TESTS DE LABORATOIRE (SÉROLOGIE, PCR ET SÉQUENÇAGE DE VIRUS) DANS LE CADRE DES PROJETS CLÉ-SRRP
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- Antonin Papineau
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1 TESTS DE LABORATOIRE (SÉROLOGIE, PCR ET SÉQUENÇAGE DE VIRUS) DANS LE CADRE DES PROJETS CLÉ-SRRP Contenu Mise en situation... 2 Prélèvements à la ferme... 2 Fournisseur de service... 3 Transfert des résultats... 4 Séquence... 5 Rapports Rapport du laboratoire (de base) Rapports de 1 re ligne... 6 Production... 6 Fréquence et type... 6 Transmission... 6 Facturation Rapports de 2 e ligne... 6 Production... 6 Fréquence et type... 7 Transmission... 7 Facturation Rapports de 3 e ligne... 7 Annexe 1 : Liste de contacts et des laboratoires autorisés... 8 Coordination du projet... 8 Laboratoires autorisés... 8 Annexe 2 : Formulaire de soumission MAPAQ FMV... 10
2 Mise en situation La veille sanitaire, nécessaire à la réalisation des projets CLÉ, exige la réalisation de divers tests de laboratoire. Les tests de laboratoire préconisés dépendent du statut sanitaire présumé des animaux du site de production. Site négatif au regard du SRRP o Recherche d anticorps par des tests de sérologie Site positif au regard du SRRP o Recherche de virus par des tests de PCR o Séquençage du virus pour les comparaisons de souches Les producteurs participants aux projets CLÉ-SRRP ont l obligation de réaliser la veille sanitaire selon les normes et les directives du plan de travail de la zone. Les tests de laboratoires nécessaires à la réalisation des projets impliquent plusieurs étapes (prélèvement, soumission, séquençage, comparaisons), plusieurs fournisseurs de service (MAPAQ, FMV, Biovet, etc.), et plusieurs parties prenantes (médecin vétérinaire, MAPAQ, FMV, CDPQ, etc.). Ce document synthèse résume les aspects de logistique pour obtenir la réalisation du travail sur le terrain. Prélèvements à la ferme Les prélèvements à la ferme sont réalisés par les vétérinaires ou du personnel dédié à cette tâche. Les frais de prélèvements sont à la charge du producteur de porcs.
3 Fournisseur de service Le propriétaire des animaux de chaque site de production aura deux options pour la soumission des spécimens (échantillons) au laboratoire (voir figure 1). 1. Service de diagnostic courant (à la charge du producteur) Le médecin vétérinaire ou son représentant pourra soumettre les échantillons à un des laboratoires autorisés (voir Annexe 1). Le laboratoire autorisé devra fournir un formulaire de soumission qui identifie clairement le projet (formulaire CLÉ-SRRP). La sérologie et le PCR seront réalisés dans les locaux du laboratoire autorisé. Le séquençage du virus sera réalisé par le Service de diagnostic de la Faculté de médecine vétérinaire (Laboratoire FMV-SDX). Une copie de toutes les séquences sera transférée au laboratoire d épidémiologie et de médecine porcine (laboratoire FMV-EMP) et aux laboratoires accrédités qui en avaient fait la requête.. Les frais de sérologie et de PCR sont totalement à la charge du vétérinaire. (refacturation au producteur). Les frais du séquençage seront absorbé par le projet Les frais du génotypage seront facturés aux clients selon les ententes habituelles. Les rapports de comparaison de souches de première ligne, produits par le laboratoire accrédité, seront facturés au client selon les ententes habituelles. 2. Service autorisé dans le cadre du projet CLÉ-SRRP (à la charge du projet) Le médecin vétérinaire ou son représentant pourra soumettre les échantillons au laboratoire du MAPAQ (voir formulaire de soumission en Annexe 2). La sérologie et le PCR seront réalisés dans les laboratoires de pathologie animale du MAPAQ. Le séquençage du virus sera réalisé par le service de diagnostic de la Faculté de médecine vétérinaire (Laboratoire FMV-SDX). Une copie de toutes les séquences sera transférée par le MAPAQ au laboratoire d épidémiologie et de médecine porcine (Laboratoire FMV-EMP). Les frais de sérologie et de PCR sont entièrement à la charge du projet (contribution du MAPAQ). La lité des frais de séquençage sera absorbée par le projet.
4 Le laboratoire SDX de la FMV fournira des rapports de comparaison de souches de première ligne aux médecins vétérinaires. MAPAQ Laboratoire accrédité FMV-SDX Laboratoire de biologie moléculaire FMV-EMP CLE -Zone FMV-EMP Recherche FMV-SDX Laboratoire accrédité Zones Vétérinaires Autres services. Producteurs Ligne bleue : Circulation des rapports Ligne mauve : Circulation des séquences Figure 1 Organigramme de la circulation du matériel biologique, des données (mauve) et des informations (bleu) sur les séquences de virus Transfert des résultats PCR et sérologie Chaque laboratoire participant à la réalisation des tests dans le cadre des projets CLÉ doit transférer le résultat au médecin vétérinaire requérant et une copie au CDPQ. Adresse courriel pour les envois : labo-sante@cdpq.ca Séquençage
5 Les résultats du séquençage seront transmis au MAPAQ par le laboratoire de la FMV. Séquence Les différentes banques de séquences ont besoin d un minimum de données pour réaliser les comparaisons entre les souches de virus. Les séquences de virus pourront être transférées entre les laboratoires et d un laboratoire vers un vétérinaire. Il est convenu que le transfert de séquence de virus entre les laboratoires se fera par la transmission de deux documents : 1. Un document qui contient les informations sur la séquence du virus : date du séquençage, nom du laboratoire, numéro de requête, etc. 2. Une copie du formulaire de soumission rempli par le médecin vétérinaire. Le laboratoire de biologie moléculaire FMV-SDX a le mandat de : 1. Transférer une copie de la séquence au laboratoire autorisé qui en a fait la demande et au laboratoire d épidémiologie et de médecine porcine de la FMV. 2. Transférer le rapport de comparaison de base au CDPQ. Adresse courriel pour les envois : labo-sante@cdpq.ca Le laboratoire de biologie moléculaire FMV-SDX n a aucun mandat pour transférer des données vers d autres banques que celles mentionnées ci-haut. Les données pourront circuler vers d autres banques mais elles devront passer par le médecin vétérinaire.
