LA BIOSÉCURITÉ DANS LES ÉLEVAGES BOVINS LAITIERS

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1 ÉCOLE NATIONALE VÉTÉRINAIRE D ALFORT Année 2013 LA BIOSÉCURITÉ DANS LES ÉLEVAGES BOVINS LAITIERS THÈSE Pour le DOCTORAT VÉTÉRINAIRE Présentée et soutenue publiquement devant LA FACULTÉ DE MÉDECINE DE CRÉTEIL le par Nicolas, Louis, Raymond VALLARINO Né le 27 juin 1989 à Paris 13 ème (Paris) JURY Président : Pr. Professeur à la Faculté de Médecine de CRÉTEIL Membres Directeur : Mr MILLEMANN Yves Professeur à l ENVA, Pathologie du Bétail Assesseur : Mr BOSSE Philippe Professeur à l ENVA, Zootechnie Invité : Mr HESKIA Bernard Professeur contractuel à l ENVA, Pathologie du Bétail

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5 REMERCIEMENTS Au Professeur De la Faculté de Médecine de Créteil, Pour nous avoir fait l honneur d accepter la présidence de notre jury de thèse Hommage respectueux. A Monsieur Yves Millemann, Professeur à l École Nationale Vétérinaire d Alfort Pour avoir dirigé cette thèse Pour son aide au cours de la réalisation de ce travail et son encadrement Sincères remerciements. A Monsieur Philippe Bossé, Professeur à l École Nationale Vétérinaire d Alfort Pour sa participation à la correction de ce travail et ses conseils avisés Sincères remerciements. A Monsieur Bernard Heskia, Professeur contractuel à l École Nationale Vétérinaire d Alfort Pour l intérêt qu il a porté à ce travail et son soutien précieux dans sa réalisation Sincères remerciements.

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7 A tous les Vétérinaires que j ai croisés durant mes études, Pour votre patience et votre pédagogie à mon égard. A ma mère, Pour tout l amour, la confiance et le soutien que tu m as apportés au cours de ma vie malgré un quotidien par toujours facile. A mon frère, Pour avoir toujours été présent à mes côtés. A Céline, Pour tout ce que nous avons partagé ensemble. A tous mes amis, Simplement pour ce que vous êtes. A Alfort, Cette belle école.

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9 TABLE DES MATIÈRES LISTE DES FIGURES LISTE DES TABLEAUX INTRODUCTION PREMIÈRE PARTIE : OBJECTIFS DE LA BIOSÉCURITÉ B DANS UN ÉLEVAGE LAITIER LA PATHOLOGIE COLLECTIVE EN ÉLEVAGE LAITIER QUELQUES RAPPELS D ÉPIDÉMIOLOGIE Notions de sensibilité et de réceptivité Sources d agents pathogènes Individus vivants Environnement Animaux morts et produits d origine animale Existence de différents modes de transmission Maladies contagieuses Maladies non contagieuses et transmission par vecteur LES MALADIES USUELLES À CONSIDÉRER Statistiques des élevages laitiers français Les maladies du veau Spécificités du veau laitier Étiologie et clinique des principales maladies des veaux Les mammites des vaches laitières Définitions et étiologie Facteurs épidémiologiques appliqués aux mammites Les maladies contagieuses Les maladies de première catégorie Les maladies de seconde catégorie et les maladies certifiées GRANDS PRINCIPES DE LA BIOSÉCURITÉ EMPÊCHER L INTRODUCTION DE NOUVELLES MALADIES DANS L ÉLEVAGE : LA BIOSÉCURITÉ EXTERNE Quarantaine systématique des animaux entrants Gestion des flux de personnes et de matériel Classement des visiteurs par catégorie Mesures de circulation et d hygiène pour les personnes Contaminations entre élevages voisins LIMITER LA PROPAGATION INTERNE D AGENTS PATHOGÈNES : LA BIOSÉCURITÉ INTERNE Restriction des contacts entre ateliers distincts Séparation des animaux par classes d âge et statuts Organisation du travail Ordre chronologique dans les différentes tâches Hygiène du personnel DEUXIÈME PARTIE : CRÉATION ET MISE EN PLACE D UN PLAN DE BIOSÉCURITÉ LES ZONES DE VIE ET DE PRODUCTION DES ANIMAUX INFORMATIONS ET MATÉRIELS DESTINÉS AUX PERSONNES Affichage des consignes Contrôle des véhicules et installation de rotoluves Hygiène des visiteurs et du personnel Installation de pédiluves et désinfection des bottes Distribution de matériel à usage unique

10 ORGANISATION DES BÂTIMENTS Conception des bâtiments Type de sol et surface par animal Gestion des paramètres d ambiance Lieu de vie des jeunes Zone de quarantaine Tests de dépistage à l entrée Stockage des aliments Sécurisation des bâtiments LA PRODUCTION LAITIÈRE ET LE RISQUE DE MAMMITES La prévention des mammites La réalisation de la traite GESTION DES PÂTURES ET DES CULTURES Renouvellement des pâtures Biosécurité des cultures Contacts avec le voisinage et la faune sauvage CROISSANCE ET HYGIÈNE DU TROUPEAU DE RENOUVELLEMENT AUTOUR DU VÊLAGE Préparation de la mère au vêlage Participation active à l éveil et l hygiène du nouveau-né Le box de vêlage Premiers soins Prise colostrale et transfert d immunité passive Recommandations actuelles Intérêt de la vaccination des mères DE LA NAISSANCE AU SEVRAGE Premières vaccinations Influence de la qualité de l alimentation sur la santé des veaux DU SEVRAGE À LA MISE À LA REPRODUCTION Augmenter la résistance des animaux aux infections Appliquer une médication préventive Préparer les génisses à la mise à la reproduction NETTOYAGE ET DÉSINFECTION NETTOYAGE COMPLET Retrait du fumier et nettoyage à sec Lavage haute pression Qualité de l eau utilisée DÉSINFECTION Protocole de désinfection Normes nationales et européennes concernant l usage des désinfectants Directive «Biocides» Produits disponibles pour l usage agricole VIDE SANITAIRE VÉRIFICATION DE L EFFICACITÉ DE LA DÉSINFECTION SPÉCIFICITÉS DE L ENCLOS DE VÊLAGE DÉSINFECTANTS POUR PÉDILUVES, ROTOLUVES ET MATÉRIELS LUTTE CONTRE LES NUISIBLES DÉSINSECTISATION Insectes présents dans les élevages laitiers français La mouche domestique La petite mouche domestique La mouche d automne La mouche des cornes L éristale (ver à queue) Le petit ténébrion Principes de la désinsectisation Méthodes de lutte contre les insectes Lutte biologique Lutte mécanique

