veut le plus efficace possible (Source CVM UGA, 2005). Les éléments pouvant être mis en œuvre dans le cadre de la protection des cultures sont les suivants, selon WILSON et al. (2002) : - Visiteurs : port de bottes et de vêtements propres, surtout après la visite d une autre ferme. - Surveillance fréquente des champs. - Pesticides : stocker les pesticides dans un local fermé à clé et acheter la dose correspondante à l année pour ne pas en conserver pour la saison suivante. - Ne pas importer de plants de l étranger sans savoir précisément d où ils proviennent Contacts avec le voisinage et la faune sauvage Pour des raisons évidentes d hygiène, il est absolument nécessaire que les animaux en pâtures ne puissent pas avoir de contact avec les élevages voisins. Pour cela il faut mettre en place des doubles clôtures électriques (espacées de quelques mètres) tout autour des prairies où les animaux peuvent rencontrer des congénères du voisinage. Par ailleurs, il faudrait que les femelles en chaleur ne soient pas placées dans des champs ou il y a un contact avec des élevages voisins, mais qu elles soient uniquement entourées d animaux de leur propre élevage (CVM UGA, 2005)

63 Les contacts avec la faune sauvage devraient être limités au maximum, bien que les méthodes de mise en place de telles mesures soient difficilement applicables. L éleveur doit faire le maximum, mais il n y a malheureusement pas de conseils à donner en la matière tant les contextes peuvent être différents. Les doubles clôtures électrifiées paraissent être tout de même le meilleur moyen, voire des grillages autour de l exploitation jusqu à quelques mètres de hauteur et enfouis à au moins un mètre sous la terre (ANDERSON, 2009). Il faut tout de même noter que de telles mesures isolent non seulement de la faune sauvage et du voisinage, mais aussi des promeneurs. Cela est peu fait en France certainement à cause du frein du prix et de la difficulté de mise en œuvre

64 2.2. Croissance et hygiène du troupeau de renouvellement Après avoir observé précisément les recommandations au niveau des bâtiments et terrains d une ferme laitière, nous allons nous intéresser plus spécifiquement à la préparation des génisses de renouvellement. Ces animaux sont fréquemment considérés comme des individus ne rapportant rien et donc laissés à l écart tout au long de leur croissance. Mais le troupeau de renouvellement constitue le futur troupeau reproducteur et producteur de lait. Un taux de réforme annuel de 20 à 25 % est nécessaire pour la pérennité de l exploitation, et certaines attentions portées aux génisses permettent d améliorer leur croissance, leur santé et par conséquent leur fertilité et productivité futures. Un défaut de génisses de renouvellement a deux conséquences : une perte financière due à l achat d animaux (des jeunes génisses coûtent entre 500 et 1500 euros en fonction des origines selon le site internet WebAgri, et des génisses gestantes et de bonne qualité génétique sont très chères), et le risque sanitaire engendré par l entrée d animaux externes (ANDERSON, 2009) Autour du vêlage Préparation de la mère au vêlage Certains facteurs de gestion de la vache durant la fin de gestation peuvent influencer l état de santé et d éveil du veau, voire même sa survie. La mortalité du jeune veau durant les quelques jours post-partum est un problème récurrent, principalement chez les Prim Holstein. Ainsi, l alimentation de la mère durant le dernier tiers de gestation semble jouer un rôle non négligeable. Il faut apporter une quantité adéquate d énergie et de protéines, mais la vache ne doit pas être trop grosse, au risque que le veau aussi soit gras et qu il se dépose une couche de graisse dans le bassin. Le vêlage aura une probabilité plus grande de mal se passer. La note d état corporel d une vache en fin de gestation doit être d environ 3 (sur une échelle de 1 à 5). Un autre effet associé au fait d avoir une vache dans un état corporel adéquat est que le vêlage se déroulera plus rapidement, ce qui donne un veau plus éveillé et moins sujet à être malade durant les premières semaines de vie (LORENZ et al., 2011a). Une vache qui perd trop d état corporel rapidement est susceptible de porter des jumeaux et doit donc être tarie plus tôt, avoir un apport énergétique plus grand, et être surveillée autour du vêlage. Une étude de MULLIGAN et DOHERTY (2008) a montré qu une réduction de la BACA (Bilan Alimentaire Cation Anion) durant la période sèche diminuait significativement le risque de fièvre vitulaire après le vêlage, ainsi que le nombre de veaux «mous». La mère doit être placée dans l enclos de vêlage avant de mettre bas. Il semblerait que le fait de déplacer de la mère durant la première phase du vêlage engendrait une hypomotilité utérine (d origine certainement psychogène), mais qu il était possible de la déplacer durant la deuxième phase (soit la sortie du veau). Cependant il est recommandé de ne pas interrompre le bon déroulement du vêlage afin d avoir des veaux qui naissent le plus rapidement possible, et donc en meilleure santé. Un veau qui subit un vêlage trop long commence généralement à être en anoxie et en acidose, ce qui diminue la capacité d absorption intestinale des immunoglobulines colostrales (LORENZ et al., 2011a)

65 Il est recommandé que le vêlage à proprement parler (stade 2, sortie du veau) n excède pas deux heures. Si tel est le cas, il est nécessaire d intervenir techniquement, médicalement ou chirurgicalement. Environ un tiers des vêlages sont assistés, mais il n est pas encore assez répandu en élevage laitier qu il vaut mieux réaliser une césarienne par rapport à un vêlage difficile et un veau faible durant une semaine (donc plus sujet aux diarrhées par exemple). Il est également important de signaler qu il ne faut pas forcer un vêlage et attendre que la vache soit prête. Cette préparation peut être naturelle ou médicale, mais il est inutile de tirer sur un veau lorsque le col n est pas encore assez dilaté (LORENZ et al., 2011a). Par ailleurs, dans les élevages touchés par Coxiella burnetii, GUATTEO (2005) recommande l administration d Oxytétracycline longue action (20 mg/kg) pendant le troisième trimestre de gestion deux fois à 15 jours d intervalle, bien qu aucune étude clinique ne le prouve Participation active à l éveil et l hygiène du nouveau-né Le box de vêlage Il est indispensable que le veau naisse dans un box isolé du reste du troupeau, et désinfecté peu de temps avant (RUEST, 2006). La mère, durant les derniers jours avant le vêlage, produit des sécrétions fortement contaminées si elle est porteuse d une maladie, et risque de transmettre l agent pathogène à son veau lors de la naissance. Il faut donc amener la vache dans le box de vêlage au dernier moment (quelques heures au maximum) afin qu elle contamine le moins possible ce dernier. Dès que le veau est né, il faut l enlever immédiatement et veiller à ce qu il ne boive pas le colostrum directement à la mamelle. Le box de vêlage doit être intégralement nettoyé et désinfecté après chaque mise-bas (RUEST, 2006). Il faut donc enlever toute la litière, puis laver à l eau chaude avec un détergent (à haute pression si possible). Une fois que l enclos est sec, il faut appliquer le désinfectant durant au moins 10 minutes. Ce nettoyage doit être fait directement après le vêlage, car l eau sous pression vaporise la matière organique et produit des aérosols. Il est donc important que ces aérosols soient retombés avant le vêlage suivant. Le protocole de désinfection sera vu dans une partie dédiée, puisque sa réalisation est identique quel que soit le type de bâtiment et le lieu dans l élevage. Notons tout de même qu il est important que le choix soit fait selon les maladies fréquentes de l élevage, puisque tous les désinfectants n ont pas les mêmes spectres d activité. Il faut éventuellement en choisir un second lorsque l élevage est touché par des protozoaires (comme Cryptosporidium parvum) Premiers soins La réanimation du veau nouveau-né n est pas le sujet de cette thèse, mais rappelons les notions de base concernant l éveil et l hygiène du jeune veau. La première chose à surveiller est la demi-journée qui précède le vêlage. Il ne faut pas hésiter à retarder le vêlage de quelques heures si la vache commence à avoir des contractions alors que le col est fermé (utilisation de spasmolytiques), ou au contraire à le déclencher par des corticoïdes si l on ne sent plus le veau bouger et que le terme de la gestation est dépassé (LORENZ et al., 2011a)

66 Un veau normal est vigilant et ouvre les yeux dès la sortie, et respire et éternue dans les secondes qui suivent. Il doit se mettre debout en moins d une heure. Les veaux faibles à la naissance prédisent généralement des jeunes animaux plus malades que les autres, donc plus fragiles et plus difficiles à gérer, bien qu il n y ait pas forcément de corrélation avec la qualité laitière et reproductrice que la génisse deviendra (LORENZ et al., 2011a). Les principaux moyens basiques de réanimation du veau en apnée sont de dégager les voies respiratoires supérieures à la main, suspendre le veau par les postérieurs si nécessaire, frictionner violemment l animal et l arroser d eau froide. Le traitement d un veau en anoxie consiste en la stimulation de la respiration (analeptiques cardio-respiratoires), une fluidothérapie (glucose pour l énergie, et bicarbonates pour lutter contre l acidose respiratoire) et l administration de vasodilatateurs cérébraux (vincamine/papavérine, Candilat -TVM par exemple). Des corticoïdes à action rapide peuvent être utilisés en cas de besoin. Une lutte contre l hypothermie est nécessaire lorsque le veau est faible car il se refroidit très vite. Cela peut correspondre à un défaut de sécrétion d hormones thyroïdiennes, et il faut le placer sous une lampe chauffante durant quelques heures (REMY, 2009b). Une fois que le veau respire et se tient en décubitus sternal (quelques minutes après la naissance normalement), il faut désinfecter le nombril pour limiter le risque d omphalite dans les jours ou semaines qui suivent. Dans cette optique, il faut faire attention à ne pas sectionner le cordon ombilical trop près de l abdomen, afin que les bactéries ne puissent pas remonter directement (une bonne longueur se situe entre 5 et 10 centimètres). La désinfection se fait généralement par de la teinture d iode à 5 %. Le cordon doit y tremper pendant 30 secondes à une minute afin que l effet soit optimal. Il faut toutefois faire attention à ce que l iode ne soit pas à une concentration supérieure à 7 %, au risque de faire nécroser l ombilic et accroitre la pénétration des bactéries. (Source : RUEST, 2006) Prise colostrale et transfert d immunité passive Recommandations actuelles Les bovins sont une espèce à placenta cotylédonaire de type épithéliochorial. Les échanges entre la mère et le fœtus ont lieu au niveau de ces cotylédons, répartis sur l ensemble du placenta. En revanche, il n y a passage que de petites molécules, les immunoglobulines traversant donc très peu cette barrière. Un veau nouveau-né est donc très peu pourvu d anticorps maternels, et son système immunitaire n est bien évidemment pas encore opérationnel (MAILLARD, 2009). La transmission de l immunité maternelle se fait en grande partie par le colostrum, durant les premières heures de vie. Cela s appelle le transfert d immunité passive. Des études ont montré qu un veau qui n a pas eu de colostrum à la naissance a beaucoup plus de mal à survivre qu un veau ayant une quantité adéquate. Lors de l ingestion du colostrum, les globulines vont traverser l estomac, passer directement dans l intestin (la caillette n étant pas encore développée) et être absorbées par la muqueuse intestinale. En revanche, cette capacité d absorption diminue à partir de 6 heures post-partum et devient totalement inexistante 24 heures après la naissance (LORENZ et al., 2011a). Le veau doit donc absorber sa quantité de colostrum dans les 0 à 6 heures après la naissance afin d être protégé de façon optimale

67 La quantité de colostrum à faire boire au veau varie suivant la qualité de celui-ci. L objectif est que le veau ait une concentration sérique d IgG supérieure à 12 g/l. Afin d estimer la concentration sérique en IgG chez un veau, il est possible de doser la protéinémie : une concentration sérique en protéines totales de 52 g/l correspondrait à une concentration en IgG de 10 g/l (TYLER et al., 1996). Nous observons sur la figure 7 cidessous la différence de protection des veaux suivant la qualité du colostrum administré. Figure 7 : Taux de veaux survivants au cours des premières semaines de vie suivant la qualité du colostrum (adapté de GODSON et al., 2003) Nous observons facilement sur ce graphique qu un colostrum avec un taux d IgG<10 g/l est nettement moins protecteur et que le taux de veaux morts à l âge de deux mois est proche de 10 %, contre moins de 3% lorsque le colostrum a un taux d IgG>10 g/l. Veaux survivants (%) IgG > 10 g/l IgG < 10 g/l Âge (jours) La concentration du colostrum en IgG est variable selon la race (les races à viandes produisent un meilleur colostrum que les races laitières), le numéro de lactation, et la durée du tarissement (une durée inférieure à trois semaines engendre généralement un colostrum de qualité médiocre). Les vaches Prim Holstein ont un colostrum avec une concentration moyenne en IgG de 68,5 g/l, ce qui est correct, mais jusqu à une vache sur trois produit un colostrum avec une concentration inférieure à 50 g/l. Il faut également noter que plus une vache est haute productrice, moins le colostrum sera concentré (par effet de dilution). Il existe actuellement des réfractomètres permettant à l éleveur de vérifier en routine la richesse du colostrum en IgG. Les recommandations actuelles sont d environ 3 litres de colostrum de bonne qualité dans les 2 heures après la naissance (lors d utilisation d une sonde œsophagienne) ou d au moins 3 litres dans les 4 heures et un total de 4 litres dans les 12 premières heures de vie par voie naturelle (LORENZ et al., 2011a). En ce qui concerne la récupération du colostrum, le taux d IgG dans le colostrum d une vache diminue de 3,7 % par heure après le vêlage. Il est donc essentiel de traire la vache le plus rapidement possible après la mise-bas. Lorsque la mère a un colostrum de pauvre qualité ou qu elle est excrétrice de germes transmissibles par le lait (comme dans le cas de la paratuberculose par exemple), il peut être nécessaire d utiliser le colostrum d une autre vache de la ferme. Certaines mères produisent une grande quantité de colostrum, qu il est possible de congeler. Il peut être conservé à -18 C pendant un an sans altération de sa

68 qualité. La décongélation doit être faite au bain-marie sans dépasser une eau à 50 C, au risque de dénaturer les protéines (dont les immunoglobulines). Lorsque le colostrum est potentiellement contaminé par des colonies bactériennes (il faut qu il y ait moins de cfu/ml et moins de cfu/ml de bactéries fécales), l éleveur peut le stériliser par un traitement à 60 C pendant 30 minutes (LORENZ et al., 2011a). En effet, une trop importante colonisation bactérienne augmente non seulement le risque de diarrhée chez le veau, mais diminue aussi l absorption intestinale du colostrum. Enfin, il existe sur le marché du colostrum lyophilisé ou directement administrable aux veaux, ou encore des immunoglobulines qui assureraient une protection locale durant les premières semaines de vie, jusqu à ce que le veau développe sa propre immunité. Ce sont des produits qui peuvent s avérer nécessaires, mais qui ne protégeront jamais le veau contre les bactéries de son environnement, contrairement au colostrum d une vache de l élevage. Il semble plus judicieux que l éleveur crée sa propre banque de colostrum congelé afin de pallier une mère produisant un colostrum de mauvaise qualité ou à une mère porteuse chronique d une maladie à éradiquer Intérêt de la vaccination des mères Nous nous intéressons dans ce paragraphe à la transmission des anticorps vaccinaux de la mère au veau. Cela comprend deux types de vaccins : les vaccins habituels de la mère, et les vaccins administrés à la mère destinés à protéger le veau. Les premiers types de vaccins ne nous concernent pas réellement dans le cadre de la biosécurité. Si le veau nait dans un élevage d animaux vaccinés, il ne sera pas soumis à une contamination dans les premiers mois de vie, et sa propre vaccination sera donc suffisante. S il nait dans un élevage contaminé (par l IBR par exemple), il peut être nécessaire que le jeune soit protégé dès la naissance, et les fabricants de vaccins précisent s il y a une transmission des anticorps de la mère au jeune. Il faut donc choisir le vaccin de manière judicieuse. En revanche, la question qui nous intéresse ici concerne les vaccins administrés à la mère, mais destinés uniquement à la protection du veau. Il existe des vaccins de ce genre concernant les diarrhées du veau. Ces vaccins protègent généralement contre Escherichia coli (divers sérotypes), ainsi que les rotavirus et les coronavirus. Les vaches doivent être vaccinées dans le dernier tiers de gestation, et transmettent des anticorps dans le colostrum afin de protéger le veau contre les agents entériques principaux. Il n existe pas de vaccin maternel contre les agents respiratoires, mais les mères sont généralement immunisées contre les germes endémiques de l élevage. Il est par contre possible de vacciner les veaux (notamment contre le VRSB) à partir d une semaine après la naissance, malgré la présence d anticorps maternels. Des études récentes ont montré que le veau produit de faibles taux d anticorps dans ce cas, mais que son immunité est meilleure au rappel que chez les veaux primo-vaccinés entre 2 et 3 mois. (Sources : BURET, 2006 ; RUEST, 2006)

