GUIDE DE PRÉLÈVEMENT EN MICROBIOLOGIE LABORATOIRE DU CHIC DE CORNOUAILLE

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1 GUIDE DE PRÉLÈVEMENT EN MICROBIOLOGIE LABORATOIRE DU CHIC DE CORNOUAILLE la dernière mise à jour à été réalisée le 02/01/12 La finalité de l examen bactériologique est d isoler la ou les bactéries présumées responsables d infection et d évaluer leur(s) sensibilité(s) aux antibiotiques. La réussite de l isolement est tributaire de la qualité de l échantillon recueilli et transmis. Un examen de bactériologie devient urgent, si une antibiothérapie est prescrite. Le recueil de l échantillon doit précéder la mise sous traitement. Lorsque le résultat de l examen microscopique cytochimie, coloration de Gram, contribue au choix du traitement, il est communiqué dans l heure qui suit l arrivée de l échantillon au laboratoire. Ce guide précise pour chaque échantillon : Sa nature Indication (s): Mode(s) de prélèvement : Commentaire (s) : numéro acte et lettre clef Pour accéder à un index des principales demandes en bactériologie cliquez ici. Pour toute modification à apporter dans ce guide laisser un message à l'adresse de Françoise Geffroy f.geffroy@ch-cornouaille.fr Rappelons enfin que pour toute demande L'HEURE DU RECUEIL doit impérativement être notée. REMIC Référentiel en microbiologie médicale 4éme édition 2010

2 Recherche d'un terme par ordre alphabétique A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z Aspergillus (culture) Aspiration bronchique Biopsie Prélèvement tissus Bordetella pertussis (coqueluche) Brosse bronchique protégée Cathéter Chambre implantable Chlamydia Collection purulente(fermée) Conduit auditif externe Conjonctivite Coproculture ECBU ECBU sur sonde Endocol +/- autres sites Expectoration Gorge HLM Hémocultures Hémoculture sur cathéter ou C.I.P. Hémoculture pour Mycobactéries Lavage Broncho-Alvéolaire Legionella antigène urinaire Leptospires Lésions sèches, mycose Lésion suintante Lésion ulcéreuse oculaire Liquide amniotique Liquide articulaire Liquide Céphalo-Rachidien (LCR) Liquide d ascite Liquide de coelioscopie Liquide de dialyse péritonéale Liquide de drainage Liquide péricardique Morsure Mycobactéries autre site Mycobactéries broncho-pulmonaires Mycobactéries dans les hémocultures Mycobactéries dans le LCR Mycobactéries dans liquide de ponction Mycobactéries urinaires Mycoplasmes Nez Oreille moyenne Os (Biopsie) Parasitologie des selles Placenta Pneumocystis jirovecci Prélèvements du nouveau-né Prélèvement vaginal en fin de grossesse Pus (collection fermée) Pus de fistule Rotavirus Recherche d Acanthamoeba Sang dans les selles Sécrétions prostatiques Sinus Sonde de stimulation cardiaque Sperme Suppuration au niveau d un méat Toxine de Clostridium difficile Tréponèmes Urètre, premier jet Virus Respiratoire Syncitial Sommaire interactif (CTRL + clic pour atteindre le document)

3 Aspergillus CAPS Indications : Confirmation diagnostic - Aspergilloses invasives pulmonaire ou sinusienne - Pneumopathie nécrosante chronique - Aspergillose bronchique obstructive - Aspergillose allergique : alvéolite extrinsèque, aspergillose broncho-pulmonaire - Aspergillome pulmonaire ou sinusien - Localisation tissulaire par inoculation ou métastase septique - Otite externe Modes de prélèvement : - Aspergilloses invasive pulmonaire se référer au chapitre Lavage bronchoalvéolaire - Pneumopathie nécrosante chronique - Aspergillome pulmonaire - Aspergillose broncho-pulmonaire allergique se référer aux chapitres Lavage broncho-alvéolaire, aspiration bronchique ou expectoration - Aspergillose bronchique obstructive se référer au chapitre Aspiration bronchique Si localisation tissulaire se référer au chapitre Biopsie Si localisation pleurale se référer au chapitre Liquide pleural Si Otite externe : écouvillonner < 2 heures à température ambiante Commentaires : La demande mérite d être complétée - d un séro-diagnostic en dehors de l asthme aspergillaire - d une recherche d antigène circulant dans les formes invasives(galactomannanes) - de la recherche d IgE spécifiques dans les formes allergiques en dehors de l alvéolite extrinsèque

4 Aspiration bronchique CASP Pneumopathies pour lesquelles des prélèvements par méthodes invasives (LBA, Brosse), sont contre-indiqués L aspiration est recueillie dans un tube stérile (flacon piège) connecté à la sonde d aspiration. < 2 heures à température ambiante Interprétation : Seuil de significativité /ml : 10.5 ufc/ml

5 Biopsie BIOPSIE, tissus B Diagnostic d infection tissulaire Biopsie per opératoire, déposer l échantillon dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge rajouter 1ml de sérum physiologique Infection ostéo articulaire : cf chapitre OS < 2 heures à température ambiante Commentaires : Lorsque le diagnostic de tissu infecté est évoqué, ne pas se limiter à un échantillon pour l anatomo-pathologiste. La recherche de mycobactéries se fait sur demande explicite

6 Bordetella pertussis Diagnostic de certitude de la coqueluche Ecouvillonnage narinaire profond (1 écouvillon pour les 2 narines) Aspiration par une narine de sécrétion au niveau du nasopharynx (500 µl) dans flacon stérile (flacon piège sur sonde d aspiration) Immédiat à température ambiante commentaire : La recherche se fait par PCR. au laboratoire de biologie moléculaire du CHIC Les différentes techniques développées pour la sérologie des infections à Bordetella ne sont recommandées ni pour le diagnostic ni pour la surveillance épidémiologique de la coqueluche et ne sont plus inscrites à la NABM (nomenclature des actes de biologie médicale)

