ver 2.0

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1 ver LARDY Jean-Pierre URFIST de LYON - UCBL DADI : Maj : sept Installation de Zotero Réglages du menu Préférences du bouton Action Alimentation de la base de données Récupération de références et documents Transfert de références à partir d une base de données Importation de références à partir d un fichier Récupération des méta-données de fichiers pdf Saisie manuelle Transfert de références Gestion de la base de données Organisation de la base de données Modification de référence Compléments de référence Interrogation de la base Création d une bibliographie Zotero accès en ligne Création des groupes Compléments... 6 Zotero, logiciel de gestion bibliographique personnelle produit par le Center for History and New Media 1 de la George Mason University, est une extension gratuite du navigateur Firefox 2. Zotero sert à collecter, gérer et citer les références de travaux de recherche. C est un projet sous licence Educational Community Installation de Zotero Il faut télécharger l extension qui s auto-installe. Redémarrer Firefox. Une fois installé, le logiciel apparaît dans le menu Outils et son logo dans l'angle inférieur droit du navigateur. Une fois ouvert, Zotero, francisé, se présente dans la partie inférieure du navigateur sous forme d une ligne d icones et de trois colonnes : La colonne de gauche liste les collections constituées, en dossiers et sous-dossiers La colonne centrale montre les différents documents de la collection sélectionnée La colonne de droite affiche le détail d une référence et permet la gestion des valeurs ajoutées aux références : infos, notes, pièces jointes, marqueurs ou tags, connexe LARDY JP 1

2 2 - Réglages du menu Préférences du bouton Action Préférences Le bouton Actions, 3 ème depuis la gauche, permet de définir des préférences. Avancées On peut choisir le répertoire où sera stockée la base de données, une clé USB par ex. Il faut avoir la version transportable de Firefox : Résolveur de lien OpenURL Le résolveur par défaut est celui de Worldcat. On peut spécifier un autre résolveur dans le menu Actions Préférences de Zotero Générales. Il faut contacter le centre de documentation pour savoir s il existe un serveur de résolution spécifique à votre institution. Recherche Zotero supporte l'indexation du texte intégral des documents PDF. Pour cela, il faut un programme externe pour extraire le texte incorporé dans des fichiers PDF en fichier texte. Par défaut, Zotero utilise l'utilitaire pdftotext du projet open-source Xpdf. Installation automatique de pdftotexte depuis Zotero : Icône Action Préférences Recherche Installation automatique Ex : décharger 2 textes en pdf de ScienceDirect et associer les fichiers aux références correspondantes. L indexation est immédiate (vérifier dans Action Préférences : Statistique d indexation). On peut donc faire une recherche sur le texte intégral : Contenu de la pièce jointe. 3 - Alimentation de la base de données Plusieurs possibilités permettent d alimenter la base de données Récupération de références et documents Zotero peut enregistrer les éléments de notices de livres et l'url de sites web, de documents pdf, de messages de forum, d'une thèse, d'un article en ligne, d'un mail, d'un billet de blog etc... par reconnaissance automatique (analyse syntaxique grâce à un parser) dans une page web. De nombreuses bases de données i juridiques en particulier (Cornell, Supreme Court,... mais aussi Lexis ou Westlaw US) sont compatibles c est-à-dire que le logiciel peut lire intelligemment les pages web (via les infos en RDF ou en Dublin Core) dans la partie En Tête du fichier source de la page et générer automatiquement une référence. Zotero parvient à extraire les données descriptives des articles de Revues.org, d Erudit, de HAL ainsi que des notices de la Library of Congress, de la British Library et de WorldCat et bien sûr, comme Connotea ou CiteULike, des articles de ScienceDirect ou de Springer et des notices d Amazon et extrait une liste de notices d une page de résultats Google Scholar. Selon le contenu de la page apparaît à droite du champ adresse du navigateur : une icône bleue (livre) pour un élément (livre, notice ) une icône dossier jaune pour une liste de références une icône blanche pour la capture d une page web LARDY JP 2

