Diagnostic des infections à Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC)

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1 Diagnostic des infections à Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) Enquête auprès des laboratoires hospitaliers de bactériologie Rapport rédigé par Henriette de Valk et Bénédicte Decludt (Réseau National de Santé Publique) INTRODUCTION Depuis une dizaine d'années, les infections causées par les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC), et plus particulièrement par le sérotype O157:H7, apparaissent comme un problème de santé publique en Amérique du Nord et en Europe. En France, une étude, réalisée en en collaboration avec la Société de Néphrologie Pédiatrique, l'unité des entérobactéries de l'institut Pasteur et le Laboratoire de Microbiologie de l'hôpital Robert Debré, a montré que 86 % des cas de syndromes hémolytiques et urémiques (SHU) typiques chez les enfants de moins de 15 ans étaient associés à une infection à EHEC, avec une forte prévalence du sérogroupe O157 [1]. Compte tenu des résultats de cette étude et du potentiel épidémique des infections à EHEC comme l'ont montré récemment les épidémies du Japon et d'ecosse, il a été décidé de poursuivre la surveillance des SHU afin de suivre les tendances spatio-temporelles de la maladie et de détecter des phénomènes épidémiques. De plus, afin de permettre une détection plus précoce d'épidémie, il a été recommandé d'étudier la faisabilité d'étendre la surveillance des SHU à d'autres pathologies provoquées par les EHEC, en particulier la diarrhée sanglante et/ou la diarrhée simple. Dans ce cadre, le Réseau National de Santé Publique (RNSP) a réalisé en collaboration avec les laboratoires hospitaliers de bactériologie une enquête ayant les objectifs suivants : - faire un inventaire des différentes méthodes de recherche des EHEC utilisées dans les laboratoires hospitaliers de bactériologie. - estimer le nombre d'examens de recherche d'ehec réalisés en 1996 dans ces laboratoires. METHODES L'enquête a été réalisée auprès de l'ensemble des laboratoires hospitaliers participant au contrôle de qualité de bactériologie de l'agence du Médicament. Un courrier leur a été adressé le 13 mai 1997, accompagné d'un questionnaire sur les activités de recherche des EHEC et une enveloppe pré-affranchie pour le retour de cette fiche au RNSP. Le 11 juin 1997, un deuxième courrier à été envoyé aux laboratoires n'ayant pas encore répondu. Les informations collectées concernaient les activités et méthodes de recherche des infections à EHEC réalisées dans le laboratoire en 1996, le nombre d'examens réalisés et le nombre de résultats positifs pour les EHEC, les indications pour lesquelles ces examens étaient réalisés, et les raisons éventuelles pour ne pas réaliser la recherche d'e.coli O157 sur gélose MacConkey-sorbitol [annexe 1]. La saisie et l'analyse des données a été réalisée à l'aide du programme Epi Info version 6.02 (CDC Atlanta USA). RESULTATS Participation Trois cent dix sept (78%) des 409 laboratoires contactés ont participé à l'enquête [annexe 2]. La participation a été importante surtout pour les laboratoires des Centres Hospitaliers (CH) et des Centres Hospitaliers Universitaires (CHU) (tableau 1). Tableau 1 : Participation des laboratoires hospitaliers selon le type d'établissement

2 Recherche des EHEC Parmi les 317 laboratoires qui ont répondu, 108 (34%) pratiquent au moins une technique de recherche des EHEC (tableau 2). Tableau 2 : Activité de recherche des EHEC La proportion de laboratoires pratiquant au moins une technique est plus élevée dans les laboratoires qui travaillent avec des services de pédiatrie et dans les laboratoires des CHU (tableau 3). Tableau 3 : Recherche des EHEC selon le type de service et le type d'établissement Techniques utilisées Techniques utilisées dans les laboratoires a) Culture sur gélose MacConkey-sorbitol Cinquante sept (18%) de l'ensemble des laboratoires réalisent la recherche d'e. coli 0157 par culture sur gélose MacConkey-sorbitol. Après identification des colonies sorbitol-négatives, les analyses réalisées étaient les suivantes (tableau 4).

3 Tableau 4 : Type d'examens réalisés après identification de colonies négatives sur gélose MacConkey-sorbitol dans 57 laboratoires b) Autres techniques de recherche Soixante (19%) laboratoires utilisent des techniques autres que la culture sur gélose MacConkey-sorbitol (tableau 5). Tableau 5 : Examens de recherche des EHEC autres que par culture sur gélose MacConkey-sorbitol réalisés dans 60 laboratoires Examens de recherche des EHEC transmis à l'extérieur Quatre-vingt six (27%) laboratoires transmettent des examens de recherche des EHEC à un autre laboratoire. Quarante et un (13%) laboratoires transmettent les prélèvements pour la réalisation de la recherche d'e. coli 0157 par culture sur gélose MacConkey-sorbitol, et 64 (20%) les transmettent pour la réalisation de cette technique associée à d'autres techniques. Ces autres techniques concernent la recherche directe dans les selles par PCR des gènes codant les toxines VT1 et VT2, la sérologie, la recherche des vérotoxines libres et le typage des souches. Indications de recherche des EHEC

4 Le motif le plus fréquemment cité pour rechercher des EHEC était la demande du clinicien devant un cas de SHU, ou devant des diarrhées sanglantes (tableau 6). Tableau 6 : Indications pour la recherche des EHEC en 1996 Nombre de recherche des EHEC en 1996 Recherche sur gélose MacConkey-sorbitol La majorité des laboratoires réalisant la recherche d'e. coli O157 par culture sur gélose MacConkey-sorbitol dans leur laboratoire, avaient effectué entre 1 et 9 examens en 1996 (tableau 7). Tableau 7 : Estimation du nombre d'examens de recherche d'e. coli O157 par culture sur gélose MacConkey-sorbitol réalisés en 1996 Recherche par d'autres techniques Parmi les 69 laboratoires ayant donné une estimation du nombre de recherche des infections à EHEC effectué par d'autres techniques que par culture sur gélose MacConkey-sorbitol, la majorité avaient réalisé entre 1 et 9 examens en 1996 (tableau 8). Tableau 8: Estimation du nombre de recherche des infections à EHEC par d'autres techniques que par culture sur gélose MacConkeysorbitol, effectué ou transmis en 1996

