Rapport du comité d'experts

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1 Section des Unités de recherche Rapport du comité d'experts Unité de recherche : Laboratoire Interactions Microorganismes- Minéraux-Matière Organique dans les Sols (LIMOS) UMR 7137 de l'université Henri Poincaré Janvier 2008

2 Section des Unités de recherche Rapport du comité d'experts Unité de recherche : Laboratoire Interactions Microorganismes- Minéraux-Matière Organique dans les Sols (LIMOS) UMR 7137 Université Henri Poincaré janvier 2008

3 Rapport du comité d'experts L'Unité de recherche : Nom de l'unité : Laboratoire Interactions Microorganismes-Minéraux-Matière Organique dans les Sols (LIMOS) Label demandé : UMR N si renouvellement : 7137 Nom du directeur : Mme Corinne LEYVAL Université ou école principale : Université Henri Poincaré - Nancy 1 Autres établissements et organismes de rattachement : CNRS Date(s) de la visite : 31 janvier

4 Membres du comité d'évaluation Président : Monsieur Gilles PINAY, School of Geography, Environmental and Earth Sciences, University of Birmingham; Royaume Uni Experts : Madame Géraldine SARRET, LGIT, Grenoble, Université Joseph Fourier Madame Elisabeth LALLIER-VERGES, Université d Orléans, UMR 6113 Expert(s) représentant des comités d évaluation des personnels (CNU, CoNRS, CSS INSERM, représentant INRA, INRIA, IRD ) : Monsieur Eric CHAUVET, ECOLAB Toulouse, représentant la section 20 du Comité National Monsieur Pascal PHILIPPOT, IPGP, Paris, représentant la section 36 du CNU Observateurs Délégué scientifique de l'aeres : Monsieur Hervé de FERAUDY Représentant de l'université ou école, établissement principal : Monsieur Pierre MUTZENHARDT, Vice Président de l Université Herni Poincaré Représentant(s) des organismes tutelles de l'unité : Monsieur Pierre ARCHAMBAULT, Vice Président du Conseil Scientifique de l INPL Monsieur Alain DINET, Directeur Scientifique Adjoint CNRS, secteur «Surfaces et Interfaces Contienentales» 3

5 Rapport du comité d'experts 1 Présentation succincte de l'unité Le LIMOS est composé de 33 personnes dont 9 chercheurs (6 CNRS: 2 DR dont un émérite et 4CR) et 3 enseignants chercheurs (2 MC et 1 prof), 8 ITA, 1 IATOS et 15 thésards et post doctorants. 4 chercheurs sont HDR. 10 thèses, toutes financées, ont été soutenues durant le dernier quadriennal. Les anciens thésards ont soit trouvé un poste permanent dans l enseignement, la recherche ou le secteur privé, soit sont ATER ou post-doc. L unité a publié 45 articles référencés durant le dernier quadriennal dont 37 dans des revues ayant un facteur d impact supérieur à 1. Publiants : 8/8 EC, C, le DR émérite publie également. Dans la mesure où l unité n est constituée que d une seule équipe de recherche, l analyse détaillée de sa production scientifique est présentée dans la partie analyse de l équipe. 2 Déroulement de l'évaluation L évaluation de l unité s est déroulée dans une très bonne ambiance et le comité tient à remercier la directrice et tous les membres de l unité pour leurs efforts de présentation des travaux scientifiques et des locaux techniques qui ont été très enrichissants et vivants. De nombreuses questions scientifiques ont pu être abordées durant cette journée. Après une courte réunion entre les membres du comité d évaluation pour rappeler les objectifs de la visite, le délégué AERES a rappelé le rôle de l AERES devant tous les membres de l unité. La directrice du LIMOS a ensuite rappelé l historique de l unité, présenté son bilan et exposé avec l un de ses collègues, devant l ensemble des personnels, les deux thématiques de recherches du LIMOS. L organisation d un buffet a permis des échanges intéressants entre les membres du comité d évaluation et les personnels du LIMOS. Une visite des locaux a été l occasion de présenter les travaux de recherches des étudiants en thèse et post docs enthousiastes sous forme de posters très didactiques. La rencontre du comité avec des représentants des personnels (ITA-IATOS, étudiants, chercheurs) a permis de discuter librement de la vie de l unité et de la façon dont les différents personnels ressentent leur rôle. Le comité a ensuite entendu les représentants des tutelles de l Université Henri Poincaré et du CNRS qui ont souligné à cette occasion leur soutien à cette unité. Les membres du comité se sont ensuite réunis à huis clos en présence du représentant AERES, mais en l absence des représentants des tutelles qui ont souhaité ne pas participer, pour confronter leur point de vue et élaborer la trame du rapport d évaluation. Le président du comité d évaluation a clôturé la journée par une restitution des principaux points qui seront développés dans le rapport d évaluation de l unité devant tous les membres du LIMOS. 3 Analyse globale de l unité, de son évolution et de son positionnement local, régional et européen L étude simultanée des micro-organismes, des mycorhizes et des racines permet au LIMOS d étudier de façon originale le recyclage des éléments minéraux et des composés organiques d origine naturelle ou anthropique dans les sols. En effet, les approches mécanistes des relations bactéries-mycorhizes-plantes utilisant des techniques moléculaires pointues développées au LIMOS permettent à ce laboratoire d aborder des questions d écologie fonctionnelle en prenant en compte la diversité et l hétérogénéité des sols. Cette approche mécaniste en milieu complexe soutenue par une utilisation optimale des moyens techniques et des collaborations locales dans le cadre de la Fédération de Recherche Eau Sol Terre, le GIS Friches Industrielles et la Zone Atelier Moselle, leur confère une position scientifique tout à fait originale, au niveau national et international. 4

