La mobilité : seulement pour être «professeur»?

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1 La mobilité : seulement pour être «professeur»? Charles CAZANAVE MCU-PH Service des Maladies Infectieuses et Tropicales CHU Bordeaux

2 Mobilité - Généralités - Vaste inconnue!... Surtout en début d internat - Pourquoi réaliser une mobilité?. Recommandation du CNU (surtout pour PU). Pour être PU certes, mais pas que. Ouverture (personnelle, scientifique, amicale ). Recherche (fondamentale, appliquée ) - Plusieurs temps et étapes dans sa mise en place

3 1 ère question : à quel moment? - Pendant ou à la fin de l internat? - Pendant le clinicat? De plus en plus difficile - Après le clinicat? - Après Master 2 Recherche Avant la thèse de Sciences (début des manips)? - Après la thèse de Sciences (équivalent de post-doc)?

4 Temps 2 : recherche labo d accueil 1- Rôle du «mentor» local parler avec lui Dépend du domaine d intérêt - Continuité Master 2, Thèse de Sciences, autre thématique?... - Thématique de recherche proche de l activité clinique du service de rattachement 2- Rechercher dans les publications. Auteurs référents dans le domaine (en particulier dernier auteur). Auteurs ayant un labo de recherche (souvent non cliniciens ou postes mixtes, particulièrement aux US). Etablir une liste d s

5 Temps 2 : recherche labo d accueil 3- Prendre contact avec le chef de laboratoire. (1 er temps). Puis téléphone ou déplacement (profiter d un congrès). Définir un projet de recherche réalisable et réaliste dans le temps imparti toujours partir avec projet établi 4- Fixer la période de mobilité. 1 an? avantages, inconvénients. 2 ans? avantages, inconvénients

6 Temps 3 : aspect financier 1- Demande et «quête» de fonds 2- Les pistes mobilité. CHU. CMIT Allocations de bourse, montant variable Bourse pour projet de recherche dans le cadre Comment? CV et épreuve de titres et travaux Envoyer un projet de recherche Définir un budget prévisionnel 2 lettres de parrainage

7 Temps 3 : aspect financier 1- Demande et «quête» de fonds 2- Les pistes. Autres Industrie pharmaceutique (bof) Fonds universitaires (responsable de service)

8 Temps 4 : aspect administratif - Informer son CHU - Passeport à jour - Demande de VISA +++. Pour USA, accord du laboratoire d accueil et de l Université ou Hôpital dont il dépend. Préparer dossier, budget justifiant d une somme minimale pour «survivre» 1 an sans avoir à travailler sur place. Aller à l ambassade (Paris)

9 Temps 5 : aspect pratique avant départ - Louer son appartement - Trouver un logement sur place -Vaccins à jour - Assurances - Impôts - Conseil de l Ordre - Si enfants, trouver école

10 L expérience locale : 7 commandements 1/ Profiter pleinement de l expérience 2/ Immersion totale et rapide conseillée 3/ Montrer esprit travailleur et intéressé 4/ Etre AUTONOME (ne pas gonfler son CV (ou «resumé») inutilement car sur place peu d aide 5/ Valoriser rapidement les résultats. Présentations orales dans le labo («lab meeting»), congrès. Publications 6/ Pratiquer le plus possible l Anglais (oral, écrit) 7/ Profiter aussi de la vie en dehors du labo

11 Ma propre expérience 1/ Contact laboratoires par s 2/ Rédiger projet 3/ Demande et obtention bourse CMIT

12 Réaliser un diagnostic microbiologique d infection de prothèse articulaire (IPA) n est pas Charles CAZANAVE mai 2010 Demande de Bourse de Recherche CMIT, Projet de recherche Mise au point et validation d une méthode de biologie moléculaire pour le diagnostic des infections de prothèse articulaire (hanche et genou) Mayo clinic, Rochester, Minnesota, Etats-Unis Encadrant : Pr. Robin PATEL, Responsable du Laboratoire de Recherche sur les Maladies infectieuses et du Laboratoire de Bactériologie clinique 1. Résumé du projet de recherche

13 Ma propre expérience 1/ Contact laboratoires par s 2/ Rédiger projet 3/ Demande et obtention bourse CMIT 4/ Boucler budget 5/ Démarches administratives (France, sur place) 6/ L arrivée au labo : grand moment de stress et de solitude!

