MANUEL DE PRELEVEMENT du Laboratoire de Biologie Oncologique

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1 MANUEL DE PRELEVEMENT du Laboratoire de Biologie Oncologique HC2 PR03 Version 03 ENNOV : AQ/PCD/ Date de Création : 05/01/2016 Date d Application : 06/04/2017 SEULE LA VERSION ELECTRONIQUE FAIT FOI. Merci de vous assurer de posséder la dernière version. Institut de Cancérologie Jean GODINOT Laboratoire de Biologie Oncologique 1 rue du Général Koenig CS REIMS Cedex Rédaction : F. BRAYOTEL et H. LARBRE, Biologistes / A. VALETTE, Assistante Médicale Vérification : L. VACHE et L. NACHATE, Techniciennes laboratoire UBO Approbation : F. BRAYOTEL, Biologiste et Pr TD NGUYEN, Directeur Médical Délégué 1 / 22

2 Sommaire INFORMATIONS PRATIQUES... 3 EXAMENS DE GENETIQUE SOMATIQUE... 4 EXIGENCES DE PRELEVEMENTS DE GENETIQUE SOMATIQUE CONDITIONS DE PRESCRIPTION LA FIXATION DU PRELEVEMENT LE MATERIEL A NOUS TRANSMETTRE TRANSPORT DU PRELEVEMENT FEUILLE DE PRESCRIPTION A NOUS TRA NSMETTRE STOCKAGE EXAMENS DE GENETIQUE CONSTITUTIONNELLE EXIGENCES DE PRELEVEMENTS DE GENETIQUE CONSTITUTIONNELLE FEUILLE DE PRESCRIPTION CONSIGNES DE PRELEVEMENTS CONSIGNES D IDENTIFICATION CONSIGNES DE STOCKAGE ET D ACHEMINEMENT DES PRELEVEMENTS s provenant de l Institut Jean GODINOT s provenant de l Extérieur ACCEPTATION DES PRELEVEMENTS RENDU DES RESULTATS RESULTATS DE GENETIQUE SOMATIQUE RESULTATS DE GENETIQUE CONSTITUTIONNELLE RECLAMATION CONFIDENTIALITE DES DONNEES UNE QUESTION? AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 2 / 22

3 INFORMATIONS PRATIQUES Laboratoire de Biologie Oncologique Horaires ouverture 8H30-16H30 Technique : Secrétariat : Fax : biologie.oncologique@reims.unicancer.fr Biologistes Génétique Somatique et Constitutionnelle Dr. Fanny BRAYOTEL fanny.brayotel@reims.unicancer.fr Dr. Hélène LARBRE Helene.larbre@reims.unicancer.fr AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 3 / 22

4 EXAMENS DE GENETIQUE SOMATIQUE Gène BRAF (séquençage) Phase pré-analytique Extraction de l ADN réalisée en sous-traitance par la PRBI du CHU de Reims Phase analytique Technique Amplification, séquençage de l exon 15 Equipement Séquenceur Applied 3130XL échantillons cutanés ou muqueux, secrétions broncho-pulmonaires (LBA, ), échantillons ORL, autres liquides* (liquides* de ponction ), tissus (ganglion, rate, ), biopsies, pièces opératoires Blocs de tissus et lames Bloc en paraffine, tissu congelé, ponction 10 jours Gène BRAF (mutations ciblées) Phase pré-analytique Extraction de l ADN réalisée en sous-traitance par la PRBI du CHU de Reims Phase analytique Technique Amplification, recherche ciblée par discrimination allélique de la mutation V600E Equipement Applied TaqMan 7500 Fast échantillons cutanés ou muqueux, secrétions broncho-pulmonaires (LBA, ), échantillons ORL, autres liquides* (liquides* de ponction ), tissus (ganglion, rate, ), biopsies, pièces opératoires Blocs de tissus et lames Bloc en paraffine, tissu congelé, ponction 10 jours AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 4 / 22

