MANUEL DE PRELEVEMENT / REPERTOIRE DES ANALYSES DE MICROBIOLOGIE DU LABORATOIRE BIOTOP

Transcription

1 MICROBIOLOGIE DU Table des matières INTRODUCTION...2 REMARQUES GENERALES...2 Prélèvements à visée diagnostique...2 Prélèvements à visée épidémiologique...2 Renseignements cliniques...3 MATERIEL MIS A DISPOSITION ET RECOMMANDE PAR LES S Ecouvillons Description du matériel Modalités d utilisation Ecouvillons Σ-VCM, et Transwab...6 (Σ-TRANSWAB (violet), Σ-TRANSWAB (orange)ou FECALTRANSWAB) Ecouvillon DRYSWAB et milieu REMEL Flacons stériles...8 PRECONISATIONS PRE-ANALYTIQUES ET PROTOCOLES DE PRELEVEMENT URINES : ECBU ET AUTRES RECHERCHES SPECIFIQUES Préconisations Protocole de recueil des urines en vue d un ECBU Protocole standard Prélèvement avec sac collecteur (pour les enfants) Sondage à demeure (SAD) Prélèvement par sondage chez les patients incontinents SELLES : COPROCULTURE / EXAMEN PARASITOLOGIQUE SANG : HEMOCULTURES ET RECHERCHES DE PARASITES (PALUDISME...) PRELEVEMENT DE LA SPHERE GENITALE Prélèvement vaginal Préconisations Protocoles de prélèvement Prélèvement urétral Préconisations Protocoles de prélèvement Sperme Stérilet SPHERE ORL PRELEVEMENTS PULMONAIRES PRELEVEMENTS DE LCR ET LIQUIDES DE PONCTION PRELEVEMENTS DE PEAU ET PHANERE PRELEVEMENTS DE PUS, ABCES, BIOPSIES, OS BIOMATERIAUX...28 Page 1 sur 30

2 MICROBIOLOGIE DU INTRODUCTION Ce manuel spécifique des examens de microbiologie est destiné aux préleveurs internes et externes du laboratoire. Son objectif principal est d apporter un complément d informations au manuel de prélèvement MQ- MU3-001 nécessaire au respect des exigences du Guide de Bonne Exécution des Analyses de Biologie Médicale «GBEA version 2» et de la norme NF EN ISO «Laboratoires de biologie médicale : Exigences concernant la qualité et la compétence.». Il décrit les protocoles de prélèvements, indique les préconisations pré-analytiques ( et délai de transport) et les délais de rendu des résultats. REMARQUES GENERALES Prélèvements à visée diagnostique Ce sont des prélèvements dont les résultats conduisent à instituer (ou à modifier ou à surveiller) une thérapeutique. Ils comportent deux grands types : Prélèvements provenant de zones normalement stériles (hémocultures, LCR, biopsies...) : Ils doivent être prélevés à l aiguille en traversant la peau ou une muqueuse saine préalablement désinfectées ou en per-opératoire puis déposés dans des flacons stériles. Ces prélèvements sont invasifs, mais habituellement les meilleurs car non contaminés. Prélèvements provenant de zones habituellement colonisées par des germes variés (peau, muqueuses, plaies...) : Leur obtention est relativement aisée (écouvillonnage, aspiration...) mais la pathogénicité des germes retrouvés n est pas aisée à établir. C est la raison pour laquelle ces prélèvements superficiels doivent être limités le plus possible. Certains prélèvements par écouvillonnage fournissent des résultats difficiles à interpréter : escarres, ulcères variqueux lésions gangréneuses superficielles lésions buccales ou gingivales brûlures abcès péri rectaux Ces prélèvements doivent être remplacés, dans la mesure du possible, par une aspiration à l aiguille du liquide inflammatoire ou par une biopsie après nettoyage soigneux de la lésion. Prélèvements à visée épidémiologique Les résultats de ces prélèvements permettent la mise en évidence de bactéries à l origine d infections nosocomiales et/ou multi-résistantes aux antibiotiques : Entérobactéries productrices de béta-lactamases à spectre élargi (BLSE) Staphylococcus aureus résistant à la Méticilline (SARM) Page 2 sur 30

3 MICROBIOLOGIE DU Entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC) Entérocoques résistants à la Vancomycine (ERV) Ces prélèvements doivent être clairement distingués de ceux à visée diagnostique. Renseignements cliniques Les techniques microbiologiques étant très diverses, les renseignements cliniques fournis sont primordiaux pour l interprétation des résultats et l orientation vers une contamination, une colonisation ou une infection réelle : localisation du prélèvement antibiothérapie neutropénie / immunodépression principaux signes cliniques... notion de voyage en pays exotique... Ces renseignements sont à indiquer sur la fiche de suivi de prélèvement à joindre à l'ordonnance et à l échantillon biologique. Page 3 sur 30

