Fondation Institut Pasteur de Dakar

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1 Fondation Institut Pasteur de Dakar Rapport annuel , avenue Pasteur BP 220 Dakar Sénégal

2 S O M M A I R E INTRODUCTION Préambule 4 Organigramme 8 Le personnel de l Institut au 31 décembre ACTIVITES DE RECHERCHE, D EXPERTISE ET DE SANTE PUBLIQUE Unité des Arbovirus et Virus des Fièvres Hémorragiques 15 Unité de Virologie Médicale 25 Unité d Immunologie 38 Unité d Immunogénétique Unité d Epidémiologie Unité d Entomologie Médicale 56 Unité de Bactériologie Expérimentale 68 Laboratoire d Analyses Médicales 73 Laboratoire de Sécurité Alimlentaire et Hygiène de l Environnement 80 UNITE DU VACCIN FIEVRE JAUNE 85 SERVICES COMMUNS Service Qualité 86 Service Métrologie / Plateau Commun Technique 88 Service Médical 90 Service Informatique 92 ENSEIGNEMENTS ET FORMATIONS 96 PUBLICATIONS ET COMMUNICATIONS sur 113

3 Introduction 3 sur 113

4 Préambule L Institut Pasteur de Dakar (IPD) est une fondation privée de droit sénégalais, à but non lucratif et reconnue d utilité publique. Il est membre du réseau international des Instituts Pasteur. Son objectif est de «contribuer à la santé publique, en Afrique et en particulier au Sénégal, en menant des activités de recherche, d enseignement, de formation, d expertises médicales, épidémiologiques et biologiques et de production de vaccin amaril». Les missions de l IPD s articulent autour de cinq composantes : recherche, santé publique, services, production de vaccins et enseignement. Les principales thématiques des programmes de recherche concernent : - (i) les arbovirus et les virus des fièvres hémorragiques : développement de tests de diagnostic, évolution moléculaire du virus, interactions virus vecteurs, modélisations et évaluation des risques - (ii) le paludisme : étude des déterminants immunologiques et des mécanismes d acquisition de la protection contre Plasmodium falciparum, compréhension de la biologie des vecteurs pour une meilleure application des connaissances en mesures expérimentales de lutte anti vectorielle - (iii) les infections respiratoires et diarrhéiques : étude de la diversité des virus et épidémiologie des infections - iv) les infections bactériennes : étude des mécanismes de résistance aux antibiotiques. Ces thématiques notamment celles relatives à des agents pathogènes ayant un cycle complexe faisant intervenir l homme, un animal et un arthropode ne peuvent être abordées que grâce à la complémentarité des équipes pluridisciplinaires présentes au sein même de l Institut Pasteur de Dakar (virologue, entomologiste, médecin, vétérinaire, immunologiste, épidémiologiste ) et à la qualité d un plateau technique : laboratoire et insectarium de sécurité de niveau 3, animalerie En 2012, les activités de recherche ont été valorisées par les scientifiques de l IPD 36 publications (articles parus dans des revues scientifiques internationales référencées à comité de lecture ou chapitres de livres) dont 21 en tant que premier ou dernier auteur. Ce nombre est en augmentation sensible par rapport à 2011 (23 publications dont 12 en premier ou dernier auteur). Cette année, pour la première fois de son histoire et conformément à son nouvau statut, l IPD s est doté d un Conseil scientifique composé de six membres : - Dr Fernando Arenzana-Seisdedos Chef Unité de Pathogénie virale, Institut Pasteur, Paris. Domaine d expertise : virologie (VIH, arbovirus ) - Pr Cheikh Saad-Bouh Boye Recteur de l Université de Thiès, Sénégal. Domaine d expertise : bactériologie. - Pr Ogobara Doumbo Department of Epidemiology of Parasitic Diseases Director, Malaria Research and Training Center, Mali. Domaine d expertise : paludisme. 4 sur 113

5 - Pr Souleymane Mboup Chef du Laboratoire de Bactériologie Virologie, Hôpital Le Dantec. Domaine d expertise : VIH, tuberculose, paludisme - Pr Roger Salamon Directeur de l Unité Inserm 593, "Epidémiologie, Santé Publique et Développement", France. Domaine d expertise : épidémiologie, santé publique, biostatistiques. - Dr Kenneth Vernick Chef de l Unité génétique et Génomique des Insectes Vecteurs à l Institut Pasteur à Paris. Domaine d expertise : entomologie. Les missions de ce Conseil scientifique sont de renforcer le développement scientifique de l Institut Pasteur de Dakar et d accompagner l élaboration et la mise en œuvre de nouvelles stratégies scientifiques. Il a tenu sa première réunion du 8 au 11 janvier En 2012, l équipe de Direction de l IPD a été complétée avec la nomination à compter du 1 er décembre, du Dr Amadou SALL au poste de Directeur scientifique. Le Dr SALL assurera cette fonction en plus de celle qu il ocupait déjà de responsable de l Unité des arbovirus et des virus des fièvres hémorragiques. Enfin, toujours dans le domaine de la recherche, le pôle de recherche sur le paludisme de l IPD a été renforcé par la création, le 2 mai 2012, de l Unité d Immunogénétique avec à sa tête le Professeur Alioune DIEYE. Simultanément à leurs activités de recherche, les laboratoires sont engagés dans des activités de santé publique à travers les centres de référence qu ils hébergent : centres nationaux de référence pour la grippe et les virus respiratoires, la rougeole, la poliomyélite et les virus entériques, les rotavirus, les entérobactéries, la rage et le centre collaborateur OMS pour les arbovirus et les fièvres hémorragiques virales. Parmi ces activités menées en 2012, citons : (i) le renforcement du réseau de surveillance sentinelle de la grippe animé en partenariat avec le Minsitère de la santé et de l action sociale (5 centres ouverts à la fin de l année), (ii) la surveillance des poliovirus et entérovirus non polio chez les patients présentant une paralysie flasque aigue, (iii) la surveillance des arbovirus dans la faune culicidienne et de vertébrés sauvages, iv) l évaluation de l immunité antiamarile de la région de Kédougou (Sénégal), à la demande de l OMS et du Ministère de la santé du Sénégal pour évaluer la pertinence d une campagne réactive de masse à la suite d une épidémie en 2011 puisque toute cette région avait été vaccinée complétement en 2007, et v) la confirmation virologique de 5 cas de rage humains. Ces activités de santé publique peuvent dépasser les frontières du Sénégal comme c est le cas de la surveillance de la fièvre jaune dans le cadre du réseau OMS des laboratoires de fièvre jaune, ou lors de l Investigation de l épidémie de fièvre de la vallée du Rift en Mauritanie. L IPD propose également des activités de services au bénéfice de la population à travers : le laboratoire d analyses médicales, le laboratoire de sécurité alimentaire et d hygiène de l environnement qui est le seul laboratoire de ce type au Sénégal accrédité par le Comité français d accréditation pour la microbiologie des aliments, le centre de traitement antirabique et le centre de vaccinations internationales. 5 sur 113

