Tests diagnostiques en infectiologie

Transcription

1 Tests diagnostiques en Infectiologie François BOUCHER MD, FRCPC Objectifs 1. Savoir choisir le test diagnostique le plus approprié pour le diagnostic précis des maladies infectieuses chez le nouveau-né et l'enfant; 2. Comprendre et décrire les limitations des tests diagnostiques par l'exemple de l'utilisation de tests de façon inappropriée ou inutile. Plan "The Good, the Bad, and the Ugly " Diagnostic des infections bactériennes Diagnostic des infections virales ABC de la sérologie Diagnostic moléculaire Test diagnostiques en maladies infectieuses pédiatriques "The Good" Diagnostic définitif Résultats suggestifs Aides au diagnostic "The Bad" Tests inappropriés "The Ugly " Tests inutiles Résultats ininterprétables Le Futur dès maintenant! Tests de diagnostic moléculaire en usage The Good Diagnostic positif HIV-PCR Cultures virales Tests de dépistage rapide des virus Résultats suggestifs Protéine C-réactive et infection bactérienne Enzymes hépatiques et infections à herpèsvirus Agglutinines froides et Mycoplasma pneumoniae Aides au diagnostic: ils entrainent une modification de la prise en charge Tests de sensibilité bactérienne Anticorps hétérophiles et MNI à EBV Septembre

2 The Bad Tests inappropriés Radiographie de contrôle dans la pneumonie de l'enfant: non indiquée à moins de complications "Sérologie virale" pour le diagnostic des infections virales Charge virale du VIH pour le diagnostic de l'infection périnatale à VIH Tests sérologiques après transfusions ou infusion d'igiv The Bad Résultats confondants Cultures urinaire de CMV chez nouveau-né > 3 semaines Culture de selles positive pour C. difficile Cultures de gorge positives pour streptocoques Groupe-C or G The Ugly Tests inappropriés ou inutiles "TORCH screen" CMV IgM pendant la grossesse Diagnostic de l'infection urinaire sur un spécimen prélevé par sac "Crypto LA" test sur LCR au CHUL Antigènes bactériens sur le LCR (Directigen) Tests qui ne sont pas réalisés Culture de gorge pour SGA Culture d'urines avant d'administrer des antibiotiques Tout pus qui n'est pas cultivé Avant tout: Pourquoi effectuer ce test? Cela aidera-t-il vraiment à élininer ou confirmer le diagnostic? Le résultat modifiera-t-il la prise en charge clinique de ce patient? Dépistage antigénique de l'influenza Dépistage antigénique de l'adenovirus PCR sur le LCR pour entérovirus et méningocoque Avant tout: Quel test demander? Culture Bacterienne Virale Mycobactéries Atypiques Détection antigénique Sérologie Diagnostic moléculaire Etc. Septembre

3 Avant tout: Quel test demander? Culture Bacterienne Virale Mycobactéries Atypiques Détection antigénique Sérologie Diagnostic moléculaire Etc. NE PAS LAISSER LA PRÉPOSÉE DÉCIDER DU TEST À DEMANDER!!! Avant tout: Comment bien effectuer le prélèvement? Culture d'urines Document de la SCP AAP 2002 Gorge Technique appropriée Cultures virales Toujours penser "Culture" pour le diagnostic, "Sérologie" pour l'état d'immunité Hémocultures En prélever DEUX si cathéter présent! Cultures de selles et recherche de parasites Deux, c'est suffisant Avant tout: Comment interpréter le résultat? Contexte clinique Mononucléose infectieuse Diarrhée post-antibiotiques vs colite à C. difficile Agglutinines froides et M. pneumoniae Connaître les valeurs normales de votre laboratoire Particulièrement pour les tests sérologiques "S-IB" sur l'antibiogramme? Pourquoi un antibiotique n'est pas inclus à l'antibiogramme? En cas de doute: Appelez les techniciens Avant tout: Comment interpréter le résultat? Valeurs prédictives positive et négative (VPP+ et VPP-) Rapport de vraisemblance (RV+ et RV-) Valeurs prédictives Valeur prédictive positive (VPP): Le pourcentage des individus ayant un résultat positif qui sont actuellement atteints de la maladie. VPP = VP / (VP + FP) Valeur Prédictive Négative (VPN): Le pourcentage des individus ayant un résultat négatif qui sont actuellement exempts de la maladie. VPN = VN / (VN + FN) Rapport de vraisemblance Pour un résultat donné, c'est le rapport de la probabilité d'être malade sur la probabilité de ne pas l'être RV+: La probabilité qu'un résultat positif soit trouvé chez un patient avec, versus sans, la maladie. RV+ = Sensibilité / (1 - Spécificité). RV+ = [VP / (VP + FN)] / [FP / (FP + VN)] RV-: La probabilité qu'un résultat négatif soit trouvé chez un patient sans, versus avec, la maladie. RV- = (1- Sensibilité) / Spécificité. RV- = [FN / (VP + FN)] / [VN / (FP + VN)] Septembre

