Liste nationale des codes micro-organismes
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- Roland Lheureux
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1 Liste nationale des codes micro-organismes Microorganisme Codes Cocci Gram + Staphylococcus aureus * STA AUR Staphylococcus epidermidis STA EPI Staphylococcus haemolyticus STA HAE Staph. coag nég. : autre espèce identifiée STA AUT Staph. coag. nég. non spécifié STA NSP Streptococcus pneumoniae (pneumocoque) STR PNE Streptococcus agalactiae (B) STR AGA Streptococcus pyogenes (A) STR PYO Streptocoques hémolytiques : autres (C, G) STR HCG Streptocoques (viridans) non groupables STR NGR Streptocoques autres STR AUT Enterococcus faecalis* ENC FAE Enterococcus faecium* ENC FAC Enterococcus autres ENC AUT Enterococcus non spécifié ENC NSP Cocci Gram + : autres CGP AUT Cocci Gram - Moraxella MOR SPP Neisseria meningitidis NEI MEN Neisseria autres NEI AUT Cocci Gram - : autres CGN AUT Bacilles Gram + Corynébactéries COR SPP Bacillus BAC SPP Lactobacillus LAC SPP Listeria monocytogenes LIS MON Bacilles Gram + : autres BGP AUT Entérobactéries * Citrobacter freundii CIT FRE Citrobacter koseri (ex. diversus) CIT KOS Citrobacter autres CIT AUT Enterobacter aerogenes ENT AER Enterobacter cloacae ENT CLO Enterobacter autres ENT AUT Escherichia coli ESC COL Hafnia HAF SPP Klebsiella oxytoxa KLE OXY Klebsiella pneumoniae KLE PNE Klebsiella autres KLE AUT Morganella MOG SPP Proteus mirabilis PRT MIR Proteus autres PRT AUT Providencia PRV SPP Salmonella Typhi ou Paratyphi SAL TYP Salmonella autre SAL AUT Serratia SER SPP Shigella SHI SPP Entérobactéries : autres ETB AUT Bacilles Gram - Achromobacter ACH SPP
2 non entérobactéries Acinetobacter baumannii * ACI BAU Acinetobacter autres ACI AUT Aeromonas AEM SPP Bacilles Gram - Agrobacterium AGR SPP non entérobactéries Alcaligenes ALC SPP (suite) Burkholderia cepacia * BUR CEP Campylobacter CAM SPP Flavobacterium FLA SPP Gardnerella GAR SPP Haemophilus HAE SPP Helicobacter pylori HEL PYL Legionella LEG SPP Pasteurella PAS SPP Pseudomonas aeruginosa * PSE AER Pseudomonas autres et apparentés PSE AUT Stenotrophomonas maltophilia * STE MAL Bacille Gram- non entérobactérie : autres BGN AUT Anaérobies stricts Bacteroïdes fragilis BAT FRA Bacteroïdes autres BAT AUT Clostridium difficile CLO DIF Clostridium autres CLO AUT Prevotella PRE SPP Propionibacterium PRO SPP Anaérobies : autres ANA AUT Autres bactéries Actinomyces ACT SPP Chlamydia CHL SPP Mycobactérie atypique MYC ATY Mycobactérie complexe tuberculosis MYC TUB Mycoplasma MYP SPP Nocardia NOC SPP Bactéries : autres BCT AUT Parasites Candida albicans CAN ALB Candida autres CAN AUT Aspergillus fumigatus ASP FUM Aspergillus autres ASP AUT Levures : autres LEV AUT Filaments : autres FIL AUT Parasites : autres PAR AUT Virus Adenovirus VIR ADV CMV (cytomégalovirus) VIR CMV Enterovirus (polio, coxsackie, echo) VIR ENT Grippe (influenzae) VIR INF Hépatite virale A VIR HAV Hépatite virale B VIR HBV Hépatite virale C VIR HCV Rotavirus VIR ROT VIH (virus de l'immunodéficience humaine) VIR VIH Herpès simplex Virus VIR HSV Varicello-zonateux Virus VIR VZV VRS (virus respiratoire syncitial) VIR VRS C.CLIN Sud-Est 2
3 Virus : autres Micro-organisme non identifié ou non retrouvé Examen non effectué Examen stérile VIR AUT NON IDE NON EFF EXA STE * = sensibilité aux antibiotiques à renseigner C.CLIN Sud-Est 3