11 Lutte chimique Respect de l environnement et normes règlementaires LUTTE CONTRE LES RONGEURS Les rongeurs présents dans les élevages Dératisation et lutte préventive LES ANIMAUX DOMESTIQUES ÉLIMINATION DES DÉCHETS D ÉLEVAGE L ÉPANDAGE DU FUMIER ET DU LISIER LE COMPOSTAGE DU FUMIER Principe du compostage Réalisation du compostage Stérilisation des fumiers L UTILISATION DES DÉCHETS POUR PRODUIRE DE L ÉNERGIE : LA MÉTHANISATION Introduction à la méthanisation Mise en place du procédé et intérêts CONCLUSION BIBLIOGRAPHIE ANNEXES

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13 Liste des figures Figure 1 : Organismes non réceptifs, réceptifs, et sensibles Figure 2 : Rôle de source virulente d un organisme réceptif sensible ou non sensible Figure 3 : Conséquences d une infection par le virus de la BVD pendant la gestation Figure 4 : Sources, modes de transmission et vecteurs des maladies infectieuses Figure 5 : Schéma d un rotoluve simple Figure 6 : Photographie d un rotoluve Figure 7 : Taux de veaux survivants au cours des premières semaines de vie suivant la qualité du colostrum Figure 8 : Exemple de détergent pour trempage et décapage d un bâtiment d élevage Figure 9 : Fiche technique d un désinfectant courant en élevage Figure 10 : Notice d utilisation du TH5 du laboratoire Sogeval Figure 11 : Pictogrammes de dangers chimiques Figure 12 : Étapes de la digestion anaérobie de matière organique

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15 Liste des tableaux Tableau 1 : Estimation de la perte financière due aux mammites dans un élevage de 40 vaches laitières Tableau 2 : Agents pathogènes responsables de diarrhées en fonction de l âge des veaux Tableau 3 : Recommandations de surface de vie par animal Tableau 4 : Principaux tests de dépistages réalisables à l introduction Tableau 5 : Protocoles de vaccination du veau contre les virus respiratoires usuels Tableau 6 : Résistance d agents responsables de diarrhées néonatales dans le milieu extérieur Tableau 7 : Avantages et inconvénients des principaux désinfectants d élevage Tableau 8 : Désinfectants actifs contre les protozoaires responsables de diarrhées néonatales Tableau 9 : Désinfectants usuels à usage agricole et leurs fabricants Tableau 10 : Familles courantes d insecticides utilisés en élevage Tableau 11 : Principaux insecticides commercialisés en France en Tableau 12 : Caractéristiques physio-morphologiques des rats et des souris adultes Tableau 13 : Principaux rodenticides et formulations utilisés en élevage Tableau 14 : Techniques d épandage du fumier sur les terres

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17 Introduction L élevage bovin laitier est un secteur qui se développe de plus en plus quant à la capacité de production des vaches laitières. Cette tendance à mettre en place des animaux à la limite de leurs capacités physiologiques s accompagne bien évidemment d une fragilité exacerbée envers les divers agents pathogènes présents dans leur environnement. Qu il s agisse de micro-organismes commensaux des élevages ou d agents pathogènes plus spécifiques, leur présence et surtout la pression infectieuse qu ils exercent ont pour conséquence une dégradation des performances des animaux, une augmentation de la fréquence et de la gravité des maladies, ainsi qu un accroissement des frais vétérinaires. Tous ces éléments vont entraîner une perte de production, et in fine une baisse des revenus de l éleveur. Il convient donc de mettre en place des mesures de prévention vis-à-vis de ces divers agents pathogènes, appelées mesures de biosécurité. La biosécurité correspond ainsi à l ensemble des pratiques ayant pour but de limiter la pression infectieuse dans un élevage. Il devient alors intéressant de distinguer la biosécurité interne qui veut empêcher la propagation de l ensemble des micro-organismes à l intérieur de l élevage, de la biosécurité externe qui vise à réduire au maximum l introduction de nouveaux microbes, virus ou parasites dans l enceinte de vie des animaux. Toutes ces mesures doivent être mises en place par l éleveur, lui-même accompagné d une personne spécialisée dans ce secteur. Elles ont diverses orientations, en allant de la conception des bâtiments et de la gestion des mouvements d animaux, de personnes et de matériel, jusqu aux plans de nettoyage, désinfection et vide sanitaire. Ce sont des aspects très développés en élevages porcin et aviaire, mais peu pour le moment chez les éleveurs bovins, en particulier laitiers. En effet, la présence d animaux tout au long de l année ne permet pas de réaliser un vide sanitaire suffisant pour l élimination des agents pathogènes majeurs. Il conviendra donc de se pencher davantage sur des considérations zootechniques et épidémiologiques usuelles, des plans de médication préventive ou encore des protocoles de désinfection de locaux ou de matériels. L objectif de cette thèse est donc simple. Il s agit de réunir ce qui existe actuellement comme données sur la biosécurité dans les élevages bovins, plus particulièrement laitiers, et de définir ce qu il convient de faire dans une exploitation laitière française moyenne pour améliorer la santé et le bien-être des animaux. Une exploitation agricole étant une entreprise, la finalité de ces efforts est bien évidemment la rentabilité de l élevage et l amélioration des revenus et des conditions de travail de l éleveur. Nous allons donc nous pencher dans une première partie, rassemblant des données bibliographiques, sur l épidémiologie des maladies animales majeures en élevage laitier, puis sur la définition et les principes de la biosécurité