6 Le LIMOS a su maintenir une activité forte en recherche fondamentale, pouvant avoir des retombées sur des questions de société liées notamment à la pollution des sols, la restauration des friches industrielles et les techniques de phyto-rémédiation. L application de ces recherches, le cas échéant, a été traitée en collaboration avec des acteurs industriels par le passé. 4 Analyse équipe par équipe et par projet L unité est composée d une seule équipe de recherche animée par la directrice du LIMOS. Deux thèmes majeurs sont développés: Rôle des micro-organismes dans la mobilité, solubilité des éléments et l altération des minéraux Accessibilité, biodégradabilité et réactivité de composés organiques d origine naturelle et de polluants organiques dans les sols et la rhizosphère : mécanismes et organismes impliqués. Ces deux thèmes sont traités en collaboration entre tous les membres de l équipe ; il n est donc pas possible, ni souhaitable de les évaluer séparément dans la mesure où ils sont intimement liés. La forte collaboration entre les membres de l équipe qui se traduit par de nombreuses publications en commun, leur permet d aborder de façon heuristique le rôle des bactéries, des mycorhizes et des plantes dans la mobilité et la disponibilité des minéraux dans les sols, mais aussi de leurs conséquences sur ces mêmes organismes. Ils abordent par ailleurs les effets conjugués des pollutions organiques sur le devenir des métaux dans les sols. Ces recherches sont soutenues par plusieurs contrats régionaux, nationaux et européens. Ces travaux ont donné lieu à 45 articles référencés, dont plus de la moitié dans les meilleurs journaux dans le domaine des sciences du sol, de microbiologie et des sciences environnementales. Cela correspond à 1,41 article par an et par ETP chercheur. Il faut noter que la répartition des publications par chercheur n est pas homogène ; certains chercheurs, notamment pour des raisons de santé, ont peu publiés ces dernières années. Il faut également noter que le recrutement d une jeune CR CNRS et d une nouvelle Professeure des Universités, dont les nombreuses publications (12 et 10 respectivement pour ces 4 dernières années) n ont pas été comptabilisées, laissent augurer un fort potentiel de progression dans la dynamique de publication. L unité participe activement à l enseignement, notamment en tant que co-responsable du Master Gestion des Sols et des Eaux, et la participation au Master Forêt, Agronomie, Génie de l Environnement ainsi qu au montage d un nouveau Master en Microbiologie Environnementale et Sanitaire. 5 Analyse de la vie de l'unité L unité est dirigée par la directrice qui demande à ce que son mandat soit reconduit pour le prochain contrat quadriennal. Il faut souligner le travail exemplaire de la directrice qui, depuis la création de l unité après la fermeture du Centre de Pédologie Biologique, a su développer un groupe de recherche performant au sein d une unité à taille humaine. Les discussions avec les représentants des personnels ont permis de confirmer l impression générale lors de la visite, à savoir une très bonne entente et un très fort sentiment d appartenance à l équipe. Les réunions se déroulent en assemblée générale du fait de la petite taille de l unité. Les ressources financières sont mises en commun ce qui permet de lancer et soutenir de nouvelles recherches. Les chercheurs sont très attachés à ce mode de fonctionnement parce que chacun joue le jeu pour obtenir des contrats. Les dispositions relatives à l hygiène et la sécurité sont très convaincantes et la visite des laboratoires et les discussions avec l ACMO nous ont confortées dans cette analyse. Depuis sa création, les effectifs en personnels permanents de l unité sont à peu près stables, les recrutements ayant équilibré les départs (mutations, retraites). Il faut cependant noter que cela correspond au renouvellement d un tiers des chercheurs et enseignants chercheurs depuis Par ailleurs la pyramide des âges des ITA-IATOS montre qu un tiers des effectifs devra prendre sa retraite d ici la fin du prochain contrat. La demande de l unité en termes de postes est bien hiérarchisée. La demande la plus pressante concerne le remplacement de la gestionnaire dont le poste sera vacant dès l an prochain. 5

