Université de Bordeaux - PACES ED UE9 Avril 2014

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1 Sélectionner les propositions exactes Université de Bordeaux - PACES ED UE9 Avril 2014 QCM 1 La température de fusion (Tm) d une molécule d ADN : A. est mise en évidence par l augmentation d absorbance à 260 nm de la molécule d ADN en solution soumise à un chauffage progressif. B. est la température pour laquelle une molécule d ADN est entièrement sous forme simple brin. C. est d autant plus élevée que la molécule d ADN est riche en bases A et T D. est d autant plus élevée que la molécule d ADN est courte E. diminue lorsque la concentration en sels de la solution d hybridation augmente QCM 2 à 5 L intolérance héréditaire au fructose (IHF) est une maladie génétique transmise sur le mode autosomique récessif responsable d hypoglycémie avec un risque de défaillances hépatique et rénale sévères chez le jeune enfant. Parmi les mutations du gène ALDOB codant l aldolase B hépatique, 4 mutations ponctuelles sont responsables de 85 % des cas de la maladie : del4glu, Ala119Pro, Ala174Asp, Asn334Lys. Un exemple d analyse simultanée de ces mutations par la technique de reverse dot blot chez 5 sujets est représenté dans la figure ci-dessous : les signaux M1 à M4 correspondent aux séquences mutées, les signaux N1 à N4 aux séquences normales. référence Témoin del4glu 119Pro 174Asp 334Lys 4Glu 119Ala 174Ala 334Asn M1 M2 M3 M4 N1 N2 N3 N4 QCM 2 La technique employée utilise : A. L amplification par PCR B. Quatre enzymes de restriction C. Des oligonucléotides spécifiques d allèle D. Le principe du clonage E. Le principe d hybridation QCM 3 D autres méthodes sont utilisables pour mettre en évidence la présence des 4 mutations à l état hétérozygote: A. Le séquençage par la méthode de Sanger B. L hybridation in situ de fluorescence (FISH) C. La technique des courbes de fusion à haute résolution (HRM) D. Le northern blot E. La technique de retard sur gel (EMSA) 1

2 QCM 4 Interprétation des résultats On considère : 1 que les parents du sujet 1 (profil 1) ne sont pas atteints d IHF 2 que lorsque deux mutations sont présentes, elles ne sont pas sur le même allèle 3 qu il n y a pas d autres mutations du gène ALDOB (que celles décrites précédemment) présentes chez les sujets analysés A. Le profil 1 est celui d un sujet atteint d IHF B. Le profil 2 est celui d un sujet hétérozygote composite C. Un parent du sujet 1, son père ou sa mère, aura le profil 3 D. Le profil 4 est celui d un frère ou d une sœur du sujet 1 E. Le profil 5 est celui d un porteur sain hétérozygote QCM 5 Outils bio-informatiques utiles pour interpréter les résultats et poursuivre éventuellement les explorations de l IHF : A. Le site Orphanet permet de connaître les centres spécialisés dans la prise en charge de cette maladie rare B. Les méta-banques sont utiles pour rechercher des informations sur le gène en cause dans la maladie C. La banque de données RefSeq donne directement la liste des publications scientifiques sur la maladie D. Le site Genatlas donne directement la liste des publications scientifiques sur la maladie E. Avec le site Uniprot il est possible d avoir des informations de localisation génomique de la protéine Aldolase B QCM 6 Concernant l électrophorèse des acides nucléiques A. Au cours d une électrophorèse en gel d agarose, ADN et ARN migrent vers le pôle négatif. B. L électrophorèse en gel d agarose permet de déterminer la taille d un fragment d ADN (nombre de paires de bases). C. La taille de la molécule d ADN est estimée grâce à un marqueur de masse moléculaire dont la taille des fragments est connue. D. La distance de migration est proportionnelle à la masse moléculaire de l ADN analysé. E. Le bromure d éthidium est un agent intercalant qui permet de visualiser les fragments d ADN et d ARN exposés à un rayonnement UV. QCM 7 Concernant les méthodes d étude des interactions entre protéines et acides nucléiques A. Dans la technique de retard sur gel, la migration électrophorétique de l ADN nu est retardée par rapport au complexe nucléoprotéique. B. Une augmentation du retard sur gel peut être mise en évidence par l utilisation d un anticorps dirigé contre la protéine fixée sur l ADN C. Dans la technique d empreinte de protection à la nucléase, les sites de l ADN où se fixe la protéine sont accessibles à la nucléase. 2