69 De la naissance au sevrage Premières vaccinations Les vaccinations contre les diarrhées du veau peuvent être de deux types. Le premier, et le plus efficace, est la vaccination des mères comme vu plus haut, et impose une surveillance de la prise colostrale (ce qui est quasi-généralisé en élevage laitier). Lorsque cela est impossible ou que le temps entre la vaccination et le vêlage est trop court, il existe des vaccins oraux pour les veaux, afin d assurer une protection locale. Ces vaccins ont une efficacité discutée suivant les pathogènes contre lesquels ils prétendent lutter. Les vaccins oraux contre E. coli diminuent l importance et la durée de la diarrhée. En revanche, les vaccins oraux contre les rotavirus ne semblent pas très intéressants, d autant plus que les mères sont généralement immunisées contre ce virus et transmettent donc leurs anticorps dans le colostrum. Il faut que ces vaccins oraux soient administrés le plus rapidement possible après la naissance pour assurer une protection optimale. (Source : RUEST, 2006). En ce qui concerne les maladies respiratoires, il n existe pas de vaccin administré à la mère dans le but de protéger le jeune. Les veaux qui vivent dans un environnement avec une certaine concentration en virus ou bactéries respiratoires, sont sujets à développer des pneumonies. Il existe des vaccins contre certains virus et certaines bactéries respiratoires, la plupart du temps à plusieurs valences. Ces vaccins sont généralement à administrer par voie intranasale. Leur objectif est de protéger contre les infections virales, qui détruisent le tractus respiratoire et favorisent la surinfection bactérienne. Ces virus engendrant une fragilité du système respiratoire sont le virus de l IBR, le Virus Respiratoire Syncytial Bovin, le Para- Influenza 3 et le virus de la BVD en règle générale (BURET, 2006). Les anticorps maternels protègent le veau jusqu à l âge de 2 à 3 mois, mais uniquement si la prise colostrale a été efficace et bien faite. Il est donc possible de vacciner les veaux à partir d une semaine. Il n est pas recommandé de les vacciner plus jeune, en raison de la sécrétion de corticoïdes au moment de la naissance, qui déprime fortement le système immunitaire (RUEST, 2006). Le tableau 5 ci-dessous présente les différents vaccins contre les virus à tropisme respiratoire présents sur le marché vétérinaire actuellement. Tableau 5 : Exemples de protocoles de vaccination du veau contre les virus respiratoires usuels (Source : DMV, 2012 ; RUEST, 2006) L utilisation de tel ou tel vaccin doit être appuyée d une démarche clinique et épidémiologique complète par le vétérinaire de l élevage Vaccins Agents Protocoles chez le veau Vivant modifié (IM OU SC) IBR, BVD, PI3, BRSV 1 dose à 1 semaine puis rappel à 6 mois et 1 mois avant la saillie Vivant modifié (IN) IBR, PI3 (+/- BRSV) 1 fois, et rappel à six mois

70 Inactivé (IM ou SC) IBR, BVD, PI3, BRSV 2 doses à 3-4 semaines d intervalle puis rappel à 6 mois Génétiquement modifié (IM) IBR, PI3 2 doses à 3-4 semaines d intervalle puis rappel à 6 mois La meilleure protection pour les veaux de quelques semaines est certainement la vaccination intranasale (IN), mais elle ne permet pas une immunité de long terme, et doit donc être complétée par une vaccination traditionnelle à partir du moment où le système immunitaire devient compétent, vers 6 mois. Notons tout de même qu un vaccin ne protège pas à 100 % et qu un bon protocole de vaccination sur les veaux ne dispense pas de bonnes pratiques d élevage et d hygiène (RUEST, 2006). Les autres vaccins à envisager, selon les maladies fréquentes de l exploitation, sont par exemple le vaccin contre l entérotoxémie (Clostridium perfringens) et contre la teigne. Le vaccin contre l entérotoxémie peut être utilisé à partir de quelques semaines (lorsque les veaux sont issus de mères non vaccinées) et assure une protection croisée assez efficace contre différentes espèces de Clostridium (Source : RCP Miloxan, Laboratoire MERIAL, DMV 2012). Le vaccin de la teigne quant à lui n est efficace que lorsque tout le troupeau est vacciné. Dans les troupeaux où la teigne est présente, il doit être administré deux fois à quelques semaines d intervalle, et est utilisé pour la prévention de la teigne en milieu infecté. Ces vaccins sont issus d une souche de Trichophyton verrucosum. Tous ces protocoles vaccinaux sont à adapter avec le vétérinaire suivant les besoins spécifiques de l élevage, il faut se référer au fabricant du vaccin pour des détails sur les protocoles, âge minimum et possibilité de vacciner les animaux gestants Influence de la qualité de l alimentation sur la santé des veaux Il a longtemps été considéré qu il fallait restreindre rapidement la consommation de lait chez le veau afin de stimuler la prise de concentrés. Cela avait pour objectif de limiter le coût du lait, et à sevrer les jeunes le plus tôt possible. Ainsi, les veaux recevaient 10 % de leur poids vif (PV), ce qui représente approximativement la moitié de leurs besoins réels de croissance. Un jeune veau a besoin de 20 % de son PV en lait quotidiennement pour développer de façon optimale son organisme et son système immunitaire. Le GMQ (Gain Moyen Quotidien) peut ainsi arriver à 1 kg. Par ailleurs, contrairement à ce qu il est dit habituellement, de grandes quantités de lait ne causent pas de diarrhée, mais la diarrhée du veau (d origine alimentaire) provient d une mauvaise qualité du lait distribué (LORENZ et al., 2011a). Selon certaines études récentes, le fait de nourrir un veau avec une grande quantité de lait durant les premières semaines de vie accélèrerait le développement de la fonction immunitaire, et diminuerait significativement la mortalité et l incidence de diarrhées et pneumonies. Il est donc recommandé de donner quotidiennement aux veaux une quantité de

71 lait correspondant à 15 % de leur PV par jour en deux repas, et un accès illimité aux concentrés (LORENZ et al., 2011a). Une ration de lait distribuée en une fois risquerait une forte surcharge de l abomasum et des troubles digestifs. La quantité de lait peut être réduite à 10 % du PV à partir de 3 semaines d âge, et le veau peut être sevré lorsqu il consomme au moins 1 kg de concentrés par jours (soit entre 5 et 6 semaines en règle générale). Il est également prouvé qu un sevrage brutal affecte la croissance et qu il faut par conséquent étaler le sevrage sur quelques jours (JASPER et al., 2008). De même, un sevrage trop précoce cause un stress nutritionnel chez le veau et accentuerait l intensité et la fréquence du parasitisme interne, de même que les signes cliniques de coccidiose (PETTERSSON et al., 2001). La consommation énergétique du jeune veau s accroît beaucoup lorsque le système immunitaire doit lutter contre une infection. Il faut donc augmenter la prise alimentaire d un veau malade afin qu il guérisse plus rapidement (GORDEN et PLUMMER, 2010). Cela est bien sûr à moduler dans les premiers jours lorsqu il s agit de diarrhée. Beaucoup d éleveurs nourrissent les veaux avec le lait qui ne convient pas à la consommation humaine (lait de vaches à cellules, lait des vaches traitées aux antibiotiques et pendant la durée du temps d attente). Selon GODDEN et al. (2005), si l on compare l utilisation de ce lait avec celle du lait de remplacement à 20 % de protéines et 20 % de matières grasses, on observe significativement moins de maladies respiratoires chez les veaux avec le lait non commercialisable. Cependant, il est nécessaire de le pasteuriser et de vérifier la nature des bactéries qu il contient. Un lait pasteurisé doit être donné rapidement aux veaux, car la chaleur peut stimuler la multiplication bactérienne. Il est également écrit qu il ne faut pas donner de lait de vache aux veaux lorsque l élevage est touché par la paratuberculose. Il n est pas conseillé de donner aux veaux le lait d une vache sous traitement antibiotique, en raison du risque de développement de résistances dans la flore commensale du veau. Enfin, une étude de BERGE et al. (2008) montre qu une supplémentation quotidienne avec de petites quantités de colostrum durant les 2 à 4 premières semaines de vie du veau diminue l incidence et la gravité des diarrhées. Cela est très certainement dû à un soutien de l immunité intestinale locale. Il n y a par contre pas de modifications de la mortalité ou de l incidence des affections respiratoires Du sevrage à la mise à la reproduction Augmenter la résistance des animaux aux infections Une fois le sevrage des veaux passé, vers 5 à 6 semaines en moyenne, les génisses sont regroupées en lots. Il est conseillé de laisser s écouler une semaine entre le sevrage et la mise en groupe afin de ne pas multiplier les situations de stress. Il est important de regrouper les animaux avec des écarts d âge de moins de deux mois, et de les garder toujours à l écart des adultes. Le nombre d animaux par lot doit être inférieur ou égal à 7 pour diminuer le taux d incidence des maladies respiratoires (VIN et VIN-DEKOKER, 2006). Il y a des élevages qui mettent les génisses en stabulation attachée, mais cela est assez rare et la stabulation libre reste la meilleure option, à partir du moment où les animaux ont un minimum de volume d air de 15 m 3 par individu (BURET, 2006). Les objectifs de l élevage des génisses sont de renforcer leur immunité et qu elles aient un bon état général pour la mise à la reproduction, entre l âge de 1 an et 1 an et demi

72 dans la plupart des élevages laitiers. La première chose à faire pour améliorer l immunité est de réduire le stress au minimum. Le stress crée une décharge de corticoïdes, qui inhibent le système immunitaire et favorisent les infections, et par conséquent le mauvais état de santé et la perte de croissance (RUEST, 2006). Le stress est un stimulus ou un évènement externe ou interne qui modifie l équilibre physique ou psychique. Les premiers facteurs de stress chez une génisse proviennent de gestes violents de la part de l éleveur. Il faut être calme avec les animaux, et utiliser des moyens de contention appropriés pour les individus non coopératifs. Par ailleurs, une manipulation stressante fatigue l animal, le fait de courir accroit son rythme respiratoire ce qui fait voler la poussière, augmente l excrétion d agents pathogènes et favorise la transmission des maladies dans le lot de génisses (GORDEN et PLUMMER, 2010). La plupart des éleveurs pratiquent l écornage des génisses pour une raison pratiques et de sécurité. Il doit avoir lieu le plus tôt possible dans la vie de l animal, soit dès que les bourgeons de cornes sont palpables. L utilisation d un écorneur électrique est la pratique la moins stressante et la plus efficace. Mais pour que cette technique soit réalisable, il faut qu elle ait lieu avant que les cornes soient dures. Il est important de réaliser une anesthésie locale lors de l écornage, et d avoir un moyen de contention adapté, pour d évidentes raisons de sécurité (surtout lorsque les animaux ont plusieurs mois) et pour limiter encore le stress généré. Le bien-être animal doit par ailleurs bien évidemment être pris en compte. Enfin, la résistance des animaux aux infections passe en grande partie par la qualité et l équilibre de la ration. Il faut que les quantités d énergie et de protéines soient suffisantes, et que la quantité de fibre soit augmentée progressivement pour permettre un bon développement du rumen (GODDEN et al., 2005). Nous ne détaillerons pas plus car cela n est pas l objet de cette thèse Appliquer une médication préventive Le bon développement des génisses de remplacement implique nécessairement une médication préventive, pour obtenir des animaux sains et ayant bien grandi. Ce que nous appelons médication préventive comprend les vaccinations et les vermifugations, mais aussi les complémentations alimentaires. Notons que l antibioprévention est actuellement interdite, mais il reste possible de faire de la métaphylaxie. Ce n est pas une pratique réellement préventive, mais elle peut être intéressante lors de la contamination d un lot, ce que nous verrons plus bas. Les vaccinations ont généralement déjà été effectuées chez les jeunes veaux, et il faut faire un rappel vers 6 mois d âge, ce qui est récapitulé dans le tableau 5 plus haut. Dans un élevage touché par de la cryptosporidiose, il faut ajouter des antiparasitaires dans la ration pendant une durée plus ou moins longue, selon les recommandations du fabricant et du vétérinaire (RUEST, 2006). En ce qui concerne la coccidiose, il est possible d incorporer des coccidiostatiques à la ration après le sevrage et pendant un mois en général lors de traitement préventif. Toutefois, ces traitements ne sont pas totalement efficaces, il convient d y ajouter un traitement symptomatique et surtout une bonne gestion de l hygiène et de la désinfection des locaux, permettant de limiter l utilisation de traitements et de développer l immunité naturelle (LORENZ et al., 2011b)

73 Les vermifuges sont à utiliser lors de la mise au pâturage, en raison de la présence obligatoire d œufs de parasites dans les champs. Comme nous l avons vu plus haut, il faut que les jeunes en première saison de pâture aillent dans des endroits n ayant jamais été fréquenté par des adultes. Cela est important pour que la pression infectieuse en parasites soit faible à modérée. Dans ce cas, l usage des vermifuges de façon systématique est controversé, car ils empêchent les animaux de développer une bonne immunité naturelle. Ils sont tout de même nécessaires si les pâtures sont trop petites où pas assez nombreuses. Idéalement, il faudrait que les animaux puissent changer de champs avant qu ils n aient à manger de l herbe jeune en repousse et l herbe autour des bouses, bien que cela ne soit pas toujours possible. Le protocole de vermifugation doit être mis en place avec le vétérinaire. Cette médication préventive est allopathique et nécessaire, mais il est possible d ajouter à ces protocoles des suppléments alimentaires avec des vitamines ou oligo-éléments pour améliorer la croissance et l immunité des génisses. Cela ne concerne bien sûr pas directement la biosécurité, mais ce sont des traitements potentiellement intéressants à mettre en place pour compléter un plan de biosécurité déjà bien établi dans un élevage présentant une bonne hygiène et une bonne santé des animaux. Enfin, la métaphylaxie correspond au traitement de l ensemble d un lot à partir de l observation d un certain nombre d individus malades dans ce lot. C est une pratique fréquemment mise en place en élevage allaitant lors de l engraissement de taurillons avec des problèmes respiratoires, mais moins en élevage laitier. Ces traitements peuvent être envisagés lors de pneumonies épizootiques flambant dans un ou plusieurs lots de génisses, avec des traitements antibiotiques préventifs sur tous les individus, bien que la question du risque de développer des résistances se pose (GORDEN et PLUMMER, 2010). La vaccination intranasale tardive est également utilisée parfois, mais il n y a pas de réelle preuve de son efficacité. Il convient de toute façon d isoler les animaux malades le plus rapidement possible. Certains vétérinaires ou éleveurs utilisent des compléments alimentaires dans la ration, avec par exemple de la vitamine C et de l acide acétylsalicylique, qui montrent parfois de bons résultats. Enfin, selon BURET (2006), l administration de Colistine par voie orale aux jeunes bovins pendant 5 à 7 jours, voire en péri partum, dans les élevages infectés par des salmonelloses digestives Préparer les génisses à la mise à la reproduction L objectif généralement admis pour les élevages laitiers à haut potentiel est que les génisses vêlent à 24 mois en moyenne. Pour cela, elles doivent être insérées au troupeau de reproduction vers 12 à 13 mois, afin qu elles soient toutes gestantes à 15 mois, puisque les génisses hautes productrices ne prennent pas toujours bien en première insémination (Institut de l Élevage, 2011). Dans les élevages avec des animaux forts producteurs il est souvent nécessaire de synchroniser les chaleurs des génisses pour obtenir des résultats satisfaisants. Selon CARSON (2011), une génisse mise à la reproduction devrait avoir atteint 60 % de son poids adulte (soit 380 à 400 kg pour une génisse Holstein normalement constituée) et un peu moins de 130 cm au garrot. Pour arriver à ces valeurs vers l âge de 13 mois, l ensemble de la croissance doit être contrôlé, et la présence d une diarrhée sévère ou de pneumonie lors du jeune âge peut parfaitement empêcher l animal d atteindre de tels