18 Nous étudierons ensuite dans une seconde partie toutes les particularités de l élevage bovin vis-à-vis de l organisation d une exploitation, de la croissance des génisses de renouvellement, de la façon de nettoyer, désinfecter et protéger des bâtiments d élevage dans le but d assainir l environnement des animaux, et enfin de mettre en place des pratiques adéquates d élimination des déchets de l élevage. Il s agira donc d une partie plus pratique avec l objectif de créer une trame utilisable pour élaborer un plan de biosécurité qui se voudra le plus efficace possible

19 Première Partie : Objectifs de la biosécurité dans un élevage laitier

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21 1.1. La pathologie collective en élevage laitier Avant de savoir comment lutter contre des agents pathogènes variés, et ce qu il convient de faire dans ce que nous appelons ici un plan de biosécurité, nous allons nous pencher sur quelques exemples des maladies les plus représentées dans nos élevages laitiers. Pour ce faire, quelques notions d épidémiologie semblent nécessaires afin de savoir de quoi nous parlons lorsque nous abordons des notions de sensibilité, de réceptivité, de source ou de mode de transmission, par exemple Quelques rappels d épidémiologie Les définitions et notions fondamentales qui suivent ont pour la plupart comme source le livre d Épidémiologie Appliquée à la lutte collective contre les maladies animales transmissibles majeures, TOMA et al., Notions de sensibilité et de réceptivité Tous les organismes vivants sont potentiellement sujets à être infectés par des agents pathogènes variés, que ce soit par un virus, une bactérie ou un parasite (uni- ou pluricellulaire). Il existe des agents pathogènes qui ont la capacité d infecter un grand nombre d espèces, comme le virus de la rage par exemple, et qui sont par conséquent peu spécifiques. Mais il y a une majorité de ces agents qui sont beaucoup plus spécifiques d une espèce (ou d une famille). Ainsi, lorsque nous parlons de réceptivité, la première définition est le fait qu un animal est réceptif lorsque l agent pathogène considéré est capable d y pénétrer et de s y multiplier. L aspect principal de cette définition concerne donc la spécificité d espèce du micro-organisme pathogène. Mais en allant plus loin, nous nous rendons vite compte qu un animal peut appartenir à une espèce cible d un virus, par exemple, mais y être plus ou moins réceptif selon le moment de sa vie. En effet, il existe une variation de la réceptivité en fonction du temps, de l état physiologique, de l âge, ou de l état immunitaire, déficient lors de situations de stress ou de mise-bas par exemple. Cela fait apparaître la notion de seuil de réceptivité. Un animal faiblement réceptif aura donc «besoin» d une plus grande quantité d agents pathogènes pour être infecté, qu un animal très réceptif. Malgré tout, une espèce réceptive à un micro-organisme pathogène le reste quoi que l on puisse faire, et il conviendra donc de lutter plus contre la présence de l agent pathogène dans le milieu de vie de l animal que contre la capacité de celui-ci à infecter les animaux considérés. Il existe par contre un second aspect dans l action d un agent pathogène sur un organisme : la sensibilité. Cette notion correspond à la capacité d un organisme un bovin dans notre cas à exprimer des signes cliniques de la maladie suite à l infection par l agent pathogène. La sensibilité ne concerne évidemment que les animaux réceptifs à un agent pathogène. Il existe une proportion d animaux réceptifs mais non sensibles à un agent pathogène. Cette proportion est très variable selon les maladies

22 En considérant un agent pathogène donné, nous pouvons donc classer l ensemble des animaux d élevage en trois catégories : - Non réceptifs : pas de multiplication possible de l agent infectieux ; - Réceptifs non sensibles : infection et multiplication de l agent pathogène, mais absence de signes cliniques de la maladie ; - Réceptifs sensibles : animaux pouvant tomber malades suite à infection et multiplication. En règle générale, il y a une grande part des individus réceptifs qui ne sont pas sensibles à l agent pathogène. C est pourquoi lorsque nous voulons éliminer une maladie d un élevage, il ne suffit pas de retirer les animaux malades, puisqu il en resterait un grand nombre porteurs de l agent pathogène. On peut observer sur la figure 1 la multiplication de l agent pathogène selon la réceptivité et la sensibilité de l organisme cible. Figure 1 : Organismes non réceptifs, réceptifs, et sensibles (TOMA et al., 2001) Un organisme non réceptif ne permet pas la multiplication d un agent pathogène et ne présente donc pas d infection. En revanche, des organismes réceptifs présentent une courbe d infection (multiplication de l agent pathogène dans l organisme suite à la contamination), et peuvent avoir des signes cliniques (organisme sensible) ou pas (organisme réceptif non sensible). Ce qu il faut retenir de ces définitions est donc que la réceptivité d un individu vis-àvis d un agent pathogène correspond à la capacité de ce dernier à s y multiplier, alors que la

