du Cancer du Sein et de l Ovaire

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1 Déterminisme Génétique du Cancer du Colon du Cancer du Sein et de l Ovaire Caen CRLCC Rouen Inserm U1079 CHU Lille CHU CRLCC

2 BENEFICE MEDICAL DU DIAGNOSTIC DES FORMES HEREDITAIRES DE CANCER COLORECTAL 1/500 Cancer colon, 62 ans Mutation MSH2 Cancer colon, 32 ans Wt/mt Cancer colon, 36 ans Wt/ Wt Wt/mt Wt/mt Lever une angoisse illégitime et une surveillance médicale injustifiée chez les sujets non porteurs Surveillance adaptée chez les porteurs

3 BENEFICE MEDICAL DU DIAGNOSTIC DES FORMES HEREDITAIRES DE CANCER DU SEIN ET DE L OVAIRE 1/400 Cancer du sein 35 ans Cancer du sein 50 ans Cancer du sein 67 ans Cancer de l ovaire 50 ans Cancer du sein 27 ans Cancer de l ovaire 45 ans Wt/Wt Wt/Wt Cancer du sein Wt/Mt 34 ans IRM annuelle Mastectomie prophylactique < 40 ans Annexectomie après tout projet parental Mutation BRCA1

4 PROJET ONCOGENETIQUE : DÉTERMINISME GÉNÉTIQUE DES FORMES FAMILIALES OU PRECOCES DE CANCER DU COLON ET DE CANCER DU SEIN - OVAIRE SANS MUTATION DELETERE DETECTABLE I. Interprétation des variants de signification inconnue des gènes MMR et BRCA - Alexandra Martins, Pascaline Gaildrat, Mario Tosi (Inserm U1079, Rouen) - Sophie Krieger (Oncogénétique CRLCC, Caen) - Marie-Pierre Buisine (Biologie Moléculaire CHU, Lille) II. Recherche de déséquilibre d expression allélique des gènes BRCA (Etude Exsal) - Agnès Hardouin (Oncogénétique CRLCC, Caen) - Dominique Vaur (Oncogénétique CRLCC, Caen) III. Recherche de CNV délétères dans le cancer du sein - Jean-Michel Flaman (Inserm U1079, Rouen) - Agnès Hardouin (Oncogénétique CRLCC, Caen) IV. Etude du déterminisme oligogénique du cancer colorectal (Etude DOCC) - Thierry Frebourg, Julie Tinat, Stéphanie Baert-Desurmont (U1079, Rouen) V. Détection de mutations de novo par NGS dans les cas précoces - Isabelle Tournier, Françoise Charbonnier, Sophie Coutant, Thierry Frebourg (U1079, Rouen) - Dominique Vaur (Oncogénétique CRLCC, Caen)

5 PROJET ONCOGENETIQUE : DÉTERMINISME GÉNÉTIQUE DES FORMES FAMILIALES OU PRECOCES DE CANCER DU COLON ET DE CANCER DU SEIN - OVAIRE SANS MUTATION DELETERE DETECTABLE I. Interprétation des variants de signification inconnue des gènes MMR et BRCA - Alexandra Martins, Pascaline Gaildrat, Mario Tosi (Inserm U1079, Rouen) - Sophie Krieger (Oncogénétique CRLCC, Caen) - Marie-Pierre Buisine (Biologie Moléculaire CHU, Lille) II. Recherche de déséquilibre d expression allélique des gènes BRCA (Etude Exsal) - Agnès Hardouin (Oncogénétique CRLCC, Caen) Projets - Dominique de Recherche Vaur (Oncogénétique Translationnelle CRLCC, INCa / DHOS Caen) III. Recherche de CNV délétères dans le cancer du sein - Jean-Michel Flaman (Inserm U1079, Rouen) - Agnès Hardouin (Oncogénétique CRLCC, Caen) IV. Etude du déterminisme oligogénique du cancer colorectal (Etude DOCC) - Thierry Frebourg, Julie Tinat, Stéphanie Baert-Desurmont (U1079, Rouen) V. Détection de mutations de novo par NGS dans les cas précoces - Isabelle Tournier, Françoise Charbonnier, Sophie Coutant, Thierry Frebourg (U1079, Rouen) - Dominique Vaur (Oncogénétique CRLCC, Caen)