4 MICROBIOLOGIE DU MATERIEL MIS A DISPOSITION ET RECOMMANDE PAR LES S 1. Ecouvillons 1.1 Description du matériel Type Photo Utilisation Temps de survie moyen des bactéries Σ-TRANSWAB (violet) : bouchon violet / écouvillon standard VAGIN GORGE BLESSURES Bactéries (aérobies, anaérobies, exigeantes) / MSRA 48H à T ambiante ou 2-8 C (24H si recherche de gonocoques) Σ-TRANSWAB (orange) : bouchon orange / écouvillon étroit et profond URETRE OEIL OREILLE NEZ Bactéries (aérobies, anaérobies, exigeantes) / MSRA 48H à T ambiante ou 2-8 C (24H si recherche de gonocoques) Σ-VCM : bouchon rouge, liquide rouge / écouvillon standard ou étroit VIRUS CHLAMYDIAE MYCOPLASMES UREAPLASMA GONOCOQUES NEISSERIA VAGIN : utiliser un kit avec écouvillon standard URETRE : utiliser un kit avec écouvillon fin 48H à T ambiante ou 2-8 C Page 4 sur 30

5 MICROBIOLOGIE DU FECALTRANSWAB : bouchon bleu / écouvillon standard RECTUM SELLES Entérobactéries Entérocoques 48H à T ambiante ou 2-8 C DRYSWAB + milieu REMEL : bouchon vert / écouvillon standard PRELEVEMENT NASOPHARYNGE PCR de Bordetella pertussis (coqueluche) A décharger dans le milieu de transport fourni et à amener le plus rapidement possible. Ecouvillon sec PRELEVEMENT NASOPHARYNGE POUR RECHERCHE DE GRIPPE 24 à 48H à T ambiante Page 5 sur 30

6 MICROBIOLOGIE DU 1.2 Modalités d utilisation Ecouvillons Σ-VCM, et Transwab (Σ-TRANSWAB (violet), Σ-TRANSWAB (orange)ou FECALTRANSWAB) Remarque : Le milieu des Transwab violet et orange est identique, seule la taille de l'écouvillon change : l'orange est plus fin, donc mieux adapté pour les yeux, les prélèvements urétraux et éventuellement le nez, la gorge, les oreilles (prélèvements ORL) le violet est plus gros, donc mieux adapté pour le prélèvement vaginal, les plaies et également le nez, gorge NB: un seul écouvillon par patient suffit. Noter la localisation exacte du prélèvement et préciser si possible, sur la fiche de renseignements cliniques, si un traitement antibiotique a été pris dans les jours précédant le prélèvement. La fiche de préconisation de prélèvement bactériologique sur écouvillon est fournie avec chaque kit de prélèvement : - DE-MU0-282 pour la recherche d EPC ou ERV - IT-MU0-068 pour les autres examens réalisés sur écouvillon Page 6 sur 30

7 MICROBIOLOGIE DU Ecouvillon DRYSWAB et milieu REMEL Maintenir la tête du patient inclinée en arrière. Insérer l écouvillon dans la narine et le pousser délicateemnt le plus loin possible, parallèlement au palais. (cf schéma) Le laisser en place quelques secondes puis le retirer lentement en lui imprimant un léger mouvement rotatif. Procéder de même pour l autre narine avec le même écouvillon. Plonger l écouvillon dans le milieu de transport : casser la tige manuellement pour permettre la fermeture étanche du bouchon. Page 7 sur 30

8 MICROBIOLOGIE DU 2. Flacons stériles Flacon pour analyse des urines Flacon pour analyse de selles Flacon pour compte d Addis (HLM) Flacon pour recueil sur 24 heures Flacon pour hémocultures Page 8 sur 30

9 MICROBIOLOGIE DU Flacon UMMT (stabilisateur de mycoplasmes) PRECONISATIONS PRE-ANALYTIQUES ET PROTOCOLES DE PRELEVEMENT Les tableaux suivants détaillent les conditions de prélèvement, de transport et de stabilité des échantillons en fonction de leur origine ainsi que les délais de rendu des résultats. Les délais indiqués sont des délais moyens pouvant être allongés de 24 à 48h en cas de nécessité de réaliser des tests complémentaires.. Page 9 sur 30

