1. Valorisation et dissémination des résultats depuis 2014

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1 1. Valorisation et dissémination des résultats depuis Valorisation scientifique et technique Un total de 7 publications dans des journaux scientifiques à comité de lecture 1. Trunet C, Mtimet N, Mathot AG, Postollec F, Leguerinel I, Sohier D, Couvert O, Carlin F, Coroller L (2015). Modeling the recovery of heat treated Bacillus licheniformis Ad978 and Bacillus weihenstephanensis KBAB4 spores at suboptimal temperature and ph using growth limits. Appl Environ Microbiol 81: Mtimet N, Trunet C, Mathot AG, Venaille L, Leguerinel I, Coroller L, Couvert O (2015). Modeling the behavior of Geobacillus stearothermophilus ATCC12980 Throughout its life cycle as vegetative cells or spores using growth boundaries. Food Microbiol 48: Valerio F, Di Biase M, Huchet V, Desriac N, Lonigro SL, Lavermicocca P, Sohier D, Postollec F (2015). Comparison of three Bacillus amyloliquefaciens strains growth behavior and evaluation of spoilage risk during bread shelf life. Food Microbiol 45 doi: /j.fm Desriac N, Coroller L, Jannic F, Postollec F, Sohier D (2015). mrna biomarkers selection based on Partial Least Square algorithm in order to further predict Bacillus weihenstephanensis acid resistance. Food Microbiology 45 doi: /j.fm Postollec F, Coroller L, Coton E, Sant Ana A (2015). Spoilers, wonder spores and diehard microorganisms: new insights to integrate these super foes in food spoilage risk management. Preface Spoilers2013 special issue Food Microbiol 45:1 6. Chaix E, Couvert O, Guillaume C, Gontard N, Guillard V (2015). Predictive microbiology coupled with gas (O 2/CO 2) transfer in food/packaging systems: how to develop an efficient decision support tool for food packaging dimensioning. Comp Rev Food Sci Food Safety 14: Ziane M, Desriac N, Le Chevalier P, Couvert O, Moussa-Boudjemaa B, Legerinel I (2014). Identification, heat resistance and growth potential of mesophilic spore-forming bacteria isolated from Algerian retail packaged couscous. Food Control 45:16-21 Un total de 6 communications orales à des colloques internationaux 1. Desriac N, Coroller L, Postollec F, Sohier D (septembre 2014) Integration of the bacterial physiological state into the microbial risk approaches: a case study with Bacillus weihenstephanensis exposed to a letal acid stress. BSFM (Be) 2. Trunet C, Mtimet N, Mathot AG, Postollec F, Leguerinel I, Sohier D, Couvert O, Carlin F, Coroller L (août 2014) Using Physiological growth parameters to predict spore-forming bacteria behavior all along their life cycle as vegetative cells or spores. IAFP US Indianapolis, Indiana (USA) RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 1 / juillet 2014

2 3. Mathot AG, Cozien E, Lochardet A, Coroller L, Desriac N, Huchet V, Sohier D, Postollec F (mai 2014) Genetic and phenotypic biodiversity of Bacillus licheniformis from the dairy industry. IAFP Eu, Budapest (Hu) 4. Fraud S, Henaff N, Perron MO, Desriac N, Huchet V, Mathot AG, Postollec F, Sohier D (mai 2014) Genetic diversity of Clostridium spp. Isolated from spoiled hard-cooked and semi-hard types of cheese. IAFP Eu, Budapest (Hu) 5. Huchet V, Desriac N, Berriet L, Lochardet A, Sohier D, Mathot AG, Postollec F (mai 2014). No effect of aging on Bacillus licheniformis spore heat resistance. IAFP Eu, Budapest (Hu) 6. Mtimet N, Couvert O, Trunet C, Coroller L, Mathot AG, Venaille L, Leguerinel I (mai 2014). Growth limits as a single set of parameters to predict sporulation boundaries, heat resistance, and outgrowth of spores. IAFP Eu Budapest (Hu) Un total de 18 communications affichées 1. Postollec F, Mathot AG, Huchet V, Coroller L, Cozien E, Desriac N, Sohier D (décembre 2014). Characterization of B. cereus inactivation to further optimize process and surface sanitation. Susclean roundtable, Wageningen (Nl) 2. Huchet V, Desriac N, Berriet L, Lochardet A, Sohier D, Mathot AG, Postollec F (septembre 