4 Classement des codes micro-organismes par ordre alphabétique Codes Microorganisme Codes Microorganisme ACH SPP Achromobacter ACI AUT Acinetobacter autres ACI BAU Acinetobacter baumannii * ACT SPP Actinomyces AEM SPP Aeromonas AGR SPP Agrobacterium ALC SPP Alcaligenes ANA AUT Anaérobies : autres ASP AUT Aspergillus autres ASP FUM Aspergillus fumigatus BAC SPP Bacillus BAT AUT Bacteroïdes autres BAT FRA Bacteroïdes fragilis BCT AUT Bactéries : autres BGN AUT Bacille Gram- non entérobactérie : autres BGP AUT Bacilles Gram + : autres BUR CEP Burkholderia cepacia * CAM SPP Campylobacter CAN ALB Candida albicans CAN AUT Candida autres CGN AUT Cocci Gram - : autres CGP AUT Cocci Gram + : autres CHL SPP Chlamydia CIT AUT Citrobacter autres CIT FRE Citrobacter freundii CIT KOS Citrobacter koseri (ex. diversus) CLO AUT Clostridium autres CLO DIF Clostridium difficile COR SPP Corynébactéries ENC AUT Enterococcus autres ENC FAC Enterococcus faecium* ENC FAE Enterococcus faecalis* ENC NSP Enterococcus non spécifié ENT AER Enterobacter aerogenes ENT AUT Enterobacter autres ENT CLO Enterobacter cloacae ESC COL Escherichia coli ETB AUT Entérobactéries : autres EXA STE Examen stérile FIL AUT Filaments : autres FLA SPP Flavobacterium GAR SPP Gardnerella HAE SPP Haemophilus HAF SPP Hafnia HEL PYL Helicobacter pylori KLE AUT Klebsiella autres KLE OXY Klebsiella oxytoxa KLE PNE Klebsiella pneumoniae LAC SPP Lactobacillus LEG SPP Legionella LEV AUT Levures : autres LIS MON Listeria monocytogenes MOG SPP Morganella MOR SPP Moraxella MYC ATY Mycobactérie atypique MYC TUB Mycobactérie complexe tuberculosis MYP SPP Mycoplasma NEI AUT Neisseria autres NEI MEN Neisseria meningitidis NOC SPP Nocardia NON EFF Examen non effectué NON IDE Micro-organisme non identifié PAR AUT Parasites : autres PAS SPP Pasteurella PRE SPP Prevotella PRO SPP Propionibacterium PRT AUT Proteus autres PRT MIR Proteus mirabilis PRV SPP Providencia PSE AER Pseudomonas aeruginosa * PSE AUT Pseudomonas autres et apparentés SAL AUT Salmonella autre SAL TYP Salmonella Typhi ou Paratyphi SER SPP Serratia SHI SPP Shigella STA AUR Staphylococcus aureus * STA AUT Staph. coag nég. : autre espèce identifiée STA EPI Staphylococcus epidermidis STA HAE Staphylococcus haemolyticus STA NSP Staph. coag. nég. non spécifié STE MAL Stenotrophomonas maltophilia * STR AGA Streptococcus agalactiae (B) STR AUT Streptocoques autres STR HCG Streptocoques hémolytiques : autres (C, G) STR NGR Streptocoques (viridans) non groupables STR PNE Streptococcus pneumoniae (pneumocoque) STR PYO Streptococcus pyogenes (A) VIR ADV Adenovirus VIR AUT Virus : autres VIR CMV CMV (cytomégalovirus) VIR ENT Enterovirus (polio, coxsackie, echo) VIR HAV Hépatite virale A VIR HBV Hépatite virale B VIR HCV Hépatite virale C VIR HSV Herpès simplex Virus VIR INF Grippe (influenzae) VIR ROT Rotavirus VIR VIH VIH (virus de l'immunodéficience humaine) VIR VRS VRS (virus respiratoire syncitial) VIR VZV Varicello-zonateux Virus Des indicateurs de la résistance aux antibiotiques sont étudiés pour les principaux micro-organismes concernés. C.CLIN Sud-Est 4
5 Attention : une souche I est assimilée résistante (I = R) Codage du phénotype de résistance aux antibiotiques S. aureus méti-s méti-r méti-r GISA nsp & genta-s & genta-r Enterococcus faecalis et ampi-s ampi-r vanco-r - nsp faecium Entérobactéries ampi-s ampi-r CTX-R CTX-R nsp & CTX-S (BLSE) (non BLSE) Acinetobacter baumannii - CAZ-S CAZ-R - nsp Pseudomonas aeruginosa Burkholderia cepacia Stenotrophomonas maltophilia ticar-s ticar-r & CAZ-S CAZ-R - nsp R = intermédiaire ou résistant S = sensible nsp = ne sait pas méti = méticilline genta = gentamicine GISA = intermédiaire ou résistante aux glycopeptides (CMI vancomycine ou teicoplanine) vanco = vancomycine ampi = pénicilline A ou amoxicilline CTX = cefotaxime BLSE = productrice de beta-lactamase à spectre étendu ticar = ticarcilline CAZ = ceftazidime C.CLIN Sud-Est 5
6 C.CLIN Sud-Est 6
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