UNITÉ DE RECHERCHE UMR IRD 190 Emergence des pathologies virales (EPV)

Transcription

1 UNITÉ DE RECHERCHE UMR IRD 190 Emergence des pathologies virales (EPV) DIRECTEUR : de LAMBALLERIE Xavier ADRESSE : Faculté de Médecine Site Timone TELEPHONE : COURRIEL : xavier.de-lamballerie@univ-amu.fr SITE WEB : RATTACHEMENTS : AMU IRD EHESP POLES HOSPITALIERS : 8 - Maladies Infectieuses (Intersites) ECOLE DOCTORALE : Sciences de la Vie et de la Santé (ED 062) DISCIPLINES D APPARTENANCES : DS 5 - Biologie, médecine, santé SPECIALITÉS : Maladies Infectieuses/Microbiologie GESTIONNAIRES DE L UNITÉ : AGOSTINI Michèle Unité de Recherche. Emergence des pathologies virales (EPV) 1/7

2 Enseignants-Chercheurs : 6 Chercheurs EPST : 5 Autres Enseignants-Chercheurs et Chercheurs : 7 BIATSS/ITA : 7 Autres BIATSS/ITA : 3 Doctorants : 9 EFFECTIFS PERSONNELS IMPLIQUÉS DANS LA RECHERCHE AGOSTINI Méchèle ADA ALKAN Cigdem DOCTORANTE AMROUN Abdennour DOCTORANT ATIEH Thérèse DOCTORANTE AUBRY Fabien DOCTORANT AYOUBI Diala DOCTORANTE BICHAUD Laurence POST-DOCTORANTE BOËTE Christophe CR- IRD CHARREL Rémi PU-PH CONSTANT Aymery MCF -EHESP CREPEY Pascal PRCE - EHESP DECHESSE Reine TCH contractuelle DE FABRITUS Lauriane DOCTORANTE de LAMBALLERIE Xavier PU-PH DUBOT-PERES Audrey IR - IRD GALLIAN Pierre PH - EFS GOULD Ernest Pr invité (OXFORD) IZRI Arezki MCU-PH (APHP) KLITTING Raphaëlle DOCTORANTE LEBLANC Nathalie AI - IRD LEMASSON Jean-Jacques AI - IRD MONIER Roland TCH - AMU MOYEN Nanikaly DOCTORANTE NINOVE Laetitia MCU-PH NOUGAIREDE Antoine AHU PASTORINO Boris IE - AMU PIORKOVSKI Géraldine IE contractuelle PY Odile TCH contractuelle QUERAT Gilles CR - INSERM RAUDE Jocelyn MCF - EHESP ROMETTE Jean-Louis PU - AMU SALEZ Nicolas POST-DOCTORANT SESTON Morgan IR - IRD SETBON Michel DR - CNRS SOURIS Marc DR - IRD THIBERVILLE Djamel DOCTORANT THIRION-PERRIER Laurence CR - IRD Unité de Recherche. Emergence des pathologies virales (EPV) 2/7

3 EQUIPE : Mono-équipe : Virus Emergents RESPONSABLE : Xavier de LAMBALLERIE EQUIPES DE RECHERCHE et THEMATIQUES PERSONNELS PAR EQUIPE DE RECHERCHE Groupe de recherche : Emergence et génomique des virus ARN RESPONSABLE : Rémi Charrel THEMATIQUE : Génomique et évolution des virus à génome ARN Caractérisation virologique des phénomènes d émergence Virologie médicale incluant les aspects cliniques et diagnostiques Groupe de recherche : Thérapeutiques antivirales RESPONSABLE : Gilles Quérat THEMATIQUE : Confirmation de l activité antivirale de molécules criblées au sein du consortium SILVER Criblage à moyen débit pour de nouveaux groupes viraux Détermination des mécanismes inhibiteurs (dont mutants résistants et génétique inverse) Criblage de banques d aptamères sur des protéines recombinantes virales Interface avec chimistes, enzymologistes, christallographes Atténuation virale à visée vaccinale Groupe de recherche : Eco-épidémiologie virale & santé publique dans les pays du Sud RESPONSABLE : Xavier de Lamballerie THEMATIQUE : Etude de cohortes de foyers dans les pays du Sud Socio & éco-épidémiologie des pathologies virales dans les pays du Sud Management de la santé et accès aux soins dans les pays du Sud (indiquant les aspects relatifs à la transfusion sanguine) PUBLICATIONS ANNÉE 2012 Charrel RN, Bichaud L, de Lamballerie X. Emergence of Toscana virus in the