7 Brossage bronchique protégé CBRO indication : Pneumopathies communautaires graves Pneumopathies nosocomiales Pneumopathies en échec d'une antibiothérapie probabiliste Acte médical spécialisé La brosse type Wimberley sous contrôle fribroscopique est dirigée vers une petite bronche drainant le territoire pulmonaire suspect. Le cathéter interne est alors poussé de quelques centimètres pour effectuer le prélèvement. Après retrait du cathéter interne remis dans le cathéter externe, la brosse est sortie et coupée avec des ciseaux stériles pour qu elle tombe dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge rajouter 1ml de sérum physiologique Immédiat à température ambiante Seuil de significativité /ml : 10.3 UFC/ml

8 Cathéter K Indications : Retrait de cathéter - pour suspicion d infection avec lymphangite - signes généraux d infection avec suspicion du point de départ du cathéter. Modes de prélèvement : Pour les cathéter longs couper les 5 derniers centimètres distaux Pour les cathéter courts envoyer la partie insérée Transférer dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge Prélever en complément un couple de flacons d hémocultures sur une veine périphérique < 2 heures à température ambiante Préciser la localisation anatomique du cathéter Technique utilisée au CHIC : méthode semi quantitative de Cleri simplifiée Brun Buisson : Une numération bactérienne > 10.3UFC /ml est considérée comme significative de colonisation du cathéter. Référence :" Conduite à tenir en cas de suspicion d'infection liée à un KT veineux central" disponible sur le site infectiologie du CHIC

9 Chambre implantable DIV Indications : Suspicion d infection de la chambre avec retrait (si laissée en place cf. hémocultures sur chambre implantable) Et / ou Suspicion d infection de la loge Modes de prélèvement : - Envoyer dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge, les 5 cm de l extrémité distale du cathéter prélevé stérilement - Envoyer la chambre implantable dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge - Ecouvillonner la loge < 2 heures à température ambiante

10 Chlamydia CLAT Indications Chlamydia trachomatis Chez la femme endocol ou premier jet des urines La recherche est systématique sur les prélèvements d origine pelvienne (liquide péritonéal, liquide de Douglas, biopsies de tissus) Chez l homme exsudats génitaux, premier jet d urine, sperme, Chez la femme chez l homme écouvillonnage des ulcérations génitales, anus (biopsie rectale), de la gorge de la conjonctive, liquide articulaire. Chez le nouveau né écouvillonnage de la conjonctive, de la gorge, sécrétions bronchiques Les urines doivent être prélevées après une continence supérieure à 2 heures il faut recueillir les premiers 10ml (1 er jet) Les liquides sont transférés dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge. Pour la recherche au niveau de l'endocol, racler l'endocol avec une cytobrosse puis décharger dans un tube de milieu TEN (au laboratoire) (idem pour les écouvillons) permettant l extraction des acides nucléiques pour l amplification génique. Pour l amplification génique la conservation peut se faire à température ambiante pendant 24 à 48 heures ou une semaine à +4 C Commentaires : La recherche de Chlamydiae trachomatis se fait par PCR au laboratoire de biologie moléculaire du CHIC. Chlamydia pneumoniae Infection pulmonaire (pneumopathie atypique) -cf. lavage broncho alvéolaire recherche par PCR

11 Laboratoire Guide de prélèvement en microbiologie Collection fermée - pus Documentation bactérienne : aide au diagnostic et au traitement. Modes de prélèvement : Après désinfection cutanée soigneuse, Ponction de l abcès sous imagerie ou Aspiration à la seringue de pus pendant l intervention Transférer le pus dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge < 2 h à température ambiante Proscrire les écouvillons Ne pas utiliser de flacon type hémoculture Conduit auditif externe NORE Indications : Documentation d une otite externe : - Non résolutive sous traitement local - Chez un patient à risque immunodéprimé ou diabétique Eliminer les débris et croûtes du conduit auditif externe avec un premier écouvillon Ecouvillonner le conduit auditif externe < 2 heures à température ambiante L otite externe à Pseudomonas aeruginosa peut devenir maligne chez les diabétiques et les immunodéprimés nécessitant une antibiothérapie par voie générale.

12 Conjonctivite Y Suspicion de conjonctivite bactérienne Frottis sur l angle interne de l œil droit et de l œil gauche avec deux écouvillons distincts humidifiés avec du sérum physiologique stérile < 2 heures à température ambiante Le prélèvement de l œil non infecté sert de témoin Cas particulier : conjonctivite hyper hémi que à Chlamydia trachomatis Se procurer auprès du laboratoire un tube de milieu TEN Eliminer les exsudats conjonctivaux Ecouvillonner en appuyant fermement Briser l écouvillon immédiatement dans le milieu TEN Immédiat au laboratoire L amplification génique par PCR est la technique pratiquée au laboratoire du CHIC

13 Coproculture SELLES SEL Diarrhée avec fièvre supérieure à 39 Diarrhée hémorragique Syndrome dysentérique Retour d une zone tropicale Si enfant de moins de 2 ans, avant le 7ème jour de diarrhées pour la recherche de Rota virus+entérovirus Dès l émission des selles, recueillir 3 ml ou 3 grammes de selles de préférence dans les zones muco-sanglantes si elles existent. Transférer à l aide de la spatule fournie dans le flacon de grand diamètre à bouchon à vis rouge spécifique pour coproculture. < 2 h à température ambiante si prise en charge différée conservation à 4 C et ensemencement dans les 12 heures, pour les virus les selles peuvent être conservées 24à 48h à +4 c Commentaires : Salmonella et Shigella sont systématiquement recherchées. Yersinia (CYER) et Campylobacter sont recherchés s il existe du sang dans les selles ou des leucocytes ou sur prescription explicite Les Rota virus (ROTA) et Adénovirus (ADES) sont recherchés sur prescription explicite. Préciser si retour de pays tropical ou ingestion de fruits de mer (recherche d Aeromonas vibrions. En cas de SHU ou de purpura thrombotique thrombocytopénique rechercher la Shiga toxine (vérotoxine) par amplification génique (gènes stx1-stx2), pas de culture spécifique. La recherche de Klebsiella oxytoca au décours d'une colite hémorragique se pratique sur un fragment de biopsie colique droite, transmis dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge (prescription explicite) Voir recherche de toxine A B de Clostridium difficile si diarrhée post antibiotiques (jusqu'à 2 mois après la fin du traitement une seule dose peut suffire)

