Concept Paper: Quantification de Protéines Spécifiques par SRM/MRM Perspectives d Application et Limitations Actuelles

Dimension: px
Commencer à balayer dès la page:

Download "Concept Paper: Quantification de Protéines Spécifiques par SRM/MRM Perspectives d Application et Limitations Actuelles"

Transcription

1 Direction de l Evaluation des Médicaments Et des produits Biologiques Département de toxicologie Chef de département : D. Masset Secrétaire scientifique : A. Sanh Concept Paper: Quantification de Protéines Spécifiques par SRM/MRM Perspectives d Application et Limitations Actuelles Concept Paper, Version 1, 09 janvier 2012 Document préparé par le Groupe de Travail «Innovation non Clinique» Coordinateur de la Rédaction o P. LESCUYER Président o J.-R. CLAUDE Membres o L. DOMENJOUD o E. FATTAL o J. GUILLEMAIN o A. GUILLOUZO o S. LE CROM o A. LE PAPE o S. LERONDEL o P. LESCUYER o B. MAILLERE o F. MOREL o M. PALLARDY o C. PINEAU o T. RABILLOUD o R. RAHMANI Expert Invité o D. MARZIN Représentants de l Afssaps invités o D. ABDON o D. SAUVAIRE 1

2 Quantification de protéines spécifiques par SRM/MRM : perspectives d applications et limitations actuelles Version 1 1. Objet : La spectrométrie de masse est une technique essentielle pour l étude des protéines. De nombreuses méthodes de spectrométrie de masse ont été ainsi développées pour l identification et la quantification des protéines dans les milieux biologiques, pour la détermination de leur structure, pour la caractérisation des modifications post-traductionnelles, pour l étude des interactions entre protéines ou avec d autres types de molécules. Ces méthodes sont basées sur l utilisation d une grande variété de spectromètres de masse et de protocoles analytiques dont la description dépasse le champ de ce document [1, 2]. Dans ce domaine de l analyse protéomique, d importants progrès ont été réalisés au cours des dernières années : accès de nombreux laboratoires à une gamme de plus en plus large de spectromètres de masse très performants ; mise au point de méthodes d analyses sensibles et fiables pour l identification et la quantification des protéines ; et développement d outils bioinformatiques pour l analyse de données dont la taille est sans cesse croissante. Grâce à ces progrès, l analyse protéomique offre des perspectives nouvelles pour le décryptage de systèmes biologiques complexes, la compréhension de processus physiopathologiques et l identification et la validation de nouveaux biomarqueurs de pathologies [3-5]. Un signe de la maturité croissante des méthodes d analyse protéomique est le besoin d établir des recommandations et des guides de bonne pratique [6-8] (http://www.hupo.org/research/psi/). Dans ce contexte, le développement de méthodes de spectrométrie de masse de type «selected reaction monitoring» permettant de quantifier des protéines cibles de manière sensible et spécifique offre la perspective d utiliser l approche protéomique non plus pour les applications habituelles d analyse à large échelle mais pour la mesure de biomarqueurs spécifiques dans le cadre de procédures diagnostiques, pronostiques ou de suivi thérapeutique. De telles applications concernent la médecine de laboratoire mais aussi l industrie pharmaceutique pour le développement et l évaluation de nouveaux médicaments. L objet de ce document est de présenter ces méthodes de quantification de protéines cibles basées sur la 2

3 spectrométrie de masse, de discuter de leurs limites actuelles et donc de définir leur champ d application potentiel, en particulier comme alternative aux tests d immunoanalyse quantitatifs. Les méthodes de quantification de protéines par spectrométrie de masse offrent en effet l avantage de ne pas dépendre du développement d anticorps de haute affinité. Lorsque de tels anticorps sont indisponibles pour un biomarqueur donné, la mise au point d une méthode de quantification par spectrométrie de masse est généralement plus facile, plus rapide et d un coût moindre que pour un immunodosage de type ELISA. De plus, un spectromètre de masse constitue une plateforme analytique de grande polyvalence et qui permet en conséquence de réaliser très facilement des tests multiplex. Enfin, comparées aux tests d immunoanalyse, les méthodes SRM offrent aussi la possibilité de caractériser plus aisément de petites variations de structure des protéines telles que des mutations ponctuelles ou des modifications post-traductionnelles. 2. Quantification de protéines spécifiques par spectrométrie de masse : La méthode de «selected reaction monitoring» (SRM) ou «multiple reaction monitoring» (MRM) est une technique de spectrométrie de masse permettant de quantifier une ou plusieurs molécules cibles dans un échantillon biologique complexe. Les méthodes SRM sont depuis de nombreuses années des méthodes de référence pour l analyse quantitative des petites molécules, en particulier les médicaments et leurs métabolites. Avec le développement récent de spectromètres de masse capables de détecter de plus grandes molécules, cette technique devient applicable aux peptides et donc aux protéines après digestion enzymatique (typiquement par la trypsine) ou chimique. Ce type d analyse est classiquement effectué avec un spectromètre de masse de type «triple quadrupole» ou «Quadrupole-Trap» couplé à un système de chromatographie liquide haute performance (HPLC). Un spectromètre de masse mesure le rapport masse/charge (m/z) de molécules ionisées. Dans le cas des méthodes SRM, l analyse inclut deux étapes de sélection d ions de m/z prédéfinis. Lors de la première étape, un ion précurseur de m/z prédéfini est sélectionné dans le premier quadrupole de l instrument Cet ion est ensuite fragmenté dans le second quadrupole par collision avec un gaz. Enfin, un fragment spécifique de l ion précurseur, de m/z prédéfini, est sélectionné dans le troisième quadrupole (Figure 1). C est l intensité du signal généré par ce fragment qui est utilisée pour la quantification de la molécule analysée. 3

4 Figure 1 : principe de l analyse SRM La spécificité analytique de la méthode SRM est conférée par la combinaison de la valeur de m/z de la molécule à doser (précurseur) et de la valeur de m/z du fragment. L ensemble de ces deux paramètres, censés être spécifiques de la molécule à doser, est appelé une transition. Ces valeurs doivent être définies avant l analyse et sont utilisées pour paramétrer le spectromètre de masse. Le choix des transitions pour une protéine cible peut être effectué à l aide de logiciels dédiés [9, 10] ou en utilisant des bases de données mises à disposition de la communauté scientifique (http://www.srmatlas.org/). Pour l analyse des protéines, l analyse de plusieurs transitions, correspondants à différents peptides de la même protéine, permet d augmenter la spécificité analytique. De plus, l utilisation d une étape de séparation chromatographique en amont de l analyseur permet d améliorer la sensibilité analytique de la méthode en décompléxifiant le mélange peptidique mais également d augmenter la spécificité pour un peptide donné en ajoutant le temps de rétention chromatographique comme paramètre de sélection. La concentration absolue d une protéine peut être mesurée en utilisant un standard interne marqué avec un isotope lourd [11]. Au rebours des méthodes classiques de protéomique, où le spectromètre de masse est programmé pour analyser le plus grand nombre possible de peptides, les méthodes SRM utilisent donc le spectromètre de masse comme un filtre, avec des valeurs préprogrammées qui, combinées à d autres valeurs connues comme le temps de rétention chromatographique, permettent d identifier et de quantifier de 4

5 façon univoque un peptide donné (et donc par inférence une protéine donnée) dans un mélange complexe. 3. Perspectives d applications : L intérêt des méthodes SRM pour l analyse quantitative de biomarqueurs protéiques est qu elles représentent une alternative potentielle aux méthodes d'immunoanalyse classiques, en combinant spécificité analytique et fiabilité de la mesure de la concentration [12]. De plus, elles offrent l avantage par rapport aux méthodes d'immunoanalyse classiques de pouvoir réaliser très facilement, grâce à la séparation chromatographique, une batterie de tests sur le même instrument lors d un même processus analytique (analyse multiplex) [13]. Cette perspective d analyse multiplex est particulièrement intéressante pour le suivi de biomarqueurs représentant différents critères d évaluation (pharmacocinétiques, pharmacologiques ou toxicologiques) d un médicament Mesure de protéines par SRM dans les liquides biologiques : Plusieurs études ont démontré qu il était possible de quantifier des protéines d intérêt clinique présentes dans le plasma à des concentrations de l ordre du gramme au microgramme par litre avec des méthodes combinant digestion tryptique, HPLC et SRM et en utilisant des peptides standards marqués avec un isotope lourd, [11, 14-16]. Il faut noter que la majorité de ces protocoles inclut une étape d immunodéplétion visant à éliminer les protéines majoritaires du sérum. Un exemple typique de ce type d approches est le dosage de biomarqueurs de souffrance cardiaque, comme le NT-proBNP, la troponine I et la troponine T, dans le plasma humain [17]. Pour atteindre une sensibilité supérieure et pouvoir mesurer des concentrations de protéines de l ordre du nanogramme par litre, il est nécessaire de rajouter une étape d enrichissement des peptides cibles par immunoaffinité avant l analyse par LC-MS/MS [18, 19]. De telles méthodes, combinant immunoenrichissement des peptides et SRM, ont été développées pour différentes protéines classiquement mesurées par immunodosage dans les laboratoires médicaux : la troponine I [20], l antigène spécifique de la prostate (PSA), un biomarqueur de l inflammation et du cancer de la prostate [21], ou la thyroglobuline utilisée pour le suivi des cancers de la thyroïde [22]. Des travaux récents, combinant immunocapture 5