mediterranean area. World J Virol Oct 12;1(5): Coisel Y, Bousbia S, Forel JM, Hraiech S, Lascola B, Roch A, Zandotti C, Million M, Jaber S, Raoult D, Papazian L. Cytomegalovirus and herpes simplex virus effect on the prognosis of mechanically ventilated patients suspected to have ventilator associated pneumonia. PLoS One. 2012;7(12):e Nakapan S, Tripathi NK, Tipdecho T, Souris M. Spatial diffusion of influenza outbreak related climate factors in Chiang Mai Province, Thailand. Int J Environ Res Public Health Oct 24;9(11): Raude J, Chinfatt K, Huang P, Betansedi CO, Katumba K, Vernazza N, Bley D. Public perceptions and behaviours related to the risk of infection with Aedes mosquitoborne diseases: a cross sectional study in Southeastern France. BMJ Open Nov 28;2(6). Durand R, Cannet A, Berdjane Z, Bruel C, Haouchine D, Delaunay P, Izri A. Infestation by pyrethroids resistant bed bugs in the suburb of Paris, France. Parasite Nov;19(4): Moal V, Zandotti C, Colson P. Emerging viral diseases in kidney transplant recipients. Rev Med Virol Jan;23(1): Baronti C, Pastorino B, Charrel R, de Lamballerie X. Mycoplasma removal: simple curative methods for viral supernatants. J Virol Methods Feb;187(2): Macdermid JC, Vincent JI, Kieffer L, Kieffer A, Demaiter J, Macintosh S. A survey of practice patterns for rehabilitation post elbow fracture. Open Orthop J. 2012;6: Benkouiten S, Badiaga S, Nappez C, Charrel R, Raoult D, Brouqui P. Immunity to measles, diphtheria and tetanus in residents of homeless shelters in Marseilles, France. J Infect Feb;66(2): Charrel RN, Salez N. Response letter to rapid diagnosis of influenza: an evaluation of two commercially available RT PCR assays. J Infect Mar;66(3): Sarfraz MS, Tripathi NK, Tipdecho T, Thongbu T, Kerdthong P, Souris M. Analyzing the spatio temporal relationship between dengue vector larval density and land use using factor analysis and spatial ring mapping. BMC Public Health Oct 9;12:853. Unité de Recherche. Emergence des pathologies virales (EPV) 3/7

4 Sherlaw W, Raude J. Why the French did not choose to panic: a dynamic analysis of the public response to the influenza pandemic. Sociol Health Illn Feb;35(2): Cardinale E, Pascalis H, Temmam S, Hervé S, Saulnier A, Turpin M, Barbier N, Hoarau J, Quéguiner S, Gorin S, Foray C, Roger M, Porphyre V, André P, Thomas T, de Lamballerie X, Dellagi K, Simon G. Influenza A(H1N1)pdm09 virus in pigs, Réunion Island. Emerg Infect Dis Oct;18(10): Thiberville SD, Schilling S, De Iaco G, Fusco FM, Thomson G, Maltezou HC, Gottschalk R, Brodt RH, Bannister B, Puro V, Ippolito G, Brouqui P; EuroNHID Working Group. Diagnostic issues and capabilities in 48 isolation facilities in 16 European countries: data from EuroNHID surveys. BMC Res Notes Sep 25;5:527. Kieffer AJ, Cole RE. Weight change, lifestyle, and dietary behavior in the US military's Warrior in Transition Units. US Army Med Dep J Oct Dec:6 13. Huhtamo E, Moureau G, Cook S, Julkunen O, Putkuri N, Kurkela S, Uzcátegui NY, Harbach RE, Gould EA, Vapalahti O, de Lamballerie X. Novel insect specific flavivirus isolated from northern Europe. Virology Nov 25;433(2): Pascalis H, Temmam S, Turpin M, Rollot O, Flahault A, Carrat F, de Lamballerie X, Gérardin P, Dellagi K. Intense co circulation of non influenza respiratory viruses during the first wave