Laboratoire Régional de Suivi de la Faune Sauvage

Transcription

1 Bulletin n 1 Juin 2012 LRSFS 40 Chemin des 3 Noyers Le Mée-sur-Seine Tel : Fax : lrsfs.labo@gmail.com SIRET APE 9499Z

2 Sommaire I-Etudes et analyses A. Etude 2012 de recherche de l Echinococcus multinocularis sur renards roux/ Veille sanitaire sur le département de l Essonne II-Projets B. Etude chytridiomycose/ranavirose 2011 (résultats) C. Description des analyses demandées D. Synthèse des résultats -Projet de déménagement du LRSFS à l IRD de Bondy sur le département de la Seine Saint Denis LRSFS 40 Chemin des 3 Noyers Le Mée-sur-Seine Tel : Fax : lrsfs.labo@gmail.com SIRET APE 9499Z

3 EDITORIAL Le 1 er semestre de cette année 2012 a été riche en évènements. Tout d abord, le LRSFS fidèle à ses thématiques et vocations en matière de veille sanitaire et d études épidémiologiques est heureux de vous présenter la synthèse et résultats des 2 études réalisées. D une part, l étude de recherche chez le renard de l échinocoque multiloculaire réalisé sur le département de l Essonne pour le compte du Conseil Général, et d autre part, la première étude francilienne de recherche de la chytridiomycose des amphibiens. Résolument tourné vers la Biologie vétérinaire dont il est le seul et unique laboratoire d Ile de France, le LRSFS est toujours soucieux de l importance du monde animal dans la thématique de la biosphère sans oublier la protection des populations vis-à-vis des risques zoonotiques. Récemment, le a reçu une proposition d hébergement définitive par l Institut de Recherche pour le Développement (IRD de Bondy). Les membres du Conseil d Administration du LRSFS se réjouissent de cette proposition et de collaborations futures avec l IRD sur des thématiques communes. Les locaux proposés par l IRD nécessitent des travaux de mise en conformité en fonction de l activité du LRSFS et des exigences réglementaires. Des plans d aménagement des locaux ainsi qu un manuel qualité ont été réalisés avant le début des travaux prévu mi-juillet et seront achevés en octobre Karim DAOUD Directeur du LRSFS

4 I-Etudes et analyses A- Etude de recherche de l échinocoque sur renards roux/ Veille sanitaire sur le département de l Essonne pour l année 2012 Cette étude a débuté le premier trimestre 2011 et prévue sur un programme de trois années. Elle permettra de connaitre l état sanitaire des renards sur tout le département vis-à-vis de l Echinoccocus multilocularis et le cas échéant d instaurer une veille sanitaire sur les sites sondés si ceux-ci se révèlent positifs. L importance de l échinococcose multiloculaire ne réside pas dans la pathologie de la maladie mais plutôt dans la possibilité de transmission de l animal à l Homme. Le LRSFS a effectué des analyses pour le compte du Conseil Général 91 (gracieusement puisqu il est adhérent au laboratoire en versant une cotisation annuelle). L analyse et l interprétation des résultats sont communiqués ensuite aux partenaires. L étude de cette année concerne 12 sites du département à raison d un prélèvement par site. Les échantillons de renards ont été prélevés du 26 Janvier au 11 Avril Déroulement de l étude : L Entente interdépartementale de lutte contre la rage et autres zoonoses a mis en place un quadrillage précis du département de l Essonne et a attribué à chaque renard prélevé et envoyé au LRSFS un numéro dit «de placette» correspondant à la zone géographique dans laquelle on a retrouvé chaque sujet. La démarche se décompose en 5 parties distinctes : prélèvement des renards transfert au LRSFS dissection et ablation des intestins décontamination et analyse diffusion des résultats. 2. Résultats : Sur les 12 intestins analysés, 3 se sont avérés positifs à la recherche de l Echinococcus multilocularis. Sur les trois zones où l étude précédente avait révélé des cas positifs, on a retrouvé dans ces mêmes zones des renards contaminés ainsi que dans de nouvelles zones.

