Info Loutre ÉDITO. Rhône-Alpes. Bulletin n 2. Juillet 2014

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1 Info Loutre Rhône-Alpes Bulletin n 2 ÉDITO Juillet 2014 ÉDITO 1 DES NOUVELLES DU NATIONAL Réunion du Groupe loutre national de la SFEPM en septembre 2013 à Bourges 2 Avancement du Plan d actions Loutre 5 DES NOUVELLES DE LA LOUTRE EN RHÔNE-ALPES Avancée de la connaissance 6 Un point sur l Ain 6 Les loutres aux portes de Lyon... 6 Et même à Lyon, de source sûre! 7 Le retour de la Loutre sur l Ecopôle du Forez 7 LES ÉTUDES SE POURSUIVENT Étude complémentaire en Haute-Savoie 8 En direct des labos : quelques résultats mais aussi quelques difficultés! 9 Sur la période , pour l animation et la mise en œuvre régionale du Plan d actions Loutre, la LPO Rhône-Alpes a reçu le soutien de : N. Gouilloux Force est de constater que le comité de pilotage du Plan d actions Loutre en Rhône-Alpes, de même que le réseau Loutre Rhône-Alpes, n ont pas été réunis depuis le 12 juin Mais voici enfin le bulletin n 2 du réseau Loutre, qui permet d entretenir de manière formelle le lien avec l ensemble des bénévoles et structures intéressés par l espèce. Pour autant, il s est passé plein de choses depuis 2012! Le Réseau Loutre Rhône-Alpes, coordonné par Jacques Bouché (LPO Isère / SFEPM), a permis d entretenir un effort conséquent de prospection sur le terrain, pour suivre le retour de cette espèce (voir la carte 2013 dans ce bulletin), et de nouveaux volontaires ont été formés lors des stages régionaux ou d opérations plus locales. Depuis 2009, ce sont plus d une centaine de personnes, bénévoles ou professionnelles, qui ont été formées. Aujourd hui, les informations (indices, cadavres, ) sont saisies sur les sites visionature départementaux, ce qui permet de gagner du temps pour la validation et la centralisation des données. Grâce à cette mobilisation, le coordinateur régional, épaulé par les responsables départementaux et les salariés des LPO Loire et Rhône-Alpes, suit l avancée de la connaissance et le développement du réseau. Jacques BOUCHE assure également le lien avec la SFEPM et a participé en septembre 2013 à la réunion du Groupe loutre national de la SFEPM au Muséum de Bourges (voir la synthèse dans ce bulletin), portant sur la déclinaison du PNA loutre dans les régions. Toutes les actions menées par le réseau et notamment dans le cadre du Plan d actions ont vocation à faire l objet d un article ou d une note dans ce bulletin, qui est ouvert à toutes les structures et tous les passionnés de loutre. Dans ces pages, vous prendrez des nouvelles de la HauteSavoie, de l Ain, de la Loire, du Rhône et des études génétiques qui nous causent bien des soucis! Pour le prochain numéro, la LPO fera une synthèse concernant les ouvrages posant des problèmes pour la loutre et l obligeant à prendre des risques sur la route! Quant à vous tous, n hésitez pas à transmettre vos propositions d articles et vos illustrations à Sébastien TEYSSIER, Véronique Le Bret LPO Rhône-Alpes Info Loutre Rhône-Alpes - Bulletin n 2 1

2 DES NOUVELLES DU NATIONAL Réunion du Groupe loutre national de la SFEPM en septembre 2013 à Bourges Cette rencontre annuelle regroupe les correspondants régionaux. Séparant nos discussions, la soirée du samedi permet également de faire un tour de France culinaire avec les spécialités régionales de chacun. J y représentais notre région. Les autres régions présentes étaient : Alsace (CRCL Hunawihr), Bourgogne (SHNA), Bretagne (GMB), Champagne- Ardenne (PNR Forêt d Orient), Franche-Comté (LPO), Languedoc-Roussillon (ALEPE), Midi-Pyrénées (CEN), Normandie (CPIE Collines Normandes), Pays-de-la- Loire (Naturalistes Vendéens), Poitou-Charentes (P-C Nature). Six régions étaient excusées : Aquitaine, Auvergne, Centre, Limousin, Lorraine, Provence- Alpes-Côte d Azur. Voici un résumé des principaux points traités : Rapportage Natura 2000 : évaluation de l état de conservation de la loutre. Une première évaluation a été faite en 2007 (pour la période ) et la deuxième est en cours (pour la période ). Le travail a été confié à la SFEPM. La démarche avait été présentée au Groupe Loutre en septembre Les régions avaient ensuite été sollicitées pour transmettre leurs données sur la répartition de l espèce sous forme de numéros de mailles LAEA 10 x 10 km au sein desquelles la présence de l espèce avait été détectée entre 2001 et Pour évaluer l état de conservation des espèces, des