10 MICROBIOLOGIE DU 1. URINES : ECBU ET AUTRES RECHERCHES SPECIFIQUES 1.1 Préconisations ou + CONDITIONS Recherche de germes banals (ECBU) : Utiliser de préférence les premières urines du matin prélevées au milieu de la miction et placées dans un flacon stérile Il est possible de transférer les urines dans un tube boraté à transmettre avec le flacon. Cytologie cf. ECBU Recherche de Mycobactéries : Mettre le patient en diète hydrique la veille au soir et utiliser un récipient propre pour recueillir la totalité des urines du matin. A renouveler 3 jours de suite. Recherche de Chlamydia trachomatis et /ou Neisseria gonorrhoeae et/ou Mycoplasma genitalium : Utiliser les urines du 1er jet prélevées le matin et placées dans un flacon à urines. Recherche de Mycoplasmes urogénitaux : Utiliser les urines du 1er jet prélevées le matin et placées dans un flacon à urines. Compte d'addis ou HLM : 3 heures avant le lever, le patient doit vider sa vessie dans les toilettes, boire un verre d'eau, se recoucher et rester allongé au repos pendant 3 heures. Après ces 3 heures, uriner CONSERVATION TRANSPORT 2H à 12H à 2-8 C. 24H à ambiante pour les urines boratées. 2H à 12H à 2-8 C. 8 jours à 2-8 C. 1H à Jusqu'à 56h à +4 c si transfert dans UMMT. 3H à 24H à 2-8 C. COMMENTAIRES (voir protocole de recueil dans le chapitre suivant 1.2) Renseignements cliniques nécessaires : symptômes, sonde, traitement antibiotique... Préciser l heure de mise au frigo (ou en tube boraté, le cas échéant) Le résultat de la cytologie est non interprétable dans les cas de sondage à demeure. Examen de seconde intention au vu des premiers résultats de l'ecbu. Examen transmis au laboratoire Biomnis ou au CHRU de Lille. Examen effectué par PCR. Recherche de Mycoplasma genitalium seul = HN 28Є Délai de rendu des résultats 1 à 5 jours 1 jour 6 semaines 1 jour 1 jour Page 10 sur 30

11 MICROBIOLOGIE DU complètement dans le flacon et apporter les urines au laboratoire. Recherche de parasites (bilharziose) : Utiliser les premières urines du matin après effort modéré (monter les escaliers ou sautiller). 24H à Préciser le contexte épidémiologique (voyage, origine ) NB : Pour la pose de sonde, seuls les médecins et infirmiers sont habilités à effectuer ce prélèvement. Ce type de prélèvement n'est pas réalisé au laboratoire. 1 à 2 jours Si le délai d'acheminement ne peut être respecté, le laboratoire peut fournir aux Infirmiers, Médecins, Maisons de retraite et Hôpitaux, des tubes boratés sous vide afin de transvaser l'urine. L'échantillon peut alors être conservé jusque 24heures à 1.soulever la languette 2.mélanger par 8 à 10 retournements 3.bien repositionner la languette et percuter le tube boraté 1.2 Protocole de recueil des urines en vue d un ECBU Protocole standard Se laver soigneusement les mains. Faire une toilette du méat urinaire à l'aide de la lingette imprégnée de solution antiseptique (Chlorure de Benzalkonium) fournie ou avec de l'eau et du savon. Uriner le premier jet dans les WC. Uriner ensuite dans le flacon et le refermer soigneusement. Identifier le flacon. Une fiche de suivi de prélèvement bactériologique pour ECBU (DE-MU0-486) est fournie avec chaque kit de prélèvement Prélèvement avec sac collecteur (pour les enfants) Mettre l'enfant sur le dos, les jambes repliés. Se laver les mains, mettre des gants et nettoyer soigneusement la peau qui doit être propre et sèche. Détacher et jeter la découpe centrale de la poche et retirer le revêtement qui protège l'adhésif. Appliquer d'arrière en avant en massant pour obtenir une bonne adhérence. Ne pas dépasser 30 minutes de pose du sac collecteur. Page 11 sur 30

12 MICROBIOLOGIE DU Pour enlever la poche, soulever un coin et détacher doucement. Pour assurer l'étanchéité, coller l'adhésif face contre face, renforcer éventuellement avec un sparadrap. Placer la poche d'urine dans un flacon stérile. Identifier le flacon. Une fiche de suivi de prélèvement bactériologique pour ECBU bébé et jeune enfant (DE- MU0-599) est fournie avec chaque kit de prélèvement Sondage à demeure (SAD) Précautions de base : Respectez impérativement le système clos. Les sondes présentent un site de prélèvement sous forme d'une pastille. Clamper sous le site de prélèvement Attendre Après désinfection du site de prélèvement, récupérer l'urine fraîchement émise à la seringue ou en prélèvement sous vide (tube boraté ). Ne jamais prélever le sac collecteur Identifier le prélèvement Prélèvement par sondage chez les patients incontinents Respecter les règles d'asepsie (gants et compresses stériles,...). Utiliser une sonde courte à extrémité arrondie. Recueillir l'urine en milieu de jet. Enlever la sonde. Identifier le prélèvement. Page 12 sur 30