6 L Institut a, depuis 1937, une mission originale de production de vaccin antiamaril. Il est le seul des quatre producteurs de vaccins antiamarils dans le monde pré-qualifiés par l OMS : Sanofi-Pasteur (France), Bio Manguinhos (Brésil), l'institut Chumakov (Russie), à être situé en Afrique. L année 2012 a été marquée par un plan d actions de grande ampleur suite à l audit de l Organisation Mondiale de la Santé (OMS) effectué en novembre 2011, dans le cadre du renouvellement de la préqualification du vaccin antiamaril. Ce plan d actions a été réalisé avec un appui financier important de l Institut Pasteur à Paris. La mise en œuvre de ce plan d actions a été validée par l Autorité nationale de contrôle (juillet) et l OMS (septembre) et a permis la reprise de la production de vaccins en novembre. Le projet de construction d une nouvelle unité de production pour remplacer l unité actuelle, mise en service depuis près de 30 ans, qui atteint aujourd hui ses limites malgré une modernisation régulière et qui risque à terme de ne plus répondre aux exigences de l OMS a mûri mais a été freiné par les difficultés budégtaires rencontées par l IPD. La pérennisation de cette activité de production vaccinale à l IPD est en cohérence avec les activités d expertise et de recherche menées dans le domaine du virus amaril. Elle est également une source de financement et, à ce titre, contribue très largement au soutien des activités de recherche de l IPD. L Institut Pasteur de Dakar participe à différents enseignements de l Université Cheikh Anta Diop de Dakar (faculté de médecine et de pharmacie, master en épidémiologie, master en entomologie, master d'immunologie des maladies infectieuses) et de l Université Gaston Berger de Saint Louis, ainsi qu à l Institut Pasteur à Paris. En 2012, l Institut a accueilli 73 étudiants et stagiaires sénégalais et étrangers jusqu au niveau post doctorant ainsi que de nombreux stagiaires des universités françaises et étrangères. Enfin parmi les faits marquants de 2012, on peut noter : - le 18 septembre, la remise officielle par Monsieur le Président de la République Macky SALL au Dr Amadou Alpha SALL, du Grand prix du Président de la République pour les Sciences (édition 2011). Ce prix, qui est la plus haute distinction scientifique délivrée au Sénégal, est venu récompenser un pasteurien pour la première fois. - le 3 novembre, l accueil et la visite de l IPD d une délégation de 49 congressistes qui avaient participé au colloque «Science, Enseignement et Technologie pour le Développement de l Afrique» organisé conjointement par l Académie Nationale des Sciences et Techniques du Sénégal, l Académie des Sciences de l Institut de France (COPED) et le Ministère de l Enseignement Supérieur et de la Recherche du Sénégal. Dans un contexte budgétaire toujours difficile, l Institut a réussi en 2012 à préserver l essentiel et mener à bien ses missions prioritaires dans le domaine de la recherche et de la santé publique au profit des populations du Sénégal et de l Afrique. 6 sur 113

7 En 2013, l Institut Pasteur de Dakar devra s attacher à : - renforcer ses activités de recherche sur ses ses thématiques traditionnelles (arboviroses et paludisme et pathologies respiratoires entériques ) - entretenir et améliorer ses plateaux techniques de recherche (LSB3, ), - maintenir opérationnel ses stations de recherches de terrain, - contractualiser les missions de l IPD avec le Ministère de la santé et de l action sociale et le Ministère de l enseignement supérieur et de la recherche afin de pouvoir mobiliser des fonds nécessaires à ses missions. - augmenter sa capacité de production de vaccin contre la fièvre jaune, tout en continuant à améliorer les infrastructures de l unité actuelle et débuter le concrètement le projet de nouvelle unité Pr André SPIEGEL Administrateur Général de l Institut Pasteur de Dakar 7 sur 113

8 Organigramme de l Institut Pasteur de Dakar 8 sur 113

9 Personnel de l Institut Pasteur de Dakar La Direction générale de la Fondation Institut Pasteur de Dakar (IPD) est sous la responsabilité d un Administrateur Général qui s appuie sur une Direction scientifique (DS) devenue fonctionnelle en 2012 avec la nomination du Dr Amadou Alpha SALL comme Directeur Scientifique, une Direction Administrative et Financière (DAF), et une Direction des Ressources Humaines (DRH). En 2012 le personnel de l IPD s est enrichi avec l arrivée de nouveaux personnels : on peut noter au LABM, la nomination du Dr Raymond BERCION en qualité de chef de service, le recrutement du Dr Chantal MAHOU comme pharmacienne biologiste ; le renforcement de l équipe du Service médical avec la titularisation du Dr Anta DICKO THIAM ; les arrivées du Dr Emmanuelle ESPIÉ comme experte au niveau de l Unité d Epidémiologie des maladies infectieuses, de Mr Alioune SOW comme Responsable du Service Approvisionnements. L année 2012 est aussi marquée par le rattachement à la DAF du Service de la Maintenance et du Service des ateliers et Garage qui dépendaient auparavant de la DRH. La DRH est organisée autour d une part d un directeur des ressources humaines et de son assistante qui ont en charge l administration et la gestion des ressources humaines (recrutement, paie, missions, congés, formation, relations avec les partenaires sociaux), d un standardiste, d un vaguemestre, d un agent de bibliothèque et d autre part des Services rattachés que sont le Service médical du travail, le Service Général et les Animaleries de Mbao. Du 1er janvier au 31 décembre 2012, l IPD pour la DRH c est la gestion et l administration d une masse salariale de FCFA (personnel local) et d un effectif cumulé de 187 personnes, composé de personnels permanents (expatriés et locaux, salariés en contrat de projet) et d étudiants stagiaires boursiers, ainsi réparti : salariés permanents soit 57 femmes et 112 hommes - 18 Stagiaires et étudiants boursiers Effectif par services Effectif au Effectif par personnels Direction : 10 Laboratoires de Recherche : 47 Laboratoires d Analyses Et de Production : 61 Administration : 13 Services Généraux et Maintenance : 16 Station d Elevage : 07 Projets : 09 Personnels scientifiques : 13 Personnels techniques : 47 Employés de Laboratoire : 45 Personnels animaliers : 07 Personnels administratifs : 27 Personnels de maintenance et de service : 15 Personnels Projets : 09