74 objectifs. Cela donne une nouvelle fois une confirmation que la croissance lors du jeune âge est importante et que les soins apportés aux jeunes destinés au troupeau de remplacement sont absolument indispensables pour obtenir un élevage rentable et produisant de la valeur ajoutée. Ce sont la nutrition et la santé des animaux qui conditionnent non seulement leur croissance, mais aussi leur fertilité lors de la mise à la reproduction, d autant plus qu il y peu de monte naturelle en élevage laitier. En conclusion de cette partie sur l élevage du troupeau de renouvellement, on se rend bien compte que l attention portée aux génisses paye au moment de leur entrée dans le circuit productif, soit à partir de la mise à la reproduction. En effet, à partir de la naissance et jusqu à l âge de mois pour les élevages au plus haut potentiel, mois pour les autres, les veaux puis les jeunes génisses ont besoin d un logement adapté et confortable, d une alimentation équilibrée et de traitements réguliers (exclusivement préventifs dans le cadre de la biosécurité) afin d avoir la meilleure croissance et le meilleur système immunitaire possibles. C est déjà le jour de la naissance que l avenir productif d un veau se joue et par conséquent la rentabilité de l exploitation. Ceci est trop souvent négligé par l éleveur. Un manque d attention envers le troupeau de renouvellement, malgré toutes les bonnes volontés d hygiène, crée une perte financière non récupérable

75 2.3. Nettoyage et désinfection Maintenant que nous avons fait un bilan des pratiques d élevage et d hygiène à appliquer pour mettre en place un plan de biosécurité et pour que l éleveur puisse protéger son exploitation, nous allons nous pencher sur les protocoles usuels de désinfection afin de pouvoir décontaminer efficacement un élevage. Cela va s intéresser principalement à la façon de nettoyer et désinfecter des locaux, mais nous aborderons aussi les spécificités du box de vêlage où la pression infectieuse doit être au plus bas possible, ainsi que la désinfection du matériel. Contrairement à l élevage industriel, il n est pas possible de faire un vide sanitaire en élevage bovin, puisque les animaux sont présents toute l année sur l exploitation. On considère qu on nettoie efficacement un bâtiment d élevage lorsque l on a réduit le nombre de bactéries d un facteur égal à 100 (HESKIA, 2011). Quel que soit le type d élevage, bovin, porcin ou aviaire, les protocoles pour nettoyer un bâtiment sont identiques, à l exception du vide sanitaire. La désinfection doit être faite lorsque les animaux sont à l extérieur. L objectif de la désinfection d un bâtiment qui semble pourtant dans un état de propreté correct est d éliminer les germes qui résistent à la saison estivale et qui infectent à nouveau les animaux à l automne (MALZIEU, 2006). De nombreux germes d élevage ont une survie de plusieurs mois, survie qui est augmentée lorsqu ils vivent dans de la matière organique. Il est bien sûr évident que le bâtiment ne sera pas stérile, mais le but de la désinfection est de ramener leur nombre à quelque chose de compatible avec la vie en communauté des animaux. Dans le tableau 6 ci-après sont présentées les durées de survie dans le milieu extérieur de quelques agents responsables de diarrhées néonatales. Tableau 6 : Résistance d agents responsables de diarrhées néonatales dans le milieu extérieur (Source : MALZIEU, Réseau FARAGO, 2006) Nous observons sur ce tableau que de nombreux agents pathogènes responsables de diarrhées néonatales sur les veaux sont très résistants et peuvent passer l été sans problème pour infecter les nouveaux nés à l hiver suivant. Ces durées de survie sont généralement augmentées lorsque l environnement est plus humide, comme dans le cas d une litière

76 Nettoyage complet Retrait du fumier et nettoyage à sec L étape préalable à une bonne désinfection est le nettoyage de tout le fumier présent dans la stabulation. Il est également nécessaire de retirer toute autre matière organique, comme les refus alimentaires, source non négligeable de germes, avant de commencer à nettoyer. La matière organique inactive la plupart des désinfectants, il faut donc en retirer le plus possible (SHULAW et BOWMAN, 2001). On retire ainsi dans un premier temps le gros du fumier et des restes d aliments. Une fois la plus grosse partie enlevée, il faut nettoyer à sec le bâtiment afin d ôter ce qu il reste de matière organique, au balai. Le bâtiment doit être dépoussiéré au maximum, les aérosols étant d excellents vecteurs d agents pathogènes. Il faut également retirer tout le matériel mobile comme les distributeurs d aliments ou les barrières, qui sont généralement très souillés de bouses et de projections, et donc des sources de micro-organismes. Ces éléments seront nettoyés et désinfectés à l écart avant d être réinstallés dans le bâtiment (MALZIEU, 2006). À la fin de ce nettoyage, il faut protéger tout ce qui ne supporte pas l eau comme les installations électriques Lavage haute pression Une fois que la matière organique a été retirée au maximum, la seconde étape est un lavage à l eau sous haute pression. Il s agit en réalité d un décapage. Le trempage préalable facilite énormément le décapage et peut faire gagner jusqu à la moitié du temps nécessaire. Il faut humidifier le sol et les parois avec de l eau basse pression. En temps normal il suffit de 1 à 1,5 litres par m² si le nettoyage à sec a été bien fait (WOODGER, 1997). Il est possible d ajouter à l eau de trempage un détergent, aussi bien dans le bâtiment que sur le matériel mobile. Ce détergent peut être appliqué avec un canon à mousse. L intérêt d un détergent est multiple : modifier l état de surface de l eau à l aide de tensioactifs pour mouiller plus parfaitement les objets et surfaces, hydrolyser les souillures hydrophobes (souillures graisseuses), et maintenir en suspension la matière organique. Un bon détergent doit donc être composé d une structure active de base, d un agent tensioactif, d un agent mouillant et de stabilisants pour la mousse. L utilisation d un détergent permet de faciliter l élimination des biofilms entre autres. La durée d'action idéale du produit de trempage est de 3 à 5 heures pour que la matière organique ait le temps d être mouillée (et donc ramollie) mais sans commencer à sécher (MALZIEU, 2006). Cette durée est à moduler selon la température. L éleveur peut alors commencer le décapage avec de l eau sous haute pression. S il est bien réalisé, le décapage permet de retirer 70 à 90 % des germes présents initialement dans le bâtiment. La pression du surpresseur doit être de 100 à 200 bars, avec un débit de 50 à 70 litres par minute. Il est nécessaire de fonctionner méthodiquement en commençant par les zones les plus sales et les plafonds, en allant vers le sol et les zones les plus propres. Le décapage à haute pression forme en effet un brouillard et une forte mise en suspension d aérosols. Il est conseillé d utiliser un jet rotatif, qui améliore nettement la facilité et le temps nécessaire au trempage (de type rotabuse). En revanche, un jet plat permet une meilleure pénétration dans les

77 anfractuosités qui devront sinon être nettoyées à la brosse. Il faut que l angle d attaque soit important (30 à 40 ) pour améliorer l efficacité du décapage (MALZIEU, 2006). Il est parfois nécessaire de réaliser un rinçage après ce décapage pour finir de retirer le détergent, pouvant interagir négativement avec le désinfectant. On peut voir ci-dessous sur la figure 8 un exemple de détergent utilisable pour le trempage d un bâtiment de bovins et conjointement avec les désinfectants usuels. Lors de nettoyage à haute pression ou d utilisation de produits toxiques, l utilisateur doit impérativement se protéger, d autant plus s il s agit d un employé. Les protections doivent être étanches, résistantes aux détergents et désinfectants. Elles doivent se présenter sous la forme d une combinaison avec capuche, et être complétées d un masque empêchant le passage de spores, de bactéries et de virus, et de lunettes protectrices (KAHRS, 1995). Figure 8 : Exemple de détergent pour trempage et décapage d un bâtiment d élevage (Source : notice Enzimouss, laboratoire Ocène)

78 Qualité de l eau utilisée Tous les systèmes d approvisionnement en eau contiennent des bactéries, et plus spécialement les réserves d eau privées dans les élevages. Il peut y avoir une accumulation de poussière et de saletés, et surtout une contamination par ruissellement des eaux de l élevage. L eau du réseau de distribution présente une concentration en bactéries moins grande, mais a l inconvénient d être nécessairement beaucoup plus chère. Le problème que pose la contamination de l eau a un double impact dans notre cas : le premier risque est l infection des animaux par l eau de boisson. Nous ne développerons pas plus cet aspect. En revanche dans le cadre de la désinfection des bâtiments d élevage, la présence de bactéries ou de poussières dans le réseau d eau peut inactiver une partie des détergents et désinfectants utilisés. Il peut être nécessaire de décontaminer et nettoyer l eau avant son utilisation (WOODGER, 1997). Il existe des systèmes de désinfection de l eau sur le marché de l élevage en France, avec ou sans ajout de produits chimiques. Il peut s agir d un traitement au chlore, le plus habituel, aux U.V. (intéressant dans les élevages en Agriculture Biologique notamment), ou par électro-activation par exemple (Source : Site internet du laboratoire Ocène). Il existe également des possibilités de traitement physico-chimique de l eau pour diminuer la concentration en composés chimiques nocifs (fer, manganèse, nitrites, etc ), adoucir l eau, ou encore retirer la terre qui peut y être présente, mais il s agit dans ce cas de traitements pour l eau de boisson. D autre part, la présence de biofilms dans les canalisations d eau est une problématique importante. Les biofilms se forment avec le temps par dépôt de matière organique sur les parois internes des tuyaux de distribution d eau. Il y a alors la mise en place d un écosystème bactérien organisé et autonome qu il est très difficile d éliminer. Lors de la circulation de l eau, des morceaux entiers peuvent se détacher et créer un pic de contamination bactérienne. La lutte contre les biofilms est à prendre en compte dans un plan de biosécurité par l utilisation régulière de détergents, de manière à solubiliser les dépôts avant qu ils ne s organisent. L utilisation d eau chaude est recommandée car elle solubilise beaucoup mieux les graisses et élimine plus facilement les résidus organiques très secs. En revanche elle coûte beaucoup plus cher à produire que de l eau froide. Malgré tout, une utilisation d eau froide avec un bon détergent semble aussi efficace et c est donc à l éleveur de choisir (MALZIEU, 2006). Par ailleurs, il ne faut pas utiliser une pression d eau trop importante afin de ne pas fissurer le ciment, qui deviendrait alors une niche pour bactéries, et donc ne pas réaliser de décapage à haute pression sur les zones fragiles des parois. Enfin, une eau trop peut réduire ou détruire ou inactiver les désinfectants, c est donc un aspect à surveiller (SHULAW et BOWMAN, 2001) Désinfection Protocole de désinfection Pour que la désinfection soit la plus efficace possible, il faut attendre que les parois et le sol ne soient plus ruisselants, mais aient toujours une humidité assez élevée. L objectif est

79 d éliminer les germes restant après le décapage, soit théoriquement entre 10 % et 30 % de la quantité initiale (MALZIEU, 2006). Les micro-organismes se multiplient rapidement après le nettoyage-décapage à cause de l humidité et de la chaleur, mais restent des formes en croissances, donc plus facilement atteignables par les désinfectants lorsqu ils sont appliqués suffisamment tôt. Il est important que le détergent ait été totalement retiré au cours du décapage et qu il n y ait plus de ruissellements sur les parois, qui dilueraient le désinfectant (KAHRS, 1995). Avant de commencer la désinfection, il faut remettre tout le matériel d élevage en place dans le bâtiment afin de limiter les déplacements humains une fois le bâtiment désinfecté. Tout ce matériel doit avoir été nettoyé et décapé auparavant (KAHRS, 1995). L utilisation des désinfectants se fait généralement par pulvérisateur ou canon à mousse. À la dose de dilution recommandée par le fabricant, une quantité moyenne de 0,3 litre par m² est généralement retenue. Les parois et le sol doivent être à la limite du ruissellement. Il faut commencer par le plafond et terminer par le sol. La pulvérisation doit être faite à basse pression, inférieure à 30 bars. Il est important de rappeler qu il existe une multitude de facteurs limitant l action des désinfectants, comme la persistance de matière organique, la qualité bactériologique de l eau (inactivation partielle du désinfectant lors de pullulation bactérienne de l eau), ou encore le type de détergent utilisé et son rinçage avant la désinfection. (Source : WOODGER, 1997). Le développement de résistances bactériennes aux désinfectants à large spectre et appliqués dans les conditions recommandées sont extrêmement rares, il n apparaît donc pas nécessaire d alterner les molécules utilisées. Par ailleurs, l élimination d ookystes parasitaires (coccidies ou cryptosporidies) est difficile à mener avec des désinfectants classiques. La meilleure solution semble le feu ou la vapeur d eau chaude en surpression (MALZIEU, 2006). D autres techniques d application du désinfectant existent, comme la nébulisation, la thermonébulisation ou la fumigation. Elles seront préférentiellement utilisées lors d une éventuelle seconde désinfection. Cette seconde désinfection est souvent réalisée en élevage hors-sol, mais n est pas indispensable en élevage bovin. Elle a pour intérêt de désinfecter à nouveau le bâtiment une fois qu il est entièrement équipé, ce qui est souvent fait avant la première désinfection dans notre cas. La nébulisation et la thermonébulisation permettent d asperger les parois avec le désinfectant sous forme de gouttelettes ou de microgouttelettes. En comparaison, la taille des gouttelettes est supérieure à 100 µm en pulvérisation, entre 5 et 50 µm en nébulisation et entre 5 et 15 µm en thermonébulisation, mais tous les désinfectants ne sont pas utilisables sous ces différentes formes d applications (MALZIEU, 2006). Enfin, il est possible de réaliser une fumigation, mais pour que cela ait un effet optimal le bâtiment doit être clos hermétiquement, ce qui est impossible dans une stabulation. Néanmoins cette technique peut être envisagée selon WOODGER (1997) en plus de la désinfection, une fois la litière en place, afin d éliminer les bactéries ayant été apportées par l installation de la paille, mais reste anecdotique Normes nationales et européennes concernant l usage des désinfectants Un désinfectant pour usage agricole doit être défini pour certains types d activités (spectre et modes d application). L agrément est délivré par la Direction Départementale (de

80 la Cohésion Sociale et) de la Protection des Populations ou DDPP (DDCSPP) sous la tutelle du Ministère de l Agriculture et ne concerne que l utilisation lors de l exposition à une maladie réputée contagieuse. Il s agit de l ancienne Direction Départementale des Services Vétérinaires (DDSV). L autorisation de commercialisation et d utilisation est une homologation délivrée par le LERMVD (Laboratoire d Études et de Recherches sur les Médicaments Vétérinaires et Désinfectants), sous le contrôle de l ANSES. L homologation est obligatoire pour tous les produits désinfectants ou insecticides commercialisés en France. Une demande d homologation doit comporter une preuve d efficacité, comme l AMM (Autorisation de Mise sur le Marché) de n importe quel médicament (sources : MALZIEU, 2006 ; HESKIA, 2011 ; DMV 2012). Afin d estimer l efficacité d un désinfectant, des normes AFNOR existent, notamment concernant l activité bactéricide (de base et en présence de matières interférentes), fongicide, virucide, ainsi qu une norme de désinfection par voie aérienne (lors de thermonébulisation par exemple) et une norme de non-corrosion. Les tests effectués doivent être indiqués sur la fiche du produit, ainsi que l homologation pour les différents types d élevage et d industries. L homologation pour les élevages en Agriculture Biologique est attribuée séparément, par le Ministère de l Écologie, et la liste des produits disponibles est sur le site internet Un exemple de plaquette d un désinfectant courant est présenté sur la figure

81 Figure 9 : Fiche technique d un désinfectant courant en élevage On peut observe sur cette page de la documentation technique du produit les résultats à certaines normes concernant l effet bactéricide, sporicide, virucide et fongicide Directive «Biocides» La directive Biocides est présentée dans l annexe 3. Il s agit d une directive européenne ayant pour but de limiter et de contrôler l utilisation des «biocides» dans l élevage et le monde agricole. Les biocides sont des produits qui permettent la lutte contre des organismes nuisibles, que cette lutte soit chimique ou biologique. Ainsi le terme de biocide regroupe aussi bien des désinfectants et des insecticides, qui nous intéressent ici, que les médicaments vétérinaires dans leur ensemble. La transcription de cette directive au droit français n est pour l instant pas faite. Au niveau de l Union Européenne, la volonté est de mettre en place une AMM systématique pour tous les produits pouvant être en contact avec les animaux producteurs de denrées alimentaires. La France n ayant pas de décret d application pour l instant, c est

