Revue de processus service Imagerie 1/04/2015

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1 Revue de processus service Imagerie 1/04/2015

2 Réunion des utilisateurs des vidéo microscopes et apotomes ObserverZ1 colibri1 salle 7014 ImagerZ1 Apo salle 1023 Responsable Vidéo et Mécanique Brice DETAILLEUR Le 1 Avril 2015

3 Nombre d heures de réservation des VidéoMicroscopes et Apotomes du 1 er Janvier au 1 er Avril formations réalisées sur les vidéo microscopes et apotomes + Mises à niveau sur logiciel ZEN 2012

4 SAV : Temps d immobilisation des systèmes Grille Apotome M2 bloquée (1023) Problème repéré le 15/10/2014 Intervention le 20/10/2014 Changement Slider Apotome 30/10/2014 Installation et essais Zen 2012 sur Z1(1023 ) Effectuée le 02/12/2014 Mis en service 02/12/2014

5 SAV : Temps d immobilisation des systèmes AxioPlan 2 Imaging ( ) Installation filtre YFP à la place du Texas Red 10/09/2014 Suppression de l apotome 22/01/2015 Disparition dichroïque Dapi GFP 02/02/2015 Axio Observer Z1 Colibri (7014 ) Dichroïque commandé 04/02/2015 Dichroïque Installé 24/02/2015 Problème allumage transmission 02/02/2015 Axio Observer D1 (7014) Changement carte d alimentation 10/02/2015 Onduleur installé 23/02/2015

6 SAV : Temps d immobilisation des systèmes MZFL III Droso(722) Changement tête binoculaire 28/07/2014 Installation d une caméra Pixelink et d un PC 28/07/2014 MZFL III Poulet (8031) Disque dur OUT 14/11/2014 Changement PC 17/11/ jours en moyenne pour une intervention. Délais sont rallongés lorsqu il faut commander une pièce

7 Evolution des équipements Installation du logiciel ZEN 2012 à la place du logiciel Axiovision Observer Z1 (salle 1023) avec enceinte thermostatée et CO 2 5% Axioplan 2 Imaging 7014 à 730 Reclassement en vidéo PC sous XP, plus d accès internet au 23/03/15 8 vidéos, 3 confos, 1 Bi-photons, 2 stations d analyse Consultation de réservations en cours de développement

8 Qualité Sondage Fluorophores? Pourquoi on voit du rouge dans le vert??????????

9 Optimisation des filtres d émission FITC / TexasRed

10 Hygiène et Sécurité Propreté des espaces de travail : Mise en place de boîtes Jaunes pour les déchets en verre. Objectifs sales: Essuyer après chaque utilisation les objectifs à immersion. Condenseurs sales: Prévenir le service en cas de bris de lame. Horloges: Salle du 7 ème Bloc 3, horaires 8h00/20h00 Horloges: Salle du 10 ème Bloc 3, horaires 7h30/21h00 Eteindre la fluo si pas d utilisateur dans l heure qui suit votre réservation

11 Réunion utilisateurs des microscopes confocaux Responsable confocal et video Elsa Castellani 1 er avril 2015

12 Plan de la réunion utilisateurs des confocaux 1. Utilisation des microscopes confocaux 2. NACeM 3. Evolutions des équipements 4. Q : Sondage des fluorophores 5. SAV

13 1596heures d utilisation sur les microscopes confocaux 67 heures de formation sur l ensemble des confocaux depuis janvier 2015

14 272 heures d utilisation sur les appareils du Nacem 13 heures formations réalisées sur ces 2 appareils depuis janvier 2015

15 SAV Problèmes du LSM 510 (coupure laser) Aimant décollé & recollé 24/02/2015 Carte électronique de la potence défaillante 26/02/2015 Contact Zeiss Demande de devis Commande d une nouvelle carte 03/03/ /03/2015 réception et réparation Changement du laser 445nm sur le Ropper Problème repéré le 9/02/ jours pour résoudre ce problème Laser changé 11/03/2015 Retour laser usine 11/02/2015

16 Saturation Lsm 780

17 Des chiffres sur le LSM réservations 165 créneaux annulés 13% 102 non repris 8% 63 repris

18 Propositions Nouveau créneau horaire de 7-8h Réservation sous fenêtre glissante dans les faits, on peut réserver 12 h sur 2 semaines 1) Autogestion : Mettre en place un avertisseur qui vous dit que vous avez dépassé le quota de 6 h sur la semaine 2) visible de tous que le quota est dépassé 3) aiguillage forcé sur d autres microscopes 4) réservation au CIML du LSM 780

19 Evolution des équipements en 2015 Devenir du Nacem? Achat système? Ouverture du STED en utilisation confocal Spinning disk roper, passage en multisession pour garder ses paramètres d acquisition Aide au choix des équipements, application en cours de développement

