FORMULAIRE de soumission de PROJET de SEQUENÇAGE A HAUT DEBIT

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1 Plate-forme Transcriptome et Epigénome (PF2) FORMULAIRE de soumission de PROJET de SEQUENÇAGE A HAUT DEBIT Séquençage des ARNs (RNA-seq, TSS mapping, mirna-seq) et de produits d immuno-précipitation de la chromatine (ChIP-seq) Code projet (interne à PF2) : SLX 1. Titre du projet : 2. Responsable du Projet : Préciser le coordinateur du projet si plusieurs laboratoires sont impliqués Nom: Prénom: Laboratoire: Responsable du laboratoire/unité: Département: Adresse: Téléphone: Mail: Date d envoi du formulaire: Signature et cachet de l entité du responsable de projet : 3. Rappels : Tout projet ne pourra être soumis qu après discussion avec le responsable de la plate-forme (Tél. : , mail : jycoppee@pasteur.fr). Le groupe demandeur s engage à démarrer le projet dans les 6 mois qui suivent son acceptation. Passé ce délai, sans raison technique recevable, la demande devra être soumise à nouveau. Les projets réalisés avec la plate-forme se font sous forme de collaborations et, à ce titre, vous êtes tenus d indiquer la contribution des membres de la PF directement impliqués dans la réalisation du projet, en tant que co-auteurs dans toute publication présentant les résultats issus de cette collaboration Avant le démarrage du projet, une discussion avec les bioinformaticien et les statisticiens de la plate-forme est obligatoire pour valider les analyses de données à mettre en oeuvre Formulaire de demande de projets de NGS à PF2 Page 1 mise à jour 01/10/15

2 Merci de renvoyer ce document signé en version papier à la plate-forme PF2, et en version électronique à 4. Contrôle qualité du materiel génétique IMPORTANT - A LIRE ATTENTIVEMENT Le matériel génétique fourni doit être impérativement et systématiquement contrôlé sur le Bioanalyseur Agilent. Les ARNs, ADNs et librairies doivent passés les critères qualité détaillés ci-dessous. La concentration des librairies est évaluée par spectrofluorométrie (QuBit Invitrogen). Si ce contrôle n est pas réalisé à la plate-forme, les profils et quantifications doivent nous être transmis. En cas de qualité ou de quantité insuffisante par rapport aux critères indiqués ci-dessous, une discussion technique précise sera nécessaire pour évaluer si le projet peut être pris en charge. Qualité ARN : Le profil de migration obtenu pour chaque ARN ne doit mettre en évidence aucun signe de dégradation (les RNA Integrity Numbers doivent être validés avec la plate-forme). ADN immuno-précipité : Les fragments doivent être majoritairement compris entre 100 et 500 nucléotides. Librairies : Les tailles majoritaires doivent être comprises entre 100 et 600 nucléotides. En dessous, les produits de librairies ne contiennent pas d insert d intérêt, au-dessus, la taille n est pas optimale pour la réalisation du séquençage. Quantités ARN : RNASeq,directionnel : 0,1 à 2 µg d ARN total; RNAseq non directionnel : au moins 10 pg d'arn total; mirna seq : ng de mirna obtenus à partir de 1 à 10 µg d ARN total (selon la proportion de mirna présents) ; Séquence des sites d initiation de la transcription (mapping +1) : 7-10 µg d ARN total ADN : ChiPseq: la quantité idéale est de 50 ng total ou plus d'adn immunoprécipité. En dessous de 10 ng, les résultats sont aléatoires et ne peuvent en aucun cas être garantis. Librairies : La concentration minimale idéale est de 1 nm. On peut travailler avec des quantités plus faibles jusqu à 0,1 nm, mais les résultats ne peuvent être garantis. 5. Facturation Après discussion et acceptation de votre projet, un devis vous sera adressé. Pour les équipes de l institut Pasteur, ce devis doit être retourné à Jean-Yves Coppée signé par le responsable d entité et par votre gestionnaire. Pour les collaborations extérieures, ce devis doit être retourné à Jean-Yves Coppée signé par le chef de projet et accompagné d un bon de commande de l organisme payeur. Les expériences sont planifiées si les échantillons passent les contrôles ci-dessus et à réception du devis ou du bon de commande signé. Formulaire de demande de projets de NGS à PF2 Page 2 mise à jour 01/10/15