6 de peptides et analyse SRM pour la quantification de la parathormone (PTH) intacte et de certains de ses produits de clivage, ont montré que ce type de techniques pouvait approcher le niveau de performance analytique des immunodosages utilisés en routine par les laboratoires d analyses médicales [23, 24]. Il faut toutefois noter, qu à ce jour, le seul exemple de méthode SRM réellement développée et validée dans une perspective d application en routine pour la médecine de laboratoire concerne des protéines présentes dans le plasma à des concentrations de l ordre du gramme par litre, les apolipoprotéines A1 et B [25]. De nombreuses applications de ces méthodes SRM sont susceptibles d intéresser la recherche biomédicale et l industrie pharmaceutique. La première est la mesure de biomarqueurs sanguins dans le cadre d études cliniques chez l homme pour suivre l évolution d une pathologie ou évaluer l efficacité d un médicament. Bien entendu, la même chose est applicable chez l animal pour des études pharmacocinétiques, pharmacologiques ou toxicologiques. Des méthodes SRM ont ainsi été décrites pour doser dans le sérum de rat le propeptide N-terminal du procollagène de type I (P1NP), un biomarqueur de la formation osseuse [26], ou la myosin light chain 1, un biomarqueur de nécrose cardiaque [27]. Les méthodes SRM peuvent aussi être utilisées dans les processus de découverte de biomarqueurs car elles représentent une alternative intéressante aux immunoessais pour la vérification et la sélection des protéines candidates [28]. En effet, même si les dosages SRM n atteignent pas encore la robustesse des méthodes d immunoanalyse (voir section 4), le développement d un test SRM pour le criblage initial d une protéine candidate est nettement plus simple et plus rapide que le développement d un test d immunoanalyse. Un autre avantage apporté notamment par l utilisation de la spectrométrie de masse est la possibilité d analyser dans le même test plusieurs variants d une même protéine [29]. Enfin, ce type de méthode peut aussi être utilisé pour la mesure de protéines thérapeutiques comme l érythropoïétine [30] Mesure de protéines par SRM dans les tissus : L analyse SRM peut être réalisée sans problème sur des extraits cellulaires ou tissulaires. De nombreux travaux ont été publiés décrivant la mesure de protéines spécifiques [31-33] ou ciblant des modifications post-traductionnelles [34]. Cette approche a aussi été appliquée à des cellules collectées par microdissection laser de coupe de tissus congelés [35]. 6

7 Un nouveau champ d applications des méthodes SRM a récemment été ouvert par le développement de protocoles permettant de réaliser des analyses protéomiques à partir de tissus fixés au formaldéhyde et enrobés de paraffine (FFPE-«Formaldehyde fixed and paraffin embedded») [36, 37]. En effet, ceci offre la possibilité de réaliser des mesures quantitatives de protéines par spectrométrie de masse dans de vastes collections de tissus conservés dans les hôpitaux du monde entier. L intérêt majeur étant que ces prélèvements sont généralement associés à des registres cliniques détaillés sur l histoire médicale du patient (résultats d examens cliniques et biologiques, traitements reçus, effets secondaires éventuels, etc). Le dosage de protéines tissulaires par SRM dans des tissus FFPE ouvre donc de nombreuses perspectives pour l étude de processus pathophysiologiques ou des réponses cellulaires à un traitement donné [37-39]. 4. Limitations à considérer pour la quantification de protéines par SRM : La perspective d application de méthodes de dosage des protéines par SRM pour évaluer les effets thérapeutique ou toxiques de médicaments, dans le cadre d études cliniques ou sur des modèles animaux, impose d évaluer précisément et objectivement les limitations actuelles de ces méthodes. Ceci est d autant plus important qu au delà des démonstrations technologiques, le recul en terme d applications est encore faible. 4.1 Facteurs préanalytiques : Un premier point crucial concerne la capacité à identifier et à contrôler les facteurs préanalytiques : conditions de prélèvement, de préparation, de transport et de stockage des échantillons biologiques [40]. Cette question n est pas spécifique aux méthodes SRM mais elle est particulièrement difficile à résoudre dans le contexte des méthodes protéomiques du fait de la complexité des protocoles analytiques et de la mesure simultanée de multiples analytes [41, 42]. Deux facteurs préanalytiques sont particulièrement critiques pour les analyses SRM : l étape de digestion par la trypsine et la possible dégradation par des protéases endogènes des peptides à analyser et/ou des peptides marqués utilisés comme standards [44-46]. Le rendement de la digestion tryptique peut en effet être fortement influencé par la présence d agents dénaturants, de solvants, la température de la réaction ou la durée de la digestion [43]. Le problème est que les conditions optimales de digestion 7

8 peuvent être très différentes selon les protéines mais aussi pour différents peptides d une même protéine [25, 43]. De plus, pour des conditions de digestion fixées, le rendement de production d un peptide peut varier entre des échantillons de plasma provenant de différents patients [25]. De la même manière, il a été montré que les peptides générés par digestion tryptique ou introduits comme standards internes peuvent être dégradés avant l analyse MS et que la sensibilité à l action des peptidases endogènes varie selon les peptides [44-46]. De plus, comme pour la digestion à la trypsine, l importance de ce phénomène peut être très variable entre les échantillons de différents patients [45]. Lors du développement d un test SRM, il est donc indispensable d évaluer ces deux paramètres et de les prendre en compte dans le choix des peptides cibles. Il est à noter que des procédures visant à maitriser les facteurs préanalytiques en protéomique ont été proposées [47, 48] mais il est très difficile, sinon impossible, d arriver à une parfaite standardisation des procédures de collecte, de transport et de stockage des échantillons biologiques, notamment dans le contexte d études cliniques sur des patients. 4.2 Complexité des protocoles analytiques : La seconde problématique est liée à la grande complexité de la plupart des méthodes de dosage de protéines par SRM. En effet, les étapes de préparation de l échantillon protéique, avant de commencer l analyse sur le spectromètre de masse, incluent notamment la déplétion de protéines plasmatiques très abondantes, l enrichissement par immunoaffinité des peptides cibles, des méthodes de fractionnement des mélanges protéiques et/ou peptidiques pour diminuer leur complexité et la digestion des protéines par la trypsine ou d autres enzymes protéolytiques. Cette complexité peut être une source majeure de variabilité analytique. De plus, la plupart des protocoles utilisent des systèmes HPLC nanoflow ( 1 µl/min) pour améliorer la sensibilité de l analyse. Malheureusement, ce type de systèmes, de par leur robustesse limitée et leur complexité de mise en œuvre, n est pas vraiment adapté à une utilisation en routine dans un laboratoire de production sur de grandes séries d échantillons. La fiabilité étant un élément essentiel dans ce type d applications, le développement de méthodes SRM basées sur des systèmes HPLC conventionnels (débit 400 µl/min) est préférable [25, 49]. Ces questions sont très importantes car la réalisation d études cliniques pour l évaluation d un produit thérapeutique impose de garantir la reproductibilité des résultats sur une longue 8

9 période. La fiabilité, la stabilité et la reproductibilité de la méthode analytique, incluant la préparation de l échantillon, les étapes de fractionnement, l analyse MS et l analyse bioinformatique, doivent donc être garanties. Plus généralement, cette complexité, avec la variabilité analytique qui peut en découler, est un obstacle à la standardisation et à la transférabilité des méthodes entre laboratoires. Sur ce plan, l analyse protéomique est encore très loin des standards de la médecine de laboratoire qui impliquent le développement de méthodes de référence, la standardisation des résultats et l utilisation de programmes nationaux et internationaux de contrôle de qualité externe pour évaluer la fiabilité des procédures analytiques [50]. L utilisation de méthodes d analyse protéomique, dont la SRM, pour la mesure de biomarqueurs lors d études cliniques ou dans le cadre du développement de nouveaux médicaments nécessite encore de progresser dans ce domaine [51]. Différentes initiatives ont été lancées récemment pour évaluer la reproductibilité inter-laboratoires de méthodes d analyse protéomique par spectrométrie de masse mais certains des résultats obtenus soulignent la difficulté de la tâche [52-55]. Un parfait exemple est l évaluation de la reproductibilité inter-laboratoires de dosages de protéines dans le plasma par SRM [53]. Les résultats de cette étude montrent en effet que l imprécision de l analyse SRM est directement liée à la complexité du processus analytique. Les coefficients de variation inter-laboratoires obtenus dans cette étude pour les différentes protéines analysées sont corrects quand l analyse LC-MS/MS est la seule source de variabilité : 8-14% à 46 nmol/l et 6-13% à 2.9 nmol/l, près de la limite de détection. Par contre, lorsque l ensemble du processus de préparation de l échantillon, y compris la digestion par la trypsine, est réalisé par différents laboratoires, ces coefficients de variation montent à des valeurs qui ne sont pas acceptables pour des études cliniques : 20-39% à 46 nmol/l et 22-60% à 2.9 nmol/l, près de la limite de détection [56]. 4.3 Analyse LC-MS/MS : Enfin, certaines limitations de l analyse des protéines par SRM sont inhérentes aux méthodes LC-MS/MS elles-mêmes [57]. Certains auteurs ont également pointé plusieurs facteurs, tels que l inexactitude de mesure des instruments MS et la complexité des échantillons protéiques, qui peuvent potentiellement affecter la spécificité analytique des méthodes SRM [58, 59]. Ces problèmes peuvent être sous- 9