20 Haute résolution STED-PALM PALM accessible à tous Bilan utilisation STED et évolution

21 Single Molecule Localization Microscopy : PALM / STORM

22 Acquisition Analyse : localisation super-résolue des spots Reconstruction d une image

23 PALM : Protéine fluorescente photo-transformable : Dendra2, EosFP, Un laser pour activer et un pour imager STORM : Fluorophore : Alexa 488, 647 Utilisation d un buffer d oxydation/réduction Dendra2

24 STED

25 2 ème raie de déplétion : plusieurs combinaisons de fluorophores

26 STED 3 D

27 Base de données Omero Bilan formation après 6 mois de mise en place L évolution désirée au sein de l IBDM L ouverture de la base en externe Exemple d un utilisateur Caroline Eple

28 OMERO 36 utilisateurs réguliers d OMERO 50 personnes formées

29 Formation Omero intégrée lors de la formation sur microscope Charge en données peut augmenter Incitation à utiliser OMERO Si utilisation par accès externe à IBDM, Client Web à mettre en place Toute la métrologie sera accessible sur Omero

30 How to draw and analyze ROIs with the Omero ROI tool Why using this ROI tool? Easy ROI drawing Save every ROI of each stack Save measurements of each ROI Export measurement to Excel Attach excel file to your picture in Omero

31 How to draw and analyze ROIs with the Omero ROI tool An example: comparing the area of the GFP+ cell vs GFP- cells Polygon tool

32 How to draw and analyze ROIs with the Omero ROI tool An example: comparing the area of the GFP+ cell vs GFP- cells

33 How to draw and analyze ROIs with the Omero ROI tool An example: comparing the area of the GFP+ cell vs GFP- cells 3/ Measuring and exporting ROIs to Excel

34 How to draw and analyze ROIs with the Omero ROI tool An example: comparing the area of the GFP+ cell vs GFP- cells 3/ Measuring and exporting ROIs to Excel

35 How to draw and analyze ROIs with the Omero ROI tool An example: comparing the area of the GFP+ cell vs GFP- cells

36 How to draw and analyze ROIs with the Omero ROI tool An example: comparing the area of the GFP+ cell vs GFP- cells

37 How to draw and analyze ROIs with the Omero ROI tool Other measurements possible: Length Angles Counts Intensity

38 Rappel Métrologie Où trouve t on l information Quelles sont les données présentées

39 Puissance(mW) à T = 0 à T = 2 minutes Ratio T = 2/T = 0 Dapi 7,44 7,26 98% GFP 26,83 26,69 100% DsRed 67,50 68,41 101% Puissance moyenne sur 2 minutes (mw) Ecart Type Dapi 7,37 0,042 GFP 26,35 0,246 DsRed 68,34 0,331 gfp-dapi gfp-dsred dapi-dsred. distance en µm 0,27 0,102 0,323 résolution optique théorique en µm 0,35 0,207 0,306 distance/résolution optique théorique 0,771 0,493 1,056 coordonnées en pixel dapi gfp dsred position en X position en Y 69,5 70,5 71,5 position en Z 17,

40 Mécanique réalisations et évolutions Présentation des réalisations récentes Nouveaux locaux / nouveaux équipements : Aménagement 6 ème étage Imprimante 3 D : un choix à 2 têtes et buse 0,25 mm Portique CNC : découpe et usinage

41 Mécanique Boite pour drosophiles Projet Prud homme: Tests de preference de site de ponte de Drosophila Suzukii Bouchons en impression 3D

42 Mécanique Tapis roulant pour souris Projet J.C. Platel: Comment l'environnement influence-t-il le développement neuronal Evolution 1 Système adaptable sur platine de microscope Zeiss

43 Mécanique Projet C. CHARDES et P. MANGEOL DLSM: Enceinte thermostée avec CO 2 5% Première étude

44 Projets d équipement Imprimante 3D Technologie: FDM Précision de positionnement X & Y de 60 µm Précision de positionnement Z de 1 µm Résolution d'impression : de 50 microns à 280 µm Matériaux supporté : PLA-ABS-NINJAFLEX-NYLON-PETT-PVA-HIPS- LAYWOOD-BENDLAY. Perspectives: Portes échantillons à façon et pièces diverses. Protocole de mort cellulaire suivant matériaux.

45 Projets d équipement Portique CNC Dimensions Table : 1284 x 648 mm Axe X : 1000 mm Axe Y : 500 mm Axe Z : 200 mm Broche 2KW Résolution des mouvements : - de 1 µ / pas Précision générale : 0,05 mm Perspectives: Usinage plaques de plexiglass et Aluminium. Usinage et retouche de pièce en plexiglass, Aluminium, inox... Option 4 axes

46 MERCI DE VOTRE ATTENTION

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