5 L'absence de données précises sur le nombre d'examens réalisés n'a pas permis de calculer la proportion d'examens positifs. Raisons pour ne pas réaliser la recherche d'e.coli O157 par culture sur gélose MacConkey-sorbitol Parmi les 260 laboratoires ne réalisant pas la recherche de E.coli O157 par culture sur gélose MacConkey-sorbitol, 252 en ont spécifié les raisons. Une incidence d'infection à EHEC peu importante ou inconnue, la non disponibilité de la technique et l'absence de demande des cliniciens étaient les raisons les plus fréquemment citées (tableau 9). Tableau 9 : Raisons pour ne pas réaliser la recherche d'e.coli O157 par culture sur gélose MacConkey-sorbitol DISCUSSION Compte tenu de l'importance des infections à EHEC et plus particulièrement du sérogroupe O157 dans la survenue des cas de SHU en France, et du potentiel épidémique de ces infections, il a été recommandé d'étudier la faisabilité d'étendre la surveillance des SHU à d'autres pathologies provoquées par les EHEC. L'objectif de notre enquête était de faire un inventaire des différentes méthodes de recherche des EHEC utilisées dans les laboratoires hospitaliers de bactériologie afin de contribuer à la discussion sur la faisabilité et les modalités d'une telle surveillance. L'excellente participation des bactériologistes a permis d'obtenir des informations pour 78% des laboratoires. Les résultats de notre enquête indiquent que seulement 34% des laboratoires réalisent la recherche d'ehec. La plupart d'entre eux réalisent ces examens à la demande du clinicien, principalement devant un cas de SHU. Une minorité réalise cette recherche systématiquement, le plus souvent devant une diarrhée sanglante, plus rarement pour toute diarrhée. La recherche des EHEC est plus fréquemment réalisée dans les laboratoires travaillant avec des services de pédiatrie que dans ceux travaillant avec des services accueillant des adultes. La recherche d'e. coli O157 sur gélose MacConkey-sorbitol, recommandé, entre autre, au Royaume-Uni [2], [3], en Italie [4], en Finlande [5] et aux Etats Unis [6] comme test de dépistage des infections à E. coli 0157, est peu pratiquée en France. Seulement 18% des laboratoires ont

6 aux Etats Unis [6] comme test de dépistage des infections à E. coli 0157, est peu pratiquée en France. Seulement 18% des laboratoires ont répondu avoir utilisé cette technique. L'impression que l'incidence des EHEC est trop peu importante, ou le manque de données sur cette incidence, étaient les raisons principales pour ne pas utiliser cette technique. Celle-ci pourrait également être à l'origine de l'absence de demande des cliniciens, signalé par 25% des laboratoires. La possibilité d'infection par des EHEC appartenant à d'autres sérogroupes et l'apparition de souches de E.coli O157 fermentant le sorbitol, non détectables sur gélose MacConkey-sorbitol, étaient également citées comme raisons pour ne pas utiliser cette technique. Un autre motif important de ne pas réaliser la recherche d'e. coli O157 sur gélose MacConkey-sorbitol était le fait que ce milieu doit être préparé spécialement et ne se conserve pas. Ceci entraîne une augmentation des coûts et de la charge de travail d'autant plus importante que la demande est peu fréquente. Si elle est réalisée en routine, la recherche d'e. coli O157 sur gélose MacConkey-sorbitol, est généralement considérée comme une technique relativement simple, peu coûteuse et qui demande peu de travail [7]. Néanmoins, le coût par culture positive dépend de l'incidence locale, qui est dans la plupart des cas inconnue, et de l'indication pour la réalisation de cette recherche. Aux Etats Unis, le coût par examen de recherche d'e.coli O157:H7 a été estimé à 5,5 francs. Le coût par examen positif variait de 915 à 200 francs s'il est réalisé sur tout examen de selles ou devant toute diarrhée sanglante [7]. En France, le peu de données actuellement disponibles sur l'incidence des diarrhées, simples ou sanglantes, par les E.coli O157 ne permet pas d'évaluer ces coûts. Des techniques de recherche autres que la culture sur gélose MacConkey-sorbitol sont utilisées par 19% des laboratoires, dont la majorité est basée sur une agglutination par antisérum O157 sur des colonies isolées sur des milieux différents. Ces techniques varient beaucoup entre les laboratoires. Les résultats de l'enquête indiquent que, dans l'état actuel des pratiques de recherche des EHEC, une surveillance des infections à EHEC, autre que le SHU, reposant sur un réseau de laboratoires n'est pas réalisable. Par ailleurs, nous ne disposons pas en France de données épidémiologiques suffisantes sur les pathologies provoquées par les infections à EHEC, en dehors des SHU, pour orienter des recommandations sur les circonstances dans lesquelles une recherche des EHEC doit être réalisée. Une première étape serait d'estimer l'incidence des diarrhées à EHEC au travers d'une étude ponctuelle afin de préciser l'importance du problème. Un groupe de travail, associant microbiologistes et épidémiologistes, pourra alors formuler des propositions sur les critères de recherche d'infections à EHEC et les techniques les plus appropriées. Retour au sommaire Références Institut de veille sanitaire Mise en ligne le 23 janvier 1998 CONTACTS