Comment soumettre des échantillons

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1 Comment soumettre des échantillons Ce document explique comment soumettre des échantillons au Service de séquençage étape par étape. 1. Comment accéder au Formulaire de soumission d échantillons dans Nanuq 2. Comment remplir le Formulaire de soumission d échantillons 3. Comment soumettre le Formulaire de soumission d échantillons dans Nanuq 4. Comment faire le suivi d une soumission dans Nanuq 5. Quels modèles de tubes et de plaques sont acceptés 6. Critères de préparation des échantillons 7. Comment organiser les échantillons et les amorces 8. Comment faire parvenir les échantillons au Service de séquençage Pour éviter tout délai dans le traitement des échantillons, il est important de respecter les directives données dans ce document. Étape 1 - Accéder au Formulaire de soumission d échantillons dans Nanuq 1. Entrez l adresse Internet suivante: 2. Tapez le nom d usager et le mot de passe qui vous ont été envoyés par courriel lors de l ouverture de votre compte.

2 3. Cliquez sur «Séquençage» pour obtenir le menu de la plate-forme de séquençage. 4. Cliquez sur «Soumettre des échantillons» pour un séquençage en 2 à 4 jours ouvrables ou cliquez sur «Soumettre des échantillons en mode BaseXpress» pour un séquençage en 24 heures.

3 5. Choisissez le type de service requis, le séquençage ou l extraction d ADN plasmidique à partir de colonies bactériennes suivi d un séquençage. 6. Indiquez si OUI ou NON vous souhaitez utiliser le service de découverte de SNP (Single Nucleotide Polymorphism) qui inclut le séquençage et l'envoi des résultats d'analyse des séquences sous forme d un rapport. Consultez le site Internet pour plus de détails sur ce service.

4 7. Choisissez le modèle de tubes ou de plaques que vous allez utiliser en fonction du nombre d échantillons soumis. Une plaque de 96 puits doit obligatoirement être utilisée pour toutes soumissions de 48 échantillons et plus. 8. Cliquez sur «Télécharger le formulaire Excel».

5 9. Ouvrez le Formulaire de soumission d échantillons en utilisant le logiciel Excel ou OpenOffice. Étape 2 - Remplir le Formulaire de soumission d échantillons L objectif du Formulaire de soumission d échantillons est de fournir les informations nécessaires à la réalisation du séquençage des échantillons. Il est important de lire l entête du Formulaire de soumission d échantillons : afin de vous assurer que vous avez téléchargé le bon formulaire, afin de connaître les instructions pour le remplir adéquatement, pour connaître les concentrations et quantités requises par échantillon à séquencer, pour connaître les amorces fournies par le Service de séquençage, pour connaître les modèles de tube et de plaque acceptés.

6 1. Section «Numéro de bon de commande» Si lors de l ouverture de votre compte vous avez indiqué que vous souhaitiez payer par numéro de bon de commande (PO), vous devez obligatoirement indiquer le numéro de PO donné par le service comptable de votre institution dans la section "Numéro de bon de commande" prévue à cet effet. 2. Section «Nom de plaque ou d'ensemble de tubes» Vous devez obligatoirement donner un nom à la(les) plaque(s) ou à l ensemble de tubes que vous soumettez. Ce nom doit être unique. Ce nom ne doit pas excéder 50 caractères et peut seulement contenir des caractères alphanumériques (sans accent ni espace blanc) et les 3 caractères suivants: - (tiret), _ (souligné) et. (point). Nom de plaque ou ensemble de tubes : Inscrire un nom unique pour chaque plaque ou ensemble de tubes.

7 3. Sections «Nom d échantillon» et «Amorce» Les noms ne doivent pas excéder 50 caractères et peuvent seulement contenir des caractères alphanumériques (sans accent ni espace blanc) et les 3 caractères suivants: - (tiret), _ (souligné) et. (point). Nom d échantillon Entrez les noms de vos échantillons dans la colonne «Nom d échantillons» dans l ordre indiqué: A01 à A12, puis B01 à B12, etc. et non A01, B01, C01, etc et sans laisser de ligne vide. Les noms d échantillons doivent être uniques. Si vous désirez inclure le nom de l amorce dans le nom du chromatogramme (le fichier.ab1 qui sera généré), veuillez l inclure dans le nom de l échantillon sur le formulaire. Amorce Le nom des amorces est à entrer dans deux colonnes. Entrez le nom de l amorce dans la colonne «Amorce» à utiliser pour chaque échantillon Veuillez ne mettre qu une seule combinaison échantillon/amorce par ligne. En d autres mots, il doit y avoir autant de lignes remplies que de séquences demandées. Si un échantillon doit être séquencé avec plus d une amorce, utilisez une ligne différente pour chaque combinaison échantillon/amorce. Le but est d indiquer quelle amorce doit être utilisée pour séquencer chaque échantillon. Entrez le nom de l amorce dans la colonne «Nom d échantillon» Les noms d amorce doivent également être entrés dans la colonne «Nom d'échantillon». Le type d'adn correspondant est alors «Amorce» et seules les informations dans les colonnes «Nom d'échantillon» et «Nom de projet» sont requises. Le but est d indiquer quelle est la localisation physique des amorces dans les tubes ou les plaques soumis. Amorce : Entrer un seul nom d amorce par cellule. Nom d échantillon : 1- Inscrire un nom unique pour chaque échantillon 2- Inscrire le nom de l amorce requise pour cet échantillon dans la colonne «Amorce».