5 Gène EGFR (séquençage) Phase pré-analytique Extraction de l ADN réalisée en sous-traitance par la PRBI du CHU de Reims Phase analytique Technique Amplification, séquençage des exons 18, 19, 20 et 21 Equipement Séquenceur Applied 3130XL échantillons cutanés ou muqueux, secrétions broncho-pulmonaires (LBA, ), échantillons ORL, autres liquides* (liquides* de ponction ), tissus (ganglion, rate, ), biopsies, pièces opératoires Blocs de tissus et lames Bloc en paraffine, tissu congelé, ponction 10 jours Gène EGFR (mutations ciblées) Phase pré-analytique Extraction de l ADN réalisée en sous-traitance par la PRBI du CHU de Reims Phase analytique Technique Equipement Amplification, recherche ciblée par discrimination allélique des mutations des exons 18 (G719A, G719C, G719S), 20 (T790M) et 21 (L858R, L861Q, L861R) Applied TaqMan 7500 Fast échantillons cutanés ou muqueux, secrétions broncho-pulmonaires (LBA, ), échantillons ORL, autres liquides* (liquides* de ponction ), tissus (ganglion, rate, ), biopsies, pièces opératoires Blocs de tissus et lames Bloc en paraffine, tissu congelé, ponction 10 jours AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 5 / 22

6 Gène EGFR (analyse de taille de fragments) Phase pré-analytique Extraction de l ADN réalisée en sous-traitance par la PRBI du CHU de Reims Phase analytique Technique Amplification, analyse de fragments, exon 19 et 20 Equipement Séquenceur Applied 3130XL échantillons cutanés ou muqueux, secrétions broncho-pulmonaires (LBA, ), échantillons ORL, autres liquides* (liquides* de ponction ), tissus (ganglion, rate, ), biopsies, pièces opératoires Blocs de tissus et lames Bloc en paraffine, tissu congelé, ponction 10 jours Gène NRAS (Séquençage) Phase pré-analytique Extraction de l ADN réalisée en sous-traitance par la PRBI du CHU de Reims Phase analytique Technique Amplification, séquençage exon 2, 3, et 4 Equipement Séquenceur Applied 3130XL échantillons cutanés ou muqueux, secrétions broncho-pulmonaires (LBA, ), échantillons ORL, autres liquides* (liquides* de ponction ), tissus (ganglion, rate, ), biopsies, pièces opératoires Blocs de tissus et lames Bloc en paraffine, tissu congelé 10 jours AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 6 / 22

7 Recherche du phénotype MSI (Instabilité microsatellitaire) Extraction de l ADN, amplification, analyse de Technique fragments de 5 marqueurs mononucléotidiques et de 2 marqueurs pentanucléotidiques Séquenceur Applied 3130XL-Extracteur automatique Equipement Maxwell échantillons cutanés ou muqueux, secrétions broncho-pulmonaires (LBA, ), échantillons ORL, autres liquides* (liquides* de ponction ), tissus (ganglion, rate, ), biopsies, pièces opératoires Blocs de tissus et lames Bloc en paraffine, tissu congelé Non urgent : 21 jours Urgent (théranostique) : 14 jours Technique Equipement Gènes BRCA1 et BRCA2 Somatique Extraction de l ADN, amplification, séquençage nouvelle génération Miseq d Illumina-Extracteur automatique Maxwell échantillons cutanés ou muqueux, autres liquides* (liquides* de ponction ), tissus (ganglion, rate, ), biopsies, pièces opératoires Blocs de tissus et lames Bloc en paraffine, tissu congelé 2 mois AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 7 / 22

8 Gène EGFR (ADN tumoral circulant dans le plasma) Sang Document à fournir 4 tubes EDTA 7 ml à acheminer à température ambiante dans les 2h au Laboratoire et à remettre en main propre au personnel du Laboratoire Ou 2 tubes BCT 5 ml à acheminer à température ambiante dans les 7 jours (tubes disponibles sur demande auprès du Laboratoire) 20 jours (sous-traitance) AQ/FOR/ «Analyse génétique de l ADN tumoral circulant» document à retirer auprès du secrétariat de Biologie Oncologique au La mutation à rechercher est à préciser. AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 8 / 22

9 ACCEPTATION DES PRELEVEMENTS ET RENDU DES RESULTATS Tous les prélèvements sont analysés cependant le rendu du résultat dépend de certains critères pré-analytique et post-analytique ciaprès : Critères vérifiés Problèmes rencontrés Conduite à tenir Absence d identification Refus du prélèvement* Identification du patient sur l échantillon et la feuille de prescription Renseignement de la feuille de prescription Documents à transmettre Modalité de rendu de résultats Identification illisible Absence ou identification illisible du prénom, du nom de naissance ou de la date de naissance Discordance d identification entre la feuille de prescription et l échantillon Données incomplètes (autre que l identité du patient) Absence des documents pour analyse de génétique somatique (compte-rendus anapath, prescription ) Absence de mutation pour un prélèvement dont le % de cellules tumorales est <20% Absence de mutation pour un prélèvement dont la qualité est inférieure aux critères du laboratoire *Le prescripteur est informé lors du refus d un échantillon. Refus du prélèvement* Acceptation du prélèvement sous réserve d obtention de l information Refus du prélèvement* Acceptation du prélèvement sous réserve d obtention de l information Acceptation du prélèvement sous réserve d obtention de l information Rendu Non contributif Rendu Non contributif AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 9 / 22