6 I. IMPACT SUR L EPISSAGE DES VARIANTS DE SIGNIFICATION INCONNUE DES GENES MMR Mario Tosi 194 VSI analysés en test ex vivo d épissage (minigène) = 113 VSI dans MLH1 et 81 VSI dans MSH2 Etude Nationale Réseau français des laboratoires d oncogénétique Stéphanie Baert Julie Tinat Pascaline Gaildrat 57 VSI (29%) avec effet sur l épissage 32 VSI (16%) avec effet majeur 16% des VSI reclassés en mutations délétères d épissage 25 VSI (13%) avec effet partiel SR hnrnp Inhibitor AG + - ESE GU Alexandra Martins 137 VSI (71%) sans effet sur l épissage Base de données MMR INCa

7 I. IMPACT SUR L EPISSAGE DES VARIANTS DE SIGNIFICATION INCONNUE DES GENES BRCA 147 VSI analysés par le test ex vivo d épissage (minigène) Etude Nationale Réseau français des laboratoires d oncogénétique 42 VSI (28%) avec effet sur l épissage 23 VSI (15%) avec effet majeur 19 VSI (13%) avec effet partiel AG SR + - ESE hnrnp Inhibitor GU Sophie Krieger Agnès Hardouin 15% des VSI reclassés en mutations délétères d épissage Base de données BRCA INCa Thery et al. European Journal of Human Genetics 2011; Gaildrat et al. submitted 105 VSI (72%) sans effet sur l épissage

8 II. ETUDE DE DÉSÉQUILIBRE D EXPRESSION ALLÉLIQUE DES GÈNES BRCA (EXSAL) Agnès Hardouin T : 52% C : 48% A : 61% T : 39% 3 SNP Haplotype majeur 40% de la population Pyroséquençage sur RT-PCR Equilibre Déséquilibre Ratio= 1.08 Ratio= /265 patientes : 102 informatives (hétérozygotes pour les SNPs) 256/ 256 témoins (sans ATCS personnels et 1 er 2 e degré cancer sein/ovaire) 105 informatives

9 III. RECHERCHE DE CNV DÉLÉTÈRES DANS LE CANCER DU SEIN Agnès Hardouin Jean-Michel Flaman Construction d une lame CGH custom 4X180K Agilent: 52 gènes enrichis en sondes ( sondes) TP53, BRCA1, BRCA2 49 autres gènes sondes exoniques (1 sondes / 0,2 kb) (1 sonde / 0,3 kb) Abraxas AKT1 ATM ATR BACH1 BAP1 BARD1 BRCA1 BRCA2 BRD7 BRIP1 CASP8 CCND1 CDH1 CHEK2 ctip:rbbp8 DMBT1 ERBB2 FGFR2 GADD45 HMMR KSR1 LSP1 MAP3K1 MDC sondes pangénomiques (1 sonde / 20 kb)

10 III. RECHERCHE DE CNV DÉLÉTÈRES DANS LE CANCER DU SEIN Cartographie précise des remaniements génomiques de BRCA

11 III. RECHERCHE DE CNV DÉLÉTÈRES DANS LE CANCER DU SEIN 45 patientes «BRCA négatives» 13 nouveaux CNV dans 30 % des cas 28 gènes 10 impliqués dans cancer QMPSF sur 200 contrôles Non polymorphes

12 IV. ETUDE DU DETERMINISME OLIGOGENIQUE DU CANCER COLORECTAL - Au moins deux apparentés liés au premier degré présentant un cancer colorectal dont l un diagnostiqué avant 61 ans - ou Un cas sporadique de cancer colorectal diagnostiqué avant 51 ans (ou un adénome colorectal avancé diagnostiqué avant 41 ans) -ou Un cas index avec tumeurs colorectales primitives multiples, la première étant diagnostiquée avant 61 ans Consultation d oncogénétique Stéphanie Baert I. Polyposes APC, MYH II. Syndrome de Lynch? Phénotype RER, IHC MSH2, MLH1, MSH6 Si analyses négatives lors de la consultation de rendu de résultat III. Polypose et Syndrome de Lynch exclus Inclusion étude Julie Tinat

13 IV. ETUDE DU DETERMINISME OLIGOGENIQUE DU CANCER COLORECTAL I. ADN (tube EDTA) Analyse de polymorphismes qui individuellement ont été associés à un risque de cancer colorectal : 8q24, 18q21.1, Novel 1, 10p14, 8q23.3, 15q13.3 (GWAS) CHEK2 1100delC, CA repeat IGF1. SnaPShot Multiplex et Multiplex fluorescente F. Charbonnier II. ARN (tube Paxgene) Recherche de déséquilibre d expression allélique du TGFbR1 et d autres gènes de l oncogenèse colorectale SnaPShot multiplex sur RT-PCR CTD CNO Centre François Baclesse Brice Dubois 700 patients 350 contrôles (41-65 ans) Association de chaque polymorphisme avec chi-2 de Pearson OR et IC estimés par régression logistique Combination test