5 Les renards retrouvés contaminés par ce parasite l ont été sur les communes suivantes : Lisses, La Norvile et Palaiseau.. Tableau d'étude portant sur la recherche d'echinococcus multilocularis sur 12 renards

6 Carte : Résultats de recherche d échinocoque sur renard du département de l Essonne en 2012

7 B- Etude de recherche de la chytridiomycose/ranavirose 2011 (résultats) Le LRSFS en collaboration avec le MNHN* a initié cette étude régionale avec la participation de toutes les collectivités franciliennes, l ONF***, le Laboratoire d Ecologie Alpine de l Université de Savoie, et Naturparif. Cette étude a débuté le premier trimestre 2011 et s est achevée au premier trimestre Elle a permis de connaitre l état sanitaire des amphibiens de toute la région d Ile de France vis-à-vis du Batrachochytrium dendrobatidis et le cas échéant d instaurer une veille sanitaire sur les sites prospectés car certains sites se sont révélés positifs. Une recherche de ranavirus sera également faite ultérieurement sur les mêmes prélèvements étant donné que d après les connaissances actuelles, ces deux maladies sont les seuls pathogènes à l origine de mortalités massives potentielles chez les amphibiens. Le rôle du LRSFS a été de coordonner, l étude au niveau régional ainsi que d effectuer l analyse et l interprétation des résultats qu il communique aux partenaires. Par ailleurs des prélèvements buccaux ont étés effectués conjointement à ceux de la recherche de la chytridiomycose, afin d alimenter la banque ADN faune sauvage du LRSFS. Cette banque ADN faune sauvage servira pour des recherches ultérieures. L étude concerne 22 sites de la région d Ile de France à raison d environ 30 prélèvements par site. Le total des prélèvements effectués sur les 22 sites est de 632 prélèvements. DEPARTEMENT SITES TOTAL PRELEVEMENTS 77 Seine et Marne Val de Marne Yvelines Hauts de Seine Essonne Seine Saint Denis Val d'oise Paris 3 70 TOTAL L étude s est déroulée de la manière suivante : Mise au point du protocole de prélèvement et du plan d échantillonnage par le LRSFS Recueil et envoi des échantillons Transmission des données brutes au LRSFS pour analyse et interprétation des résultats

8 2. Résultats Sur les 632 amphibiens analysés, 9 se sont avérés positifs à la recherche de le Batrachochytrium dendrobatidis, et 8 douteux.