4 Courbe d'efficacité du récepteur (Receiver Operating Characteristic) Rapport de vraisemblance ("Likelihood ratio") Les rapports de vraisemblance (" likelihood ratios ") sont des indices qui facilitent le calcul de la probabilité post test de maladie. Ils correspondent, pour un résultat d'examen donné, au rapport de la probabilité d'être malade sur la probabilité de ne pas l'être. Il varie donc selon que le résultat de l'examen diagnostique est positif ou négatif. Le rapport de vraisemblance d'un test positif est le rapport (sensibilité/1-spécificité). Le rapport de vraisemblance d'un test négatif est le rapport (1- sensibilité/spécificité) Rapport de vraisemblance ("Likelihood ratio") L'ampleur du changement de la probabilité de maladie que l'on avait avant le test à celle que l'on obtient après le test varie selon le rapport de vraisemblance. Plus le rapport de vraisemblance d'un test est grand et plus le rapport de vraisemblance d'un test négatif est petit, plus le test est utile cliniquement (voir le tableau). Plus le rapport de vraisemblance d'un test positif est élevé, plus il nous permet de confirmer la maladie. Plus le rapport de vraisemblance d'un test négatif est petit, plus il nous permet d'exclure la maladie. Infections bactériennes Culture de gorge Culture de dépistage inappropriée (sauf FKP) Recherche de pathogènes spécifiques: Streptococcus pyogenes (Groupe A) Corynebacterium diphtheriae Neisseria gonorrheae (ensemencement au chevet) Arcanobacterium haemolyticum (Milieu HBA: "Human blood agar") Test de dépistage rapide Peu sensible ( 70%) Confirmer un résultat négatif par culture (AAP) Interprétation des streptocoques groupe C et G? Protéine C-réactive "Acute-phase reactant" Partie de la réponse inflammatoire Augmente plus rapidement que la VS Plus spécifique que la VS pour les infections bactériennes PCR aussi observée S/P chirurgie Infections à Adenovirus Infections bactérienes chez patients neutropéniques et chez le nouveau-né, même prématuré Septembre

5 Protéine C-réactive Utile au diagnostic des infections bactériennes Chez les enfants fébriles en général Enfants fébriles et neutropéniques Sepsis chez le nouveau-né Utile au suivi des infections bactériennes Réponse clinique dans l'ostéomyélite et l'arthrite septique Suivi clinique chez les nourrissons Pas utile au diagnostic de la bactériémie occulte Délai de heures Anticorps anti-sga: ASLO, Strepacol ou Streptozyme? ASLO: standard historique Strepacol Mesure qualitative et semiquantitative Détecte l'aslo (166 Todd units) ET d'autres anticorps à des antigènes extracellulaires du SGA Streptolysine Streptokinase Hyaluronidase DNAse NADase Plus sensible que l'aslo: 20% ASLO et Strepacol Positifs chez patients atteints de Pharyngite à SGA RAA Glomerulonéphrite post-sga Cellulite invasive ou non Cinétique Positivé en-dedans d'une semaine du début de l'infection Pic en 3-5 semaines Disparition en 6-12 mois après traitementt C. Difficile chez l'enfant Première bactérie qui colonise l'intestin néonatal Portage asymptomatique fréquent: Nouveau-né (ad 1 mois): 15% à 64% 1-2 ans: 3 à 33% 3-18 ans: 5 à 8% Peut être retrouvé avec d'autres entéropathogènes Pourquoi le nourrisson colonisé est-il asymptomatique? Récepteurs à la toxine sur les entérocytes Absents? Non. Diminution de l affinité pour les toxines A et B Rôle protecteur de la couche de mucine Des anticorps maternels Immaturité immunitaire Réponse inflammatoire moindre? Rôle de l allaitement maternel Colonisation moins fréquente à 6mois avec AM Protection par les anticorps d origine maternelle Présentation clinique chez l'enfant: Colite aigue A. Diarrhée profuse en général (± sévère) B. Diarrhée sanglante Douleurs abdominales Signes généraux suggestifs: Fièvre Toxicité systémique Leucocytose Mégacôlon toxique Colite pseudo-membraneuse à la colonoscopie McFarland. J Ped Gastroenterol Nutr 2000;31:220 Septembre