10 estimés lors du développement et de l évaluation de la méthode sur de petites séries d échantillons sélectionnés et la question est de savoir quel niveau de sensibilité et de spécificité analytique peut être obtenu quand ce type de méthodes est appliqué en routine, dans la durée, sur des échantillons biologiques complexes humains ou animaux. 5. Conclusions : L intérêt des méthodes SRM/MRM pour la quantification de protéines spécifiques a été démontré par le développement de nombreux protocoles permettant le dosage de biomarqueurs dans les liquides biologiques ou les tissus. Cependant, l évaluation de ces processus analytiques complexes dans le contexte d études cliniques reste à faire. En effet, la maturité apparaît encore insuffisante pour pouvoir concurrencer les tests d immunoanalyse traditionnels dans le cadre d une utilisation en routine sur de très grandes séries d échantillons. Du fait de leurs limitations actuelles, l application de choix de ces techniques est probablement la sélection initiale de biomarqueurs protéiques issus d expériences «omics» [60]. Il s agit dans ce cas de vérifier les données d expression d un grand nombre de protéines, sur un nombre relativement limité d échantillons ( ). Les limitations en terme de robustesse et de standardisation sont alors moins critiques. Pour ce type d applications, l analyse SRM peut, de plus, être combinée avec des méthodes d immunocapture utilisant des anticorps d affinité moyenne, et donc relativement aisés à obtenir, pour améliorer la sensibilité analytique [60]. D autre part, les méthodes SRM/MRM permettent, plus facilement que les tests d immunoanalyse, l analyse de petites variations de structure des protéines de type mutations ponctuelles ou modifications post-traductionnelles. Elles ouvrent ainsi la porte à l investigation de nouveaux types de biomarqueurs protéiques [61-63]. Mais quelque soit l application considérée, il est indispensable lors de développement de nouveaux dosages de protéines par SRM de prendre en compte l ensemble des paramètres pouvant influencer la précision et l exactitude de la méthode et de réaliser toutes les validations analytiques nécessaires. 10

11 6. Références : 1. Aebersold R, Mann M. (2003) Mass spectrometry-based proteomics. Nature. 422, Domon B, Aebersold R. (2006) Mass spectrometry and protein analysis. Science. 312, Choudhary, C. et al. (2009) Lysine acetylation targets protein complexes and co-regulates major cellular functions. Science. 325, Picotti, P. et al. (2009) Full dynamic range proteome analysis of S. cerevisiae by targeted proteomics. Cell. 138, Hanash, S.M. et al. (2008) Mining the plasma proteome for cancer biomarkers. Nature. 452, Taylor, C.F. et al. (2008) Guidelines for reporting the use of mass spectrometry in proteomics. Nat. Biotechnol. 26, Binz, P.A. et al. (2008) Guidelines for reporting the use of mass spectrometry informatics in proteomics. Nat. Biotechnol. 26, Gibson, F. et al. (2008) Guidelines for reporting the use of gel electrophoresis in proteomics. Nat. Biotechnol. 26, Abbatiello SE et al. (2010) Automated detection of inaccurate and imprecise transitions in peptide quantification by multiple reaction monitoring mass spectrometry. Clin Chem. 56, Brusniak MY et al. (2011) ATAQS: A computational software tool for high throughput transition optimization and validation for selected reaction monitoring mass spectrometry. BMC Bioinformatics 18, 12: Anderson, L. and Hunter, C.L. (2006) Quantitative Mass Spectrometric Multiple Reaction Monitoring Assays for Major Plasma Proteins. Mol. Cell. Proteomics. 5, Kitteringham, N.R. et al. (2009) Multiple reaction monitoring for quantitative biomarker analysis in proteomics and metabolomics. J. Chromatogr. B Analyt. Technol. Biomed. Life Sci. 877, Rezeli M et al. (2011) MRM assay for quantitation of complement components in human blood plasma - a feasibility study on multiple sclerosis. J Proteomics. [Epub ahead of print]. PMID:

12 14. Keshishian, H. et al. (2007) Quantitative, multiplexed assays for low abundance proteins in plasma by targeted mass spectrometry and stable isotope dilution. Mol. Cell. Proteomics. 6, Kuzyk, M.A. et al. (2009) Multiple Reaction Monitoring-based, Multiplexed, Absolute Quantitation of 45 Proteins in Human Plasma. Mol. Cell. Proteomics. 8, Xuereb F. et al. (2011) Quantitative analysis of erythropoietin in human plasma by tandem mass spectrometry. Anal Bioanal Chem. 400, Keshishian, H. et al. (2009) Quantification of Cardiovascular Biomarkers in Patient Plasma by Targeted Mass Spectrometry and Stable Isotope Dilution. Mol. Cell. Proteomics. 8, Ackermann BL, Berna MJ. (2007) Coupling immunoaffinity techniques with MS for quantitative analysis of low-abundance protein biomarkers. Expert Rev Proteomics 4, Whiteaker JR et al. (2010) An automated and multiplexed method for high throughput peptide immunoaffinity enrichment and multiple reaction monitoring mass spectrometry-based quantification of protein biomarkers. Mol Cell Proteomics 9, Kuhn E et al. (2008) Developing multiplexed assays for troponin I and interleukin-33 in plasma by peptide immunoaffinity enrichment and targeted mass spectrometry. Clin Chem. 55, Kulasingam, V. et al. (2008) "Product ion monitoring" assay for prostatespecific antigen in serum using a linear ion-trap. J. Proteome Res. 7, Hoofnagle AN et al. (2008) Quantification of thyroglobulin, a low-abundance serum protein, by immunoaffinity peptide enrichment and tandem mass spectrometry. Clin Chem. 54, Lopez, M.F. et al. (2010) Selected reaction monitoring-mass spectrometric immunoassay responsive to parathyroid hormone and related variants. Clin. Chem. 56, Kumar, V. et al. (2010) Quantification of serum 1-84 parathyroid hormone in patients with hyperparathyroidism by immunocapture in situ digestion liquid chromatography-tandem mass spectrometry. Clin. Chem. 56,

13 25. Agger SA et al. (2010) Simultaneous quantification of apolipoprotein A-I and apolipoprotein B by liquid-chromatography-multiple- reaction-monitoring mass spectrometry. Clin Chem. 56, Han, B. et al. (2007) Development of a highly sensitive, high-throughput, mass spectrometry-based assay for rat procollagen type-i N-terminal propeptide (PINP) to measure bone formation activity. J. Proteome Res. 6, Berna MJ et al. (2007) Strategic use of immunoprecipitation and LC/MS/MS for trace-level protein quantification: myosin light chain 1, a biomarker of cardiac necrosis. Anal Chem. 79, Lopez MF et al. (2011) Mass spectrometric discovery and selective reaction monitoring (SRM) of putative protein biomarker candidates in first trimester Trisomy 21 maternal serum. J Proteome Res , Chen Y et al. (2011) Simultaneous phenotyping and quantification of α-1- antitrypsin by liquid chromatography-tandem mass spectrometry. Clin Chem. 57, Fortin T. et al. (2009) Multiple reaction monitoring cubed for protein quantification at the low nanogram/milliliter level in nondepleted human serum. Anal Chem. 81, Whiteaker JR et al. (2007) Integrated pipeline for mass spectrometry-based discovery and confirmation of biomarkers demonstrated in a mouse model of breast cancer. J Proteome Res. 6, DeSouza LV et al. (2009) Absolute quantification of potential cancer markers in clinical tissue homogenates using multiple reaction monitoring on a hybrid triple quadrupole/linear ion trap tandem mass spectrometer. Anal Chem. 81, Jiang H et al. (2010) Targeted quantitation of overexpressed and endogenous cystic fibrosis transmembrane conductance regulator using multiple reaction monitoring tandem mass spectrometry and oxygen stable isotope dilution. Anal Chem. 82, Held JM et al. (2010) Targeted quantitation of site-specific cysteine oxidation in endogenous proteins using a differential alkylation and multiple reaction monitoring mass spectrometry approach. Mol Cell Proteomics. 9, Chen Y et al. (2010) Quantification of beta-catenin signaling components in colon cancer cell lines, tissue sections, and microdissected tumor cells using reaction monitoring mass spectrometry. J Proteome Res. 6,

14 36. Kawamura T et al. (2010) Proteomic analysis of laser-microdissected paraffinembedded tissues: (1) Stage-related protein candidates upon non-metastatic lung adenocarcinoma. J Proteomics. 73, Nishimura T et al. (2010) Proteomic analysis of laser-microdissected paraffinembedded tissues: (2) MRM assay for stage-related proteins upon non-metastatic lung adenocarcinoma. J Proteomics. 73, DeSouza LV et al. (2010) mtraq-based quantification of potential endometrial carcinoma biomarkers from archived formalin-fixed paraffin-embedded tissues. Proteomics. 10, Güzel C et al. (2011) Multiple reaction monitoring assay for pre-eclampsia related calcyclin peptides in formalin fixed paraffin embedded placenta. J Proteome Res , Guder, W.G. (1999) Preanalytical factors and their influence on analytical quality specifications. Scand. J. Clin. Lab. Invest. 59, Rai, A.J. and Vitzthum, F. (2006) Effects of preanalytical variables on peptide and protein measurements in human serum and plasma: implications for clinical proteomics. Expert Rev. Proteomics. 3, Pieragostino, D. et al. (2010) Pre-analytical factors in clinical proteomics investigations: Impact of ex vivo protein modifications for multiple sclerosis biomarker discovery. J. Proteomics. 73, Proc JL et al. (2010) A quantitative study of the effects of chaotropic agents, surfactants, and solvents on the digestion efficiency of human plasma proteins by trypsin. J Proteome Res , Yi J et al. (2008) Intrinsic peptidase activity causes a sequential multi-step reaction (SMSR) in digestion of human plasma peptides. J Proteome Res. 7, Bystrom CE et al. (2010) Plasma renin activity by LC-MS/MS: development of a prototypical clinical assay reveals a subpopulation of human plasma samples with substantial peptidase activity. Clin Chem. 56, Hoofnagle AN (2010) Peptide lost and found: internal standards and the mass spectrometric quantification of peptides. Clin Chem. 56, Tuck, M.K. et al. (2009) Standard operating procedures for serum and plasma collection: early detection research network consensus statement standard operating procedure integration working group. J. Proteome Res. 8,

