Une archive ouverte au service des pasteuriens : HAL-PASTEUR. hal-pasteur.archives-ouvertes.fr hal-pasteur@pasteur.fr

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1 Une archive ouverte au service des pasteuriens : HAL-PASTEUR hal-pasteur.archives-ouvertes.fr hal-pasteur@pasteur.fr

2 Sommaire Hal-Pasteur : à quoi ça sert? S inscrire dans HAL-Pasteur Déposer une publication Et après un dépôt?

3 Hal-Pasteur Qu est ce que c est?

4 Le libre accès Encore appelé Open Access, c est la libre disponibilité en ligne de contenus numériques. -Vous conservez vos droits d auteur -Vous autorisez la reproduction et la distribution de votre article à condition que votre nom soit cité (usage non commercial) Deux façons de publier en Open Access Les revues en Open access ou articles publiés en Open Access dans des revues commerciales (sous licence creative commons) Les articles sont immédiatement accessibles à tous dès la publication Ex : Public Library of Science (PLOS) L'Open Access par auto-archivage : Les auteurs font des dépôts de leurs manuscrits dans une archive ouverte Ex : HAL-Pasteur, HAL-INSERM Pubmedcentral (USA)

5 Politique du libre accès Les instances politiques du monde entier encouragent le libre-accès aux résultats de la recherche qu elles ont financées : «il importe que les résultats scientifiques de la recherche financée par les pouvoirs publics soient accessibles gratuitement au lecteur sur l'internet» conseil des ministres européens (23/11/2007) En France l ANR (Agence Nationale de la Recherche) encourage les chercheurs à déposer leur publications dans l archive ouverte HAL. (20/11/2007) La Commission Européenne : août 2008, exige (clause 39 de la convention de subvention) que les articles produits dans le cadre de projets du 7ème PCRD soient déposés dans des répertoires institutionnels (ou à défaut des archives thématiques) après un délai d embargo de 6 à 12 mois. Prévoit, en outre, le remboursement à 100 % des coûts liés à la publication encourus pendant la durée du projet. En Angleterre le Wellcome Trust (depuis octobre 2005) : les chercheurs, dont le travail est financé en tout ou partie par le WT, doivent déposer une copie électronique de tout article, accepté pour publication dans une revue à comité de lecture, dans PubMed Central (PMC) et dans PubMed Central UK (lancée en 2007 et financée par 8 institutions). Depuis 2008 prise de contacts pour créer un european PMC à partir de UK-PMC Etats-Unis les NIH, depuis le 8 avril 2008 : les chercheurs, dont les recherches sont financées par les NIH, ont l obligation légale de déposer leurs articles dans PubMed Central, dès acceptation pour publication. L accès doit être effectif dans un délai maximum de douze mois après la date officielle de publication. Le répertoire des archives ouvertes OpenDOAR recense 1200 archives dans le monde.

6 Contexte de création de HAL-Pasteur Septembre 2005 : rédaction d un protocole d accord inter organisme en vue d une approche coordonnée au niveau national pour l archivage ouvert de la production scientifique. Juillet 2006 : signature du protocole d accord Les signataires (CNRS, INRIA, INSERM, Institut Pasteur, le l IRD, CPU ) font le choix de HAL comme plate-forme UNIQUE de dépôt. HAL est développé par le CCSD/CNRS depuis 2001 HAL, HAL-INSERM, HAL-Pasteur : des interfaces différentes mais une même plate-forme de dépôt. Mars 2007 : ouverture de HAL-Pasteur / Fin 2009 : ouverture de HAL-RIIP

7 Ce que vous trouvez dans HAL-Pasteur Dans HAL-Pasteur, vous retrouvez tous les dépôts d articles dont au moins un auteur est affilié à un laboratoire de l Institut Pasteur. Les articles ont pu être déposés à travers d autres instances de HAL (hal-inserm, hal ).

8 Interconnection HAL-Pasteur / HAL / PubMed Central Environnements de dépôts HAL-CEA HAL-INRIA HAL-Pasteur HAL-Inserm HAL-SHS HAL Schéma Daniel Charnay - CCSD

9 Pourquoi déposer? Pourquoi déposer dans HAL-Pasteur? Visibilité accrue des travaux de recherche d un laboratoire ou d une institution (visible par Google). Libre accès à la connaissance. Pérennité de la production scientifique. HAL-Pasteur c est : Un outil pour créer les conditions de conservation et de circulation de l information scientifique produite par les pasteuriens. Un outil au service des chercheurs et de l institut.