23 sensibilité est la capacité de l agent à provoquer le développement d un processus morbide chez son hôte. C est donc plus sur le groupe des individus sensibles qu il est possible de jouer. Il est également important de noter qu il y a généralement une grande partie des individus réceptifs qui ne sont pas sensibles à un agent pathogène, élément que l on pourrait nommer partie immergée de l iceberg. Ces individus peuvent néanmoins jouer un rôle important sur le plan épidémiologique Sources d agents pathogènes Le premier élément responsable de l apparition, du maintien ou de la propagation d une maladie au sein d un effectif est l existence d une source de l agent pathogène responsable. Tant que cette source existe, il n y a aucun moyen de faire disparaître la maladie, même si elle reste en état de latence dans le cas où tous les individus sont immunisés. Il n y a alors plus de symptômes de la maladie, mais bien une persistance de l agent pathogène, et tout nouvel animal naïf par rapport à cet agent pourra contracter la maladie. Il est donc d une importance primordiale de définir les différentes sources potentielles d agents infectieux à partir du moment où l on veut améliorer la santé d un groupe d individus Individus vivants Les animaux vivants sont les premiers à considérer lorsque l on aborde la notion de source d agent pathogène. Un animal est une source à partir du moment où il est porteur de l agent pathogène, et excréteur donc en capacité de le transmettre à un autre individu, qu il soit de la même espèce ou non. Ainsi, un animal non réceptif ne peut pas être une source, mais tout au plus un vecteur passif (au sens large) de l agent infectieux s il le transporte sur lui et le transmet à un autre animal réceptif. Nous n allons donc nous intéresser qu aux animaux réceptifs. Les animaux vivants, sources d un agent pathogène, peuvent le transmettre soit par leurs excrétions, soit par leur sang par l intermédiaire d un vecteur. Un animal est donc une source lorsqu il est excréteur de particules infectieuses, ou bien que l agent infectieux est présent dans son sang. Une excrétion susceptible d induire la contamination d un autre individu est appelée matière virulente. Il existe une multitude de matières virulentes selon la pathogénie propre à chaque agent infectieux. Ces matières virulentes peuvent être des aérosols, des sécrétions muqueuses, de l urine, des fèces, du sperme, etc. Lors de septicémies, l ensemble de l animal est contaminant pour un congénère, y compris la peau ou les organes internes (sur un cadavre par exemple). Tout cela est à rapprocher du mode de transmission spécifique de l agent pathogène, que nous verrons ultérieurement. Un animal réceptif sensible est facilement détectable dans un troupeau, puisqu il présente des signes cliniques de la maladie. Le risque de contamination des autres individus à partir de cet animal réside dans le fait qu un animal cliniquement malade est la plupart du temps très infectieux, il pourra ainsi disséminer rapidement l agent pathogène. Par exemple, un avorton brucellique contient à Brucelles (TOMA et al., 2001). Mais cet individu sera vite repéré et mis à l écart, et ne sera généralement pas très dangereux pour la santé du troupeau. En revanche, les animaux porteurs de l agent infectieux et ne présentant pas de signes cliniques sont nettement plus problématiques. Ces animaux sont soit des individus réceptifs

24 non sensibles (porteur sain), soit des individus sensibles avant ou après l expression clinique. Cela correspond à l excrétion durant la période d incubation (porteur précoce) ou à l excrétion après disparition des symptômes (porteur guéri ou porteur chronique). Il ne faut pas oublier non plus les individus initialement sensibles dont les symptômes sont atténués suite à une vaccination et dont le dépistage clinique est difficile voire impossible. Ces derniers seront tout de même plus ou moins contaminants malgré la vaccination (suivant le type de vaccin et de maladie). Il faut tout de même noter qu un porteur sain présente une virulence moindre par rapport à un animal cliniquement malade. La période d incubation est très variable selon les maladies, allant de quelques heures à plusieurs jours, mais cette durée est généralement assez courte. L animal est donc contagieux avant l'apparition des signes cliniques, et peut diffuser l agent pathogène durant quelques jours avant d être dépisté et isolé. Après la disparition des signes cliniques, il existe deux possibilités d évolution. La première est la guérison et une disparition rapide de la virémie. Dans ce cas, le risque de transmission aux congénères est minime puisque l animal sera encore isolé lorsque l agent infectieux va disparaître. Mais il est également possible d observer un portage chronique (ou latent) avec une absence d expression clinique visible, mais une persistance de l agent pathogène dans l organisme soit à bas bruit, soit avec des pics d activité et multiplication (Herpesvirus par exemple). Tout cela est résumé dans la figure 2, qui représente le risque de contagiosité d un animal selon qu il est sensible ou non sensible. Figure 2 : Rôle de source virulente d un organisme réceptif sensible ou non sensible (TOMA et al., 2001) Un animal réceptif, qu il soit sensible ou non sensible (nous considérons ici comme non sensibles les animaux vaccinés), présente une courbe de virémie ou d excrétion similaire, et donc la même possibilité de transmission de l agent pathogène malgré l absence de signes cliniques. Il convient tout de même de moduler cela, étant donné qu un animal malade excrétera en réalité plus de particules virulentes en raison de la présence même de signes cliniques. Par exemple, lors de broncho-pneumonie chez un jeune veau, l animal tousse et diffuse donc beaucoup plus de virus qu un animal porteur sain, tout comme dans une diarrhée à Rotavirus ou Coronavirus

25 Enfin, nous prendrons l exemple d une dernière catégorie d animaux particulièrement dangereux en ce qui concerne la propagation et la persistance de certains agents pathogènes dans un groupe, les Infectés Permanents Immunotolérants (IPI). Considérons une vache gestante, naïve vis-à-vis de l agent pathogène donné (le BVDV ou Bovine Viral Diarrhea Virus), qui y est soumise durant une certaine période de sa gestation. Suivant la période de cette gestation, soit le fœtus meurt (début de gestation), soit elle donne naissance à un veau normal infecté et malade (fin de gestation), soit le fœtus devient infecté de façon permanente et immunotolérant vis-à-vis du virus. Ces individus ne sont pas malades (jusqu à la rupture de l immunotolérance, après quelques mois à quelques années, et ils meurent à ce moment là) mais sont contagieux et transmettent le virus à leurs congénères. Ils sont aussi très difficilement détectables, puisqu ils sont négatifs lors de sérologie (absence d anticorps) et uniquement positifs à la virologie ou à la détection des antigènes viraux. Par conséquent, il est très difficile de se débarrasser de ces individus, heureusement relativement peu nombreux. La figure 3 présente l exemple des conséquences de l infection d un fœtus par le virus de la BVD suivant le stade de gestation. Figure 3 : Conséquences d une infection par le virus de la BVD pendant la gestation (Source : MILLEMANN, 2008) Dans le cadre de notre exemple, lors d une infection par le BVDV pendant la gestation, il existe une assez large fenêtre durant laquelle il y a une possible création d un Infecté Permanent Immunotolérant (IPI). C est une situation très embarrassante, car il est très délicat d éliminer le virus d un élevage, et cela est encore plus marqué lors de synchronisation des femelles, qui sont au même stade de gestation lors d un passage potentiel du virus sur l exploitation Environnement L environnement des animaux est très fréquemment une source d agents pathogènes. En effet lorsqu un animal est malade, il excrète dans son milieu de vie des particules virulentes qui vont persister même s il est isolé du reste du troupeau. La durée du risque est directement fonction de la résistance de l agent infectieux dans le milieu, elle-même fonction du type de particule, des conditions externes et du milieu sur lequel la particule est déposée. On entend par environnement l ensemble des supports potentiellement en contact avec les animaux et pas uniquement le sol ou les bâtiments (BRISABOIS et al., 1997). Nous pouvons différencier les supports fixes (matériels, vêtement, locaux, sol), des supports mobiles (eau, air, homme et animaux non réceptifs, véhicules). L air comprend également l ensemble des particules et des insectes transportés par le vent. Les arthropodes non hématophages peuvent être une source environnementale en déplaçant sur leurs membres des particules infectieuses. Nous pouvons citer comme exemples Salmonella spp., Staphylococcus aureus, ou Listeria monocytogenes (BRISABOIS et al., 1997)

