Biodiversité tropicale,réservoirs animaux et émergences de pathologies infectieuses.

Transcription

1 Colloque Recherches CNRS en Outre-Mer Paris 12 Décembre 2011 Biodiversité tropicale,réservoirs animaux et émergences de pathologies infectieuses. Koussay DELLAGI CRVOI Centre de recherche et de Veille sur les Maladies émergentes dans l Océan Indien

2 MALADIES INFECTIEUSES EMERGENTES ET RÉEMERGENTES ( ) 1970 : Cholera pandémique du au serotype El Torr 1990.Epidemie d hépatite C nosocomiale en Egypte 1983.Pandémie HIV /SIDA 1997 Epidémies d Influenza aviaire H5N1en Asie du SE 2000: Epidémies de méningites en Afrique Sahelienne (méningo W135) 1980 :Re-émergence de la peste à Madagascar Epidemie de SRAS en Asie du SE, 1997, 2009 Fiévre de la Vallée du Rift en Egypte et à Madagascar. Epidemies limitées dues à Nipah, Ebola virus, Hantaviruses et Arenaviruses.

3 Parmi les 1407 agents pathogènes répertoriés chez l homme, 177 (13%) sont considérés comme agents émergents. La majorité (75%) de ces derniers sont d origine animale (zoonoses ) et souvent prennent leur origine au sein de la faune sauvage. (Woolhouse 2005)

4 DEUX COROLLAIRES: 1- L investigation d une émergence infectieuse implique obligatoirement la recherche d un réservoir animal, souvent au sein de la faune sauvage et la compréhension du mécanisme de la transgression de la barrière d espèce (passage à l animal domestique et/ou à l homme) 2- La maitrise du milieu de vie justifie la conduite d inventaires des pathogènes associés à la faune animale à risque de passage chez l homme.

5 IMPACT DES MALADIES INFECTIEUSES EMERGENTES Epidémies de sévérité variable au niveau local regional et international. Peur et désorganisation sanitaire et sociale Pertes économiques massives liées a l abattage massif d animaux de rente, aux barrieres aux échanges internationaux humains et commerciaux et au déclin des activités touristiques) SRAS: <1000 morts = baisse de 2%du PIB des pays d Asie du SE

6 : Emergence du Chikungunya dans la region de L Océan Indien 2007: Italie (Gould, 2009)

7 L ÉPIDÉMIE DE CHIKUNGUNYA À LA RÉUNION ( ) 1/3 de la population a été infectée par le virus -Cout global 100 M -Cout SS 40 M

8 Science, 21 déc. 2007

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10 INVESTIGATION DES EMERGENCES: Le concept «ONE HEALTH» Vecteurs Environnement Hôte(s) accidentel(s) Réservoirs et écosystèmes Pathogène

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12 CARACTÉRISITIQUES DE LA ZONE D ETUDE DU SUD OUEST DE L OCÉAN INDIEN Systemes insulaires diversifiés: Diversité géologique, Hot spot de biodiversité mais richesse spécifique variable entre les iles, Pression anthropique +/- sévère, Diversité des peuplements humains et de développement économique, Diversité des voies d échanges, humaines et commerciales Distance varaible de la côte Est de l Afrique

13 DIVERSITÉ GEOLOGIQUE DES ILES DU SUD OUEST DE L OCÉAN INDIEN ( S JAQUEMET,RUN UNIV )

14 S. Goodman, Vahatra Nombre total d espèces Nombre d espèces autochtones Nombre d espèces endémiques Madagascar Rongeurs (100%) Tenrecidae (100%) Primate ~70 ~70 ~70 (100%) Carnivora (100%) Soricidae Chiroptera (74%) Comores Rongeurs Tenrecidae Primate Soricidae Chiroptera (30%) La Réunion Rongeurs Tenrecidae Soricidae Chiroptera (25-50%) Maurice Rongeurs Tenrecidae Primate Soricidae Chiroptera (33%)