of pandemic influenza ph1n1/2009: a cohort study in Reunion Island. PLoS One. 2012;7(9):e Wilkinson DA, Temmam S, Lebarbenchon C, Lagadec E, Chotte J, Guillebaud J, Ramasindrazana B, Héraud JM, de Lamballerie X, Goodman SM, Dellagi K, Pascalis H. Identification of novel paramyxoviruses in insectivorous bats of the Southwest Indian Ocean. Virus Res Dec;170(1 2): Chiche L, Forel JM, Thomas G, Farnarier C, Cognet C, Guervilly C, Zandotti C, Vély F, Roch A, Vivier E, Papazian L. Interferon γ production by natural killer cells and cytomegalovirus in critically ill patients. Crit Care Med Dec;40(12): Pascalis H, Temmam S, Wilkinson DA, Dsouli N, Turpin M, de Lamballerie X, Dellagi K. Molecular evolutionary analysis of ph1n influenza virus in Reunion Island, South West Indian Ocean region: a cohort study. PLoS One. 2012;7(8):e Maroli M, Feliciangeli MD, Bichaud L, Charrel RN, Gradoni L. Phlebotomine sandflies and the spreading of leishmaniases and other diseases of public health concern. Med Vet Entomol Jun;27(2): Carnevale P, Trari B, Izri A, Manguin S. [The five pillars of family and individual protection against mosquitoes, vectors of pathogenic agents]. Med Sante Trop Jan Mar;22(1): French. PubMed PMID: Memish ZA, Fagbo SF, Assiri AM, Rollin P, Zaki AM, Charrel R, Mores C, MacNeil A. Alkhurma viral hemorrhagic fever virus: proposed guidelines for detection, prevention, and control in Saudi Arabia. PLoS Negl Trop Dis. 2012;6(7):e1604. Zapata S, Mejía L, Le Pont F, León R, Pesson B, Ravel C, Bichaud L, Charrel R, Cruaud C, Trueba G, Depaquit J. A study of a population of Nyssomyia trapidoi (Diptera: Psychodidae) caught on the Pacific coast of Ecuador. Parasit Vectors Jul 23;5:144. Liu P, Lu H, Li S, Moureau G, Deng YQ, Wang Y, Zhang L, Jiang T, de Lamballerie X, Qin CF, Gould EA, Su J, Gao GF. Genomic and antigenic characterization of the newly emerging Chinese duck egg drop syndrome flavivirus: genomic comparison with Tembusu and Sitiawan viruses. J Gen Virol Oct;93(Pt 10): Ergunay K, Sayiner AA, Litzba N, Lederer S, Charrel R, Kreher P, Us D, Niedrig M, Ozkul A, Hascelik G. Multicentre evaluation of central nervous system infections due to Flavi and Phleboviruses in Turkey. J Infect Oct;65(4): Flahault A, Aumont G, Boisson V, de Lamballerie X, Favier F, Fontenille D, Journeaux S, Lotteau V, Paupy C, Sanquer MA, Setbon M, Gaüzere BA. An interdisciplinary approach to controlling chikungunya outbreaks on French islands in the south west Indian ocean. Med Trop (Mars) Mar;72 Spec No: Aubry C, Gautret P, Nougairede A, Dussouil AS, Botelho Nevers E, Zandotti C, de Lamballerie X, Brouqui P, Parola P outbreak of acute haemorrhagic conjunctivitis in Indian Ocean Islands: identification of Coxsackievirus A24 in a returned traveller. Euro Surveill May 31;17(22). Lapidus N, de Lamballerie X, Salez N, Setbon M, Ferrari P, Delabre RM, Gougeon ML, Vely F, Leruez Ville M, Andreoletti L, Cauchemez S, Boëlle PY, Vivier E, Abel L, Schwarzinger M, Legeas M, Le Cann P, Flahault A, Carrat F. Integrative study of pandemic A/H1N1 influenza infections: design and methods of the CoPanFlu France cohort. BMC Public Health Jun 7;12:417. Heinze DM, Gould EA, Forrester NL. Revisiting the clinal concept of evolution and dispersal for the tick borne flaviviruses by using phylogenetic and