9 Département Site Code Site Seine et Marne 77 Espèce prospectée ENS Sorques Sorques 1 Bufo bufo 30 LECA - RN La Bassée Bassée 1 Bufo bufo 30 LECA - FD Villefermoy Villefermoy 1 Lissotriton helveticus 30 LECA - Aven du Grand Voyeux (AEV) Grand voyeux 1 30 MNHN Erratum : Jardin sauvage St-Vincent est remplacé par jardin naturel, rue de la réunion douteux, bruit de fond 1 / 2 Bordes et Chalonges Bordes 1 Lissotriton helveticus 30 LECA - FD Malvoisine Malvoisine 1 Lissotriton helveticus 30 LECA - Val de Marne 94 FD Notre Dame Notre Dame 1 Bufo bufo 30 LECA - FR Rosny Rosny 1 Bufo bufo et Rana dalmatina Oui LECA - Rambouillet1 1 Bufo bufo 30 LECA - Rambouillet 2 (La clage) 1 Bufo cufo 30 MNHN Yvelines 78 FD Rambouillet(3 sites) Rambouillet 2 (Etang 1 douteux, bruit de 1 Bufo bufo 30 MNHN des Vallées) fond 2 / 2 FD Marly Marly 0 ANNULE ANNULE ANNULE Pas de prélevements 4 positif et 1 Triturus cristatus, Lissotriton FD Verrières Verrières 1 32 MNHN douteux, bruit de Yvelines-Hauts de Seine 78- helveticus et Rana dalmatina fond 1 / douteux, bruit de FD Meudon Meudon 1 Lissotriton helveticus 30 MNHN fond 1 / 2 1 positif et 1 Misery Misery 1 Pelophylax ridibundus et Grenouille verte 30 MNHN douteux, bruit de fond 2 / 2 Essonne 91 Dourdan (crapauduc) Dourdan 0 ANNULE ANNULE ANNULE Pas de prélevements FD Sénart Sénart 1 Bufo bufo 30 - FD Angervilliers Angervillers 1 Lissotriton helveticus Oui MNHN 5 douteux, bruit de fond 1 / 2 Bondy Bondy 1 Salamandra salamandra 30 - Seine Saint Denis 93 Parc départemetnal Bufo calamita et Lissotriton Valbon 1 Georges valbon vulgaris 30 MNHN - Val d'oise 95 Bois de Morval Morval 1 Bufo bufo 20 MNHN analyses impossible Parc Floral de Paris (Bois de Vincennes) Vincennes 1 Bufo bufo et Rana temporaria 20 LECA - Paris 75 Jardin sauvage St- Vincent, Butte Montmartre, 18e Rivière Serpentine (Bois de Boulogne) Nombre de Sites Prélèvement Chytride Laboratoires Saint Vincent 1 Lissotriton vulgaris 20 LECA 4 positifs 2 et 2 Boulogne 1 Bufo bufo 30 LECA - Résultats et 8 douteux Conclusion Ce projet a permis de connaitre l état sanitaire des amphibiens de la région d Ile de France vis-à-vis du Batrachochytrium dendrobatidis et d instaurer/ justifier une veille sanitaire sur les sites prospectés et révélés positifs. Une réunion de travail est prévue avec des spécialistes en fin d année 2012 pour définir la marche à suivre avec les différents acteurs de la biodiversité. Une première idée de la prévalence constitue-t-elle une bonne base préventive car le risque est «objectivement» mesuré.

10 La sensibilité des espèces n est pas uniforme, certaines espèces meurent rapidement des suites de l infection et d autres peuvent survivre sans difficulté à une forte contamination. Ces espèces favorisent la propagation de la maladie et constituent des réservoirs. Ces réservoirs «asymptomatiques» sont très importants d un point de vue épidémiologique. Ayant maintenant connaissance de «positifs» dans la région Ile de France, cette notion de réservoirs doit être prise sérieusement en considération. La prise de conscience peut déjà par exemple passer par une éducation et sensibilisation spécifiques et ciblées. Les herpétologistes amateurs représentent des vecteurs potentiels de propagation de l agent pathogène. Pour éviter de transporter des zoospores d un étang à l autre, un protocole d hygiène après chaque visite d un étang serait justifié. Cette étude représente un exemple vertueux d une collaboration fructueuse, multidisciplinaire, multi-institutionnelle, alliant sympathie, cordialité et rigueur scientifique. Elle souligne clairement l intérêt que portent tous les partenaires à la conservation et la santé de leur environnement. Elle donne la base à des études ultérieures et à une conduite encore plus responsable. *Musée National d Histoire Naturelle ***Office National des Forêt C.Description des analyses demandées Du 1 er janvier 2012 au 31 juin 2012, le LRSFS a reçu 57 prélèvements pour des analyses de natures variées : 1. Types de prélèvements Les différents types de prélèvements 0% 3% 5% mamifères insectes 40% 50% oiseaux poissons amphibiens 2% autre prélèvements (fientes)

11 2. Espèces Durant ce semestre, les 23 espèces analysées se différencient de la manière suivante : Détail des espèces analysées au cours du premier semestre Pie vert Poules abeilles

12 3. Types d analyses D. Synthèse des résultats 1. Pathologies générales (hors études) Les différentes pathologies Traumatisme 18 infection 15 intoxication 2 parasitaire 11 mycose métabolique 1 1 Indéterminée 0

