Guillaume Evanno INRA UMR Ecologie et Santé des Ecosystèmes Rennes

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Pierre-Yves Lafond
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Analyse de la diversité génétique des saumons atlantique du bassin de l Allier : origine des géniteurs (sauvage / élevage) et structuration spatiale et

1 Analyse de la diversité génétique des saumons atlantique du bassin de l Allier : origine des géniteurs (sauvage / élevage) et structuration spatiale et temporelle Guillaume Evanno INRA UMR Ecologie et Santé des Ecosystèmes Rennes Plateforme Recherche/Données/Information Plan Loire Grandeur Nature Bruxelles Mai 2010

2 Plan Caractère unique du saumon de l Allier Structure génétique des populations françaises de saumon Identification de l origine des géniteurs remontant dans l Allier Caractérisation génétique de la population de saumon de l Allier Caractérisation de la diversité génétique du système immunitaire

3 Caractère unique du saumon de l Allier Isolement des sites de reproduction (700 km de l estuaire. Quasiment 100 % d individus à long séjour marin (2-3 ans en mer). Phénologie de migration : 1eres arrivées en estuaire en automne (1 an avant reproduction). Différenciation génétique avec les autre populations européennes.

(cohortes 1995-2005) Echantillons d écailles 17

4 Structure génétique des populations françaises de saumon Echantillonnage : 34 populations 977 individus (cohortes ) Echantillons d écailles 17 marqueurs microsatellites Thèse de Charles Perrier ( )

5 Structure génétique hiérarchique en 5 groupes Hautenormandie (5 pop.) Bassenormandie (9 pop.) Bretagne (14 pop.) Allier Sudouest (3 pop.)

6 Structure génétique hiérarchique en 5 groupes

7 1) Identification de l origine des géniteurs remontant dans l Allier Rempoissonnements réalisés par le CNSS -> smolts marqués -> embryons + alevins non marqués Quelle est la proportion des individus issus de la pisciculture parmi les individus adultes qui remontent sur l axe Loire / Allier? -> Mesure 58 Plagepomi > Génotypage (15 marqueurs microsatellites) des géniteurs enfermés utilisés en 2008, 2009, 2010 (> 6000 inds) puis d adultes sauvages capturés à la remontée à partir de 2012 (100 par an).

8 Milieu naturel

9 Photo LOGRAMI

10 2) Caractérisation génétique de la population de saumon de l Allier Structure spatiale - 30 stations non alevinées tacons échantillonnés (LOGRAMI, CNSS) - Génotypage 15 marqueurs microsatellites

11 2) Caractérisation génétique de la population de saumon de l Allier Structure temporelle - Variation de la phénologie de migration des adultes : structuration temporelle? -> analyse d environ 150 adultes capturés à différentes dates de montaison (Collab. E. Verspoor et CNSS) -> génotypage à 15 marqueurs microsatellites. - Variation de la phénologie de migration des juvéniles : structuration temporelle? -> analyse de 400 smolts capturés à différentes dates de dévalaison (Collab. E. Verspoor et CNSS) -> génotypage à 15 marqueurs microsatellites. -> Génotypage de 48 adultes et 48 smolts à 6000 SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) en collaboration avec le consortium CIGENE (Collab. E. Verspoor et S. Lien) afin d identifier les bases génétiques de la phénologie de migration. - Variation génétique à long terme : analyses d écailles anciennes ( ) -> génotypage à 15 marqueurs microsatellites.

12 3) Caractérisation de la diversité génétique du système immunitaire Gène du Complexe Majeur d Histocompatibilité (CMH) -> implication dans l adaptation locale / potentiel évolutif -> problèmes sanitaires 50 adultes + écailles anciennes

13 Déroulement Sept 2009 Sept Postdoc (Sabrina Le Cam) Génotypage microsatellites : Labogena (3200 échantillons en cours d analyse). Echantillonnage : CNSS + LOGRAMI Interactions régulières avec les gestionnaires Collaborations internationales (Ecosse, Norvège) pour choix marqueurs microsatellites (SALSEA) et analyses SNPs.

14 Les financeurs Remerciements Les partenaires gestionnaires

16 Mesures du PLAGEPOMI du bassin Loire liées au projet Mesure 29. Le repeuplement en saumon sur le bassin de la Loire est réalisé à partir de géniteurs sauvages capturés dans l Allier au printemps à Vichy. Mesure 30. Les captures de géniteurs sauvages sont étalées sur la période de migration afin de disposer d un échantillon représentatif de la diversité du contingent migrant. Mesure 49. Evaluer l état du stock de saumon entrant dans le bassin de la Loire. Mesure 50. Mettre en place un suivi des migrations de saumons adultes sur l ensemble de l axe Loire- Allier pour identifier les zones à problème et préciser les causes des pertes en ligne (pit-tags, radiopistage) Mesure 55. Mettre en place un suivi des migrations de smolts dévalants (marquage par transpondeurs (pitstags) et/ou suivi par radio-pistage). Mesure 57. Mettre en place un programme de recherche pour identifier les causes des blessures. Mesure 58. Evaluer la part de la contribution du repeuplement et de la reproduction naturelle à la population de saumon du bassin. Mesure 59. Caractériser la population des saumons de l Allier en lien avec son comportement : identifier s il existe des sous-populations.

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