26 La multiplication des agents pathogènes dans le milieu extérieur est très rare, l environnement agit, la grande majorité du temps, comme «conservateur» durant une durée généralement limitée. Il existe quelques exceptions comme Listeria monocytogenes dans les ensilages dans certaines conditions, mais elles sont rares. La durée de la persistance dans l environnement est très variable. Afin d illustrer cette variabilité, il suffit de comparer la survie d un mycoplasme, qui est de quelques minutes (en raison de l absence de protection externe et de la dessiccation rapide), à celle d une spore de Bacillus anthracis (fièvre charbonneuse), qui condamne des champs entiers durant plusieurs dizaines d années. Il existe des facteurs d inactivation des agents pathogènes, comme par exemple les ultraviolets, une très haute ou très basse température, l oxydation, la dessiccation, etc (TOMA et al., 2001). Il apparaît donc qu il est éventuellement possible de jouer soit sur le temps (à partir du moment où l on connaît la survie d un micro-organisme dans des conditions données), soit sur certains de ces facteurs d inactivation pour diminuer la quantité d un agent pathogène dans l environnement des animaux Animaux morts et produits d origine animale Les animaux morts sur l exploitation peuvent toujours transmettre des agents pathogènes s ils restent en contact avec le reste des individus (ANDERSON, 2009). Mais le risque de transmission de maladies à partir de cadavres est plus important lorsqu il s agit de zoonoses, dans le cadre de maladies professionnelles, ce qui sort de notre sujet (bien que la biosécurité puisse également s intéresser à la contamination de l Homme à partir de maladies animales). Il est donc important d isoler les cadavres et de les éliminer le plus rapidement possible. Tout cela est vrai également pour les produits et sous-produits d origine animale qui présentent des risques de contamination d autres individus, principalement dans le cadre des zoonoses. LORENZ et al. (2011a) nous donnent malgré tout quelques exemples de transmission d agents infectieux entre individus de la même espèce par l intermédiaire de produits d origine animale : le lait de vache à mammite donné aux veaux, ou encore le tas de fumier à proximité du bâtiment de vie des jeunes. Mais ces éléments restent marginaux et rentrent peu en ligne de compte dans le cadre des sources d agents pathogènes que nous décrivons Existence de différents modes de transmission La dernière chose qu il convient d étudier lorsque nous voulons comprendre la propagation d une maladie au sein d un groupe, après avoir décrit quels sont les agents pathogènes, où ils vivent et qui ils infectent, et, bien sûr, comment ils se transmettent entre un individu porteur (cliniquement malade ou non) et un individu initialement sain. Cette transmission peut se faire de différentes manières selon que la maladie est contagieuse ou non, mais aussi selon le degré de résistance et de survie du micro-organisme pathogène dans l environnement

27 Maladies contagieuses Contamination directe Une maladie contagieuse est une maladie qui se transmet très aisément entre deux individus, que ce soit par contact direct ou par l intermédiaire de matériel ou d objets, et ne nécessitant pas l intervention d un vecteur. Ces maladies sont à l origine de la synthèse par l individu malade de sécrétions contenant l élément infectieux, donc de matière virulente. La contamination directe entre deux organismes peut être horizontale ou verticale. Une contamination horizontale est réalisée par contact direct entre deux individus qui vivent ensemble, comme un contact de mufle à mufle, une transmission au veau par le lait ou une transmission lors de la reproduction par exemple. La contamination verticale est une transmission de l agent pathogène au cours de la gestation, de la mère au fœtus. Il ne s agit pas à proprement parler de matière virulente, mais le contact entre les deux individus est parfaitement qualifiable de direct. Nous pouvons citer comme exemple la brucellose. La base de la lutte contre ce type de contamination passe bien évidemment par l isolement des animaux malades dès qu ils sont détectés dans le troupeau. Le seul bémol concerne la possible formation d IPI lors de transmission verticale, comme nous l avons vu plus haut, indétectables le plus souvent sur le plan clinique. Contamination indirecte La contamination indirecte concerne toujours les maladies contagieuses, et est fonction de la résistance de l agent pathogène dans l environnement, puisqu il s agit d une transmission par l intermédiaire d éléments du milieu de vie des animaux. La distance sur laquelle une particule virulente peut se déplacer est très variable, toujours selon la résistance de cette particule et ce qui permet son déplacement. Une contamination est qualifiée d indirecte dans l exemple précédent des champs contaminés par la fièvre charbonneuse, la maladie étant contagieuse et se transmettant d un individu à un autre par l intermédiaire du sol. L air (vecteur de la fièvre aphteuse sur de longues distances par exemple), les véhicules, ou les arthropodes non hématophages, comme les mouches, sont des moyens de transmission indirecte fréquents, sur des distances pouvant aller jusqu à plusieurs kilomètres Maladies non contagieuses et transmission par vecteur Le troisième type de transmission d un agent infectieux d un individu à un autre repose sur l action d un vecteur au sens strict. Un vecteur est un arthropode hématophage qui prélève du sang contaminé dans un organisme à l occasion d une piqûre, et le transmet à un autre organisme lors d une piqûre suivante. Selon l agent pathogène considéré, la transmission peut nécessiter obligatoirement un vecteur (Fièvre Catarrhale Ovine ou FCO), ou se réaliser par hasard à l occasion d une piqûre. Il existe trois types de transmission par un vecteur suivant la multiplication ou non de l agent pathogène dans l arthropode : la transmission passive, la transmission biologique, et la transmission par un hôte intermédiaire. Lors de transmission passive, il n y a pas de multiplication du micro-organisme dans le vecteur, ce qui limite la propagation de la maladie à une courte distance. La grande majorité des maladies peuvent théoriquement être transmises ainsi, mais ce mécanisme reste quelque chose d anecdotique. Pour quelques infections