biogeographic analyses. J Virol Aug;86(16): Félonneau ML, Causse E, Constant A, Contrand B, Messiah A, Lagarde E. Gender stereotypes and superior conformity of the self in a sample of cyclists. Accid Anal Prev Jan;50: Yama IN, Cazaux B, Britton Davidian J, Moureau G, Thirion L, de Lamballerie X, Dobigny G, Charrel RN. Isolation and characterization of a new strain of lymphocytic choriomeningitis virus from rodents in southwestern France. Vector Borne Zoonotic Dis Oct;12(10): Unité de Recherche. Emergence des pathologies virales (EPV) 4/7

5 Bouvresse S, Berdjane Z, Durand R, Bouscaillou J, Izri A, Chosidow O. Permethrin and malathion resistance in head lice: results of ex vivo and molecular assays. J Am Acad Dermatol Dec;67(6): Gould EA, de Lamballerie X, Coutard B, Fooks AR, Outlaw M, Drosten C, Guenther S, Klempa B, Pinschewer D, Avsic Zupanc T, Sabeta C, Lukashev A, Eropkin M, Koslov A, Zverev V, Lvov D, Zhebrun A, Shipulin G, Niedrig M, Gao Fu G, Dong Liang G, Ippolito G, Koray E, Romette JL. The European Virus Archive: a new resource for virology research. Antiviral Res Aug;95(2): De Burghgraeve T, Kaptein SJ, Ayala Nunez NV, Mondotte JA, Pastorino B, Printsevskaya SS, de Lamballerie X, Jacobs M, Preobrazhenskaya M, Gamarnik AV, Smit JM, Neyts J. An analogue of the antibiotic teicoplanin prevents flavivirus entry in vitro. PLoS One. 2012;7(5):e Thiberville SD, Ninove L, Vu Hai V, Botelho Nevers E, Gazin C, Thirion L, Salez N, de Lamballerie X, Charrel R, Brouqui P. The viral etiology of an influenza like illness during the 2009 pandemic. J Med Virol Jul;84(7): Farnault L, Chambost H, Zandotti C, Mallet F, Barlogis V, Galambrun C, Michel G, Olive D. Early recovery of immunity after cord blood transplantation in children: qualitative features and impact of cytomegalovirus infection. Acta Haematol. 2012;128(1):7 16. Jourdain F, Girod R, Vassal JM, Chandre F, Lagneau C, Fouque F, Guiral D, Raude J, Robert V. The moth Hylesia metabus and French Guiana lepidopterism: centenary of a public health concern. Parasite May;19(2): Mastrangelo E, Pezzullo M, De Burghgraeve T, Kaptein S, Pastorino B, Dallmeier K, de Lamballerie X, Neyts J, Hanson AM, Frick DN, Bolognesi M, Milani M. Ivermectin is a potent inhibitor of flavivirus replication specifically targeting NS3 helicase activity: new prospects for an old drug. J Antimicrob Chemother Aug;67(8): Messiah A, Constant A, Contrand B, Felonneau ML, Lagarde E. Risk compensation: a male phenomenon? Results from a controlled intervention trial promoting helmet use among cyclists. Am J Public Health May;102 Suppl 2:S Colson P, de Lamballerie X, Fournous G, Raoult D. Reclassification of giant viruses composing a fourth domain of life in the new order Megavirales. Intervirology. 2012;55(5): Buchillet D. Dengue and dengue like outbreaks in the past: the case of the Macau epidemic fever of Infect Genet Evol Jul;12(5): Durand R, Bouvresse S, Berdjane Z, Izri A, Chosidow O, Clark JM. Insecticide resistance in head lice: clinical, parasitological and genetic aspects. Clin Microbiol Infect Apr;18(4): Salez N, Ninove L, Thirion L, Gazin C, Zandotti C, de Lamballerie X, Charrel RN. Evaluation of the Xpert Flu test and comparison with in house real time RT PCR assays for detection of influenza virus from 2008 to 2011 in Marseille, France. Clin