Sources d'information médicale et recherche de données probantes

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1 Séminaire de Médecine factuelle 2015 Sources d'information médicale et recherche de données probantes Recommandations de bonne pratique Françoise PASLEAU, Bibliothèque des Sciences de la Vie André Françoise SCHEEN, PASLEAU, Département Bibliothèque des des Sciences cliniques de la Vie Françoise PASLEAU, Bibliothèque des Sciences de la Vie, Université de Liège 1

2 Préambule 2

3 "Je n'ai pas accès aux articles" Ne pas confondre Accéder à l'information & Rechercher de l'information 3

4 Divers moyens d'obtenir les PDFs Hyperliens entre les ressources documentaires UpToDate > PubMed PubMed > archives gratuites (PubMed Central) PubMed > portails des éditeurs (Science Direct) Google Auteurs Fourniture de documents par les bibliothèques 4

5 Stratégies de recherche documentaire Exhaustivité <> Précision 5

6 Recherche exhaustive Trouver tout ce qui est publié sur un sujet Exhaustivité Sensibilité = Rappel N articles trouvés N articles pertinents (??) Doute Idéalement, la sensibilité devrait être de 100% 6

7 Recommandation EBM Recherche exhaustive + Tri qualitatifs à la recherche de données probantes 7

8 Panning for gold Panning for gold, Photo by Lee Russell courtesy Library of Congress 8

9 Recherche précise Tous les articles trouvés répondent à la question Aucun bruit de fond Pas de temps perdu à trier des références Précision Spécificité Pertinence = N articles pertinents N articles trouvés Idéalement, la spécificité devrait être de 100% 9

10 Recherche précise ET sensible Compromis Précision Sensibilité 10

11 Le réglage vous appartient Précision Sensibilité Précision Sensibilité 11

12 Adapter la stratégie en fonction des circonstances et des besoins QUELS OUTILS? QUAND ET COMMENT? 12

13 Quels outils? Web (Google) Outils "Discovery" (catalogues de bibliothèques, Cible) BD factuelles (UpToDate) BD en texte intégral (Science Direct, Elsevier) BD Evidence-Based Medicine (Cochrane Library) BD bibliographiques (Medline) BD : bases de données 13

14 Quand et comment? Situations les plus fréquentes 1.Explorer la littérature 2.Trouver en quelques clics 3.Travailler systématiquement 4.Mettre à jour ses connaissances 14

15 Explorer la littérature 15

16 Exploration préparatoire à la recherche Travail non systématique visant à : Se familiariser au jargon de la discipline (mots clés) Découvrir le langage contrôlé (descripteurs) Obtenir des articles de référence (contrôles positifs) 16

17 Avec quels outils? Google Cible UpToDate Science Direct Cochrane Library Medline/PubMed 17

18 Avantages de ces outils Facilité d'utilisation : basic search box Facilité d'accès : à toutes sortes de documents pour toutes sortes de publics Se laisser aller au vagabondage 18

19 Limites de ces outils Facilité d'exécution au détriment du contrôle Algorithmes top secrets (Google) Algorithmes bien cachés (PubMed) Contenus indéfinis et changeants (Google, outils Discovery) Fonctions de recherche élémentaires (Google, outils Discovery, portails des éditeurs) Aucun moyen de contrôle > aucun ajustement possible 19

20 Trouver un maximum d'information pertinente en un minimum de temps Trouver en quelque clics 20

21 Avec quels outils? Préférez les BD bibliographiques : Medline via PubMed Medline via OvidSP PsycINFO, Scopus AMED, CINAHL, Embase Deux moteurs de recherche différents pour un même contenu et bien d'autres 21

22 Dialoguer avec les moteurs de recherche spécialisés Deux langages d'interrogation : Langage naturel = langage scientifique courant Langage contrôlé = langage propre à chaque BD bibliographique 22

23 Langage naturel (mots clés) Avantage : Précision Si le mot clé n'a qu'une seule signification Ex : Methylphenidate, Cholesterol Si, de surcroît, la recherche est limitée à un seul champ Ex : methylphenidate[title], cholesterol[title] Désavantage : Bruit de fond Recherche de mots clés polysémiques dans des BD multi-disciplinaires (Scopus) Ex : depression 23

24 Pièges de la recherche par mots clés Vous ne disposez d'aucune aide pour envisager : Tous les synonymes Toutes les formes grammaticales Singulier / pluriel Masculin / féminin Toutes les orthographes Anglais USA / anglais UK Le risque est grand de passer à côté d'articles importants => préférez le langage contrôlé 24

