Virus des gastro-entérites

Transcription

1 Virus des gastro-entérites Pierre POTHIER Centre National des virus entériques CHU de DIJON, FRANCE Journée Interrégionale du CCLIN Est Le 8 octobre 2009

2 Mortalité liée aux gastroentérites virales 1000 morts Environ morts essentiellement dans certains pays d Afrique et d Asie.

3 Les gastroentérites virales Risk World USA Event USA World Hospitalization Outpatient visits Domiciliary episodes Rotavirus burden worldwide

4 Les gastroentérites virales Les virus en cause 4 virus majeurs Les autres Rotavirus groupe A Norovirus Astrovirus Adénovirus 40/41 Sapovirus Aichi virus (Picornaviridae) Entérovirus (parechovirus) Rotavirus groupe B groupe C Coronavirus Torovirus Picobirnavirus

5 Rotavirus humains 1973 ARN double brin Virus non enveloppés. Diamètre : 70 nm. Capside : icosaédrique

6 Organisation génétique et antigénique VP4 and VP7 contiennent des épitopes neutralisants important pour la vaccination RNA segments VP4: type P 13 sérotypes (ex P1A) 20 génotypes (ex [8]) VP7: type G (glycoproteine) 14 sérotypes ou génotypes

7 Rotavirus : transmission animal homme Animaux de compagnie Rotavirus félins et canins (G3) humains Animaux Bovins : P[5]G6, P[1]G8, P[11]G10, P[6]G12 Porcs : P[19]G9 Également : humains Lapins : P[14]G3 Equins : G5, G10 Moutons : G6, G10 Porcs : G5, G10 Caprins : G6

8 Diversité des rotavirus A humains Souches communes G1P[8]; G2P[4]; G3P[8] et G4P[8] et Souches émergentes en Europe et aux USA: G9 surtout G9P[8] Génotypes «régionaux» avec risque d émergence: G5; G6; G8; G10 et G12 Combinaisons G/P inhabituelles G1P[4], G2[P8]; G5P[8]; G8P[8] et G8P[6]. P[6] surtout associé aux types G usuels

9 Distribution Europe/Afrique des différents génotypes ( ) 80 72% % 27% 20 Afrique 0 G1P[8] G2P[4] G3P[8] G4P[8] G1-4 P[6]/P[9] G9P[8] G9P[6] Souches inhabituelles Europe

10 Efficacité des vaccins rotavirus Hétérogénéité selon les régions Régions concernées Efficacités vis-à-vis des diarrhées sévères. % de réduction 95% CI Europe 95% Amérique du Nord 96% Amérique Latine 90% Afrique 61,2% 44-73,2

11 Calicivirus humains : un bref historique 1968 Epidémie à Norwalk 1972 Microscopie électronique Critères cliniques de Kaplan 1990 RT-PCR Small Round Structured Viruses (SRSV) Calicivirus typiques

12 Calicivirus humains : un bref historique 1968 Epidémie à Norwalk 1972 Microscopie électronique Critères cliniques de Kaplan 1990 RT-PCR Norwalk virus Norovirus 1972, Kapikian Sapporo virus Sapovirus 1977, Chiba

13 Diagnostic des norovirus Microscopie électronique feces EIA (norovirus) feces ELISA Immunochromatography (norovirus) Biologie Moleculaire feces aliment et environnement RT-PCR (détection and analyses phylogénétique) Real time RT-PCR (détection)

14 Classification des Norovirus GGII 1 à 19 GGIV GGI 1 à 8

15 Prévalence des norovirus dans les selles 12% D après MM Patel, EID, 2008

16 Gastro-entérites à norovirus : Caractéristiques cliniques et épidémiologiques Gastro-enterites épidémiques en collectivité banquets, écoles, maisons de retraite Origine alimentaire, hydrique Adultes, enfants, personnes âgées, immunodéprimés Epidémies brutales de gastro-entérites : Taux d attaque élevé (50%) Taux d infection élevé (>90%) dose infectieuse faible Transmission importante de personne à personne

17 Gastro-entérites à norovirus : Caractéristiques épidémiologiques Hôpitaux et maisons de retraite Autres sites GGII surtout GGII.4 GGI et GGII Lopman et al., 2003