Microbiol Infect Apr;18(4):E81 3. Constant A, Messiah A, Felonneau ML, Lagarde E. Investigating helmet promotion for cyclists: results from a randomised study with observation of behaviour, using a semi automatic video system. PLoS One. 2012;7(2):e Berdjane Brouk Z, Charrel RN, Hamrioui B, Izri A. First detection of Leishmania infantum DNA in Phlebotomus longicuspis Nitzulescu, 1930 from visceral leishmaniasis endemic focus in Algeria. Parasitol Res Jul;111(1): Descloux E, Mangeas M, Menkes CE, Lengaigne M, Leroy A, Tehei T, Guillaumot L, Teurlai M, Gourinat AC, Benzler J, Pfannstiel A, Grangeon JP, Degallier N, de Lamballerie X. Climate based models for understanding and forecasting dengue epidemics. PLoS Negl Trop Dis. 2012;6(2):e1470. Tan CY, Gonfrier G, Ninove L, Zandotti C, Dubot Pérès A, de Lamballerie X, Charrel RN. Screening and detection of human enterovirus 71 infection by a real time RT PCR assay in Marseille, France, Clin Microbiol Infect Apr;18(4):E Giglio N, Gentile A, Lees L, Micone P, Armoni J, Reygrobellet C, Crépey P. Public health and economic benefits of new pediatric influenza vaccination programs in Argentina. Hum Vaccin Immunother Mar;8(3): Zhang L, Parham NJ, Zhang F, Aasa Chapman M, Gould EA, Zhang H. Vaccination with coxsackievirus B3 viruslike particles elicits humoral immune response and protects mice against myocarditis. Vaccine Mar 16;30(13): Gould EA. First case of rabbit haemorrhagic disease in Canada: contaminated flying insect, vs. long term infection hypothesis. Mol Ecol Mar;21(5): Berdjane Brouk Z, Koné AK, Djimdé AA, Charrel RN, Ravel C, Delaunay P, del Giudice P, Diarra AZ, Doumbo S, Goita S, Thera MA, Depaquit J, Marty P, Doumbo OK, Izri A. First detection of Leishmania major DNA in Sergentomyia (Spelaeomyia) darlingi from cutaneous leishmaniasis foci in Mali. PLoS One. 2012;7(1):e Kone AK, Delaunay P, Djimdé AA, Thera MA, Giudice PD, Coulibaly D, Traoré K, Goita SM, Abathina A, Izri A, Marty P, Doumbo OK. [Epidemiology of cutaneous leishmaniasis in five villages of Dogon country, Mali]. Bull Soc Pathol Exot Feb;105(1):8 15. Koita OA, Sangare L, Poudiougou B, Aboubacar B, Samake Y, Coulibaly T, Pronyk P, Salez N, Kieffer A, Ninove L, Flahault A, de Lamballerie X. A Unité de Recherche. Emergence des pathologies virales (EPV) 5/7

6 seroepidemiological study of pandemic A/H1N1(2009) influenza in a rural population of Mali. Clin Microbiol Infect Oct;18(10): Motte A, Roquelaure B, Galambrun C, Bernard F, Zandotti C, Colson P. Hepatitis E in three immunocompromized children in southeastern France. J Clin Virol Feb;53(2): Cook S, Moureau G, Kitchen A, Gould EA, de Lamballerie X, Holmes EC, Harbach RE. Molecular evolution of the insect specific flaviviruses. J Gen Virol Feb;93(Pt 2): Mhiri L, Boyer B, Goudard M, Mazeron MC, Leruez Ville M, Slim A, Alain S; Groupe Contrôle de qualité national cytomégalovirus (CQNCMV). [Large diversity of routine methods used for monitoring human cytomegalovirus infections in France]. Pathol Biol (Paris) Dec;60(6): Delangue J, Salez N, Ninove L, Kieffer A, Zandotti C, Seston M, Lina B, Nougairede A, Charrel R, Flahault A, de Lamballerie X. Serological study of the 2009 pandemic due to influenza A H1N1 in the metropolitan French population. Clin Microbiol Infect Feb;18(2): CONTRATS ANNÉE 