25 Avantage du langage contrôlé Langage naturel (usuel) : mots clés (du titre ou du résumé) Breast cancer(s) (2) Breast tumor(s) (2) Breast tumour(s) (2) Breast neoplasm(s) (2) Mammary cancer(s) (2) Mammary tumor(s) (2) Mammary tumour(s) (2) Mammary neoplasm(s) (2) Langage contrôlé : un seul descripteur MeSH Breast neoplasms/ Breast neoplasms/ Breast neoplasms/ Breast neoplasms/ Breast neoplasms/ Breast neoplasms/ Breast neoplasms/ Breast neoplasms/ >> 16 références 25

26 Langage contrôlé (descripteurs) Descripteurs UNIQUES imposés par le créateur de la BD pour décrire chacun des sujets, notions ou concepts abordés dans les articles référencés Outil propre à chaque BD MeSH : descripteurs médicaux de Medline EMTree : descripteurs de Embase APA : descripteurs de PsycInfo 26

27 Exemples (tirés de Medline ) Exhaustivité maximale à partir d'un seul descripteur MeSH 27

28 Afficher les descripteurs MeSH dans Medline/PubMed Afficher la notice > cliquer sur MeSH Terms 28

29 Descripteurs et sous-descripteurs MeSH UI : Antihypertensive Agents / tu [Therapeutic Use] Captopril / tu [Therapeutic Use] Heart Failure / dt [Drug Therapy] Humans Myocardial Infarction / co [Complications] Tetrazoles / tu [Therapeutic Use] Ventricular Dysfunction, Left / dt [Drug Therapy] 29

30 Choisir les descripteurs MeSH adéquats Partir d'articles connus (contrôles positifs) > Consulter les MeSH > Relancer la recherche sur un ou plusieurs descripteurs Demo 30

31 Choisir les descripteurs MeSH adéquats Partir d'articles connus : consulter les MeSH Partir de la MeSH Database (Medline/PubMed) Demo Se laisser guider par le moteur de recherche (Medline/OvidSP accès via le CEBAM) 31

32 Points forts de cette approche BD bibliographiques Contenus bien définis (Lists of indexed journals) Ressources choisies (Peer-reviewed journals) Langage contrôlé Meilleur compromis entre exhaustivité et précision Moteurs de recherche spécialisés Aide au bon usage du langage contrôlé Fonctions avancées de recherche 32

33 Points faibles de PubMed Equation de recherche construite à votre insu Interprétation érronée de la requête de l'utilisateur >>> résultats non pertinents (bruit de fond) Consulter la fenêtre Search Details pour vérifier les détails de l'équation de recherche construite par PubMed Voir les exemples : fiber posts neck pain 33

34 Search Details for 'fiber posts' fiber post Query Translation : ("dietary fiber"[mesh Terms] OR ("dietary"[all Fields] AND "fiber"[all Fields]) OR "dietary fiber"[all Fields] OR ("fiber"[all Fields] AND posts[all Fields]) Demo 34

35 Search Details for 'neck pain' neck pain Query Translation : "neck pain"[mesh Terms] OR "neck pain"[all Fields] OR ("neck"[all Fields] AND "pain"[all Fields]) Demo 35

36 Barrières perçues par l'utilisateur Temps et expérience nécessaires pour : Travailler avec différents moteurs de recherche Utiliser les fonctions avancées de recherche Comprendre et exploiter le langage contrôlé 36

37 Recherche d'information dans le contexte de la médecine factuelle Travailler systématiquement 37

38 Ouvrages de référence Sackett, DL, Straus, SE, Richardson, W, Rosenberg, W & Haynes, R 2011, Evidence-based medicine : how to practice and teach EBM, 4th ed, Churchill Linvingstone/Elsevier, London. ISBN Straus, SE, Richardson, W, Glasziou, P & Haynes, R 2007, Médecine fondée sur les faits : evidence-based medicine, 3rd ed, Elsevier-Masson, Issy-les-Moulineaux. ISBN

39 Circonstances nécessitant une approche systématique Recherche de données probantes Préparation de : Recommandations (guidelines) Revues systématiques (méthodiques) avec ou sans méta-analyse 39

40 Recommandations de l'ebm 1. Poser la question a priori (PICO) 2. Consulter un maximum de ressources 3. Sélectionner les références en tenant compte de : Niveau de preuve de l'étude Caractéristiques des patients EBM Five A's 1. Ask 2. Access 3. Appraise 4. Apply 5. Audit 40

41 EBM-ULB EBM Five A's 1. Ask 2. Access 3. Appraise 4. Apply 5. Audit 41

42 PICO : grille à compléter Eléments de la question P I C O Fournir les critères de recherche Problème qui se pose, Pathologie, Population ou Patients étudiés Intervention envisagée Comparaison avec une autre intervention (facultatif) Outcomes = Objectifs y/c les paramètres à prendre en compte 42

