Rapport du comité d'experts

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1 Section des Unités de recherche Rapport du comité d'experts Unité de recherche : Transporteurs ABC et Epithéliums Normaux et Tumoraux EA 3499 de l'université Pierre et Marie Curie janvier 2008

2 Section des Unités de recherche Rapport du comité d'experts Unité de recherche : Transporteurs ABC et Epithéliums Normaux et Tumoraux EA 3499 de l Université Pierre et Marie Curie janvier 2008

3 Rapport du comité d'experts L'Unité de recherche : Nom de l'unité : Transporteurs ABC et Epithéliums Normaux et Tumoraux Label demandé : EA N si renouvellement : 3499 Nom du directeur : M. Jean-François BERNAUDIN Université ou école principale : Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 Autres établissements et organismes de rattachement : Date de la visite : 31 janvier

4 Membres du comité d'évaluation Président : M. Jean-Michel SCHERRMANN, Paris Experts : M. Antoine VALERI, Brest M. Gérard ZALCMAN, Caen Expert(s) représentant des comités d évaluation des personnels (CNU, CoNRS, CSS INSERM, représentant INRA, INRIA, IRD ) : Aucun des représentants du CNU sollicité n était disponible à la date de la visite Observateurs Délégué scientifique de l'aeres : M. Pierre CHARDIN Représentant de l'université ou école, établissement principal : M. Florent SOUBRIER, Représentant de l Université Paris 6 3

5 Rapport du comité d'experts 1 Présentation succincte de l'unité Nombre d enseignants-chercheurs statutaires au 1er Janvier 2008 : 13 Nombre d ingénieurs, techniciens et administratifs : 10 soit 4 ETP + 3 en CDD Nombre de thèses en cours : 5 Nombre de HDR et nombre de HDR encadrant des thèses : 9 Nombre de thèses soutenues depuis Janvier 2004 : 10 Durée moyenne des thèses soutenues depuis 4 ans dans l'unité : 3,5 ans Nombre d enseignants-chercheurs et de chercheurs publiants : 13 sur 13 (+ 3 Praticiens hospitaliers) 2 Déroulement de l'évaluation L évaluation de l EA s est déroulée sur une journée. Elle a porté sur l évaluation scientifique de la période et sur l examen de son renouvellement se caractérisant par la proposition d accueillir deux nouvelles équipes et un nouvel intitulé : «Interactions cellules tumorales et microenvironnement et réponse aux agents anticancéreux». Les documents écrits remis aux experts se sont avérés complets et informatifs. La liste des publications des deux équipes candidates à l association a été remise aux experts. Après une introduction générale par le responsable de l EA portant sur les objectifs scientifiques et le contexte de l insertion de l EA dans le futur centre de recherche de l hôpital Tenon, les projets des trois équipes ont été présentés par leurs responsables. Les exposés se sont révélés didactiques et ont mis en valeur l évolution chronologique du projet. La visite des laboratoires existants et de ceux pouvant accueillir l EA dans le nouveau bâtiment du centre de recherche, ainsi que la rencontre avec les personnels et le président du comité consultatif médical, a complété la visite qui s est terminée par la présentation des conclusions du comité de visite à l ensemble des membres de l EA. 3 Analyse globale de l unité, de son évolution et de son positionnement local, régional et européen L évaluation a été dominée par le projet d élargissement de l EA. Cet élargissement apparaît justifié pour plusieurs raisons : Il répond à un souci de renforcement des thématiques centrées sur les pathologies tumorales de deux organes : poumon et prostate. Ces choix reposent sur la présence de deux services cliniques à fort recrutement de patients dans ces domaines et animés par deux PU-PH très impliqués dans une recherche translationnelle allant de la clinique au fondamental et vice-versa. Cet apport renforce le potentiel de l EA actuelle reposant principalement sur les compétences du service d anatomie-pathologie dirigé par le responsable de l EA. 4