13 Maladies à déclaration obligatoire DDPP 2 cas déclarés DDPP77 (tularémie chez un lièvre et botulisme chez un cygne) 2. Principaux faits par département Demandeurs/ Nombre de Départements prélèvements Paris (75) 13 Mairie de Paris Museum Paris 10 2 Recherches /Causes de la mort Traumatisme : 1 renard (bois de Vincennes) et 2 canards (bois de Boulogne) ; 1 fouine (bois de Vincennes) ;1 hérisson (bois de Vincennes) ;1 cygne (bois de Vincennes) ; 1 oie (17 ème arrondissement) ; 1 oie bernache (bois de Vincennes) Echinoccocus : 1 renard positif (bois de Vincennes) Intoxication au Temik : 1 pie vert Pseudomonose : 1 xenopus tropicalis positif Chytridiomycose : 1 xenopus tropicalis positif Les Abeilles 1 Varroatose : abeilles positives Essonne (91) 12 CG91/ERZ 12 Seine et Marne (77) 31 FDC 77 (RESEAU SAGIR) DDPP Echinococcus multilocularis: 3 positifs à Lisse, La Norvile et Palaiseau Intoxication aux anti-coagulants : 1 faisan et 1 lièvre Tularémie : 1 lièvre Présence d échinocoques multiloculaires et une gale sarcoptique sur un renard Traumatisme : 6 lièvres (trichurose digestive en plus sur un sujet) et 1 perdrix grise Démodécie généralisée: 1 chevreuil Hémorragie interne: 1 lièvre (résultats toxicologie en cours) Yersiniose : 1 lièvre EBHS : 1 lièvre Botulisme et polyparasitisme : 1 cygne (RESEAU SAGIR) Insuffisance cardiopulmonaire : 1 cygne (stress important) FAUNA FILM PARTICULIERS Association de défense des cygnes Salmonellose : 1moineau Collibacilose : 1 moineau Yersiniose : 1 singe saïmiri Traumatisme : 1 vautour fauve Tuberculose : 2 poules domestiques Paramyxovirose : 2 pigeons Entérite nécrotique et septicémie : 1 canard de barbarie et 1canard mandarin Maladie de Marek : 1 poule naine Trombus cardiopulmonaire (énorme bouchon œsophagien) : 1cygne

14 3. Etudes réseau SAGIR 1 perdrix grise : étude PEGASE 2 lièvres: étude toxico-vigilance colza 4. Stagiaires 1 stagiaire en licence à Créteil, du 2 Avril au 31 Mai stagiaires en BTS ANABIOTEC Reims du 11 juin au 6 juillet 2012 II-Projets Projet de déménagement du LRSFS à l IRD de Bondy sur le département de la Seine Saint Denis La direction de l IRD a proposé d héberger définitivement le LRSFS à Bondy. Les locaux proposés nécessitent une réfection de l ensemble des pièces pour mettre en conformité le laboratoire en appliquant la réglementation de l arrêté du 16 juillet Le LRSFS apportera certainement à l IRD des connaissances indéniables en matière de Biologie vétérinaire et l IRD enrichira de par son savoir-faire le LRSFS dans le domaine de la biodiversité. Ce projet verra le jour grâce au soutien financier des partenaires mais aussi à la volonté du Conseil Général 93 pour accueillir sur son département le LRSFS. Répartition de l investissement pour les travaux à l IRD de Bondy Membres Taux de financement Région 50% Partenaires (CG91, CG93, IRD, ERZ) 30% LRSFS 20%

15 Les deux plans ci-dessous illustrent partiellement l état des locaux avant et après travaux. Etat des locaux avant travaux Locaux aménagés après travaux Salles prévues pour l aménagement des locaux : 1. Salle d autopsie 2. Laboratoire de bactériologie vétérinaire 3. Laboratoire de parasitologie et de mycologie 4. bureau pour collaborateurs et stagiaires 5. Bureau du directeur 6. Salle de réunion 7. SAS 8. Abri a)vestiaire b) Sortie de secours

16