SERVICES D ANALYSE DE L EXPRESSION GENIQUE

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1 2 AVRIL 2015 SERVICES D ANALYSE DE L EXPRESSION GENIQUE Centre d Innovation Génome Québec et Université McGill Préparation des échantillons Guide utilisateur Version 5.7 Copyright 2011 Centre d innovation Génome Québec et Université McGill Tous droits réservés.

2 Table des matières TABLE DES MATIÈRES... 2 BIOPUCES À ADN... 3 CONTROLE DE QUALITE DE L ARN (BIOANALYEUR ET NANODROP)... 3 PROFILAGE DES ARNM... 4 PROFILAGE DES MICROARNS... 4 DEMANDE DE SERVICE ET SOUMISSION DES ÉCHANTILLONS... 5 FORMULAIRE DE DEMANDE DE SERVICE ET SOUMISSION DES ECHANTILLONS (NOUVELLE REQUETE)... 5 FORMULAIRE DE DEMANDE DE SERVICE ET SOUMISSION DES ECHANTILLONS (REQUETE EXISTANTE)... 5 PRÉPARATION DES ÉCHANTILLONS POUR ENVOI

3 Biopuces à ADN Lorsque des échantillons sont soumis pour une analyse de biopuces à ADN, il est recommandé de : porter des gants neufs et de manipuler les échantillons sur glace; reconstituer les échantillons d ARN dans de l eau «RNase-free» commerciale ; éviter l eau traitée au DEPC ; ne pas reconstituer l ARN dans des tampons contenant des détergents, car ceux-ci inhibent la réaction enzymatique de synthèse d ADNc Les échantillons doivent être envoyés dans des tubes Eppendorf 1.5 ml Les meilleurs résultats sont obtenus avec l'arn cellulaire total isolé récemment. Si les échantillons ont été préparés avec du Trizol, il est recommandé de les nettoyer (e.g. mrna Cleanup Kit de Qiagen) avant de les soumettre. Si les échantillons proviennent de cellules sanguines, il est recommandé d enlever les transcrits de la betaglobine avant de les soumettre (GLOBINclear TM Kit; Ambion; Cat # AM1980). Aucun échantillon ne sera retourné une fois le projet terminé. Il est recommandé de soumettre seulement la quantité nécessaire pour le protocole. Les échantillons d ARN seront jetés 3 mois après la livraison de résultats finaux. Contrôle de qualité de l ARN (Bioanalyeur et NanoDrop) Type de Puce Concentration requise (ng/µl) Volume minimal requis (µl) RNA 6000 Nano RNA 6000 Pico Si les échantillons sont trop dilués pour le protocole utilisé dans le projet, ils seront concentrés par speedvac sans que l usager en soit avisé. 3

4 Profilage des ARNm Il est recommandé d utiliser des échantillons d ARN total dont le RIN est supérieur à 7.0. Les échantillons ne rencontrant pas ce critère peuvent être traités avec la trousse GeneChip WT Pico d Affymetrix et hybridés sur des puces ST ou transcriptomiques. Le ratio 260/230 doit être supérieur à 2.0 pour les projets Agilent 3 µl vont être utilisés pour le contrôle qualité (NanoDrop et Bioanalyseur). Il est préférable de diluer des échantillons trop concentrés (par exemple de 1 ug/µl à 100 ng/µl) et de fournir le volume minimal requis plutôt que de soumettre des échantillons concentrés mais en trop petit volume. Technologie Quantité d ARN total requise (ng) Concentration minimale requise (ng/µl) Volume minimal requis (µl)* Puces ST et Transcriptomiques Puces ST et Transcriptomiques Trousse WT: 100 Trousse WT: 35 Affymetrix Trousse Pico WT: 2 Trousse Pico WT: Échantillons FFPE : 10 Échantillons FFPE : 3.33 Puces 3 : 250 Puces 3 : 85 Agilent 25 or Illumina *inclut volume requis pour le contrôle qualité Profilage des microarns Il est recommandé d utiliser des échantillons d ARN total dont le RIN est supérieur à 5.0. Le profilage de mirna se fait à partir de l ARN total dans le cas des deux technologies, Affymetrix et Agilent. Il n est donc pas recommandé d envoyer des échantillons mirna purifiés. Le ratio 260/230 doit être supérieur à 2.0 pour les projets Agilent. 3 µl vont être utilisés pour le contrôle qualité (NanoDrop et Bioanalyzer). Il est préférable de diluer des échantillons concentrés (par exemple de 1 ug/µl à 100 ng/µl) et de fournir le volume minimal requis plutôt que de soumettre des échantillons concentrés mais en trop petit volume. Technologie Quantité requise (ng) Concentration minimale requise (ng/µl) Volume minimal requis (µl)* Affymetrix Agilent *inclut volume requis pour le contrôle qualité 4

5 Demande de service et soumission des échantillons Formulaire de demande de service et soumission des échantillons (nouvelle requête) L option «nouvelle requête» est utilisée uniquement pour les nouveaux projets. Ouvrir une session dans le compte Nanuq. Cliquer sur «ajouter une nouvelle requête» dans la section «Requête» et suivre les instructions. Ne pas utiliser le bouton «retour» de votre navigateur pour revenir en arrière. Utiliser les choix de pages à gauche. La requête demeure un brouillon jusqu à ce qu elle soit soumise. Les brouillons sont accessibles via l option «liste des requêtes». Le travail dans le laboratoire ne débutera qu une fois toute la documentation fournie. Formulaire de demande de service et soumission des échantillons (requête existante) Ouvrir une session dans le compte Nanuq. Cliquer sur «liste des requêtes» dans la section «Requête». Les requêtes existantes sont ré-ouvertes afin de 1) soumettre de nouveaux échantillons ou des échantillons de remplacement à un projet en cours ou 2) continuer à remplir un brouillon. Pour soumettre de nouveaux échantillons, aller à la section «soumission d échantillons» afin de : télécharger le gabarit pour la soumission des échantillons revisiter des fichiers déjà remplis et soumis ajouter des commentaires à des échantillons Ne pas ajouter de nouveaux échantillons à un fichier déjà soumis. Ne pas se servir du bouton «retour» de votre navigateur pour revenir en arrière. Préparation des échantillons pour envoi Les échantillons d ARN doivent être envoyés sur glace sèche, dans des tubes Eppendorf 1,5 ml. Il est fortement suggéré de prendre rendez-vous avec un membre du personnel avant d apporter des échantillons au Centre d innovation. Si les échantillons sont envoyés par la poste, veuillez utiliser l adresse postale suivante : Attn: Services d expression génique Daniel Vincent Centre d Innovation Génome Québec et Université McGill, bureau , avenue Dr-Penfield Montréal (Québec) Canada, H3A 0G1 Tel : (514) Courriel : daniel.vincent@mail.mcgill.ca 5