10 Etat nominatif du personnel au 31 décembre 2012 DIRECTION GENERALE Mr SPIEGEL André ADMINISTRATEUR GENERAL, Pr, MAEE Mme ABBEY Camille ASSISTANTE DE DIRECTION DIRECTION SCIENTIFIQUE Mr SALL Amadou Alpha DIRECTION ADMINISTRATIVE & FINANCIERE Mr VIREY Jean Pierre DAF, IPP Mme DIOUF GUEYE Khoudia COMPTABLE Mme DIAGNE Jeanne Aguida COMPTABLE Mme DIENG NDIAYE Fama COMPTABLE Mme POSATI AWADI Jocelyne SECRETAIRE Mme SOUMAH Amy SECRETAIRE Mr SANTIAGO Léonildo CAISSIER SERVICE APPROVISIONNEMENTS Mr DIALLO M. Moustapha RESPONSABLE DU SERVICE Mr Alioune SOW RESPONSABLE APPROVISIONNEMENT Mr CORREA Jean RESPONSABLE MAGASIN Mme TEXEIRA FORTEZ Christine LINGERE (mi-temps) Mr KONATE Mohamed Kaba MANŒUVRE SPECIALISE SERVICE TRANSIT Mr DIAGNE Malick RESPONSABLE DU SERVICE Mme SEYE DIOUF Mame Coumba DECLARANT EN DOUANE Mr SONKO Alioune CHAUFFEUR SERVICE ATELIERS & GARAGE Mr TALL Cheikh Amadou Tidiane RESPONSABLE DU SERVICE Mr DIOP Abdoulaye CHAUFFEUR Mr MBODJ Ndiaga MECANICIEN CHAUFFEUR SERVICE MAINTENANCE Mr MENDY Luc Serge RESPONSABLE DU SERVICE Mr MBAYE Malick TECHNICIEN SUPERIEUR MAINTENANCE Mr NDIAYE Simon OUVRIER FRIGORISTE DIRECTION DES RESSOURCES HUMAINES Mr FALL Abdoulaye DRH, CAT Mme SECK Jeanine SECRETAIRE Mr BODIAN Yancouba STANDARDISTE Mr BODIAN Assane VAGUEMESTRE BIBLIOTHEQUE Mr NDIAYE Mame Biram AGENT D'ADMINISTRATION SERVICE GENERAL Mr KANE Gabriel AGENT DE SERVICE Mr DIALLO Alpha Bocar MANŒUVRE SPECIALISE ANIMALERIES DE MBAO Mr NIANG Alassane RESPONSABLE DU SERVICE Mr CAMARA Ndiaye AGENT D'ELEVAGE - CHEF D'EQUIPE Mr DIEME Malang AGENT D'ELEVAGE - CHEF D'EQUIPE Mr SOW Ibrahima AGENT D'ELEVAGE Mr DIALLO Seydou AGENT D'ELEVAGE Mr KA Abdoulaye AGENT D'ELEVAGE Mr SALL Seydina Issa MANŒUVRE SPECIALISE SERVICE MEDICAL Mr DIALLO Mamadou Korka MEDECIN CHEF DU SERVICE, CAT Mme DICKO THIAM Anta MEDECIN, CAT LABO. BIOLOGIE MEDICALE Mr BREUREC Sébastien RESPONSABLE DU SERVICE (au ) 10 sur 113

11 Mr BERCION Raymond RESPONSABLE DU SERVICE, Dr Med, MAE Mr ADAMOU AROUNA Omar PHARMACIEN BIOLOGISTE, CAT, Dr Ph Mr SECK Abdoulaye PHARMACIEN BIOLOGISTE, CAT, Dr Ph Mme DOUALA DJEMBA MAHOU Chantal PHARMACIEN BIOLOGISTE, CAT, Dr Ph Mr CISSE Ousmane TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO., Major Mr DIENG Falilou TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mme NIATI Ivina Estelle RESPONSABLE QUALITE Mr SAMATEY Hassan Léopold TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mme SANKARE Jocelyne TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mme DIAGNE LOUM Fatou Kiné TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mr MBAYE Alioune Badara TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mme SENGHOR WILLIAM Anne Marie TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mr BADIANE Diogoye TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr BISSILA Armel Vivien TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mme NDIAYE DIALLO Rouguiétou TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO Mme DJIGUEUL MBAYE Rokhaya TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mr DRAME Khadim TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mme THIAM Mame Fakha Yamilé TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mme DIEYE MBAYE Fatimatou B.R. TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mme FALL MBODJ Ndèye Marième INFIRMIERE Mme SARR Geneviève INFIRMIERE (mi-temps) Mme BA SY Ndèye Marième INFIRMIERE (mi-temps) Mme NDENE MANGA Stella Maris INFIRMIERE Mme SANE COLY Amy INFIRMIERE (mi-temps) Mr FALL El Hadji Malick CHARGE CLIENTELE Mlle PINA Patricia SECRETAIRE - CHEF D'EQUIPE Mme LY DEME Astou SECRETAIRE Mme FAYE DIAM Henriette SECRETAIRE Mme AGNE YACINE Nadia SECRETAIRE Mme TALL GUISSE Awa SECRETAIRE Mme DJIGUEMDE B. Piyalo Yolande SECRETAIRE Mme MBODJ NDECKY Delphine SECRETAIRE Mr KONATE Samba AIDE DE LABORATOIRE Mr GNINGUE Djibril AGENT DE LABORATOIRE Mr BOLY Mamadou AGENT DE LABORATOIRE Mr DIALLO Mamadou Chérif MANŒUVRE SPECIALISE Mr DIENG Mamadou MANŒUVRE SPECIALISE SERVICE QUALITE Mme DIOP Maimouna RESPONSABLE DU SERVICE, CAT Mr GNING Babacar CADRE - ASSISTANT QUALITE, CAT LABORATOIRE de SECURITE ALIMENTAIRE ET d HYGIENE DE L ENVIRONNEMENT Mme SOW GASSAMA Amy CHEF D UNITE, Pr, PhD, Chargée de recherche Mme MBOW SARRE Maram RESPONSABLE TECHNIQUE Mme MANSALY GOMIS Colette RESPONSABLE QUALITE Mr GAYE Ibra Fall CHARGÉ CLIENTÈLE Mme DEME NDIAYE Mame Fatou TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mr DEME Saïdou Nourou TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr FALL Pape Mawade TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mlle BASSE Catherine Marie SECRETAIRE Mr DASYLVA Vincent AIDE DE LABORATOIRE Mr CABO Joseph Gabriel MANŒUVRE SPECIALISE UNITE DE BACTERIOLOGIE EXPERIMENTALE Mme SOW GASSAMA Amy CHEF D UNITE, Pr, PhD, Chargée de recherche Mr WANE Abdoul Aziz TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr GUEYE Amadou Moctar AIDE DE LABORATOIRE 11 sur 113