14 Examen cytobactériologique des urines ECBU Indications : - Diagnostic d infection urinaire symptomatique ; à l exception d un premier épisode de cystite aiguë non compliquée de la femme jeune( ans) ou de récidive sans dépasser trois épisodes par an, où le dépistage par bandelette est suffisant. - Dépistage des bactériuries asymptomatiques nécessitant une antibiothérapie : femme enceinte ayant des antécédents d infection urinaire ou diabétique, l examen doit être mensuel. Pour les autres femmes enceintes un dépistage mensuel par bandelette est suffisant, il sera complété d un ECBU si le dépistage est positif. avant une intervention urologique. - Contrôle du traitement des pyélonéphrites, entre 4 à 6 semaines après la fin du traitement. non indications : patient asymptomatique sauf femmes enceinte et greffé rénal depuis moins de 6 mois Pour les patients sondés se reporter à Urines recueillies chez un patient appareillé U Modes de prélèvement : L ECBU se fait sur tube monovette verte et doit être accompagné de renseignements cliniques Après une toilette génitale soigneuse au savon suivi d un rinçage 1 Cas général Après une continence d au moins 4 heures Recueil en milieu de jet, le méat urinaire étant dégagé (décalottage ou petites lèvres écartées) 2 Si troubles neurologiques périphériques ou cognitifs Chez la femme recueil par sondage Chez l homme par étui pénien, laissé en place 30 minutes au maximum. 3 Nourrisson Poche à prélèvement spécifique posée après désinfection de la zone où est placée la poche, ne pas laisser en place plus de 30 minutes, dès la miction terminée recueillir immédiatement les urines En cas de rétention aiguë d urine chez l homme dans un contexte fébrile, l urine se recueille à partir de la sonde de drainage sus-pubien. A température ambiante sur tube monovette verte ( consevateur acide borique) Commentaires : Seuil de positivité: leucocytes 10 4 / ml ± hématurie 10 4 / ml germes 10 3 ufc/ml si germe uropathogène sinon 10 4 se référer à "interprétation de l'ecbu" disponible sur le site infectiologie du CHIC Pour des recherches de Mycobactéries urinaires, de leptospires se reporter aux rubriques correspondantes. Ces recherches ne sont pas effectuées sur des ECBU standards. La recherche de Mycoplasmes est faite sur demande explicite lors de cystite lithiasique à urines claires et ph alcalin. La recherche d anaérobies qui s observent notamment lors de fistules vésico-coliques n est pratiquée que sur demande explicite.

15 Urines recueillies chez un patient appareillé (ECBU sur sonde) U L expression patient appareillé signifie porteur d un appareillage en relation avec les voies urinaires (sonde à demeure, sonde urétérale, ) et non un dispositif destiné au recueil des urines de type Uricol. texte de l ENSM N 91/99. Indications : Chez des patients sondés - Suspicion d infection urinaire symptomatique, qui peut se résumer à une fièvre isolée Modes de prélèvement : Dans tous les cas clamper la sonde juste avant le prélèvement en aval du point de ponction soigneusement désinfecté. Recueillir les urines et les transférer dans une monovette verte A température ambiante Le traitement des infections symptomatiques est suivi du retrait de la sonde. Un contrôle est nécessaire à la 48 ième heure.

16 Endocol Sécrétions et exsudats de localisation (ano) génitale chez la femme GPV/GEND Indications : - Infection génitale symptomatique - Dépistage de maladie sexuellement transmissible (IST) - Surveillance femme enceinte (préciser l âge de la grossesse) Modes de prélèvement : -Premier jet des urines Les urines doivent être prélevées après une continence supérieure à 2 heures il faut recueillir les premiers 10ml (1 er jet). Permet la recherche par amplification génique (PCR) de - Chlamydia trachomatis (cf fiche spécifique) - Mycoplasmea genitalum - Gonocoque -Prélèvement cutaneo muqueux Cul de sac vaginal postérieur pour examen direct (écouvillon sec), bactériologique et mycologique (écouvillon portagerm) Endocol Ecouvillonnage de l endocol sous spéculum après mouchage du col (écouvillon sec ou portagerm) Si recherche de Mycoplasmes par culture (CMYP) (U. uréalyticum, M. hominis) Prescription explicite prévoir un écouvillon ( intéressant pendant le premier trimestre de grossesse) Si recherche spécifique de Streptococcus agalactiae ( groupe B) (34-35 semaine de grossesse ) écouvillonnage au niveau du tiers vaginal inférieur (écouvillon sec ou portagerm) Autre(s) site(s) Ecouvillonner le(s) sites(s) supplémentaire(s) si ulcérations A température ambiante dans les meilleurs délais La recherche de Tréponema pallidum (Syphilis) et Trichomonas vaginalis n'est réalisée que sur les prélèvements réalisés au laboratoire

17 Expectoration C Indications : - Pneumopathies productives - Echec de traitement antibiotique d exacerbation aiguë de bronchite chronique avec syndrome obstructif sévère - Mucoviscidose éventuellement surinfection de dilatation des bronches Après rinçage de la bouche Recueillir de préférence les premiers crachats matinaux pour les exacerbations aiguës de bronchite chronique Dans un tube à fond conique à bouchon bleu < 2 heures à température ambiante Préciser le motif de la demande, les méthodes d étude sont spécifiques pour la mucoviscidose et les Dilatations Des Bronches La recherche de Burkholderia cépacia (CPCE) est réalisée systématiquement en cas de mucoviscidose Seuil de significativité /ml : 10.7 UFC/ml