14 IV. ETUDE DU DETERMINISME OLIGOGENIQUE DU CANCER COLORECTAL 350/350 témoins inclus (CIC Inserm Rouen) 607 / 700 patients inclus

15 IV. ETUDE DU DETERMINISME OLIGOGENIQUE DU CANCER COLORECTAL Inclusion des patients par centre

16 IV. ETUDE DU DETERMINISME OLIGOGENIQUE DU CANCER COLORECTAL Allelic Imbalance of TGFβR1 OR: 8.7 (Valle et al. Science 2008) SNaPshot multiplex analysis rs rs rs1590 rs Ratio = cdna / DNA Mann-Whitney test p=0.72 Student test p=0.58 Permutation test p=0.56 Controls Patients Allelic expression of TGFΒR1 In heterozygous subjects No significant ASE of TGFβR1 in CRC patients Abadie et al. British Journal of Cancer 2011

17 IV. ETUDE DU DETERMINISME OLIGOGENIQUE DU CANCER COLORECTAL SNaPshot multiplex analysis Ratio = cdna / DNA ASE ratio Gène 1 Gène 2 Polymorphisme d expression allélique en population générale de gènes de la voie du TGFβ

18 V. MUTATIONS DE NOVO ET TUMEURS SPORADIQUES PRECOCES Mutation pré-zygotique Taux très élevé de mutations de novo : nouvelles mutations par naissance Mutation post-zygotique in utero précoce Mosaïcisme germinal et somatique Mutation post-zygotique in utero tardive Mosaïcisme somatique Tumeurs précoces sporadiques

19 V. MUTATIONS DE NOVO ET TUMEURS SPORADIQUES PRECOCES Exome cas index SNVs Cancer sporadique Précoce Exclusion des SNVs non géniques, introniques et synonymes : 5000 SNVs Exclusion des SNVs de dbsnp genome project -in house exomes exomes*: 400 SNVs Exomes soustractifs Soustraction des SNVs hérités Mutations de novo : 0-10 *NHLBI Grand Opportunity Exome Sequencing Project

20 V. MUTATIONS DE NOVO ET TUMEURS SPORADIQUES PRECOCES Sophie Coutant TIBS Interface Web

21 V. MUTATIONS DE NOVO ET TUMEURS SPORADIQUES PRECOCES Cysadénocarcinome ovarien Métastases péritonéales 21 ans I.Tournier Exomes trio cas index - parents SNVs F. Charbonnier R. Marlin

22 V. MUTATIONS DE NOVO ET TUMEURS SPORADIQUES PRECOCES Qscore >30 Filtration des mutations par EVA

23 V. MUTATIONS DE NOVO ET TUMEURS SPORADIQUES PRECOCES Exome différentiel 146 mutations (Qscore>30) Nombre de reads >10; : % Reads mutant > 20% total des reads; Absent chez parents après visualisation IGV 1 mutation de novo

24 PROJET ONCOGENETIQUE : DÉTERMINISME GÉNÉTIQUE DES FORMES FAMILIALES OU PRECOCES DE CANCER DU COLON ET DE CANCER DU SEIN - OVAIRE SANS MUTATION DELETERE DETECTABLE I. Interprétation des variants de signification inconnue des gènes MMR et BRCA - Alexandra Martins, Pascaline Gaildrat, Mario Tosi (Inserm U1079, Rouen) - Sophie Krieger (Oncogénétique CRLCC, Caen) - Marie-Pierre Buisine (Biologie Moléculaire CHU, Lille) II. Recherche de déséquilibre d expression allélique des gènes BRCA (Etude Exsal) - Agnès Hardouin (Oncogénétique CRLCC, Caen) - Dominique Vaur (Oncogénétique CRLCC, Caen) III. Recherche de CNV délétères dans le cancer du sein - Jean-Michel Flaman (Inserm U1079, Rouen) - Agnès Hardouin (Oncogénétique CRLCC, Caen) IV. Etude du déterminisme oligogénique du cancer colorectal (Etude DOCC) - Thierry Frebourg, Julie Tinat, Stéphanie Baert-Desurmont (U1079, Rouen) V. Détection de mutations de novo par NGS dans les cas précoces - Isabelle Tournier, Françoise Charbonnier, Sophie Coutant, Thierry Frebourg (U1079, Rouen) - Dominique Vaur (Oncogénétique CRLCC, Caen)