6 Ce projet dans sa nouvelle version s inscrit dans une stratégie globale du CHU Tenon (précisée par le Président du CCM au comité et le représentant de l Université Paris 6) et de l ouverture du bâtiment Centre de Recherche qui pourrait accueillir les recherches de biologie cellulaire, moléculaire et in vivo de l EA si sa labellisation est accordée. Enfin, le comité d experts a jugé très favorablement la démarche collective et homogène des demandeurs qui proposent une approche moderne et translationnelle de la recherche en cancérologie : observations et collections d échantillons tumoraux alimentant la thématique de recherche biologique et retour des informations sur de nouvelles stratégies de chimiothérapies pour les patients. Le comité de visite a noté également la qualité des publications des demandeurs, leurs rayonnements national et international, l excellent niveau de formation doctorale. Ces points seront développés dans l analyse équipe par équipe. 4 Analyse équipe par équipe et par projet Equipe 1 : Transporteurs ABC Cette équipe a centré ses recherches sur l expression et le rôle de 3 ABC transporteurs : MDR1, MRP1 et ABCG2 sur diverses lignées tumorales. Au cours de la période quadriennale, les principaux résultats ont concerné la localisation de ces transporteurs en particulier au niveau intracellulaire sur des épithéliums de type respiratoire, rénal et intestinal. L originalité tient à l étude de mécanismes de contrôle de leur expression (désordres chromosomiques, rôle de l hypoxie environnante et de la synthèse d EPO). Parmi les autres faits marquants, on citera la caractérisation de facteurs cibles de bon pronostic (GST) et recherche de polymorphismes génétiques de MDR1 influençant l efficacité d anthracyclines. Ces travaux ont été menés par 6 enseignants-chercheurs dont 4 HDR, 1 post-doctorant et 7 doctorants dont un en co-direction avec Paris 13. Le groupe a produit 40 publications dont 15 sont centrées sur l EA. Les journaux sont principalement issus de la discipline (Clin Cancer Res (2), Int J Cancer, Europ J Cancer, Lung Cancer, ). Le projet scientifique reste centré sur l étude de l influence de l environnement sur le phénotype MDR, en particulier celui de l hypoxie locale au niveau des tissus tumoraux comme ceux provenant des carcinomes pulmonaires non à petites cellules (CNPC) en relation avec l équipe poumon et cancer de la prostate. Grâce à la maîtrise de la cytométrie en flux multiparamétrique et des méthodes d immunohistochimie, l évaluation de l expression de plusieurs ABC transporteurs, marqueurs d hypoxie et de la microvascularisation sanguine pourra être réalisée. En seconde intention, le projet abordera sur des cultures cellulaires la modélisation in vitro de cet environnement hypoxique et son analyse plus fine au niveau moléculaire (gène et protéine). Il se complétera par l étude des phénomènes de résistance aux taxanes et aux inhibiteurs des récepteurs EGFR. On retrouve le rôle possible des protéines ABC dont en particulier celui de ABCG2 et des mutations propres au domaine kinase du gène EGFR. L équipe bénéficie de l arrivée sur le site de Tenon d un groupe spécialisé en hémostase qui souhaite aborder les mécanismes d interaction cellules cancéreuses et coagulation. Les premières collaborations portent sur l utilisation de la banque cellulaire de l EA Ce groupe hémostase dispose d une bonne activité scientifique préalable, et doit s insérer dans le contexte scientifique local et de celui de l EA. Equipe 2 : Poumon L équipe 2 a centré ses recherches depuis plus de 10 ans sur une forme très particulière d adénocarcinome pulmonaire, les adénocarcinomes périphériques, et particulièrement, leur forme pré-invasive, le carcinome bronchiolo-alvéolaire (CBA). A partir d observations radio-cliniques, et d une tumorothèque sans équivalent au monde de ce type de tumeurs pulmonaires rares (1 à 2 % des cancers pulmonaires), l équipe a caractérisé les interactions entre cellules tumorales et stroma-réaction (cellules épithéliales normales, fibroblastes, cellules endothéliales et cellules inflammatoires, neutrophiles, macrophages, lympho B et T, et cellules dendritiques). Au cours de ces dix dernières années, plusieurs modèles de lignées cellulaires ont été établis, avec des techniques de co-culture en présence de cellules stromales, et de migration cellulaire en milieu semi-solide. Après avoir démontré les cross-talk entre l infiltration neutrophilique tumorale et les cellules tumorales, avec 5