18 Gorge NGOR Indications : Diagnostic d angines érythémateuses ou érythématopultacées : Streptocoque A, C, G, Arcanobacterium, ulcéronécrotiques : angine de Vincent pseudomembraneuse : Corynebacterium diphteriae. Recherche explicite de gonocoque, de méningocoque (par PCR) mode de prélèvement : Avant toute antibiothérapie Pour les angines érythémateuses et érythématopultacées : écouvillonner les amygdales ou si absentes les piliers du voile du palais Pour les angines ulcéronécrotiques : écouvillonner les zones lésées Pour les angines pseudomembraneuse : écouvillonner la périphérie des fausses membranes Pour la recherche de gonocoque et de méningocoque : écouvillonner la paroi postérieure du pharynx. Dans tous les cas ne pas toucher aux parois internes des joues < 2 heures à l abri du froid Commentaires : La recherche de Streptocoque du groupe A se fait en cas de TDR (test diagnostic rapide) négatif chez un patient à risque de RAA Pour les angines pseudomembraneuses la demande d un MNI test en urgence est recommandé. La recherche de méningocoques dans l'entourage d'un patient ayant une méningite à méningocoque est à proscrire, (DGS 15 juillet 2002).

19 Hématies Leucocytes Minute HLM Mise en évidence de débits cellulaires pathologiques Trois heures avant l heure habituelle de lever Boire un quart de litre d eau Uriner à fond, noter l heure de la miction, jeter les urines Se recoucher Rester allongé, à jeun et au repos Après 3 heures uriner à nouveau à fond dans le flacon remis par le laboratoire. Noter l heure du recueil Dans les meilleurs délais

20 Hémocultures aérobie et anaérobie H Indications : - Variation brutale de température, frissons - Signes de choc septique - Fièvre > 38,5 C avec foyer localisé ( pneumonie, pyélonéphrite, arthrite, méningite ) - Suspicion d endocardite - absence de réponse à un traitement antibiotique adapté depuis 3 jours Modes de prélèvement : Au moment de la symptomatologie Après désinfection cutanée soigneuse, (cf. protocole classeur hygiène) ponction veineuse. Remplir le flacon jusqu au trait de jauge. Noter sur le flacon l heure et le site de prélèvement. ❶ Cas général, chez l adulte le volume minimum conseillé est de 20 ml de sang, soit 10 ml par flacon, le volume optimal est de 40 à 60ml soit un total de 4à 6 flacons correctement remplis.il y a consensus pour limiter le nombre d hémoculture à 3 par épisode clinique et par tranche de 24 heures. Une alternative consiste à prélever les 4 à 6 flacons (3 aérobies et 3 anaérobies en un seul prélèvement. ❷ En cas de suspicion d endocardite prélever trois couples de flacons hémocultures par trois ponctions différentes à n importe quel moment. Le lendemain en l absence de résultat positif, renouveler les prélèvements de la même façon. Enfin le troisième jour, ( en l absence de résultat positif ) prélever un dernier couple et signaler au laboratoire la suspicion d endocardite (un protocole de suivi d hémoculture pour suspicion d endocardite sera déclenché) Dans les meilleurs délais à l abri du froid Commentaires : Lors d une fièvre inexpliquée la multiplication des prélèvements ne garantit pas de gain. Il est par contre souhaitable de prolonger la durée d incubation des flacons, ce qui ne peut être réalisé qu en contactant le laboratoire.

21 Hémocultures sur cathéter ou chambre implantable H Suspicion de bactériémie à point de départ du cathéter central ou de la chambre implantable, sans retrait du cathéter central ou de la chambre. Prélever : un couple de flacons d hémocultures par ponction veineuse (périphérique) un couple de flacons d hémocultures par le cathéter central ou la chambre L heure exacte et le site des ponctions doivent être impérativement noté sur les flacons pour permettre une interprétation. Dans les meilleurs délais à l abri du froid. Une pousse plus précoce dans les flacons prélevés par le cathéter central d au moins 2 heures que la pousse dans les flacons prélevés en périphérie est en faveur d une infection à point de départ du cathéter central ou de la chambre. Se référer à "conduite à tenir en cas de suspicion d'infection liée aux KT veineux centraux" disponible sur le site infectiologie du CHIC

22 Hémoculture pour recherche de mycobactéries H Recherche de bactériémie à mycobactéries notamment lors de fièvre si SIDA tableau de milliaire tuberculeuse Ensemencer un flacon spécifique (flacon à bouchon noir) délivré par le laboratoire sur demande < 2 heures à température ambiante

23 Lavage Broncho-Alvéolaire CLBA Pneumopathies graves Instiller après blocage du bronchofibroscope de 50ml de sérum physiologique à 37 C en 4 à 6 fois. Un mini-lavage limité à quelq ues ml de sérum physiologique peut remplacer le lavage dans les formes très sévères à hématose péjorative. Le liquide est aspiré dans un tube à fond conique à bouchon bleu ou flacon piège sur sonde d aspiration. < 2 heures à température ambiante Les recherches de Legionella, Mycobactéries, Pneumocystis, Aspergillus Nocardia Chlamydiae pneumoniae Mycoplasma pneumoniae et Toxoplasma gondii ne sont faites que sur demandes explicites, cocher sur le bon de demande spécifique les cases correspondantes en cas de suspicion clinique précise. L'examen cytologique se fait sur demande explicite