formulaires ont été complétés, permettant de déterminer (par calcul automatique à partir d un ensemble de questions à choix multiple) si l état de conservation est «favorable», «défavorable inadéquat», «défavorable mauvais» ou «inconnu». Quatre paramètres sont pris en compte : l aire de répartition, la taille de la population, la qualité de l habitat, les perspectives futures. Un formulaire doit être rempli par domaine biogéographique, ce qui fait quatre formulaires pour la loutre puisqu elle est présente dans les domaines atlantique, continental, méditerranéen et alpin. Réactualisation de la carte de répartition de la loutre en France Une carte de répartition de la loutre avait été réalisée lors de la rédaction du plan en 2009 et représente des données de présence obtenues entre 1999 et 2009 en mailles 10 x 10 km du réseau Lambert 93. Pour la réactualisation de la carte de répartition, des questions se posent relatives à la régularité de la réactualisation, à la représentation des données, comment gérer l hétérogénéité des méthodes de suivi, quel support? L aire de répartition de la Loutre est en constante évolution en raison de la progression de l espèce et de l intensification du suivi. Une réactualisation de la carte nationale tous les 4-5 ans paraît donc insuffisante. Il faudrait envisager une réactualisation a minima tous les ans, voire une actualisation continue surtout si la loutre est détectée dans des zones où sa présence n était pas connue jusque là. Les membres présents approuvent l idée d une carte dynamique sur un portail web et sont disposés à fournir leurs données régulièrement, voire les saisir en ligne si c est possible. Une réflexion sur la méthode sera débutée en La représentation par maille de «présence» avait été critiquée car cela peut donner une image erronée de l importance de l aire de répartition, étant donné que cette présence n est dans certains cas que temporaire. Différents niveaux pourraient être indiqués et la présence pourrait être déclinée, par exemple en «présence permanente», «présence sporadique»... Les mailles négatives (en fait : l absence de résultats positifs issue d une prospection protocolée, car si l espèce n est pas détectée, cela ne garantit pas son absence) devraient être représentées, quitte à les retirer ensuite si trop d hétérogénéité entre régions est constatée ou à faire deux versions de la carte. Cela pourrait aussi encourager davantage de régions à adopter la méthode standard pour pouvoir faire figurer leurs résultats négatifs sur la carte nationale. Une représentation par niveaux de présence est également approuvée ; il faudra définir ces niveaux et élaborer une méthode. Actions dans les régions Alsace : Peu de prospections en 2013, formation de prospecteurs à venir. Création et installation de plusieurs catiches artificielles. Aquitaine : Prospections en 2013 dans le cadre de l Atlas des mammifères sauvages d Aquitaine prévu pour fin Suivi prévu en 2014 d un projet de réhabilitation de 17 ouvrages en faveur de la petite faune (vison d Europe), dont la plupart sur des cours d eau et des zones humides, concerneront aussi la loutre. Auvergne : Poursuite de la création d un carnet de bord d observation ou de saisie de mortalité de loutres par les Info Loutre Rhône-Alpes - Bulletin n 2 2

3 DES NOUVELLES DU NATIONAL agents de terrain et de réseau routier. Projet d étude de régime alimentaire en cours d instruction et en attente de financement. Bourgogne : Peu de données de présence de loutre, mais celles-ci étayent l hypothèse de renforcement des populations depuis une dizaine d années sur le massif du Morvan, aussi bien sur le massif de la Seine que celui de la Loire. Beaucoup d actions ont débuté ou sont à venir sur la connaissance, la conservation (Havres de Paix, cohabitation loutre/pisciculture) et la communication (formation). Bretagne : Pour rappel, en Bretagne la loutre a recolonisé de nombreux bassins versants à partir des deux noyaux relictuels principaux, celui du Centre-Ouest (têtes de bassins) et celui du Sud-Est (marais littoraux). Elle occupe aujourd hui la quasi-totalité du Morbihan, une grande partie des Côtes d Armor et du Finistère, mais sa présence est encore marginale en Ille-et-Vilaine. Le front de recolonisation Ouest (pointe Finistère) est très dynamique, tandis que celui de l Est montre une certaine stagnation. Le GMB recense les cas de mortalité et réalise des autopsies