2014). No impact of storage on Bacillus licheniformis spore heat resistance. BSFM, Bruxelles (Be) 3. Mathot AG, Cozien E, Couvert O, Poupon J, Linard B, Leguerinel I, Desriac N, Huchet V, Coroller L, Sohier D, Postollec F (septembre 2014). Sporeforming bacteria: a characterized collection of industrial strains for taylor made food testing. BSFM, Bruxelles (Be) 4. Desriac N, Postollec F, Cozien E, Sohier D, Huchet V, Mathot AG, Leguerinel I, Coroller L, Couvert O (septembre 2014). Growth, no-growth and inactivation of foodborne pathogens: a Matlab based tool to optimize food formulation and recipes taking into account the impact of ph and storage temperature. BSFM, Bruxelles (Be) 5. Trunet C, Mtimet N, Baril E, Mathot AG, Postollec F, Leguerinel I, Sohier D, Couvert O, Carlin F, Coroller L (septembre 2014). What is a general law could be applied to bacterial growth and spore recovery: the use of physiological growth parameters to predict spore germination and growth after heat treatment. BSFM, Bruxelles (Be) 6. F. Saubade, AG Mathot, M. El Jahbri, F. Postollec, L Coroller (septembre 2014). A kinetical model to describe growth of the vegetative cells and the formation of spores Bacillus licheniformis. FoodMicro, Nantes (Fr) 7. Huchet V, Desriac N, Berriet L, Lochardet A, Sohier D, Mathot AG, Postollec F (septembre 2014) No effect of aging on Bacillus licheniformis spore heat resistance. FoodMicro, Nantes (Fr) 9. Mathot AG, Cozien E, Couvert O, Poupon J, Linard B, Leguerinel I, Desriac N, Huchet V, Coroller L, Sohier D, Postollec F (septembre 2014). A characterized collection of industrial sporeforming bacterial strains for taylor made food testing. FoodMicro, Nantes (Fr) RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 2 / juillet 2014

3 8. Desriac N, Postollec F, Cozien E, Sohier D, Huchet V, Mathot AG, Leguerinel I, Coroller L, Couvert O (septembre 2014) A tool to optimize food formulation and recipes taking into account the impact of ph and storage temperature on foodborne pathogen growth or inactivation. FoodMicro, Nantes (Fr) 9. Mathot AG, Cozien E, Couvert O, Poupon J, Linard B, Leguerinel I, Desriac N, Huchet V, Coroller L, Sohier D, Postollec F (août 2014). Sporeforming bacteria: a characterization collection of industrial strains for taylor made food testing. IAFP US Indianapolis, Indiana (USA) 12. Mathot AG, Cozien E, Lochardet A, Coroller L, Desriac N, Huchet V, Sohier D, Postollec F (août 2014) Genetic and phenotypic biodiversity of Bacillus licheniformis from the dairy industry. IAFP US Indianapolis, Indiana (USA) 13. Fraud S, Henaff N, Perron MO, Desriac N, Huchet V, Mathot AG, Postollec F, Sohier D (août 2014) Genetic diversity of Clostridium spp. Isolated from spoiled hard-cooked and semihard types of cheese. IAFP US Indianapolis, Indiana (USA) 14. Trunet C, Mtimet N, Mathot AG, Postollec F, Leguerinel I, Sohier D, Couvert O, Carlin F, Coroller L (mai 2014). Monitoring the kinetics of the germination and activity recovery of Bacillus spores after a heat treatment by flow cytometry. IAFP Eu Budapest (Hu) 15. Mathot AG, Cozien E, Couvert O, Poupon J, Linard B, Leguerinel I, Desriac N, Huchet V, Coroller L, Sohier D, Postollec F (mai 2014). Sporeforming bacteria: a characterization collection of industrial strains for taylor made food testing. IAFP Eu Budapest (Hu) 16. Mathot AG, Cozien E, Henaff N, Coroller L, Sohier D, Postollec F (avril 2014). Biodiversity of Bacillus licheniformis from the dairy industry: a genetic and phenotypic approach. International spore conference, London (Uk) 17. Trunet C, Mtimet N, Mathot AG, Postollec F, Leguerinel I, Sohier D, Couvert O, Carlin F, Coroller L (avril 2014). Rise from the ashes: germination and activity restore of spore forming bacteria after a heat treatment monitored by flow cytometry. European Spore Conference London (Uk) 18. Huchet V, Desriac N, Berriet L, Lochardet A, Sohier D, Mathot AG, Postollec F (avril 2014). Storage up to 6 years has no effect