3 une icône journal pour la capture d articles de quotidiens une icône livre pour la capture de notices Zotero reconnaît l information utile grâce à des «sites translators». Ils fonctionnent avec la majorité des catalogues de bibliothèques, quelques sites web populaires comme Amazon et le New York Times et de nombreuses bases de données. On trouvera les sites fonctionnant avec Zotero à Transfert de références à partir d une base de données Après interrogation d une base, on sélectionne dans la liste de résultats les références retenues. Deux possibilités s offrent alors : Soit les références sont reconnues nativement Soit on utilise la fonction Exportation (format EndNote par exemple) et Zotero les capture automatiquement. On peut aussi importer les données d une base sous EndNote. Pour cela on exporte les données de EndNote au format RIS et on les importe dans la base Zotero Importation de références à partir d un fichier On peut importer des références sauvegardées dans un fichier depuis une base de données. De nombreux formats de fichiers sont reconnus (MARC, BibTex, MODS, RIS-EndNote, RDF). C est la solution lorsque la fonction de repérage automatique de Zotero ne fonctionne pas Récupération des méta-données de fichiers pdf Le format pdf a été adopté comme format de diffusion des articles scientifiques. Zotero est capable d analyser (parser) un fichier pdf et d en extraire les métadonnées. Par exemple si Zotero trouve un fichier PDF dans Google Scholar, il crée un élément de bibliothèque, télécharge les métadonnées bibliographiques et attache le PDF avec le nouvel élément. Exemple : dans Google Scholar : Télécharger un fichier pdf. Créer une entrée dans Zotero. Clique droit de la souris sur l élément et choisir Retrieve Metadta from PDF. Cette fonctionnalité ne marchera que si le créateur du pdf a inséré les métadonnées reconnues par zotero. C est loin d être le cas actuellement Saisie manuelle Lorsque l importation automatique échoue ou pour entrer des documents papier, il reste la saisie manuelle. Zotero propose de très nombreux types de documents. 4 - Transfert de références Importation Depuis EndNote : choisir le format RIS Le format BibTeX est souvent utilisé par les ressources en sciences exactes. Exportation Zotero RDF pour échanger avec d'autres utilisateurs de zotero ou sauvegarder vos données (en attendant que Zotero Server et/ou Zotero commons soient LARDY JP 3

4 opérationnels) en cochant par exemple "les notes" et "les fichiers". Attention au «poids de l'export" (fichier RDF + les répertoires de contenus) BibteX, Refer-BibeX, pour échanger seulement vos références avec d'autres logiciels de gestion de références (" en local" : Endnote, bibus, zotero,... ou "en ligne" CiteUlike, 2collab, Bibsonomy, EndNoteWeb,...) RIS pour échanger vos références avec les notes avec d'autres logiciels de gestion de références qui acceptent ce format. On fera une sauvegarde de la bibliothèque dans le format Zotero RDF. 5 -Gestion de la base de données Le classement des documents se fait simplement par glisser-déposer vers le dossier adéquat ou si une collection est déjà sélectionnée, le document viendra s'y ajouter automatiquement. 51- Organisation de la base de données On organise sa base de données dans des dossiers (colonne de gauche). On peut créer, supprimer, subdiviser des dossiers. Les notices sont rangées dans un dossier par «glisser/coller». 52 -Modification de référence On peut enrichir, corriger ou supprimer les références. 53 -Compléments de référence Chaque référence peut être complétée grâce aux boutons suivants : Notes : on peut associer une ou plusieurs notes à la référence Marqueurs (Tags) : mots clés que l on ajoute pour classer les références. Zotero peut aussi intégrer dans sa base les mots clés proposés par certaines bases de données. Connexe (Related) : Les références peuvent être liées les unes aux autres Interrogation de la base Le champ d interrogation (Recherche) permet d effectuer uniquement des interrogations dans un index multi-champ. Recherche avancée : l icône Loupe ouvre une fenêtre de recherche permettant de combiner divers critères. LARDY JP 4