7 L animation scientifique est soutenue par des séminaires bimensuels. Les étudiants, souvent co-encadrés, peuvent très facilement discuter avec les différents chercheurs de l unité. Ils ont la possibilité de participer au moins à deux conférences nationales ou internationales durant leur thèse. L encadrement sur le terrain est bien assuré et les étudiants ont accès aux autres plateformes techniques de la Fédération de Recherches et entretiennent des contacts avec les chercheurs des autres laboratoires constituant la FR. Les personnels ITA-IATOS sont très satisfaits du fonctionnement du laboratoire. Ils sont fréquemment associés aux publications. Leur participation plus systématique aux réunions relatives aux projets de recherche leur permettrait cependant de mieux gérer le nombre d analyses à effectuer. Le plan de formation et les offres proposées aux membres de l unité sont tout à fait remarquables ; ils traduisent une excellente anticipation des besoins de l unité, notamment autour des nouvelles techniques et des plateformes en émergence. Le budget récurrent de l unité est satisfaisant, au vu de l activité scientifique et de la dimension de l unité. Les ressources contractuelles sont substantielles sans être excessives, notamment vis-à-vis de partenariats industriels qui restent limités. Ceci traduit apparemment une volonté de l unité de favoriser les financements sur des programmes nationaux (ECCO, INSU, ANDRA ) ou européens. Les succès du LIMOS aux récents appels d offre dans le domaine sont à souligner. 6 Conclusions Points forts : En tout premier lieu il faut souligner la structure de l unité à taille humaine dans laquelle il fait bon vivre et travailler. L approche mécaniste des interactions bio-physico-géochimiques entre les principaux constituants d un milieu complexe, en l occurrence le sol, et leurs dynamiques donnent une grande lisibilité à l équipe du fait de sa grande originalité scientifique. En effet, bien peu d équipes sont capables de traiter avec la même acuité des interactions entre plusieurs grands types d organismes (bactéries, mycorhizes et plantes) mais aussi des composés minéraux (éléments majeurs, métaux lourds) et des constituants organiques (notamment HAP). Le maintien d une recherche fondamentale de haut niveau sur un milieu complexe et hétérogène comme le sol permet d être en prise directe avec des questions sociétales fortes telles que la dépollution des friches industrielles. Le positionnement du laboratoire en Sciences de la Terre comme rattachement principal et Biotechnologie-Ressources-Agronomie comme rattachement secondaire est cohérent avec la panoplie d approches développées, de la spectroscopie et microscopie à la thermodynamique et à la biologie moléculaire, et lui donne une bonne visibilité à l échelle nationale. Points à améliorer : Il serait souhaitable de structurer les recherches autour d une question théorique forte de manière à replacer les travaux dans un contexte plus général. Cet effort théorique permettrait de publier certains travaux dans des revues plus généralistes. Les recherches sur le couplage entre disponibilité en éléments minéraux et recyclage des éléments organiques sont très prometteuses et méritent d être renforcées. Des recherches sont engagées à plusieurs échelles spatio-temporelles mais les changements d échelles ne sont pas réellement abordés. Un effort dans ce domaine permettrait de renforcer aussi la conceptualisation des recherches abordées. La part microbiologique liée à l activité faunistique des sols pourrait être envisagée par des collaborations avec d autres équipes de Nancy. 6

8 Recommandations : Il est important de maintenir une seule équipe pour maintenir les collaborations entre les chercheurs et mieux coupler les études sur les éléments minéraux et organiques. Les travaux en collaboration avec le CRPG relatifs à l utilisation des isotopes stables (Mg, O, S) comme traceurs des interactions bio minérales sont à soutenir. Ils pourraient permettre rapidement de contribuer à la quantification des processus étudiés et servir de base aux changements d échelles. Par ailleurs, l étude de la diversité fonctionnelle microbienne et de son rôle dans le fonctionnement des sols (objectif affiché pour le prochain contrat) doit également être favorisée ; le LIMOS a de nombreux atouts, notamment son expérience et ses ressources matérielles et humaines, pour devenir un leader dans ce domaine. Les chercheurs ont exprimé une volonté de renforcer les aspects de modélisation. Cela oblige à un effort de formalisation plus poussé des recherches engagées. Des collaborations avec des modélisateurs sont à développer pour mieux définir le ou les types de modélisation adaptés aux systèmes et aux processus étudiés. Certains axes de recherche développés au LIMOS sont également traités dans d autres laboratoires nancéens, notamment le LSE, le G2R et le LCPME. Une bonne communication semble exister entre ces laboratoires. Il faut veiller à maintenir cette concertation afin d assurer une complémentarité entre les activités des équipes. Des collaborations avec des entreprises privées devraient permettre de traduire et transférer les travaux de recherches conduits en amont. Les applications potentielles, notamment dans le domaine de la dépollution des sols, sont nombreuses. De tels partenariats ne doivent toutefois pas être entrepris au détriment des recherches fondamentales, qui représentent l un des points forts de l unité. Une mutualisation de certains postes techniques telle que l informatique ou la microscopie confocale ou des sites de stockage des échantillons sont à rechercher dans le cadre de la FR. Avis global En conclusion, le comité donne un avis très positif sur le LIMOS et accorde toute sa confiance à la directrice pour conduire à bien le projet de l unité. 7

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