des individus récoltés (une centaine). Environ 75 passages à loutre ont été aménagés. Un gros projet est en cours pour la réalisation de 7 ouvrages sur un même bassin versant (Ria d Etel). Centre : Pas d évolution dans la répartition de la loutre en Indre, mais beaucoup de nouveaux indices de présence en Eure-et-Loir et en Indre-et-Loire. Champagne-Ardenne : Statut précaire pour la loutre. Présences sporadiques dans le PNR de la Forêt d Orient depuis 1997 et en 2008 en Haute Marne. Franche-Comté : Présence de la loutre redécouverte en décembre 2010 dans le Jura. Recherches négatives depuis. La LPO Franche-Comté débute la mise en place d un réseau loutre dans la région. Languedoc-Roussillon : Sur , 6 formations gratuites organisées dans les 5 départements avec une participation de 98 personnes (bénévoles et 15 structures professionnelles). Prospections menées selon la méthode «standard». 622 mailles 5x5 km ont été visitées, sur un total de 1238 mailles «favorables» (mailles qui intersectent le réseau hydrographique). 269 mailles ont révélé des indices de présence de loutre. Elle est bien présente sur le réseau lozérien, celui de l Hérault et dans le nord du Gard, et l Aude est le département où la distribution est la plus limitée. Pendant la période , 38 cas de mortalité ont été répertoriés, dont 28 en Lozère. Sur 31 exploitations piscicoles contactées par courrier, 21 ont répondu et 2 ont signalé des prélèvements du cheptel par la loutre. Limousin : De nouvelles prospections ont permis de découvrir des épreintes sur la quasi-totalité des derniers ruisseaux sans données de Creuse. Une étude génétique débutée en 2012 s achève. Rapport bientôt disponible. Quelques cas de mortalité par collision en 2013, transmis à l ONCFS. Trois piscicultures sont suivies par Stéphane Raimond, dont deux présentent désormais des aménagements contre l intrusion des loutres. Lorraine : Déclarée officiellement disparue en 1984, des observations relayées entre 1990 et 2000 indiquaient la persistance d une présence de loutre(s). En 2011, 14 sites ont été prospectés, avec deux passages, mais aucun indice de présence n a été observé. Midi-Pyrénées : F. Gojon Colonisation toujours en cours, mais présence inexpliquée de quelques grandes rivières inoccupées par la loutre dans les plaines centrales. La région est à l intersection de trois noyaux de populations (Aquitaine, Massif-Central et Ibérique), des analyses génétiques réalisées sur 60 cadavres ont Info Loutre Rhône-Alpes - Bulletin n 2 3

4 DES NOUVELLES DU NATIONAL montré qu il existe bien trois populations avec des génotypes différents. Des échanges semblent avoir débuté. A suivre. Aménagement d une banquette de 35 cm de hauteur x 50 cm de largeur sous le pont de l Adour de Lesponne, repéré comme dangereux pour la loutre. Normandie : Sur le bassin de l Orne, la population semble stable. Le bassin de la Vire est occupé partiellement et sa population communique vers d autres cours d eau via les marais du Cotentin. Une convention «Havre de Paix» a été signée. Provence-Alpes-Côte d Azur : La loutre est encore très rare en PACA. Quatre ans après son retour avéré, la population est limitée à une partie ouest du Vaucluse et ponctuellement en Camargue et sur la basse Durance. Concertations engagées avec la CNR et EDF pour conseils et expertises des «points noirs». Pays-de-la-Loire : La loutre a toujours été présente sur la région, principalement en Vendée et en Loire-Atlantique. Depuis les années 2000, elle recolonise les départements de la Sarthe, de la Mayenne et du Maine-et-Loire. Dans les deux bastions de la région (Vendée et Loire- Atlantique), l inquiétude principale est la mortalité routière (plus de 200 cas entre 2001 et 2010). Poitou-Charentes : La loutre est présente dans les quatre départements de la région. Elle est largement répandue sur la façade atlantique, le réseau hydrographique de Charente- Maritime et le Marais Poitevin. Elle est rare dans la Vienne. Nombreuses actions en 2013, dont 6 journées de prospections (Plan Loire), le suivi de 112 placettes «loutre» sur la Charente (projet LIFE Vison et Loutre), 2 journées de formation et aménagement de plusieurs ouvrages d art dangereux sur l A10. Centralisation des données de collisions routières en Charente-Maritime avec 32 cas entre janvier et août Rhône-Alpes : Les prospections 2012 confirment la répartition de la loutre sur l ensemble du département de l Ardèche