10 Politique de dépôt (1) HAL-Pasteur est un outil de communication et de diffusion des connaissances. But : déposer du texte intégral. Le dépôt permet la conservation des manuscrits auteurs acceptés. Il sont stockés au format PDF. L URL d un article dans Hal est pérenne, elle peut être citée :

11 Politique de dépôt (2) Les chercheurs peuvent déposer : Les articles en texte intégral acceptés dans des revues à comité de lecture. Des notices bibliographiques si l éditeur n'autorise pas le dépôt d un article dans une archive ouverte. Pour connaître la politique de l éditeur concernant les archives ouvertes consultez le site Sherpa-Romeo.

12 Politique des éditeurs : Sherpa/Romeo Green Blue Yellow White Can archive pre-print and post-print / Autorise l archivage pré-print et post-print Can archive post-print (ie final draft postrefereeing) / Autorise l archivage des postprint seulement Can archive pre-print (ie pre-refereeing) / Autorise l archivage des pré-print seulement Archiving not formally supported / Archivage non autorisé Pré-print : une première version du manuscrit auteur soumise à l éditeur Post-print : manuscrit auteur accepté pour publication (pas le pdf publié) Il faut déposer le manuscrit auteur dans sa dernière version acceptée par l éditeur (90% des éditeurs l autorisent). Un délai (période d embargo) peut être demandé par l éditeur pour la mise en ligne de l article. Pour les articles publiés en open access, la version pdf de l éditeur peut être déposée immédiatement.

13 Politique des éditeurs Quelque soit la politique de l éditeur, déposez votre manuscrit auteur! Même si l éditeur ne l autorise pas (seul 10% des cas) : il sera mis en document caché pour les internautes, mais vous-même y aurez accès. Permet d archiver ses manuscrits auteurs Permet d extraire ses listes de publication

14 Accès à HAL-Pasteur (1) Depuis le site web de la Médiathèque

15 Accès à HAL-Pasteur (2) Depuis Webcampus

16 Accès à HAL-Pasteur (3) Depuis la page Webcampus de la Médiathèque

17 L interface HAL-Pasteur (1) Menus d accès aux fonctions. Nous contacter, vous informer.

18 L interface HAL-Pasteur (2) Il n est pas nécessaire de s inscrire pour consulter les articles. Accès à Sherpa Romeo. Informations sur les archives ouvertes.

19 Hal-Pasteur Comment s inscrire?

20 Créer un compte (1) Avant tout dépôt sur Hal-Pasteur, il est nécessaire de «s inscrire» sur le serveur.

21 Créer un compte (2) 8 caractères maximum. Le mot de passe n est pas lié au mot de passe de messagerie pasteur. Le domaine choisi apparaîtra par défaut lors du dépôt. Créer votre compte. Si vous déposez vos articles, répondre «oui».

22 Créer un compte (3) Un courriel est envoyé à l adresse fournie dans le formulaire.

23 Modifier son compte Choix de l interface web 2.0 pour les affiliations auteur/laboratoire.

24 Hal-Pasteur Comment déposer?

25 L authentification (1) S authentifier.

26 L authentification (2) Votre environnement personnalisé.

27 Sélection du type de dépôt Sélectionner votre option de dépôt. Options à utiliser dans la quasi totalité des cas.

28 Les métadonnées Les champs précédés d une flèche sont à remplir obligatoirement.

29 Le PMID et les métadonnées Si le document est déjà référencé dans Pubmed, il suffit d indiquer son PMID (numéro identifiant Pubmed) et de charger la page. Les champs sont complétés automatiquement.

30 Le PMID de Pubmed

31 Les domaines A certains domaines sont associés des sous-domaines. Sélectionner un ou plusieurs domaines.

32 Politique de l éditeur Affichage de la politique de l éditeur (passer la souris sur «green»).

33 Les métadonnées (fin) Indiquer les contrats de financements, notamment ANR et européens. Passer à l étape de définition des affiliations auteurs/labos.

34 Les affiliations auteurs / labos Liste des auteurs importés de Pubmed Attention : les laboratoires associés par défaut sont ceux qui ont été affiliés à l auteur lors de précédents dépôts, ils peuvent ne pas correspondre à l article en cours de saisie. Il faut donc bien vérifier les affiliations et les modifier si nécessaire. Liste des icônes et leurs légendes.

35 Modifier / ajouter un auteur Modifier les données de l auteur. Modifier l ordre des auteurs. Supprimer l auteur. Ajouter un auteur. Pour cela commencer à saisir un nom. Si le nom de l auteur est connu de HAL, il apparaîtra dans le menu.

36 Sélectionner des auteurs à partir d un labo Vous pouvez sélectionner un ou des auteur(s) à partir d un laboratoire. Pour cela saisir le nom du laboratoire et cocher les auteurs souhaités.

37 Ajouter une liste d auteurs Vous pouvez ajouter des auteurs en saisissant une liste d auteurs.

38 Modifier les informations auteur Afficher les informations relatives à l auteur, les compléter et modifier si nécessaire. Pour l auteur correspondant, saisir le courriel et cocher la case «auteur correspondant». Informations sur le laboratoire. Valider les informations auteurs.