10 EXIGENCES DE PRELEVEMENTS DE GENETIQUE SOMATIQUE Conformément aux recommandations émises par l INCa dans les "Bonnes pratiques pour la recherche à visée théranostique de mutations somatiques dans les tumeurs solides" (Août 2010), il est recommandé, afin d assurer la qualité des analyses de biologie moléculaire, de suivre un certain nombre de consignes. La phase pré-analytique est réalisée en sous-traitance par la PRBI du CHU de Reims. Conditions de prescription Le génotypage demandé doit être en accord avec les recommandations de l INCa, c est à dire figurer parmi les biomarqueurs reconnus ou émergents. La fixation du prélèvement Le fixateur recommandé est le formol tamponné. La durée de fixation en formol est au minimum de 6 à 8h, avec un temps de fixation optimal recommandé se situant entre 24 et 48h. Les fixateurs à base d alcool ou les substituts du formol et l AFA ne peuvent être considérés comme des standards. Les autres fixateurs (liquide de Bouin et autres fixateurs contenant de l acide picrique ou des dérivés mercuriels) sont proscrits, car pouvant interférer avec les analyses moléculaires. Le matériel à nous transmettre Le prélèvement peut avoir été obtenu lors du diagnostic initial ou à distance, sur la tumeur primitive ou une métastase. Nous transmettre une lame pour la détermination du pourcentage de cellules tumorales pour éviter un retard dans le rendu des résultats. Il est déconseillé de transmettre des lames blanches. Les blocs seront restitués de manière systématique à l issue de l examen moléculaire. AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 10 / 22

11 Dans tous les cas, le bloc doit être identifié de manière univoque avec une référence permettant de relier le prélèvement à un patient. Transport du prélèvement Il est recommandé d utiliser un courrier postal suivi (ou les services d un transporteur permettant d assurer le suivi du colis ou de la lettre). En cas d envoi postal faire figurer la mention «non mécanisable» sur l enveloppe. Le prélèvement doit être transporté à température ambiante et doit être suffisamment protégé pour éviter sa détérioration. Feuille de prescription à nous transmettre La feuille de prescription médicale doit obligatoirement comporter de façon CLAIRE et LISIBLE les éléments suivants : Nom usuel, nom de naissance si différent, Prénom, date de naissance et sexe du patient Identification et signature du médecin prescripteur ou des personnes déléguées sous la responsabilité du médecin prescripteur Date du prélèvement Analyses demandées et renseignements cliniques Caractère d urgence, délai souhaité par le prescripteur La feuille de prescription à renseigner est fonction de la localisation tumorale : côlon-rectum, poumon ou mélanome. Les recommandations et les feuilles de prescription pour l envoi de prélèvements sont décrites dans le Guide de prescription des biomarqueurs tumoraux disponibles sur le site internet de la Plateforme de Génétique Moléculaire des Cancers en Champagne-Ardenne (PGMCCA) : AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 11 / 22

12 Stockage L ADN extrait du bloc tumoral est conservé au Laboratoire en vue d une prescription de génétique tumorale complémentaire ou en cas de nécessité de contrôle ultérieur. AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 12 / 22

13 Technique Equipement EXAMENS DE GENETIQUE CONSTITUTIONNELLE Gènes BRCA1 et BRCA2 Cas Index (criblage de mutations ponctuelles) Extraction de l ADN, amplification, séquençage Sanger nouvelle génération Miseq d Illumina sang et dérivés, salive Sang 1 er prélèvement, 2 ème prélèvement ou mutation ciblée : 2 x 7 ml tube EDTA Non urgent : 9 mois Urgent : contacter le biologiste du Laboratoire, préciser indication clinique Technique Equipement Gènes BRCA1 et BRCA2 Apparenté (génotypage de mutations ponctuelles) Extraction de l ADN, amplification, séquençage Sanger Séquenceur Applied 3130XL sang et dérivés, salive 4 semaines Sang 1 er prélèvement, 2 ème prélèvement ou mutation ciblée : 2 x 7 ml tube EDTA AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 13 / 22