et la progression du front de recolonisation au niveau du fleuve Loire. En rive gauche du Rhône, de nouveaux indices de présence montrent des incursions de plus en plus fréquentes de la loutre sur quelques affluents dans le département de l Isère (Varèze, Oron). L annuelle session de formation pour bénévoles est doublée d une session pour professionnels depuis Cette année 2012, 13 participants au stage bénévoles et 12 au stage professionnels ont découvert sur le terrain en quoi consiste une recherche d épreintes (depuis les premiers stages en 2007 : 75 bénévoles et 23 professionnels formés). L étude génétique continue et livre des premiers résultats. Nous espérons de cette étude une meilleure compréhension 1) des phénomènes de recolonisation, 2) des liens sociaux et génétiques entre les individus du front de recolonisation et ceux de deux noyaux de présence éloignés (Ain et Haute-Savoie). Cohabitation loutre et pisciculture Stéphane Raimond est depuis un an «Animateur Loutre et pisciculture du PNA loutre». Ancien pisciculteur, il a été confronté à cette problématique sur son exploitation et aux travaux d aménagement nécessaires. Il connaît très bien l espèce. Trois expertises ont été effectuées cette année, chez des exploitants privés en Gironde et en Ardèche et à la pisciculture de l école d Ahun (en 2011, une intervention en Bretagne). Chaque cas est particulier, ainsi que les solutions de protection à proposer. Les règles générales sont d intervenir le plus tôt possible, de tenir compte des méthodes de travail du pisciculteur et que l exploitant soit également prêt à vérifier que les installations soient fonctionnelles et à assurer un minimum d entretien. Collecte et valorisation des loutres trouvées mortes Dans le cadre du PNA, deux niveaux d investigation sont proposés : le niveau 1 consiste à collecter des informations sur le cas de mortalité (localisation, date, sexe, circonstances ) ainsi qu un échantillon qui rejoindra une banque de tissus pour de futures études génétiques et sera appliqué à toutes les loutres trouvées mortes ; et le niveau 2 consiste à effectuer des prélèvements particuliers. Plusieurs points concernant la gestion des échantillons et la valorisation de ces informations sont encore à définir complètement. La SFEPM réfléchit à une demande d autorisation «groupée» pour les personnes qui désirent participer au réseau de collecte et qui n ont pas les autorisations (dérogation ou carte verte). Divers Le trésorier de la SFEPM annonce qu il n y aura pas de deuxième PNA loutre. Les espèces dont le PNA n est pas renouvelé pourront faire l objet d un guide d actions. Jacques Bouché coordinateur régional du réseau Loutre Info Loutre Rhône-Alpes - Bulletin n 2 4

5 DES NOUVELLES DU NATIONAL Avancement du Plan d actions Loutre au niveau national Rachel KUHN, animatrice du PNA Loutre pour la SFEPM, est venue apporter son regard sur les actions menées par la LPO Rhône-Alpes lors du séminaire qui s est tenu le 23 juin 2014 au Conseil régional. Elle a replacé les actions rhônalpines dans le contexte national du Plan et des actions menées dans les autres régions. Son intervention sera bientôt visualisable sur le site internet rhone-alpes.lpo.fr. Dans l attente, pensez à consulter régulièrement les pages du site national. Ainsi que les bilans publiés par nos collègues des régions voisines, notamment : PACA les-mammiferes-semi-aquatiques/614-pna-loutre-europe Auvergne F. Comte Info Loutre Rhône-Alpes - Bulletin n 2 5

6 DES NOUVELLES DE LA LOUTRE EN RHÔNE-ALPES Avancée de la connaissance En 2013, la loutre a continué d apprécier son retour dans notre région. Elle occupe l ensemble du réseau hydrographique ardéchois, même si sa présence est plus diffuse et incertaine sur quelques rivières au nord. C est également une année supplémentaire où sa présence est confirmée sur le fleuve Rhône et deux de ses affluents en Isère, dans le sud de la Drôme et en Haute-Savoie dans la vallée de l Arve (dans le reste du département, les recherches restent vaines et elle semble avoir disparu, du moins ces dernières années). Sa progression la plus remarquable est en Loire. Pratiquement tous les affluents importants en rive gauche du fleuve Loire ont été visités plus ou moins régulièrement par la loutre. Le fleuve est bien franchi maintenant et va-t-elle continuer résolument vers le département du Rhône et les monts du Lyonnais? Jacques Bouché coordinateur régional