Quelques définitions et notions génétiques pour commencer

Transcription

1 La CODOMINANCE le phénotype de l hétérozygote est intermédiaire entre les phénotypes des deux homozygotes, et on a 1 génotype = 1 phénotype Quelques définitions et notions génétiques pour commencer Le GÈNE, unité de fonction du matériel héréditaire, est l'information qui code pour un caractère, en général une protéine. La notion de gène existait longtemps avant la découverte de l'adn, c'est à dire longtemps avant qu'on en connaisse le support moléculaire et physique (Mendel, 1865 / Watson et Crick, 1953) Le LOCUS est l emplacement du gène sur le chromosome Les ALLÈLES sont les différentes séquences du même gène que l'on peut trouver à cet endroit, qui correspondent à différentes protéines déterminant un même caractère. Ils sont souvent créés par mutation ou ils correspondent à des formes différentes du même gène (notion de série pluriallélique) LeGÉNOTYPE d un individu à 1 locus donné est l'ensemble des allèles que possède cet individu à ce locus, soit 2 allèles pour les individus diploïdes, et 1 allèle pour les haploïdes un génotype homozygote possède des allèles semblables au locus considéré un génotype hétérozygote possède des allèles différents au locus considéré Le PHÉNOTYPE d un individu est l expression de son génotype dans un environnement donné ce qui produit le caractère observable chez cet individu LaDOMINANCE l effet phénotypique d un allèle (récessif) est masqué par un autre allèle (dominant), et le phénotype de l hétérozygote est alors celui de l homozygote dominant

2 Le support de l hérédité Support de l information génétique = ADN = Acide DésoxyriboNucléique L ADN est contenu dans les chromosomes sous la forme de long filaments très fins et très compactés Les chromosomes sont situés dans le noyau des cellules vivantes ADN humain = 3 x 10 9 nucléotides (A, T, C ou G) ADN des virus = qq milliers de nucléotides ADN du blé = 16 x 10 9 nucléotides ADN de la Pomme de Terre = 840 x 10 6 nucléotides ADN du riz = 450 x 10 6 nucléotides ADN d Arabidopsis thaliana = 125 x 10 6 nucléotides ADN de la levure de boulangerie (Saccharomyces cerevisiae) = 12 x 10 6 nucléotides ADN de l agent de la malaria (Plasmodium falciparum) = 12 x 10 6 nucléotides ADN d une entérobactérie (E. coli) = 4 x 10 6 nucléotides

3 Le support de l hérédité Le fonctionnement des gènes Transcription Traduction Son activité est particulièrement responsable du phénotype observé

4 Le support de l hérédité Le code génétique est UNIVERSEL

5 Les mutations: moteurs de l évolution Exemples de mutations: les mutations géniques

6 Les mutations: moteurs de l évolution Exemples de mutations: les mutations chromosomiques

7 Comment sont transmis les gènes à la descendance? Diploïde = 2n : 1 n du père et 1 n de la mère Voir la présentation de Herman Höfte pour le détail

8 Schéma du réseau d interactions responsable du phénotype observé

9 D autres notions génétiques Létalité : notion qui est rattachée à l existence d un type particulier d allèles qualifiés de «létaux» qui se manifestent par la mort de l individu porteur avant sa maturité (en période pré- ou post-natale) Si allèle dominant : mort rapide de l individu hétérozygote et disparition de l allèle létal de la population (pas d individus porteurs) Si allèle récessif : mort rapide des individus homozygotes mais maintien des individus hétérozygotes «porteurs» (peuvent présenter des altérations par rapport au «sauvage») Redondance : c est la capacité pour un gène ou le produit d un gène de compenser au moins partiellement la perte de l activité d un autre gène non allélique (voir exemple de jeudi matin à propos du métabolisme de l amidon) Pléiotropie : résultat de la mutation d un gène chez un individu qui conduit à l apparition de plusieurs modifications phénotypiques apparemment non liées entre elles. exemple de la biosynthèse de l amidon: pois lisses et ridés de Mendel!

10 Exemple d épistasie récessive du métabolisme de l amidon: mutation au niveau de l ADPGlucose pyrophosphorylase qui synthétise le nucléotide sucre précurseur de la synthèse du polymère de réserve. D autres notions génétiques Epistasie : c est un phénomène d interaction génique qui s établit chaque fois que 2 gènes ou plus codent des enzymes qui catalysent différentes étapes de la même voie de biosynthèse Epistasie dominante P (précurseur) g X + g A + e X P 1 e A e B P 2 g A+ domine sur g A- et g B+ domine sur g B - g B + P 3 Epistasie récessive g + X g + g + A B gène enzyme (en) produit des gènes correspondants P (précurseur) e X P 1 e A P 2 e B P 3 (produit final) Génotypes g A+ - /g B+ - g A+ - /g B- g B - g A- g A- / g B+ - g A- g A- /g B- g B - Proportions classiques g A+ g A- /g B+ g B- x g A+ g A- /g B+ g B Epistasie dominante 12 (P 2 ) 3 (P 3 ) 1 (P 1 ) Epistasie récessive 9 (P 3 ) 3 (P 2 ) 4 (P 1 )