15 48. Randall SA et al. (2010) Evaluation of blood collection tubes using selected reaction monitoring MS: implications for proteomic biomarker studies. Proteomics 10, Fortin T. et al. (2009) Clinical quantitation of prostate-specific antigen biomarker in the low nanogram/milliliter range by conventional bore liquid chromatography-tandem mass spectrometry (multiple reaction monitoring) coupling and correlation with ELISA tests. Mol Cell Proteomics 8, Vesper, H.W. and Thienpont, L.M. (2009) Traceability in laboratory medicine. Clin. Chem. 55, Apweiler, R. et al. (2009) Approaching clinical proteomics: current state and future fields of application in fluid proteomics. Clin. Chem. Lab. Med. 47, Bell, A.W. et al. (2009) A HUPO test sample study reveals common problems in mass spectrometry-based proteomics. Nat. Methods. 6, Addona, T.A. et al. (2009) Multi-site assessment of the precision and reproducibility of multiple reaction monitoring-based measurements of proteins in plasma. Nat. Biotechnol. 27, Paulovich, A.G. et al. (2010). A CPTAC inter-laboratory study characterizing a yeast performance standard for benchmarking LC-MS Platform performance. Mol. Cell. Proteomics. 9, Prakash A et al. (2010) Platform for establishing interlaboratory reproducibility of selected reaction monitoring-based mass spectrometry peptide assays. J Proteome Res. 9, Hoofnagle, A.N. (2010) Quantitative clinical proteomics by liquid chromatography-tandem mass spectrometry : assessing the plateform. Clin. Chem. 56, Vogeser M, Seger C. (2010) Pitfalls associated with the use of liquid chromatography-tandem mass spectrometry in the clinical laboratory. Clin Chem , Sherman, J. et al. (2009) How specific is my SRM?: The issue of precursor and product ion redundancy. Proteomics 9, Duncan, M.W. et al. (2009) Quantifying proteins by mass spectrometry: The selectivity of SRM is only part of the problem. Proteomics 9, Carr SA, Anderson NL. (2008) Protein quantitation through targeted mass spectrometry: the way out of biomarker purgatory? Clin Chem. 54,

16 61. Daniel YA et al. (2005) Rapid and specific detection of clinically significant haemoglobinopathies using electrospray mass spectrometry-mass spectrometry. Br J Haematol. 130, Chen Y et al. (2011) Simultaneous phenotyping and quantification of α-1- antitrypsin by liquid chromatography-tandem mass spectrometry. Clin Chem. 57, Li Y et al. (2011) Simultaneous analysis of glycosylated and sialylated prostate-specific antigen revealing differential distribution of glycosylated prostatespecific antigen isoforms in prostate cancer tissues. Anal Chem. 83,

Spectrométrie de masse Introduction Intérêts de la Spectrométrie de masse :

Spectrométrie de masse Introduction Intérêts de la Spectrométrie de masse : Spectrométrie de masse Introduction Intérêts de la Spectrométrie de masse : Sensibilité, limite de détection faible ( fento mole dans certaines conditions ) Variétés des applications : analyses chimiques

Plus en détail

SPECTROMETRIE DE MASSE et HORMONOLOGIE : Le futur des immunodosages?

SPECTROMETRIE DE MASSE et HORMONOLOGIE : Le futur des immunodosages? 30 e colloque ACORATA 15 mai 2014 SPECTROMETRIE DE MASSE et HORMONOLOGIE : Le futur des immunodosages? Diane Dufour Pr Guilloteau, Dr Collet, Pr Emond Laboratoire Médecine Nucléaire In-Vitro CHRU Tours

Plus en détail

Importance du développement des biomarqueurs par un industriel

Importance du développement des biomarqueurs par un industriel Importance du développement des biomarqueurs par un industriel Dr Frédéric Eberlé, responsable médical Roche Diagnostics France Marseille, 27 mars 2015 Terminologie Biomarqueurs, Tests de diagnostic, Tests-compagnons

Plus en détail

TSSIBS - Immunoanalyse. Immunoanalyse

TSSIBS - Immunoanalyse. Immunoanalyse Jeudi 14 Novembre RANDHAWA Sunny L2 TSSIBS Docteur DESPLAT-JEGO Sophie 6 pages Immunoanalyse Plan: A. Définition de l'immunoanalyse I. Critères de choix II. Caractéristiques communes B. Exemples de techniques

Plus en détail

PLATE-FORME ANALYSE STRUCTURALE Prestations générales

PLATE-FORME ANALYSE STRUCTURALE Prestations générales PLATE-FORME ANALYSE STRUCTURALE Prestations générales Structuralis est agréé Crédit Impôt Recherche pour l ensemble des prestations décrites. 1-Prestations RMN Les prestations ci-après sont considérées

Plus en détail

Fiabiliser les résultats [PROGRAMME] et dans les fours Méthodes de séparation. Préparation de l échantillon. [COORDINATEUR] Pr. R.

Fiabiliser les résultats [PROGRAMME] et dans les fours Méthodes de séparation. Préparation de l échantillon. [COORDINATEUR] Pr. R. 60 ÉCOLE EUROPÉENNE DES SCIENCES ANALYTIQUES Connaissances de base en chimie sur l atome et la lumière 4 jours Être capable de choisir la technique appropriée Fiabiliser les résultats Définitions en absorption

Plus en détail

Annales du Contrôle National de Qualité des Analyses de Biologie Médicale

Annales du Contrôle National de Qualité des Analyses de Biologie Médicale Annales du Contrôle National de Qualité des Analyses de Biologie Médicale Plombémie Plombémie 07PLO1 ; 07PLO2 ; 07PLO3 et 07PLO4 2007 Edition : décembre 2008 Afssaps -143/147, Bd Anatole France F-93285

Plus en détail

INSTITUT NATIONAL DE SANTÉ PUBLIQUE DU QUÉBEC RAPPORT. Comparaison des limites de détection déterminées par répétabilité et par reproductibilité

INSTITUT NATIONAL DE SANTÉ PUBLIQUE DU QUÉBEC RAPPORT. Comparaison des limites de détection déterminées par répétabilité et par reproductibilité INSTITUT NATIONAL DE SANTÉ PUBLIQUE DU QUÉBEC RAPPORT Comparaison des limites de détection déterminées par et par AUTEUR Mario Marchand, coordonnateur qualité Direction de la santé environnementale et

Plus en détail

La métabolomique par spectrométrie de masse et imagerie in situ

La métabolomique par spectrométrie de masse et imagerie in situ La métabolomique par spectrométrie de masse et imagerie in situ Dimitri Heintz Dimitri.heintz@ibmp-cnrs.unistra.fr AE2BM 13 septembre 2013 1 Activité Institut de botanique Chromatographie Spectrométrie

Plus en détail

Le programme Anticorps Thérapeutiques. Nicolas GROUX

Le programme Anticorps Thérapeutiques. Nicolas GROUX Le programme Anticorps Thérapeutiques Nicolas GROUX Emergence du projet Historique : Journées collaboratives 2009 Constat : les Anticorps monoclonaux (mabs) représentent une partie de plus en plus importante

Plus en détail

Les techniques de préparation des coupes pour les microscopies optique et électronique

Les techniques de préparation des coupes pour les microscopies optique et électronique Université Mohammed V-Agdal Faculté des Sciences de Rabat Laboratoire de Zoologie et de Biologie générale Les techniques de préparation des coupes pour les microscopies optique et électronique Histologie-Embryologie

Plus en détail

Kit d extraction PicoPure DNA

Kit d extraction PicoPure DNA Directement à la PCR Le kit PicoPure DNA permet une extraction simple et rapide de l ADN génomique prêt à l utilisation en PCR. Extraire et amplifier l ADN dans le même tube, sans phase d extraction organique

Plus en détail

Acquisition et installation d un couplage chromatographie liquide haute pression et simple spectrométrie de masse

Acquisition et installation d un couplage chromatographie liquide haute pression et simple spectrométrie de masse DOSSIER D APPELS D OFFRES Acquisition et installation d un couplage chromatographie liquide haute pression et simple spectrométrie de masse Laboratoire Biomolécules et Biotechnologies Végétales Faculté

Plus en détail

L'analyse protéomique et les sciences -omiques: des données massives à interpréter et sauvegarder

L'analyse protéomique et les sciences -omiques: des données massives à interpréter et sauvegarder L'analyse protéomique et les sciences -omiques: des données massives à interpréter et sauvegarder Christine CARAPITO, Alexandre BUREL, Patrick GUTERL, Alexandre WALTER, Jérôme PANSANEL, Fabrice VARRIER,

Plus en détail

Surveillance des nouvelles molécules de pesticides dans les eaux du département des Côtes d Armor