du réseau Loutre Un point sur l Ain Depuis 2012, nous n avions que trop peu d indices de présence dans notre département. Ces deux dernières années, nous totalisions un indice et deux observations moyennement fiables pour 151 prospections ponctuelles. En 2014, de nouveaux éléments relancent le réseau et les motivations. Un garde de l ONEMA (R. Serive) nous contacte le 10 avril pour une épreinte (que nous avons collectée), trouvé sur l Oignin, un affluent de la rivière d Ain, puis le 22 avril, trois naturalistes suisses (C. Schönbachler, J. Morel, J. Gillieron) découvrent de belles empreintes sur les bords du Rhône (commune de Collonges et Pougny) dans le Pays de Gex. En un mois, nous accumulons deux données plus fiables que jamais. Jusqu à présent nos recherches étaient surtout basées sur l aval de nos cours d eau mais la Loutre serait bien présente en amont sur la Rivière d Ain et le fleuve Rhône Francisque Bulliffon LPO Rhône-Alpes / LPO Ain Les loutres aux portes de Lyon La présence de la loutre aux portes de Lyon se confirme petit à petit et corrobore l hypothèse d une remontée progressive de l espèce depuis le Sud vers le Nord de l axe Rhodanien. Deux ans après la découverte d épreintes par Daniel ARIAGNO sur la commune de GRIGNY sur les bords du Rhône, à une quinzaine de kilomètres au Sud de Lyon, une nouvelle épreinte a été trouvée en avril dernier entre les communes de IRIGNY et de VERNAISON à seulement six kilomètres du port de Gerland qui marque la limite Sud de la ville de Lyon. Le territoire du SMIRIL (Syndicat gestionnaire des Îles et Lônes du Rhône entre PIERRE BENITE et GRIGNY) semble propice à l installation de la loutre par la diversité de ses habitats, sa relative tranquillité et son ichtyofaune localement abondante. D autres milieux favorables au Nord-Est de Lyon (Iles de Crépieux Charmy, Canaux et Etangs de Miribel-Jonage) feront l objet d une veille afin d évaluer au mieux la présence des «loutres Grand Lyonnaises». Julien BOUNIOL FRAPNA Rhône Info Loutre Rhône-Alpes - Bulletin n 2 6

7 DES NOUVELLES DE LA LOUTRE EN RHÔNE-ALPES Et même à Lyon, de source sûre! Février 2013, interpelée par un petit groupe de personnes massées devant un quai du Rhône à la hauteur du Quartier Général Frère, une joggeuse s arrête et observe dans la même direction que celle qui attire l attention des personnes. Ces derniers observent et filment à l aide de leurs téléphones portables deux animaux, à 10 mètres du bord qui plongent et replongent dans le Rhône. Ces derniers semblent chahuter et nagent également sur le dos. Après plusieurs plongeons et replongeons, ils disparaissent sous l eau. La joggeuse, ma sœur en fait, me certifie lors de la narration de son récit qu il s agissait de 2 loutres et que la confusion avec le castor n était pas possible (je l ai déjà emmené faire quelques affûts au castor par le passé!). La distance d observation était faible et elle est formelle quant à l identification des animaux. Le récit, et surtout le comportement, laissent peu planer de doute quant à la nature des espèces observées et confirment, de toute façon, les épreintes trouvées aux portes de Lyon. Patrice FRANCO LPO Rhône FRAPNA - J. Catheland Le retour de la Loutre sur l Ecopôle du Forez S il est une espèce emblématique dont nous espérions le retour sur l Ecopôle, c est bien la Loutre. La dernière donnée du secteur concernait un individu écrasé en avril 1974 sur Feurs. En septembre 2010, l espèce est contactée en Bec du Lignon, puis sur le fleuve en amont en décembre 2010 (Antony FAURE), puis sur la réserve de Feurs sur l Ecozone ainsi qu une autre donnée. La bête se rapprochait. Nous la guettions et cherchions des traces de son passage dès que nous longions le bord de Loire. Dans le cadre du suivi du Castor plusieurs pièges photographiques sont posés au printemps 2012, sans aucun contact de cette espèce. La première donnée sur l Ecopôle date du 22 novembre Des traces de pas sur une vasière découverte par les fluctuations de Grangent sont relevées par Henri COLOMB et André ULMER. Un piège photographique est alors installé sur le secteur, mais sans effet car la Bête est maligne. Dans le cadre des suivis des mammifères, plusieurs pièges sont posés au printemps 2013, il faudra cependant attendre le 31 juillet pour avoir la surprise de contacter un individu. Les premières photos ne sont pas géniales et une deuxième campagne permettra le 21 septembre d avoir une photo plus belle. Il aura fallu presque 40 ans pour avoir le retour de cette espèce qui est symbolique du travail mis en place sur ce site par la FRAPNA Loire et ses associations. C est aussi le résultat de l arrêt de sa destruction programmée et le témoin de la restauration des rivières mise en place par de nombreux acteurs du territoire. Cette recolonisation va être suivie sur le site dans le cadre du plan de gestion de l Ecozone du Forez. Un grand merci à Julien CATHELAND, Emilie JOLY et Oriane CORBET. André ULMER FRAPNA Loire Info Loutre Rhône-Alpes - Bulletin n 2 7