13 MICROBIOLOGIE DU 2. SELLES : COPROCULTURE / EXAMEN PARASITOLOGIQUE ou CONDITIONS Recherche de germes banals : Le patient peut émettre les selles dans un récipient propre puis transfère, à l aide d une spatule, une quantité équivalente à une noix dans le pot à coproculture fourni par le laboratoire. Dans le cas d analyses sur 24 heures, la totalité est recueillie. Quantité minimum de selles : 1 noix. Pour les bébés : couche ou échantillon des selles provenant de la couche. Dans la mesure du possible, recueillir un échantillon pathologique : liquide, glaireux, sanglant... CONSERVATION TRANSPORT 4H à 12H à 2-8 C. FECALTRANSW AB : 72H à ambiante ou à 2-8 C. COMMENTAIRES Remplir la fiche de renseignements cliniques (symptômes, traitement antibiotiques...). Délai de rendu des résultats Recherche de Clostridium difficile Écouvillonnage anal pour recherches spécifiques : Bactéries multirésistantes (à la vancomycine = ERV, Beta lactamase à spectre élargi = BLSE, productrices de carbapénépases = EPC, étude de portage... 24H à 5 jours à 2-8 C. FECALTRANSW AB : 48H à ambiante ou à 2-8 C. Examen effectué par PCR. A effectuer impérativement le matin au lever avant la toilette et les premières selles 1 jour Introduire l'écouvillon au niveau intra-rectal profond (comme pour une prise de rectale) Page 13 sur 30

14 MICROBIOLOGIE DU Recueillir obligatoirement des matières fécales Examen parasitologique des selles : L émission des parasites n étant pas continue, la recherche se fait de préférence sur 3 recueils avec 3 à 4 jours d'intervalle entre chaque prélèvement. Recherche d'amibes ou parasites hématophages : Sur rendez-vous. Recueil des selles au laboratoire de préférence. Recherche de sang dans les selles 4H à 12H à 2-8 C. 1/2H à 3 jours entre C 7 jours entre 2-8 C Remplir la fiche de renseignements cliniques (symptômes, notion de voyage récent, traitement antibiotiques...). Remplir la fiche de renseignements cliniques (symptômes, notion de voyage récent, traitement antibiotiques...). Se fait généralement 3 jours de suite Aucune restriction alimentaire 1 à 3 jours 1 jour 1 jour Scotch-test (recherche d oxyures) : Prélèvement le matin, au réveil, avant d'aller aux toilettes et avant la toilette. Appliquer un morceau de scotch cristal transparent, partie collante sur les plis de l'anus et développer le scotch de façon à déplisser les plis et l'appliquer sur toute la surface. Coller ensuite le scotch bien à plat sur une lame de verre sans faire de plis ni de bulles d air. Répéter cette opération 1 à 2 fois sur des lames différentes. Identifier les lames avec le nom et prénom du patient. 24H à Remplir la fiche de renseignements cliniques (symptômes, notion de voyage récent, traitement antibiotiques...). 1 jour Page 14 sur 30

15 MICROBIOLOGIE DU Recherche de Rotavirus ou Adenovirus ou Norovirus 6H à 72H à 2-8 C. 1 jour Page 15 sur 30

16 MICROBIOLOGIE DU 3. SANG : HEMOCULTURES ET RECHERCHES DE PARASITES (PALUDISME...) ou CONDITIONS Hémocultures : Sigma blood culture système (1 seul flacon) Recherche de germes aérobies et anaérobies. Après asepsie rigoureuse : avec de l alcool iodé, de la Bétadine ou de l alcool à 70, réaliser 2 applications séparées de 2 à 3 minutes sur les doigts du préleveur et la peau du malade ainsi que sur le bouchon de flacon d hémoculture. Prélever 10 ml de sang par ponction veineuse (seringue ou dispositif) avec un matériel stérile et les introduire immédiatement dans le flacon d hémoculture après avoir désinfecté le bouchon du flacon - Homogénéiser le flacon par 2 ou 3 retournements. Recherche de paludisme : Prélever de préférence au pic fébrile. CONSERVATI ON TRANSPORT 24H à 2H à COMMENTAIRES La décharge bactérienne dans le sang n étant pas toujours constante et pouvant être entravée par les substances inhibitrices (anticorps, antibiotiques), une série de 3 hémocultures sur 48 heures est nécessaire pour isoler le germe en cause. En cas de prélèvement simultané à un prélèvement de tubes : prélever le flacon d hémoculture en premier. Apporter au laboratoire le plus rapidement possible, à l abri de la lumière, mais l échantillon sera accepté jusqu'à 24h après le prélèvement. Le document «hémocultures et recommandations préanalytiques» (IT-MU0-127) est joint à chaque kit de prélèvement Noter les symptômes, la notion de voyage récent et la prise de traitements prophylactiques ou antibiotiques. Délai de rendu des résultats Maximum 5 jours pour un prélèvement négatif 14 jours si fongémie ou suspicion d endocardite Résultat partiel : < 2 h Résultat complet : 1 jour ou Recherche de parasites sanguins (leishmanies, filaires, trypanosomes) : 2H à Noter les symptômes, la notion de voyage récent et la prise de traitements prophylactiques ou Résultat partiel : < 2 h Page 16 sur 30