Surveillance des nouvelles molécules de pesticides dans les eaux du département des Côtes d Armor Surveillance des nouvelles molécules de pesticides dans les eaux du département des Côtes d Armor Laboratoire de Développement et d Analyses de Côtes d Armor LDA22 C.Prodhomme 19 mars 2008 WWW.LDA22.com

Plus en détail

Les outils non génétiques de diagnostic pour les Maladies Rares

Les outils non génétiques de diagnostic pour les Maladies Rares Les outils non génétiques de diagnostic pour les Maladies Rares Roseline Froissart Laboratoire des Maladies Héréditaires du Métabolisme et Dépistage Néonatal Centre de Biologie Est Hospices Civils de Lyon

Plus en détail

Examen Méthodes spectroscopiques 2

Examen Méthodes spectroscopiques 2 16 décembre 2010 Examen Méthodes spectroscopiques 2 Durée 2 h Calculatrice et tables spectroscopiques (fournies en début d année) autorisées Exercice 1 (3 pts 10min) Il est possible de doser simultanément

Plus en détail

Spectrométrie de Masse

Spectrométrie de Masse Spectrométrie de Masse ENCPB, 2012 1 Repères historiques 1910 : J.J. THOMSON mesure des abondances isotopiques du néon 20 et 22 (gaz). (Prix Nobel en 1906) 1938 : Premier spectre de masse d'une molécule

Plus en détail

TISSUE MICROARRAYS (PUCES TISSULAIRES) Dr Gaëlle Fromont CHU Poitiers

TISSUE MICROARRAYS (PUCES TISSULAIRES) Dr Gaëlle Fromont CHU Poitiers TISSUE MICROARRAYS (PUCES TISSULAIRES) Dr Gaëlle Fromont CHU Poitiers Principe Construction Techniques réalisables sur TMA Analyse des résultats: lecture Interprétation - Intégration des résultats Intérêts

Plus en détail

Biologie cellulaire. Perfectionnement à la culture cellulaire. Programme. ParTIe PraTIQUe. ParTIe THÉorIQUe. durée : 4 jours

Biologie cellulaire. Perfectionnement à la culture cellulaire. Programme. ParTIe PraTIQUe. ParTIe THÉorIQUe. durée : 4 jours Biologie cellulaire Perfectionnement à la culture cellulaire durée : 4 jours ingénieurs, chercheurs et chefs de projet connaissances de base en culture cellulaire ou validation du module «initiation à

Plus en détail

Plan du cours. 1. Généralités sur l analyse chimique. 2. Préparation de l échantillon. 3. Analyse des métaux. 4. Analyse des polluants inorganiques

Plan du cours. 1. Généralités sur l analyse chimique. 2. Préparation de l échantillon. 3. Analyse des métaux. 4. Analyse des polluants inorganiques Plan du cours 1. Généralités sur l analyse chimique 2. Préparation de l échantillon 3. Analyse des métaux 4. Analyse des polluants inorganiques 5. Analyse des polluants organiques 6. Assurance qualité

Plus en détail

2D-Differential Differential Gel Electrophoresis & Applications en neurosciences

2D-Differential Differential Gel Electrophoresis & Applications en neurosciences 2D-Differential Differential Gel Electrophoresis & Applications en neurosciences Jean-Etienne Poirrier Centre de Neurobiologie Cellulaire et Moléculaire Centre de Recherches du Cyclotron Université de

Plus en détail

Laurent DUHAU Sanofi R&D

Laurent DUHAU Sanofi R&D Laurent DUHAU Sanofi R&D 2 avril 2014 Immunoconjugués Une nouvelle classe de médicaments en pleine expansion dans le domaine de l oncologie Etudes cliniques en cours en 2011/2013 Immunoconjugué: structure

Plus en détail

Les méthodes alternatives de surveillance de la qualité des eaux. Présentation du projet SWIFT-WFD

Les méthodes alternatives de surveillance de la qualité des eaux. Présentation du projet SWIFT-WFD Les méthodes alternatives de surveillance de la qualité des eaux Ce rapport présente le projet européen SWIFT-WFD. Il est préparé dans le cadre du programme de travail d AQUAREF 2008 et de la convention

Plus en détail

Les différentes stratégies de quantification :

Les différentes stratégies de quantification : Les différentes stratégies de quantification : Ce chapitre présente les 2 principales stratégies de quantification relative utilisée classiquement : la méthode des droites standards et celle des Ct. Les

Plus en détail

Analyse protéomique : stratégies méthodologiques et applications en biologie clinique

Analyse protéomique : stratégies méthodologiques et applications en biologie clinique Dominique Porquet* Analyse protéomique : stratégies méthodologiques et applications en biologie clinique RÉSUMÉ Le protéome correspond à l ensemble des protéines produites par un génome donné. Son analyse

Plus en détail

Contrôle Externe de Qualité - CQE Norme et son application aux CQE éléments trace dans différents pays. Essais de standardisation

Contrôle Externe de Qualité - CQE Norme et son application aux CQE éléments trace dans différents pays. Essais de standardisation Contrôle Externe de Qualité - CQE Norme et son application aux CQE éléments trace dans différents pays. Essais de standardisation J Arnaud DBI, CHU de Grenoble CQE et assurance qualité Méthodes analytiques

Plus en détail

Préparation des échantillons pour l analyse en LC MS

Préparation des échantillons pour l analyse en LC MS Préparation des échantillons pour l analyse en LC MS Grégory Genta Jouve Spectrométrie de masse appliquée aux Substances Naturelles Sommaire Introduction Homogénéisation Les différents types d extraction

Plus en détail

Les derniers développement en fibrose rénale. Marie-Josée Hébert, M.D.

Les derniers développement en fibrose rénale. Marie-Josée Hébert, M.D. Les derniers développement en fibrose rénale Marie-Josée Hébert, M.D. Professeur titulaire, Faculté de médecine Titulaire, chaire Shire en néphrologie et en transplantation et régénération rénale Directrice,

Plus en détail

Kit d extraction PicoPure RNA

Kit d extraction PicoPure RNA Isoler des ARN même à partir d une cellule Le kit d extraction PicoPure RNA a été développé pour obtenir une haute qualité des ARNs totaux à partir d un minimum de dix cellules. Le haut rendement obtenu

Plus en détail

PHARMACIEN POLYTECHNICIEN SCIENCES CHIMIQUES VERSUS DE LA SANTÉ SCIENCES BIOLOGIQUES?

PHARMACIEN POLYTECHNICIEN SCIENCES CHIMIQUES VERSUS DE LA SANTÉ SCIENCES BIOLOGIQUES? PHARMACIEN POLYTECHNICIEN DE LA SANTÉ SCIENCES CHIMIQUES VERSUS SCIENCES BIOLOGIQUES? Professeur Pascale Cohen Professeur Marc Leborgne ISPB-Pharmacie Université Lyon I Quelle est la place actuelle de

Plus en détail

MAB Solut. MABSolys Génopole Campus 1 5 rue Henri Desbruères 91030 Evry Cedex. www.mabsolut.com. intervient à chaque étape de vos projets

MAB Solut. MABSolys Génopole Campus 1 5 rue Henri Desbruères 91030 Evry Cedex. www.mabsolut.com. intervient à chaque étape de vos projets Mabsolys-2015-FR:Mise en page 1 03/07/15 14:02 Page1 le département prestataire de services de MABSolys de la conception à la validation MAB Solut intervient à chaque étape de vos projets Création d anticorps

Plus en détail

Testosterone EXPLORER DE NOUVEAUX DOMAINES. ARCHITECT 2nd Generation DOSAGE SENSIBLE ET EXACT. Put science on your side.**

Testosterone EXPLORER DE NOUVEAUX DOMAINES. ARCHITECT 2nd Generation DOSAGE SENSIBLE ET EXACT. Put science on your side.** EXPLORER DE NOUVEAUX DOMAINES ARCHITECT nd Generation Testosterone DOSAGE SENSIBLE ET EXACT * Une Promesse pour la Vie ** Mettre la science à vos côtés Put science on your side.** * Pourquoi doser la testostérone?

Plus en détail

Spectrométrie de Masse

Spectrométrie de Masse Spectrométrie de Masse Principe Ionisation-Séparation-Détection Analyse d un échantillon pur : chromatographie préalable puis : Vide Repères historiques 1910 : J.J. THOMSON mesure des abondances isotopiques

Plus en détail

Intégration de données multiples générées

Intégration de données multiples générées Intégration de données multiples générées par les techniques à haut débit (séquençage, CGH, SNP, transcriptome ) Pascal Roy 1 MD-PhD, Caroline Truntzer PhD 2, Delphine Maucort-Boulch 1 MD-PhD 1 Equipe

Plus en détail

MAB Solut. vos projets. MABLife Génopole Campus 1 5 rue Henri Desbruères 91030 Evry Cedex. www.mabsolut.com. intervient à chaque étape de

MAB Solut. vos projets. MABLife Génopole Campus 1 5 rue Henri Desbruères 91030 Evry Cedex. www.mabsolut.com. intervient à chaque étape de Mabsolut-DEF-HI:Mise en page 1 17/11/11 17:45 Page1 le département prestataire de services de MABLife de la conception à la validation MAB Solut intervient à chaque étape de vos projets Création d anticorps

Plus en détail

POSITION PAPER SUR LA PROTEOMIQUE Version n 1 du 29 avril 2009 Document préparé par le Groupe de Travail «Innovation non Clinique»

