Année Universitaire

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1 Centre d Enseignement Année Universitaire "Gakushū Nezumi" : Mice learning Japanese calligraphy. Painted by Kyōsai Kawanabe ( ), a distinguished Japanese "Ukiyoe" artist. Albino mice in this painting are historical evidence that people in the middle of the "Edo" period (18th century) enjoyed breeding fancy mice, a putative ancestor of today's classical laboratory inbred mice. The Freer Gallery of Art, Smithsonian Institution, Washington, D.C., USA

2 PROGRAMME COURS DE GENETIQUE DE LA SOURIS du 10 janvier au 4 février 2010 (Audition des projets le 15 février 2010) Le Cours de Génétique de la Souris a lieu au Centre d'enseignement de l'institut Pasteur Pavillon Louis Martin (Bât. 09) 28, rue du Docteur Roux PARIS CEDEX 15 Conférences : Salle n 3 (Bâtiment Social 06) Travaux Pratiques : Rez-de-chaussée du Pavillon Louis Martin

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4 Cours de Génétique de la Souris ère semaine ENSEIGNEMENT THEORIQUE : Anatomie, Anatomie pathologique ; Physiologie de la souris et gestion des expériences; Génétique formelle; Cellules souches embryonnaires et somatiques ; Cartographie génétique ; ENSEIGNEMENT PRATIQUE : Culture et manipulation de cellules souches embryonnaires (ES) ; Transfection et infection de cellules ES ; Autopsie de mutants; Utilisation du système Cre/loxP ; Superovulation Lundi 10 Janvier Accueil des participants et introduction générale. 10h30 Enseignement théorique : Eléments de génétique formelle (première partie). Jean-Jacques PANTHIER Travaux-pratiques : Anatomie des rongeurs. - Autopsies de quelques mutants. Céline ROBERT Mardi 11 Janvier Enseignement théorique : Eléments de génétique formelle (seconde partie). Jean-Jacques PANTHIER 10h30 Enseignement théorique : La souris et sa reproduction - Conséquences sur la gestion des expériences chez la souris. Geneviève AUBIN-HOUZELSTEIN A 15h00 - Injection i.p. de PMS à des souris femelles (E12) Enseignement théorique : Cartographie génétique chez la Souris (première partie). Xavier MONTAGUTELLI Mercredi 12 Janvier Enseignement théorique : Les cellules souches, embryonnaires et somatiques Jean-Jacques PANTHIER 10h30 Enseignement théorique : Les cellules souches pluripotentes, des tératocarcinomes de la souris aux perspectives en médecine régénératives chez l Homme. Michel COHEN-TANNOUDJI A 15h00 Travaux-pratiques : Manipulation de cellules souches embryonnaires - Bases de la culture de cellules. Jean-Pierre ROUSSET - Présentation de l expérience de recombinaison Cre dans les cellules HEK. - Présentation de la culture des cellules ES. - Présentation de l expérience de reprogrammation des fibroblastes en ips. - Etalement des fibroblastes embryonnaires traités à la mitomycine sur boites gélatinées. Michel COHEN-TANNOUDJI, Sandrine VANDORMAEL-POURNIN - Superovulation : Injection i.p. de PMS à des souris femelles (E11)