8 4. Indiquez le type de l échantillon en utilisant le menu déroulant des cellules de la colonne «Type d ADN»

9 5. Indiquez la «Taille du fragment (paires de bases)» : taille des produits de PCR ou la taille des plasmides soumis. 6. Entrez le nom du projet exactement comme il apparaît sur la page d accueil de Nanuq car l application est sensible à la typographie utilisée.

10 7. Optionnelle, la colonne «Information sur l ADN» permet d indiquer toute information utile sur les échantillons soumis. Téléchargez les fichiers d exemple [Excel] Formulaire de soumission d échantillons - Organisation des échantillons et des amorces en plaques de 96 puits [Excel] Formulaire de soumission d échantillons - Organisation des échantillons et des amorces en tubes à PCR en strip Une fois le formulaire complété, sauvegardez le fichier sur votre ordinateur en portant une attention particulière à l'emplacement où le fichier est sauvegardé. Étape 3 Soumettre le Formulaire de soumission d échantillons dans Nanuq Tous les échantillons à séquencer doivent être soumis via Nanuq. Revenez à la page «Soumission d'échantillons de séquençage» et suivez les instructions décrites dans la section «Étape 3 Soumettre le fichier Excel» de Nanuq.

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12 Si vous souhaitez soumettre des échantillons en utilisant le service BaseXpress de séquençage en 24 heures, assurezvous que la case «BaseXpress» est cochée. Il est important de lire attentivement la description de ce service, disponible en cliquant sur «Qu'est-ce que le service BaseXpress?», notamment pour connaître l heure limite de réception des échantillons pour un séquençage le jour même ou le coût de ce service.

13 Nanuq procède ensuite à une validation de la soumission comme décrit dans l étape La validation a échoué. Nanuq indique la liste des erreurs à corriger. Une fois ces erreurs corrigées, sauvegardez le fichier et cliquez sur «Soumettre le fichier de nouveau». Erreurs 1 et 2 : Ces erreurs proviennent du fait que le type d ADN indiqué à la ligne 23 du formulaire Excel est «Amorce». Nanuq en a déduit que le nom : PCR2_P1, dans la colonne «Nom d échantillon», est un nom d amorce et donc que les colonnes C «Amorce» et F «Taille du fragment» ne devraient pas être remplies. Si vous souhaitiez indiquer un échantillon plutôt qu une amorce à cette position, vous devez corriger le type d ADN spécifié.

14 Erreur 3 : Dans la cellule D33 du formulaire Excel, le nom de projet «endymion» est invalide car il est mal écrit. Le nom de projet doit être écrit exactement comme il apparaît sur votre page d accueil de Nanuq, c est-à-dire exactement comme vous l avez écrit dans le Formulaire de demande de services de séquençage. Dans ce cas, la première lettre du projet prend une majuscule. Pour corriger cette erreur, remplacez dans la cellule D33 «endymion» par «Endymion».

15 Erreur 4: Cette erreur provient du fait qu à la ligne 37 du formulaire Excel, les colonnes «Nom de projet» et «Type d ADN» sont remplies tandis que la colonne «Nom d échantillon» est vide. Nanuq requérait qu un nom d amorce soit spécifié. Pour corriger cette erreur entrez le nom de l amorce dans la cellule D37. Si vous rencontrez des difficultés n hésitez pas à nous contacter.

16 2. La validation est complétée avec succès. Vérifiez que toutes les informations indiquées sur ce sommaire sont exactes (en particulier le nombre total de séquences demandées et les informations du fichier Excel), puis cliquez sur «Confirmer soumission d échantillons» pour que la soumission soit enregistrée dans Nanuq, sinon cliquez sur «Annuler» pour revenir à la page précédente de «Soumission d échantillons de séquençage». Une page de confirmation de soumission d échantillons apparaît. Elle indique le numéro qui a été attribué par Nanuq à cette soumission. Ce numéro est important car il vous permettra de faire le suivi de votre soumission et il vous sera demandé lors de toute communication avec le Service de séquençage.