POSITION PAPER SUR LA PROTEOMIQUE Version n 1 du 29 avril 2009 Document préparé par le Groupe de Travail «Innovation non Clinique» Direction de l Evaluation des Médicaments Et des produits Biologiques Département de toxicologie Chef de département : D. Masset Secrétaire scientifique : A. Sanh POSITION PAPER SUR LA PROTEOMIQUE Version

Plus en détail

Enjeux de la biologie haut débit en oncologie

Enjeux de la biologie haut débit en oncologie Enjeux de la biologie haut débit en oncologie Pascal BARBRY, CNRS, Sophia Antipolis o Les technologies haut-débit ont enrichi considérablement nos approches quantitatives en biologie. o Des applications

Plus en détail

Avantages et inconvénients

Avantages et inconvénients GESTION DU RISQUE M Y C O T O X I N E S Marqueurs biologiques liés aux mycotoxines Avantages et inconvénients Christina Schwab Chef de produit, Gestion du risque mycotoxines 2 Christina Schwab Chef de

Plus en détail

Développement du couplage LC-MALDI-MS/MS pour l analyse des toxines d origine phytoplanctonique

Développement du couplage LC-MALDI-MS/MS pour l analyse des toxines d origine phytoplanctonique Développement du couplage LC-MALDI-MS/MS pour l analyse des toxines d origine phytoplanctonique Christelle DELEUZE Licenciée en Sciences Chimiques Laboratoire de Spectrométrie de Masse Service du Professeur

Plus en détail

www.gbo.com/bioscience 1 Culture Cellulaire Microplaques 2 HTS- 3 Immunologie/ HLA 4 Microbiologie/ Bactériologie Containers 5 Tubes/ 6 Pipetage

www.gbo.com/bioscience 1 Culture Cellulaire Microplaques 2 HTS- 3 Immunologie/ HLA 4 Microbiologie/ Bactériologie Containers 5 Tubes/ 6 Pipetage 2 HTS 3 Immunologie / Immunologie Informations Techniques 3 I 2 ELISA 96 Puits 3 I 4 ELISA 96 Puits en Barrettes 3 I 6 en Barrettes de 8 Puits 3 I 7 en Barrettes de 12 Puits 3 I 8 en Barrettes de 16 Puits

Plus en détail

Protéomique Séance 1 Introduction aux données de protéomique et aux outils de recherche

Protéomique Séance 1 Introduction aux données de protéomique et aux outils de recherche Protéomique Séance 1 Introduction aux données de protéomique et aux outils de recherche Mathieu Courcelles BCM2003 26 Mars 2009 BCM2003-H09 Protéomique Démonstrateur: Mathieu Courcelles Questions? Via

Plus en détail

Approche métabolomique Nouvelle stratégie pour l étude de matrices d origine végétale

Approche métabolomique Nouvelle stratégie pour l étude de matrices d origine végétale Approche métabolomique Nouvelle stratégie pour l étude de matrices d origine végétale H BREVARD J MASSN CECM Aix, 2015 06 Métabolomique L étude de l empreinte des métabolites secondaires (substances qui

Plus en détail

Etude du transcriptome et du protéome en Neurooncologie

Etude du transcriptome et du protéome en Neurooncologie Etude du transcriptome et du protéome en Neurooncologie Principes, aspects pratiques, applications cliniques François Ducray Neurologie Mazarin, Unité Inserm U711 Groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière Etude

Plus en détail

APPLICATION QMS TACROLIMUS Beckman Coulter AU480 /AU680 /AU5800

APPLICATION QMS TACROLIMUS Beckman Coulter AU480 /AU680 /AU5800 APPLICATION QMS TACROLIMUS Beckman Coulter AU480 /AU680 /AU5800 Réactif Beckman Coulter REF A53727 Le dosage immunologique QMS Tacrolimus est destiné à déterminer la quantité de tacrolimus dans le sang

Plus en détail

Peu de peptides (petite protéine) Pas de hit en MS Mais signal suffisant pour fragmenter et donc identification MSMS

Peu de peptides (petite protéine) Pas de hit en MS Mais signal suffisant pour fragmenter et donc identification MSMS Séquence epérimentale d analyse MALDI Robot digester Digestion enzymatique «in gel» Dépôt sur cible MALDI : PAC acquisition MS Spectre de masse des peptides Recherche Mascot PMF Dépôt sur PAC acquisition

Plus en détail

La métabolomique : questions, définition, enjeux, et application. INRA, UMR1260 «Nutriments Lipidiques et Prévention des Maladies Métaboliques»,

La métabolomique : questions, définition, enjeux, et application. INRA, UMR1260 «Nutriments Lipidiques et Prévention des Maladies Métaboliques», La métabolomique : questions, définition, enjeux, et application Docteur Jean-Charles Martin INRA, UMR1260 «Nutriments Lipidiques et Prévention des Maladies Métaboliques», Marseille, F-13385 France ; INSERM,

Plus en détail

Le package XCMS pour l analyse de profils de chromatographie liquide spectrométrie de masse

Le package XCMS pour l analyse de profils de chromatographie liquide spectrométrie de masse JOURNÉE R Vendredi 24 mai 2013 Le package XCMS pour l analyse de profils de chromatographie liquide spectrométrie de masse Séverine ZIRAH (szirah@mnhn.fr) Muséum National d Histoire Naturelle, Département

Plus en détail

2 èmes Rencontres Networking Medicen Paris Region / Alsace BioValley sur l'innovation en imagerie médicale

2 èmes Rencontres Networking Medicen Paris Region / Alsace BioValley sur l'innovation en imagerie médicale 2 èmes Rencontres Networking Medicen Paris Region / Alsace BioValley sur l'innovation en imagerie médicale 19 Mai 2015 ICM (Paris) Appel à Manifestation d Intérêt Offre de services Françoise Soussaline,

Plus en détail

BIOMARQUEURS CARDIOVASCULAIRES Où en est-on?

BIOMARQUEURS CARDIOVASCULAIRES Où en est-on? BIOMARQUEURS CARDIOVASCULAIRES Où en est-on? Eric Bonnefoy Unité de Soins Intensifs de Cardiologie Hospices Civils de Lyon UMR 5558 - Université Lyon 1 1 D-dimères, quelle proposition est fausse? 1 - L

Plus en détail

Mise au point d une méthode multirésidus de dosage des médicaments vétérinaires et humains dans l eau par LCMS/MS

Mise au point d une méthode multirésidus de dosage des médicaments vétérinaires et humains dans l eau par LCMS/MS Mise au point d une méthode multirésidus de dosage des médicaments vétérinaires et humains dans l eau par LCMS/MS Sanders P, Kadar H, Hurtaud-Pessel D, Verdon E Objectif de la méthode Plan national d'études

Plus en détail

Anticorps anti-hla en transplantation rénale

Anticorps anti-hla en transplantation rénale Anticorps anti-hla en transplantation rénale Caroline Suberbielle Laboratoire d'immuno-histocompatibilité Hôpital St Louis Paris Définitions Patient «naïf» Patient sans événement immunisant Homme ou enfant

Plus en détail

CONTROLE DU MARCHE DES GANTS MEDICAUX EN LATEX DE CAOUTCHOUC NATUREL Deuxième partie : dosage des allergènes

CONTROLE DU MARCHE DES GANTS MEDICAUX EN LATEX DE CAOUTCHOUC NATUREL Deuxième partie : dosage des allergènes DIRECTION DE L'EVALUATION DES DISPOSITIFS MEDICAUX DIRECTION DES LABORATOIRES ET DES CONTROLES CONTROLE DU MARCHE DES GANTS MEDICAUX EN LATEX DE CAOUTCHOUC NATUREL Deuxième partie : dosage des allergènes

Plus en détail

Université Bordeaux Segalen - PACES 2012-2013 ED UE9s Avril 2013

Université Bordeaux Segalen - PACES 2012-2013 ED UE9s Avril 2013 Sélectionner les propositions exactes Université Bordeaux Segalen - PACES 2012-2013 ED UE9s Avril 2013 QCM 1 La plupart des techniques de biologie moléculaire repose sur le principe de complémentarité

Plus en détail

Cahier des Clauses Techniques Particulières

Cahier des Clauses Techniques Particulières MARCHES PUBLICS DE FOURNITURES COURANTES ET SERVICES INRA Centre de Recherche ANGERS - NANTES SERVICES DECONCENTRES D APPUI A LA RECHERCHE Service des Marchés Rue de la Géraudière Bâtiment Erdre BP 71627

Plus en détail

Annales du contrôle national de qualité des analyses de biologie médicale

Annales du contrôle national de qualité des analyses de biologie médicale Annales du contrôle national de qualité des analyses de biologie médicale Dosage des médicaments 11MED1 juin 2011 Digoxine Lithium Acide valproïque Carbamazépine Phénobarbital Amikacine Vancomycine Ciclosporine

Plus en détail

Qualité Sécurité Efficacité Evaluation des produits Biothérapeutiques Innovants. Séverine Pouillot, PhD

Qualité Sécurité Efficacité Evaluation des produits Biothérapeutiques Innovants. Séverine Pouillot, PhD Qualité Sécurité Efficacité Evaluation des produits Biothérapeutiques Innovants Séverine Pouillot, PhD Biogenouest 21 Novembre 2014 Société de services et de consulting Opérationnelle depuis 2004 Actionnaires

Plus en détail

STANDARDISATION DE LA VITAMINE D : LA FIN DU PROBLÈME? DR PATRICIA PANAÏA-FERRARI, CHU DE NICE FORUM IMMUNOANALYSE SIEMENS PARIS, 30 MAI 2013