5 - Jeudi 13 Janvier Enseignement théorique : Apport des modèles transgéniques à l'étude de la régulation de l'expression des gènes. Dominique DAEGELEN 10h30 Travaux pratiques : Manipulation de cellules souches embryonnaires - Changer le milieu de culture des cellules HEK transfectées la veille. - Etalement des cellules ES dans des boîtes bactériologiques pour faire des corps embryoïdes. - Etalement clonal de cellules ES en présence ou non de fibroblastes et de LIF. [A 13h00 - Injection i.p. d HCG à des souris femelles (E9) et accouplement avec des mâles Kit W-lacZ/+, Myf5 lacz/+, Dct-lacZ/+, Pax3 lacz/+ ] Enseignement théorique : Transgénèse utilisant des vecteurs lentiviraux : exemple d utilisation pour la génération de rats transgéniques Séverine REMY A 13h00 - Injection i.p. d HCG à des souris femelles (E12) et accouplement avec des mâles Kit W-lacZ/+, Myf5 lacz/+, Dct-lacZ/+, Pax3 lacz/+ A 15h00 15h30 - Injection i.p. de PMS à des souris femelles (E10) Travaux pratiques : Manipulation de cellules souches embryonnaires - Réflexion en binôme sur le système Cre/loxP utilisé dans les HEK. - Lancement d une expérience de vidéomicroscopie sur la nuit. 16h00 Enseignement théorique : Cartographie génétique chez la Souris (deuxième partie). Xavier MONTAGUTELLI Vendredi 14 Janvier Enseignement théorique : Ségrégation des chromosomes en méiose: un ménage à quatre. Bernard de MASSY 11h00 Travaux pratiques : Localisation d une mutation récessive - Présentation des objectifs et discussion sur la stratégie. A 13h00 - Injection i.p. d HCG à des souris femelles (E11) et accouplement avec des mâles Kit W-lacZ/+, Myf5 lacz/+, Dct-lacZ/+, Pax3 lacz/+ A 15h00 Travaux pratiques : Manipulation de cellules souches embryonnaires - Changement du milieu des corps embryoïdes. - Observation des ips. - Fixation des cellules HEK transfectées et observation de l expression de la fluorescence. - Interprétation des résultats, discussion des constructions envisagées par chaque binômes. Michel COHEN-TANNOUDJI, Sandrine VANDORMAEL-POURNIN - Injection i.p. de PMS à des souris femelles (E9) 16h00 Présentation des travaux de recherche des participants (15' d exposé, 5' de questions) Aude ANGELINI Role du Serum Response Factor dans le Coeur via l'étude de modèles murins. Dana AZAR : Les Mécanismes de l instabilité des sites fragiles communs.

6 Samedi 15 Janvier A 13h00 - Injection i.p. d HCG à des souris femelles (E10) et accouplement avec des mâles Kit W-lacZ/+, Myf5 lacz/+, Dct-lacZ/+, Pax3 lacz/+ Dimanche 16 Janvier A 13h00 - Injection i.p. d HCG à des souris femelles (E9) et accouplement avec des mâles Kit W-lacZ/+, Myf5 lacz/+, Dct-lacZ/+, Pax3 lacz/+

7 Cours de Génétique de la Souris ème semaine ENSEIGNEMENT THEORIQUE : Anatomie pathologique ; Transgénèse et inactivation ciblée; Mutagenèse conditionnelle; Méiose et recombinaison génétique; Lignage et analyse clonale ; Knock-out et knockin ; Empreinte parentale; Développement précoce; Les petits ARN non codants; Les méthodes d exploration du comportement chez la souris. ENSEIGNEMENT PRATIQUE : Culture de corps embryoïdes ; Localisation génétique d'une mutation récessive à l'aide de marqueurs génétiques; Exploration du comportement chez la souris ; Modélisation de la forme. Lundi 17 Janvier 10h00 Travaux pratiques : Localisation de la mutation patchwork - Stratégie à utiliser pour localiser une mutation récessive avec une haute résolution. Visite du Musée 11h00 Enseignement théorique : Exploration du comportement chez la Souris. Sylvie GRANON-CRESSANT Travaux pratiques : TP1 : Analyse du comportement sur des souris consanguines C57BL/6 et 129/Sv : Observation générale et test moteur (1 ère séance). Sylvie GRANON-CRESSANT et Nicolas TORQUET TP2 : Localisation de la mutation patchwork - Amplification de microsatellites à partir de l'adn de souris backcross, - Préparation de gels d'agarose. Mardi 18 Janvier Travaux pratiques : Localisation de la mutation patchwork - Analyse des données de localisation de la mutation patchwork avec Gene-Link. 11h00 Enseignement théorique : Régulation génétique par les petits ARNs non codants. Christophe ANTONIEWSKI Travaux pratiques : Localisation de la mutation patchwork - Amplification de microsatellites à partir de l'adn de souris backcross. - Préparation de gels d'agarose. 16h30 Enseignement théorique : Le développement précoce de l'embryon de souris. Joël AGHION Mercredi 19 Janvier Enseignement théorique : Les méthodes d'analyse du lignage cellulaire chez la souris. Sigolène MEILHAC 11h00 Enseignement pratique : Modélisation de la forme par la croissance orientée.