8 LES ÉTUDES SE POURSUIVENT Étude complémentaire en Haute-Savoie Suite à la fin du programme FEDER entrepris entre 2009 et 2012 en Haute-Savoie sur la loutre d Europe piloté par Asters, de nombreuses questions ont été soulevées : quelles sont les ressources alimentaires de l espèce sur le secteur de la haute vallée de l Arve et de l Eau Noire (côté Vallorcine)? Quelle est l origine génétique des individus recensés sur ce secteur? Sur quels paramètres faut-il agir pour améliorer l habitat? Pour répondre à ces questions, une étude complémentaire a été lancée entre février et août 2013 afin de répondre aux questions soulevées et d améliorer les connaissances sur l espèce et l habitat. Des efforts de prospections importants ont été conduits afin de récolter des épreintes pour l étude du régime alimentaire ainsi que d autres échantillons pour analyses génétiques. Points de marquage et distribution : Lors de cette étude, un marquage régulier et fréquent a été noté dans Chamonix et les Praz-de-Chamonix. Ces sites sont, pour ceux qui sont accessibles, devenus des points de récolte prospectés plusieurs fois par semaine. Aucun marquage n a été relevé sur le reste du linéaire de l Arve ou sur l Eau Noire. Cependant, en raison des mauvaises conditions climatiques (neige, pluie puis fonte des neiges entraînant une augmentation du niveau des cours d eau), les prospections ont été rendues difficiles et il se peut que des épreintes n aient pu être détectées. A l automne 2012, deux épreintes (septembre et novembre) ont été trouvées sur le Plateau de Gavot par l ONEMA. C est un site en lien direct avec le lac Leman. Une journée de prospection en mars 2013 n a pas permis de réitérer ces découvertes. Une première observation visuelle de loutre a été effectuée en mai 2013 sur le lac de Passy (Mont Blanc Plage) par un particulier, observation renouvelée en juillet 2013 par une naturaliste amateur. Ce site se situe à plus de 15 km (linéaire de rivière) de la zone de présence actuelle de l espèce. Des prospections ont permis d observer une épreinte de loutre non récoltable. Deux pièges photo ont été posés sur le site. Régime alimentaire Une trentaine d échantillons ont été analysés durant ce travail. Il ressort que la loutre consomme du poisson en grand nombre malgré la faible densité relevée lors de pêches électriques antérieures qui n avaient d ailleurs contacté que de la truite. On retrouve dans ces échantillons principalement des Salmonidés (truite) mais aussi de l épinoche, et du chabot. La part d amphibiens n est pas négligeable pour autant car on en retrouve dans la majorité des épreintes analysées dans des proportions variables. Les restes d écrevisses retrouvés le long des lacs de la zone ainsi que ceux présents dans les échantillons supposent la consommation importante de ce taxon par la loutre. La présence de lacs et plans d eau semble indispensable à l alimentation de l espèce étant donné la faible ressource disponible dans la rivière. Qualification de l habitat Le linéaire compris entre Les Houches (depuis le barrage) et Argentière a été étudié. Il semble au vu des premiers résultats que ces habitats sont de qualité moyenne. Deux zones sont moins bonnes que les autres : il s agit de la traversée de Chamonix-Mont- Blanc et d Argentière. Les paramètres les plus nuisibles sont l urbanisation et le dérangement par l homme. Cependant, lorsqu on regarde les sites de marquage, ils se situent pour certains dans des zones fortement urbanisées ou avec un fort dérangement. De plus, de nombreuses observations visuelles (photographies à l appui) attestent de la présence de la loutre dans le centre-ville de Chamonix et en fin de journée de surcroît. Ce sont dans ces zones que sont présents les lacs et plans d eau. La loutre réside en partie dans ces zones dérangées en raison de la faible disponibilité alimentaire dans les zones plus calmes. Génétique FRAPNA - J. Catheland Afin d augmenter l efficacité des analyses, le protocole de récolte a été revu avec Gwenaël JACOB. Quelques échantillons (7) ont été récoltés afin de poursuivre l étude génétique des individus présents sur le secteur. Les analyses n ont pas encore été effectuées et il est donc encore impossible de discuter des résultats. Il faut cependant rappeler que seuls 3 mâles avaient été détectés lors de la dernière campagne. Florence CATY CEN Haute-Savoie (Asters) Info Loutre Rhône-Alpes - Bulletin n 2 8