6 Présentation clinique chez l enfant: Colite prolongée Tests diagnostiques pour la toxine du C. difficile Diarrhée prolongée Perte de poids Ballonnement abdominal Poutanen. CMAJ 2004;171(1):51 En pédiatrie (SCP 2000) éviter de demander le test de recherche de toxine si le patient ne présente pas un tableau clinique suggestif de CACD Penser d abord à: Diarrhée d origine virale Diarrhée post-antibiotiques (sans signes de colite) Intolérance au lactose Etc. Tests de sensibilité aux antibiotiques In vitro Kirby-Bauer E-test D-test Sensibilité des bactéries aux antibiotiques : CMI La détermination de la sensibilité des bactéries aux antibiotiques : CMB 8 µg/ml On dilue l antibiotique dans des tubes successifs On incube les bactéries pendant 24 heures 8 µg/ml Un volume précis de milieu de culture en provenance des tubes «clairs» est ensemencé sur un milieu de culture CMI = 1 µg/ml Après 24 heures, on observe une croissance Bactérienne dans certains tubes CMB = 2 µg/ml Après 24 heures, on observe une croissance sur certains milieux Septembre

7 Tests diagnostiques en infectiologie Kirby-Bauer Disk-Diffusion test E-Test This Etest strip contains graduated concentrations of ampicillin ranging from µg/ml (not shown) to 256 µg/ml placed on an agar plate growing Escherichia coli. Since the intersection of the growth-inhibition margin lies between two minimum inhibitory concentrations (MICs) 0.38 and 0.5 µg/ml the test is interpreted at the highest value (0.5 µg/ml). This organism is defined as susceptible since the MIC lies below the breakpoint of 8 µg/ml or lower. D-Test Détection des BLSE par le E-test Positive double disk diffusion test (D-Test) shows induction of clindamycin (CC) resistance by erythromycin (E) in this methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolate. This is indicated by the blunting of the clindamycin zone of inhibition, which appears as a D shape. Confirmatory extended-spectrum ß-lactamase (ESBL) with use of the Etest. The strip on the left contains cefotaxime + clavulanic acid (CTL) and cefotaxime (CT). The strip on the right contains ceftazidime + clavulanic acid (TZL) and ceftazidime (TZ). The organism is ESBL-positive based on the deformation of the CT ellipse, but may also be determined by the CT and TZ minimum inhibitory concentrations (MICs) and the CT:CTL MIC ratio or the TZ:TZL MIC ratio. Specimens pour culture virale Infections virales Septembre 2010 Les virus sont des parasites cellulaires Obtenir des cellules! Au fond d'ulcères ou de vésicules non croûtées Écouvillon à la marge anale plutôt que culture de selles Épithelium respiratoire: nasopharynx (profond) Urine: cellules desquamantes Éviter les écouvillons à l'alginate de calcium: Coton meilleur! 7