8 Travaux pratiques : TP1 : Analyse du comportement sur des souris consanguines. Observation générale et test moteur (2 ème séance). Sylvie GRANON-CRESSANT et Nicolas TORQUET - TP2 : Localisation de la mutation patchwork. - Dépot des produits de PCR sur gel d'agarose. Analyse des résultats. Jeudi 20 Janvier Travaux pratiques : Localisation de la mutation patchwork - Amplification des microsatellites - Préparation des gels d agarose 11h00 Enseignement théorique : L'empreinte parentale. Andras PALDI Travaux pratiques : Manipulation de cellules souches embryonnaires - Observation des ips. - Repiquage des clones d ips. - Culture des corps embryoïdes. Transférer les corps embryoïdes dans une boite de culture cellulaire. - Coloration Phosphatase Alcaline des cellules ES étalées dans différentes conditions. Interprétation des résultats. Michel COHEN-TANNOUDJI, Sandrine VANDORMAEL-POURNIN 17h00 Enseignement théorique : Des souris transgéniques multicolores pour étudier les circuits neuronaux et le lignage cellulaire. Jean LIVET Vendredi 21 Janvier 10h00 11h00 Travaux pratiques : Localisation de la mutation patchwork - Migration des produits d'amplification. Présentation des travaux de recherche des participants (15' d exposé, 5' de questions) Travaux pratiques : Localisation de la mutation patchwork - Collecte et analyse des résultats Enseignement théorique : Anatomie pathologique de la souris. Fabrice CHRETIEN 15h30 Travaux pratiques : Comportement de la Souris - Bilan des expériences. Sylvie GRANON-CRESSANT

9 Cours de Génétique de la Souris ème semaine ENSEIGNEMENT THEORIQUE : Petits ARNs et interférence ARN ; Cartographie génétique par analyse de SNPs; Mutagenèse à l ENU ; Mutagenèse conditionnelle ; Diversité haplotypique et origine des lignées consanguines de laboratoire. ENSEIGNEMENT PRATIQUE : Culture cellulaire; Examen d embryons E9,0-E13,0 ; Analyse embryologique de mutants du squelette; Utilisation des gènes rapporteurs chez l embryon; Manipulation des embryons précoces et fécondation in vitro. Lundi 24 Janvier Enseignement théorique : Identification d une séquence de régulation par une démarche génétique. Benoît ROBERT 11h00 13h30 Travaux pratiques : ARN interférence et translecture - Utilisation de l'arn interférence et des antibiotiques pour l'étude de la translecture : Décongélation des cellules - Dissection d embryons à E14,5, fixation dans du Bouin. - Prélèvement du sac vitellin pour le génotypage, congélation. Yvan LALLEMAND & Benoit ROBERT 18h00 Travaux pratiques : - Superovulation de femelles donneuses d'embryons (fécondation in vitro) : injection de PMS. Mardi 25 Janvier Travaux pratiques : Effet de mutations aux loci Sonic hedgehog (Shh) et Extra-toes/Gli3 - Rincage des embryons prélevés hier - Lavage dans Ethanol 70%, 0,1% NH4OH Yvan LALLEMAND & Benoit ROBERT 9h30 Enseignement théorique : La mutagenèse chez la Souris Jean-Louis GUENET 11h00 Enseignement théorique : Comprehensive and specialized phenotyping analysis of mouse mutants: lesson from the decoding of gene function in a mammalian organism. Yann HERAULT - - Effectuer 7 ou 8 changements de solution de lavage. - - Extraire l ADN génomique des embryons - - Effectuer une PCR en utilisant des amorces spécifiques - - Migration des produits PCR ; établissement du génotype des embryons disséqués lundi dermier. Yvan LALLEMAND & Benoit ROBERT Mercredi 26 Janvier Lavage des embryons dans 80% Ethanol, 20% acide acétique. Yvan LALLEMAND & Benoit ROBERT