82 l homologation qui a valeur d AMM. En prenant l exemple du TH5 (Sogeval), dernier désinfectant sorti sur le marché vétérinaire (DMV 2012) : Le numéro d homologation donne les indications (elles doivent mentionner «logement des animaux domestiques» et «matériel d élevage») et le spectre d activité Le numéro d agrément indique les maladies contagieuses contre lesquelles il peut être utilisé dans un cadre prophylactique (un agrément contre la fièvre aphteuse est toujours indiqué) Produits disponibles pour l usage agricole Lors de l étape de désinfection, il est nécessaire de choisir un désinfectant adapté aux besoins de l élevage, et surtout homologué par le Ministère de l Agriculture. Le choix doit se porter sur un produit à large spectre, c'est-à-dire bactéricide, virucide et fongicide. Il doit également avoir une action rapide et être aussi efficace que possible en présence de matière organique (quelque soit la dureté de l eau, souvent facteur limitant). Le produit ne doit pas avoir de toxicité pour l Homme, les animaux et l environnement, et être compatible avec les insecticides (GUERIN et LEGRAND, 2012). Si cela est possible, il faut choisir le moins cher L Oo-cide, seul désinfectant jusqu à présent ayant une indication pour la désinfection contre les ookystes a été retiré du marché, il ne reste donc plus beaucoup de produits ayant cette indication. Il semblerait que le Prophyl 75 Qualian ait une activité ookystique à une concentration de 3 % (contre 0,3 à 0,4 % pour l usage bactéricide ou virucide), selon les essais INRA d octobre 2008, Centre de recherche de Nouzilly, UFR Infectiologie animale et Santé publique. La chaux vive ou la soude caustique sont à proscrire dans les bâtiments d élevage de ruminants en raison de l alcalinisation du milieu qu elles créent et qui est favorable au développement de colibacilles. Les familles de désinfectants sont détaillées dans le tableau 7 ci-dessous

83 Tableau 7 : Avantages et inconvénients des principaux désinfectants d élevage (Adapté de : RUEST, 2006, et KAHRS, 1995) Il faut choisir un désinfectant suivant la qualité du décapage réalisé avant la désinfection et le spectre d activité nécessaire. MO : Matière Organique Vide sanitaire L intérêt du vide sanitaire est d arrêter la multiplication des agents pathogènes dans le bâtiment. Tant que le bâtiment est humide, il y a toujours une présence et une multiplication des microbes, ainsi qu une meilleure survie des parasites. Il faut donc que le bâtiment soit le plus isolé possible à partir du moment où la désinfection est terminée, et qu il puisse sécher le plus possible. Nous savons bien que l isolement d un bâtiment de bovins, laitier notamment, ne peut pas être réalisé dans les mêmes conditions que dans un élevage hors-sol industriel, mais l assèchement doit être maximal pour que le vide sanitaire ait un effet optimal sur la population microbienne (MALZIEU, 2006). Notons malgré tout qu un bâtiment d élevage ne sera jamais stérile. Durant le vide sanitaire, il ne doit y avoir aucun passage ni humain ni animal, et il faut fermer et protéger le bâtiment contre les insectes et les rongeurs, qui sont des vecteurs très importants d agents pathogènes. Ceci implique l'utilisation d'insecticides et rodenticides (qui seront présentés dans la partie 2.4.). Par ailleurs, l éleveur doit prévoir une durée de vide sanitaire suffisamment longue, et donc mettre les animaux en pâture exclusive assez tôt pour pouvoir nettoyer, désinfecter et réaliser ce vide sanitaire avant que les vaches ne doivent rentrer à nouveau à cause de la température ou du mauvais temps. De plus, avec un vide sanitaire suffisamment long, le bâtiment pourra bénéficier de la rémanence du désinfectant en plus de l assèchement, ainsi que de l effet stérilisant des U.V. du soleil. Il faudra donc veiller à laisser la lumière entrer dans le bâtiment. La durée recommandée de vide sanitaire est la durée nécessaire à assécher totalement le bâtiment, généralement d un quinzaine de jours en été, dans un bâtiment d élevage hors-sol (MALZIEU, 2006). Cette durée est à adapter à l élevage bovin traditionnel et aux possibilités de l éleveur, mais donne une indication

84 d efficacité lorsque cela est possible. Les vêlages saisonniers permettent de regrouper les lots et donc de vider le bâtiment des veaux entre deux saisons de vêlages, mais cette pratique n est pas toujours réalisable selon les élevages (peu recommandé lors de l utilisation de robots de traite) Vérification de l efficacité de la désinfection Afin d estimer si la désinfection est faite correctement et a permis d abaisser le niveau de contamination du bâtiment à un seuil suffisamment faible, il faut faire des vérifications. Ces vérifications s appuient sur des prélèvements à divers endroits du bâtiment et des mises en culture pour comptage bactérien. Cela est encore très peu développé en élevage bovin, mais est réalisé fréquemment en élevage porcin. En nous appuyant sur ce qui est fait chez les porcs, selon FRIOCOURT (2009), il faudrait réaliser cinq prélèvements différents en appuyant un milieu de culture pendant 5 secondes, puis compter le nombre de colonies bactériennes après 48 heures d incubation. On attribue une note suivant le comptage de 1 pour moins de 10 colonies, 2 de 10 à 50, 3 de 50 à 150 et 4 au-delà de 150, et on calcule la moyenne des 5 notes. Une note moyenne inférieure ou égale à 2 est considérée comme bonne, moyenne entre 2 et 2,5, et mauvaise si elle est supérieure à 2,5. Il faudrait réaliser des essais équivalents en élevage bovin, mais il est constaté chez les porcs que plus la note est bonne, moins l éleveur déclare avoir des problèmes de santé en maternité. Cela nous donne une confirmation de l intérêt d une bonne désinfection. En élevage bovin, les quantités de bactéries recherchées après désinfection varient beaucoup selon les auteurs, allant de 1 colonie par cm² à 1000 colonies par cm² Cette différence est due au manque d éleveurs réalisant ces tests et donc au manque de statistiques, mais aussi à ce qui est réellement recherché. Ainsi, nous n obtiendront bien sûr pas les mêmes résultats en cherchant une bactérie particulière, comme E. coli par exemple, ou la flore commensale générale aérobie du bâtiment. Le plus intéressant semblerait être la recherche de la flore aérobie totale. Pour effectuer cette quantification, il faudra faire appel à un laboratoire spécialisé, ce qui a un certain coût évidemment. En pratique, nous rechercherons généralement à obtenir un comptage inférieur au seuil de 100 germes par cm², de flore aérobie totale (MALZIEU, 2006). Pour arriver à cette fin, une seconde désinfection séparée dans le temps sera certainement nécessaire, la plupart du temps sous forme de nébulisation ou thermonébulisation (avec des particules de l ordre du µm pouvant atteindre les plus petites cavités), une fois le vide sanitaire terminé. Le désinfectant utilisé peut par exemple être de l acide peracétique afin de limiter les coûts, et cette seconde désinfection peut être limitée aux zones les plus à risque comme le logement des veaux ou le box de vêlage. Les raisons d un échec de la désinfection peuvent être multiples (KAHRS, 1995) : une dilution trop importante du désinfectant, un temps de contact trop court, de l eau ou du détergent toujours présents avant la désinfection (qui ont alors inactivé ou dilué le principe actif), ou encore une température inadéquate du support (bâtiment ou matériel). Mais la raison la plus fréquente d un échec reste l utilisation d un produit inactif contre certains germes de l élevage (le problème spécifique de l élevage n ayant pas été déterminé avec précision) ou

85 encore la réintroduction de l agent pathogène lorsque les animaux rentrent dans les bâtiments, lorsque les porteurs sains n ont pas été identifiés et éliminés Spécificités de l enclos de vêlage Comme nous l avons vu dans une partie précédente, l enclos de vêlage est le lieu où la vache met bas et où le veau passe ses premières heures de vie. Un veau à la naissance est très sensible aux agents pathogènes de l environnement, et peut donc tomber malade lors d un contact extrêmement fugace avec des germes responsables de diarrhées néonatales. Il est par conséquent indispensable que l enclos de vêlage soit systématiquement désinfecté après toute mise-bas, en vue de préparer le vêlage suivant (WOODGER, 1997). L idée fondamentale de la désinfection de cet enclos est la même que pour la désinfection des bâtiments d élevage, mais il faudra adapter les méthodes pour que cela soit moins contraignant pour l éleveur. Il faut que cette désinfection soit rapide et simple, afin que l éleveur prenne le temps de la faire efficacement. Ainsi, l ordre des tâches à effectuer est le même, à savoir nettoyer, laver et désinfecter. Il n y a bien sûr pas de vide sanitaire dans un enclos de vêlage, et le lavage n est pas un décapage, puisqu il n y pas la même durée de présence de la mère que dans la stabulation pendant un hiver. Les choses à faire sont explicitées dans ce qui suit (RUEST, 2006) : Retirer toute la litière et le fumier, même si la paille est propre ; Laver le sol et les barrières à l eau chaude avec du détergent. Il faut nettoyer vigoureusement et brosser avec une brosse dure l ensemble, afin de retirer toute matière organique. Comme dans le cas général, 90 % des germes sont déjà éliminés à ce stade ; Attendre que l enclos soit sec, et appliquer un désinfectant. Un contact de 10 minutes suffit à tuer les micro-organismes sensibles. Veiller à ce que le détergent utilisé soit compatible avec le désinfectant. Il est préférable de réaliser la désinfection juste après le vêlage, car le lavage met en suspension dans l air des aérosols pathogènes et ils auront alors le temps de retomber avant l arrivée de la prochaine vache. Le désinfectant utilisé peut être différent de celui utilisé pour la désinfection annuelle des autres bâtiments, car il est préférable d en utiliser un qui soit actif contre les protozoaires, ces organismes causant fréquemment des diarrhées chez les jeunes veaux. Dans le tableau 8 ci-dessous sont récapitulés les désinfectants actifs contre quelques protozoaires usuels en élevage bovin. L utilisation d ammoniac à 5 % semble le plus recommandé pour la désinfection de l enclos de vêlage dans un élevage touché par des protozooses chez les jeunes veaux, les autres étant clairement nocifs et dangereux pour l utilisateur

86 Tableau 8 : Désinfectants actifs contre les protozoaires responsables de diarrhées néonatales (Source : RUEST, 2006) Parasites visés Désinfectants actifs Ammoniac 5 % Cryptosporidium parvum Peroxyde d hydrogène 3 % Formaldéhyde 10 % Giardia spp. Phénol 5 % Ammoniac 5 % Eimeria spp. Formaldéhyde 10 % Ammoniac 10 % Désinfectants pour pédiluves, rotoluves et matériels Tout d abord, le matériel d élevage, qu il s agisse du matériel mobile de la stabulation ou du petit matériel d élevage, peut être désinfecté par le même produit que celui qui sert à la désinfection des bâtiments. Il faut que ce matériel soit propre avant tout, règle de base de la désinfection, et il est nécessaire de réaliser un décapage aussi bien sur les bâtiments comme vu précédemment que sur les barrières ou abreuvoirs de la stabulation avant de les désinfecter (MALZIEU, 2006). La principale différence est que l efficacité est maximale sur le matériel mobile lorsqu il est immergé dans le désinfectant, ce qui est recommandé pour le matériel de la stabulation. Il faut toutefois faire attention à la toxicité du désinfectant lorsque l éleveur nettoie le petit matériel sans la combinaison protectrice utilisée pour désinfecter les locaux. Ce sont des produits qui peuvent être très dangereux pour l Homme, et il convient de prendre toutes les précautions nécessaires (FAHRS, 1995). En ce qui concerne les pédiluves, le retrait de la matière organique avant d immerger la botte dans le désinfectant est toujours aussi important. Il faut donc installer deux seaux, le premier avec de l eau (chaude si possible) et une brosse dure, et le second avec le désinfectant. Il peut être utile de rincer les bottes après les avoir passées dans le désinfectant pour rallonger leur durée de vie, car le caoutchouc est sensible à certains produits comme les hypochlorites ou les désinfectants iodés (JORDAN et al., 2001). La chlorhexidine est fréquemment utilisée pour les pédiluves car c est un bon désinfectant, bien qu elle ne soit pas utilisable pour les bâtiments (ANDERSON, 2009). L autre désinfectant très souvent mis dans les pédiluves est un mélange d ammonium quaternaire et d aldéhyde, le TH5 (Sogéval). La liste des désinfectants (produit actif) et des laboratoires qui les produisent est visible dans le tableau 9 ci-après

87 Tableau 9 : Désinfectants usuels à usage agricole et leurs fabricants (Source : HESKIA, 2011 et DMV 2012) Principes actifs Familles chimiques Nom déposé Laboratoire Utilisation Chlorure d alkyl benzyl dimethyl ammonium, Glutaraldéhyde Ammonium quaternaire et aldéhyde Aseptol Excellium Synthèse élevage Pulvérisation, trempage, pédiluves et thermonébulisation Chlorure d alkyl benzyl dimethyl ammonium, Glutaraldéhyde Ammonium quaternaire et aldéhyde Aseptol Pro Meriel Pulvérisation et trempage Composé iodophore (iode actif à ppm) Composé iodé Axiod 30 Zootech Désinfection eau de boisson (activité virucide faible) Peroxyde d hydrogène, acide peracétique Oxydant Décontaminant et détartrant CID 2000 Synthèse Elevage Élevages avicoles, cunicoles et porcins Chlorophénol, Chlorure d ammonium, Glutaraldéhyde Phénol, ammonium quaternaire et aldéhyde Delegol Bayer Spectre différent selon la dilution, pulvérisation et thermonébulisation Chlorophénol, Benzyl Chlorophénol 2 composés phénolés Prophyl 75 Meriel, Coophavet, Qalian Activité sur les ookystes 2 Chlorures d ammonium, Glutaraldéhyde, Chlorophénol Phénol, 2 ammoniums quaternaires, Aldéhyde Prophyl Pro Meriel, Qalian Pulvérisation et thermonébulisation Chlorure d ammonium, Glutaraldéhyde Ammonium quaternaire et aldéhyde Septicid Qalian Pulvérisation et thermonébulisation Peroxyde d hydrogène, Acide peracétique Oxydant Sorgène 5 Elanco Pulvérisation et thermonébulisation, activité sporicide à 0,75 %

88 Chlorure d ammonium, Glutaraldéhyde, excipients tensioactifs Ammonium quaternaire et aldéhyde TH5 Sogeval Traitement du logement et du matériel Monopersulfate de potassium, Dodécylbenzène sulfonate, acide malique, acide sulfamique Oxydant Virkon Dupont, Qalian Virucide à 0,5 %, bactéricide et fongicide à 1 % Chlorures d ammonium, Glutaraldéhyde, Permethrine 4 ammoniums quaternaires, aldéhyde, perméthrine Mefisto Sogeval Pulvérisation, aspersion, trempage, (thermo-) nébulisation Parmi ces différents désinfectants une grande majorité est inactivée par la présence de matière organique. Ainsi, il faut noter que les ammoniums quaternaires sont très sensibles à la présence de matière organique, alors que les aldéhydes ou la chlorhexidine y sont assez résistants. Le choix du produit devra donc se faire en fonction de ce paramètre et selon l efficacité du premier nettoyage. Nous nous plaçons ici dans le cadre des désinfections usuelles dans un élevage. Lorsqu il s agit de maladies légalement réputées contagieuses le choix du désinfectant doit être fait en utilisant les listes de désinfectants autorisés par le Ministère de l Agriculture, comme nous pouvons le voir dans l annexe 4. Il s agit d une liste de produits qui est régulièrement mise à jour, mais un certain nombre de ces désinfectants ne sont actuellement plus commercialisés. Les désinfectants pour rotoluves sont les mêmes molécules, la concentration peut changer, il faudra donc se référer à la notice d utilisation fournie par le fabricant et au spectre d activité. La figure 10 ci-dessous est la notice d utilisation d un désinfectant pour rotoluve

89 Figure 10 : Notice d utilisation du TH5 du laboratoire Sogeval La concentration à utiliser est de 1 % et il faut renouveler l eau et le désinfectant tous les jours pour obtenir un effet optimal. Le produit peut également être utilisé pour les pédiluves à la même concentration En conclusion de cette partie sur la désinfection, nous noterons que les diverses étapes doivent être réalisées dans cet ordre, sans en supprimer une seule, puisque la réelle efficacité de la désinfection repose sur le succès de chacune de ces étapes : retrait du fumier et nettoyage à sec, lavage-trempage avec ajout d un détergent pour faciliter l accès à la matière organique sèche et aux biofilms, décapage à haute pression (100 à 200 bars), désinfection au pulvérisateur à basse pression, puis vide sanitaire pour sécher le bâtiment. Il est possible d ajouter une seconde désinfection par thermonébulisation après le vide sanitaire pour terminer d éliminer les derniers germes présents. Mais la réussite d une bonne désinfection nécessite de protéger le bâtiment contre l entrée d agents pathogènes, et cela passe non seulement par l ensemble des mesures que nous avons abordées tout au long de cette thèse, mais aussi par une gestion des insectes et des rongeurs, gros vecteurs de germes en élevage, ce que nous allons aborder dans la partie qui suit