STANDARDISATION DE LA VITAMINE D : LA FIN DU PROBLÈME? DR PATRICIA PANAÏA-FERRARI, CHU DE NICE FORUM IMMUNOANALYSE SIEMENS PARIS, 30 MAI 2013 STANDARDISATION DE LA VITAMINE D : LA FIN DU PROBLÈME? DR PATRICIA PANAÏA-FERRARI, CHU DE NICE FORUM IMMUNOANALYSE SIEMENS PARIS, 30 MAI 2013 ETAT DES LIEUX Il est largement connu que la 25-OHD est un

Plus en détail

Docteur Jean Charles RENVERSEZ

Docteur Jean Charles RENVERSEZ Biochimie structurale Biochimie des Acides Aminés et Protéines Chapitre 3 : Acides aminés et protéines : propriétés générales et technique de purification et d identification Docteur Jean Charles RENVERSEZ

Plus en détail

Item 169 : Évaluation thérapeutique et niveau de preuve

Item 169 : Évaluation thérapeutique et niveau de preuve Item 169 : Évaluation thérapeutique et niveau de preuve COFER, Collège Français des Enseignants en Rhumatologie Date de création du document 2010-2011 Table des matières ENC :...3 SPECIFIQUE :...3 I Différentes

Plus en détail

ACE C18-PFP. A C18 bonded phase with unique selectivity. Guaranteed reproducibility. Exceptional bonded phase stability

ACE C18-PFP. A C18 bonded phase with unique selectivity. Guaranteed reproducibility. Exceptional bonded phase stability ACE C18-PFP A C18 bonded phase with unique selectivity Guaranteed reproducibility Exceptional bonded phase stability Hydrophobic and pentafluorophenyl mixed mode interaction HPLC Columns AIT FRANCE - Votre

Plus en détail

Systèmes LC/MS Agilent Triple Quadripôle série 6400 UNE SENSIBILITÉ SUPÉRIEURE UNE ÉVOLUTIVITÉ FACILITÉE

Systèmes LC/MS Agilent Triple Quadripôle série 6400 UNE SENSIBILITÉ SUPÉRIEURE UNE ÉVOLUTIVITÉ FACILITÉE Systèmes LC/MS Agilent Triple Quadripôle série 6400 UNE SENSIBILITÉ SUPÉRIEURE UNE ÉVOLUTIVITÉ FACILITÉE Systèmes LC/MS Agilent Triple Quadripôle série 6400 SYSTÈMES Agilent TRIPLE QUADRIPÔLE SÉRIE 6400

Plus en détail

ANTICORPS POLYCLONAUX ANTI IMMUNOGLOBULINES

ANTICORPS POLYCLONAUX ANTI IMMUNOGLOBULINES L OUTIL IDEAL POUR TOUTES LES DETECTIONS IMMUNOCHIMIQUES pour toutes les techniques immunodosages (EIA/ELISA) dot/ westernblot immunohistochimie immunocytochimie cytométrie en flux quel que soit le système

Plus en détail

Depuis la mise sur le marché de la ciclosporine (CsA)

Depuis la mise sur le marché de la ciclosporine (CsA) Approche globale du dosage des principaux immunosuppresseurs Place de la LC-MS et de la LC- Determination of immunosuppressive drugs and analytical approaches for liquid chromatography using MS or detection

Plus en détail

L INSTITUT DE RECHERCHE EN

L INSTITUT DE RECHERCHE EN 1 L INSTITUT DE RECHERCHE EN IMMUNOLOGIE ET EN CANCÉROLOGIE COMMERCIALISATION DE LA RECHERCHE VISION Être un centre reconnu internationalement pour ses activités de maximisation de la valeur de la recherche

Plus en détail

Becton Dickinson Proteomics Munich / Germany Dipl. Biol. Monika Hauptmann

Becton Dickinson Proteomics Munich / Germany Dipl. Biol. Monika Hauptmann BD Diagnostics Preanalytical Systems Becton Dickinson Proteomics Munich / Germany Dipl. Biol. Monika Hauptmann BD Diagnostics Preanalytical Systems BD Free Flow Electrophoresis System Des particules aux

Plus en détail

CONVENTION FHP-MCO Du 23 et 24 juin 2015 UNE PROFESSION DEBOUT ET EN MARCHE

CONVENTION FHP-MCO Du 23 et 24 juin 2015 UNE PROFESSION DEBOUT ET EN MARCHE CONVENTION FHP-MCO Du 23 et 24 juin 2015 UNE PROFESSION DEBOUT ET EN MARCHE LES ENJEUX DE L AVENIR DES PLATEFORMES DE GENOMIQUE DR OLIVIER VIRE MÉDECIN ANATOMOPATHOLOGISTE LIBÉRAL SYNDICAT DES MÉDECINS

Plus en détail

Génération d anticorps monoclonaux par immunisation génique

Génération d anticorps monoclonaux par immunisation génique Génération d anticorps monoclonaux par immunisation génique Gen2Bio 2010 Saint-Malo, mardi 30 mars 2010 Un partenariat Demandeur PADAM In Cell Art Projet Anticorps monoclonaux Gen2Bio 2010 Saint-Malo,

Plus en détail

MetaToul Metabolomics& Fluxomics Centre Toulouse, France www.metatoul.fr

MetaToul Metabolomics& Fluxomics Centre Toulouse, France www.metatoul.fr MetaToul Metabolomics& Fluxomics Centre Toulouse, France www.metatoul.fr MANUEL QUALITE 02/06/2014 Page : 2/17 Objectif Le présent Manuel Qualité regroupe les dispositions prises au sein de la plateforme

Plus en détail

Développement de techniques analytiques pour l évaluation des protéines thérapeutiques et des biomarqueurs par spectrométrie de masse

Développement de techniques analytiques pour l évaluation des protéines thérapeutiques et des biomarqueurs par spectrométrie de masse Développement de techniques analytiques pour l évaluation des protéines thérapeutiques et des biomarqueurs par spectrométrie de masse Mathieu Dubois To cite this version: Mathieu Dubois. Développement

Plus en détail

Fidélité des méthodes analytiques (Résolution oeno 5/99)

Fidélité des méthodes analytiques (Résolution oeno 5/99) (Résolution oeno 5/99) Les données concernant la fidélité des méthodes analytiques déterminées par des études collaboratives sont applicables dans les cas suivants : ) Vérification de l'acceptabilité des

Plus en détail

Critères pour les méthodes de quantification des résidus potentiellement allergéniques de protéines de collage dans le vin (OIV-Oeno 427-2010)

Critères pour les méthodes de quantification des résidus potentiellement allergéniques de protéines de collage dans le vin (OIV-Oeno 427-2010) Méthode OIV- -MA-AS315-23 Type de méthode : critères Critères pour les méthodes de quantification des résidus potentiellement allergéniques de protéines de collage (OIV-Oeno 427-2010) 1 Définitions des

Plus en détail

WASSELIN Thierry, BARTHELEMY Nicolas

WASSELIN Thierry, BARTHELEMY Nicolas Journée des Doctorants IPHC, 12/02/2010 500 750 1000 1250 1500 1750 2000 2250 2500 2750 m/z WASSELIN Thierry, BARTHELEMY Nicolas Directeur: VAN DORSSELAER Alain Laboratoire de Spectrométrie de Masse Bio-Organique

Plus en détail

Université du Temps Libre Essonne

Université du Temps Libre Essonne InnaVirVax Immune-based therapies Université du Temps Libre Essonne 6 janvier 2015 Sophie LEBEL-BINAY Targeted Vaccines for Life Les vaccins Utilisés depuis plus d un siècle pour protéger la population

Plus en détail

IDENTIFICATION DES PHOTOPRODUITS DU TRI-

IDENTIFICATION DES PHOTOPRODUITS DU TRI- CHAPITRE II IDETIFICATIO DES PHOTOPRODUITS DU TRI- FLUSULFURO-METHYLE PAR COUPLAGE HPLC/MS Introduction La connaissance du devenir métabolique et les processus de dégradation des xénobiotiques revêt une

Plus en détail

Conditions de fiabilité des mesures d expression d en cancérologie clinique

Conditions de fiabilité des mesures d expression d en cancérologie clinique Conditions de fiabilité des mesures d expression d génique g par RT- en cancérologie clinique J.D. Combes 1,2, G. Grelier 3, M. Laversanne 2, N. Voirin 1, S. Chabaud 1, R. Ecochard 2, C. Moyret-Lalle 3

Plus en détail

Société. Domaine d excellence : Développement d Anticorps. Création en 1980 Certifications - ISO 9001:2000 - Crédit Impôt Recherche

Société. Domaine d excellence : Développement d Anticorps. Création en 1980 Certifications - ISO 9001:2000 - Crédit Impôt Recherche Société Domaine d excellence : Développement d Anticorps d à façon Création en 1980 Certifications - ISO 9001:2000 - Crédit Impôt Recherche Collaborations de long terme avec acteurs de classe mondiale

Plus en détail

La pharmacocinétique Et chez l obèse? Sophie BLONDELLE

La pharmacocinétique Et chez l obèse? Sophie BLONDELLE La pharmacocinétique Et chez l obèse? Sophie BLONDELLE Symposium du 11 octobre 2014 Plan I. Introduction L obésité II. III. IV. Notions de pharmacocinétique Modifications pharmacocinétiques Quelques exemples

Plus en détail

Notions de spéctrométrie de masse et de spectroscopie RMN 13 C

Notions de spéctrométrie de masse et de spectroscopie RMN 13 C Notions de spéctrométrie de masse et de spectroscopie RMN 13 C Cyril BARSU Laboratoire de Chimie Département des sciences de la matière Spectrométrie de masse - Actuellement, le secteur le plus dynamique

Plus en détail

Recommandation de traitement pour les patientes souffrant d un cancer du sein à récepteur hormonal positif : Influence du test Oncotype DX.