9 LES ÉTUDES SE POURSUIVENT En direct des labos : quelques résultats mais aussi quelques difficultés! Souvenez-vous, en 2008 la LPO Rhône-Alpes lançait une étude génétique en collaboration avec l Université de Fribourg! Cette étude avait deux buts principaux : 1/ Étudier la dynamique de l espèce en phase d expansion géographique (autrement dire comprendre le phénomène actuel de recolonisation) identifier les individus présents sur un secteur donné, déterminer si ces individus sont sédentaires ou erratiques, estimer les liens de parenté entre individus sur ces secteurs. 2/ Estimer la relation génétique entre les noyaux de population rhônalpins (c est-à-dire réaliser une étude historique de populations) savoir si tous les noyaux proviennent de la même population historique (à reconstruire à partir d individus tués avant 1950 et/ou conservés dans les musées) retracer les mouvements de dispersion / l historique de la recolonisation Grâce à la participation active du réseau Loutre, des analyses ont pu être réalisées dès Des premiers résultats ont été présentés sous forme de poster lors du 35ème colloque de Mammalogie à Arles (SFEPM LPO PACA), du 19 au 21 octobre Poster à télécharger sur le site de la LPO PACA uploads/2012/10/poster_premiers_resultats_suivi_ genetique_loutre_rhone_alpes.pdf Le détail des résultats d analyse 2012 est disponible sur le bulletin du réseau loutre n 1 regional_no1.pdf Enfin, Gwenaël Jacob de l Université de Fribourg, avait également présenté l ensemble de la méthode, les résultats concernant la Haute-Savoie et les prospectives lors de la journée de restitution organisée par ASTERS le 11 décembre 2012 à Bonneville. Difficultés rencontrées sur les 1ers résultats : Selon les secteurs prospectés, la proportion d épreintes qui donnent un génotype exploitable varie entre 0 et 86 %.Nous nous sommes interrogés sur la cause de ce taux de succès variable, en émettant l hypothèse que la phase de congélation des épreintes après dessiccation et avant décongélation pour analyse, puisse dégrader le matériel génétique. Mais ce taux de succès est comparable à celui récemment trouvé par Johan MICHAUX (0 85 %) sur les populations de loutre sur la façade atlantique et le massif central, qui ne collecte les échantillons que l hiver, lorsqu il fait froid et les stocke dans l éthanol (les autres étapes des analyses génétiques faisant appel aux même protocoles). Nous observons uniquement des mâles dans la plupart des rivières rhônalpines sauf dans la rivière Ardèche (07) et dans le Lez (26/84) où l on a aussi détecté des femelles.l hypothèse d une erreur de génotypage, évoquée dans un premier temps,a été écartée suite à des tests complémentaires. L hypothèse d un comportement différent entre mâles et femelles, concernant le comportement pionnier, les lieux et périodes de marquage, est privilégiée. Elle rejoindrait les observations d une étude menée en Andorre, dont les suivis visuels ont montré que les femelles ne marquent pas ou peu. Les individus vus l année n ne sont pas détectés à nouveau l année n+1 (ni sur le site, ni ailleurs sur les sites échantillonnés). Là encore, deux hypothèses : soit on «raterait» tous les individus territoriaux, ce qui paraît peu probable étant donné notre protocole de récolte d épreintes ; soit il y a réellement beaucoup de turn-over (ce qui semble se vérifier sur d autres sites d étude, avec une faible survie adulte de 2 à 3 ans seulement). Premiers résultats sur les différents noyaux de population : La comparaison des génotypes rhônalpins avec les résultats d autres études sur la loutre en Europe (continent européen, de l Espagne à la Russie - Pérez-Haro et al. (2005)) montre : Une faible diversité (seulement 3 haplotypes observés contre 6 connus en Europe). L haplotype Lut 1 et un nouvel haplotype (Lut 7) sont retrouvés dans les populations issues du Massif Central. L haplotype Lut 3, connu en Allemagne et dans des populations captives d Espagne, n est retrouvé que dans la population de Haute-Savoie. Info Loutre Rhône-Alpes - Bulletin n 2 9

