Role du microbiota pulmonaire dans la mucoviscidose

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1 29. März 2014 Role du microbiota pulmonaire dans la mucoviscidose Gaudenz Hafen, MD & MER1 Médecin assoicé Résponsable de l unité pneumologie et mucoviscidose pédiatrique

2 Table des matières 1. Introduction du principe «microbiota» 2. Etude pilote soutenu par la CFCH

3 Microbiota indique la totalité de tous les micro-organismes vivant normalement chez l homme

4 Microbiota indique la totalité de tous les micro-organismes vivant normalement chez l homme Seulement 10% des cellules d un individu adulte sont des cellules humaines

5 Microbiota indique la totalité de tous les micro-organismes vivant normalement chez l homme Seulement 10% des cellules d un individu adulte sont des cellules humaines 90% de «nous» consiste du microbiota.

6 Microbiota indique la totalité de tous les micro-organismes vivant normalement chez l homme Seulement 10% des cellules d un individu adulte sont des cellules humaines 90% de «nous» consiste du microbiota. composée essentiellement de bactéries de virus des champignons

7 La colonisation microbienne varie selon les parties du corps

8 La colonisation microbienne varie selon les parties du corps. Exemples : sur les mains : / cm²

9 La colonisation microbienne varie selon les parties du corps. Exemples : sur les mains : / cm² sur le visage : / cm²

10 La colonisation microbienne varie selon les parties du corps. Exemples : sur les mains : / cm² sur le visage : / cm² dans le nez : jusqu à 1 milliard / ml

11 La colonisation microbienne varie selon les parties du corps. Exemples : sur les mains : / cm² sur le visage : / cm² dans le nez : jusqu à 1 milliard / ml dans le gros intestin : plus de 10 milliards / ml

12 Voies aeriennes?

13 Voies aeriennes? En 2010, c était encore considéré comme stérile...

14 Voies aeriennes? En 2010, c était encore considéré comme stérile.....en raison que les cultures restent stérile

15 Voies aeriennes? En 2010, c était encore considéré comme stérile.....en raison que les cultures restent stérile Particularité des poumons: Particularité des poumons: Avec chaque respiration il y a un échange avec l environnement

16 Voies aeriennes? En 2010, c était encore considéré comme stérile.....en raison que les cultures restent stérile Particularité des poumons: Avec chaque respiration il y a un échange avec l environnement 2014: Les voies aeriennes chez des personnes saint ne sont pas stérile, mais comporte un microbiota particulier!

17 Voies aeriennes? En 2010, c était encore considéré comme stérile.....en raison que les cultures restent stérile Particularité des poumons: Avec chaque respiration il y a un échange avec l environnement 2014: Les voies aeriennes chez des personnes saint ne sont pas stérile, mais comporte un microbiota particulier! Egalement chez des enfants sain on trouve des champignons...

18 Microbiota pulmonaire dans la mucoviscidose est comporté comme chez des personnes sain des Bacteries Bacteries Champignons Viruses

19 Mais le focus est particulièrement sur Bacteries Champignons Viruses

20 Mais il y des interactions connu entres... Bacteries Champignons Viruses

21 Interactions sur un niveau cellulaire entre espèce dans un groupe (par exemple entre bactéries) - Pseudomonas aeruginosa and B.cepacia complex - Pseudomonas aeruginosa and S. maltophilia

22 Mais également entres... Bacteries & Champignons Bacteries & Virus

23 Interactions entre espèce des groupes différents Bacteries et champignons: - Pseudomonas aeruginosa et C.albicans ou A. fumigatus Bacteries et viruses - Pseudomonas aeruginosa et Rhinovirus

24 Jusque aujourd hui: - principalement cultures classiques Mais l'analyse microbiologique avec des méthodes de culture classiques reste incertaine Importance de micro-organisme «noncultivable»???? (voies aeriennes stériles) Probiotiques?

25 Jusque aujourd hui: - cultures classiques - analyses par PCR (Réaction en chaine par polymérase) PCR: méthode de biologie moléculaire -Séquence d ADN ou d ARN -Amplification à partir d une faible quantité

26 1. Introduction: résume Microbiota: bacteries, champignons, viruses Mise en évidence: cultures ou PCR

27 2. Etude pilote: Méthode independent de la culture et PCR: >> Analyse des microbes directement dans les prélèvements sans amplification = whole genome sequencing WGS >> comparaison avec cultures et PCR

28 2. Etude pilote: 2 sputa 4 différentes méthodes d extraction d ADN Cultures PCR pour bactéries et champignons

29 2. Etude pilote: résultats WGS: whole genome sequencing

30 2. Etude pilote: résultats WGS est plus quantitative et plus complete que les autres méthodes WGS directement appliqué au niveau de l AND pur a éliminé le problème de PCR et d amplification WGS suggère que champignon sont présent en très petites quantités (250 sur > copies) >> cultures comme PCR sont trop sénsitive

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32 2. Etude pilote: Prochaine étape: Étude prospective

33 Collaboration Institute de microbiologie CHUV Philippe Hauser Katia Jaton Gilbert Greub Swiss Institute of Bioinformatics (Vital-IT group) Thomas Bernard Marco Pagni

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