28 seulement il s agit du mode de transmission principal, voire exclusif. C est le cas notamment de l Anémie Infectieuse des Équidés ou de la Leucose Bovine Enzootique. Lorsque l on observe une multiplication du micro-organisme dans l arthropode, on parle de transmission biologique. L insecte piqueur avale l agent infectieux, qui se multiplie dans son système vasculaire ou salivaire. La distance de transport de l agent pathogène est beaucoup plus grande, du fait de la résistance bien plus longue de cet agent dans le vecteur. La dissémination peut atteindre plusieurs dizaines de kilomètres, lorsque l insecte est véhiculé par le vent, voire plusieurs milliers de kilomètres si il est transporté par un avion. Nous citerons comme exemple la FCO, la fièvre Q, ou la tularémie. Il existe une forte sélectivité des espèces d arthropodes vis-à-vis des différents agents pathogènes. Cela est donc à l origine d une «carte» et d un «calendrier» des maladies selon la survie de telle ou telle espèce de vecteur dans une région et à une saison données. Pour revenir à notre dernier exemple, la FCO (Orbivirus) est spécifiquement transmise par des Culicoïdes, tandis que Coxiella burnetii ou Francisella tularensis sont généralement transmises par des tiques Ixodidés. Enfin, certains micro-organismes peuvent être transmis d un individu à un autre par un hôte intermédiaire. Selon TOMA et al. (2001), on peut considérer que ce phénomène est assimilable à une transmission vectorielle. Il s agit dans la plupart des cas de protozooses, mais c est un phénomène globalement rare ou du moins peu intéressant dans le contexte de cette thèse. Pour illustrer ce propos, la leishmaniose ou le paludisme se transmettent de la sorte. En conclusion de cette première sous-partie, ces notions de base épidémiologiques sont nécessaires afin de bien appréhender où vivent (ou survivent dans le cadre du milieu extérieur) les agents pathogènes, quels sont les animaux cibles de ces agents, de quelle manière reconnaître les animaux infectés, et comment la transmission se fait à partir de la source. Tout cela nous permet donc dans un second temps de transposer ces notions très théoriques au cas d un élevage bovin laitier moyen afin de comprendre contre quelles maladies il va falloir lutter pour atteindre notre but d assainir l élevage et comment lutter contre ces maladies. Nous pourrons alors mettre en place de façon beaucoup plus rigoureuse un plan adéquat, applicable à chaque élevage Les maladies usuelles à considérer Les maladies usuelles que l on peut retrouver dans un élevage ont des conséquences économiques et sanitaires très importantes. Nous allons prendre quelques exemples afin d illustrer ce propos avec les mammites des vaches laitières, puis les maladies les plus fréquentes des veaux : les diarrhées et les pneumonies

29 Statistiques des élevages laitiers français Selon ALLIE et l Institut de l Élevage (2011), la France comptait exploitations de plus de cinq vaches laitières, dont 69 % d entre elles avec plus de 40 vaches laitières. Le nombre de vaches laitières en France s élevait à au premier janvier 2011, dont environ 69 % de Prim Holstein, 18 % de Montbéliardes et 12 % de Normandes. La Bretagne, la Normandie et les Pays de la Loire concentraient 45 % du cheptel laitier reproducteur français au premier janvier La production laitière moyenne d une vache était de kg de lait par an, et kg de lait par lactation pour les éleveurs adhérents au contrôle laitier. Cela nous donne une livraison de lait annuelle sur la France de millions de litres en La France produisait ainsi 17 % de la collecte totale de lait dans l Union Européenne à 27. En utilisant les chiffres du site Internet Web Agri (2009) et en réalisant une moyenne du prix du lait sur 2011 et 2012, nous obtenons un prix moyen payé au producteur de 322 euros les 1000 litres. Nous pouvons donc réaliser le tableau 1 qui suit, permettant d estimer la perte financière occasionnée par une vache atteinte de mammite clinique et traitée avec des antibiotiques pendant cinq jours pour un temps d attente de 10 traites par exemple, soit un lait jeté pendant 10 jours (5 jours de traitement puis 5 jours de temps d attente après la dernière administration). Nous prenons l exemple de la Cefquinome pour le temps d attente (Cobactan pommade intramammaire, MSD). Nous nous plaçons dans le cas d un élevage de 40 vaches laitières avec la moitié des vaches qui feront une unique mammite clinique au cours de l année (situation très sous-estimée par rapport à la réalité du terrain). Tableau 1 : Estimation de la perte financière due aux mammites cliniques dans un élevage de 40 vaches laitières Nous voyons ici qu en imaginant qu une vache sur deux présentera une mammite durant l année, ce qui est très faible par rapport à la réalité, il y a une perte financière directe de 1160 euros pour l éleveur, sans compter le coût médical du traitement. Avec la valeur moyenne d achat du lait, cet éleveur devrait avoir un chiffre d affaire sur l atelier laitier de : 2100 par vache x 40 vaches = euros, et la perte due aux mammites est donc égale à 1,4 % du chiffre d affaire. Cette estimation est beaucoup plus élevée en réalité en considérant les mammites sub-cliniques entrainant un manque à produire et des pénalités de paiement du lait. Source des hypothèses : WebAgri (2009), Institut de l Élevage (2011). Production (kg) Valeur ( ) Perte associée ( ) 1 vache / an vache / jour 18 5,80-1 mammite (10 jours) mammites Nous allons maintenant nous pencher sur les veaux. Les maladies principales contre lesquelles il faut lutter sont la diarrhée et la pneumonie. Ces maladies occasionnent des frais vétérinaires, ainsi qu une perte potentielle de l animal ou un animal moins apte à renouveler le cheptel lorsqu il sera adulte. Toute vache qui produit du lait a nécessairement fait un veau, et l intervalle vêlage-vêlage étant habituellement légèrement supérieur à un an, on peut estimer que sur 40 vaches en lactation, il y a 35 veaux produits sur l année. Avec un taux de renouvellement d environ 30 %, une douzaine de femelles servira à remplacer les vaches réformées. Il reste donc 23 veaux à vendre, ce qui produit un chiffre d affaire de 2300 euros (le prix moyen d un veau laitier étant de 100 euros selon le site internet WebAgri). Une mauvaise gestion du vêlage associée à une mauvaise hygiène peut faire perdre un tiers des