6 Rapports Quatre sortes de rapports pourront être générées avec la séquence du virus caractérisé dans le cadre des CLÉ. 1- Rapport du laboratoire (de base) Comparaison de la séquence du virus avec les souches de référence. 2- Rapports de 1 re ligne Comparaison de la séquence du virus avec les souches de la banque du médecin vétérinaire et les souches de banques de partage 1. Production La production des rapports de première ligne se fera par le fournisseur de service choisi par le médecin vétérinaire. Fréquence et type La fréquence et le type de rapport sont déterminés par le médecin vétérinaire et son fournisseur de service. Transmission La transmission du rapport au médecin vétérinaire se fera par les méthodes usuelles. Fax, courriel, accès web, etc. Facturation Les rapports de première ligne seront facturés au client selon les ententes habituelles 3- Rapports de 2 e ligne Comparaison de la séquence du virus avec la banque de la zone Production La production du rapport se fera par le laboratoire de référence sélectionné par la zone. 1 Il y a présentement plusieurs banques de partage d information sur les séquences au Québec (banque de la FMV, banque de Biovet, banque de Demeter, etc.).
7 Fréquence et type 2 La fréquence et le type de rapport sont déterminés par le comité de gestion de la zone et son fournisseur de service. Transmission Transmission du rapport aux partenaires de la zone par une liste de diffusion spécifique à la zone Facturation Les rapports de deuxième ligne sont payés par le projet 4- Rapports de 3 e ligne Comparaison de la séquence du virus entre les banques CLÉ et avec d autres banques de virus. Il faudrait évidemment avoir reçu les diverses permissions et ententes. La disponibilité de séquences de virus en provenance des diverses zones permet la production de diverses analyses plus complexes. Comparaisons entre les zones Comparaison avec la banque de séquences de la FMV-EMP-Recherche Comparaison avec d autres banques québécoises, canadiennes, etc. Divers types de rapports de troisième ligne pourraient être générés à partir des séquences du virus. Toutefois, il n y a aucune provision monétaire, ni exigence de rapports de troisième ligne dans le cadre des projets CLÉ en cours. 2 Il faut prévoir un délai d au moins deux semaines entre la soumission d un nouveau spécimen et l intégration de l information dans le rapport de la zone.
8 Annexe 1 : Liste de contacts et des laboratoires autorisés Coordination du projet Sonia Goulet, T.S.A Coordonnatrice CLÉ-SRRP Place de la Cité - Tour Belle Cour , boulevard Laurier Québec (Québec) G1V 4M6 Canada Téléphone : , poste 4367 Télécopieur : Cellulaire : sgoulet@cdpq.ca Laboratoires autorisés Laboratoire d expertise en pathologie animale du Québec (MAPAQ) 2650, Einstein Québec (Québec) G1P 4S8 Téléphone : , poste 2604 Télécopieur : Service technique Isabelle Côté Téléphone : , poste 2604 isabelle.cote@mapaq.gouv.qc.ca Laboratoire d épidémiosurveillance animale du Québec (MAPAQ) 3200, rue Sicotte Saint-Hyacinthe, Québec J2S 2M2 Téléphone : Télécopieur : Service technique France Sylvestre Téléphone : , poste 243 france.sylvestre@mapaq.gouv.qc.ca
9 Laboratoire de biologie moléculaire FMV-SDX Faculté de médecine vétérinaire, local , rue Sicotte Saint-Hyacinthe, Québec J2S 2M2 Téléphone : , poste 8243 Télécopieur : Service technique Donald Tremblay , poste 8375 Courriel : donald.tremblay@umontreal.ca Estela Cornaglia , poste 8147 Courriel : estela.cornaglia@umontreal.ca Biovet 4375, avenue Beaudry Saint-Hyacinthe (Québec) J2S 8W2 Téléphone : Télécopieur : biovet@biovet-inc.com Service technique D r André Broes , poste 223 andre.broes@biovet-inc.com Laboratoire d épidémiologie et de médecine porcine (FMV-EMP) Directrice : Dre Sylvie D Allaire Courriel : sylvie.dallaire@umontreal.ca Faculté de médecine vétérinaire, local , rue Sicotte Saint-Hyacinthe, Québec J2S 2M2 Téléphone : , poste 8473 Télécopieur : Service technique : Benjamin Delisle Téléphone : , poste 8493 Courriel : benjamin.delisle@umontreal.ca
10 Annexe 2 : Formulaire de soumission MAPAQ FMV
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