Recommandation de traitement pour les patientes souffrant d un cancer du sein à récepteur hormonal positif : Influence du test Oncotype DX. En-tête Résumé du protocole d étude Titre de la demande : Recommandation de traitement pour les patientes souffrant d un cancer du sein à récepteur hormonal positif : Influence du test Oncotype DX. No

Plus en détail

Procédure normalisée de fonctionnement du RCBT Dérivés de tissus Extraction d ARN

Procédure normalisée de fonctionnement du RCBT Dérivés de tissus Extraction d ARN Procédure normalisée de fonctionnement du RCBT Dérivés de tissus Extraction d ARN Numéro de PNF: 08.03.009 Version: f2.0 Remplace: 8.3.009 f1.0 Catégorie: Manipulation et documentation du matériel Tissu

Plus en détail

DIRECTION GENERALE DE L ENSEIGNEMENT SUPERIEUR BREVET DE TECHNICIEN SUPÉRIEUR

DIRECTION GENERALE DE L ENSEIGNEMENT SUPERIEUR BREVET DE TECHNICIEN SUPÉRIEUR DIRECTION GENERALE DE L ENSEIGNEMENT SUPERIEUR BREVET DE TECHNICIEN SUPÉRIEUR ANALYSES DE BIOLOGIE MEDICALE Septembre 2007 Arrêté modifié portant définition et fixant les conditions de délivrance du brevet

Plus en détail

Identification de récepteurs r endothéliaux stades vasculaires visualisés in vivo par échographie Doppler

Identification de récepteurs r endothéliaux stades vasculaires visualisés in vivo par échographie Doppler Identification de récepteurs r endothéliaux à différents stades vasculaires visualisés in vivo par échographie Doppler S.Lavisse 1, V. Lazar 2, P. Opolon 3, P. Dessen 2, A. Roche 1, N. Lassau 1 Équipes

Plus en détail

Dosages à réactifs marqués

Dosages à réactifs marqués Dosages à réactifs marqués Principe = réaction Ag-Ac un des deux réactifs (Ag ou Ac) est marqué par un traceur Différentes méthodes selon que le traceur est radioactif (RIA), enzymatique (EIA) ou luminescent

Plus en détail

Développement de proteines thérapeutiques et d'anticorps monoclonaux des phases R&D à la production de lots cliniques

Développement de proteines thérapeutiques et d'anticorps monoclonaux des phases R&D à la production de lots cliniques Développement de proteines thérapeutiques et d'anticorps monoclonaux des phases R&D à la production de lots cliniques Les Services de Recherche et de Production de Protéines Recombinantes Chaque programme

Plus en détail

Progenesis LC-MS and Phenyx

Progenesis LC-MS and Phenyx Progenesis LC-MS and Phenyx Une combinaison unique d un logiciel d analyse différentielle en LC-MS et d une plateforme d identification et de caractérisation de protéines et peptides à partir de données

Plus en détail

Christelle REYNES EA 2415 Epidémiologie, Biostatistique et Santé Publique Université Montpellier 1. 8 Juin 2012

Christelle REYNES EA 2415 Epidémiologie, Biostatistique et Santé Publique Université Montpellier 1. 8 Juin 2012 Extraction et analyse des mesures haut-débit pour l identification de biomarqueurs : problèmes méthodologiques liés à la dimension et solutions envisagées EA 2415 Epidémiologie, Biostatistique et Santé

Plus en détail

ANNEXE 14 substantielles pour l ANSM

ANNEXE 14 substantielles pour l ANSM ANNEXE 14 Exemples de modifications substantielles et non substantielles pour l ANSM NB Cette fiche aborde les attentes de l ANSM et n a pas trait aux attentes des comités de protection des personnes ().

Plus en détail

Cycle de vie d une méthode analytique

Cycle de vie d une méthode analytique 44 ème Congrès International SFSTP 6 et 7 juin 2012 LA CONNAISSANCE SCIENTIFIQUE AU SERVICE DE LA QUALITE PRODUIT Apports du «Quality by Design» et retours d expériences Cycle de vie d une méthode analytique

Plus en détail

PROTOCOLE DE L EVALUATION DE L EXACTITUDE DES REACTIFS DE CHOLESTEROL-HDL EN PHASE HOMOGENE Version du 10 février 2005

PROTOCOLE DE L EVALUATION DE L EXACTITUDE DES REACTIFS DE CHOLESTEROL-HDL EN PHASE HOMOGENE Version du 10 février 2005 PROTOCOLE DE L EVALUATION DE L EXACTITUDE DES REACTIFS DE CHOLESTEROL-HDL EN PHASE HOMOGENE Version du 10 février 2005 OBJECTIFS : évaluer l exactitude des réactifs de dosage direct du cholestérol-hdl,

Plus en détail

Résumé de thèse de David Kieffer. Titre : Études Bio-informatiques et statistiques des mécanismes de l infidélité de la transcription.

Résumé de thèse de David Kieffer. Titre : Études Bio-informatiques et statistiques des mécanismes de l infidélité de la transcription. Résumé de thèse de David Kieffer Titre : Études Bio-informatiques et statistiques des mécanismes de l infidélité de la transcription. Dans le cadre de la lutte contre le cancer, l'entreprise Genclis (Genomic

Plus en détail

Table des matières. 1 Objet et domaine d application...3. 2 Définitions et abréviations...3. 3 Principe de la méthode...3. 4 Sécurité...

Table des matières. 1 Objet et domaine d application...3. 2 Définitions et abréviations...3. 3 Principe de la méthode...3. 4 Sécurité... cuisine en polyamide P. : 1/10 Table des matières 1 Objet et domaine d application...3 2 Définitions et abréviations...3 3 Principe de la méthode...3 4 Sécurité...3 5 Prélèvement, réception, circulation,

Plus en détail

Alsace BioValley labellise 5 projets d innovations thérapeutiques développés au cœur de l Alsace

Alsace BioValley labellise 5 projets d innovations thérapeutiques développés au cœur de l Alsace Communiqué de presse l Strasbourg l 13 décembre 2010 Alsace BioValley labellise 5 projets d innovations thérapeutiques développés au cœur de l Alsace Alsace BioValley, pôle de compétitivité à visibilité

Plus en détail

Informatique. epims : un LIMS pour la gestion des données de spectrométrie de masse TECHNOLOGIE APPLIQUÉE

Informatique. epims : un LIMS pour la gestion des données de spectrométrie de masse TECHNOLOGIE APPLIQUÉE Véronique DUPIERRIS 1, Damien BARTHE 2, Christophe BRULEY 2 epims : un LIMS pour la gestion des données de spectrométrie de masse Informatique RÉSUMÉ La protéomique constitue aujourd hui un outil de choix

Plus en détail

Annales du Contrôle National de Qualité des Analyses de Biologie Médicale

Annales du Contrôle National de Qualité des Analyses de Biologie Médicale Annales du Contrôle National de Qualité des Analyses de Biologie Médicale ARN du virus de l hépatite C : ARN-VHC ARN-VHC 03VHC1 Novembre 2003 Edité : mars 2006 Annales ARN-VHC 03VHC1 1 / 8 ARN-VHC 03VHC1

Plus en détail

LASER DOPPLER. Cependant elle n est pas encore utilisée en routine mais reste du domaine de la recherche et de l évaluation.

LASER DOPPLER. Cependant elle n est pas encore utilisée en routine mais reste du domaine de la recherche et de l évaluation. LASER DOPPLER INTRODUCTION La technique qui utilise l effet Doppler à partir d un faisceau laser est l une des seules qui permette d enregistrer en continu le reflet de la perfusion superficielle de tissus

Plus en détail

Analyse des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP)

Analyse des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) Mon carnet analytique Analyse des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) Chromatographie en phase liquide (SPE en ligne) Chromatographie en phase gazeuse SPE en ligne : optimisez la préparation

Plus en détail

Les Biomarqueurs moléculaires en Oncologie

Les Biomarqueurs moléculaires en Oncologie Les Biomarqueurs moléculaires en Oncologie Institut de Cancérologie de Lorraine Service de Biopathologie CNRS UMR7039 CRAN Université de Lorraine Pr Jean-Louis Merlin Définition Un biomarqueur est une

Plus en détail

APPLICATION QMS AMIKACINE Système intégré Ortho Clinical Diagnostics VITROS 5600, systèmes de chimie VITROS 5,1 FS et 4600

APPLICATION QMS AMIKACINE Système intégré Ortho Clinical Diagnostics VITROS 5600, systèmes de chimie VITROS 5,1 FS et 4600 Microgenics Corporation Entreprise de Thermo Fisher Scientific APPLICATION QMS AMIKACINE Système intégré Ortho Clinical Diagnostics VITROS 5600, systèmes de chimie VITROS 5,1 FS et 4600 Réf. 0373910 Destiné

Plus en détail

L accès au marché d un médicament :

L accès au marché d un médicament : L accès au marché d un médicament : Avant de se retrouver derrière le comptoir d une pharmacie, un médicament passe par différentes phases, de la découverte de la molécule à la fixation de son prix par

Plus en détail