Réunion FTM post-congrès. 7 Septembre 2013 Séville

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1 Réunion FTM post-congrès 7 Septembre 2013 Séville FabaTropiMed : Base de données multi-agroecosystèmes..et site web Work Package 1 "Agronomy, Environmental Diagnosis and Ecology" par : Soto, P., Balboa, A., Zanetto, A., Desclaux, et tous les membres des WP1 et WP6 1 /27

2 Objectifs de l'exposé 1. Introduction : contexte et enjeux d'une Bdd 2. Approche méthodologique 3. Mise en œuvre 4. Discussion/Débat 2 /27

3 Contexte : Position des Wps dans schéma global FTM Services écologiques des légumineuses pour les cycles biogeochimiques de N et P et la séquestration du C dans des systèmes de culture céréalière en Afrique tropicale et dans le bassin Méditerranéen WP6 Management and Coordination WP5 WP1 agronomy environmental diagnosis and ecology Pedological & Innovation systems and sustainability assessment Sustainability and et chnology transfer microbial diagnosis in farmers fields Mechanisms and processes WP3 New symbioses N&P efficicent WP2 N & P cycles and C sequestration in soils Soil parameters Symbiotic and rhizospheric interactions Isolation of beneficial microorganisms and N,P and C modeling WP4 Physiological mechanisms and candidate genes Characterization of efficicent symbioses 3 /27

4 Contexte: liaison des tâches du WP1 <-> Autres WPs Tâche 1.1 Echelle de l'agro-écosystème : avec WP5 «Biophysical environment of reference agroecosystems and selection of experimental and farmer s plots» Tâches 1.2 et 1.3. Echelle de la parcelle : Diagnostics en milieu experimental et paysan des agroécosystèmes de référence Data with spatio-temporal links WP field trials, monitoring and sampling Growth, yield and seed quality (o,m,s) Soil Diagnosis (o,m,s) Nodules Diagnosis (o,s) Mycorhization (o,s) Microbial communities (s) Field activities : WP2 WP3 WP Laboratory analysis o = observations, m = measurements, s = sampling Tâche d'intégration Echelle multi agroecosys avec WP5 & WP6 : analyses et méta-analyses 4 /27

5 Contexte : la notion d'agro-écosystème dans FTM Agro-écosystèmes = zones retenues dans différents pays pour fournir gradient climatique et diversité de situations pour culture de légumineuses à graine (haricot, fève, féverole, niébé..) un agro-écosystème de référence = aire agricole représentative (dans rayon assez limité ex : 50 km ) contenant : - un réseau de parcelles chez les agriculteurs ; - une station d'essai agronomique 5 /27

6 Contexte : travaux «in campo» puis «in labo» WP1 : Diagnostics dans réseau de parcelles, dans chaque agroécosystème 1. Observation de l'environnement et Géolocalisation des parcelles 3. Prélèvement de sol proche racine 2. Enquêtes nodulaires et prélèvement de plantes Echantillons acheminés au laboratoire pour analyses des plantes et nodules symbiotiques, isolement de souches bactériennes analyses des mycorhizes analyses de sols... 6 /27

7 Enjeux: Une base de données pourquoi? Enjeux de la BDD : Mise en commun de données issues de tous les agroécosystèmes pour analyse d' interactions sol/µorganismes/plante(s) «Méta-Analyses» pour Identifier des relations - générales - spécifiques d'une plante, d'un grpe de µorganisme ou d'un agro-écosystème et répondre à certaines questions générales telles que : - «le l Phosphore du sol est-il systématiquement déterminant du comportement des symbioses rhizobia- legumineuses?».. sachant qu'il n'y a pas que le P et les rhizobias... 7 /27

8 Enjeux : exemple de traitement multi-sites (mono-agroecosystème en l'occurrence) modalite Féverole dans BF F pspa_bypl_g essai de "méta analyse" effectué avec données issues de plusieurs parcelles : Mauguio et Camargue ==> Patricia Mac Donald et Odile Domergue (graphique R ) 60 un premier psnod_bypl_gl 8 /27

9 Base de données multi-agroecosystèmes Approche Méthodologique 9 /27

10 Une base de données conçue comment? Approche conceptuelle proposée par Patricio SOTO Ingénieur, Chef de projet INRA/SPE - PFE Diascope cf résumé IBEMPA : Soto, P., Blavet, D., Balboa, A., Zanetto, A., Drevon, J-J. and Desclaux, D. Managing a pluridisciplinary data base: Integrating knowledge to engineer the complexity of microbe-soil-plant interactions in FabaTropiMed agro-ecosystems Unité -- UMR Unité Expérimentale Expérimentale INRA INRA DIASCOPE DIASCOPE UMR ECO&SOL ECO&SOL Montpellier Montpellier -- France France 10 /27