3 D. L immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) permet de mettre en évidence les interactions entre des protéines et l ADN dans le noyau de la cellule. E. Dans la technique ChIP, un agent couplant établit des liaisons covalentes entre des protéines et l ADN. QCM 8 Dans une expérience de biologie moléculaire, on veut insérer l ADNc c-myc contenu dans le plasmide Puc18-Myc dans le plasmide pcdna3 afin de faire exprimer la protéine cmyc dans des cellules COS (eucaryotes). A. La première étape du clonage assure l incubation simultanée des deux plasmides avec l endonucléase EcoR1 et de la ligase. B. Le clonage de l insert ADNc cmyc dans le site unique de restriction EcoR1 de pcdna3 peut se produire dans les deux orientations mais cela n aura pas de conséquences pour l expression de la protéine. C. Le clonage comporte une étape de transformation D. L utilisation de l antibiotique ampicilline dans le milieu de culture permet de sélectionner les bactéries contenant les plasmides recombinants ayant obligatoirement incorporé l ADNc c- MYC E. La protéine cmyc pourra être purifiée à partir des bactéries transformées par le plasmide pcdna3 QCM 9 et 10 L'hémochromatose familiale est une maladie autosomique récessive responsable d'une surcharge tissulaire en fer généralisée. La forme la plus fréquente de la maladie est due à deux mutations du gène HFE situé sur le chromosome 6 : les mutations C282Y (substitution d une cystéine par une tyrosine en position 282) et H63D (substitution d une histidine par un aspartate en position 63). Les 2 mutations sont détectées par amplification in vitro (PCR) de la portion du gène contenant les mutations et analyse de restriction (RFLP). Pour la position 282 (exon 4), le fragment amplifié a une taille de 415 pb, la mutation fait apparaitre un site de coupure pour l enzyme SnaBI qui clive le produit PCR muté en 2 fragments de 283 et 132 pb. Pour la position 63 (exon 2), le fragment amplifié a une taille de 191 pb et la mutation fait disparaître un site de restriction pour l enzyme DpnII, qui coupe le produit PCR normal en 2 fragments de 121 et 70 pb. Les résultats de l analyse de 5 sujets sont présentés dans la figure ci-dessous digestion SnaBI digestion DpnII 3