on heat resistance of Bacillus licheniformis spores. European spore conference, London (Uk) 4.2. Encadrement de thèses, stages et projets tutorés Thèses co-encadrées ADRIA-LUBEM Trunet Clément ( ). Thèse de doctorat Université Européenne de Bretagne (UBO). «Etude des mécanismes physiologiques de recouvrement et de reprise de croissance des endospores bactériennes après un stress thermique». Ecole doctorale SMICA. Financement CIFRE Bba-ADRIA dans le cadre du projet Spore Up avec la participation de l équipe de S Brul (Nl). Les membres du comité de thèse sont mentionnés en annexe A. Mtimet Narjes ( ). Thèse de doctorat Université Européenne de Bretagne (UBO). «Recouvrement et de reprise de croissance des endospores bactériennes thermophiles RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 3 / juillet 2014

4 après un stress thermique». Ecole doctorale SMICA. Financement CIFRE Bonduelle. Les membres du comité de thèse sont mentionnés en annexe A. Emilie Gauvry ( ). Thèse de doctorat Université Européenne de Bretagne UBO. Ecole doctorale SMICA. Financement Région Bretagne-Quimper Communauté Projets tutorés 2ème année DUT «Génie Biologique», Institut Universitaire de Technologie de Quimper, Université de Bretagne Occidentale. 1. Larreur Océane, Morvan Cathy et Morvant Typhaine, Partie bibliograohique : Plasmides de Bacillus licheniformis et Bacillus subtilis. Partie pratique : Profils plasmidiques de suoches de B. licheniformis. Encadrement : AG Mathot 2. Mélo Estelle, Le Fur Camille et Riou Anaïs, Partie bibliographique : Lipases bactériennes. Partie appliquée : Comparaison de milieux gélosés pour la détection et la quantification de lipases de Bacillus et Pseudomonas. Encadrement : AG Mathot 3. Duchesne Mélina et Briens Louise, Partie bibliographique : Les lipopeptides produits par Bacillus. Partie appliquée : Nature et activités du composé tensioactif produit par Paenibacillus B65. Encadrement : AG Mathot 4. Janniere Aurélia, Bélinger Malo, Alexandre Quentin et Lousouarn Lucas, Partie bibliographique : Toxines de B.cereus et autres Bacillus d origine alimentaire. Partie appliquée : Cytotoxicité et effets cytostatiques de souches de Bacillus licheniformis d origine alimentaire. Encadrement : AG Mathot Stagiaires de niveau Master 1. Le Garrec Karine Caractérisation de Paenibacillus Ad723 et des composés bioactifs produits. Master Biotechnologies, UBS Lorient (56). Encadrement : Y Fleury, AG Mathot 2. Michaud Auréliane Etude et modélisation du comportement des bactéries sporulées en apparentées au genre Bacillus en condition de sporulation. Master de Microbiologie fondamentale et appliquée, Université de Brest (29). Encadrement AG Mathot, L Coroller 3. Morvan Mickael Typage de bactéries sporulées par MLST. Master en Biologie, Agronomie Santée, Université de Rennes1 (35). Encadrement : N Henaff, F Postollec 4. Legall Fanny Inactivation acide de population bactérienne pour la détermination d interface croissance/non croissance/inactivation. Master Biotechnologies, UBS Lorient (56). Encadrement : N Desriac, F Postollec Stagiaire de niveau Licence 1. Masson Pierre-Yves Criblage de la thermorésistance de spores d une sélection de souches de Bacillus licheniformis. Licence3 Biologie cellulaire Génétique Microbiologie et Physiologie, Université de Rennes1 (35). Encadrement : A Lochardet, F Postollec Stagiaires de niveau BTS ou DUT 1. Daconceicao Joséphine Criblage de la thermorésistance de spores d une sélection de souches de B. licheniformis. DUT «Génie Biologique Option IAB» IUT Quimper (29). Encadrement : A Lochardet, F Postollec RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 4 / juillet 2014