5 Il est possible de sauvegarder ses recherches. Les résultats peuvent être triés par champ en cliquant sur l intitulé de la colonne. 6 - Création d une bibliographie On sélectionne les références voulues et par un clic droit de la souris, deux possibilités s offrent à nous : - générer un rapport sous forme de fiches dans une page du navigateur - créer une bibliographie On choisit le style parmi un nombre réduit de modèles et on exporte dans le presse-papier. Il est possible aussi de travailler directement depuis un traitement de texte (Writer d OpenOffice et Word) après ajout d une macro-commande : on dispose alors de 6 icones pour interagir avec Zotero. Firefox doit être actif pour pouvoir utiliser la barre de citation. On peut ajouter des styles grâce à la page suivante : Dans le monde francophone des sciences humaines et sociales, l utilisation des logiciels de gestion de bibliographie bute sur le fait que les styles de citation sont, pour la plupart, développés pour des journaux anglo-saxons. On trouvera des styles adaptés à la langue française dans : LARDY JP 5

6 le blog Zotero francophone sur Récupérer le style Traces. Pour intégrer un nouveau style dans les styles de zotero, il suffit d'ouvrir le fichier ".csl" par Firefox. Il est possible de créer ses propres styles avec Simple style generator Zotero accès en ligne Zotero propose de stocker sa base de données sur un serveur accessible à distance à partir de n importe quel poste. Il faut pour cela créer un compte à l adresse suivante : On dispose de 100 Moctets gratuitement. C est ensuite payant : 1 GB $20 ($1.67/month) GB $60 ($5.00/month) 0 GB $100 ($8.25/month) Une fois le compte créé, il faut reporter ces informations dans le menu de synchronisation de Zotero, en utilisant la rubrique «Actions», puis «Préférences». Dans l onglet «Sync», indiquer le compte d utilisateur et le mot de passe. «Sync automatically» est coché par défaut : cette fonctionnalité permet de mettre à jour automatiquement les nouvelles références importées dans votre bibliothèque. Pour accéder au compte Zotero en ligne, il faut se connecter depuis la page d accueil de Zotero. Ouvrir ensuite Zotero et lancer la synchronisation au moyen de la flèche verte. Il est encore possible de stocker ses données sur un serveur WebDav institutionnel. 8 - Création des groupes Il est possible de créer un groupe d utilisateurs qui va partager les références selon un des 3 groupes suivants : Public à participation ouverte, tout le monde peut devenir membre Public à participation restreinte, environnement contrôlé avec une présence publique Privés, totalement cachés Si la synchronisation des données est activée et si vous êtes membre d'un groupe dont la bibliothèque est activée, la bibliothèque de groupe apparaitra dans le client Zotero dans la colonne de gauche. 9 - Compléments Zotero francophone : un blog Manuel d utilisation de Zotero - 09/01/2009 Riondet F - HCL Using Zotero with LaTeX/BibTeX 27/05/2009 LARDY JP 6

7 International Standards ISO 690 (Wikipedia page) ISO 832 National Standards American National Standards Institute & National Information Standards Organization (free PDF available) British Standards Institution - standards BS 1629:1989, BS 5605:1990, BS 6371:1983 Commonwealth of Australia Standards in Law Bluebook Standard System of American Legal Citation Oxford Standard for Citation Of Legal Authorities (free) Standards in the Humanities Modern Languages Association (Wikipedia page) Unified Style for Linguistics (PDF, free) American Political Science Association (PDF, free) Modern Humanities Research Association Standards in Sciences, Chemical, Physical and Life Sciences Council of Science Editors American Chemical Society (Wikipedia page) American Institute of Physics (PDF, free) Engineering, Computer Science and Technology IEEE (PDF, free) Social and Behavioural Sciences American Psychological Association (Wikipedia page, free APA tutorial) American Sociological Association (PDF, free) American Anthropological Association (free) Medical and Biomedical American Medical Association International Committee of Medical Journal Editors (free) based on: o National Library of Medicine (free) LARDY JP 7