11 Notion de gènes orthologues et paralogues Séquences homologues: Orthologues et Paralogues sont 2 types de séquences homologues Divergence au cours de l évolution pour donner des gènes orthologues L Orthologie définit des gènes dans différentes espèces qui drivent d un ancêtre commun. Des gènes orthologues peuvent ou non avoir la même fonction La Paralogie définit des gènes homologues à l intérieur d une même espèce. Ces gènes ont divergés suite à un phénomène de duplication. 2 gènes paralogues «initiaux» issus d un événement de duplication ancestral

12 Génétique classique et Génétique inverse : quelle différence? Génétique classique : c est l observation et la description d un phénotype particulier engendré par une mutation qui va servir de base à l identification fonctionnelle d un gène et de son produit (le plus souvent une protéine) = Démarche à l aveugle mais ouverte Génétique inverse : c est l analyse de l impact sur le phénotype consécutive à la modification dirigée d un gène sélectionné (génotype) = Démarche sélective et prédéfinie

13 Génétique classique ou inverse? analyse comparative Génétique «classique» Le «plus» : 1. Facile à mettre en œuvre (faire de la mutagenèse) 2. Permet de découvrir des fonctions inconnues (approche «a priori») Le «moins»: 1. Requiert le criblage de milliers de clones mutants (pas toujours facile selon l organisme étudié) 2. Nécessite l existence d un crible phénotypique simple, rapide et efficace 3. Limitée par la redondance fonctionnelle ou l absence de phénotype facilement observable Génétique «inverse» Le «plus» : 1. Limite les problèmes de détection phénotypique liés particulièrement aux redondances fonctionnelles 2. On s intéresse tout de suite à la fonction souhaitée Le «moins»: 1. Requiert l existence de collections de mutants 2. Le génome de l organisme étudié doit être décodé 3. Ne permet pas de découvrir des fonctions inconnues dans le métabolisme étudié (approche «a posteriori») 4. Nécessite une connaissance préalable du métabolisme étudié

14 Comment mettre en œuvre la génétique inverse à grande échelle chez les plantes? L exemple d Arabidopsis thaliana On a détourné la fonction normale d une séquence particulière, l ADN-T, provenant de la bactérie phytopathogène Agrobacterium tumefaciens

15 Un exemple: la collection de mutants d insertion de l INRA de Versailles * Insertion aléatoire de l ADN-T modifié d A. tumefaciens * Séquençage des extrémités flanquant le site d insertion de l ADN-T (FST) * Mise à disposition des FSTs sur Internet Permet la recherche de mutants d intérêt in silico Environ FST disponibles dans la collection de Versailles A travers toutes les collections de mutants du Monde: mutants étiquetés dispo avec les FST correspondantes (environ gènes chez A. thaliana)

16 Transformation d A.thaliana par l ADN-T modifié d A. tumefaciens ¼ WT ½ Hétérozygotes ¼ Mutants Plante T0 (WS) Transformation (suspension Agrobacterium + Silwet) Sélection sur terreau + BASTA Seules les graines basta R sont en capacité de croître sur un tel milieu Graines T1 Certaines graines possèdent une copie de l ADN-T intégrée dans leur génome nucléaire Auto-pollinisation Plantes T1 Hémizygotes pour l ADN-T Graines T2 Ce sont ces graines qui sont maintenues dans les collections et dont certaines sont transmises aux chercheurs qui en font la demande

17 Sélection des lignées mutantes par une stratégie de double PCR Homozygote WT +/+ Hétérozygote +/- Homozygote mutant -/- ADN-T ADN-T ADN-T Pas de bande Pas de bande Couple «rouge» Couple «bleu» Couple «rouge» Couple «bleu» Couple «rouge» Couple «bleu» Copie «WT» Copie «ADN-T»

18 Pour résumer sur Arabidopsis thaliana Génome nucléaire totalement décodé et annoté (125 Mb organisés en 5 chromosomes; environ gènes) Vastes collections de mutants étiquetés par insertion d un dérivé de l ADN-T Large collection d ESTs ( au 01/03/2005) Croissance rapide, croisements facilement réalisables, infrastructures légères (pièces de culture confinées et/ou serres) Modèle végétal particulièrement adapté à l approche de génétique inverse

19 D autres modèles végétaux? Le riz : même type d approche que pour Arabidopsis thaliana. Génome totalement décodé, vastes collections de mutants d insertion engendrées par l utilisation d une forme modifiée de l ADN-T Le maïs : mutagenèse insertionnelle par le transposon «mu» modifié (RescueMu). Génome non séquencé. Production d une Gene-Machine (machine à gènes) pour permettre la sélection d individus mutants à partir d un gène d intérêt (existence de collections de graines mutantes La pomme de terre : stratégie des ARN antisens Intéressante mais a ses limites (problème lié à l extinction incomplète de l activité des gènes)