14 Ma propre expérience

15 Ma propre expérience 1/ Contact laboratoires par s 2/ Rédiger projet 3/ Demande et obtention bourse CMIT 4/ Boucler budget 5/ Démarches administratives (France, sur place) 6/ L arrivée au labo 7/ Les manips +++

16 Ma propre expérience

17 Ma propre expérience 1/ Contact laboratoires par s 2/ Rédiger projet 3/ Demande et obtention bourse CMIT 4/ Boucler budget 5/ Démarches administratives (France, sur place) 6/ L arrivée au labo 7/ Les manips 8/ Les résultats

18 BOURSE CMIT 2010 Déjeuner recherche JNI 2012 TOURS Mise au point d une méthode de biologie moléculaire pour le diagnostic des infections de prothèse articulaire Charles CAZANAVE Service des Maladies Infectieuses et Tropicales A - CHU Bordeaux Infectious Diseases Research Laboratory - Pr. Robin PATEL

19 Introduction - Diagnostic des infections de prothèse artic. (IPA) pas facile!. Présentation clinique. Marqueurs inflammatoires (VS, CRP). Liquide synovial : cytologie, culture. Purulence, fistule. Histopathologie: inflammation aiguë. Cultures : tissus péri prothétiques, liquide sonication Del Pozo and Patel N Engl J Med Diagnostic microbiologique des IPA basé sur la culture, mais délai long parfois (~ 14 jours pour les espèces fastidieuses) - Culture après sonication plus sensible Trampuz and Patel N Engl J Med 2007

20 Introduction - Méthodes moléculaires? Study Target, specimen Sensitivity Patients PCR Culture Vandercam et al S rrna, tissue 91% 65% 69 De Mann et al S rrna, tissue 50% 58% 26 Acherman et al Multiplex (SeptiFast), sonicate fluid 78% 62% 37 PJI - Avantages : Plus sensibles que culture, mais avec quelle spécificité? Moins affectées par l utilisation préalable d antibiotique Diagnostic rapide (< 14 jours)

21 Objectifs 1/ Développement d un panel de 10 PCR en temps réel pour détecter les bactéries fréquemment associées aux IPA 2/ Evaluation de ce panel sur des liquides de sonication de prothèses déposées pour le diagnostic microbiologique d IPA

22 Objectif 1 - développement panel 10 PCR Assay Target No. of probes Comments Staphylococcus tuf 2 PanStaph probes 2 S. aureus-specific probes S. aureus differentiated from SCN Streptococcus rpob 2 S. agalactiae differentiated (higher Tm) Enterococcus rpob 2 Granulicatella sp. positive with Tm Enterobacteriaceae rpob 2 Proteus rpob 2 Gram-positive anaerobic cocci 16S rrna 2 Propionibacterium 16S rrna 2 Actinomyces sp. positive with Tm Pseudomonas aeruginosa gyrb 2 Corynebacterium kinase 1 common probe (FITC) 1 C. jeikeium-specific (705) 1 other Coryne. sp. (640) Bacteroides fragilisgroup leub 2 C. jeikeium differentiated from other Corynebacterium sp.