8 Utilisation avancée de Zotero Un Z qui veut dire Zotero LARDY Jean-Pierre mai 2011 Sommaire 1 - Réglages du menu Préférences du bouton Action Créer plusieurs bases de données avec les profils de Firefox Gérer sa base de données Collecte de références Récupérer les métadonnées de fichiers pdf Transfert de références et sauvegarde Intégration avec un traitement de texte Les styles Zotero accès en ligne Aides Annexe... 6 On utilise Zotero 2.1 avec Firefox 4.0 Zotero Commons : Avec la version 2.1, on peut charger ses documents sur Internet Archive. A v enir Zotero standalone : Les développeurs de Zotero annoncent sur leur blog la mise en chantier d une version «standalone» de leur logiciel. Il s agira donc d un logiciel à part entière indépendant du navigateur mais capable d interagir avec des navigateurs autres que Firefox. L idée est de ne pas réserver Zotero au seul navigateur Firefox. Il s agit aussi de s adapter au marché des navigateurs qui évolue rapidement grâce à la concurrence et aux derniers développements de HTML. Zotero Freemium Edition : achat de capacité de stockage sur le site de Zotero. 1 - Réglages du menu Préférences du bouton Action Avancées On peut choisir le répertoire où sera stockée la base de données, une clé USB par ex. On peut aussi installer la version transportable de Firefox : URFIST de LYON LARDY Jean-Pierre 1

9 Utilisation avancée de Zotero Résolveur de lien OpenURL Le résolveur par défaut est celui de Worldcat. On peut spécifier un autre résolveur dans le menu Actions Préférences de Zotero Générales. Il faut contacter le centre de documentation pour savoir s il existe un serveur de résolution spécifique à votre institution. Recherche Zotero supporte l'indexation du texte intégral des documents PDF. Pour cela, il faut un programme externe pour extraire le texte incorporé dans des fichiers PDF en fichier texte. Par défaut, Zotero utilise l'utilitaire pdftotext du projet open-source Xpdf. Installation automatique de pdftotexte depuis Zotero : Icône Action Préférences Recherche Installation automatique Ex : décharger 2 textes en pdf de ScienceDirect et associer les fichiers aux références correspondantes. L indexation est immédiate (vérifier dans Action Préférences : Statistique d indexation). On peut donc faire une recherche sur le texte intégral : Contenu de la pièce jointe. 2 - Créer plusieurs bases de données avec les profils de Firefox Il est possible de créer plusieurs bases de données indépendantes en créant autant de profile Firefox que nécessaire. On crée un nouveau profile en lançant Firefox en ligne de commande : Exécuter : firefox.exe -ProfileManager 3 - Gérer sa base de données Réfléchir à l organisation de sa base de données. URFIST de LYON LARDY Jean-Pierre 2

10 4 Collecte de références Utilisation avancée de Zotero On peut rencontrer 3 solutions : - Un «translator» existe et Zotero reconnaît la présence de références dans la page résultat Pubmed, ERIC ( Google Scholar, un journal : EERJ - European Educational Research Journal, - Il faut passer par un export au format EndNote-RIS ou BibTeX o HAL : utiliser Exporter des références, sélectionner par type de document o Ebsco : sélection de réf. (Ajouter au dossier), depuis le dossier Exporter, format RIS ou BibTeX o OvidSP : sélection de réf., Export, format RIS o Math Science ( Download: Retrieve Marked) - Il faut une saisie au clavier Problème avec : Cairn, BIUM 5 - Récupérer les métadonnées de fichiers pdf Le format pdf a été adopté comme format de diffusion des articles scientifiques. Zotero est capable d analyser (parser) un fichier pdf et d en extraire les métadonnées. Par exemple si Zotero trouve un fichier PDF dans Google Scholar, il crée un élément de bibliothèque, télécharge les métadonnées bibliographiques et attache le PDF avec le nouvel élément. Exemple : dans Google Scholar : Télécharger un fichier pdf. Ex : Créer une entrée dans Zotero. Clique droit de la souris sur l élément et choisir Retrieve Metadata from PDF. Cette fonctionnalité ne marchera que si le créateur du pdf a structuré son document. C est loin d être toujours le cas actuellement. 6 - Transfert de références et sauvegarde Récupération depuis un autre logiciel de gestion de références Depuis EndNote : choisir le format RIS Le format BibTeX est fréquemment utilisé par les ressources en sciences exactes. Exportation Zotero RDF pour échanger avec d'autres utilisateurs de zotero ou sauvegarder vos données (en attendant que Zotero Server et/ou Zotero commons soient URFIST de LYON LARDY Jean-Pierre 3