12 UNITE DES ARBOVIRUS & VIRUS DES FIEVRES HEMORRAGIQUES Mr SALL Amadou Alpha CHEF D UNITE, PhD, Chargé de recherche Mr FAYE Ousmane CHARGE DE RECHERCHE, PhD Mr FAYE Oumar STAGIAIRE DE RECHERCHE Mme SYLLA BA Rouguiétou TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mme MONDO Mireille TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mr DIAGNE Modou TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr NDIAYE Maguèye TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr DIA Moussa TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr NDIAYE Oumar TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mme NDIAYE DANFAKHA Mama SECRETAIRE Mr FORTEZ Carlos AGENT TECHNIQUE DE LABO. Mr BADIANE Idrissa AIDE DE LABORATOIRE Mr DIALLO Ibrahima AGENT DE LABORATOIRE Mr NDIAYE Modou MANŒUVRE SPECIALISE Mr GUEYE Mbaye MANŒUVRE SPECIALISE UNITE DE VIROLOGIE MEDICALE Mr DIOP Ousmane CHEF D UNITE, Détaché Mme NIANG NDIAYE Mbayame CHARGEE DE RECHERCHE, PhD Mr NDIAYE Abdel Kader ASSISTANT DE RECHERCHE, Dr Med Mme FALL DIOUF Aïchatou TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mr FALL Hamet TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr FAYE El Hadj Abdourahmane TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mme GOUDIABY GUEYE Déborah TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mr SY Atab MANŒUVRE SPECIALISE Mr KEITA Moussa MANŒUVRE SPECIALISE UNITE D'ENTOMOLOGIE MEDICALE Mr DIALLO Mawlouth CHEF D UNITE Mr BA Yamar CHARGE DE RECHERCHE Mr DIA Ibrahima CHARGE DE RECHERCHE Mr THIAW Amadou AGENT TECHNIQUE DE LABO. Mr DIOUF Momar AIDE DE LABORATOIRE Mr BODIAN Abdou Karim MANŒUVRE SPECIALISE MANGA Maodo Malick AGENT DE LABORATOIRE SERVICE INFORMATIQUE Mme NJIWA SARR Haby RESPONSABLE DU SERVICE, CAT Mr DIOUM Demba INGENIEUR INFORMATICIEN, CAT UNITE D'EPIDEMIOLOGIE Mr TALL Adama CHEF D UNITE, Chargé de recherche, Dr Med, PhD Mr RICHARD Vincent ADJOINT, Dr Med, HDR, MAEE Mme ESPIE Emmanuelle EXPERT Mme DIENE SARR Fatoumata MEDECIN Mr FAYE Joseph TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr BADIANE Abdoulaye INFIRMIER Mr DIAKHABY Gaoussou AIDE DE LABORATOIRE UNITE VACCIN FIEVRE JAUNE Mr Stéphane CHAMBAUD PHARMACIEN RESPONSABLE, FEI UNITE PRODUCTION VACCIN FIEVRE JAUNE Mr NDIAYE Djibril RESPONSABLE DE PRODUCTION, CAT Mme NDIAYE SARR Adama TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mr SOUMARE Assane TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr SECK El Hadji Oumar TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. 12 sur 113

13 Mr SAMBOU Lamine AIDE DE LABORATOIRE Mr DIONE Ndick AIDE DE LABORATOIRE Mr SENE Demba AIDE DE LABORATOIRE Mr DIA Amadou MANŒUVRE SPECIALISE LABO. DE CONTROLE DE QUALITE Mr DIATTA Antoine-Marie PHARMACIEN CONTROLEUR Mme DIALLO FALL Ramata TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mme GADJI COUNDOUL Khadidiatou TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mme FAYE COULIBALY Nd. Nas. TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mr DIA Mamadou MANŒUVRE SPECIALISE UNITE D'IMMUNOLOGIE Mme TOURE Aïssatou CHEF D UNITE Mr DIOUF Babacar TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr THIAM Alassane TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr FAYE Michel Matar TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr SAMB El Hadji Oumar AIDE DE LABORATOIRE Mr DIOP Malick MANŒUVRE SPECIALISE UNITE D IMMUNOGENETIQUE Mr DIEYE Alioune Chef de laboratoire Mr THIAM Alassane TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. (en décembre 2012) METROLOGIE Mr DIAKITE Mamadou RESPONSABLE DU SERVICE CONTRATS DE PROJET UNITE DE VIROLOGIE MEDICALE Mr KIORI Davy Evard TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr CISSE El Hadji Abdoul Khadir TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mr KEBE Ousmane TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. Mme CAMARA Oumou QUALITICIENNE Mme BALDE SECK Fatoumata TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. UNITE DES ARBOVIRUS & V.F.H. Mme FOFANA SOW Fatoumata Bintou TECHNICIENNE SUPERIEURE QUALITE Melle BA Arame TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Melle MBAYE Khardiata TECHNICIENNE SUPERIEURE DE LABO. Mme FALL DRAME Gamou CHERCHEUR Mme DOS REIS VARELA Marie-Louise POST DOCTORANT UNITE DES ARBOVIRUS & V.F.H. (Station de Kédougou) Mr SOW Abdourahmane MEDECIN Mr SADIO Bacary Djilokalisse TECHNICIEN SUPERIEUR DE LABO. UNITE D'ENTOMOLOGIE MEDICALE Mr DIALLO Diawo CHERCHEUR Mr FALL Bidiel CHAUFFEUR UNITE D IMMUNOLOGIE Mr NIANG Makhtar CHERCHEUR UNITE DE BACTÉRIOLOGIE EXPÉRIMENTALE Melle NIANG Aïssatou CHERCHEUR Départs à la retraite au 31 décembre 2012 Mamadou Moustapha DIALLO CHEF DES APPROVISIONNEMENTS Malang DIEME AGENT D ELEVAGE Autres départs Mr Sébastien BREUREC RESPONSABLE DU LABM ( ) Mr Omar ADAMOU AROUNA LABM ( ) Mr Pape Mawade FALL LSAHE ( ) Mr Ousmane DIOP UNITE DE VIROLOGIE MEDICALE ( ) 13 sur 113

14 Activités de recherche, d expertise et de santé publique 14 sur 113

15 Unité des arbovirus et des virus des fièvres hémorragiques Personnel de l unité Responsable scientifique : Amadou Alpha SALL, Chef de laboratoire, PhD Adjoint : Ousmane Faye, Chargé de recherche, PhD Autres personnels scientifiques : Oumar Faye, Assistant de recherche, PhD, Gamou Fall Dramé, Post doctorant, PhD, Abdourahmane Sow, MD Collaborations et partenariats Institut Pasteur de Dakar - Unité d entomologie médicale: Dr Mawlouth Diallo, Dr Yamar Ba, Dr Ibrahima Dia - Unité de virologie médicale : Dr Mbayame Niang, Dr Kader Ndiaye - Unité d épidémiologie : Dr Adama Tall, Dr Fatoumata Diène Sarr - Unité d immunologie : Dr Aissatou Touré - Centre de vaccination anti-rabique : Dr Korka Diallo Au niveau national : - Université Cheikh Anta Diop de Dakar : Pr Mbacké Sembène - Université de Thiès : Pr Cheikh Saadibou Boye. - Institut Sénégalais de Recherches Agricoles : Moustapha Lô - IRD : Jean Marc Duplantier, Khalilou Ba, Laurent Grangeon - Ministère de la santé et de la prévention médicale : Dr Aboubakry Fall, Dr Oumar Ba, Dr Mamadou Ndiaye, Dr Youssoupha Ndiaye, Dr Cheikh Saadibouh Senghor, Dr Doudou Sène, Dr Ndao (Ninefecha), Mr Mansaly, Mr Faty - Service de Santé des armées : Mr Tine, Mr Aziz Ndiaye - Hôpital de Fann Clinique des Maladie Infectieuses : Pr Bernard DIOP, Sylvie Diop, - Hopital Principal de Dakar : Pr Bakary Diatta, Dr Mansour Fall, Dr Khalifa Wade - Hopital Aristide le Dantec : Pr Thérèse Moreira - Ecole Inter états de Science et Médecine Vétérinaire : Pr R. Alambedji, Dr Philippe Koné - Représentation nationale de l OMS à Dakar : Dr M Coly Au niveau international : - Columbia University of New york: Pr Ian Lipkin - Penn State University (Etats Unis) : Dr E. C. Holmes - Université de Sao Paulo (Brésil) : Dr P. M. de A. Zanotto - Centre National d Hygiène, Nouakchott (Mauritanie) : Dr Hampaté Bâ - Institut Pasteur Paris: Dr Hervé Bourhy, Dr Laurent Dacheux - Institut Pasteur de Côte d Ivoire : Dr Edgar Adjogoua - Institut Pasteur de Bangui : Dr Emmanuel Nakouné - Université de Gottingen : Dr Manfred weidmann et Dr Frank Hufert - Université de Galveston au Texas : Pr Scott Weaver, Dr Nikolas Vasilakis - Université du nouveau Mexique : Pr Kathy Hanley - John Hopkins University : Pr Derek Cummings 15 sur 113