11 Une base de données conçue comment? Finalité de l'approche : (d'après P. SOTO et al., IBEMPA 2013) (1) aborder l information agro-écosystémique de manière rigoureuse et opérationnelle. (2) gérer la complexité des informations issues des agro-écosystèmes, via un Schéma Conceptuel Global. (3) échanger entre spécialistes de disciplines différentes, (4) Contribuer à une collaboration multi-partenariale, y compris les acteurs socio-économiques d un territoire, à fin de valorisation du savoir-faire de la recherche agronomique. 11 /27

12 Une base de données conçue comment? Co-action : (d'après P. SOTO et al. ; IBEMPA 2013) partenariat (chercheurs et doctorants) Intégrateur de données (ingénieur système d'information) 12 /27

13 Une base de données conçue comment? 5 référentiels complémentaires pour intégration de données 1. Espace géographique (Où?) Repères spatiaux : GPS, niveau, profondeur, 2. Temps (Quand?) Repères temporels : instant, date, durée, 3. Composition (Quoi?) Variable(s) analytique(s) décrivant l objet étudié 4. Protocole (Comment?) Description du protocole d analyse : unités, cotes, 5. Obtenteur (Qui?) Personne(s), institution(s), (P. SOTO et al., IBEMPA 2013) 13 /27

14 Une base de données conçue comment? Exemple du référentiel «espace géographique» : identification d'échelles emboîtées dans un essai agronomique Organe Y Individu Placette B point MicroPlacette MésoPlacette Placette Parcelle X (P. SOTO et al., IBEMPA 2013) 14 /27

15 Base de données multi-agroecosystèmes Mise en oeuvre 15 /27

16 Mise en œuvre de la Bdd : une tâche délicate (:-) Booster les troupes? «jouer la montre»?.. se stresser? et réfléchir après? a priori NON! 16 /27

17 Mise en œuvre de la Bdd : une vision pragmatique Collecte de Données nécessaire pour : - regrouper les données - préparer construction vraie Bdd (avec MCD) Mais éviter l'usine à gaz «ex nihilo» (proposition WP1 et WP6) : Tableau «Starter» Minimal Commun d'une seule feuille 17 /27

18 Mise en œuvre de la Bdd : une vision pragmatique Cadre conceptuel (cf. P. Soto et al.) (proposition WP1 et WP6) Tableau Starter Minimal Inter AgroEcosys plus tard : MCD et Bdd relationnelle A terme : Base consolidée, enrichie 2ème type analyses «Asap» : 1ères possibilités d'analyses 18 /27

19 Mise en œuvre de la Bdd : application Essai de conception d'un tableau «starter» minimal Tableau = entité correspondant à une liste d'éléments de même type (un par ligne) Option : Une ligne du tableau = système «élémentaire» comprenant : n Plantes (n = zéro à x) ET organes symbiotiques ET milieu (= sol ou eau) ET µorganismes du milieu d'intérêt Avec position spatio-temporelle définie ET conditions de culture définies Une ligne de tableau 19 /27

20 Base de données multi-agroecosystèmes Discussion 20 /27

21 Analyse FFOM-SWOT pour le devenir de la «Bdd» origine interne éléments positifs éléments négatifs Forces (Strength) Faiblesses (Weakness) - Concept de changement d'échelle - Fédérateur - Nombreuses thèses : Nombreuses Données Opportunités (Opportunities) origine externe - Appui UE Diascope (avec Site web) - Agropolis et AERES favorables à démarche fédératrice FTM - Possibilité perception interne «Top down»? vs thèses = time consuming - Pas de thèse dédiée FTM basé sur thèses Menaces (Threats) - Pertes Données - Dispersion para et post-projet travailler sur faiblesses et menaces 21 /27

22 Discussion où placer le curseur de complexité? Avant d'aller plus loin, on peut aussi se demander jusqu'où on peut ou on est prêt à investir A l'extrême pour quelque chose de basique (par exemple centraliser et stocker «en vrac» un ensemble disparate de tableaux de données... un «lieu de stockage web» pourrait suffire mais en cas on ne peut pas parler de base de données) 22 /27

23 .. un mot sur site web FTM et liaison Bdd Maquette très récente de site réalisée par Anne Zanetto (UE INRA Diascope): 23 /27

24 ..site web FTM possibilité de placer le tableau de Bdd sur Intranet site Web FTM 24 /27

25 ..site web FTM possibilité de placer autres informations telles que pdf d'articles publiés ou preprints : cf politique des revues cf. site 25 /27

26 Conclusion / Perspectives Intérêt éventuel d'un tableau starter mais qui restera limité, Pour une véritable Base de données qui «roule» : faire appel au Professionnel 26 /27

27 Réunion FTM post-congrès Septembre 2013 Séville Muchas gracias a todos y buena suerte! 27 /27