10 9h30 11h30 Travaux pratiques : Utilisation de gènes rapporteurs lacz et GFP - Dissection d embryons E9, E10, E11 et E12 de génotype sauvage et Kit W-lacZ/+, Myf5 lacz/+, DctlacZ/+, Pax3 lacz/+, fixation et coloration X-Gal O/N Jean-Jacques PANTHIER Coloration par le bleu Alcian, pendant environ 6 heures. Enseignement théorique : Mutagenèse conditionnelle chez la Souris. Frédéric JAISSER 17h30 Lavage des embryons pendant 15 min dans 80% éthanol, 20% acide acétique. Transférer les embryons dans 80% éthanol, 20% acide acétique tout la nuit. Yvan LALLEMAND & Benoit ROBERT [A 17h00 - Superovulation de femelles donneuses d'embryons (fécondation in vitro) : injection d'hcg.] Jeudi 27 Janvier 12h00 13h30 Travaux pratiques : Fécondation in vitro - Collecte des spermatozoïdes et capacitation - Collecte des ovocytes - Fécondation Jean JAUBERT et Angélique VINCENT - Révélation de la coloration : lavage des embryons toute la nuit dans 70% éthanol, 1% HCl. Travaux pratiques : ARN interférence et translecture - Présentation de l expérience : Utilisation de l'arn interférence et des antibiotiques pour l'étude de la translecture. - Amplification des cellules Jean-Pierre ROUSSET & Isabelle HATIN Travaux pratiques : Fécondation in vitro - Manipulation des œufs : transfert des œufs dans un milieu de culture. 17h30 Présentation des travaux de recherche des participants (15' d exposé, 5' de questions) Mlle Laure CHARBONNIER, Analyse d'une délétion ciblée de p53 chez la souris et Identification de nouveaux gènes cibles. Mme Laure DELAVALLEE, Modèles expérimentaux d'apoptose Vendredi 28 Janvier Travaux pratiques : Effet de mutations aux loci Sonic hedgehog (Shh) et Extra-toes/Gli3 - Transférer les embryons dans du glycérol 20%. 9h15 Enseignement théorique : Subspecific Origin and Haplotype Diversity in the Laboratory Mouse. Implications for Genetic Research and Collaborative Cros.s Fernando PARDO MANUEL DE VILLENA 11h45 Présentation des travaux de recherche des participants (15' d exposé, 5' de questions) Salomé GAZIT, influence du statut de p53 au sein de cellules épithéliales dans la conversion d'un microenvironnement sain en un stroma associé au cancer Agathe KORNIAT : Etude fonctionnelle de mutations d'un gène associées à des formes familiales de cardiomyopathies humaines.

11 Travaux pratiques : Utilisation de gènes rapporteurs lacz et GFP Examen et description du marquage lacz sur les embryons E9, E10, E11 et E12 Kit W-lacZ /+ colorés X-Gal, Jean-Jacques PANTHIER Travaux pratiques : Fécondation in vitro - Observation des œufs au stade 2 cellules. 16h30 17h00 18h00 Travaux pratiques : ARN interférence et translecture - Utilisation de l'arn interférence et des antibiotiques pour l'étude de la translecture : Changement de milieu. Jean-Pierre ROUSSET & Isabelle HATIN Présentation des travaux de recherche des participants (15' d exposé, 5' de questions) Sandrine LE GUILLOU : L'analyse des voies de signalisation sous contrôle de microarn impliqués dans le développement normal de la glande mammaire de souris Virginie LELARGE <Titre non communiqué> Travaux pratiques : Effet de mutations aux loci Sonic hedgehog (Shh) et Extra-toes/Gli3 - Transférer les embryons dans du glycérol 40%.