17 Vérifier que les coordonnées du contact sont exactes car pour toute question relative à cette soumission le Service de séquençage communiquera avec cette personne. A partir de cette page vous pouvez : Imprimer le bordereau d expédition qui doit obligatoirement accompagner les échantillons lors de leur envoi. Faire une nouvelle soumission Voir le lot de soumission

18 Code barre scanné lors de la réception des échantillons au laboratoire de séquençage

19 Pour le service de séquençage en 24 heures, le terme BaseXpress doit absolument être inscrit sur le bordereau d'expédition.

20 Étape 4 Suivi d une soumission dans Nanuq Le menu de la plate-forme de séquençage permet d accéder à la page «Recherche de lot de soumission» qui liste toutes les soumissions effectuées et donne un résumé des informations concernant ces soumissions (nombre d échantillons soumis, acceptés, séquencés, nom de plaque, etc.). Cette page permet également d effectuer une nouvelle soumission d échantillons. Cliquez sur le numéro de la soumission pour accéder à la page «Lot de soumission d échantillons» détaillant cette soumission.

21 Cette page permet de : Imprimer le bordereau d expédition. Supprimer la soumission, tant que celle-ci n a pas été acceptée par le Service de séquençage, en cliquant sur le bouton «Détruire lot». Suivre le statut de la soumission en cliquant sur l icône «Voir échantillons». o Les échantillons sont en attente d acceptation tant qu ils ne sont pas arrivés au laboratoire de séquençage. o Les échantillons sont acceptés le jour de leur réception. o Les échantillons sont rejetés s ils ne respectent pas les exigences de soumission ou s ils arrivent au laboratoire en mauvaise condition. o Les échantillons peuvent être ignorés à votre demande. o Pour les échantillons séquencés, les résultats sont disponibles dans Nanuq. Étape 5 - Modèles de tubes et de plaques acceptés Seuls certains modèles de tubes et de plaques sont acceptés afin d être compatibles avec les procédures du Service de séquençage. Les modèles de tubes et plaques acceptés sont : Tubes PCR en «strip». Plaques PCR de 96 puits Plaques PCR de 384 puits Produits recommandés : Tubes PCR en «strip».: UltiDent Scientific, 0,2 ml thin-walled 12 tube and domed cap strips, numéro de catalogue: AB-1113 Plaques PCR de 96 puits : Axygen Scientific, 96 well half-skirt PCR microplate clear, numéro de catalogue: CA Plaques PCR de 384 puits : Corning, Thermowell Gold PCR Plates, numéro de catalogue: 3757 Scellant pour plaque: Applied Biosystems, MicroAmp Clear Adhesive Films, numéro de catalogue: Toute soumission de 48 échantillons et plus doit être faite en plaque de 96 puits.

22 Étape 6 - Préparation des échantillons Volumes et quantités requis par échantillon à séquencer :

23 Étape 7 - Organisation des échantillons Les échantillons doivent être organisés dans les tubes en «strip» ou dans les plaques exactement comme sur le Formulaire de soumission d échantillons. Identifiez les tubes par le nom des puits correspondant sur le Formulaire de soumission d échantillons : A01, A02, A03 et pas par le nom complet de l échantillon ou de l amorce. Échantillons et amorces doivent être aliquotés, cela signifie que vous devez fournir autant de tubes d échantillons et de tubes d amorces qu il y a de séquences à faire, même si un même échantillon est à séquencer avec plusieurs amorces ou que la même amorce est à utiliser pour plusieurs échantillons. Les amorces doivent être aliquotées dans le même ordre que les échantillons auxquels elles correspondent. Étape 8 - Envoi des échantillons Les échantillons accompagnés du bordereau d expédition peuvent être envoyés par courrier ou apportés en personne entre 9h00 et 17h00 du lundi au vendredi. Les échantillons pour le service BaseXpress doivent impérativement arriver au Service de séquençage avant 11h00, du lundi au vendredi. Les échantillons doivent être adressés à: Service de séquençage Centre d innovation Génome Québec et Université McGill 740, Avenue Dr-Penfield, pièce 7300 Montréal, QC, H3A 0G1 Tel: , poste Fax: Si vous avez des questions à propos de la soumission de vos échantillons n hésitez pas à contacter le Service de séquençage : Par courriel : sequencing.service@mail.mcgill.ca Par téléphone : poste 00522