16 - Université de Vienne : Tim Skern - Robert Koch Institute : Matthias Niedrig - Réseau des laboratoires Fièvre Jaune de l OMS, Région Africaine : Dr Annick Dosseh Introduction L unité des arbovirus et virus des arbovirus est un Centre Collaborateur OMS pour les arbovirus et virus de fièvres hémorragiques, Centre régional de référence pour le réseau OMS des laboratoires de diagnostic de la fièvre jaune et Centre d expertise FAO pour la fièvre de la vallée du Rift. L unité abrite aussi le centre national de référence sur la rage. En 2012, cette unité compte 23 membres incluant 6 cadres scientifiques nationaux (un chef de laboratoire, un chargé de recherche, un assistant de recherche, 1 médecin chargé des activités de terrain, 1 post-doctorant, une responsable de la qualité), 8 techniciens supérieurs, 1 étudiante en thèse, 2 étudiants en master, 5 agents techniques de laboratoire et 1 assistante administrative. En 2012, les priorités de l unité ont porté sur : - le développement et le renforcement des missions de l unité dans les domaines la recherche et les activités de santé publique investigations d épidémie de fièvre jaune et évaluation de risque de fièvre jaune et - le renforcement de la démarche qualité au niveau de l unité notamment pour les activités de diagnostic, de l isolement et de l identification des arbovirus mais aussi dans certains projets de recherche. Aussi, 2 master de biologie animale et un master de santé publique ont été soutenus sur les cinétiques de réplication des virus West Nile et Zika et sur l enquête de couverture vaccinale du virus de la fièvre jaune respectivement. 1. Activités de recherche En 2012, les activités de recherche sur les arbovirus et virus de fièvres hémorragiques peuvent être regroupés en 5 thématiques: développement et amélioration d outils de diagnostic, l évolution moléculaire des arbovirus, les interactions virus-vecteurs, modélisation et évaluation des risques d émergence et découverte de nouveaux pathogènes Développement et amélioration d outils de diagnostic Développement de tests rapides de terrain pour le diagnostic, le contrôle et la gestion des épidémies de fièvre hémorragique virales (VHF-Diagnostics) Ce projet de recherche avait été financé par le programme FP6 INCO de la commission européenne. Il s agit d une collaboration entre 3 laboratoires européens (Institut de virologie de l Université de Gottingen en Allemagne, Institut Pasteur à Paris, Institut pour le contrôle des maladies infectieuses en Suède) et 4 laboratoires africains (IPD, Centre de surveillance pluri-pathologique de l OMS à Ouagadougou, le Centre Charles Mérieux au Mali et l Institut de Microbiologie à la faculté de médecine à l Université de Conakry) et une PME allemande (Mikrogen) spécialisée dans les tests de diagnostic sur bandelettes. Au sein de l UAVFH, les Drs Amadou A Sall et Ousmane Faye en sont responsables. Objectifs : i) Développer des tests rapides destinés aux postes de santé comme outil de première ligne sous forme de bandelettes pour le diagnostic de 7 FHV (FJ, LAS, DEN, MAR, EBO, FVR, fièvre de Crimée- Congo) et ii) une plateforme mobile de RT-PCR en temps réel pour le diagnostic et la prise en charge des cas de FHV. 16 sur 113

17 Méthodes : Pour le développement des bandelettes dites line-assays (LA), les protéines recombinantes virales pour les 7 VFH seront exprimées dans le système RTS 500, S2 ou PGEX, purifiés puis déposés en parallèle à l instar d un code barre sur les bandelettes de nitrocellulose. Ces dernières ont été utilisées pour la détection des anticorps IgM. Pour le développement de la plateforme mobile de RT- PCR en temps réel, un protocole d'extraction d'arn adapté au terrain, des mélanges réactionnels lyophilisés et des amorces et sondes optimisées pour chacune des FHV ciblées seront développés. Les bandelettes et la plateforme mobile seront validées au laboratoire - à l aide d une sérothèque constituée à cet effet - et sur le terrain lors d épidémies. Résultats : En novembre 2010 à la fin du financement de l UE, la plateforme mobile de RT-PCR en temps réel était opérationnelle après avoir été validée à Kédougou et utilisée au Cap vert, en Mauritanie et en Ouganda pour des épidémies de dengue, fièvre de la Vallée du Rift et fièvre jaune. Par ailleurs, le premier prototype de bandelette LA a été réalisé, pré- évalué au niveau des laboratoires du consortium. Cependant ses performances limitées avaient justifiées la réalisation d un deuxième prototype évalué en 2011 dans des laboratoires du consortium et en 2012 une évaluation multicentrique sur le terrain dans 5 pays d Afrique (Burkina Faso, Guinée, Mali, République démocratique du Congo et Sénégal) et 25 sites a été mis en oeuvre. Ainsi, grâce à un financement de la coopération allemande GIZ, un atelier regroupant 25 participants travaillant dans des laboratoires de terrain au Burkina Faso, Guinée, Mali et Sénégal a été organisé à Dakar en juillet 2012 et a permis de i) faire le point sur les besoins et la situation des fièvres hémorragiques dans les différentes régions de ces pays, ii) discuter de la mise en œuvre avec une démarche d assurance qualité du protocole d évaluation dans les sites de chaque pays iii) former les participants à l utilisation du second prototype de LA iv) distribuer le matériel nécessaire à la mise en oeuvre de l évaluation. A l issue de cet atelier, un contrôle de qualité a été organisé en Novembre 2012 avec tous le participants dans leur site de travail et permis de valider les compétences acquises durant l atelier sur le site de terrain de chaque pays. Ensuite les différents participants du projet ont commencé à tester les sérums de patients répondant à la définition de cas de fièvres hémorragiques virales définis par le protocole. Conclusion et perspectives : Au cours du 1 er trimestre 2013, les différents sites de terrain au niveau des pays vont finaliser la validation du second prototype et permettre les améliorations de la bandelette avec un 5 eme prototype si nécessaire. Aussi, un atelier sera organisé à Kinshasa pour l évaluation des bandelettes dans ce pays et une journée d information sera organisée au début du mois d avril 2013 à l attention de l OMS et des ministères de la santé des différents pays où les tests ont été évalués pour faire connaître le test de diagnostic en question et favoriser son utilisation dans ces pays Développement d une méthode de détection rapide des flavivirus au chevet du malade (point of care) Ce projet est financé par le gouvernement allemand est une collaboration entre les universités de Freiburg, Gottingen et l Institut Robert Koch en Allemagne et l Unité d Arbovirologie de l Institut Pasteur de Dakar dont le rôle est de contribuer à la validation technique et opérationnelle des tests et de l équipement utilisé. Le Dr Oumar Faye en assure la mise en oeuvre de ce projet. Objectif : L objectif de ce projet est de mettre au point une méthode de détection rapide, quantitative et en une seule étape pour la recherche des flavivirus au chevet du malade. Au niveau de l UAVFH, l objectif est valider les tests et équipements utilisés pour ce projet dans la perspective d'améliorer notre plateau de diagnostic moléculaire et surveillance des infections fébriles aigues. Méthodes: Dans la perspective d utiliser la méthode de détection Recombinase Polymerase Amplification (RPA) pour une amplification en 15 minutes du génome viral, des amorces et sondes ciblant la polymérase des flavivirus ont été mis au point et optimisés et testés sur les différents flavivirus circulant en Afrique (Kédougou, Yaoundé, Zika, Koutango, Uganda S, Spondweni, Wesselsbron, Dakar bat, Sepik, Bouboui). Résultats : Les amorces ont permis de détecter les flavivirus testés et circulant en Afrique avec un seuil de détection de copies/ réactions. Grâce à une visite du Dr Patel à l IPD, le test et les équipements pour l utiliser au chevet du malade ont été évalués avec succès sur les prélèvements humains et de moustiques infectés par le virus de la fièvre jaune. 17 sur 113