7 un rôle pronostique péjoratif de cette infiltration neutrophilique passant, entre autres, par la secrétion tumorale d IL8, un travail récent (en révision pour le JCO) a établi le rôle protecteur de l infiltration tumorale par des cellules lymphocytaires T et dendritiques matures. La fréquence des altérations moléculaires de la voie de signalisation de l EGFR/ Ras dans ce type tumoral a, par la suite, conduit le groupe à mettre en place : D une part, des collections de pièces opératoires et biopsies pré-chirurgicales de patients inclus dans deux essais thérapeutiques nationaux multicentriques évaluant les inhibiteurs de l EGFR et les taxanes dans les CBA. Ces prélèvements ont été systématiquement analysés pour les altérations de la voie de l EGFR (IHC et FISH EGFR, erbb2, erbb3, c-met, IHC p-erk, pakt, ps6, p-c-met, mutations EGFR et K- Ras), et le contenu tumoral en béta-tubuline de classe III, impliqué dans la résistance aux taxanes. D autre part un modèle murin de CBA muté pour K-Ras en Val12, un système de recombinaison homologue au cours du développement des animaux permettant l élimination du gène sauvage, et une carcinogenèse multi-étape au cours de laquelle la survenue de CBA est précédée d hyperplasie alvéolaire atypique et d adénome, permettant l étude de la carcinogenèse multi-étape des CBA. L ensemble des travaux de ce groupe, depuis 10 ans a conduit à la publication de plus de 15 articles dans des revues de rang A, allant de Chest à Cancer Research, en passant par Am. J Pathol., Clinical Cancer Research, J. Clin. Oncology, J. Thorac. Oncol., Lung cancer, Oncogene. 4 étudiants de master 2 ont été successivement encadrés depuis 1998, et une thèse de sciences soutenue, poursuivie par un post-doc, donnant lieu à une collaboration internationale prestigieuse avec une équipe référente en matière de transgenèse murine au MD Anderson. Deux essais multicentriques IFCT successifs de phase 2, clinico-biologiques, ayant inclu plus de 200 patients ont été coordonnés par l équipe, dans lesquels les prélèvements tumoraux ont été prospectivement collectés et analysés. Plusieurs présentations ont été effectuées aux congrès de l ASCO depuis 4 ans. Enfin, le groupe a coordonné un STIC national avec 15 équipes permettant l évaluation médico-économique et la pertinence des analyses IHC et moléculaires de la voie EGFR/Ras dans les indications de traitement par inhibiteurs de la voie EGFR des adénocarcinomes pulmonaires, réalisant par là même un continuum biologicoclinique tout à fait remarquable : d une problématique clinique (la présentation radio-clinique particulière des CBA) à la biologie, et retour de la biologie (les marqueurs prédictifs de réponse au inhibiteurs de l EGFR) à la clinique. L intégration de cette équipe au sein de l EA3499 s effectue naturellement dans le projet futur du laboratoire, par l étude, sur le modèle CBA, des facteurs prédictifs de réponse et de survie sous inhibiteurs de l EGFR, sous chimiothérapie par taxanes ou sous anti-angiogéniques. De ce fait, l équipe poumon bénéficiera de l acquis de l équipe 1 dans le domaine des marqueurs d angiogénèse et hypoxie cellulaire (EP, EPO-R...) comme des protéines de transport des xénobiotiques (MDR1, MRP1..). L autre versant du travail futur de l équipe est l utilisation du modelé transgénique murin pour tester l hypothèse de la contribution stromale à l agressivité tumorale en traitant les souris avec CBA par différents modulateurs de la réaction inflammatoire ou immune, comme les agonistes des Toll-récepteurs de type 9 (Prommune ), obtenus dans le cadre de collaborations industrielles avec le Laboratoire Pfizer, ou comme les anticorps monoclonaux dirigés contre l IGFR, c-met, le VEGFR ou l EGFR pouvant jouer à la fois sur la composante cellulaire tumorale et sur la composante stromale. Dans le domaine de la carcinogenèse des adénocarcinomes pulmonaires, il s agit d une équipe de référence nationale et internationale, travaillant sur une thématique moderne de recherche en biologie translationnelle du cancer, qui ne peut que profiter de son intégration au sein d une équipe d accueil plus large, au sein d un bâtiment de recherche dédié, avec 3 autres groupes dont les thématiques sont parfaitement complémentaires. Equipe 3 : Prostate L équipe de génétique des tumeurs urologiques a depuis de nombreuses années une thématique de recherche portant sur l histoire moléculaire de ces tumeurs, tout particulièrement prostatique ainsi que sur le développement de marqueurs moléculaires utiles à la prévention, au diagnostic et au traitement de ces cancers. Cette démarche est structurée au sein d un réseau national, dont l équipe 3 assure la coordination, mais également international, de cliniciens et de pathologistes ayant permis depuis 1995, la constitution d une importante base de données corrélée à une biothèque (tumeurs, ADN). Les données phénotypiques (anatomocliniques) et génotypiques (locus de prédisposition, polymorphismes génétiques, mutations somatiques) ont fait l objet de plusieurs programme de recherche complémentaires, visant à mieux caractériser les tumeurs urologiques sur le plan épidémiologique et génétique, afin d apporter des réponses aux questions qui se posent sur le plan clinique : prévention, facteurs pronostiques, prédiction à la réponse thérapeutique, nouvelles cibles 6

