Nomenclature décryptée des mutations du gène CFTR

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1 Nomenclature décryptée des mutations du gène CFTR Emmanuelle Girodon Martin J Schwarz 11e Journées Scientifiques de la Société Française de la Mucoviscidose Paris, 12 Mars 2015

2 Introduction Rationnel Les règles de base Les points faciles Les points compliqués Ce que vous devez savoir

3 Introduction Rationnel Les règles de base Les points faciles Les points compliqués Ce que vous devez savoir

4 Trop de noms pour la même mutation (F508del, DF508, df508, F508 etc) Un seul nom pour des mutations différentes e.g. W846X TGG > TAG ou TGA Y1092X TAC > TAG ou TAA De nouvelles mutations identifiées chaque jour Plus de séquençage plus de complexité Risque réel d erreur en diagnostic Que devons-nous apprendre?

5 Recommandations européennes d utiliser les nomenclatures HGVS et traditionnelle Legacy (Human Genome Variation Society)

6 Quand vous voyez ça : c.[ c>t(;)350g>a; tg[12]t[5]] Vous devriez aussi voir quelque chose de plus familier! kbC>T / R117H;TG12T5

7 Introduction Rationnel Les règles de base Les points faciles Les points compliqués Ce que vous devez savoir

8 Rationnel Exigences pour une nomenclature qui soit : HGVS universelle cohérente entre les gènes non équivoque simple

9 Introduction Rationnel Les règles de base Les points faciles Les points compliqués Ce que vous devez savoir

10 Séquence de référence utilisée Génomique : NG_ Numérotation continue des nucléotides de tout le gène Exon 1 Exon ADN complémentaire : NM_ Protéine : NP_ mqrsplekas vvsklffswt rpilrkgyrq rlelsdiyqi psvdsadnls eklerewdre 61 laskknpkli nalrrcffwr fmfygiflyl gevtkavqpl llgriiasyd pdnkeersia ispsdrvklf phrnsskcks kpqiaalkee teeevqdtrl

11 Numérotation d exons : 1 à 27 (1 à 24 avec 6a, 6b, 14a, 14b, 17a, 17b)

12 Numérotation nucléotidique : +1 = A de l ATG Nom des mutations : - niveau ADNc (cdna) - niveau protéique

13 Numérotation nucléotidique : +1 = A de l ATG Nom des mutations : - niveau ADNc (cdna) «c.1521_1523del» - niveau protéique «p.phe508del» Nomenclature traditionelle : F508del (1653_1655delCTT)

14 Que signifient c. et p.?

15 Gène CFTR 27 exons Approx 190kb d ADN génomique

16 Exon (coding region) n 22

17 Partie de l ADNg (gdna, genomic DNA) de l exon 22 Alamut v.2.0 Interactive Biosoftware

18 Partie de l ADNc (cdna, coding DNA) de l exon 22

19 Partie de la séquence codante de l exon 22 c. = cdna = séquence codante p. = séquence protéique

20 CFTR exon 1 HGVS : La 1ère base du codon 1 (A de l ATG) est appelée base N 1 Traditionnelle : La 1ère base du codon 1 (A de l ATG) est appelée base N 133 Legacy Donc : 621+1G>T devient c.489+1g>t La numérotation des codons ne change pas Donc : F508del devient c.1521_1523del p.phe508del

21 Acide Aminé Abbréviation Abbréviation Nom complet (3 Lettres) (1 lettre) Alanine Ala A Arginine Arg R Asparagine Asn N Aspartate Asp D Cysteine Cys C Glutamate Glu E Glutamine Gln Q Glycine Gly G Histidine His H Isoleucine Ile I Leucine Leu L Lysine Lys K Methionine Met M Phenylalanine Phe F Proline Pro P Serine Ser S Threonine Thr T Tyrosine Tyr Y Tryptophan Trp W Valine Val V Termination Ter ou * X Préférence pour le code à 3 lettres

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23 Faux-sens (missense) p. c. R117H p.arg117his c.350g>a D1152H p.asp1152his c.3454g>c

24 Non sens / stop (nonsense) p. c. G542X p.gly542ter (ou p.gly542*) c.1624g>t W1282X p.trp1282ter (ou p.trp1282*) c.3846g>a W846X p.trp846ter (ou p.trp846*) 2 substitutions possibles c.2537g>a

25 Non sens / stop (nonsense) p. c. G542X p.gly542ter (ou p.gly542*) c.1624g>t W1282X p.trp1282ter (ou p.trp1282*) c.3846g>a W846X p.trp846ter (ou p.trp846*) 2 substitutions possibles Ciblée par le kit DNN c.2537g>a c.2538g>a

26 Epissage (Splicing) 621+1G>T c.489+1g>t G>A c g>a G>A c g>a etc

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28 Frameshift c. p. 3659delC c.3528delc p.lys1177serfster15 (ou p.lys1177fs) 2183AA>G c.2051_2052delinsg p.lys684thrfster4 (ou p.lys684fs) du nucléotide 2051 au nuléotide 2052

29 Numérotation Ne pas toujours soustraire 132 bases! Choisir la séquence normale la plus longue Exemples 2711delT c.2579del mais c.2583delt F508del p.phe508del délétion de 3 pb entre 1652 et 1655 c.1521_1523delctt

30 Pourquoi 3905insT est devenue c.3773dup? L insertion d un nucléotide T dans une séquence polyt est considérée comme une duplication Et on choisit la séquence normale la plus longue

31 Etrangetés : mutations introniques profondes? kbC>T c c>t pb c c>t kbA>G c a>g c a>g pb pb pb 22 (19) C>T 23 (20) c.3717 c.3718

32 Et les grandes délétions? Définition très précise des réarrangements et des points de cassure Distinction de plusieurs réarrangements impliquant les mêmes exons 18 (16) 19 (17a) 20 (17b) 21 (18) 22 (19) CFTRdele17a_18 1. Lerer 1999 Palestine 2. Nectoux 2006 La Réunion 3. Feuillet-Fieux 2004 Sénégal 4. Patient G. Mali c _ del8899 c _ del5288 c.2989-?_3468+?del c _ del kb 5.3 kb >6.6kb 14.2 kb

33 Introduction Rationnel Les règles de base Les points faciles Les points compliqués Ce que vous devez savoir

34 Essayez de comprendre le sens d une mutation Sachez en quelle nomenclature elle est écrite Sachez s il existe un équivalent en nomenclature traditionnelle Sachez si elle est à l état homozygote ou hétérozygote (composite), quel est le génotype en clair? Comprenez surtout les implications du résultat : la signification de la mutation pour le diagnostic et le conseil génétique! Si vous ne comprenez pas un CR, renvoyez-le! (appelez le biologiste) Si vous êtes perdu... emmanuelle.girodon@cch.aphp.fr

35 Ou si vous avez du courage... Attention, la nomenclature évolue vite! W1282X p.trp1282ter Merci

36 Petits exercices d application HGVS c. HGVS p. Traditionnelle 394delTT c.262_263del c.350g>a c.579+1g>t G>A p.arg1162ter N1303K c _ del X X c g>a c.3484c>t c.3909c>g X p.arg117his X p.asn1303lys X R117H 711+1G>T X R1162X X CFTRdel2,3 (21kb)