17 MICROBIOLOGIE DU Prélever à minuit ou midi pour les filaires. antibiotiques. Résultat complet : 1 jour 4. PRELEVEMENT DE LA SPHERE GENITALE Prélever avant antibiothérapie, hors période des règles, le cas échéant. Préciser la prise de traitement antibiotique Prélèvement vaginal Préconisations Délai d acheminement < 4 heures en cas d utilisation d un écouvillon autre que celui remis par notre laboratoire Page 17 sur 30

18 MICROBIOLOGIE DU CONDITIONS CONSERVATION TRANSPORT COMMENTAIRES Délai de rendu des résultats Examen bactériologique des leucorrhées (=ECBL) Recherche de strepto B Recherche de Mycoplasme : Prélever au niveau de l'endocol et le noter sur l'écouvillon. Σ-TRANSWAB (violet) : 48H à ambiante ou à 2-8 C. Sigma VCM (rouge) : 24-48H à 48-72H à 2-8 C. Absence de toilette vaginale dans les 12 heures qui précédent le prélèvement. Éviter le prélèvement pendant la période menstruelle car la flore est modifiée (sauf avis contraire du prescripteur). Analyse hors nomenclature 2 à 3 jours Recherche de Chlamydiae trachomatis : Prélever au niveau de l'endocol et le noter sur l'écouvillon. Recherche de Gonocoque : Prélever au niveau de l'endocol et le noter sur l'écouvillon. Recherche de Mycoplasma genitalium : Prélever au niveau de l'endocol et le noter sur l'écouvillon. Recherche d'herpes : Prélever le liquide des vésicules. ECBL SEUL : 1 Σ-TRANSWAB violet suffit. Sigma VCM (rouge) écouvillon normal : 24-48H à 48-72H à 2-8 C. VCM (rouge) écouvillon normal : 24-48H à 48-72H à 2-8 C. 1 seul écouvillon dans le milieu de transport pour Chlamydiae + Gonocoque + Mycoplasma genitalium. Recherche seule de Mycoplasma genitalium = HN 28Є Prise en charge par la sécurité sociale si Recherche d'herpes par Culture. Si Recherche d'herpes par PCR = HN 61Є. Examen réalisé chez Biomnis ou au CHRU de Lille. 1 jour Délai de transmission + maximum 20 jours ECBL AVEC MYCOPLASMES ET/OU CHLAMYDIAE GONOCOQUES MYCOPLASMA GENITALIUM ET/OU HERPES : 1 Σ-TRANSWAB + 1 VCM Page 18 sur 30

19 MICROBIOLOGIE DU Protocoles de prélèvement Prélèvement chez la femme pubère Poser un spéculum, visualiser le col Prélever au niveau du cul de sac vaginal postérieur et écouvillonner au niveau de lésion, le cas échéant En cas de recherche de chlamydiae, «moucher» le col avec une compresse montée sur une pince longuette afin d éliminer la glaire cervicale en excès puis introduire l écouvillon Remettre l'écouvillon dans le milieu de transport Prélèvement chez la fillette ou la jeune fille vierge Ecarter les lèvres délicatement Ecouvillonner l entrée du vagin sans traumatisme avec un écouvillon avec milieu de transport pour la bactériologie classique En présence d une vulvite, penser à rechercher la présence d oxyure au niveau de la marge anale par un scotch-test (appliquer un scotch transparent sur la marge anale de préférence le matin au réveil avant toute toilette et le coller sur une lame) Prélèvement chez la femme âgée et/ou grabataire Lavage soigné à l eau savonneuse de tout le périnée Spéculum facultatif Ecouvillonner au niveau du vagin avec l écouvillon avec milieu de transport pour la bactériologie classique Fermer correctement le système de prélèvement contenant l'écouvillon et le milieu de transport liquide Porter le plus rapidement possible au laboratoire REMARQUE : UN AUTO-PRELEVEMENT PEUT ETRE REALISE PAR LA PATIENTE (Cf. IT-MU0-168) Page 19 sur 30

