Outil de suivi d échantillons pour les laboratoires d analyses biologiques. Mars 2009 Institut Pasteur - EpiConcept

Transcription

1 Outil de suivi d échantillons pour les laboratoires d analyses biologiques Mars 2009 Institut Pasteur - EpiConcept

2 LAGON en quelques mots Lagon est un SGL dynamique et interopérable permettant de tracer, rendre et archiver les résultats d analyses biologiques.

3 Situation ans d expérience au service des CNR de l Institut Pasteur. 14 CNR Neisseria Arbovirus Fièvres hémorragiques Mycologie Bordetella Rage HPV (Papillomavirus humain) Yersinia Vibrions Leptospires Salmonelles (2009) Coli shigelles(2009) Listeria Anaérobies (en cours)

4 Fonctionnalités Saisies cloisonnées / Workflow Lagon permet d effectuer la saisie des données cliniques, épidémiologiques et analytiques pour chaque échantillon. Chaque saisie peut être cloisonnée en fonction des rôles et des droits de chaque acteur. Chacun peut ainsi savoir «ce qu il lui reste à faire». Traçabilité Chaque modification d analyse est tracée dans le temps et donne lieu à un enregistrement de type «qui, quoi, quand». Chaque compte rendu d analyse validé est archivé au format pdf.

5 Fonctionnalités Impressions Lagon permet de gérer l impression de feuilles de route, de feuilles de paillasses et de feuilles de résultats. Exports multiformats Depuis le registre, il est possible d exporter des listes filtrées dans des fichiers aux standards (excel, word, html, pdf ) Interopérabilité De par le moteur de base de données sous-jacent, Lagon peut être, selon les droits d accès, interconnecté avec des logiciels tels que Excel, Stata, Bionumerics

6 Fonctionnalités Gestion des reprises Un échantillon, une fois archivé, ne peut plus être modifié dans sa partie technique. Une repriseà postériori peut être effectuée. Un nouveau numéro de dossier est alors attribué. Gestion des mélanges Gestion des mélanges Dans certain cas, un échantillon peut nécessiter d effectuer plusieurs analyses en parallèle. On parle alors de mélange. L échantillon initial est alors désactivé pour donner lieu à la création de plusieurs échantillons. De nouveaux numéros de dossier sont alors attribués.

7 Fonctionnalités Module de pré-saisie technique (valeurs «par défaut») Dans certains cas (galeries importantes), il est important de pouvoir renseigner automatiquement certaines valeurs. Dans ce cas, les saisies sont référencées comme faites par le système et doivent être validées par techniciens et biologistes. Pré-validation administrative Dans certaines configurations de laboratoires, les techniciens ont besoin de saisir de nombreuses informations et commencer leurs manipulations avant même que l échantillon ne soit validé administrativement. C est ce que l on nomme validation pré-administrative.

8 Fonctionnalités Gestion des codes à barre Pour un nombre important d échantillons, Lagon peut également générer et gérer des code à barre qui accélèrent passablement l accès aux dossiers. Module d envoi par courriel automatisé des Module d envoi par courriel automatisé des commentaires ou de signalement de bugs Dans le cadre de suivi de site et de maintenance, l utilisateur peut reporter un mauvais fonctionnement ou une suggestion par le biais du système de rétro-information intégré.

9 Fonctionnalités Module de validation technique ( ) Un module de validation technique est en cours de réalisation. Il permettra de regrouper un ensemble de techniques soumises à validation technique massive. Un bon exemple est le Module de lecture de Densité Optique permettant de récupérer les données en provenance du lecteur et de les intégrer dans LAGON.

10 Les grands principes Structure des données simplifiée entités Par entité, on entend prélèvement humain, animal, environnemental ou alimentaire. échantillons Une entité peut avoir plusieurs prélèvementsdistincts au cours du temps. Non conform. analyses epidémio Chaque échantillon peut êtreréférencé comme non conforme (tubes cassés, manque d information ) Chaque échantillon peut faire l objetde plusieurs analyses, choisies parmi celles disponibles. Des informations à caractère épidémiologique peuvent être complétées pour chaque échantillon. réponses Unou plusieurs rendus de résultats peuvent être produits. Chaque résultat est archivé au format pdf, facilitant ainsi la production de duplicatas. Tables noyau Tables dynamiques

11 Les grands principes Structure dynamique Lagon possède une structure basée sur le stockage d objets (listes, écrans, filtres ) pour la plupart paramétrables et dont les points forts sont les suivants : Traçabilité des modifications logicielles Mises à jour à distance Maintenance sur place simplifiée

12 Les grands principes Les profils d analyse Chaque laboratoire dispose d une batterie d analyses possibles et évolutives. Certaines analyses font partie d une routine. Toutefois, toutes les analyses ne sont pas appliquées à tous les échantillons. On regroupe donc les analyses en profils qui seront applicables aux échantillons

13 Les grands principes Les profils (suite) Profil A Ensemble des analyses possibles du CNR Profil B Profil C Une analyse (exemple GRAM+/-)

14 Les grands principes Stades de validation Depuis la réception du colis contenant le ou les échantillons, chaque échantillon doit pouvoir être identifié et localisé. On distingue 4 étapes de validation Validation de réception Validation administrative Validation technique Validation Biologique

15 Les grands principes Les étapes de validation en action Réception de nouveaux colis Validation administrative Validation technique Validation biologique Etat visuel et permanent des échantillons ZONE EN COURS DE TEST Registre

16 Validation de réception Cette étape permet de valider la réception des colis Un colis peut contenir de 1 à n échantillons Les numéros de dossier Lagon sont attribués automatiquement A l issue de la validation, une feuille de route peut être optionnellement éditée

17 Validation de réception

18 Validation administrative Cette étape permet de renseigner les principales caractéristiques de chaque échantillon et de lui attribuer son entité Exemple d informations pouvant être Exemple d informations pouvant être contenues : date de prélèvement, analyses associées, nature du prélèvement, site de prélèvement, milieu de transport

19 Validation administrative (exemple) Pré-saisie technique Déclaration de non conformités Saisie des rens. épidémiologique

20 Validation technique Cette étape permet aux techniciens de valider une ou plusieurs manipulations. Cette étape permet également de réinitialiser ou annuler des manipulations sans perdre l historique. Les historiques de l échantillon, de l entité et de ses analyses sont accessibles depuis cet écran.

21 Validation technique Liste de consultation (exemple)

22 Validation technique Ecran de validation Accès aux rubriques Non conformités Epidémio Administratif Mise en surbrillance des onglets contenant des résultats à renseigner

23 Validation biologique Cette étape permet aux biologistes de conclure et valider partiellement ou totalement les résultats des manipulations. Comme pour la partie technique, cette étape permet également de réinitialiser ou annuler des manipulations sans perdre l historique. Le biologiste peut également archiver, si nécessaire, le dossier.

24 Le registre Le registre permet de consulter l ensemble des dossiers et de voir, par leur couleur, leur stade de validation. Le registre permet également d effectuer des Le registre permet également d effectuer des recherches ciblées (système de filtres personnels) et de lancer des impressions.

25 Le registre

26 Lagon en pratique Déploiement d un CNR Le déploiement de LAGON dans un laboratoire procède des étapes suivantes. Rencontre et audit des pratiques existantes Secrétariat, Techniciens, Biologistes Responsable, s il y en a, de l assurance qualité Responsable de l environnement informatique (matériel, réseau interne et externe) Référencement des analyses disponibles au Labo Référencement des éditions attendues Production d une maquette / tests / retours