24 Légionella pneumophila AGSLE Test urinaire : Dépistage rapide de Légionellose à Legionella pneumophila sérogroupe1, même sous antibiothérapie. Echantillon d urine, 10 ml, dans un pot à bouchon à vis rouge rapidement à température ambiante Commentaires : Test rapide pouvant être rendu dans l'heure qui suit le prélèvement Pour Legionella pneumophila sérogroupe1, l antigène urinaire est détectable 1 à 3 jours après l apparition des symptômes chez 88% des patients. L excrétion est variable : de quelques jours a à 2 mois en moyenne et près d un an chez quelques patients. En cas de positivité pratiquer une aspiration bronchique ou un LBA pour recherche de Legionelle par culture sur milieux spécifiques. Rappel : la légionellose est une maladie à déclaration obligatoire

25 Leptospires la culture de leptospires est longue et fastidieuse et est abandonnée au profit de la PCR La recherche par amplification génique est possible sur le sang, le LCR et les urines. - dans le sang positivité pendant les 10 jours suivant l apparition de la fièvre -si atteinte méningée le LCR est prélevé entre le 5 ème et le 15 ème jour. - les urines sont recueillies entre le 15 ème et le 25 ème jour. - entre 6 et 12 jours la période muette ne permet pas d isoler les leptospires Immédiat à l abri du froid Un examen direct peut être réalisé au microscope au fond noir

26 Lésions sèches, mycoses Peau et phanères Diagnostic de lésions mycosiques : levures ou dermatophytes Modes de prélèvement : 1 Lésions sèches : gratter pour récupérer les squames à la périphérie de la lésion. 2 Lésions suintantes (kérion, intertrigo, périonyxis) écouvillonner 3 Onyxis : - Lésion latéro-distale gratter le bord de l ongle - Onycholyse verdâtre enlever l ongle soulevé, gratter le lit de l ongle et le repli sus-unguéal - Lésion entre zone saine et malade, découper l ongle, pour atteindre la limite ongle sain ongle malade, gratter la zone malade. Transférer les prélèvements dans des flacons stériles à bouchon à vis rouge ou petite boite de Pétri A température ambiante Commentaires : Les prélèvements doivent se faire à distance d un traitement antifongique un mois si imidazolés locaux, griséofulvine ou kétoconazole deux mois si terbinafine ou filmogène pour les ongles Les dermatophytoses des ongles sont toujours précédées de lésions cutanées de voisinage qu il est plus facile de prélever que les ongles. Les milieux de cultures mycologiques sont conservés pendant 21 jours

27 Lésion suintante PUS Recherche de Streptocoque béta-hémolytique des groupes A, C ou G (CSTE) Ecouvillonner < 2 heures à température ambiante La présence de streptocoque béta-hémolytique est un obstacle à toute cicatrisation et peut se compliquer d une infection extensive. L antibiothérapie est nécessaire.

28 Lésion ulcéreuse oculaire Y Diagnostic de kératite bactérienne, fungique ou à Acanthamoeba Acte réservé à l'ophtalmologiste Ecouvillonnage de façon appuyée ou grattage.+ frottis sur lame si possible si recherche d'amibes gratter la lésion les écouvillons sont acheminés sur Brest pour la mise en culture si des frottis sont réalisés leur lecture après coloration peut être réalisée au laboratoire du CHIC acheminement le plus rapidement possible au laboratoire après appel téléphonique Pour les porteurs de lentilles envoyer le liquide d entretien en plus de l échantillon et prescrire explicitement la recherche d Acanthameoba

29 Liquide amniotique LAMN Rupture précoce et prolongée de la poche des eaux. Sous spéculum nettoyer l exocol, prélever au moins 0,5 ml de liquide au niveau de l endocol. Transférer dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge Immédiat à température ambiante Le résultat de l examen direct est transmis sans délai. Une prolifération monomicrobienne observée à la coloration de Gram est informative cliniquement.

30 Liquide articulaire Indications : Diagnostic d arthrite infectieuse ou métabolique LART Modes de prélèvement : Ponction après désinfection cutanée soigneuse Recueil sur flacon stérile à bouchon à vis rouge pour la culture bactérienne et la recherche de cristaux, un tube citraté pour cytologie. Eventuellement si le volume de liquide le permet, un couple de flacons type hémoculture, peut améliorer la sensibilité des cultures. Immédiat à l abri du froid Commentaires : Si > 1500 éléments /mm3 et > 50 % de Polynucléaires neutrophiles et bactéries au Gram, l examen microscopique est communiqué au prescripteur dans les meilleurs délais La recherche de mycobactéries est faite sur demande explicite Possibilité de transmettre un aliquote pour PCR universelle ciblant l ARN ribosomal 16S

31 Liquide céphalo-rachidien (LCR) Indications : Suspicion de méningite ou de méningo-encéphalite Modes de prélèvement : Après désinfection cutanée soigneuse, ponction lombaire. Recueil Trois flacons stériles à bouchon à vis rouge numérotés dans l'ordre du recueil de 1 à 3, si possible avec 20 gouttes par flacon. Adjoindre des hémocultures Immédiat à l abri du froid Commentaires : Les résultats de l examen direct sont communiqués dans l heure qui suit l arrivé de l échantillon au laboratoire. La culture de mycobactéries en plus d une demande explicite, est systématique si la formule est lymphocytaire avec hypoglycorachie dans un tableau subaigu En fonction du contexte clinique et de l'age du patient un certain nombre de recherches de microorganismes par PCR peut être réalisé sur demande explicite Méningocoque B et non B (NM) Pneumocoque (SP) Listéria monocytogenes (LM). BK mycobactéries (BMBK) Virus du groupe Herpes : Herpes virus 1&2 (HV), VZV Entérovirus ( EV) Pour le Méningocoque et le Pneumocoque une PCR sera réalisée en parallèle sur un tube de sang spécifique (tube EDTA bouchon violet) un diagnostic précoce pourra être réalisé sur ce tube avant même la ponction lombaire La recherche d'antigénes solubles (pneumo méningo haemophilus) dans le LCR n'est plus réalisée au CHIC (manque de sensibilité et de spécificité) La recherche d'antigène soluble de Cryptococcus néoformans (CRYPR) se fait sur le sérum et le LCR en parallèle sur demande explicite