20 MICROBIOLOGIE DU 4.2. Prélèvement urétral Préconisations Délai d acheminement < 4 heures en cas d utilisation d un écouvillon autre que celui remis par notre laboratoire Au laboratoire : le prélèvement se fait sur rendez-vous (sauf si un biologiste est disponible) CONDITIONS Prélèvement urétral : Introduire 1 écouvillon fin de 2 cm dans l'urètre. Tourner pendant 3-5 sec. CONSERVATION TRANSPORT Σ-TRANSWAB (orange) : 48H à ambiante ou à 2-8 C. COMMENTAIRES Le patient ne doit pas uriner dans les 2 heures qui précédent le prélèvement. Toilette avec désinfection depuis au moins 2 heures Délai de rendu des résultats Recherche de Chlamydiae trachomatis, de Mycoplasmes et de Gonocoque : Introduire l'écouvillon fin de 2 cm dans l'urètre. Tourner pendant 3-5 sec. Recherche d'herpes : Prélever au niveau urétral ou le liquide des vésicules. Sigma VCM (rouge) écouvillon fin : 24-48H à 48-72H à 2-8 C. Sigma VCM (rouge) écouvillon fin : 24-48H à 48-72H à 2-8 C. Toilette avec désinfection depuis au moins 2 heures Le test utilisé par les laboratoires est suffisamment sensible pour travailler sur un 1er jet d'urine et s'affranchir du prélèvement urétral dans le cadre de la recherche de Chlamydiae. Recherche seule de Mycoplasma genitalium = HN 28Є Toilette avec désinfection depuis au moins 2 heures Prise en charge par la sécurité sociale si Recherche d'herpes par Culture. Si Recherche d'herpes par PCR = HN 61Є Examen réalisé chez Biomnis ou au CHRU de Lille. PRELEVEMENT URETRAL SEUL : 1 Σ-TRANSWAB suffit sauf chez l homme : 1 Σ-TRANSWAB + 1 VCM (car recherche de Chlamydiae obligatoire) 2 à 3 jours Délai de transmission + maximum 20 jours PRELEVEMENT URETRAL AVEC MYCOPLASMES ET/OU CHLAMYDIAE GONOCOQUES MYCOPLASMA GENITALIUM ET/OU HERPES : 1 Σ-TRANSWAB + 1 VCM Si Chlamydiae + herpès : 2 VCM Page 20 sur 30

21 MICROBIOLOGIE DU Protocoles de prélèvement Homme Introduire l'écouvillon au niveau du méat urétral sur 1 cm Imprimer une légère rotation contre les parois pour recueillir des secrétions et des cellules épithéliales Remettre l'écouvillon dans le milieu de transport S'il existe un écoulement, récupérer la sérosité sur un écouvillon avec milieu de transport Femme Après avoir installée la patiente en position gynécologique, écarter les grandes lèvres et introduire un écouvillon fin au niveau du méat urétral sur environ 1 cm Imprimer une légère rotation contre les parois pour recueillir des secrétions et des cellules épithéliales 4.3 Sperme Fermer correctement le système de prélèvement contenant l'écouvillon et le milieu de transport liquide Porter le plus rapidement possible au laboratoire CONDITIONS CONSERVATION TRANSPORT COMMENTAIRES Délai de rendu des résultats Spermoculture : Après avoir uriné et réalisé une toilette soigneuse du gland, recueillir la totalité de l'éjaculat dans le flacon. 2H à Prélèvement par masturbation après une abstinence de 2 à 5 jours, sans excéder 7 jours Sur rendez-vous. Spermogramme : Non réalisé au laboratoire. 4.4 Stérilet CONDITIONS CONSERVATION TRANSPORT COMMENTAIRES Délai de rendu des résultats Matériel mis dans un flacon stérile. 2H à 24h entre 2-8 C Page 21 sur 30

22 MICROBIOLOGIE DU 5. SPHERE ORL Prélever avant antibiothérapie. Préciser si traitement antibiotique. Mettre une paire de gants CONDITIONS Gorge et rhinopharynx : Faire émettre un «aaah» au patient (diminution des réflexes nauséeux» Dégager la cavité buccale avec l abaisse-langue. Prélever à l écouvillon les amygdales et leur pourtour. (ou l amygdale atteinte en cas d amygdalite unilatérale) Eviter le contact avec la cavité buccale et la langue. En présence d'ulcération ou d'exsudat, effectuer le prélèvement à ce niveau. Suspicion de diphtérie : prélever en périphérie des fausses membranes Oreille : Éliminer les débris et les croûtes du conduit auditif (si nécessaire) à l'aide d'un écouvillon humidifié. Prélever au niveau du conduit auditif (de l'oreille désignée) en faisant tourner l'écouvillon. CONSERVATI ON TRANSPORT Σ-TRANSWAB (violet) : 48H à ambiante ou à 2-8 C. Σ-TRANSWAB (violet) ouσ- TRANSWAB (orange) : 48H à ambiante ou à 2-8 C. COMMENTAIRES Ne pas manger ni boire dans l'heure qui précéde le prélèvement. Délai de rendu des résultats Préciser l oreille : gauche ou droite Langue : Gratter fortement l'écouvillon sur la langue. Σ-TRANSWAB (violet) : 48H à ambiante ou à 2-8 C. Ne pas manger ni boire dans l'heure qui précéde le prélèvement. Ne pas faire de brossage de langue avant le prélèvement. Page 22 sur 30