8 Specimens pour culture virale Specimens pour culture virale Infection Virus Preferred specimen Infection Virus Preferred specimen CNS (encephalitis, aseptic meningitis) Eye (conjunctivitis, keratitis) GI tract Genital tract Heart Enterovirus HSV Mumps Rabies Adenovirus, enterovirus, HSV Adenovirus Rotavirus, Norovirus HSV Coxsackievirus B, Influenza A/B CMV Throat, rectal swab, CSF CSF, vesicle fluid, brain Bx Throat swab, urine, CSF Biopsy (nape of the neck) Throat, conjunctival swab, corneal scrapings Stool or rectal swab EIA or EM on stool Vesicle fluid, endocervical swab Throat, stool, rectal swab, Pericardial fluid Throat, Pericardial fluid, urine Hepatitis Mononucleosis Respiratory tract Hep A, B & C, EBV CMV Enterovirus EBV CMV HIV Adeno, Cox, ECHO HSV CMV Enterovirus Influenza Parainfluenza RSV Rhinovirus Not cultured Throat, urine, liver Throat, rectal swab, urine Not cultured Urine Blood (RT-PCR) Throat swab or wash Oral swab Throat swab, urine Throat swab, rectal swab Throat or nasal swab Nasopharyngeal aspirate Nasal swab or wash Specimens pour culture virale Infection Urinary tract Rash: vesicular Rash: Maculopapular Virus Adenovirus, CMV HSV, VZV, Vaccinia Adeno, enterovirus Parainfluenza, RSV Rubella, Rubeola Preferred specimen Urine Vesicle fluid or cells Throat or rectal swab Nasopharyngeal aspirate Usually not cultured Sérologie Tests sérologiques Résultats des tests sérologiques: Interprétation pour le diagnostic Surtout pour la détermination du statut immunitaire IgG VZV: enfants > 14 ans avec histoire négative de varicelle, avant la vaccination IgG Rubéole: femmes jeunes, ou enceintes IgG Parvovirus B19: femmes enceintes CMV IgG: femmes travaillant en garderie qui souhaitent une grossesse IgG Toxoplasmose: femmes enceintes Sérologie des "Entérovirus": pas utile Etc. Le Standard: deux tests à deux semaines d'intervalle Changement de deux dilutions ou plus dans une direction ou l'autre (= variation x4 du titre) Mais Un test positif pour Mycoplasma pneumoniae Titre FC > 1:32 corrobore une suspicion basée sur un diagnostic clinique compatible Apparition et persistance des anticorps: Tableau Septembre

9 Anticorps d'origine maternelle: Persistance chez le nourrisson Réponse sérologique à l'infection aigue par le virus HBV avec guérison Agent ou maladie Cytomégalovirus Toxoplasma gondii Syphilis VIH Hépatite C Persistance des Ac acquis par voie trans-placentaire 4-9 mois 8 mois VDRL: 6 mois Tests spécifiques (FTA-ABS): mois mois mois Réponse sérologique à l'infection aigue par le virus HBV avec chronicisation Sérologie HBV: Interprétation des résultats Stade de l'infection Infection précoce Infection primaire Infection passée ou immunisations Immunité naturelle Hépatite chronique Hépatite chronique active Présence des anticops Négatif ou Anti-HBc + (Total et IgM) AntiHBc + (Total et IgM) et HBsAg +. HBV-DNA. Anti-HBs + Anti-HBc + VCA IgG (élevé) ± EA (élevé), EBNA +. HBsAg + et HBeAg + Diagnostic de l'infection à EBV : Anticorps hétérophile Le test de Paul-Bunnell est désormais remplacé par des tests plus sensibles basés sur l'agglutination ou l'elisa, utilisant un antigène purifié Sensibilité: 85% pour la MNI causée par l'ebv Un test positif est diagnostic: 60% en-dedans de 2 semaines 80-90% en un mois Négativation en 3-6 mois Diagnostic de l'infection à EBV : Anticorps hétérophile Faux positifs: 3% Persistance à des niveaux faibles après l'infection aigue Hépatite A ou B Leucémie, lymphome Carcinome du pancréas Faux negatifs: 10-15% Enfants < 5 ans (50%?) 10% des patients avec MNI causée par EBV IM ne forments jamais d'ac heterophiles Septembre