18 Conclusions et perspectives : La technique de RT-PCR mise au point est utilisée en routine au sein de notre unité et la méthode a été publiée dans Virology journal. Une validation sur le terrain est prévue pour le format au chevet du malade en Avril Evolution moléculaire des arbovirus et virus de fièvres hémorragiques En 2012, les projets de cette thématique ont porté sur l étude de la variabilité du virus West Nile et la caractérisation génétique du virus Ntaya Evolution moléculaire du virus West Nile Ce projet Euro West Nile est financé par l Union Européenne dans le cadre du FP 7 qui est un consortium de 16 instituts européens et l IPD. Au niveau de l UAVFH, les Dr Amadou A Sall et Dr Gamou Fall Dramé, post-doctorant y sont impliqués. Objectif : L objectif est d analyser la diversité des souches de WN en séquençant les génomes complets des souches des lignées 1, 2, 8, et Koutango. Méthode : Elle consiste à séquencer les régions codantes des protéines de l enveloppe (E), de la polymérase NS5 et de la zone NS5/ 3 NC de souches des souches de WN de différentes régions du Sénégal et d Afrique, d hôtes et contextes épidémiologiques différents puis à partir de ces séquences préliminaires de séquencer les génomes complets de ces virus en générant des produits PCR chevauchants pour couvrir la totalité du génome. Résultats : En 2012, l analyse de 20 génomes complets de lignées 1, 2 et Koutangou a permis de confirmer la tendance identifiée par les résultats préliminaires : i) plus de diversité au sein de la lignée 1 par rapport aux lignées 2 et Koutango ii) de nombreuses substitutions d acides aminés le long du génome et l existence de séquences de 4 acides aminés ou plus variant d une lignée à une autre iii) des variations importantes du site de glycosylation à la position 154 de la protéine d enveloppe qui peut avoir un impact non négligeable sur la transmission du virus dans la nature. En outre, l analyse des souches de la région de Dakar-Bango en 1989 a permis de montrer que la lignée 2 du virus West Nile est présente au moins depuis cette date bien qu elle n ait été détecté à Barkédji qu à partir de Conclusion et perspectives : L analyse approfondie des séquences des souches du virus West Nile au Sénégal devraient nous permettre de mieux comprendre sa circulation au Sénégal et le rôle du parc ornithologique du Djoudj (Dakar Bango) - site d entrée des oiseaux migrateurs en provenance d Europe - sur les liens entre les souches africaines et européennes Caractérisation génétique du virus Ntaya Ce travail a été mené en collaboration avec l Université de Göttingen en Allemagne et concerne le virus Ntaya, un flavivirus non caractérisée à ce jour. Objectif : déterminer le génome complet du virus Ntaya et de le comparer aux autres flavivirus. Méthodes : La souche Ntaya isolée au Cameroun en 1966 a été cultivée et l ARN extrait et caractérisée par séquençage à haut débit. IRésultats : L analyse de la souche de Ntaya a montré qu il est proche des souches Bagaza au sein du genre flavivirus. I Conclusion: Les résultats obtenus ont fait l objet d une publication dans Virus Genes Interaction des arbovirus avec leurs vecteurs En 2012, les projets de cette thématique ont porté sur les interactions des virus West Nile et Zika avec leurs vecteurs ou cellules - hôtes Interaction du virus West Nile avec son vecteur sauvage et domestique. Ce projet fait l objet d un post-doctorat mené par Dr Gamou Fall Dramé au sein de l unité des Arbovirus et Virus de Fièvres Hémorragiques, en collaboration avec l unité d entomologie médicale de l Institut Pasteur de Dakar. En 2012, il a accueilli un étudiant en master, Mr Martin Faye. 18 sur 113

19 Objectif : L objectif principal est l étude des interactions du VWN avec son vecteur sauvage (Culex neavei) et domestique (Culex quinquefasciatus) et l impact de la diversité du virus à travers les différentes lignées et de la glycosylation de la protéine d enveloppe. Méthodes : Des stocks viraux été préparés en infectant des cellules AP61 (Aedes pseudoscutellaris, clone 61). Des moustiques Culex sauvages et domestiques ont été infectés avec les stocks viraux pour l analyse des compétences vectorielles. Pour cela, des dissections de moustiques ont été effectuées à différents temps après infection, suivis de broyage et PCR pour voir l infection des moustiques, la dissémination des virus, et leur transmission dans la salive. En parallèle, des cellules AP61 vont être infectées avec les surnageants issus des broyages, et la présence de virus va être confirmée par des tests d immunofluorescence indirecte. Par ailleurs, des cellules de moustiques (AP61) et de mammifères (Vero) qui ont été infectés aves les lignées du VWN testés avec les moustiques pour analyser leur cinétique de réplication in vitro. Principaux résultats : L infection expérimentale des 2 espèces de Culex a montré qu elles sont compétentes et capables de transmettre la lignée 1 mais que les lignées 2, 8, et Koutango ne sont pas transmises dans la salive. Étant donné que la lignée 1 possède un profil de site de glycosylation différent des autres lignées, ce résultat pourrait suggérer à l instar d études antérieures un rôle de la glycosylation dans la transmission du VWN. L étude in vitro de cinétique de la réplication des différentes lignées du VWN a montré qu elles sont généralement comparables dans les cellules de moustiques (AP61) ou de mammifères (Vero) même si quelques différences ont été mises en évidence notamment au niveau de l entrée des virions dans les cellules. Conclusion et perspectives : Cette étude a donc permis de mieux comprendre la diversité des VWN en Afrique particulièrement au Sénégal, et son impact sur le plan biologique. L utilisation de clones infectieux devrait permettre de mieux caractériser le rôle cette diversité notamment au niveau du site de glycosylation de la protéine d enveloppe dans la transmission du VWN. Ces résultats seront publiés en Interaction du virus Zika (VZIK) avec son vecteur sauvage et domestique : cinétique de réplication in vitro des différentes lignées. Ce projet est mené en collaboration avec l unité d entomologie médicale où il fait l objet d une thèse sur l impact de la diversité du VZIK sur la transmission par ses vecteurs sauvages et domestiques. Au niveau de l UAVFH, il est mené par une étudiante en master, Mlle Naïmah Zen, sous la supervison du Dr Oumar Faye, pour évaluer in vitro l impact de la diversité sur la réplication. Objectif : Evaluer l impact de la recombinaison de souches du virus Zika sur des cellules de vertébrés (Vero) et d invertébrés (AP61). Méthodes : Des stocks de 2 souches non recombinantes (ArD et ArD131912) et 2 recombinantes (ArD et ArD157995), appartenant à 2 lignées ont été utilisés pour infecter de cellules AP61 et Véro et suivre leur cinétiques de réplication à 22, 28, 50, 75, 99, 124 et 146 heures post-infection (hpi) dans les cellules et les surnageants par RT-PCR temps réel, titrage et immunofluorescence. Principaux résultats : Les cinétiques de réplication sont comparables pour les souches recombinantes et non recombinantes même si la souche recombinante ArD qui n a pas de site de glycosylation à la position de l asparagine 153 a présenté une plus faible réplication que les autres souches testées. Aussi les différentes souches se répliquent mieux dans les cellules AP61 que Vero. Enfin, les souches non recombinantes ArD de la lignée 2 et ArD de la lignée 1, ont présenté un profil de réplication comparable sur les cellules AP61 mais différents sur les cellules Vero. Conclusion et perspectives : Ces résultats ne nous permettent pas de conclure à un impact réel de la recombinaison sur la réplication du VZIK dans les 2 systèmes cellulaires étudiés et appellent à faire une étude plus approfondie avec plus de souches et de lignées. 19 sur 113