11 Utilisation avancée de Zotero opérationnels) en cochant par exemple "les notes" et "les fichiers". Attention toutefois au poids de "l'export" (le dossier comprenant le fichier RDF + les répertoires de contenus) BibteX, Refer-BibeX, pour échanger seulement vos références avec d'autres logiciels de gestion de références (" en local" : Endnote, bibus, zotero,... ou "en ligne" CiteUlike, 2collab, Bibsonomy, EndNoteWeb,...) RIS pour échanger vos références avec les notes avec d'autres logiciels de gestion de références qui acceptent ce format. Sauvegarde On peut faire une sauvegarde de la bibliothèque dans le format Zotero RDF mais cela ne donne pas une copie exacte de votre base. Il est préférable de localiser votre bibliothèque Zotero (Préférences Avancées), de fermer Firefox et de copier les données de votre répertoire Zotero vers un emplacement de sauvegarde, de préférence sur un autre périphérique de stockage. 7 - Intégration avec un traitement de texte Le plugin pour Word et LibreOffice est distribué sous forme d une extension Firefox. Il installe les boutons supplémentaires dans les traitements de texte. 8 - Les styles Dans le monde francophone des sciences humaines et sociales, l utilisation des logiciels de gestion de bibliographie bute sur un élément: les styles de citation sont, pour la plupart, développés pour des journaux anglo-saxons. Ajouter un style liste proposée par Zotero On trouvera des styles adaptés à la langue française dans : le blog Zotero francophone sur Récupérer le style Traces. Pour intégrer un nouveau style dans les styles de zotero, il suffit de l installer depuis : ex avec le style Traces Créer un nouveau style Pour des styles basiques il existe Simple style generator Zotero accès en ligne Zotero propose de stocker votre bibliothèque sur un serveur accessible à distance à partir de n importe quel poste. Il faut pour cela créer un compte à l adresse suivante : URFIST de LYON LARDY Jean-Pierre 4

12 Utilisation avancée de Zotero On dispose de 100 Moctets gratuitement. C est ensuite payant. Une fois le compte créé, il faut reporter ces informations dans le menu de synchronisation de Zotero, en utilisant la rubrique «Actions», puis «Préférences». Dans l onglet «Sync», indiquer le compte d utilisateur et le mot de passe. «Sync automatically» est coché par défaut : cette fonctionnalité permet de mettre à jour automatiquement les nouvelles références importées dans votre bibliothèque. Pour accéder au compte Zotero en ligne, il faut se connecter depuis la page d accueil de Zotero. Ouvrir ensuite Zotero et lancer la synchronisation au moyen de la flèche verte. Zotero de groupe Il est possible de créer un groupe d utilisateurs qui va partager les références selon un des 3 modes suivants : Choose Private Membership Choose Public, Closed Membership Choose a Public, Open Membership Groupes Privés Les Groupes Privés constituent un moyen de collaborer entre membres d'un groupe sans créer une quelconque exposition publique en ligne du groupe. Seuls les membres du groupe et les utilisateurs invités à rejoindre le groupe peuvent voir les pages du groupe. Les Groupes Privés sont totalement cachés des recherches de groupes. Ils ne sont pas visibles sur les pages publiques des membres, et n'apparaitront pas dans les résultats des moteurs de recherche. Public, Participation Restreinte Les groupes à participation restreinte sont utiles pour créer un environnement contrôlé de groupe muni d'une présence publique. Ceci permet à un groupe de présenter son travail et ses sources, ou d'accroitre le nombre de participants d'une manière contrôlée. Tout le monde peut voir la page du groupe, mais les seul moyens de devenir membre passent par une invitation ou par une demande d'invitation. Si le groupe possède une bibliothèque publique, les administrateurs peuvent choisir de montrer ou bien de cacher aux non-membres l'ensemble de la bibliothèque ou bien des collections individuelles. Public, Participation Ouverte Les Groupes à Participation Ouverte sont utiles pour les discussions larges et pour les collaborations. Les pages de groupes sont publiques, et tout le monde peut devenir membre instantanément. Si le groupe possède une bibliothèque publique, les administrateurs peuvent choisir de montrer ou bien de cacher aux non-membres l'ensemble de la bibliothèque ou bien des collections individuelles. Réglages de l'appartenance Il existe trois rôles pour les utilisateurs: membres, administrateurs et propriétaires de groupes. Les administrateurs peuvent modifier le statut public/privé du groupe, les rôles des membres et les réglages de la bibliothèque du groupe. Les propriétaires de groupe possèdent les mêmes URFIST de LYON LARDY Jean-Pierre 5