12 Cours de Génétique de la Souris ème semaine ENSEIGNEMENT THEORIQUE : Technologie des puces à ADN; Analyse génétique des caractères complexes; Petits ARNs et miarns chez la Souris ; la souris comme modèle en cancérogenèse ; La génétique de l hôte dans le contrôle des maladies infectieuses. ENSEIGNEMENT PRATIQUE : Exemples d analyse génétique de caractères complexes; Expérience d ARN interférence et de translecture; Recherche d informations dans les banques de données. Lundi 31 Janvier Enseignement théorique : Introduction à la Génétique Quantitative Xavier MONTAGUTELLI 11h00 Enseignement théorique : Analyse de données obtenues sur des puces ADN et par séquençage à haut débit. Diana TRONIK-LE ROUX 13h30 Travaux pratiques : Fécondation in vitro Observation des blastocystes issus de la fécondation in vitro. Travaux pratiques : ARN interférence et translecture - Utilisation de l'arn interférence et des antibiotiques pour l'étude de la translecture : Transfection. Mardi 1 Février Travaux pratiques : - Analyse de croisements pour étudier le déterminisme génétique du lupus érythémateux disséminé : utilisation de MapMaker Xavier MONTAGUTELLI 13h30 Travaux pratiques : ARN interférence et translecture - Utilisation de l'arn interférence et des antibiotiques pour l'étude de la translecture : Changement de milieu Jean-Pierre ROUSSET & Isabelle HATIN Enseignement théorique : Small RNAs description and analysis in male and female ES cells and during the differentiation process Constance CIAUDO 16h00 Analyse des résultats, discussion. Yvan LALLEMAND & Benoit ROBERT Mercredi 2 Février Travaux pratiques : - Recherche critique d informations dans les banques de données génétiques - Recherche de gènes candidats pour la mutation patchwork à partir des données de cartographie génétique - Utilisation des conservations de synténie entre la Souris et l Homme Jean JAUBERT - Bilan de la recherche de gènes candidats.

13 13h30 Travaux pratiques : ARN interférence et translecture - Utilisation de l'arn interférence et des antibiotiques pour l'étude de la translecture : Changement de milieu Jean-Pierre ROUSSET & Isabelle HATIN Présentation des travaux de recherche des participants (15' d exposé, 5' de questions) Christina BEGON-PESCIA : Le service de transgenèse par recombinaison homologue et cellules ES de Montpellier Laure BIHANNIC: L'utilisation des LNAs pour cibler le mir-17~92 dans le médulloblastome. Mlle Marine THERET, Etude du rôle de l'ampk (AMP-activated kinase) dans la régulation de la polarisation des macrophages au cours de la régénération musculaire. Ana PEREZ ADRIAN : Etude des régions 3'UTR et 5'UTR des ARNs des récepteurs olfactifs chez la souris. Mlle Laurianne SCOURZIC, Oncogénétique, cancérologie et modèle murin Jeudi 3 Février Enseignement théorique : La souris comme modèle d'étude de cancérogenèse (1) : oncogènes Boris BARDOT 10h30 Enseignement théorique : La souris comme modèle d'étude de cancérogenèse (2) : suppresseurs de tumeurs Franck TOLEDO 13h00 Travaux pratiques : - Utilisation de l'arn interférence et des antibiotiques pour l'étude de la translecture : Dosage des activités β-galactosidase et luciférase. Isabelle HATIN & Jean-Pierre ROUSSET Vendredi 4 Février Travaux pratiques: - Utilisation de l'arn interférence et des antibiotiques pour l'étude de la translecture : Dosage des activités β-galactosidase et luciférase. Analyse et interprétation des résultats. Isabelle HATIN & Jean-Pierre ROUSSET 10h00 Enseignement théorique : Génétique de l hôte dans le contrôle de la malaria. Simon FOOTE 12h00 Pot de fin de cours Une visite du Centre d Ingénièrie Génétique Murine, dirigé par Francina Langa-Vives sera organisée dans la semaine du 7 au 11 Février.