2012 X de Lamballerie/JL Romette EVA, European Virus Archive, EC 7th Framework programme as CAPACITIES project GA n R Charrel PREDEMICS, "Preparedness, Prediction and Prevention of Emerging Zoonotic Viruses with Pandemic Potential using Multidisciplinary Approaches", EC 7th Framework programme. R Charrel "A Multiplexed Assay for the Detection of Pathogens of Military Importance in Sand Flies", US Department of Defense SBIR award W81XWH 08 C 0022 (Phase II). R Charrel "Development of a Point of care Assay for the Detection of Sand Fly Fever Virus (SFFV)", US Department of Defense SBIR award W81XWH 09 C R Charrel PHRC PUNAISE DES LITS (Cimex lectularius) Vecteur d agents infectieux et Rôle pathogène, Ministère de la Santé, programme hospitalier de Recherche clinique interrégional, Ministère de la Santé. R Charrel PHRC PTH Intérêt du traitement préemptif par ganciclovir ou par aciclovir chez les patients nécessitant une ventilation mécanique prolongée et ayant soit une réplication sanguine à cytomégalovirus soit une réplication oro pharyngée à herpes simplex virus : Etude prospective, multicentrique, randomisée en double aveugle, Ministère de la Santé. R Charrel Coopération scientifique : Etude des mécanismes et de la dynamique de transmission des phlebovirus (en particulier virus Toscana) chez Phlebotomus perniciosus, Conseil Régional PACA. J Raude PRIAM : Perception du Risque Arboviral autour de la Méditerranée (étude séro épidémiologue et sociologique chez les donneurs de sang dans les régions Alpes Méditerranée, Pyrénées Méditerranée et Auvergne Loire de l Etablissement Français du Sang), IMMI EFS ARS. Jean Louis Romette ANVBIS, Acides nucléiques, virus et bactéries d'intérêt en stockage standardisé et sécurisé, DGA. R Charrel PHLEBOMED, Phlebovirus émergents autour de la Méditerranée, ANR. X de Lamballerie EBOLA, Evaluation du potentiel d acides nucléiques non codants, désignés par le terme d aptamères, à l encontre du virus Ebola, DGA. X de Lamballerie COPANFLU International et COPANFLU, IMMI EHESP TGIR Jean Louis Romette SILVER, EC 7th Framework programme. Unité de Recherche. Emergence des pathologies virales (EPV) 6/7

7 THESES de DOCTORAT ANNÉE 2012 Antoine NOUGAIREDE : Pandémie grippale A/H1N1 2009/2010: Diagnostic et épidémiologie au laboratoire hospitalier de microbiologie clinique à Marseille 12/01/2012 Grégory MOUREAU : Génomique des flavivirus: contribution à l'analyse taxonomique et phylogénique 17/01/2012 Ynes YAMA : Viruses in Rodents-From field work to virus discovery and characterization 27/11/2012 ACCUEIL MASTERS Pathologie Humaine : Maladies transmissibles et pathologies tropicales - Aix-Marseille EQUIPEMENTS MAJEURS 1/ 1 laboratoire P2 équipé (4 postes de travail, PSM2, incubateurs ) 2/ 1 laboratoire P3 équipé (4 postes de travail, 1 automate de culture, PSM2, incubateurs ) avec plateforme pour antiviraux labellisée IBISA 3/ 1 laboratoire P3+ avec collection de virus labellisée par la CE (chaîne de lyophilisation sécurisée, congélateurs -80 C, ultracentrifugeuse) 4/ 1 plateforme de diagnostic moléculaire (broyeurs, extracteurs d'acides nucléiques robotisés, appareils de PCR en temps réel robotisés) 5/ 1 laboratoire de sérologie (IF, IHA, ELISA, VNT avec automates pipeteurs) Unité de Recherche. Emergence des pathologies virales (EPV) 7/7