23 MICROBIOLOGIE DU Nez : Réaliser 2 prélèvements du conduit nasal en faisant tourner l'écouvillon Identifier les prélèvements en précisant la narine : gauche ou droite. Oeil : Tirer la partie inférieure de l oeil Réaliser un prélèvement du coin inférieur interne de l'oeil. Si blépharite : Prélever les croûtes palpébrales (croûtes de la paupière) + 1 à 2 cils à la pince à épiler stérile. Recherche de grippe : Maintenir la tête du patient inclinée vers l'arrière. Courber l'écouvillon légèrement afin de l'introduire dans la cavité nasopharyngienne Insérer l'écouvillon dans la narine vers la cavité nasopharyngienne postérieure (pousser l'écouvillon délicatement le plus loin possible, parallèlement au palais) Tourner l'écouvillon à plusieurs reprises contre la paroi nasale puis le retirer lentement.renouveler l'opération pour l'autre narine avec le même écouvillon. Recherche de coqueluche : Maintenir la tête du patient inclinée vers l'arrière. Courber l'écouvillon légèrement afin de l'introduire dans la cavité nasopharyngienne I Insérer l'écouvillon dans la narine vers la cavité nasopharyngienne Σ-TRANSWAB (orange) : 48H à ambiante ou à 2-8 C. Σ-TRANSWAB (orange) : 48H à ambiante ou à 2-8 C. Écouvillon sec : 24-48H à 2H à DRYSWAB (bleu) + milieu REMEL : 24-48H à ambiante et à 2-8 C. Prélèvement à réaliser avant la toilette faciale. Examen effectué par PCR. Protocole et fiche de renseignements cliniques joints avec le kit de prélèvement. Examen réalisé chez Biomnis ou au CHRU de Lille. Délai de transmission + 1 jour Délai de transmission + 3 jours Page 23 sur 30

24 MICROBIOLOGIE DU postérieure (pousser l'écouvillon délicatement le plus loin possible, parallèlement au palais). Tourner l'écouvillon à plusieurs reprises contre la paroi nasale puis le retirer lentement. 6. PRELEVEMENTS PULMONAIRES CONDITIONS Expectorations : Recueillir les sécrétions dans un flacon stérile. CONSERVATI ON TRANSPORT 2H à COMMENTAIRES Délai de rendu des résultats. L expectoration est réalisée par le patient lui-même à son domicile, le matin au réveil de préférence. Bien expliquer au patient qu il ne s agit pas d un recueil de salive mais que le prélèvement doit provenir des bronches. La principale difficulté est d éviter de contaminer le prélèvement par la flore salivaire. Après rinçage bucco-dentaire à l eau, le patient effectue un effort de toux (kinésithérapie si besoin pour les femmes et enfants) et expectore dans le pot stérile fourni par le laboratoire. Aspiration bronchique Lavage broncho-alvéolaire Cathéter bronchique protégé En flacon stérile. 2H à Recherche de Mycobactéries : Recueil à jeun. 2H à Examen réalisé chez Biomnis ou au CHRU de Lille. Délai de rendu des Délai de transmission + 6 semaines Page 24 sur 30

25 MICROBIOLOGIE DU résultats : 6 maximum. semaines 7. PRELEVEMENTS DE LCR ET LIQUIDES DE PONCTION x3 + + CONDITIONS LCR : Pour germes banals, 1 ml en flacon stérile. Pour les demandes supplémentaires (biochimie, mycobactéries, biologie moléculaire, recherches virales...), augmenter les volumes en conséquence (1 flacon par type d analyse soit de 2 à 5 ml au total pour un adulte, 2 ml pour un enfant). CONSERVATI ON TRANSPORT 1H Liquide articulaire 2H à 24H à ambiante possible : persistance des microcristaux mais perte de cellules de 25 à 50%. Liquide pleural Liquide péritonéal Liquide péricardique Liquide d ascite à 2H à COMMENTAIRES Le flacon servira pour la bactériologie, le tube citrate pour la cytologie. Le flacon servira pour la bactériologie, le tube citrate pour la cytologie. Délai de rendu des résultats Examen direct, Gram et MGG : URGENCE <1h Résultat complet : 3 à 4 jours 8 jours maximum en cas d antibiogramm e 4 jours 8 jours maximum en cas d antibiogramm e Page 25 sur 30