3 6. Prise en charge des étapes du projet IMPORTANT - A LIRE TRES ATTENTIVEMENT Applications La plate-forme prend en charge La plate-forme ne prend pas en charge Tous projets Contrôles qualité des ARNs, ADNs Purifications de populations spécifiques (polya ) Déplétions des ARN ribosomiques Préparation des librairies Contrôle qualité des librairies Séquençage et contrôle qualité des séquences Pré-traitement des séquences Production des données brutes (fichiers fastq) La production des ARNs La production des ADNs immunoprécipités RNAseq mirnaseq Identification sites d initiation (TSS) Normalisation des données Analyse différentielle Elaboration des listes de gènes régulés (incluant fold changes, pvalues brutes/ajustées ) Normalisation des données Analyse différentielle Elaboration des listes de gènes régulés (incluant fold changes, pvalues brutes/ajustées ) Reconstitution de transcriptomes Gestion des isoformes Développements d outils d analyse biologique (base de données, genome browsers, Kegg ) Identification de nouveaux mirna Identification des cibles des mirna Interprétation biologique des données de TSS Visualisation Recherche de séquences consensus Utilisation des données d annotation ChIPseq Utilisation des outils d analyse (Peak calling, Galaxy ) Pour tous les projets réalisés à la plate-forme, les résultats des expériences seront rendus à l'utilisateur sous forme de rapports (décrivant le traitement des échantillons, l'analyse bioinformatique et l'analyse des résultats). Les contenus de ces rapports seront détaillés lors de réunions organisées avec l'équipe demandeuse. 7. Description générale du projet Description scientifique du projet Contexte scientifique Objectif du projet Description de l expérience (description des organismes, cellules, organes, caractéristiques des mutants, des traitements, doses, durée ) Formulaire de demande de projets de NGS à PF2 Page 3 mise à jour 01/10/15

4 Publications de l équipe et des collaborateurs en relation avec le projet : Description technique du projet (à discuter avec la plate-forme) Quel type de séquençage souhaitez vous utiliser? Séquençage des transcrits codants (mrna-seq directionnel) Séquençage des transcrits codants et non codants (RNA-seq directionnel) Séquençage de produits d immuno-précipitation (ChIP-Seq) Séquençage des mirnas Etude des sites d initiation de la transcription (mapping +1) Autres Quels paramètres de séquençage souhaitez vous? Run : Single Paired-Ends Longueur de lecture : 50 bases 100 bases Nombre d échantillons : Multiplexage : échantillons par canal certaines populations d'arn doivent elles être éliminées avant la construction des librairies? rrna: rrna mitochondriaux: mrna globine: autre (préciser): Description de vos échantillons Nous vous demandons de nous faire parvenir un tableau Excel décrivant l ensemble de vos échantillons, leurs caractéristiques et tous les éléments nécessaires à l analyse des résultats. L exemple ci dessous est un modèle à compléter selon vos spécificités. Nom Echantillon Souche Culture Traitement Réplicat Date préparation ARN Concentration (ng/µl) Ratio 260/280 Toto Tata faible blague ,8 8,3 Titi Tata faible blague ,75 8,2 RIN Etc Date de disponibilité des acides nucléiques ou des librairies? Transfert de la totalité des acides nucléiques à PF2? Conservation de stocks d acides nucléiques dans votre laboratoire? 8. Etapes du projet prises en charge par l équipe demandeuse Etapes Préparation des librairies Alignement des lectures Analyse statistique Mise en place d un outil de visualisation des données Prise en charge* Formulaire de demande de projets de NGS à PF2 Page 4 mise à jour 01/10/15

5 Rayer la mention inutile* 9. Moyens humains de l'équipe demandeuse pour la réalisation de ce projet Nom Prénom Statut Degré d implication dans le projet 10. Votre projet peut il figurer sur le site web de la plate-forme? OUI / NON Formulaire de demande de projets de NGS à PF2 Page 5 mise à jour 01/10/15