23 Streptococcus assay S. agalactiae

24 Objectif 2 - méthodes. Population 434 liquides de sonication (= 434 patients) de remplacement de prothèses de genou et de hanche, collectés entre 2006 et Diagnostic d IPA si présence d au moins 1 des critères suivants - Pus articulaire - Fistule communiquant avec la prothèse - Histopathologie : inflammation aiguë Berbari and Osmom CID 2007

25 Méthodes (suite). Méthodes microbiologiques conventionnelles liquide synovial (si disponible) et tissus péri prothétiques. Sonication des prothèses explantées obtention liquide de sonication culture du liquide de sonication extraction du liquide de sonication avec un kit «DNA-free» (QIAamp UCP Pathogen Mini Kit). Panel de 10 PCR en temps réel

26 Résultats Evaluation du panel 10 PCR 434 patients 290 pertes aseptiques 144 IPA PCR négatives PCR positive PCR négatives PCR positive

27 Résultats tests microbiologiques Microbiologic tests Patients with aseptic failure (N = 290) Patients with PJI (N = 144) Synovial-fluid culture no./total no. (%) 5/161 (3.1) 59/89 (66.3) Periprosthetic tissue culture no. (%) 1 pos. culture 2 pos. culture w/ same organism 45 (15.5) 6 (2.1) 119 (82.6) 101 (70.1) Sonicate-fluid culture no. of positive (%) 5 (1.7) 105 (72.9) 10 assay panel results no. of positive (%) Any positive Staphylococcus sp. S. aureus Coagulase negative staphylococci Streptococcus sp. Enterococcus sp. Enterobacteriaceae Gram-positive anaerobic cocci Propionibacterium sp. P. aeruginosa Corynebacterium sp. C. jeikeium Other Corynebacterium sp. Proteus sp. B. fragilis-group 6 (2.1) 2 (0.7) (1.0) 0 1 (0.3) (77.1) 75 (52.1) (7.6) 11 (7.6) 8 (5.6) 8 (5.6) 8 (5.6) 5 (3.5) 4 (2.8) (0.7) 0

28 Résultats 11 IPA poly microbiennes 10/11 + pour PCR Staphylococcus 5/11 2 PCR+, 2/11 3 PCR+, 4/11 4 PCR+ 8/11 (72.7%) avec fistule Bactéries anaérobies 14 IPA (9.7%) + pour au moins 1 des 3 «PCR anaérobies» 6/144 (4.2%) IPA mono microbiennes à anaérobies 3 Propionibacterium sp. 2 cocci anaérobies Gram positif (Finegoldia magna) 1 Actinomyces sp.

29 Résultats Comparaison des tests microbiologiques pour le diagnostic des IPA P = Test (N = 434) Sensitivity Specificity Positive predictive value 10 assay panel Sonicate culture (>20 CFU/plate) Tissue culture 1 positive culture positive culture w/ same organism Synovial fluid culture (N = 250) Negative predictive value P = 0.134

30 Résultats - Conclusions - Diagnostic moléculaire avec le panel 10 PCR utilisé sur le liquide de sonication comparé à la culture du liquide de sonication. Aussi spécifique pas de problème de faux positifs. Au moins aussi sensible. Plus rapide max. 2 jours vs. 14 jours - Intéressant pour les patients avec. Infections poly microbiennes. Antibiothérapie préopératoire (culture décapitée) - Pas intéressant pour les patients avec. Infections fungiques ou agents inhabituels (mycobactéries)

31 Résultats - Perspectives - Pour les liquides de sonication positifs à Staphyloccocus PCR en temps réel meca résultats préliminaires : bons et encourageants - «Multiplexer» ces PCR moins cher, utile pour les laboratoires «cliniques» temps pour la réponse - Utiliser ce panel de PCR pour d autres tissus (implants cardiaques )

32 Ma propre expérience (suite) 1/ Contact laboratoires par s 2/ Rédiger projet 3/ Demande et obtention bourse CMIT 4/ Boucler budget 5/ Démarches administratives (France, sur place) 6/ L arrivée au labo 7/ Les manips 8/ Les résultats 9/ La valorisation