90 2.4. Lutte contre les nuisibles Ce que nous appelons nuisibles correspond à toute espèce animale différente de l espèce élevée capable de transmettre des maladies aux animaux de l élevage. Cette transmission est dans notre cas indirecte. Les insectes transmettant de façon directe un germe d un individu à un autre n est pas un nuisible mais un vecteur d une maladie. Les nuisibles peuvent être aussi bien des insectes (les mouches principalement), que des rongeurs ou des animaux de compagnie de l élevage. Ils sont à l origine du déplacement des agents pathogènes d un lieu à un autre de façon passive et donc de la transmission de maladie. Par ailleurs, lors de la désinfection d un bâtiment, la lutte contre les insectes et les rongeurs est essentielle, puisqu un bâtiment en vide sanitaire dans lequel passent ces animaux est très rapidement contaminé et est une source majeure de maladies une fois que les bovins rentrent de pâture Désinsectisation (Sources : FNGDS, Réseau FARAGO, 2007 ; Alliance Pastorale, 2008) Insectes présents dans les élevages laitiers français Les insectes représentent une immense partie du règne animal. Leurs impacts sur l élevage sont multiples, et notamment la transmission d agents pathogènes, et la gêne provoquée sur les animaux. Cette gêne peut être à l origine d une perte de production qui atteint parfois des quantités non négligeables, sans compter l effet sur la santé du troupeau et la biosécurité de l élevage. Avant toute lutte contre les insectes, il est nécessaire d avoir une identification de l espèce incriminée pour appliquer le plan de lutte de façon raisonnée. Nous allons donc décrire brièvement les principaux insectes volants retrouvés en élevage (les insectes rampants générant nettement moins de gêne), nuisibles pour les animaux et l éleveur. Les aspects morphologiques des différentes espèces sont présentés dans l annexe La mouche domestique La mouche domestique, Musca domestica, est un insecte diptère associé aux activités humaines. C est un nuisible majeur en élevage. Il s agit d un insecte suceur, doté d une trompe (proboscis) et qui mesure 6 à 8 mm à l âge adulte. Elle possède un thorax gris avec quatre bandes noires longitudinales, un abdomen jaune et une partie postérieure brun foncé. La femelle est légèrement plus grande que le mâle. Elle peut pondre six fois de suite, avec 100 à 150 œufs par ponte, sur un substrat organique humide non liquide. L éclosion a lieu entre 8 heures et 3 jours plus tard selon la température ambiante. Le stade larvaire dure environ 4 jours avant de donner une pupe, qui se cache alors dans des zones moins humides et moins chaudes. La pupe nécessite encore 3 à 4 jours pour devenir un adulte, ce qui donne un cycle complet en 8 à 10 jours dans des conditions estivales. Les adultes vivent 2 à 3 semaines. La mouche domestique est omnivore et se nourrit principalement de déchets organiques. La reproduction est très diminuée l hiver, et les populations hivernent dans les bâtiments chauffés. Il y a alors une flambée au printemps et des pullulations estivales et

91 automnales. La mouche domestique transmet des maladies par sa salive, ses pattes et ses déjections, et plus particulièrement des salmonelloses, des germes responsables de mammites, de conjonctivites, ainsi que divers virus (ALNO, 2008). Par ailleurs, sa présence autour des animaux les énerve et peut causer une perte de production jusqu à 20 % de ce qui était attendu La petite mouche domestique La petite mouche domestique est Fania canicularis. C est une mouche de petite taille avec un adulte mesurant 4 à 6 mm. Son thorax gris est marqué de 3 nervures longitudinales moins prononcées que chez sa cousine la mouche domestique. A la base de son abdomen elle possède une large tache jaune. Au repos, ses ailes sont repliées le long du dos. Sa durée de vie est de 2 à 3 semaines. La petite mouche domestique prolifère dans les fumiers, mais aussi dans d'autres matières en voie de décomposition. La ponte commence quand la femelle a 10 jours. Les œufs ont une forme de banane, de 1mm de longueur et sont munis d'une paire de nervures longitudinales leur permettant une certaine flottaison en milieu liquide. Les larves, gris-brun éclosent en heures puis errent fréquemment pendant un certain temps avant de s'enfoncer dans un aliment approprié. Le développement larvaire dure au minimum 8 jours, période pendant laquelle la larve passe par 3 stades successifs pour atteindre une longueur de 6mm. La nymphose a lieu dans un endroit sec et dure au moins 10 jours. La durée totale du cycle de développement de l'œuf à l'émergence des adultes est de 3 semaines, ce délai étant augmenté lors de conditions plus froides. La petite mouche domestique passe l hiver à l état de pupe et résiste mieux au froid que la mouche domestique ce qui explique qu'elle apparaisse plus précocement au printemps. Elle est souvent présente dans les élevages où elle est très active, passant une grande majorité de son temps en vol contrairement à la mouche domestique. Du fait de son activité intense, elle se pose moins souvent que les autres insectes volants et va donc moins transmettre de germes entre les animaux par contact. Elle va en revanche faire tourbillonner l air et des colonies avec de nombreux individus peuvent créer des aérosols contaminants dans l étable La mouche d automne Il s agit de Musca autumnalis qui est une espèce cosmopolite de multiples types d élevages. Elle est très semblable et très complémentaire de la mouche domestique. C est une espèce nuisible en agriculture. Les adultes mesurent 6 à 7 mm et elles ressemblent beaucoup morphologiquement à Musca domestica, mais les deux sexes sont très différents. Les ailes sont légèrement plus jaunes que chez la mouche domestique, et la ligne longitudinale dorsale est moins bien marquée. Les adultes ont une durée de vie de l ordre de 5 semaines, et commencent à pondre 3 à 7 jours après qu ils soient apparus. Une femelle met 2 à 8 jours entre deux pontes, et pond ses œufs sur des bouses fraichement faites. L éclosion a lieu en moyenne 24 heures plus tard, et la phase larvaire dure entre 3 et 8 jours. La pupaison dure 8 à 15 jours, ce qui donne un cycle complet en deux semaines dans les conditions naturelles. Cette espèce est très tolérante envers les basses températures, mais très sensible aux hautes températures (forte baisse de la reproduction)

92 C est une espèce omnivore. Elle bénéficie d une diapause au stade de la larve et de la pupe, ce qui lui permet une hibernation dans des bâtiments non chauffés. Par ailleurs, sa résistance au froid permet aux adultes de passer également l hiver avec une assez faible mortalité. La reproduction reprend au printemps et on observe souvent plusieurs pics d abondance de juin à septembre. On notera également une forte capacité de dispersion jusqu à 6 km. C est une espèce qui se nourrit de sang et de déchets organiques et transmet un bon nombre de germes, mais sa nuisance la plus importante est due au stress qu elle crée sur les bovins La mouche des cornes La mouche des cornes est aussi appelée Haematobia irritans. On la considère comme le parasite externe le plus important des bovins en raison de la gêne intense qu elle crée sur les animaux. C est un insecte diptère piqueur-suceur, de taille plus petite que les précédentes (3,5 à 4,5 mm de long). Elle est de couleur uniforme gris-noir, et ressemble à une forme intermédiaire entre M. domestica et le stomoxe. Les adultes ont une durée de vie de 1 à 2 semaines et les femelles pondent à partir de 2 à 3 jours après leur apparition, jusqu à un maximum de 400 œufs par femelle. Une ponte est composée de 10 à 20 œufs, déposés en paquet sur une bouse fraîche. L éclosion a lieu au bout de 12 à 24 heures, dans une humidité relative supérieure à 95 %. Le stade larvaire dure 3 à 10 jours, et la pupaison 5 à 7 jours dans les conditions optimales de température et d humidité. Cela fait un cycle complet qui dure entre 8 et 40 jours. Les adultes sont hématophages. Les larves et pupes ont une diapause permettant leur survie hivernale, déclenchée par la baisse de température et le changement de la photopériodicité. La période optimale de fécondité est au printemps et tend à baisser progressivement de juin à octobre par l assèchement du milieu durant l été. Ce sont des insectes très grégaires, qui peuvent parcourir jusqu à 5 km. Ces mouches peuvent transmettre entre autres la trypanosomose, la mammite d été ou l onchocercose (FNGDS, 2007). Comme ce sont des insectes piqueurs, elles occasionnent une forte gêne sur les bovins, par un accroissement de la fréquence cardio-respiratoire et de la température corporelle L éristale (ver à queue) Le nom scientifique du ver à queue est Eristalis sp. C est un insecte de la famille des Syrphidae, et les deux principales espèces d intérêt en élevage sont Eristalis tenax et Eristalis arbustorum. Ils réalisent leur cycle de reproduction dans les matières organiques en décomposition, comme les fosses à fumier ou à lisier. L adulte mesure 12 à 15 mm de long et ressemble dans son ensemble à une abeille. La reproduction est sexuée avec une ponte à la surface des fosses à fumier (dans les élevages bovins) ou les carcasses d animaux morts. L éclosion a lieu 2 jours après, et les larves sont de couleur crème avec un long siphon respiratoire d environ 20 mm. Elles sont coprophages. Le stade larvaire est long (2 à 4 semaines), et les larves sont sensibles à une température trop faible. Les pupes ont toujours le même aspect mais vivent dans un environnement moins humide, pendant environ 10 jours avant de donner des adultes. La durée totale de développement dure entre 3 et 6 semaines selon la température. Les adultes sont floricoles (plus particulièrement les graminées, les ombellifères et les composées), et ont un rôle pollinisateur très important. Il existe également un processus de

93 diapause qui permet la survie d une partie des larves et des pupes pendant l hiver. La reproduction est active d avril à novembre, même sous des températures pas encore très élevées. Nous pouvons difficilement dire que ces insectes sont une réelle nuisance pour les élevages, sauf peut-être du fait de la présence de larves dans l alimentation des bovins. Cependant les vers à queue se multiplient rapidement et envahissent les fosses à lisier, ce qui pose un vrai problème d hygiène dans la stabulation et l élevage Le petit ténébrion Une autre espèce d insecte volant nuisible en élevage est Alphitobius diaperinus, aussi appelé petit ténébrion. C est un coléoptère initialement d origine tropicale importé en Europe suite à l augmentation des échanges commerciaux internationaux depuis L adulte mesure 5 à 8 mm de longueur, le mâle étant plus petit que la femelle. Les adultes peuvent vivre 700 jours, mais ne peuvent pas se reproduire en-dessous de 15 C ou audessus de 35 C. La ponte de la femelle est de 4 œufs par jour, suivie d une éclosion 4 à 15 jours plus tard. L inconvénient de cet insecte est qu aussi bien les larves que les adultes se nourrissent dans les réserves alimentaires des élevages, avec des céréales, et des restes d aliments. Le développement larvaire dure 30 à 130 jours suivant la température et la durée totale de développement nécessite, en laboratoire, 165 jours à 20 C, et 38 jours à 30 C. Les larves se nourrissent également des œufs de M. domestica et de larves de puces et de poux rouges. Durant l hiver les vieilles larves et les adultes creusent des galeries dans les murs et le matériel d isolation des bâtiments, ce qui en fait une espèce hautement nuisible en élevage en ce qui concerne les dégâts causés aux bâtiments. Il a été montré que cet insecte peut transmettre Salmonella enteritidis chez les volailles (LEFFER et al., 2010), mais il semblerait qu il n y ait pas d étude pour le moment concernant cette modalité chez les bovins, bien que l on puisse le supposer Principes de la désinsectisation La désinsectisation passe par la prévention et la lutte contre les insectes nuisibles. Il est important de déterminer les espèces nuisibles et ne pas détruire tous les insectes, car il y aurait alors une niche écologique libre pour une autre espèce nuisible. Les insectes non nuisibles doivent autant que possible être conservés dans l élevage. Pour établir un plan de prévention, il faut fixer trois objectifs : éliminer les lieux de vie et de ponte des mouches, limiter les lieux de vie des larves et les détruire, éliminer les mouches pendant l hiver pour éviter une pullulation au printemps (FNGDS, 2007). La première chose à faire est de ranger l espace, ne pas laisser de déchets ni de stocks d aliments, éliminer régulièrement le fumier, veiller à l absence de résidus de lait autour des veaux. Il est également nécessaire d aérer au maximum les bâtiments pour assécher la litière et donc limiter les lieux de vie des larves. La réduction des zones humides passe aussi par la surveillance des fuites d eau aux abreuvoirs, le nettoyage des auges, et le raclage régulier des déjections avec évacuation appropriée des déchets. La propreté du bâtiment et de ses abords influence beaucoup la quantité de mouches dans l élevage

94 Méthodes de lutte contre les insectes Une fois les méthodes de lutte préventive mises en place et respectées, il faut éliminer les larves et les adultes présents durant l été, mais aussi les individus en dormance durant l hiver pour limiter la flambée du printemps, comme vu plus haut. Il y a trois méthodes de lutte contre les insectes, sachant qu il est préférable de privilégier la lutte biologique ou la lutte mécanique à la lutte chimique en raisons de la lourdeur des normes concernant les insecticides chimiques, du respect de l environnement, et du maintien des espèces d insectes non nuisibles pour occuper la niche écologique Lutte biologique Le principe de la lutte biologique consiste à détruire les insectes nuisibles en utilisant les prédateurs ou parasites naturels, ne causant pas de nuisance à l élevage (HESKIA, 2011). Il est également possible de mettre en place des bactéries ou des virus, pour lesquels seule l espèce visée est sensible. C est une excellente méthode, mais malheureusement, à l heure actuelle en France, un seul prédateur des mouches d élevage existe et est commercialisé : Ophyra aenescens. Ses larves se nourrissent des larves de M. domestica. Les limites de cette technique est que les lieux de ponte des mouches sont souvent à l extérieur, tandis que O. aenescens vit principalement à l intérieur des bâtiments, ce qui limite son utilisation en bâtiments ouverts. Par ailleurs, cette mouche est sensible aux désinfectants et insecticides, et sa présence n est donc pas compatible avec les plans de lutte usuels. Des recherches sont actuellement en cours afin de trouver de nouveaux prédateurs des insectes nuisibles à l agriculture. Les hirondelles ont été utilisées dans le passé pour lutter contre les insectes présents dans les élevages Lutte mécanique Il s agit dans ce cas de mettre en place des pièges pour attraper les mouches individuellement (FNGDS, 2007). Ils sont de trois types : les pièges collants, les brasseurs d air et les destructeurs électriques. Les pièges collants attirent les insectes par la couleur et l odeur, qui s y collent et y meurent. Le brasseur d air engendre un environnement désagréable aux insectes volants par la création de turbulences, et les piégeurs électriques attirent les insectes volants par de la lumière fluorescente, et les grillent sur une plaque électrique. L intérêt de l ensemble de ces dispositifs est bien sur l absence d insecticide, donc l absence de réglementation sur leur utilisation. En revanche, ils ne peuvent venir qu en complément d une méthode de lutte traditionnelle dès que le bâtiment est trop grand, car ils sont inadaptés aux grands volumes. Un autre inconvénient majeur est que lorsque l insecte grille sur la plaque, il y a une pulvérisation sous forme d aérosols des germes qu il peut transporter Lutte chimique La lutte chimique correspond à l utilisation d insecticides, qu ils soient d origine naturelle ou de synthèse. Il y a quatre familles principales de molécules utilisées dans le milieu agricole : les organophosphorés, les pyréthrinoïdes, les carbamates et les inhibiteurs de croissance. Les différents produits sont classés selon l utilisation que l on en fera, à savoir pour le traitement des bâtiments, le traitement du fumier et des litières, ou le traitement direct des animaux. Le tableau 10 ci-dessous présente les différentes familles d insecticides couramment utilisés en élevage, leur activité et quelques exemples de molécules