5 2. Sohier Thibaut Traitement bioinformatique des données renseignées sous BioNumerics. INSA Rennes (35). Encadrement N Henaff, F Postollec 3. La Police Dewrig Porduction de biofilm et activités enzymatiques de souches de Bacillus et Pseudomonas. BTS Bio-Analyses et contrôles, Lycée Jean Macé, Lanester (56). Encadrement : AG Mathot 4. Barbéo ch Paul Optimisation des conditions de PFGE pour Bacillus licheniformis. IUT Quimper DUT «Génie Biologique Option IAB» IUT Quimper (29). Encadrement N Henaff, F Postollec 5. Pécheux Océane Développement et caractérisations physico-chimiques d'une émulsion modèle stérile pour l'étude de la biodisponibilité d'acides organiques dans l environnement de la spore/bactérie. DUT «Génie Biologique» option «Industries Alimentaires et Biologiques», Institut Universitaire de Technologie de St Brieuc (22), Université de Rennes 1. Encadrement: N Decourcelle 6. Le Bouder Morgane Utilisation de la microscopie de fluorescence pour la localisation de Bacillus dans des émulsions (titre provisoire). DUT «Génie Biologique» option «Industries Alimentaires et Biologiques», Institut Universitaire de Technologie de St Brieuc (22), Université de Rennes 1. Encadrement: AG Mathot 7. Laurent Yannick Détermination des performances de molécules actives sur la destruction de Pseudomonas et Bacillus en vue d une optimisation des procédés de sanitation. BTS BioAnalyses et Contrôles, Lycée Jean Macé, Lanester (56). Encadrement E Cozien, F Postollec 8. Berriet Lisa Influence de l âge des spores sur la thermorésistance. BTS BioAnalyses et Contrôles, Lycée Jean Macé, Lanester (56). Encadrement : A Lochardet, V Huchet 4.3 Organisations de sessions lors de colloques internationaux Les travaux de l UMT SPORE RISK ont été présentés à l IAFP Europe sous forme de présentations orales et affiches mais aussi dans le cadre de l organisation et de l animation d un workshop et d une session spécifique (Annexe G actions de communications à l IAFP Eu). A savoir : o workshop du 6 mai 2014 «Advanced methods, tools and practical applications in predictive microbiology and risk assessments» était organisé par Noémie Desriac (ADRIA-UMT SPORE RISK, Fr) et Lihan Huang (FDA, Us). Un total de 25 participants de 15 pays différents (Be, De, Dk, Es, Fr, Gr, Hr, Hu, It, Nl, No, Nz, Sa, Tw, Us) y ont assistés et la démonstration en ligne des différents outils a été particulièrement appréciée. o session spécifique du 7 mai 2014 «Microbial inactivation modelling : an underestimated way to improve food safety and quality» était organisée par Noémie Desriac et Louis Coroller et faisait intervenir les experts européens sur la modélisation de l inactivation non thermique. 4.4 Formations continues pour les industriels Les formations industrielles associées aux axes de développement de l UMT SPORE RISK sont recensées dans le tableau 2. RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 5 / juillet 2014

6 Tableau 2 : liste de formation INTER et INTRA entreprises associées aux thématiques développées dans le cadre de l UMT SPORE RISK HS057, juin 2014, Quimper Stage pratique «bactéries sporulées» assurée par Nadine Henaff HS032, 3 juin 2014, Rennes Atelier pratique «HACCP et microbiologie prévisionnelle», Noémie Desriac 12ieme rdv des managers de la qualité, 2-3avril 2014, Rennes Intervention «comment faire évoluer la durée de vie de ses produits et justifier cette évolution auprès de ses clients?», Véronique Huchet 2 participants +6 participants +20 participants 5. Implication dans des groupes de normalisation AFNOR et ISO Les membres de l UMT SPORE RISK participent à 2 groupes de travail en normalisation dont les actions sont recensées dans le tableau 3 Tableau 3 : liste des actions menées dans les groupes de travail en normalisation «ISO/TC34/SC9 technical committee Food products - microbiology» en lien avec les thématiques développées dans le cadre de l UMT SPORE RISK WG 19 develop a standard on guidelines for conducting challenge testing for assessing bacterial behaviour in food and feed - ISO/TC34/SC9 WG19- Pays participants Us, Fr, Be, Nl, Es, Ca, Uk, Aus, De, It Réunion: mai 2014, Paris FR juin 2014, Washington USA XXX, Delft NL Danièle Sohier, Convenor L Coroller & V Huchet, Membres Recommandations de l ISO TC34/ SC9 au WG 19 (réunion du 23-27juin 