18 Gastro-entérites à norovirus : Caractéristiques épidémiologiques Mode de transmission Saison Durée (jours) Décès par épidémie Hôpitaux Pers à pers Hiver 8 Maisons de retraite Pers à pers Hiver Écoles Pers à pers Non 8 0 Restaurants Aliments Non 3 0 Hôtel Pers à pers > aliments Non 5 0 Autres Pers à pers > aliments Non 4 0 Lopman et al, 2003

19 Evolution des norovirus et épidémiologie Shift ou recombinaison génétique : Apparition du norovirus génotype GIIb à partir d une contamination hydrique en août 2000, diffusion à l ensemble de l Europe dans l année qui à suivie. Drift : dérive génétique par accumulation de mutations combinée à la sélection de variants : Exemple des Norovirus GII.4

20 Evolution des norovirus GII.4 et épidémiologie

21 Evolution des Norovirus Analyse phylogénétique des souches GGII.4 dans l ORF2 2006b Sakai a Cairo 2006/2007 E4032 E3165 E3020 E3642 E3550 E3743 E3487 E3880 E3436 E L H E 2002 Bristol >2006 > US95/96

22 Evolution des Norovirus Analyse phylogénétique des souches GGII.4 (arbre minimum couvrant)

23 Evolution des Norovirus Analyse phylogénétique des souches GGII.4 (arbre minimum couvrant) Bristol US95/96 Hunter Farmington 2006a 2006b Le Caire Sakai

24 Conclusions Norovirus : Des virus entériques importants Infectent les enfants et les adultes Variabilité des souches Evolution par shift et drift Impact sur l épidémiologie Impact sur la pathogénicité (?) Infections mixtes: norovirus + rotavirus

25 Conclusions Rotavirus et norovirus présentent une formidable évolutivité qui leur permet de s adapter et d élargir leur spectre d hôtes. Certaines souches ont une diffusion régionale alors que d autres diffusent dans l ensemble du monde. Une transmission animal homme : Elle a été démontrée pour les rotavirus Non démontrée pour les norovirus. Les interactions avec les récepteurs glycanes du norovirus pourraient être plus spécifiques.

26 Remerciements CNR virus entériques, Dijon BALAY Katia BELLIOT Gaël de ROUGEMONT Alexis KAMEL Aziza KAPLON Jérôme et l ensemble du CNR Faculté de Pharmacie Monastir AOUNI Mahjoub SDIRI-LOULIZI Khira CHU de Monastir service de pédiatrie National Research Center Dokki, Le Caire, Egypte ALI Mohamed CHU Cochin-Saint Vincent de Paul GENDREL Dominique LORROT Mathie LEBON Pierre InVS GALLEY Anne GROG Géronto GASPARD Philippe

27

28

29 Les vaccins commercialisés Résultent de deux approches différentes RotaTeq (Merck- Sanofi Pasteur MSD) : Pentavalent bovin-humain: WC3 x G1 WC3 x G2 WC3 x G3 WC3 x G4 WC3 x P1A[8] RotaRix (GSK) : Monovalent humain G1P[8]

30 Rotavirus

31 Rotavirus

32 Efficacité des vaccins rotavirus Hétérogénéité selon les pays Pays concernées Efficacités vis-à-vis des diarrhées sévères. % de réduction 95% CI Afrique 61,2% 44-73,2 Afrique du Sud 76,9% 56-88,5 Malawi 49,5% 19,2-68,3

33 Efficacité des vaccins rotavirus Hétérogénéité selon les pays

34 Emergence des rotavirus G9

35 Emergence des rotavirus G Nombre cumulé des pays où circule le génotype G Apparition d un nouveau linéage

36 Questions L efficacité médiocre des vaccin rotavirus en Afrique et notamment au Malawi est elle liée à la forte prévalence du génotype G8 ou à d autres facteurs (co-infection, etc )? Ces génotypes «régionaux» G5, G6, G8, G10, G12 présentent-ils un risque d émergence mondiale? Exemple du génotype G9 qui représentait moins de 5% des souches circulantes avant 2004.

37

38 Norovirus : morbidité-mortalité Nbre annuel d épisode diarrhéique % attribuable aux NoV Nbre d épisodes diarrhéiques attribuables aux NoV Incidence annuelle pour enfants Pays industrialisés Communautaires ,7% Hospitalisés ,1% PED Hospitalisés ,1% Décès ,1% D après MM Patel, EID, 2008