95 Tableau 10 : Familles courantes d insecticides utilisés en élevage (Source : ENVA, Cours de Pharmatec, 2008) Notons que les seules molécules à action larvicide sont des inhibiteurs de croissance. Il faudra donc nécessairement utiliser deux familles différentes pour un traitement complet contre les adultes et contre les larves. Certaines molécules peuvent se présenter sous différentes formes qu elles soient destinées au traitement des bâtiments, des animaux ou des litières. En revanche, les organophosphorés et les carbamates traversent la peau, ce qui en fait des produits grandement nocifs lors d application sur les animaux. On leur préfèrera les pyréthrinoïdes pour les applications pour-on. Famille Spectre Mode d action Exemples de molécules Organophosphorés Adulticide Inhibiteur de la cholinestérase, hyperexcitation par accumulation d acétylcholine Dichlorvos, malathion, Diazinon, etc Pyréthrinoïdes Adulticide Blocage des canaux sodiques en position ouverte et paralysie Perméthrine, Deltaméthrine, Cyfluthrine, etc Carbamates (interdits) Adulticide Inhibiteur de la cholinestérase Carbaryl, Propoxur, Méthomyl, etc IGR : Insect Growth Regulators (Inhibiteurs de croissance des insectes) Larvicide Bloque la synthèse de la chitine : absence d éclosion des larves Cyromazine, Triflumuron, Méthoprène, etc Néonicotinoïdes Larvicide et adulticide Tétanie musculaire par blocage des récepteurs cholinergiques Imidaclopride, Acétamipride, etc Spinosyne Adulticide Neurotoxique Spinosad Le choix d un insecticide doit être fait en fonction de deux éléments principaux : l efficacité contre les insectes (action immédiate et rémanence) et l absence de toxicité (pour le manipulateur, les animaux d élevage et leurs productions, et l environnement). Le prix rentre bien sûr également en compte dans le choix fait par l éleveur. Il faut noter tout de même que la rémanence d un insecticide peut être très variable selon les insectes considérés, la sensibilité aux paramètres extérieurs (lumière, ph, etc ), et le type de bâtiment (nature des parois, ventilation, pourcentage d occupation, )

96 La principale méthode d utilisation des insecticides dans les bâtiments est la pulvérisation de produits liquides (ou sous forme de granulés ou poudres à diluer). Afin d optimiser l efficacité il faut pulvériser sur des surfaces propres, et l application doit être faite obligatoirement en l absence des animaux (pour les adulticides). Il faut bien calculer les quantités à utiliser pour ne pas avoir d échec de traitement et d apparition de résistances, et se référer aux recommandations du fabricant. Il ne faut pas limiter les quantités appliquées pour des raisons de coût, car les résistances aux insecticides se développent de plus en plus (ALNO, 2009). Les insecticides existent également sous forme de granulés attractifs (principalement des adulticides), mais cette technique est plus souvent utilisée en élevage hors-sol qu en élevage bovin, en raison du risque que les animaux ingèrent les granulés. Il est aussi possible de badigeonner au pinceau les murs, le plafond ou les bords de fenêtres avec certains insecticides. Enfin, la nébulisation ou thermonébulisation n est utilisée qu en élevage porcin pour une diffusion en volume, mais inappropriée aux bâtiments d élevage bovin (FNGDS, 2007). Le traitement du bâtiment et de la litière doit se faire en l absence des animaux. Le bâtiment doit être traité avec un adulticide homologué (avec AMM), en faisant attention à ne pas pulvériser sur les aliments. En effet, ce sont des produits toxiques lorsqu ils sont ingérés ou en contact avec la peau, puisqu ils bloquent le système nerveux de manière quasiidentique chez les insectes ou les mammifères (certaines molécules sont plus spécifiques, comme les IGR ou les néonicotinoïdes par exemple). Il est important d alterner les familles de molécules adulticides en cas d apparition de résistance (FNGDS, 2007). La litière doit être traitée avec un larvicide homologué, de même que le stockage des déjections. Pour la lutte contre les mouches il faut traiter la litière et le bâtiment toutes les 6 à 8 semaines entre le printemps et l automne, ainsi qu au moment de la désinfection et du vide sanitaire estival. Il faut commencer à traiter dès le mois d avril, pour ne pas laisser les premiers insectes nuisibles se développer (ALNO, 2009). Durant l été et lorsque les températures sont élevées, il est conseillé d appliquer un insecticide toutes les 3 à 4 semaines. Cela correspond à la durée moyenne de développement des œufs pour devenir des adultes, qui est d autant plus rapide que le climat est chaud. Le traitement des animaux doit utiliser un produit avec AMM, soumis à une ordonnance vétérinaire (DMV 2012). L application se fait en «pour-on» ou en pulvérisation, et doit être renouvelée toutes les 4 à 10 semaines selon le produit et la concentration en mouches. Le tableau 11 ci-dessous présente les principaux insecticides commercialisés en France en

97 Tableau 11 : Principaux insecticides commercialisés en France en 2012 (Source : DMV 2012 ; HESKIA, 2011) Nom déposé Principe actif Laboratoire Baycidal WP 25 Triflumuron Bayer Byemite Phoxim Bayer Device PM Diflubenzuron Neodis Hokoex Cyromazine Zootech K-Othrine Flow 7,5 Deltaméthrine Bayer Mefisto Perméthrine Sogeval Neporex Cyromazine Novartis Oxyfly λ-cyhalothrine Novartis Quick Bayt Imidaclopride Bayer Quick Bayt Spray Imidaclopride Bayer Sectine Fly Acétamipride Synthèse Elevage Sectine PTM Bifenthrine Synthèse Elevage Solfac 10 Cyfluthrine Bayer Solfac Thermonébulisation Cyfluthrine Bayer Spy Spinosad Novartis

98 Il est important que l utilisateur soit protégé efficacement lors de l application de l insecticide que ce soit dans le bâtiment, sur la litière ou le fumier, ou sur les animaux, car il s agit de produits nocifs, voire qui peuvent présenter des risques cancérigènes ou mutagènes (FNGDS, 2007). Il convient donc de bien regarder les pictogrammes indiqués sur l étiquette (récapitulés dans la figure 11 ci-après) et de s équiper en conséquence. Il faut se protéger contre le contact, l ingestion et l inhalation avec des éléments adaptés au produit utilisé. Figure 11 : Pictogrammes de dangers chimiques (Source : INRS, 2007) Respect de l environnement et normes règlementaires Les insecticides sont considérés comme des biocides à la même enseigne que les désinfectants, et sont par conséquent soumis à une homologation du Ministère de l Agriculture. L agrément de la DDPP (ou DDCSPP) n a bien sûr pas de sens puisque les insecticides n interviennent pas dans la prophylaxie des maladies contagieuses. La transposition au droit français de la Directive Biocides n existe pas non plus pour les insecticides pour le moment. En revanche, les insecticides utilisés sur les animaux en pour-on sont soumis à une AMM comme tout médicament vétérinaire, délivrée par l ANMV (Agence Nationale des Médicaments Vétérinaires). Ils sont également soumis à une prescription vétérinaire et nécessitent un temps d attente (DMV 2012). La différence avec les désinfectants réside dans le fait qu un insecticide doit, en plus de l homologation, être autorisé par la Ministère de l Écologie. Il existe une liste harmonisée au niveau européen des substances actives autorisées dans les États Membres, appelée «liste positive». Cette liste est réactualisée régulièrement, dès qu une nouvelle molécule apparaît et qu une demande d autorisation est faite. Pour qu un produit insecticide soit autorisé, il faut que sa substance active soit inscrite sur la liste positive et qu il présente

99 «un risque limité et acceptable» pour la santé humaine et l environnement (FNGDS, 2007 ; Site internet du Ministère de l Agriculture) Lutte contre les rongeurs Les rongeurs présents dans les élevages Les rongeurs sont des nuisibles dans les élevages pour deux raisons : ce sont des vecteurs de maladies (directement pour les animaux, ou lors du vide sanitaire), et ils détériorent les bâtiments (Chambre d Agriculture de Bretagne, 2010). Il y a quatre conséquences principales à la présence abondante de rongeurs dans un élevage : Destruction des structures en bois et des installations électriques ; Destruction des matériaux isolants (surtout en élevage porcin et aviaire) ; Contamination et destruction des aliments ; Propagation de maladies (dont les salmonelloses, les pasteurelloses, la leptospirose ou encore la toxoplasmose). Les rongeurs ne deviennent visibles que lorsqu ils sont en grand nombre, il faut donc détecter leur présence avant qu ils ne soient trop abondants, par des signaux évocateurs : bruits de grignotement, crottes le long des murs ou proches des sources de nourriture, galeries le long des fondations, odeurs d urine de rongeur, traces graisseuses sur les canalisations ou la charpente (SURGEONER, 1987). Il existe deux espèces de rongeurs nuisibles dans les élevages : le Rat surmulot (ou Rattus norvegicus) et la souris (Mus musculus). Leur élimination ne se fait pas de la même manière, il faut donc déterminer l espèce présente (GUERIN et LEGRAND, 2012), tout comme pour la désinsectisation. Dans le tableau 12 ci-dessous sont répertoriées les principales caractéristiques permettant de les différencier

100 Tableau 12 : Caractéristiques physio-morphologiques des rats et des souris adultes (Source : SURGEONER, 1987) La principale caractéristique permettant de différencier le rat de la souris lorsqu il n est pas possible de les voir est la taille des crottes, de l ordre du grain de haricot pour le rat, contre le grain de riz pour la souris. Par ailleurs, les souris sont beaucoup plus bruyantes que les rats Dératisation et lutte préventive Une fois l espèce et l importance de la colonisation déterminées, il faut mettre en place un plan de lutte contre les rongeurs. La dératisation (terme général pour les rats et les souris) est une lutte intégrée, c'est-à-dire qu il est nécessaire de mettre en place un ensemble de mesures, et l utilisation exclusive de rodenticides ne «guérira» pas l élevage. Il faut ainsi rendre les bâtiments les plus imperméables possibles aux rongeurs, supprimer les cachettes potentielles, mettre des pièges pour les rongeurs déjà présents, et installer des rodenticides (GUERIN et LEGRAND, 2012). Le fait de rendre un bâtiment imperméable aux rongeurs est possible dans l élevage hors-sol, mais difficile en élevage bovin, la stabulation étant totalement ouverte sur l extérieur. Cette étape ne sera pas réalisable, mais il faudra détruire les cachettes et nids potentiels. Pour cela, la première chose à faire est de ranger l ensemble des abords des bâtiments, éviter les empilements, jeter les sacs d aliments vides, enfermer le bois et les accessoires divers, et boucher les trous dans tous les murs à double paroi (ANDERSON, 2009). Pour que les rongeurs ne puissent plus s alimenter ni boire, il faut vérifier

101 régulièrement les fuites d eau, les écoulements ouverts et les abreuvoirs, et stocker les aliments dans des réservoirs pouvant résister aux rongeurs (bacs métalliques). L élimination des colonies de rongeurs présents peut se faire par des pièges à ressort ou des boites-pièges. Il faut essayer divers appâts parmi leur alimentation favorite. Les souris s adaptent très rapidement à une nouveauté, mais les rats sont méfiants. Il faut donc mettre des appâts sans poison et ne pas armer le piège durant les 4 à 5 premiers jours. Les pièges doivent être placés dans les zones de vie de prédilection des rongeurs, donc derrière des objets, le long des murs ou dans des recoins sombres. Il est important de mettre un grand nombre de pièges, pour que les rongeurs soient éliminés rapidement et ne commencent pas à se montrer méfiants. Il est conseillé d en mettre 50 à 100 dans un élevage de taille moyenne avec une infestation modérée. Les chats peuvent maintenir une population modérée de rongeurs dans un élevage, mais sont aussi des vecteurs de maladies, comme nous allons le voir dans la partie suivante (GUERIN et LEGRAND, 2012). Enfin, la lutte contre les rongeurs lorsqu ils représentent une population moyenne à forte passe par la mise en place de rodenticides. Ils sont de deux types : les poisons violents ou les anticoagulants. Les rodenticides trouvés dans le commerce pour le grand public sont des anticoagulants. Il faut faire très attention à ces produits, cat ils sont extrêmement toxiques voire mortels pour les autres animaux et l Homme, il faut donc respecter scrupuleusement les précautions d emploi, de manipulation et d entreposage comme prévu par le fabricant. Il ne semblerait pas exister de résistances aux rodenticides actuellement, mais plutôt l installation d une méfiance vis-à-vis du support. Il suffira donc de changer de présentation lorsque les rongeurs n iront plus manger l appât. L intervalle entre deux appâts doit être de 1 à 2 mètres pour les souris, et de 7 à 10 mètres pour les rats, sur les trajets très fréquentés (SURGEONER, 1987). Les appâts doivent obligatoirement être placés dans une boite protectrice, afin d éviter une contamination des animaux domestiques et de l Homme. Il est également possible de dératiser un bâtiment par fumigation, mais cette technique est exclusivement réservée aux entreprises agrées de dératisation. Nous retrouvons dans le tableau 13 les principales molécules rodenticides et les formulations disponibles. Tableau 13 : Principaux rodenticides et formulations utilisés en élevage (Source : SURGEONER, 1987)

102 Les animaux domestiques Les chiens et les chats sont omniprésents dans les élevages bovins. Ils se déplacent la plupart du temps librement dans les bâtiments et les pâtures, et ont ainsi accès facilement aux délivrances, avortons ou carcasses. Ils vont ainsi s infecter avec des agents pathogènes responsables d infertilité ou d avortement chez les bovins, et servir d hôte intermédiaire, pour N. caninum ou Sarcocystis spp. par exemple. Le chat peut être un vecteur de la toxoplasmose. Enfin, le chien et le chat sont des vecteurs d agents de diarrhée néonatale comme C. parvum, Giardia spp. et Salmonella, ainsi que de la teigne (RUEST, 2006). Il faut éloigner les chiens et les chats des bâtiments d élevage, en fermant les lieux de stockage des aliments principalement (la fermeture d un bâtiment semi-ouvert est impossible en pratique). La lutte contre les rongeurs va également éloigner les chats, de même que la fermeture de l accès aux stockages de foin et de paille, où les chats vivent souvent. Le chien sera éloigné par l éducation, et sera surveillé par son maître lorsqu il sera présent dans le troupeau. Il faut également vacciner les animaux domestiques contre les maladies communes aux bovins et aux carnivores, comme par exemple la leptospirose (ANDERSON, 2009). Il en est de même pour les herbivores d agrément parfois présents dans les élevages bovins, par exemple les chèvres (ANDERSON, 2009). Enfin, les chats sont d excellents porteurs de puces (Ctenocephalides felis) et les transmettent régulièrement aux troupeaux. Les principaux animaux d élevage pouvant être contaminés par les puces de carnivores sont les chèvres, mais les ovins ou les bovins peuvent également l être. Le bilan que l on peut dresser de cette partie est l importance d une lutte contre les nuisibles de façon raisonnée et adaptée. Ainsi, les insectes et les rongeurs transmettent des maladies, qui peuvent être graves, aux bovins, les insectes nuisent à la productivité des animaux par la gêne qu ils occasionnent, et les rongeurs détériorent les bâtiments et les réserves d aliments. Par ailleurs, les animaux domestiques, chiens et chats, ne doivent pas avoir accès à des locaux d élevage, en raison principalement de leur rôle d hôte intermédiaire dans certaines maladies parasitaires des ruminants, responsables entre autres d avortements et d infertilité. Retenons que la dernière étape d un plan de biosécurité est la lutte contre ces animaux nuisibles, et que l ensemble des mesures que nous avons décrites au cours de cette approche pratique sont pour la plupart indissociables. Chaque étape prise indépendamment ne génère pas un meilleur état sanitaire de l élevage, mais c est bien ensemble qu elles améliorent la santé générale des animaux, et par conséquent la rentabilité d un élevage laitier. Nous savons maintenant quel est l intérêt de la biosécurité dans un élevage bovin laitier, quelles sont les étapes essentielles d un plan de biosécurité et comment construire ce plan de façon assez pratique. Cela se base sur la gestion des entrées et de la diffusion des maladies au sein de l exploitation. En nous positionnant dans une vision plus globale de la santé animale et humaine, il reste un élément à développer, la gestion de ce qui sort de la ferme. Nous allons donc terminer cette thèse par une description des méthodes actuelles de traitement et d élimination des déchets d élevage