2014, Washington Us) - Utilisation du standard français (NF V01-009:2014) comme base de travail pour l élaboration d un futur standard sur l évaluation du comportement bactérien en matrice alimentaire et pour l alimentation animale en deux parties, à savoir l édition de recommandations pour la réalisation de test d épreuve microbiologique «challenge test» pour évaluer i) la croissance bactérienne et ii) la survie et l inactivation bactérienne. - A noter que cette deuxième partie se fera en forte collaboration avec les développements de l UMT SPORE RISK. WG20 Confirmation of Bacillus cereus. Revision of ISO 7932:2004 Horizontal method for the enumeration of presumptive Bacillus Groupe AFNOR sur la distinction de B. thuringiensis par l observation des cristaux parasporaux Partenaires : SCL Montpellier, INRA Avignon, INRA Jouy, RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 6 / juillet 2014

7 cereus- colony count technique at 30 C -ISO/TC34/SC9/WG20- F Postollec, Membre Eurofins, ANSES, CTCPA, Adria Réunions : 25 mars 2013, Paris 05 novembre 2013, Paris 10 octobre 2014, Paris 06 novembre 2014, visioconférence Actions : étude inter-labo sur caractérisation d une collection référencées de 100 souches Groupe ISO WG20 Pays participants Us, Fr, Be, Nl, Es, Ca, Uk, Aus, De, It Réunion : 16 mai 2014, Paris 14 novembre 2014, Paris Recommandations de l ISO TC34/ SC9 au WG 20 (réunion du 23-27juin 2014, Washington Us) - Elargissement de la portée du WG20 avec en plus de la distinction de B. thuringiensis la possibilité de rechercher des marqueurs de pathogénicité pour le groupe B. cereus - Investigation sur la possibilité d utiliser un milieu chromogénique pour remplacer le milieu mossel, pour des performances au moins équivalentes. 6. Intégration dans la plateforme en ligne Sym Previus Sym Previus et ainsi la France ont été pionniers dans le développement d un outil interactif de prévision en microbiologie des aliments, la concurrence internationale s est aujourd hui accrue amenant la nécessité de faire évoluer l outil pour lui permettre de perdurer et de poursuivre son développement, permettant aussi de défendre une approche française dans la microbiologie prévisionnelle et son évolution en réponse aux attentes de nos industries. Une nouvelle ambition, partagée par les membres partenaires du logiciel, a ainsi pour but de faire de Sym Previus le leader des logiciels de microbiologie prévisionnelle à l échelle Européenne, voir internationale. Cette reconnaissance passe par un plan d action dont les premiers éléments ont d ores et déjà débuté, à savoir, une réorganisation complète de la cellule opérationnelle, le changement de présidence du conseil scientifique et technique de Sym Previus ainsi que la première étape du plan d action proposé sur l audit et cartographie de l outil informatique Sym Previus et bases de données associées. Lors du premier conseil scientifique de SPORE RISK il a été souligné que l UMT SPORE RISK, comme tout autre organisme impliqué dans le GIS, n est pas tenue de tout transférer dans Sym Previus. Néanmoins, l ensemble des outils développés dans le cadre de l UMT SPORE RISK sera systématiquement proposé au GIS Sym Previus. Même s ils ne seront pas RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 7 / juillet 2014

8 forcément intégrés à l outil Sym Previus, ces outils seront disponibles sur la plateforme web îliaa (www.iliaa.fr) et page web associée à l UMT (à venir). 7. Dissémination en ligne vers un large public via îliaa Îliaa (www.iliaa.fr) est une plateforme collaborative dédiée aux professionnels de la filière agroalimentaire qui a pour vocation d accompagner l innovation et la mise en relation des entreprises du secteur alimentaire et diffuser de l information de qualité. C est un véritable réseau social professionnel, où les usagers peuvent entrer en contact, échanger des savoirs, des savoir-faire ou envisager des partenariats. L UMT SPORE RISK a ainsi crée un groupe d intérêt pour y afficher régulièrement ses actions et faits marquants sous forme d articles (Figure 4) disponibles au niveau du groupe UMT et du groupe Adria (groupe public). Figure 4 : exemple d aperçu des commentaires postés sur les actions de dissémination de l UMT SPORE RISK via le réseau social et les communautés d îliaa RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 8 / juillet 2014