10 Réponse sérologique à l'infection aigue par le virus EBV avec guérison Sérologie HBV: Interprétation des résultats Stade de l'infection Primaire Convalescent ou ancien Réactivation Présence des anticorps VCA IgM ou IgG (habituellement élevé) ± EA (élevé), EBNA Négatif VCA IgG ± EA (faible), EBNA +. VCA IgG (élevé) ± EA (élevé), EBNA +. Incidence approximative des infections périnatales non bactériennes Infections congénitales CMV HSV Syphilis Toxoplasma Rubéole 1% des naissances vivantes (5-20% nourrissons de 1-2 mois) pour 1000 naissances pour 1000 naissances pour 1000 naissances ~ Zéro Pourcentage des infections congénitales inapparentes CMV > 90% Rubéole 60-70% Toxoplasmose 75% Syphilis 50% HSV rare; < 5% Diagnostic des infections périnatales TORCH a été pendant longtemps un acronyme utile mais a conduit à la prescription d'un test diagnostic inexistant et difficile à interpréter: la "Sérologie du TORCH" La sérologie est parfois le meilleur moyen de diagnostiquer certaines infections périnatales, (i.e. syphilis, toxoplasmose, parvovirus) mais n'a AUCUNE utilité dans la plupart des cas (i.e: HSV, CMV, entérovirus, VIH) Septembre

11 Diagnostic des infections périnatales non-bactériennes en 2008 Toxoplasmose congénitale: Diagnostic Sérologie CMV - HSV - Toxoplasmose ++++ Rubéole +/- Syphilis +++ *: inoculation à l'animal Culture * * Histopath PCR Histoire clinique et résultats de laboratoire Éhographies Sérologie maternelle PCR sur le liquide amniotique Chez l'enfant: Sérologie IgG, IgM, IgA PCR Sang, LCR, urine Tomographie axiale cérébrale Examen ophtalmologique Toxoplasmose congénitale: Diagnostic La sérologie (IgM) est actuellement le meilleur moyen de dépistage chez le nouveau-né MAIS les tests commercialement disponibles sont peu fiables (souvent faussement positifs) Une sérologie négative chez la mère ou le nouveauné infirme ce diagnostic Un test IgM positif nécessite confirmation par un laboratoiree de référence (Palo Alto Foundation TSL) Tests d'avidité des IgG Inoculation à l'animal PCR Diagnostic moléculaire Tests diagnostiques moléculaires: Amplification In vitro Polymerase-Chain-Reaction 1. Amplification de séquence génomique Polymerase chain reaction (PCR) Transcription-mediated amplification (TMA) Nucleic acid sequence based amplification (NASBA) (tests de charge virale) Strand displacement amplification (SDA) PCR en temps réel 2. Amplification du signal Branched-chain DNA (bdna) Hybrid capture (HC) Invader Septembre

12 Évolution du PCR Tests de diagnostic moléculaire actuellement disponibles Reverse-Transcriptase PCR: RT-PCR Real-Time PCR: Q-PCR, qrtpcr, KPCR Etc PCR B. pertussis N. meningitidis N. gonorrheae M. tuberculosis M. pneumoniae C. trachomatis B. burgdorferi Legionella pneumophila Hépatite B Hépatite C HSV, CMV, EBV, VZV Parvovirus B19 HHV-8 (Sarcome de Kaposi) Human papillomavirus (HPV) Métapneumovirus humain Grippe porcine et autre Tests de diagnostic moléculaire actuellement disponibles Tests de diagnostic moléculaire disponibles RT-PCR IH Coronavirus (SARS-CoV) Entérovirus (Coxsackie & ECHO) (myocarde, sang, LCR) EBV ("Real-time" RT-PCR sur les tissus, le sang, le LCR ou la salive) Hépatite C Rotavirus (RT-PCR et Real-time RT-PCR) Real-time PCR SGB MRSA et ERV B. pertussis M. tuberculosis B. burgdorferi HSV, VZV CMV (tissus, sang, plasma) EBV HHV-8 (Kaposi) HIV M. pneumoniae Influenza virus RSV Adenovirus Human metapneumovirus Parvovirus B19 Tests de diagnostic moléculaire disponibles Hybridation In situ (ISH) CMV Coxsackievirus (myocarde, sang, LCR) Hépatite B Hépatite C HSV HHV-8 Fluorescent in situ hybridization (FISH) bdna Hépatite C Merci! François Boucher, MD, FRCPC Septembre