30 veaux, ce qui représente 760 euros. Cela ne prend pas en compte le fait de devoir acheter des nouvelles femelles si le troupeau de jeunes est insuffisant pour renouveler le cheptel, ni les frais vétérinaires souvent importants. Suite à ces observations, nous conviendrons que l amélioration des conditions d hygiène des animaux d un troupeau est intéressante ne serait-ce que d un point de vue purement économique, en ne prenant en compte que les pertes nettes de lait et d animaux. À cela viennent se rajouter les maladies infectieuses, les pertes économiques dues à une baisse insidieuse de la production laitière en cas de mauvais état des animaux, le bien-être animal, ainsi que le risque de zoonose ou de transmission de maladies à d autres élevages. Nous allons donc nous intéresser plus spécifiquement à quelques unes des maladies fréquemment rencontrées en élevage laitier Les maladies du veau Spécificités du veau laitier Dans la production laitière française, les veaux en tant que tels n ont qu une faible valeur commerciale. Les vaches Prim Holstein, race majoritaire de la filière lait, n ont pas une bonne valeur marchande du fait de la sélection génétique sur la production laitière et non sur la conformation de la carcasse, et leurs veaux encore moins, pesant généralement moins de 40 kg à la naissance. Ceux-ci sont séparés de la mère rapidement après le vêlage, logés dans des cases individuelles et nourris au lait en poudre. Les mâles sont vendus la plupart du temps à quelques semaines et une majorité des femelles sont conservées pour constituer le troupeau de renouvellement, destiné à remplacer les vaches réformées (le taux habituellement observé est compris entre 25 et 30 %). Les maladies des veaux laitiers ont donc des conséquences selon deux axes. La première, qui est secondaire, est la perte économique directe due à la mort de l animal. Cela peut représenter quelques centaines d euros par an, ce qui n est pas énorme en comparaison avec le chiffre d affaire moyen d un élevage. En revanche, plusieurs auteurs s accordent pour dire qu une génisse qui tombe malade, grandit moins vite que ses consœurs, coûte de l argent en soins vétérinaires et en traitements, et finalement donnera une vache moins performante à l âge adulte. Une étude de VIRTALA et al. (1996) montre par exemple qu une pneumonie sur une femelle durant le premier mois de vie diminue le GMQ (Gain moyen quotidien) de 66 grammes, et chaque semaine de maladie diminue la taille adulte au garrot de 0,2 cm. Le second axe est donc la perte de croissance, de résistance aux maladies, ainsi que la diminution de la production laitière future engendrée par des troubles de la santé des jeunes animaux. Une bonne gestion des génisses a une importance multiple. Cela permet de diminuer la mortalité, ce qui baisse non seulement les pertes économiques directes, mais augmente également le choix des animaux pour constituer le troupeau de renouvellement. Par ailleurs, comme nous l avons vu plus haut, l amélioration de la santé du troupeau de remplacement, permet une croissance plus rapide, une mise à la reproduction plus jeune, et de meilleures performances à un plus jeune âge. Ainsi, les maladies d intérêt chez le veau, en dehors des maladies infectieuses d importance zoosanitaire, sont la diarrhée et les troubles respiratoires, communément appelés pneumonies. Selon une étude américaine, la diarrhée serait responsable de 52 % des