14 Gènes BRCA1 et BRCA2 (génotypage de réarrangements de grande taille) Technique Extraction de l ADN, amplification, MLPA Equipement Séquenceur Applied 3130XL sang et dérivés, salive Sang 1 er prélèvement, 2 ème prélèvement ou mutation ciblée : 2 x 7 ml tube EDTA 4 semaines Technique Equipement Gène RET Cas Index (Criblage de mutations ponctuelles) Extraction de l ADN, amplification, séquençage Sanger Séquenceur Applied 3130XL sang et dérivés, salive 4 semaines Sang 1 er prélèvement, 2 ème prélèvement ou mutation ciblée : 2 x 7 ml tube EDTA AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 14 / 22

15 Technique Equipement Gène RET Apparenté (génotypage de mutations ponctuelles) Extraction de l ADN, amplification, séquençage Sanger Séquenceur Applied 3130XL sang et dérivés, salive 4 semaines Sang 1 er prélèvement, 2 ème prélèvement ou mutation ciblée : 2 x 7 ml tube EDTA Technique Gène PALB2 Uniquement extraction ADN sang et dérivés, salive Sang 1 er prélèvement, 2 ème prélèvement ou mutation ciblée : 2 x 7 ml tube EDTA 3 mois (Sous-traitance) AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 15 / 22

16 EXIGENCES DE PRELEVEMENTS DE GENETIQUE CONSTITUTIONNELLE Feuille de prescription Le prélèvement doit être effectué uniquement sous couvert d une feuille de prescription médicale ET d un consentement signé par le patient : Consentement et prescription pour test ciblé de prédisposition génétique au cancer Arbre généalogique, consentement et prescription pour test diagnostic cas index de prédisposition génétique au cancer La feuille de prescription médicale doit obligatoirement comporter de façon CLAIRE et LISIBLE les éléments suivants : Nom usuel, nom de naissance si différent, Prénom, date de naissance et sexe du patient Numéro de dossier et numéro de Famille Identification et signature du médecin prescripteur ou des personnes déléguées sous la responsabilité du médecin prescripteur Identification et signature du préleveur Date et heure du prélèvement Analyses demandées et renseignements cliniques Nature de l échantillon Caractère d urgence, délai souhaité par le prescripteur Eventuellement les difficultés rencontrées au moment du prélèvement AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 16 / 22

17 Consignes de prélèvements Feuille de prescription Nature du prélèvement AQ/FOR/ «Demande d examen des caractéristiques génétiques» AQ/FOR/ «Prescription d examen des caractéristiques génétiques» Documents disponibles auprès du secrétariat d oncogénétique, tél / fax secretariat.oncogenetique@reims.unicancer.fr Sang 1 er prélèvement, 2 ème prélèvement ou mutation ciblée : 2 x7 ml tube EDTA Ordre de prélèvement si autres examens demandés Réalisation du prélèvement Documents nécessaires à la réalisation de l examen Appliquer les protocoles de prélèvement et respecter les précautions d hygiène et d élimination des déchets en vigueur dans votre établissement Bien homogénéiser les tubes par 4-5 retournements lents avec le prélèvement Copie du consentement Arbre généalogique Si existence d un cas familial, copie du résultat de l analyse moléculaire AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 17 / 22

18 Consignes d identification L étiquetage se fait auprès du patient après avoir effectué les prélèvements. Afin d éviter tout risque d erreur, les règles d étiquetage doivent être strictes. Chaque tube doit comporter une étiquette sur laquelle doivent être mentionnés : NOM, Prénom Date de naissance. Sexe L identité et la date de naissance doivent être vérifiées par le préleveur auprès du patient. Consignes de stockage et d acheminement des prélèvements Le prélèvement peut être conservé à température ambiante (15-25 C) pendant 72h au maximum. s provenant de l Institut Jean GODINOT Tout prélèvement effectué dans un service de l Institut Jean GODINOT doit être déposé à l endroit prévu à cet effet au Laboratoire de Biologie Oncologique pendant les heures d ouvertures (cf. page 3). Si les prélèvements n ont pas été acheminés avant 16h, le personnel des services prévient le Laboratoire. s provenant de l Extérieur Le prélèvement est adressé au Laboratoire de Biologie Oncologique de l Institut Jean GODINOT (cf. page 1). Il doit être transféré, selon les modalités en vigueur. Le transport du matériel biologique est sous la responsabilité de l expéditeur. Ce matériel biologique (sang total ou ADN) est de catégorie B et donc envoyé dans un emballage de type P650 (triple emballage de bonne qualité et solide avec absorbant et calage composé d un récipient primaire étanche contenant le matériel biologique inséré dans une boîte secondaire étanche, résistant aux chocs, avec un matériel absorbant). L ensemble est placé et calé dans un emballage tertiaire résistant et marqué UN 3373 (losange d au moins 5 cm de côté) Matière biologique catégorie B en lettre de 6 mm de haut. AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 18 / 22