20 1.4. Modélisation et évaluation des risques d émergence des arbovirus et virus de fièvres hémorragiques En 2012, cette thématique est abordée au travers 2 projets présentés ci dessous Mécanisme d émergence de la dengue selvatique et de chikungunya Ce projet financé par le National Institute of Health (NIH) à hauteur de 1,5 million de dollars US pour l Institut Pasteur de Dakar est mené en collaboration avec l unité d entomologie médicale. Le Dr Amadou A Sall en est le co-investigateur principal et au niveau de l UAVFH, les Dr Oumar Faye et Abdourahmane Sow sont chargés de la mise en œuvre technique au laboratoire (analyses virologiques) et sur le terrain (composante humaine) respectivement. Objectif : Comprendre les mécanismes d émergence de la dengue et chikungunya dans le contexte de transmission selvatique. Méthodes : La dynamique de transmission et d émergence des 2 virus est analysée à Kédougou -site où la surveillance humaine et entomologique a permis de détecter régulièrement leur activités - à travers 3 composantes : i) humaine qui repose sur 7 structures de santé pour le recrutement de cas sévères et un suivi longitudinal des élèves des écoles ii) entomologique avec l analyse des vecteurs et leur bio-écologie iii) primates qui consiste à analyser la circulation des arbovirus dans cette région chez les primates. Les différents prélèvements sont testés pour la recherche de virus ou d anticorps IgM et IgG vis-à-vis des VDEN, VCHIK et autres arbovirus (fièvre jaune, Zika, West Nile) par des méthodes sérologiques, moléculaires et virologiques. Résultats : En 2012, 3416 patients ont été inclus dont 51 % avec des gouttes épaisses négatives soit 1739 échantillons. Une cohorte de 958 élèves a été prélevée au mois de Mai Durant l année scolaire, 29 élèves présentant un syndrome infectieux ont été inclus et suivis. Des anticorps IgM antivirus Zika ont été détectés au mois d Octobre et semble être un cas sporadique et l analyse des IgG et anticorps neutralisants a montré que 61% de la population était immunisé contre le VZIK. Par ailleurs 303 primates ont été analysés et indiqué une circulation du VZIK qui a conduit àl immunisation de 82%, 62% et 57% respectivement pour Chlorocebus sabaeus, Papio papio et Erythrocebus patas. Pour les moustiques, bien que 3443 lots aient été collectés entre juin 2011 et décembre 2012, leur analyse en cours n a pas permis de révéler une circulation du virus. Aussi, un travail de modélisation a été effectué pour expliquer le cycle de 5-8 ans entre les différentes amplifications passées et a fait l objet d une publication dans PLoS Neglected Tropical Diseases. Conclusion et perspectives: Après 4 années d activités, ce projet a généré beaucoup de données qui sont en cours d exploitation pour l entomologie, la virologie et la modélisation et plusieurs articles sont en cours de rédaction Impact de l invasion du rat noir dans les populations humaines des régions de Kédougou et Tambacounda. Ce projet de recherche financé par l Agence Nationale de Recherche (ANR) est mené en collaboration avec l UMR IRD-INSERM - U2 de Marseille, le CBGP, Montpellier (France), le PRODIG de Paris (France) et l IPD. L investigateur principal est le Dr Pascal Handshumacher et au niveau de l IPD, c est le Dr Mawlouth Diallo qui en est le coordonnateur. Au niveau de la virologie, les Drs Ousmane Faye, Amadou Alpha Sall et Abdourahmane Sow assurent les activités relatives aux enquêtes séroépidémiologiques et les isolements des virus à partir des rongeurs et arthropodes. Objectif : Comprendre quel est l impact de l invasion des populations de rats noirs Rattus rattus - commensal de l homme et se propageant le long de axes routiers en relation avec le transport des marchandises - sur la santé des populations des régions de Kédougou et Tambacounda et l émergence d anthropozoonoses. Méthodes: A partir de Tambacounda au sud est du Sénégal, 2 axes routiers Tambacounda- Kidira et Tambacounda-Kédougou très fréquentés pour le transport de marchandises, ont été prospectés au niveau de plusieurs villages pour la présence du rat noir et l exposition des populations humaines aux virus présents chez ce dernier. Ainsi, dans chaque village visité, les populations humaines ont été prélevées et, les rongeurs et arthropodes en milieu domestique et péri-domestique ont été collectés 20 sur 113