43 Exemple Sujet de recherche : Prédiction de la réponse objective des cancers bronchiques à un traitement par Erlotinib/Tarceva ou Gefitinib/Iressa (inhibiteurs de tyrosine kinases) 43

44 Recherche dans Medline via OvidSP EBM-ULB Eléments de la question P I C / O Critères de recherche exprimés à l'aide de descripteurs MeSH + mots clés "Respiratory Tract Neoplasms" [MeSH] "Protein Kinase Inhibitors" [MeSH] "Quinazolines" [MeSH] "Treatment Outcome" [MeSH] OR response rate*.tw OR objective response*.tw OR disease control rates.tw OR radiographic regression.tw.tw : recherche de mots clés dans le titre et le résumé 44

45 EBM-ULB EBM Five A's 1. Ask 2. Access 3. Appraise 4. Apply 5. Audit 45

46 Comment utiliser le PICO? P I C O En recherche : critères à inclure dans la stratégie sous forme de descripteurs (± mots clés) Tri et sélection des articles pertinents : critères à retrouver dans le titre et le résumé des références renvoyées par le moteur de recherche 46

47 Recherche dans Medline via OvidSP EBM-ULB # Searches Results Contrôles 1 exp Respiratory Tract Neoplasms/ % 2 Quinazolines/ % 3 1 and 2 P + I % 4 exp Treatment Outcomes/ % 5 Response rate?.tw % 6 Objective response?.tw % 7 Disease control rate?.tw % 8 4 or 5 or 6 or 7 O and 8 P + I + O % Contrôles (%) : fraction de références contrôles (n =77) trouvées 47

48 Interroger Medline ne suffit pas Complémentarité des BD bibliographiques Medline > journaux CCTR RCT choisis par Cochrane Coll. Embase > journaux PsycInfo > journaux CINAHL > journaux AMED > journaux SportDiscus > journaux Scopus >1996 multi-disciplinaire 48

49 Mise en commun des résultats (infiltration de l'épaule : précision de l'injection) Base de données (--2013) *Références (n) Medline 626 Scopus CCTR (registre Cochrane des RCT) + 4 CINAHL 0 Embase +73 * Après dédoublement via EndNote/Zotero/Mendeley/... 49

50 EBM-ULB EBM Five A's 1. Ask 2. Access 3. Appraise 4. Apply 5. Audit 50

51 Niveaux de preuve Littérature de synthèse Revues systématiques (méthodiques)(rs, MAS) Études Essais contrôlés randomisés (RCT) Etudes de cohortes Etudes de cas-témoins Séries de cas individuelles Revues narratives 51

52 Panning for gold Panning for gold, Photo by Lee Russell courtesy Library of Congress 52

53 Filtres (PubMed) ou Limites (OvidSP) Sélectionner les résultats en fonction de : Type d'étude (niveau de preuve) Caractéristiques démographiques des populations/patients Date de publication Eviter les limites non pertinentes Langue de la publication Renommée du journal Accès au texte intégral 53

54 Evaluation approfondie : indispensable! Grilles de lecture critique : AGREE : évaluation des recommandations AMSTAR : évaluation des RS et des MA CONSORT : évaluation des RCT QUADAS : évaluation des études de diagnostic STROBE : évaluation des études épidémiologique 54

55 Flow chart Diagramme de flux Illustration des étapes du processus de recherche et de sélection des études qui feront l'objet d'une synthèse (ou d'une métaanalyse)systématique Tiré de CDSR - Accession Number :

56 A défaut de chercher vous-même Consultez la littérature EBM Cochrane Library Cochrane Database of Systematic Reviews Database of Abstracts of Reviews of Effects (DARE) : synopsis de revues narratives, systématiques & méta-analyses ACP Journal Club : synopsis de RCT Clinical Evidence (BMJ) : bénéfices et dangers des traitements Limite : toutes les questions ne sont pas envisagées 56

57 Mettre à jour ses connaissances 57

58 Avec quels outils? Créer de alertes à partir des portails des éditeurs : >>> recevoir les tables des matières de vos journaux favoris Sauvegarder des équations de recherche dans PubMed >>> recevoir (par mail, flux RSS, ) les références des articles qui viennent de sortir (mises à jour en continu) Attention : utiliser des mots clés pour obtenir les références qui ne sont pas encore indexées (Pre-Medline) 58

59 Recherche dans Medline/PubMed BD PubMed Mots clés keyword [All fields] Autres Pre-Medline MeSH- OR Descripteurs MeSH [MeSH Terms] Medline MeSH+ 59