31 mortalités de veaux non sevrés, contre 25 % pour les pneumonies, et que les pneumonies seraient responsables de 44 % des mortalités chez les veaux sevrés (RUEST, 2006). Les agents infectieux responsables sont nombreux, et sont généralement des germes commensaux opportunistes. Selon RUEST (2006), l apparition d une infection dépend donc de la pression infectieuse (ou de la virulence de l agent pathogène), de la saison, du milieu de vie des animaux, dont tout particulièrement l ambiance climatique, et de l état immunitaire du veau (ou de la génisse). Il semble donc possible, avec l aide des bonnes méthodes, d agir sur ces trois facteurs, afin de limiter les pathologies du jeune dans l élevage. Diarrhées de veaux Étiologie et clinique des principales maladies des veaux Les diarrhées de veau sont généralement concentrées avant le sevrage. Les divers agents pathogènes responsables sont plus ou moins spécifiques d un âge précis. Nous récapitulons dans le tableau 2 ci-dessous les agents à l origine de diarrhée en fonction de l âge des animaux. Tableau 2 : Agents pathogènes responsables de diarrhées en fonction de l âge des veaux (Source : RUEST, 2006) Le diagnostic étiologique est souvent basé sur l âge de l animal, associé aux signes cliniques. Il faut rajouter à ces agents les Salmonella, qui sont à l origine de diarrhées graves, souvent mortelles, mais qui n ont pas spécialement d âge prédominant. Les adultes sont fréquemment porteurs asymptomatiques de Salmonelles. Agent pathogène Escherichia coli Rotavirus Coronavirus Cryptosporidium spp. Giardia spp. Eimeria spp. Âge d apparition < 4 jours 4 à 14 jours 4 à 30 jours 4 à 30 jours > 7 jours > 21 jours Lors d un épisode de diarrhée, il y a souvent plusieurs agents associés, ce qui aggrave encore les symptômes. Cela concerne 25 à 30 % des cas selon RUEST (2006). Il faut également noter qu il existe souvent des facteurs prédisposant à la diarrhée, comme l alimentation déséquilibrée ou le stress. C est à cette occasion de fragilité du système digestif que des germes opportunistes viennent surinfecter. Les signes cliniques usuels sont une hyperthermie associée à des selles liquides et une chute d appétit. L animal est souvent déshydraté, ce qui engendre un déséquilibre électrolytique et une acidose métabolique. C est à cause de cette acidose que la mortalité est élevée. Escherichia coli cause uniquement une diarrhée osmotique durant les quatre premiers jours de vie. En revanche, les virus et les Cryptosporidies sont à l origine de lésions sur la muqueuse intestinale et donc de diarrhée mixte (sécrétoire et par malabsorption). Il peut en résulter bien évidemment des conséquences sur du long terme (LORENZ et al., 2011b). L excrétion de l agent pathogène varie suivant celui qui est considéré, mais ils sont dans l ensemble très contagieux et se transmettent rapidement et directement d un veau à son congénère. Il faut donc vite isoler un animal malade et surveiller attentivement l apparition de symptômes sur les autres animaux du lot (LORENZ et al., 2011b). Mais le problème réside dans le fait que le lot suivant présentera la même maladie en l absence de mesures

32 complémentaires. Il faudra alors s intéresser aux méthodes d élevage et de désinfection des locaux, ainsi qu à l hygiène du personnel s occupant des veaux. Troubles respiratoires et pneumonies Deuxième dominante pathologique des jeunes bovins, que ce soit en élevage laitier ou allaitant, les troubles respiratoires sont fréquemment responsables d une forte morbidité (contagiosité de l agent pathogène élevée) et d une mortalité non négligeable. Il s agit même de la première cause de mortalité chez les veaux sevrés selon GORDEN et PLUMMER (2010). Cliniquement nous observons une forte hyperthermie (souvent supérieure à 39,5 C) associée à une dyspnée expiratoire ou mixte, de l abattement et de l anorexie. Il n est pas rare que la dyspnée soit à l origine d une cyanose des muqueuses lors d un fort encombrement de l arbre bronchique ou lors de discordance. Tout cela conduit à des frais vétérinaires parfois élevés, ainsi qu une faiblesse générale des animaux et des pertes. Ces maladies touchent aussi bien les jeunes veaux non sevrés que les génisses, et lorsqu un animal est atteint dans un lot, les autres contractent la maladie en quelques jours. Tout comme dans les diarrhées, il y a plusieurs agents pathogènes bien répertoriés : des virus et des bactéries. Souvent, des facteurs environnementaux ou médicaux influencent l apparition d une pneumonie dans un groupe de veaux. Selon LORENZ et al. (2011c), les virus mis en cause sont l Herpesvirus bovin 1 (BHV1), le virus Parainfluenza 3 (PI3) et le virus respiratoire syncytial bovin (BRSV). En ce qui concerne les bactéries, elles ne sont pas beaucoup plus nombreuses : Mycoplasma bovis, Pasteurella multocida, Mannheimia haemolytica et Histophilus somni. Il faut noter que le Mycoplasme agit généralement en synergie avec d autres agents infectieux, notamment Pasteurella (RUEST, 2006). Ces bactéries sont des organismes commensaux de l environnement ou de la flore nasale des bovins et leur pathogénicité est fonction de leur concentration et de l état immunitaire des veaux. Ainsi, il semblerait qu un veau infecté par le BVDV soit prédisposé à développer une pneumonie, du fait tout d abord du tropisme respiratoire de ce virus engendrant une infection primaire ou d'une synergie avec d autres pathogènes, mais aussi de l immunodépression qu il entraine (LORENZ et al., 2011c). La plupart de ces infections étant causées par des germes de l environnement opportunistes, il a été montré que plusieurs facteurs favorisent l apparition de la maladie et des signes cliniques (LORENZ et al., 2011c). Un exemple tiré de l élevage allaitant montre que les veaux nés à l extérieur développent beaucoup moins de maladies respiratoires que ceux nés en bâtiment (STOKKA, 2010). Cela est peu applicable à l élevage laitier, mais est une bonne illustration de l importance des facteurs de risque dans la fragilité du système respiratoire des veaux. Dans l élevage laitier à proprement parler, les animaux vivant en groupe sont beaucoup plus sujets à des pneumonies que les animaux vivant seuls, de même que ceux partageant leur air avec des adultes, ou lors de surpeuplement des stabulations (GORDEN et PLUMMER, 2010). Il apparaît donc, tout comme pour les phénomènes de diarrhées, qu il est parfaitement possible d éliminer ou au moins de limiter la prévalence de pneumonies chez les veaux dans un élevage. Pour cela, deux aspects sont à prendre en compte : la pression infectieuse en pathogènes (à diminuer par l hygiène, la désinfection et la ventilation), ainsi que l état immunitaire des jeunes, du vêlage à la mise à la reproduction. On pourra donc mettre en place un certain nombre de mesures pour améliorer la santé des veaux, et des adultes en devenir. La mise en place de lots de veaux est associée à un mélange des germes et peut donc être un facteur de risque supplémentaire