39 Ajouter/supprimer un laboratoire Ces icônes apparaissent lorsque la souris passe sur le nom du laboratoire. Informations sur le laboratoire. Supprimer le laboratoire. Cliquer/glisser la maison pour associer ce laboratoire à un autre auteur. Associer le laboratoire à tous les auteurs.

40 Ajouter/supprimer un laboratoire (2) Cliquer sur cette icône pour faire apparaître les informations relatives à un auteur et pour pouvoir associer un laboratoire à un auteur.

41 Ajouter/supprimer un laboratoire (3) Pour ajouter un laboratoire commencer à écrire son nom. Si le laboratoire est déjà créé, son nom apparaîtra dans la liste. Sinon il faut créer le laboratoire en cliquant sur nouveau laboratoire. Attention : tous les laboratoires et unités pasteurs sont connus de HAL. Vous n avez normalement pas à recréer de nouvelles unités Pasteur hormis pour les unités plus anciennes qui n existent plus.

42 Ajouter/supprimer un laboratoire (4) Si vous avez saisi le nom d un nouveau laboratoire, vous devez renseigner des informations complémentaires. Attention : les intitulés de laboratoire ou d unité Pasteur ne doivent JAMAIS commencer par «Unité de» ou «Laboratoire de». Saisir simplement le nom de l unité, sans mention du nom de département ou de l Institut. Exemple : Ne pas mettre «Unité de Biologie et génétique du paludisme de l Institut pasteur» Mettre «Biologie et génétique du paludisme» Une fois les informations saisies, cliquer sur Ajouter ce laboratoire et valider la notice de l auteur. Dans «Etablissement(s) du laboratoire», rentrer les différentes appartenances : Institut Pasteur de Paris, Inserm, CNRS, Université... Sélectionner dans la liste sinon «Ajouter cet établissement».

43 Ajouter/supprimer un laboratoire (5) Une fois les informations saisies, cliquer sur Ajouter ce laboratoire et valider la notice de l auteur. Cliquer sur cette icône pour supprimer la tutelle.

44 Valider les auteurs et affiliations Une fois toutes les informations auteur/labo saisies et validées, passer à l étape suivante.

45 Attacher le(s) fichier(s) Sélectionner le type de document à attacher.

46 Attacher le(s) fichier(s) (2) Cliquer sur «parcourir» puis sélectionner le(s) fichier(s) à attacher.

47 Attacher le(s) fichier(s) (3) Attention : au type du fichier sélectionné. Vous pouvez attacher jusqu à 5 fichiers. Un fois les fichiers sélectionnés vous pouvez faire le transfert. La requête peut être assez longue.

48 Attacher le(s) fichier(s) (4) Les fichiers sont transférés. En cas d erreur vous pouvez supprimer un fichier. Définir l origine des fichiers déposés et cocher. Attention aux copyrights des fichiers. Pour vérifier la politique de l éditeur par rapport au dépôt dans une archive ouverte, consulter SHERPA/RoMEO.

49 Valider le dépôt Si tout est correct, Déposer votre article, sinon retourner à une étape précédente ou annuler le dépôt.

50 Transfert dans PubMedCentral Votre dépôt peut, si vous le souhaitez, être transféré dans l archive Pubmedcentral. Conditions : Vous avez déposé votre manuscrit auteur L article est publié chez un éditeur qui ne dépose pas lui-même dans PMC

51 Visualisation d une référence HAL importée dans PubMedCentral

52 Et après un dépôt?

53 La vérification Une fois le dépôt effectué, celui ci n est pas immédiatement mis en ligne. Une vérification est effectuée : Vérification du contenu : s agit-il bien d un article scientifique? Vérification des métadonnées et des affiliations auteurs/laboratoires. Vérification du copyright. C est OK La notice et l article sont immédiatement visibles depuis HAL-Pasteur. Il y a un problème Un message d erreur est envoyé et une correction vous est demandée.

54 Visualisation d une notice Hal-Pasteur

55 Visualisation d un PDF Hal-Pasteur

56 Voir/corriger ses dépôts Article qui vient d être déposé.

57 Voir/corriger ses dépôts (2) Article pour lequel des modifications vous sont demandées.

58 Voir/corriger ses dépôts (3) Pour consulter mes dépôts Je peux visualiser le détail d un dépôt. Je peux modifier un dépôt. Liste de mes dépôts acceptés. Je peux transférer la propriété de mon dépôt.

59 Voir/corriger ses dépôts (4) Pour ajouter le texte intégral, cliquer sur «ajouter le fichier», en sélectionnant votre référence ou en entrant l identifiant de la notice et votre mot de passe.

60 Pour toutes questions