8 thérapeutiques. Ainsi ont été coordonnés : un réseau INSERM de recherche clinique et de Santé Publique [N 4R004C-1997], un programme européen (Action Concertée BIOMED2, N CT96). Le programme de recherche de cette équipe est également soutenu par le «National Cancer Institute» à travers 2 consortiums : ICPCG (International Consortium of Prostate Cancer Genetics) et le programme européen (6ème PCRDT : «Prostate cancer integral management approach) & CGMS (Cancer Genetic Markers of Susceptibility) pour des projets portant sur la découvertes d altérations génétiques constitutionnelles (mutations rares, polymorphismes génétiques) et génomiques (mutations et dérégulations de l expression génique) impliquées dans la tumorigénèse prostatique. L aspect original et novateur est confirmé par le fait que l équipe participe au pôle de compétitivité Ile de France MEDICEN avec 2 contrats de recherche à potentialité de transfert industriel. Il s agit donc d une équipe de référence nationale et internationale sur une thématique s inscrivant dans la dynamique moderne de recherche en cancérologie, à forte valeur translationnelle, utilisant les outils de la biologie moléculaire pour une approche intégrée allant de la prévention, à la thérapeutique. Par ailleurs cette équipe apporte aux autres équipes de l EA, sa compétence en génétique, particulièrement adaptée pour l étude de l environnement hormonal dans la réponse aux anticancéreux. La production scientifique est dense et de très haut niveau avec les 5 publications principales récentes publiées pour 4/5 en 2007 dans des revues à fort voire très fort impact factor, telles : Nat Genet, J Clin Oncol, Eur Urol. Il faut préciser également l excellent niveau de formation doctorale avec 4 thèses d Université dirigées entre 2003 et Le projet scientifique de l équipe 3, concernant la «modulation du microenvironnement hormonal dans le cancer de la prostate, carcinogenèse et résistance aux thérapeutiques» s inscrit parfaitement dans la thématique de cette nouvelle EA «Interaction cellules tumorales et leur environnement et réponse aux agents anti-cancéreux». Il comprend essentiellement deux approches : l étude de la modulation de l émergence et de la résistance des cancers de la prostate associés à l instabilité génétique par mutation du gène BRCA2, par les androgènes, oestrogènes et leurs antagonistes. l étude des interactions entre l expression du gène «Breast Cancer Antiestrogen Resistance 1» (BCAR1), l expression du récepteur de l EGF et des tubulines lors de la phase d androgéno-indépendance des cancers de la prostate. Le projet interagit étroitement avec les 2 autres équipes de l EA, en particulier concernant l hypoxie tissulaire tumorale, la signalétique de l angiogénèse et la réponse aux taxanes (avec les équipes 1 et 2) impliquées dans les 2 approches citées plus haut. 5 Analyse de la vie de l'unité L unité est bien insérée au sein de l hôpital Tenon et son association aux deux nouvelles équipes procède d une logique organisationnelle avec la mise en commun des structures propres à chaque partenaire. Les ressources financières actuelles de l EA sont de l ordre de 59 k /an en terme de fonctionnement, le budget prévisionnel 2009 étant fixé à 75 k /an. Il faut préciser que le regroupement des 3 équipes disposant de contrats externes devrait assurer une disponibilité financière satisfaisante. Les équipes sont essentiellement composées par des enseignants chercheurs exerçant des fonctions hospitalières, des techniciens AP-HP partageant leur temps entre leurs missions de routine et des activités de recherche, des doctorants souvent appartenant au corps médical. Le responsable actuel de l EA pourra s appuyer sur deux collègues plus jeunes responsables de chacune des deux nouvelles équipes pour assurer la direction et la pérennité du projet. Le comité a été convaincu par la forte synergie existant sur le site entre les partenaires. 7

9 6 Conclusions Points forts : Qualité de la thématique scientifique globale (projets et modèles) s appuyant sur une démarche translationnelle clinique-biologique et qualité de la production scientifique des 3 équipes. Intérêt du double axe cancers pulmonaires et prostatiques dans le cadre du CHU Tenon. Finalité des méthodes prédictives des traitements des cancers s appuyant sur une approche de pharmacogénomique. Outils techniques en commun aux 3 partenaires. Insertion dans le Centre de Recherche du site avec bénéfice du plateau d imagerie tomographique petit animal. Apport des compétences en génétique de l équipe 3. Points à améliorer : Absence de chercheurs statutaires d organismes EPST et de doctorants scientifiques, faible nombre de techniciens BIATOSS. Eclatement actuel des équipes au sein des services cliniques à résoudre par le transfert de la recherche biologique dans le centre de Recherche. Recommandations : Vie commune à créer. Centrer les projets et les hiérarchiser en fonction des capacités logistiques et humaines. Intégration apparemment artificielle du groupe hémostase dans l équipe 1 à réussir rapidement. 8