60 Conclusion 9 conseils pour une recherche d'information maîtrisée et efficace 60

61 Conseil n 1 Toute recherche commence par un travail d'exploration A ce stade, il n'est pas requis d'être exhaustif On peut donc lancer de recherches sur les mots du titre pour cibler quelques articles pertinents qui permettront de Se familiariser au langage usuel dans la discipline Découvrir le langage contrôlé correspondant 61

62 Conseil n 2 Poser la question a priori avec précision Utiliser le PICO pour Prendre conscience de toutes les exigences du travail à effectuer Exprimer la question sous forme de mots clés Définir les critères d'inclusion et d'exclusion des études : celles qu'on gardera au moment de la sélection et celles qu'on laissera de côté pour différentes raisons 62

63 Conseil n 3 Choisir avec soins les sources et les outils Bases de données en fonction des domaines scientifiques qu'elles couvrent Moteurs de recherche en fonction de leurs performances, de l'aide et des fonctionnalités offertes 63

64 Points forts PubMed Gratuité >> universalité Rapidité des mises à jour (quotidiennes) Richesse des liens vers le texte intégral des articles En particulier vers les versions gratuites 'Linking' vers le 'free full-text' 64

65 Point forts de OvidSP Conçu pour un usage professionnel : Interface ergonomique Aide efficace à l'utilisation du langage contrôlé (pertinence du "mapping" des descripteurs MeSH) Présentation enrichie du langage contrôlé (structure arborescente du thésaurus) Fonction de recherches avancées qui permettent de régler l'équilibre "exhaustivité/spécificité" en fonction des besoins Espace de travail personalisé adapté à la gestion de projets et de documents (annotés) 65

66 Conseil n 4 Utiliser le langage contrôlé (descripteurs) qui garantit le meilleur équilibre entre Exhaustivité trouver (presque) tout ce qui est publié sur un sujet (>85%) Bruit de fond limiter la pollution des résultats par des références non pertinentes Toujours utiliser les descripteurs les plus précis 66

67 Conseil n 5 Utiliser le langage usuel (mots clés) pour Trouver les publications récentes Par exemple, les notices non indexées de PreMedline Exprimer des critères très spécifiques pour lesquels il n'existe pas de descripteur MeSH Par exemple : "la réduction de taille d'un tumeur" ou "les piliers en fibres de polymères pour implants dentaires " 67

68 Conseil n 6 Rechercher chaque critère séparément et vérifier que Le nombre de références trouvées est proportionnel à l'importance du sujet traité asthma[mesh Terms] > références Les résultats sont suffisamment pertinents (en rapport avec le sujet) Pour cela, il faut parcourir les titres des notices proposées par le moteur de recherche 68

69 Conseil n 7 Combiner ensuite les différents critères attention au choix des opérateurs booléens AND OR NOT Procéder par étapes Commencer par associer les critères P + I Vérifier la pertinence des résultats et le bruit de fond Ajouter si nécessaire les critères C et O L'intérêt d'ajouter ces éléments au profil de recherche dépend très fort du sujet et est laissé à l'appréciation du chercheur 69

70 Opérateurs booléens OR : regroupe en un seul ensemble des références correspondant à des critères différents A A B (A OU B) AND : isole les références répondant à 2 critères en même temps (A ET B ) A B NOT : exclut de l'ensemble A les références qui répondent aussi au critère B (A ET PAS B) A B 70

71 Conseil n 8 Appliquer les limites (filtres) pour finir Age, Sexe Type d'étude (niveau de preuve) Date de publication (variable en fonction des sujets) Eviter les limites non pertinentes Langue de la publication Accès au texte intégral 71

72 Conseil n 9 Le dernier tri est toujours manuel Utiliser à nouveau le PICO pour choisir les références les plus pertinentes Il n'existe aucun moteur de recherche capable de penser à votre place 72

73 BIBLIOGRAPHIE 73

74 Lectures Howick, J. The philosophy of Evidence-Based Medicine, ISBN : Greenhalgh, T. How to read a paper : the basics of Evidence-Based Medicine, ISBN : Guyatt, G et al. User's guides to the medical litterature, ISBN :

75 Lectures Sackett, DL et al. Evidence-based medicine : how to practice and teach EBM, ISBN Straus, SE et al. Médecine fondée sur les faits : evidence-based medicine, ISBN

76 Grilles de lecture critique McMaster University: Critical Appraisal icalappraisal.html 76

77 Autres liens utiles Centre belge d'ebm (CEBAM) : Accès à la Digital Library CEBM d'oxford : Cochrane Collaboration : 77

78 Contacts : F.Pasleau@ulg.ac.be 78