26 MICROBIOLOGIE DU 8. PRELEVEMENTS DE PEAU ET PHANERE Prélever avant traitement antibiotique (pour les examens bactériologiques) ou antifongique. (pour les examens mycologiques) Préciser si traitement. CONDITIONS Prélèvement cutané (Plaie suintante ou vésiculeuse, ulcère, escarre...) : Découvrir le site de prélèvement. En cas de lésion au niveau du pied : disposer une protection jetable sur le tabouret et y faire poser le pied. Observer l aspect de la plaie : Si vésiculeuse : désinfecter à l alcool à 70 Petites vésicules:percer avec une aiguille stérile et recueillir le pus sur un écouvillon Ʃ- TRANSWAB (violet) Grand nodules:ponctionner le contenu à l'aide d'une seringue munie d'une aiguille; jeter l'aiguille et reboucher la seringue. Si suintante : écouvillonner la plaie avec un écouvillon Ʃ-TRANSWAB (violet) CONSERVATI ON TRANSPORT Σ- TRANSWAB (violet) : 48H à ambiante ou à 2-8 C. COMMENTAIRES Les renseignements cliniques sont indispensables pour orienter la recherche bactériologique et différencier contamination et infection. Délai de rendu des résultats Si besoin : recouvrir la plaie d un sparadrap Recherche de dermatophytes au niveau cutané : A l aide du vaccinostyle ou de la curette, gratter fortement la périphérie de la lésion et recueillir les squames dans un flacon stérile. 1 flacon par localisation en identifiant les localisations sur le flacon. 24H à 4 semaines maximum. Page 26 sur 30

27 MICROBIOLOGIE DU Recherche de dermatophytes au niveau du cuir chevelu ou des zones pileuses : Découvrir le site de prélèvement. Prélever les poils et cheveux (cassés courts) avec leurs follicules, à l'aide de la pince à épiler stérile à la limite de la peau saine et de la peau malade. Déposer l'ensemble dans un flacon stérile. Racler les squames en périphérie de la lésion et les recueillir dans le flacon. Si suppurations : écouvillonner le pus. Recherche de dermatophytes au niveau unguéal : 24H à 24H à 4 semaines maximum 4 semaines maximum Découvrir le site de prélèvement. En cas de lésion au niveau du pied : disposer une protection jetable sur le tabouret et y faire poser le pied. - Lésion distale : Couper toute la partie de l'ongle atteint avec les ciseaux jusqu'à la limite des tissus sains. Prélever des poussières d'ongle en raclant la table interne à l'aide d'un vaccinostyle ou d'une curette, et les recueillir dans un flacon stérile. - Lésion proximale : Racler fortement la table externe jusqu'à la limite des tissus sains à l'aide d'un vaccinostyle ou d'une curette et recueillir la poussière d'ongle dans Page 27 sur 30

28 MICROBIOLOGIE DU un flacon stérile (maintenu sous la lésion). Si suppurations : écouvillonner le pus. Recherche de Demodex : Prélever les cils ou les poils de barbe dont la base paraît engluée dans une substance jaunâtre (aspect inflammatoire) dans un flacon stérile. Recherche de gale (Sarcoptes scabiei) : Soulever le toit de la vésicule ou du sillon à l aide de la pointe du vaccinostyle, puis gratter assez fortement le plancher de la lésion avec le côté du vaccinostyle. En cas de squames croûteuses, gratter simplement de manière à les récupérer à l aide du vaccinostyle. 24H à 24H à Regarder en priorité : -Sur la paume des mains, entre les doigts, le poignet, les avant-bras et le tronc. -Sur la plante des pieds, les jambes et les aisselles chez les nourrissons. ATTENTION : En cas de squames croûteuses : se méfier d une gale norvégienne, très contagieuse. 1 jour 1 à 2 jours Page 28 sur 30

29 MICROBIOLOGIE DU 9. PRELEVEMENTS DE PUS, ABCES, BIOPSIES, OS Désinfecter le site de prélèvement à l'aide d'une solution non alcoolique. CONDITIONS CONSERVATI ON TRANSPORT COMMENTAIRES Pus : Percer avec une aiguille stérile et recueillir le pus sur écouvillons. Σ-TRANSWAB (violet) : 48H à ambiante ou à 2-8 C. Les renseignements cliniques sont indispensables pour orienter la recherche bactériologique et différencier contamination et infection. Délai de rendu des résultats Collections fermées : Ponctionner le contenu à l'aide d'une seringue munie d'une aiguille. Évacuer l'air au maximum. Jeter l'aiguille et reboucher la seringue. Apporter la seringue dans les plus brefs délais au laboratoire. 2H à Biopsies 2H à Les renseignements cliniques sont indispensables pour orienter la recherche bactériologique et différencier contamination et infection. Prélèvements per-opératoires : Effectuer toujours plusieurs prélèvements en des sites différents. Bien les identifier. Pas d'écouvillonnage. 2H à 10. BIOMATERIAUX CONDITIONS Cathéters Sondes diverses Redon Drain Matériel implantable Stérilet CONSERVATI ON TRANSPORT 2H à COMMENTAIRES Examen de sonde urinaire sans valeur car contamination constante par de la flore urétrale. Délai de rendu des résultats Page 29 sur 30

30 MICROBIOLOGIE DU Page 30 sur 30