32 Liquide d Ascite (LASC) Confirmation d une suspicion d infection du liquide d ascite. Après désinfection cutanée soigneuse, ponction en fosse iliaque droite. Recueil Un flacon stérile à bouchon à vis rouge pour examen cytologique et culture bactérienne ; Un couple de flacons type hémoculture, pour améliorer la sensibilité des cultures de 30%. Immédiat, à température ambiante. Commentaires : Le pronostic immédiat d infection du liquide d ascite dépend de la rapidité d instauration d une antibiothérapie adaptée. Elle peut être décidée sur le seul résultat de la cytologie. L infection du liquide d ascite est hautement probable si > 500 éléments ou > 75 polynucléaires neutrophiles/ mm3 ou polynucléaire neutrophile > 30 %. Le résultat de l'examen direct est communiqué au prescripteur dans les meilleurs délais. La recherche de mycobactéries doit faire l'objet d'une demande explicite

33 Produit d origine pelvienne obtenu par coelioscopie Liquide d origine pelvienne Obtenu par cœlioscopie LTON Inflammation pelvienne dont le syndrome de Fitz-Hugh-Curtis Aspirer du liquide dans le cul de sac de Douglas avant toute utilisation de solution antiseptique. Envoyer dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge les quelques gouttes de liquide recueilli. Immédiat à température ambiante. Les Chlamydia et le gonocoque, sont systématiquement recherchés par amplification génique (PCR) en plus de la culture des bactéries et si la nature du prélèvement est bien explicitée sur la demande

34 Liquide de dialyse péritonéale LDIA Diagnostic d infection suspecté devant l aspect trouble du liquide Ponction dans la poche juste après recueil du liquide de dialyse Recueil dans un pot stérile à bouchon à vis rouge Immédiat à température ambiante Si > 100 éléments /mm3 et Polynucléaire neutrophile > 50 %, le résultat de l examen direct est communiqué dans les meilleurs délais

35 Liquide de drainage DR Indications : Dans le cadre de la chirurgie septique, si le liquide après éclaircissement et raréfaction, redevient trouble et plus abondant. Transférer un échantillon de liquide de drainage trouble venant de s écouler dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge. < 2 heures, à température ambiante Dans la chirurgie orthopédique propre réglée, la culture du liquide de drainage, comme du redon sont inutiles en systématique.

36 Liquide péricardique LPER Diagnostic de péricardite bactérienne Recueil du liquide de drainage Un flacon stérile à bouchon à vis rouge Immédiat, à température ambiante La recherche de mycobactéries est faite sur demande explicite

37 Liquide pleural LPLE Diagnostic de pleurésie purulente Modes de prélèvement : Après désinfection cutanée soigneuse, ponction de la plèvre. Un flacon stérile à bouchon à vis rouge < 2 heures à température ambiante La recherche de mycobactéries en plus d une demande explicite, est systématique

38 Morsure PUS Plaie par morsure (à spécifier sur la demande) Le prélèvement n'est pas systématique il est à réaliser si recherche de germe particulier (ex pasteurelle) ou si la plaie est surinfectée Aspirer du pus dans une seringue, transférer le pus dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge Des flacons Portagerm sont disponibles au bloc opératoire pour recherche d'anaérobies < 2 heures à température ambiante :

39 Mycobactéries Généralités La recherche de mycobactéries est possible à l initiative du biologiste sur les sécrétions broncho-pulmonaires et les liquides de ponction. La prescription doit être explicite dans les autres cas. Le diagnostic direct par biologie moléculaire (PCR) (BMBK) d infection à mycobactéries dans les tissus les liquides de ponction ou le LCR, est possible sur demande explicite en parallèle de l'examen direct et de la culture sur milieux spécifiques solides et liquides. Mycobactéries autre site diagnostic de mycobactériose viscérale un flacon stérile à bouchon à vis rouge < 2 heures à température ambiante Le flacon stérile à bouchon à vis rouge qui sert à la bactériologie usuelle est suffisant, la prescription doit être explicite.

40 Mycobactéries sur sécrétions broncho-pulmonaire Suspicion de mycobactériose broncho-pulmonaire Trois prélèvements successifs (sur 3 jours ouvrables) sont conseillés, recueillir les expectorations du matin dans un tube fond conique à bouchon à vis bleu.. < 2 heures à température ambiante

41 Mycobactéries dans liquide de ponction La recherche est possible à l initiative du biologiste sur les sécrétions bronchopulmonaires et les liquides de ponction. La prescription doit être explicite dans les autres cas. Le diagnostic direct par biologie moléculaire (PCR) (BMBK)d infection à mycobactéries dans les liquides de ponction les tissus ou le LCR, est possible sur demande explicite en parallèle de l'examen direct et de la culture sur milieux spécifiques (milieux liquides et solides) Liquide articulaire (LART) Liquide d ascite( LASC) Liquide péricardique(lper) Liquide pleural (LPLE)

42 Mycobactéries urinaires U BK Recherche sur prescription explicite de mycobactéries après avoir éliminé une infection urinaire à pyogène par un ECBU (leucocyturie sans germe en l absence d une antibiothérapie) (obligation J.O. du 12/08/1997). Une diète hydrique la veille au soir est conseillée Recueillir les urines du matin. Examen à répéter sur trois prélèvements successifs (obligation J.O. du 12/08/1997) Faire parvenir au laboratoire dans les 12 h, en attendant le transport conserver à 4 C