10 LES ÉTUDES SE POURSUIVENT Il manque encore l information sur la répartition historique de l haplotype Lut 3 retrouvé en Haute-Savoie avant de pouvoir conclure quant à l origine de ces individus, mais ces premiers résultats posent question. Une étude historique comparant les génotypes actuels à ceux des individus présents dans les collections des musées apporterait des réponses. Premiers résultats sur la dynamique de recolonisation : A la question «qui fait avancer les fronts de colonisation?», on ne peut répondre actuellement car chaque génotype vu 2 fois l a été dans un même secteur. Néanmoins, le turn-over observé d une année sur l autre dans un même secteur semble plutôt prouver que la venue de nouveaux individus ne peut pas être alimentée par la natalité locale. Concernant les liens de filiation : a priori le matériel génétique permettrait d étudier cela, par exemple dans les Gorges de l Ardèche, mais pour l instant ce n est pas pertinent car on échantillonne presque seulement des mâles. Or ces analyses ne sont puissantes que si on a échantillonné la mère, le père et le jeune. Perspectives Pour répondre aux objectifs initiaux du programme, de nombreuses étapes restent à accomplir, notamment : Le calcul du taux de détection (risque de «rater» le génotype d un individu s il est présent) L étude historique, comparant nos échantillons avec le génotype des individus présents dans les musées, pour déterminer l origine des noyaux de populations. L analyse des épreintes actuellement dans les congels (70 échantillons) : la «recapture» d individus détectés une première fois en pourrait permettre de mettre en évidence des comportements de territorialité ou de déplacements d individus. Malheureusement, le laboratoire de Fribourg rencontre des problèmes techniques pour l extraction d ADN de certaines épreintes, même très fraîches et non congelées. Le succès de génotypage n étant pas stable, cela pose question pour la suite du programme. En effet, la condition d exploitation des données de ce protocole est basée sur un bon taux de génotypage n et n+1. Concernant l étude historique : Si les problèmes techniques de génotypage sont élucidés, Gwenaël Jacob encadrera prochainement un étudiant en Master afin de comparer les génotypes obtenus en Rhône-Alpes (Haute-Savoie en particulier) avec ceux des individus conservés dans les musées suisses et rhônalpins. Il faudrait environ 40 échantillons pour pouvoir mener cette étude. Concernant l analyse des échantillons déjà récoltés en 2013 : Cette analyse est en attente de la décision de l Université de Fribourg, au regard des problèmes méthodologiques rencontrés. Sans attendre, la LPO a d ores et déjà confié les génotypes rhônalpins à une équipe de recherche de Montpellier, dirigée par Johan MICHAUX, qui mène actuellement des programmes d application de la phylogéographie et de la génétique des populations à des cas concrets de biologie de la conservation. Ces recherches font notamment appel à des tests d assignement, permettant d assigner un individu à une population. A travers cette collaboration, supervisée par Gwenaël Jacob de l Université de Fribourg, le réseau Loutre de la LPO Rhône-Alpes espère contribuer à une prochaine publication qui replacerait les populations rhônalpines dans la structure génétique de la loutre au niveau français. Véronique Le Bret LPO Rhône-Alpes Concernant le calcul du taux de détection : Un protocole de suivi spécial a été mis en œuvre par la LPO Loire à l automne 2013 (37 épreintes collectées), complété par des relevés au printemps 2014 (échantillons analysés frais sans congélation préalable pour optimiser les chances de génotypage). Ces travaux ont été menés grâce au soutien financier de la DDT de la Loire à la LPO Loire. Sur le secteur du Lignon, la LPO Loire a réalisé une recherche intensive et une collecte d échantillons sur le secteur défini afin de s assurer qu il n y a pas d émigration ou d immigration entre deux passages successifs. Coordination générale de ce numéro : Sébastien TEYSSIER LPO Loire et Véronique LE BRET LPO Rhône-Alpes Rédaction : collective Maquette / composition : Pierre-Yves CROYAL Info Loutre Rhône-Alpes - Bulletin n 2 10

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