103 2.5. Élimination des déchets d élevage L épandage du fumier et du lisier La différence entre le fumier et le lisier est la quantité de matière sèche qu ils contiennent (WEILL et DUVAL, 2009). Le fumier est composé des déjections des animaux (urine et excréments) et de la litière (de la paille dans notre cas) et a un pourcentage de matière sèche d environ 20 %. C est ce qui est extrait de la stabulation lors du curage, qui est généralement bisannuel. Le lisier présente une matière sèche beaucoup plus faible (5 % en moyenne) et est composé presque uniquement de déjections. Nous le retrouvons dans les élevages avec des logettes, qui possèdent fréquemment un couloir de passage soit en caillebotis avec une fosse de récupération en dessous, soit en béton avec un racleur automatique qui accumule le lisier à un bout du bâtiment dans une fosse, ainsi que dans les stabulations paillées avec une aire d exercice ou d alimentation bétonnée non couverte. Ces déchets peuvent difficilement être détruits en raison du volume qu ils représentent. Ils possèdent des propriétés particulières, dont une assez forte concentration en azote et en phosphore, qui sont en quantité insuffisante dans la plupart des terres cultivables. Ils seront dispersés sur tout type de champs, et plus particulièrement appréciés sur les cultures maraichères ou de maïs, afin de servir de fertilisant et d apporter les éléments nutritifs dont les plantes en croissance peuvent manquer (WEILL et DUVAL, 2009). C est l épandage. Le fumier comporte beaucoup d azote sous forme minérale, NH 4 + (ammoniac) et NO 3 - (nitrate), et une petite portion d azote organique. C est la forme nitrate qui apporte l azote aux plantes, et la forme ammoniacale se transforme rapidement en forme nitrate au contact du sol. En revanche, la forme ammoniacale est rapidement évaporée au contact de l air. Il faut donc incorporer le fumier au sol lors de l épandage, ou le recouvrir très rapidement de terre (HENDRICKS et VAN DE WEERDHOF, 1999). La quantité à épandre dépend de la richesse naturelle du sol en azote et en phosphore, mais ne doit pas dépasser l équivalent de 150 kg d azote total par hectare. Par ailleurs, il existe également une émission de gaz à effet de serre lors d un épandage à l air libre sans incorporation au sol ou recouvrement rapide par de la terre, ainsi que des risques de pollution des nappes phréatiques. Afin de pallier ces phénomènes, il existe diverses techniques d épandage, qui sont récapitulées dans le tableau 14 ci-dessous

104 Tableau 14 : Techniques d épandage du fumier sur les terres (Adapté de : HENDRICKS et VAN DE WEERDHOF, 1999) Technique Type de fumier Utilisation des terres Réduction des émissions (%) Épandage en bandes Lisier Prairies 10 Épandage en bandes Lisier Cultures 30 Sabot d épandage traîné Lisier Prairies principalement 40 Injection (sillon ouvert) Lisier Prairies 60 Injection (sillon fermé) Lisier Prairies, terres arables 80 Incorporation immédiate Fumier solide Terres arables 80 Incorporation dans la même journée Fumier solide Terres arables suivant le type de fumier L épandage a bien évidemment un coût pour le traitement, les machines, le transport, et le recouvrement de la terre, qui peut aller de 0,50 à 2,50 par m 3 de fumier utilisé. En revanche, il y a une nette diminution des dépenses en engrais, et une amélioration des rendements. Selon le site internet de la FAO (HENDRICKS et VAN DE WEERDHOF, 1999), les impacts de l épandage sur l environnement sont principalement la pollution des eaux superficielles, et des émissions de gaz ammoniacaux et à effet de serre. Les avantages non négligeables sont une baisse de l utilisation d engrais chimiques et donc de pollution générale de l environnement, ainsi qu une nette amélioration du rendement des cultures. Cela permet un bon recyclage des fumiers. L incorporation du fumier au sol affecterait positivement l émission d ammoniac, mais induirait une baisse de la quantité de minéraux apportés aux plantes du fait du lessivage par les eaux de pluie, et par conséquent une pollution des nappes d eau souterraines superficielles. La réglementation concernant l épandage est assez stricte, surtout concernant les périodes d autorisation, ainsi que les distances à respecter vis-à-vis des habitations ou des

105 cours d eau par exemple, et beaucoup plus drastique pour les lisiers que les fumiers. Chaque région peut modifier les périodes d épandage et les quantités autorisées par hectare selon le type de sol. Cela comporte donc des restrictions et obligations assez lourdes, de même qu une pollution de l environnement et de l atmosphère que l on ne peut pas négliger. Il existe actuellement de nouvelles techniques pour modifier des déchets d élevage dans le but d en produire de l engrais ou de l énergie, que nous allons aborder dans les parties qui suivent Le compostage du fumier Principe du compostage Le compostage correspond à une dégradation biologique par des micro-organismes de la matière organique, dans un environnement aérobie et humide. Le produit qui en résulte, le compost, est plus stable, et généralement sanitairement propre (WEILL et DUVAL, 2009). Le compost ne peut être fait qu à partir de fumier et non de lisier, car il faut que le tas soit suffisamment aéré et la densité du lisier est trop élevée pour permettre un bon compostage. Le compost de fumier sera ensuite épandu sur les cultures. Les avantages par rapport à l épandage classique sont les suivants : - Pas de délais entre l épandage et la récolte des cultures ; - Pollution moins grande qu avec le fumier ; - Destruction des graines de mauvaises herbes et des agents pathogènes durant le compostage ; - Épandage plus uniforme, et diminution des volumes ; - Épandage possible sur une plus large surface (jusqu à 10 mètres des tiers contre 50 mètres pour les fumiers). Les inconvénients sont peu nombreux lorsque le compostage est fait efficacement, mis à part le prix, qui peut varier de 30 à 80 par tonne traitée selon la méthode et les matériaux employés, et l augmentation du travail pour l éleveur (WEILL et DUVAL, 2009). L augmentation du temps de travail peut être compensée par la facilité accrue d épandage du compost par rapport au fumier. Cependant, il semblerait que le compostage soit souvent mal fait et entraîne la perte de 50 % du carbone, de 30 à 70 % de l azote et de 50 % du potassium. Par ailleurs, contrairement au fumier, le compost ne comporte presque que de l azote organique, qui ne produit donc pas d ammoniac lors de l épandage. Les plantes assimilant beaucoup moins rapidement d azote organique par rapport à l azote sous forme de nitrate, le compostage du fumier avant son épandage va permettre de lui donner une efficacité sur plusieurs mois à années sur la terre. Par ailleurs, la biodisponibilité en phosphore, deuxième minéral faisant défaut aux cultures, est rapide et le compost présente une concentration en phosphore équivalente à celle d un engrais chimique. Le compost a perdu 30 à 50 % de volume et de masse, avec une matière sèche à plus de 30 %, contre 20 % pour le fumier en sortie d étable. Il est par conséquent plus concentré en minéraux et éléments fertilisants, ce qui diminue d autant les volumes à épandre

106 Réalisation du compostage La mise en place technique du compostage est simple : il suffit de mettre en tas le fumier dans un champ (sur une aire bétonnée lorsqu il y a un risque d écoulements, sans le tasser, sur une hauteur de moins de 2 mètres. Il faut retourner le tas toutes les trois semaines environ, deux fois, et attendre encore trois semaines avant l épandage, ce qui donne un total de 8 à 9 semaines après le curage de la stabulation (FDCUMA, 2006). Ainsi, l épandage du curage de fin de printemps-début d été se fera à l automne. Il est préférable de protéger le tas de compost des intempéries, qui risquent de ralentir le processus. En élevage laitier, on utilise le fumier de litière accumulée (stabulation), ou le lisier (raclage des logettes) lorsque la quantité de paille est suffisante (au moins 5 kg/ugb/jour) après deux mois d égouttage. Il est possible de mélanger le fumier trop mou ou le lisier avec un support carboné (déchets verts, copeaux, écorces) sur une aire bétonnée avec récupération du jus, et pendant 4 à 6 mois. Il est important que les animaux n aient pas accès à cette aire de récupération en raison de l entrée sur l exploitation de déchets d origines variées et non contrôlées. Les proportions sont globalement de 50 / 50. Cette technique est en plein essor actuellement, du fait de l intérêt qu elle apporte aux collectivités locales pour l élimination de leurs déchets végétaux, et de l aide à l élimination des déchets d élevage apportée aux éleveurs. Toutefois, il faudra veiller à ne pas faucher trop tôt après l épandage en prairie du fait des morceaux de bois qui pourraient blesser les animaux lorsque le foin ou l enrubanné leur sera donné (FDCUMA, 2006) Stérilisation des fumiers Le compostage assainit et homogénéise le fumier, ce qui le rend plus propre, moins polluant et plus facile à épandre (WEILL et DUVAL, 2009). En revanche, pour revenir à la biosécurité et à la transmission des maladies entre les animaux de la même espèce ou non, certaines bactéries peuvent particulièrement bien survivre au compostage en y trouvant les conditions nutritives et environnementales adéquates à leur multiplication, comme les salmonelles par exemple. Il en est de même pour certaines formes enkystées de protozoaires. Ces agents pathogènes seront alors capables d infecter d autres animaux longtemps après, même si cela est assez rare. Il est difficile de trouver des résultats expérimentaux sur ces phénomènes, bien qu ils soient décrits dans la littérature. Nous prendrons deux exemples, à défaut de pouvoir donner une liste des germes concernés et des procédures de traitement du fumier. Ainsi, AITKEN et al. (2007) ont montré que Escherichia coli O157 : H7 est tuée (diminution d un log 10) dans le fumier par une température de 55 C pendant 10 minutes en conditions anaérobies, tandis que le compostage est majoritairement aérobie. En revanche, cette bactérie ne peut pas survivre une fois le compost épandu. Par ailleurs, OTTOSON et al. (2008) se sont intéressés à la résistance de Salmonella spp. dans le fumier de bovin, et ont conclu qu une élimination de la bactérie était possible avec un ajout d urée et d ammoniac. Nous conclurons seulement qu il existe des méthodes de «stérilisation» du fumier envisageables dans les élevages touchés par des germes enzootiques résistant longtemps dans le milieu extérieur et dont l éleveur veut se débarrasser. Les plans de lutte usuels, tout comme ceux que nous avons élaborés tout au long de ce travail, sont efficaces, mais il est possible d y ajouter un traitement de la litière ou du fumier, qui terminera alors le travail d élimination des

107 agents pathogènes. Nous noterons simplement que l incorporation d antibiotiques ou d antiparasitaires dans la litière semble une mauvaise idée, étant données les conséquences potentielles sur le développement de résistances graves L utilisation des déchets pour produire de l énergie : la méthanisation Introduction à la méthanisation La méthanisation est une méthode assez ancienne qui vise à faire digérer de la matière organique d origine animale ou végétale par des bactéries anaérobies (FREDERIC, INRA, 2012). Le produit qui en résulte est ce que l on appelle le «Biogaz», composé environ de 60 % de méthane (CH 4 ) et de 40 % de dioxyde de carbone (CO 2 ), et des traces de vapeur d eau, d oxygène et d hydrogène sulfuré (H 2 S). Les travaux de DUCELLIER et ISMAN (dès 1939 en Algérie) ont porté sur la possibilité de méthaniser les déchets d élevage, comme le fumier ou le lisier. Actuellement, il est possible de réaliser la méthanisation du lisier, du fumier, et des résidus de cultures. L a rentabilité du processus dépend de la quantité de matière sèche (MS) du substrat, sachant que le lisier est entre 5 et 10 % de MS et le fumier entre 20 et 30 % selon la quantité de paille mélangée. Les méthodes suivant l utilisation de fumier ou de lisier sont légèrement différentes, mais l objectif reste le même, la production de biogaz. Le biogaz produit a un pouvoir énergétique non négligeable : 1 m 3 de méthane a un pouvoir calorique de 8570 Kcal, ce qui correspond à environ 9,7 kwh d électricité ou encore 1 litre d essence. La méthanisation est faite par des bactéries qui digèrent la matière organique. Ces bactéries sont de trois familles : bactéries hydrolytiques et fermentatives (clostridies ou entérobactéries par exemple), des bactéries acétogènes (formation d hydrogène et de dioxyde de carbone principalement, des genres Acetobacterium ou Syntrophobacter par exemple) et des bactéries méthanogènes (Groupe des Archéobactéries principalement). Le dioxygène doit être le plus absent possible de la cuve pour limiter la combustion du méthane avant qu il ne soit récupéré. Le principe de la digestion anaérobie est présenté dans la figure 12 ci-après

108 Figure 12 : Étapes de la digestion anaérobie de matière organique (Source : FREDERIC, INRA) Les pourcentages présents le long des flèches expriment le flux de carbone associé à chaque transformation, en pourcentage de la DCO (Demande Chimique en Oxygène)

109 Mise en place du procédé et intérêts Source : DI MARCO (2008). Pour réaliser de la méthanisation dans un élevage de bovins, l investissement est important. Il est nécessaire d installer des cuves de fermentation, qui peuvent être remplies en continu lors d incorporation automatisée de lisier (par raclage automatique) ou en discontinu lors de l utilisation du fumier des curages de la stabulation. Le procédé le plus courant utilisé pour la méthanisation des déchets d élevage est la fermentation de «Ducellier-Isman». Lors du remplissage de la cuve, le fumier est d abord pré-fermenté en aérobiose durant 2 à 8 jours (ce qui correspond à un compostage de courte durée), et réchauffé pour permettre une meilleure digestion. La température idéale pour la méthanisation doit être sur une plage de température mésophile (35 C) ou thermophile (55 à 60 C), les trois familles bactériennes évoquées contenant des espèces mésophiles et thermophiles. Ce premier procédé permet d assainir le fumier, et notamment d éliminer les bactéries pathogènes ou commensales qui peuvent inhiber l action des bactéries méthanogènes. Il y a généralement une cuve de récupération des jus en bas de la cuve. Le jus est pompé et redistribué au sommet de la matière en fermentation, permettant de maintenir une immersion du fumier et donc un milieu le plus anaérobie possible. Le fumier ou lisier reste généralement dans la cuve pendant 1,5 à 2 mois. La valorisation du biogaz est possible sous trois formes : énergie thermique, énergie électrique ou biocarburant. L utilisation de biocarburant est très développée dans certains pays européens, comme la Suède, mais encore très peu en France, mis à part pour quelques flottes de petits véhicules des collectivités locales. La principale valorisation du biogaz issu de la méthanisation des déchets d élevage est la production d électricité, car l entreprise EDF est obligée de le racheter à un prix intéressant. Il est estimé que 4 bovins produisent 1 kwh, qui est revendu en moyenne 17 centimes d euro. Il y a généralement aussi une valorisation thermique du méthane, qui assure le chauffage du logement de l éleveur. Pour permettre un bon transport du biogaz, il ne faut pas qu il soit trop concentré en hydrogène sulfuré, qui est très corrosif, et nécessite des conduites de gaz particulières, ce qui augmente les frais. Les intérêts évidents de la méthanisation est l élimination des déchets de l élevage et la production d une énergie respectueuse de l environnement. Mais il y a également des difficultés que l éleveur peut rencontrer, et tout d abord le prix de l investissement, qui se compte en centaines de milliers d euros. Par exemple, la mise en place de la méthanisation dans un élevage d une centaine de vaches laitières coûte globalement euros d installation initiale, ainsi que le fonctionnement quotidien. La production de biogaz rapportera entre et euros par an, ce qui assure une rentabilité en une dizaine d années. Il y a actuellement des subventions nationales et européennes pour la production d énergies propres, qui peuvent s élever à 50 % de l investissement de départ et permettre une rentabilité en 5 ans. Néanmoins, l éleveur doit être conscient que la méthanisation augmentera ses heures de travail. Enfin, il y a des conditions à une bonne valorisation du biogaz produit : il faut une étape de condensation de la vapeur d eau, une étape de désulfuration (par oxydation chimique ou biologique) et une étape d épuration. Par ailleurs, lorsque l éleveur veut incorporer son biogaz produit à un réseau de biocarburant ou de gaz, il faut ajouter l élimination du CO

110 Cette dernière partie est d un rapport assez limité avec le reste de la thèse, puisque le compostage ou la méthanisation n ont pas de visée sanitaire ou zootechnique à proprement parler, mais plutôt agronomique voire économique pour l éleveur et l exploitation. Mais ces mesures s insèrent parfaitement dans la logique constructive d amélioration de la rentabilité d un élevage, et de transformation de la ferme en une entreprise productive, dans laquelle l innovation et l organisation sont les mots clés. C est pourquoi j ai décidé de les traiter, bien que brièvement, puisque ces thèmes sont en plein développement et pourraient servir de sujet à eux seuls