13 Utilisation avancée de Zotero privilèges que les administrateurs, mais peuvent aussi supprimer le groupe ou transférer sa propriété à un autre membre. Réglages des Bibliothèques Lecture de la bibliothèque - Qui peut voir les éléments de la bibliothèque de ce groupe? Tout le monde sur internet Tous les membres Seulement les administrateurs du groupe Édition de la Bibliothèque - Qui peut ajouter, éditer et supprimer des éléments de la bibliothèque de ce groupe? Tous les membres Seulement les administrateurs du groupe 10 - Aides Zotero francophone Support Zotero Sites compatibles Dépôt de styles Personnaliser un style Style de citation en français Zotero Commons Annexe Portable Firefox On peut installer Portable Firefox 1 et Zotero sur une clé USB, un disque dur portable ou un dossier réseau. Cela permet de travailler de façon totalement indépendante avec ses données toujours à disposition, quelque soit l'ordinateur sur lequel on travaille. Les références bibliographiques enregistrées dans Zotero peuvent de plus être synchronisées sur le serveur de Zotero. Formats de fichiers pour l échange de données entre logiciels de gestion de références RIS : format de ficher textuel standardisé développé par la société Research Information Systems (ISI Thomson Pub). Les intitulés de champs suivent le format : 2 lettres, 2 espaces, un tiret, un espace. L ordre des étiquettes est indifférent sauf pour la première TY et la dernière ER. TY - CONF A1 - Gazier, B. A1 - Audier, F. 1 URFIST de LYON LARDY Jean-Pierre 6

14 Utilisation avancée de Zotero A1 - Outin, J-L. T1 - Préface T2 - Formes d'organisation et institutions A2 - Gazier, B. A2 - Outin, J-L. A2 - Audier, F. PB - XIXes journées de l Association d Économie Sociale, L'Harmattan (coll. Logiques économiques) VL - 1 SP - I EP - II CP - Paris Y ER - EndNote a son propre format %0 Journal Article %T Synthesis of Tamiflu and its phosphonate congeners possessing potent anti-influenza activity %A Shie, JJ %A Fang, JM %A Wang, SY %A Tsai, KC %A Cheng, YSE %A Yang, AS %A Hsiao, SC %A Su, CY %A Wong, CH %J Journal of the American Chemical Society %V 129 %N 39 %P %D 2007 %I [Washington, DC: American Chemical Society], BibteX - conçu par Oren Patashnik et Leslie Lamport en 1985 pour LaTeX. Le fichier.bib contient une description des documents, par exemple : Pour un title = "L'Oxydation des m\'etaux", author = "J. B\'enard and J. Bardolle and F. Bouillon and M. Cagnet% and J. Moreau and G. Valensi", publisher = "Gauthier-Villars", year = "1962" } Pour un article URFIST de LYON LARDY Jean-Pierre 7

15 Utilisation avancée de author = {C. E. Max and K. Avicola and J. M. Brase and H. W. Friedman and H. D. Bissinger and J. Duff and D. T. Gavel and J. A. Horton and R. Kiefer and J. R. Morris and S. S. Olivier and R. W. Presta and D. A. Rapp and J. T. Salmon and K. E. Waltjen}, journal = {J. Opt. Soc. Am. A}, keywords = {}, number = {2}, pages = { }, publisher = {OSA}, title = {Design, layout, and early results of a feasibility experiment for sodium-layer laserguide-star adaptive optics}, volume = {11}, year = {1994}, url = { } URFIST de LYON LARDY Jean-Pierre 8