19 ACCEPTATION DES PRELEVEMENTS Critères vérifiés Problèmes rencontrés Conduite à tenir Identification du patient sur l échantillon et la feuille de prescription Renseignement de la feuille de prescription Absence d identification Identification illisible Absence ou identification illisible du prénom, du nom de naissance ou de la date de naissance Discordance d identification entre la feuille de prescription et l échantillon Données incomplètes (autre que l identité du patient) Refus du prélèvement* Refus du prélèvement* Acceptation du prélèvement sous réserve d obtention de l information Refus du prélèvement* Acceptation du prélèvement sous réserve d obtention de l information Documents à transmettre Modalité de prélèvement Absence des documents pour analyse de génétique constitutionnelle (consentement du patient, arbre généalogique, ) Contenant inadapté Contenant vide Contenant cassé Contenant souillé Volume insuffisant Non-respect des consignes d acheminement Acceptation du prélèvement sous réserve d obtention de l information Refus du prélèvement* Acceptation du prélèvement sous réserve d obtention d une quantité d ADN exploitable Refus du prélèvement* *Le prescripteur est informé lors du refus d un échantillon. AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 19 / 22

20 En cas de non-conformité, le Laboratoire se réserve le droit de refuser le prélèvement ou la feuille de prescription, un nouveau prélèvement peut être demandé. L examen débute lorsque l ensemble des documents nécessaires est réceptionné. Le prélèvement est conservé et stocké sous réserve d obtention des renseignements manquants. RENDU DES RESULTATS La phase post-analytique d un examen de biologie médicale comprend la validation, l interprétation contextuelle du résultat ainsi que la communication approprié du résultat au prescripteur dans un délai compatible avec l état de l art (Code de la Santé publique article l ). L interprétation des résultats est effectuée par au moins un biologiste porteur d un agrément, seul habilité à communiquer les résultats des examens des caractéristiques génétiques d une personne. Les moyens employés pour la transmission de résultat sont mis en œuvre dans le respect de la confidentialité et du secret médical. Aucun résultat n est transmis au patient par le Laboratoire. Résultats de Génétique Somatique Les résultats sont transmis par courrier postal au médecin prescripteur et aux anatomopathologistes identifiés sur la feuille de prescription. Un résultat faxé est transmis exclusivement au médecin prescripteur pour les examens des biomarqueurs EGFR, de mélanomes ainsi que pour les demandes urgentes. Les résultats transmis par fax seront communiqués uniquement après retour d une attestation de confidentialité du numéro de fax que le Laboratoire se chargera d envoyer au prescripteur concerné. AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 20 / 22

21 Résultats de Génétique Constitutionnelle Les résultats sont transmis exclusivement au médecin prescripteur identifié sur la feuille de prescription par courrier postal. Pour un cas index, tout résultat muté devra être confirmé par un second prélèvement. Pour un cas apparenté, tout résultat devra être confirmé par un second prélèvement. RECLAMATION Toutes réclamations concernant un service fourni par le Laboratoire de Biologie Oncologique de l Institut Jean GODINOT est à adresser par mail à biologie.oncologique@reims.unicancer.fr. Dans le cadre de sa démarche Qualité, le Laboratoire a mis en place à un système d enregistrement et de traitement des réclamations. La procédure de gestion des réclamations peut être consultable sur demande auprès du Laboratoire de Biologie Oncologique. CONFIDENTIALITE DES DONNEES Dans le cadre de sa démarche Qualité, le Laboratoire de Biologie Oncologique s engage à respecter la confidentialité des résultats et à respecter la politique de protection des données de L Institut Jean GODINOT. AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 21 / 22

22 UNE QUESTION? Pour toutes informations complémentaires n hésitez pas à nous contacter : Dr. Fanny BRAYOTEL : Dr. Hélène LARBRE : Technique : Secrétariat : AQ/PCD/ V3 Manuel de prélèvement Biologie Oncologique 22 / 22