43 Mycoplasmes Indications : Recherche de mycoplasmes uro-génitaux (CMYP) Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalum (PCR), Ureaplasma urealyticum. - Infection urogénitale - Cystite à urine claire lithiasique (ph alcalin) Recherche de mycoplasmes pulmonaires (MP) -Pneumopathie atypique Mycoplasma pneumoniae (PCR) Infection uro-génitale - chez l homme urétrite subaiguë (cf. Urètre, premier jet ), prostatite (cf. sécrétion prostatique); - chez la femme cervicite asymptomatique (cf. endocol +/- autres sites premier jet des urines), endométrite et salpingite (cf. suppuration au niveau d un méat). Cystite (cf. premier jet des urines ECBU) Infection pulmonaire -cf. lavage broncho alvéolaire Se rapporter aux chapitres correspondants La recherche des Mycoplasmes urogénitaux (Uréaplasma uréalyticum et Mycoplasma hominis se fait par culture sur milieux spécifiques La recherche de Mycoplasma genitalum se fait par biologie moléculaire (PCR) sur un premier jet des urines après 2 heures de continence. La recherche de Mycoplasma pneumoniae aux niveaux des sécrétions pulmonaires se fait par biologie moléculaire (PCR) cf. lavage broncho alvéolaire

44 Nez NEZ Indications : Dépistage des porteurs de Staphylococcus aureus folliculite profonde furonculose chronique hémodialyse Avec un seul et même écouvillon prélever les deux faces internes des ailes du nez à 1 cm du bord des ailes du nez. < 2 heures à température ambiante Commentaire Bien préciser l'objet de la demande, le dépistage systématique ne fait pas partie de la politique du CLIN du CHIC

45 Oreille moyenne NORE Documentation d otite moyenne purulente Acte médical spécialisé Eliminer les débris et croûtes du conduit auditif externe avec un premier écouvillon Aspirer du liquide après paracentèse sans contaminer le prélèvement par la flore du conduit auditif externe. Transférer le pus dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge ou écouvillon Portagerm < 2 heures à température ambiante La recherche d anaérobies est nécessaire en cas d otite chronique, signaler cette donnée clinique au laboratoire. La culture mycologique est systématique

46 Os BPRO Documentation d'ostéite Tout prélèvement profond par ponction avant intervention est souhaitable En cours d intervention recueillir les tissus présumés infectés en différents points (3 minimum) en per opératoire 5 prélèvements en des sites anatomiques différents et si possible pathologiques macroscopiquement. En fin d intervention après excision des tissus lésés prélever un fragment osseux considéré sain Chaque échantillon est transféré dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge bien identifié. Des écouvillons Portagerm sont également disponibles au bloc opératoire Le plus rapidement possible - Toute antibiothérapie doit être arrêtée au moins 15 jours avant le prélèvement - Une antibiothérapie doit être immédiatement prescrite après les prélèvements per opératoire, si l'infection est aiguë ou subaiguë. L'examen microscopique direct des échantillons peut permettre d'orienter immédiatement le choix de l'antibiothérapie. La documentation de l'infection permet d'ajuster l'antibiothérapie ou de l'instaurer dans les formes chroniques.

47 Parasitologie (PARR) MATIÈRES FÉCALES Recherche explicite d un parasite en fonction du contexte (à préciser sur le bon de demande) Chez l'immunodéprimé (VIH) (ex cryptosporidies) Retour de zone tropicale Dès l émission des selles, recueillir 3 ml ou 3 grammes de selles de préférence dans les zones muco-sanglantes si elles existent. Transférer à l aide la spatule fournie dans le flacon de grand diamètre à bouchon à vis spécifique pour coproculture. IMMEDIAT (indispensable pour la recherche d amibes lors de laquelle le laboratoire doit être prévenu) L orientation diagnostic contribue fortement à la qualité de l'examen. La sensibilité de la recherche peut être améliorée par la répétition de l examen lorsque le précédent est négatif, à concurrence de trois examens sur huit jours.

48 Placenta Suspicion de listériose Carottage à l aide d un scalpel stérile de préférence une zone d aspect macroscopique anormale. Transférer dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge Si l acheminement est différé, maintenir l échantillon à 4 C Listeria et Streptocoque B sont recherchés systématiquement.

49 Pneumocystis jirovecii PJ Pneumopathie de l'immunodéprimé Pneumonie interstitielle ne répondant pas à l antibiothérapie conventionnelle Cocher en plus de la prescription explicite, la nature de l échantillon prélevé Lavage Broncho-Alvéolaire : Instiller après blocage du bronchofibroscope de 50ml de sérum physiologique à 37 C en 4 à 6 fois Un mini-lavage limité à quelques ml de sérum physiologique peut remplacer le lavage dans les formes très sévères à hématose péjorative. Le liquide est aspiré dans un tube à fond conique à bouchon bleu ou tube capture sur sonde d aspiration < 2 heures à température ambiante La recherche par biologie moléculaire (PCR).

50 Prélèvements chez le nouveau-né Dépistage d'infection néo-natale si : - antécédent d'infection néonatale à streptocoque B ou portage maternel de streptocoque B - mère fébrile ( >ou = 38 C) - prématurité (< 37 semaines) - rupture de la poche des eaux > 12 heures - liquide amniotique teinté ou méconial ou fétide - anomalie du rythme cardiaque per partum, sans cause mécanique - signes d'infection néo-natale ou de souffrance foetale inexpliquée Modes de prélèvement : Avant la première toilette ou avant la douzième heure de délivrance : - Aspiration gastrique (GAS) de quelques millilitres, transférés dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge. - Méconium (MEC) transférés dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge Immédiat à température ambiante Commentaires : Le résultat de l'examen direct de l'aspiration gastrique est communiqué dans l'heure qui suit sa réception au laboratoire Les résultats intermédiaires des cultures sont transmis par informatique au bout de 24 heures, résultats définitifs en 48 heures si négatifs.

51 Prélèvement vaginal en fin de grossesse CSTB Examen à visée préventive (pratique antibio-prophylaxie per partum) Ecouvillonnage au niveau du tiers vaginal inférieur (écouvillon sec ou portagerm )(34-35 semaine de grossesse) < 2 h, à température ambiante La présence de streptocoque du groupe B justifie pour certains une Antibioprophylaxie durant l accouchement (recommandation CNGOF 1997). La présence de Candida est réalisée sur demande explicite. La recherche d Eschérichia coli K1 n'est pas systématique.