111 Conclusion Ainsi, nous avons rassemblé des données bibliographiques et de réflexion personnelle autour de l élaboration d un plan de biosécurité dans une exploitation laitière moderne. Les objectifs de la biosécurité que nous avons privilégiés sont d améliorer la santé des animaux, et d accroitre la rentabilité de l élevage et par conséquent les revenus de l éleveur. Pour mettre cela en pratique, nous avons considéré divers points sur lesquels l éleveur peut jouer. Tout d abord, l organisation des bâtiments et de l exploitation sont à l origine d une séparation de certaines catégories d animaux, d une limitation des passages de personnes potentiellement vectrices d agents pathogènes. À travers cette organisation ressort l application d une chronologie dans les tâches à effectuer sur la ferme par l éleveur et son personnel, comme de ne pas aller soigner des veaux après s être occupé des adultes malades ou non. Un second aspect fondamental dans la biosécurité d une exploitation laitière est de surveiller tout ce qui entre. Cela commence bien sûr par les animaux achetés, qui devront impérativement subir une quarantaine allant de 3 à 4 semaines, durant laquelle seront réalisés les tests de dépistage des maladies usuelles, ou spécifiques de la région. Mais cette surveillance des entrées passe également par les aliments, le matériel ou les personnes. Ainsi, l éleveur devra faire attention à la propreté du camion de la laiterie ou du matériel de l inséminateur, ces personnes n étant pas toutes formées à cette hygiène qui devrait être irréprochable. Il en est de même pour ce qui est des contacts avec les animaux du voisinage, la faune sauvage, ou les mouches allant de promener sur les vaches des exploitations voisines. Tout cela correspond à la biosécurité externe, qui fait référence à la notion de «bioexclusion». La biosécurité comprend également une composante interne, qui s intéresse à la propagation des maladies au sein même de l élevage. L objectif de cette partie de la biosécurité est d éviter que les animaux ne se contaminent entre eux au cours de leur vie, comme par exemple la transmission de la paratuberculose entre les adultes, malades, et les jeunes, réceptifs, ou encore le maintien d un agent pathogène dans la stabulation d un hiver au suivant. Ce sont ces maladies qui, non seulement causent des dégâts de santé chez les jeunes (diarrhée, troubles respiratoires) et les adultes (comme l exemple des mammites), mais créent aussi un état sanitaire et hygiénique globalement défavorable à une bonne productivité des animaux et donc rentabilité de l élevage. Nous lutterons contre cette propagation tout d abord en appliquant des mesures qui relèvent du bon sens. C est en effet par une hygiène générale efficace, un sens du travail logique (s occuper des malades après les animaux sains), une mise en place de pédiluves aux zones sensibles de la ferme, une utilisation de vêtements jetables ou encore une désinfection complète des bâtiments d élevage durant l absence des animaux l été que nous pouvons espérer atteindre les objectifs que l éleveur se sera fixés. La dernière partie est une introduction à l élimination appropriée des déchets de l élevage. En effet, une fois que l éleveur a réussi à assainir son élevage, l élimination du fumier tient de la suite logique, dès lors que l on ne considère pas la biosécurité mise en place dans un élevage comme une fin en soi, mais dans une vision plus générale de l alimentation, de la santé humaine et de la sauvegarde de l environnement, faisant une référence à la notion

112 de «bio-confinement». Ces sujets ne sont que très peu développés dans les dernières pages de cette thèse et mériteraient une attention particulièrement importante, d autant qu ils sont en plein essor depuis quelques années. La forte tendance actuelle à chercher de la qualité plutôt que de la quantité, engendre l accroissement des exigences de la société vis-à-vis de l agriculture dans son ensemble, concernant aussi bien la production animale et l élimination des déjections, que les productions céréalières ou maraîchères et l utilisation de pesticides et d engrais. Une autre manière d aborder cette problématique de l hygiène et de la santé des animaux d élevage serait peut-être une approche bien connue dans le milieu de l industrie agro-alimentaire qui vise à estimer les risques, définir comment les maîtriser, mettre en place des plans de maîtrise et enfin contrôler l efficacité de ce qui a été élaboré. A cette fin, la méthode HACCP (Hazard Analysis Critical Control Point), technique vieille de quelques dizaines d années qui a fait ses preuves d efficacité, pourrait s adapter à un élevage, en analysant préalablement les spécificités de chaque lieu pour définir au plus près les mesures à adopter

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123 ANNEXES

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125 Annexe 1 : Les zoonoses professionnelles liées aux bovins laitiers Définition d une zoonose : «Maladie ou infection qui se transmet naturellement des animaux vertébrés à l Homme et réciproquement» (TOMA et al., 2001). Définition d une zoonose professionnelle : «Zoonose contractée au cours de l exercice normal d une profession qui expose ses membres au contact des animaux vivants, des cadavres, carcasses et divers produits d origine animale», comme par exemple les éleveurs, vétérinaires ou bouchers (TOMA et al., 2001b). Modes de transmission des zoonoses : Voie cutanée (par contact de la peau ou d une muqueuse avec un animal ou ses excrétions), voie digestive (par ingestion accidentelle par les mains ou des objets contaminés), voie respiratoire (par inhalation d aérosols contaminés). En élevage laitier, la première voie est cutanée, puis digestive. La voie respiratoire est rare. Tableau 15 : Liste alphabétique des principales zoonoses professionnelles liées aux bovins laitiers (Adapté de : HIGGINS et VILLENEUVE, 2001 ; PELZER et CURRIN, 2009) Maladie Agent pathogène Risque d'exposition Anthrax Bacillus anthracis Très faible Brucellose Brucella spp. Faible Colibacillose Cryptosporidiose Dermatite pustuleuse E. coli verotoxinogène Cryptosporidium parvum Faible Élevé Mode de transmission Cutané (inhalation et ingestion rares) Cutané (avorton, placenta) Ingestion (mains sales, origine fécale), surtout TIA Ingestion (mains sales, origine fécale) L. monocytogenes Faible Cutané (sur lésions) Salmonella spp. Faible à moyen Cutané (sur lésions) Symptômes chez l'homme Lésion cutanée non douloureuse / mort si inhalation Fièvres ondulantes, sudation nocturne, faiblesse, douleurs articulaires Diarrhée, douleur abdominale, SUH mortel possible Diarrhée, douleur abdominale, nausée, fièvre, grave chez les immunodéprimés Lésion rouge douloureuse et purulente Pustules locales, syndrome généralisé décrit

126 Dermatophilose Dermatophilus congolensis Faible ESB Prion Inconnu Fièvre Q Coxiella burnetii Moyen à élevé Cutané Ingestion de tissus contaminés Cutané / inhalation avec matières fœtales Gale sarcoptique Sarcoptes scabiei Moyen Cutané direct Giardiose Giardia spp. Moyen Leptospirose Leptospira interrogans Faible Listériose L. monocytogenes Faible Paratuberculose Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis Peudocowpox Pseudocowpoxvirus Faible à moyen Rage Rhabdovirus Ingestion (origine fécale), transmission interhumaine Cutané (produits d'avortement ou urines) Ingestion (lait non stérilisé ou aérosols) Faible Ingestion? Exceptionnel en France Cutané (lors de la traite) Morsure Ulcères cutanés localisés puis généralisés Maladie de Creutzfeldt-Jakob Fièvres ondulantes, maux de tête, syndrome respiratoire possible, avortements Éruptions cutanées et démangeaisons, guérison spontanée Diarrhée, flatulences, fatigue Syndrome grippal, atteinte hépatorénale sévère possible Avortement ou lésions graves chez les nouveau-né, endocardite, méningite Supposée équivalent de la Maladie de Crohn Verrues douloureuses et croûteuses sur les mains et les bras Mort Salmonellose Salmonella spp. Faible à moyen Ingestion (origine fécale) Diarrhée, crampes abdominales, fatigue, guérison spontanée fréquente Teigne Trichophyton ou Microspora spp. Élevé Cutané direct Lésions caractéristiques en anneau, pertes de poils Tuberculose Mycobacterium bovis Très faible Inhalation, ingestion de lait non pasteurisé Toux persistante avec du sang, atteintes rénale ou cérébrale décrites

127 Annexe 2 : Exemple d affiche synthétique Des consignes d hygiène d un élevage L affiche qui figure sur la page suivante est un exemple conçu par l auteur de cette thèse de ce qu il serait possible de mettre à l entrée de l exploitation afin d avertir les visiteurs des consignes à respecter lorsqu ils entrent dans l élevage

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129 CONSIGNES DE SECURITE ET D HYGIENE POUR LES VISITEURS Ne sont autorisés à pénétrer sur l exploitation que : Les véhicules propres sans marque de terre intérieurement comme extérieurement Les personnes avec des vêtements propres n ayant pas servi dans une autre ferme aujourd hui, après avoir désinfecté leurs bottes Le personnel de l exploitation portant ses vêtements et bottes destinés à cette ferme Le matériel propre et désinfecté Avant de rentrer sur la ferme : Si vêtements sales et contact récent avec des animaux extérieurs à l exploitation : mettre une cotte jetable et des sur-bottes Brosser les bottes et passer dans le pédiluve 30 secondes Se laver les mains avec le produit mis à disposition Sur la ferme : Ne pas apporter de nourriture ni d animaux domestiques Passer dans les pédiluves dès qu ils sont présents Ne pas rentrer dans les zones signalées comme interdites Suivre le plan ci-dessous pour la circulation Plan de l exploitation, avec sens de circulation pour les visiteurs et le personnel, des zones les moins contaminées vers les plus sales (interdire le passage par le logement des veaux et la zone de quarantaine si l accès n est pas nécessaire) MERCI DE VOUS LAVER LES MAINS ET LES BOTTES AVANT DE QUITTER LA FERME

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131 Annexe 3 : «Directive Biocides» Source : Ministère de l Écologie, du Développement Durable et de l Énergie, La réglementation Biocide, datant du 2 février 2011, mise à jour le 18 juillet On regroupe sous l appellation de produits biocides un ensemble de produits destinés à détruire, repousser ou rendre inoffensifs les organismes nuisibles, à en prévenir l action ou à les combattre, par une action chimique ou biologique. Destinés à détruire, repousser ou rendre inoffensifs les organismes nuisibles, les biocides sont par définition des produits actifs susceptibles d avoir des effets nuisibles sur l homme, l animal ou l environnement. Ces produits sont classés en quatre grands groupes, comprenant 23 types de produits différents : les désinfectants (ex : désinfectant pour les mains, désinfectant pour l eau) ; les produits de protection (ex : protection du bois contre les insectes ou les champignons, produit de protection du cuir, des fluides utilisés dans la transformation des métaux) ; les produits antiparasitaires (ex : rodenticides, insecticides) ; es autres produits (ex : peintures antisalissures appliqués sur les bateaux, fluides utilisés dans la taxidermie et la thanatopraxie). La directive communautaire 98/8/CE relative à la mise sur le marché des produits biocides, transposée en droit français aux articles L et suivants du code de l environnement, a pour conséquence d harmoniser la réglementation des États membres de l Union européenne, jusqu alors très inégale, et de garantir l unicité du marché. Mais l objectif principal de cette réglementation est d assurer un niveau de protection élevé de l homme, des animaux et de l environnement en limitant la mise sur le marché aux seuls produits biocides efficaces présentant des risques acceptables et en encourageant la mise sur le marché de substances actives présentant de moins en moins de risque pour l homme et l environnement. Les mesures visent notamment à prévenir les effets à long terme : effets cancérogènes ou toxiques pour la reproduction, effets des substances toxiques, persistantes et bioaccumulables. La mise en œuvre réglementaire s articule en deux étapes : une évaluation des substances actives biocides aboutissant ou non à leur inscription sur une liste positive européenne, pour ensuite soumettre les produits qui les contiennent à des autorisations de mise sur le marché nationales avec des exigences communes au niveau européen. Une procédure de reconnaissance d une autorisation délivrée par un autre État membre est également prévue. En France, ces autorisations sont délivrées par le ministère du développement durable, sur la base d un avis et d un rapport d évaluation de l Agence nationale de sécurité sanitaire de l alimentation, de l environnement et du travail (ANSES). L ANSES a été créée le 1er juillet 2010, et résulte de la fusion entre l AFSSET (l Agence Française de Sécurité Sanitaire de l Environnement et du Travail (AFSSET) et l AFSSA (Agence de sécurité sanitaire des aliments). Par le passé, les travaux d appui étaient réalisés par l AFSSET

132 L ANSES s appuie notamment sur l expertise d organismes variés pour l évaluation de l efficacité (ex : l Institut technologique Forêt Cellulose Bois-construction Ameublement FCBA pour la protection du bois ; AFSSAPS pour certains produits désinfectants ). La décision du ministère est également prise après avis consultatif de la Commission des Produits chimiques et biocides. Cette Commission, qui est notamment composée de représentants de différents ministères, d agences de sécurité sanitaires, des centres antipoison, de l industrie du secteur des biocides, des ONG et des syndicats, est chargée de rendre un avis en tenant compte d aspects socio-économiques et du bénéfice des produits par rapport aux risques potentiels que leur utilisation peut comporter. Tant que les substances actives d un produit donné sont en évaluation au niveau européen, le produit est soumis à un régime dit «transitoire» durant lequel il n est pas soumis au régime d autorisation voulu par la directive biocide. Néanmoins, certaines dispositions réglementaires s appliquent, comme des régimes d autorisation existants en France avant la directive biocide, et des obligations de déclarations et d étiquetage

133 Annexe 4 : Liste des désinfectants Autorisés dans le cadre Des Maladies Réputées Contagieuses Cette liste est extraite du site internet e-phy.agriculture.gouv.fr, mise à jour du 2 octobre 2003, consulté le 27 octobre

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139 Annexe 5 : Aspects morphologiques Des principaux insectes Présents en élevage Les photos de Musca domestica, Musca autumnalis et Haematobia irritans sont extraites du site internet Fly Control Center ([ 2008, consulté le 27 octobre 2012) et sont la propriété de Bayer Healthcare LLC. L image de Fannia canicularis est tirée du site internet [ consulté le 10 novembre Musca domestica : Musca autumnalis : Fannia canicularis : Haematobia irritans :

140 Eristalis tenax : Adulte Auteur : Michael BECKER [ Consulté le 28 octobre 2012 Alphitobius diaperinus : Adulte Auteur : James DUNFORD [entnemdept.ufl.edu]-university of Florida Consulté le 28 octobre

141 LA BIOSECURITE DANS LES ELEVAGES BOVINS LAITIERS NOM : VALLARINO Prénom : Nicolas Résumé : La biosécurité est un ensemble de pratiques pour la plupart non médicamenteuses qui vise à éviter l introduction, la circulation interne, et à supprimer ou limiter les agents pathogènes nocifs pour les animaux ou pour l Homme. Ceci est déjà développé dans les élevages industriels de type porcin ou aviaire, mais n en est qu à ses débuts dans le cadre plus ouvert de l élevage de ruminants. L objet de cette thèse est d étudier ce qu il serait possible de réaliser dans un élevage bovin laitier pour améliorer la santé des animaux et par conséquent la rentabilité de l élevage. Nous abordons ainsi une première partie de synthèse bibliographique décrivant l épidémiologie des maladies usuelles des bovins laitiers et les aspects fondamentaux de la biosécurité. Dans un second temps, nous analysons les étapes successives de mise en place d un plan de biosécurité dans un élevage laitier traditionnel afin d apporter un support synthétique et utilisable par tout éleveur ou vétérinaire désirant développer cet aspect. La biosécurité d un élevage passe avant tout par du bon sens et de l hygiène de base, puis par des protocoles appropriés de désinfection, de désinsectisation et de lutte contre les nuisibles. Il est abordé dans la fin de ce travail la gestion de l élimination des déchets d élevage, ne visant pas directement l élevage concerné mais donnant plutôt une approche plus générale de la transmission de maladies entre les animaux ou entre les animaux et les hommes. Mots Clés : BIOSECURITE / HYGIENE / DESINFECTION / DESINSECTISATION / DERATISATION / ELIMINATION DES DECHETS / EFFLUENT / BATIMENT D ELEVAGE / TRANSMISSION DES MALADIES / ELEVAGE BOVIN / BOVIN LAITIER Jury : Président : Pr. Directeur : Pr MILLEMANN Assesseur : Pr BOSSE Invité : Mr HESKIA, Professeur contractuel

142 BIOSECURITY IN DAIRY CATTLE FARMS NAME: VALLARINO First name: Nicolas Summary: Biosecurity is a set of mostly non-pharmacologic practices aiming at avoiding introduction, internal movement and removing or limiting harmful to animals and humans pathogens. This is already in place in industrial farming such as pig or poultry breeding, but it is just starting in ruminants farms. The objective of this thesis is to study what could be feasible in a dairy cattle farm to improve animals health and farm profitability. This work starts with a bibliographical synthesis describing usual dairy cattle diseases epidemiology and biosecurity foundations. In the second part, different steps of an efficient biosecurity plan in a conventional dairy farm are analysed in order to give a synthetic tool to dairy farmers or veterinarians who want to put biosecurity into practice. Biosecurity is common sense and primary hygiene, but can be improved by addition of appropriate protocols of disinfection and pest control. Last part of this thesis is about elimination of breeding waste. It is not included in the farm biosecurity plan, but has a major importance for diseases transmission between animals or between animals and humans. Keywords: BIOSECURITY / HYGIENE / DISINFECTION / DISINSECTIZATION / PEST CONTROL / WASTE ELIMINATION / EFFLUENT / FARM BUILDING / DISEASES TRANSMISSION / CATTLE BREEDING / DAIRY CATTLE Jury: President: Pr Director: Pr MILLEMANN Assessor: Pr BOSSE Guest: Pr HESKIA