15 Programmes de recherche du CRVOI 1:Inventaire des pathogènes de la faune sauvage dans la région océan indien Objectif : analyse du rôle de la faune sauvage et les ectoparasites qu elle porte dans l introduction, la dissémination et l émergence d agents pathogènes pour l homme et l animal dans la région SW de l Océan Indien

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17 S Goodman, Vahatra Roussetus obliviosus Mormopterus acetabulosus Miniopterus griveaudi

18 Echantillonage d oiseaux marins migrateurs : (Matthieu Lecorre et al ; ECOMAR; RUN UNIV ) Blood sampling Mayotte Seychelles Cloacal and pharyngal swabs Europa Madagascar Reunion Amsterdam Ectoparasite sampling 1- Tracked species 2- Local species (horizontal transmission)

19 Oiseaux migrateurs, transport intercontinental de pathogenes et d ectoparasites

20 QUELQUES EXEMPLES Une pathologie environnementale : la leptospirose Une zoonose reverse : Passage du virus grippal AH1N1 pdm, de l homme au porc.

21 La leptospirose : prototype de pathologie liée à des environnements infectiogènes

22 Le pathogen: Bacteries (Spirochaetales, Leptospiraceae, Leptospira sp.) La maladie: les leptospiroses Le plus souvent asymptomatique Si symptomatique : 90%:syndrome grippal 10% de mortalité!maladie de Weil

23 La leptospirose : Une épidémiologie contrastée entre les iles du SOOI Ile Année Incidence/ Réunion ,4 Mayotte ,45 Maurice ,7 Comores?? Madagascar?? Seychelles ,0 France Métropolitaine ,56 23

24 La leptospirose dans le SOOI:Une épidémiologie contrastée Incidences contrastée (Seychelles ++++, Mayotte+++, Réunion ++, Comores?, Madagascar?) Diversité d espèces génomiques dans les îles de l Océan Indien: L.interrogans à la Réunion et L borgpeterseni et L kirshneri à Mayotte. Quels sont les facteurs qui gouvernent l expression contrastée de l infection entre les iles Diversité des réservoirs? Diversité des environnements? Facteurs anthropogéniques

25 Sequencing results Pathogenic species L. interrogans L. kirschneri L. noguchii L. Weilii L. borgpetersenii L. santarosai Intermediate strains Saprophytic species L. fainei L. meyeri L. biflexa Cerqueira and al. 2010

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28 Pandemie grippale AH1N1 pdm: un exemple d une zoonose reverse

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30 ETUDE PROSPECTIVE DE LA GRIPPE AH1N1pdm EN POPULATION : HIVER AUSTRAL 2009 Analyse serologique chez l homme après passage epidémique Ages < 20 ans ans > 60 ans Taux séroconversion Taux séropositivité net (IHA >= 1/40) Decay 63.16% 42.9% [ ] % 39.39% 13.9% [ ] % 16.67% 0.0% %

31 H1N1pdm: retour à l envoyeur? Le virus H1N1p est-il passé chez le porc au cours de l épidémie humaine 2009? Prévalence? Le virus circule t il toujours activement chez le porc? Diversité génétique des souches isolées chez le porc par rapport à celles isolées chez l Homme?

32 CRVOI Hervé Pascalis Pablo Tortosa * Erwan Lagadec* Sarah Temmam* David Wilkinson Vanina Guernier Eric Cardinale Najla Dsouli Magalie Turpin Julien Chotte Yann Gomard * CNRS IPM Jean Michel Heraut VAHATRA Steve Goodman Achille Raselimanana Voahangy Soarimalala Jeanne Rahelilaloa ICS, Seychelles: Gerard Rocamora Nature Seychelles Riaz Ameeruddy Parc National de La Réunion Jean Michel Probst UMR 190 à Marseille Xavier de lamballerie Odile PY ECOMAR/ RUN UNIV Matthieu Lecorre Audrey Jaeger Université de Tananarive Lala Rafarasoa Lydia RatebafiKa

33 Au revoir