52 Pus sur fistule Identification des bactéries se trouvant dans une collection suppurée sousjacente, fistulisée à la peau Désinfecter soigneusement en surface, un cathéter semi-rigide monté sur seringue est engagé progressivement dans la fistule en décollant doucement les adhérences jusqu'à buter sur un obstacle le plus profond possible, aspirer le pus. Placer l extrémité du cathéter coupé stérilement dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge < 2 H a température ambiante Les prélèvements superficiels de plaies ou de fistules par écouvillonnage doivent être bannis car le plus souvent contaminés par de la flore cutanée. Un pus de fistule en regard d'un foyer d'ostéite a une assez bonne valeur prédictive sur l infection profonde seulement s il est retrouvé du Staphylococcus aureus sur deux prélèvements consécutifs.

53 PRÉLÈVEMENT OCULAIRE Recherche d Acanthamoeba Indications : Kératite notamment chez les porteurs de lentilles Prescription explicite Acte réservé à l ophtalmologiste - Cornée : Ecouvillonner la lésion, noter sur l étui de l écouvillon, recherche de levures ; Gratter puis écouvillonner en appliquant une pression soutenue en périphérie de la lésion, réaliser un frottis et noter sur l étui de l écouvillon recherche d Acanthamoeba. Immédiat - Joindre : lentilles, liquide d entretien, boîtier L'examen direct après coloration est rendu dans la demi heure (si le biologiste est présent pour la lecture) La culture d Acanthamoeba transmise à Brest peut requérir jusqu à 15 jours La localisation des champignons pouvant être profonde comme pour les Acanthamoeba, leur recherche est systématique dans ces types de prélèvements.

54 Sang dans les selles SANR Test de dépistage du cancer colorectal Dès l émission des selles, recueillir 1 à 3 grammes de selles. Un régime avant prélèvement n est pas nécessaire, seule l hémoglobine non digérée est détectée. < 2 heures à température ambiante Le test est spécifique de l hémoglobine humaine.

55 Sécrétion prostatique Diagnostic de prostatite chronique La recherche de Mycoplasmes nécessite une prescription explicite Acte médical spécialisé Effectuer un massage prostatique en exprimant la glande avec un mouvement centripète pour vider les canaux, puis de haut en bas, et terminer par un massage de l urètre jusqu au méat. Recueillir les 10 premiers ml d urine après massage dans un pot stérile à bouchon à vis rouge. <2 heures température ambiante

56 Sinus Indications : - Contrôle d une rhinorrhée persistante au décours d une sinusite traitée avec une antibiothérapie empirique - Sinusite grave notamment extensive Modes de prélèvement : Aspiration du pus de sinus au niveau du méat moyen ou Ponction de sinus Transférer le pus dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge ou écouvillon Portagerm < 2 heures à température ambiante recherche mycologique (candida ou aspergillus) sur demande explicite

57 Sonde de stimulation cardiaque Indications : Infection ou suspicion d infection de la loge avec retrait de la sonde Modes de prélèvement : Envoyer la sonde de stimulation dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge Ecouvillonner la loge < 2 heures à température ambiante

58 Sperme GSPE Indications : Orchite Epididymite avant PMA Après miction et toilette génitale Recueil dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge < 2 heures à température ambiante Commentaires : La culture mycologique est systématique La recherche des mycoplasmes est systématique La recherche de Chlamydia nécessite une prescription explicite elle est réalisée par PCR (CLAT)

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60 Suppuration au niveau d un méat (PUS) Indications : Bartholinite, skénite, parotidite, endométrite.. Désinfecter au niveau de l orifice d écoulement du pus. Aspirer le pus sortant du méat ou de l endocol pour une endométrite. Transférer le pus dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge ou un flacon Portagerm < 2 heures à température ambiante

61 Toxine de Clostridium difficile TOXICD Diarrhées après prise d antibiotique (jusqu'à 2 mois) même après une seule dose 3 ml ou la taille d un noix de selles dans un flacon à coproculture. L échantillon est à conserver à 4 C en attendant le transport. Eviter une exposition longue à température ambiante. Commentaires : Délai de résultat 1 heure La recherche s exécute sur prescription explicite Cet examen peut être exécuté en urgence en cas de suspicion de colite pseudo-membraneuse.

62 Tréponèmes (TREPO) Indications : Chancre et/ ou adénopathie satellite Syphilides Modes de prélèvement : Contacter le biologiste pour effectuer le prélèvement. Chancre ou syphilides : nettoyer la surface avec du sérum physiologique Recueillir un peu de sérosité avec un vaccinostyle sur les bords de la lésion sans faire saigner Déposer la sérosité dans une goutte de sérum physiologique sur une lame Recouvrir d une lamelle Adénopathie satellite : ponctionner avec injection préalable d un peu de sérum physiologique Prélèvement réalisé au laboratoire Résultat de l'examen direct au microscope à fond noir immédiat Examen direct peu sensible devant s accompagner systématiquement d un prélèvement sanguin pour sérologie TPHA, VDRL.

63 Urètre GENU Diagnostic d urétrite La recherche de Chlamydia et/ou de Mycoplasmes nécessite une prescription explicite Modes de prélèvement : - Si recherche de Chlamydia, de Mycoplasma genitalum,de gonocoque ou absence d écoulement recueillir les 10 premiers ml d'urines de début de miction (1 jet) important : les urines doivent être prélevées après une continence supérieure à 2 heures Recueillir dans des pots à bouchon à vis rouge - Si écoulement urétral : écouvillon à faire parvenir immédiatement au laboratoire A température ambiante Commentaires La culture mycologique est systématique

64 Virus Respiratoire Syncitial Broncho-pneumonie hivernale de l enfant Aspiration par une narine de sécrétion au niveau du nasopharynx < 2 heures à température ambiante Test unitaire