4 QCM 9 Concernant l analyse de restriction par endonucléases : A. Elle repose sur le principe d hybridation B. Elle dépend de la composition en bases G et C des amorces de PCR C. Elle utilise une séparation par électrophorèse D. Elle utilise des didésoxynucléotides pour cliver l ADN E. Elle utilise des anticorps pour une immunoprécipitation de la chromatine QCM 10 Concernant l interprétation simultanée des deux profils de digestion. On considère : 1 que les parents du sujet 5 ne sont pas atteints d hémochromatose 2 que les parents du sujet 1 (profil 1) ne sont pas atteints d hémochromatose 3 que lorsque deux mutations sont présentes, elles ne sont pas sur le même allèle 4 qu il n y a pas d autres mutations présentes du gène HFE (que celles décrites précédemment) chez les sujets analysés A. Le profil 1 est celui d un sujet hétérozygote composite B. Le profil 2 est celui d un sujet hétérozygote composite C. Un parent du sujet 5, son père ou sa mère, aura le profil 3 D. Le profil 4 est celui d un sujet atteint d hémochromatose E. Le profil 5 est celui d un sujet atteint d hémochromatose QCM 11 Concernant les vecteurs de transfert de gène : A. Les lipoplexes comportent une tête anionique reliée à une queue hydrophobe B. Les vecteurs oncorétroviraux nécessitent une division cellulaire pour s intégrer dans le génome C. Les vecteurs adénoviraux s intègrent dans le génome de la cellule D. Les vecteurs lentiviraux ne présentent pas de risque oncogénique E. Pour la thérapie génique des déficits immunitaires héréditaires, les vecteurs oncorétroviraux utilisés sont injectés in vivo par voie intraveineuse. QCM12 En utilisant les biopuces à ADN (ADN génomique, ADN complémentaire) A. Il est possible de détecter quantitativement plusieurs milliers de protéines B. Il est possible de classer des patientes atteintes de cancer du sein en groupes de bon ou mauvais pronostic selon le profil moléculaire C. Dans la majorité des expériences, un acide nucléique à étudier est cohybridé avec un acide nucléique de référence D. Dans l hybridation génomique comparative, c est un ARN tumoral «marqué» en rouge (cyanine 5) qui est hybridé contre un ARN normal de référence «marqué» en vert (cyanine 3) E. L hybridation génomique comparative constitue une méthode de choix pour la mesure du nombre de copies des gènes QCM13 A propos des Tissue Micro Array (TMA) A. Ce sont des lames constituées de spots de tissus à étudier, qui pourront être colorés après immunohistochimie B. La préparation d un TMA nécessite de purifier l ADN de l échantillon tissulaire à placer sur la lame de TMA 4

5 C. Avec un TMA multi-tumeur, il est possible de corréler l expression d une protéine à l évolution d une tumeur donnée D. En vue d établir un TMA, l anatomo-pathologiste délimite sur la lame de coupe tumorale les emplacements où seront effectuées les carottes de prélèvement du bloc correspondant (à la coupe) E. Le TMA est un outil adapté pour le diagnostic au niveau d un échantillon QCM 14 Concernant l utilisation des thérapies ciblées (médicament spécifiquement dirigé contre une protéine) : A. En cas de surexpression dans les cellules tumorales, une protéine (HER2 par exemple) peut devenir une cible thérapeutique B. La surexpression de HER2 à la surface des cellules de cancer du sein est un facteur strictement pronostic (lié à la rechute/survie des patientes) C. Les molécules dont le nom se termine en mab (trastuzumab, cetuximab) sont des anticorps monoclonaux D. Les anticorps monoclonaux agissent généralement sur des cibles intracellulaires E. Le trastuzumab (Herceptin ) améliore la survie de l ensemble des patientes atteintes de cancer du sein QCM 15 Parmi les propositions suivantes concernant l utilisation des thérapies ciblées (médicament spécifiquement dirigé contre une protéine) : A. Le cetuximab se fixe sur le récepteur membranaire HER2 exprimé par les cellules tumorales colorectales B. Le cetuximab est inactif si la voie de transduction du signal comprend une protéine KRAS porteuse de mutation(s) C. Les molécules dont le nom se termine en ib (dovitinib, gefitinib) sont des inhibiteurs de tyrosine kinase D. Les inhibiteurs de tyrosine kinase agissent généralement sur des cibles extra-membranaires E. L immunohistochimie effectuée sur coupe tumorale permet de détecter la surexpression d une protéine QCM16 A propos de la technologie du séquençage de nouvelle génération (NGS) A. Elle est particulièrement adaptée à la détection d une mutation génique unique à partir d un seul fragment de PCR B. Avant de réaliser le séquençage massif en lui-même, une librairie des fragments à séquencer doit être construite et amplifiée C. Pour un syndrome clinique donné, un ensemble de gènes d intérêt peuvent être séquencés simultanément à la recherche du ou des gènes altérés dans ce syndrome clinique D. Les interprétations des données de séquençage sont faciles car elles ne nécessitent aucun logiciel de traitement des données informatiques E. Dans le cadre d un cancer par exemple, il va être possible avec le NGS, de connaître les mutations spécifiques de chaque cellule tumorale. 5