Physiologie de la flore intestinale. B. rôle du microbiote digestif C. variations physiologiques et pathologiques du microbiote digestif

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1 23/03/15 BASTOS REINALDO Julia L2 CR : Victor Chabbert Appareil digestif Dr MILLION 6 pages APPAREIL DIGESTIF- Physiologie de la flore intestinale Physiologie de la flore intestinale Plan : A. Exploration du microbiote digestif B. rôle du microbiote digestif C. variations physiologiques et pathologiques du microbiote digestif A. Exploration du microbiote digestif Le microbiote intestinal, autrefois appelé microflore intestinale, est l'ensemble des bactéries, virus, champignons qui vivent dans le tube digestif. Chaque individu héberge ( milliards) de bactéries vivantes dans son intestin ce qui représente 10 à 100 fois le nombre de cellules du corps humain. Techniques d'étude : Techniques culture-dépendantes bactéries vivantes il faut trouver la bonne atmosphère, difficile Techniques moléculaires indépendantes de la culture-dépendante ADN de la bactérie (bactérie vivante ou morte) permet de connaître la séquence Une grande partie des espèces bactériennes du microbiote digestif n'ont jamais été cultivées et sont retrouvées uniquement par la biologie moléculaire. Culture : Une colonie bactérienne correspond à une seule espèce bactérienne Une espèce bactérienne inclue de nombreuses souches bactérienne (Strain) ex : E. Coli et sous E. Coli, dans une même espèce il peut y avoir plusieurs souches, pathogènes ou non. Techniques culture-dépendantes : elles dépendent de l'atmosphère (conditions aérobies et anaérobies), et elles combinent : une identification traditionnelle (enzymatique) une identification de nouvelle génération (spectrométrie de masse) 1/6

2 Séquencage moléculaire : détection de l'adn Une séquence d'adn bactérien correspond à un phylotype (et non une espèce) Techniques moléculaires indépendantes de la culture : PCR à large échelle (pyroséquencage) Phyla ou embranchements bactériens : bactéroidetes bactéroides fragilis (anaérobie) Firmicutes staphylococcus clostridum lactobacillus Actinobacteria bifidobacterium Proteobacteria (<10% dans la flore digestive mais très important au niveau clinique) Escherichia coli Klebsiella pneumoniae Dans le tube digestif, ces 4 phylum représentent 90% du microbiote! Richesse du microbiote digestif : Pour l'ensemble des humains plus de phylotypes plus de 500 espèces cultivées différentes Pour un seul individu > 400 phylotypes différents > 250 espèces différentes La flore autochtone est stable au cours du temps pour un individu donné contrairement à la flore «de passage». Colonisation du tube digestif : A la naissance, le tube digestif est stérile et dépourvu de bactéries. La colonisation microbienne débute dès les premiers instants de vie et est modifiable selon : allaitement (vs biberon) contacts humains (mère) alimentation l'environnement facteurs de l'hôte (génétiques?) Allaitement = transmission d'un microbiote Le lait maternel est composé d'une flore bactérienne abondante et très diversifiée et notamment de Lactobacillus et Bifidobacterium. C'est vers l'âge de 2 ans que le microbiote devient stable sur le plan structurel et fonctionnel. 2/6

3 Le lait maternel est une source de bactéries lactiques pour le tube digestif du bébé : La même souche bactérienne (Lactobacillus gasseri) est retrouvée dans le lait de la maman, dans la bouche du bébé et dans les selles du bébé. Cette bactérie n'était pas retrouvée sur la peau de la maman ni au niveau de son vagin. La composition du microbiote varie selon les segments du tube digestif teneur du milieu en oxygène (anaérobie facultative ou anaérobie stricte) ph sécrétions (tolérance à la bile) nutriments disponibles vitesse du transit (rapide de la bouche au cæcum, plus lent ensuite) Gradient quantitatif croissant oral-aboral : diminution progressive des bactéries aérobies au profit des bactéries anaérobies strictes au niveau du colon. estomac < 10 3 UFC/g duodénum UFC/g jéjunum UFC/g iléon UFC/g colon 10 9 à UFC/g UFC = Unité Formant Colonie Interrelation du régime, de l'hôte et de la flore digestive : La microflore intestinale est en interrelation permanente avec les aliments et l'organisme humain, l'ensemble constituant un écosystème complexe. Toute modification de l'un ou de l'autre de ses constituants est susceptible de perturber l'équilibre et le fonctionnement de l'ensemble. B. Rôle du microbiote digestif Effets digestifs : 2 rôles : Trophicité : établissement, maturation et entretien de la barrière de la muqueuse intestinale Motricité : stimulation du transit intestinal 3/6

4 Effets nutritionnels : Dégradation des hydrates de carbone (sucres) non absorbés cellulose, amidon, pectine, glycoprotéines aboutissant à la production d' «acides gras à chaînes courtes» assimilables par l'hôte (acétate, propionate, butyrate) et de gaz (CO 2, H 2 ) l'acide butyrique est la principale source d'énergie de la muqueuse colique Hydrolyse des lipides alimentaires non absorbés lipases bactériennes conjugaison des acides biliaires primaires, indispensable pour une bonne absorption des graisses Dégradation de certaines protéines et de certains acides aminés, permettant la récupération de l'azote tryptophane Apport vitaminique (micro nutriments, présents en quantité très faible) Certaines bactéries sont capables de synthétiser des vitamines : riboflavine (vitamine B2) acide pantothénique (vit B5) Pyridoxine (vit B6) : chez l'alcoolique chronique, déficit en B6 et en B1, surement dûe à une flore digestive détruite Biotine (Vit B8 ou H) vitamine B12 : son déficit entraine une anémie macrocytaire vitamine K (facteurs II ; VII, IX, X coagulation) Protection contre l'infection : Effet de barrière vis-à-vis des bactéries exogènes «résistance à la colonisation» élimination totale de la souche exogène maintient de la souche exogène en sous-dominance La flore digestive stimule l'immunité locale et générale. C. Variations physiologiques et pathologiques de la flore digestive Facteurs de variation de la composition du microbiote digestif : age sexe géographie régime antibiotiques probiotiques (ex : l'ultra levure) Probiotiques : Prépatation microbienne vivante utilisée comme additif alimentaire et qui a une action bénéfique sur l'animal-hôte, en améliorant la digestion et l'hygiène intestinale (Füller, 1989) 4/6

5 Maladies ayant été associées à des altérations du microbiote entérocolite aiguë nécrosante : chez les prématurés, cause de mortalité, car tube digestif complètement immature diarrhée associée aux antibiotiques colite à Clostridium difficile maladies inflammatoires de l'intestin Crohn Rectocolite ulcéro-hémorragique diabète obésité malnutrition aiguë sévère (marasme, kwashiorkor) : enfants très maigres, ou avec des gros ventres qui sont en fait des œdèmes, c'est de l'eau. Conclusion 5/6

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