21 pour rechercher les virus ou les marqueurs de leur circulation afin d établir les cycles de transmission existants. Résultats : En 2012, 876 rongeurs correspondant 10 espèces dont 3 majoritaires (Mus musculus, Mastomys natalensis, Rattus rattus) ont été capturés de 21 localités permettant ainsi de constituer 1262 lots organes et des sérums. L espèce Rattus rattus a été identifiée dans 9 localités et sur les 2 axes routiers mais sa présence n est pas systématique dans les villages. Pour les vecteurs 3839 moustiques et phlébotomes ont été collectés et identifiés. Pour les populations humaines, 995 sujets ont été inclus et prélevés (503 et 498 échantillons dans les régions de Tambacounda et de Kédougou). L ensemble des prélèvements sont en cours de traitement par la plateforme de virologie et les résultats préliminaires ont permis d identifier les virus Gabek forest et Koutango chez les rongeurs. Conclusions et perspectives: Les virus qui seront identifiés chez les rongeurs feront l objet d une recherche spécifique dans les populations qui ont été exposées à ces rongeurs et fera l objet des activités en Découverte des pathogènes nouveaux Détection de virus inconnus responsables des encéphalites chez l homme (DEVINE) Ce projet est financé totalement dans le cadre des PTR. Il fait intervenir 6 équipes de l IPP et 3 équipes du RIIP (Dakar Abidjan et Bangui). La coordination de ce projet est assurée par le Dr Ousmane Faye. Contexte : L'encéphalite se traduit généralement par une maladie grave nécessitant une hospitalisation, et est associée à une morbidité et une mortalité importantes. En Afrique, peu d'études systématiques pour la confirmation étiologique de cas d'encéphalite virale sont effectuées. Malgré l'utilisation des nouvelles technologies moléculaires pour le diagnostic des infections virales du système nerveux central, environ 30 à 70% des cas d'encéphalite reste inexpliqué. Ainsi, il est nécessaire d'identifier ces agents et de définir les caractéristiques clinico-épidémiologiques. Objectif : Identifier de nouveaux agents virologiques potentiellement impliqués dans les syndromes d'encéphalite en Afrique en utilisant des outils permettant de mettre en place un test de diagnostic, s'appuyant sur une gamme de virus pathogènes pour l'homme. Méthodes : Pour le Sénégal, le recrutement des patients est réalisé dans les trois grands hôpitaux de Dakar : L hôpital Fann, hôpital Aristide le Dantec et à l hôpital principal de Dakar. Ce projet comprend 4 parties que sont (i) inclusion, la collecte des informations, (ii) collecte d'échantillons biologiques, et réalisation de tests préliminaires, (iii) analyse par séquençage à haut débit des échantillons provenant de patients et (iv) analyse des rrésultats. Principaux résultats : Un total de 43 patients a été recruté dont 10 décès. Le paludisme et la grippe ont été identifiés comme étant la cause de l encéphalite chez 9 patients. Un cas herpétique et un cas avec une infection HIV ont été identifiés. Aucune trace d infection arbovirale n a pu être identifié chez ces patients. A l IPP, séquençage à haut débit et puces à ADN de re-séquençage de haute densité ont été réalisés. Aucun agent viral n'a pu être mis en évidence après analyse des résultats obtenus par les puces à ADN. Les données générées par le séquençage à haut débit, représentant un volume considérable d'informations à traiter via des processus d'analyses informatiques dédiés, sont encore en cours d'exploitation. Les résultats définitifs devraient être disponibles en Perspectives pour l année 2013 : Les objectifs pour l année 2013 sont (i) la poursuite du recrutement pour atteindre le nombre de 150 patients pour le Sénégal, (ii) l exécution des tests de premières lignes et (iii) la poursuite de l analyse des séquençages à haut débit à Paris. 2. Activités de santé publique Les activités de santé publique et services dont je suis responsable sont les activités de surveillance, de diagnostic, d isolement et d identification des virus et les investigations d épidémies. 21 sur 113

22 2.1. Surveillance de la fièvre jaune dans le cadre du réseau OMS des laboratoires de fièvre jaune Objectifs : Depuis 2003, le bureau régional de l OMS (AFRO) a mis en place un réseau de laboratoires FJ dont le but est d appuyer la surveillance de cette maladie dans plusieurs pays d Afrique. Dans ce réseau de 20 laboratoires, l UAVFH joue le rôle de laboratoire régional de référence. Méthodes : La surveillance de la FJ repose sur l identification de cas suspects de FJ (i.e. ictère fébrile avec une fièvre évoluant depuis moins de 2 semaines) par les structures de santé des différents pays appartenant au réseau OMS. Pour chaque cas suspect, un prélèvement de sérum ou plasma est adressé au laboratoire national de référence OMS pour la recherche par ELISA d anticorps IgM dirigés contre le VFJ. Lorsque le résultat est positif ou douteux, le sérum est envoyé à l UAVFH pour une confirmation du résultat et des investigations supplémentaires. Principaux résultats : Au cours de l année 2012, les faits marquants concernant la surveillance de la FJ sont les suivants : cas d ictères fébriles provenant de l Angola, la Gambie, le Libéria, le Niger, le Tchad et Sénégal ont été adressés à l UAVFH pour rechercher la présence d IgM antiamarils pour les virus de la fièvre jaune, de la fièvre de la vallée du Rift, du West Nile, du Chikungunya et de la fièvre hémorragique de Crimée Congo. La circulation du VFJ a été détecté au Tchad, en Gambie et au Sénégal et ont l objet d investigations complémentaires qui ont montré qu au Sénégal, il ne s agissait pas d une infection par le virus sauvage de la FJ sérums de cas présumés positifs de fièvre jaune ont été adressés à l UAVFH pour confirmation ; ce qui a été possible pour 55 cas de 10 pays que sont le Cameroun (17), Congo Brazzaville (5), Ghana (1), Gambie (1), Libéria (2), Côte d Ivoire (4), RCA (2), Sénégal (1), Togo (20), Sierra Léone (3). Conclusions et perspectives : En 2012, les performances dans le délai des rendus de résultats du laboratoire ont été améliorées passant de 74% à 83% entre 2011 et Aussi en 2013, une enquête sera mise en œuvre pour évaluer le niveau de satisfaction des clients de l UAVFH pour le diagnostic Surveillance des arbovirus dans la faune culicidienne et de vertébrés sauvages Objectifs : i) de mettre en évidence la circulation des arbovirus et virus de fièvres hémorragiques dans la faune culicidienne et chez les vertébrés sauvages ii) comprendre les cycles naturels des principaux virus pathogènes et les mécanismes conduisant à leur émergence et amplification au Sénégal et dans des pays de la sous-région. Méthodologie : Au Sénégal, deux zones géographiques sont étudiées en priorité depuis plusieurs années et font l objet d un suivi longitudinal systématique la population culicidienne mais aussi de populations de vertébrés divers (rongeurs, petits ruminants, bétail et humains). Les zones ciblées sont i) la région de Kédougou dans le sud-est du Sénégal, choisie pour ces caractéristiques écologiques typique de zones de transition entre la forêt et la savane et très favorables à l émergence des virus de la fièvre jaune, la dengue, Zika ii) la région du Fleuve et le Ferlo qui sont propices à la circulation des virus de la Fièvre de la Vallée du Rift, West Nile ou Sanaar. Par ailleurs des souches peuvent être transmises au CRORA pour identifier ou confirmer l identification de virus isolés. Principaux résultats : Les investigations virologiques à partir de lots de moustiques et tiques capturés dans les zones d étude ont conduit à l isolement de souches des virus Ngari et Zika. Perspectives : Au cours de l année 2013, un projet d amélioration de l identification sera initié avec l introduction des méthodes moléculaires de détection des virus à partir des moustiques, phlébotomes et rongeurs Diagnostic des cas suspects de rage humaine ou animale En 2012, la clinique des maladies infectieuses de l Hopital de Fann, les structures de vétérinaires privés ou l EISMV ont permis d isoler le virus à partir de 5 cas humains et 10 animaux. Le nombre des recrutements a sensiblement augmenté par rapport aux années précédentes probablement en relation avec la sensibilisation des acteurs impliqués dans la rage. 22 sur 113