33 Valorisation (1) : «Development of Real-Time PCR Assays to Rapidly Detect Anaerobic Bacteria Which Cause Prosthetic Joint Infection» Cazanave C, Greenwood-Quaintance KE, Schmidt SM, Karau MJ, Steckelberg JM, Patel R. 51 st ICAAC, septembre Poster D-1290 ASM ICAAC ID Fellows Grant Program : «Identification of Non-diphtheriae Corynebacterium by Use of Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry» Alatoom AA*, Cazanave C*, Cunningham SA, Ihde SM, Patel R. J Clin Microbiol. 2012;50(1):160-3 * 1 ers co-auteurs : «Corynebacterium Prosthetic Joint Infection» Cazanave C, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Patel R. J Clin Microbiol. 2012;50(5):

34 Valorisation (2) : «Prosthetic Joint Infection Diagnosis using Broad-Range PCR of Biofilms Dislodged from Knee and Hip Arthroplasty Surfaces using Sonication» Gomez E, Cazanave C, Cunningham SA, Greenwood-Quaintance KE, Steckelberg JM, Uhl JR, Hanssen AD, Karau MJ, Schmidt SM, Osmon DR, Berbari EF, Mandrekar JN, Patel R. J Clin Microbiol. 2012;50(11): : «Rapid Molecular Microbiologic Diagnosis of Prosthetic Joint Infection» Cazanave C, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Karau MJ, Schmidt SM, Gomez E, Mandrekar JN, Osmon DR, Lough LE, Pritt BS, Steckelberg JM, Patel R. J Clin Microbiol. 2013;51(7):

35 Ma propre expérience 1/ Contact laboratoires par s 2/ Rédiger projet 3/ Demande et obtention bourse CMIT 4/ Boucler budget 5/ Démarches administratives (France, sur place) 6/ L arrivée au labo 7/ Les manips 8/ Les résultats 9/ La valorisation 10/ La vie en dehors du labo

36 Paysages des Grands Lacs Lac Supérieur

37 «L après mobilité» 1- A anticiper Souvent un tremplin universitaire -Thèse de Sciences - Concours de MCU, autre 3- Au niveau hospitalier - Anticiper aussi son retour - Reprise cursus internat, début clinicat, poste PHU? Mettre à profit les compétences acquises et rebondir très vite

38 «L après mobilité» - Mon expérience 1- A anticiper : oui, mais parfois surprise 2- Souvent un tremplin universitaire Concours de MCU : pré-cnu en 2012 et CNU en Au niveau hospitalier - Anticiper aussi son retour : pas toujours simple - Reprise sur poste d attente de PHc (presque 2 ans, nov sept. 213) 4- Mettre à profit les compétences acquises et communiquer +++

39 - Soutenance HDR 2015 «L après mobilité» - Mon expérience 4- Mettre à profit les compétences acquises - Déjeuner Recherche JNI com orale JNI Trouver un laboratoire d accueil : EA 3671, Université de Bordeaux (lieu de thèse de Science), mais thématique différente négociations (fait en 2013) - Puis encadrement de Master 2 : importation des techniques : Utilisation de la sonication et de la biologie moléculaire pour le diagnostic des infections d implants cardiaques (Dr Gaëtane WIRTH) valorisation poster JNI 2014 BORDEAUX + poster ICAAC : Utilisation de la sonication et de la biologie moléculaire pour le diagnostic des IPV (Mlle Mathilde PUGES) demande bourse SPILF (non acceptée)

40 Synthèse - La question était «La mobilité : uniquement pour être professeur?» - NON, car bénéfices multiples (scientifiques, langue, relationnels, sociaux, culturels ) - NON, car beaucoup de MCU le font sans être PU après - Plutôt OUI, investissement professionnel et privé non négligeables, être sûr de soi et motivé, donc non recommandée si souhait et possibilité de carrière dans le privé ou en hôpital périphérique, si pas de carrière universitaire souhaitée, encore que - Pas de réponse universelle, à chacun de voir!