9 8. Management de l UMT SPORE RISK L UMT ACTIA SPORE RISK( ) fait donc suite à l UMT ACTIA 08.3 ( ) qui nous a permis de structurer et clarifier nos axes de développement commun pour être visibles et identifiés dans des domaines précis, en réponse à des attentes scientifiques & techniques, et bien entendu industrielles. Elle a permis de construire plus que jamais un avenir pour nos laboratoires de la pointe Finistère, pointe souvent oubliée par son éloignement géographique. Cette collaboration et notamment les travaux sur les biomarqueurs (Desriac et al.) ont d ailleurs été sélectionnés et figurent parmi les «success stories» des centres ACTIA éditées en avril dernier. Nous sommes fortement reconnaissants pour ce soutien, qui de plus nous permet d être lisible tant au niveau national qu au niveau international. Ainsi, après 5 ans d existence, le bilan de notre implication dans l UMT PHYSI Opt a permis de dynamiser et d identifier des binômes et acteurs clés pour chacun des axes développés en fonction de l expertise, de leur intérêt et de leur affinité. L organisation de l UMT SPORE RISK avec des différents sous-projets bien identifiés permet de dynamiser nos interactions (Figure 3). Actuellement quatre projets participent au fonctionnement de l UMT (Annexe C). De plus, des réunions par SP, les réunions internes ADRIA-LUBEM (annexe D) ont pour objectif de gérer la valorisation scientifique de nos actions en cours mais aussi d identifier les thématiques sur lesquelles nous devons monter des projets. C est le cas notamment pour les SP2 et SP3 pour lesquels nous avons soumis récemment soumis 3 propositions (16 octobre 2014 : appel à projets générique 2015-Défi 5 Sécurité alimentaire et défi démographique et 13 janvier 2015 : ITN innovative training networks, H2020-MSCA-ITN-2014). Suite au conseil scientifique de SPORE RISK (Annexe F) et à l évaluation du CST de l ACTIA, il s agit donc pour nous de poursuivre et d étendre ces travaux, tout en restant vigilent sur les points indiqués ci-dessous : clarification de nos approches sur les matrices alimentaires pour optimiser la complémentarité de ces travaux avec les équipes déjà bien identifiées dans le domaine, originalité des travaux sur les biomarqueurs transcriptomiques avec la nécessité d en faciliter l intégration au niveau des applications industrielles, intérêt d étendre cette collaboration à nos activités audit et formation pour permettre une dissémination et transfert vers un public industriel plus large. RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 9 / juillet 2014

10 Annexe A - Identité de l UMT ACTIA SPORE RISK IDENTI TE de l UMT Référence UMT UMT SPORE RISK Risques sanitaire et d altération associés à la physiologie des bactéries sporulées Food safety & quality risks associated to sporeformer physiology Labellisation Logo Partenaires ADRIA Développement, Institut Technique Agro-Industriel LUBEM (Laboratoire Universitaire de Biodiversité et d Ecologie Microbienne) de l UBO (Université de Bretagne Occidentale). Coordination Danièle Sohier et Florence Postollec (ADRIA Développement) ; Ivan Leguerinel et Louis Coroller (LUBEM) Lieu Quimper (29) Membres du comité de pilotage - Augustin JC (ENV Maisons Alfort) maitre de conférences à l Ecole Nationale annuel Vétérinaire de Maisons Alfort, Président du conseil scientifique & technique de Sym Previus - Carlin F (INRA Avignon) Directeur de recherches de l INRA Avignon - Denis C (ACTALIA) co-animation RMT QUALIMA - Dulas A (ACTIA) responsable des activités UMT et RMT - Galet O (Ovoteam) responsable R&D, président AdroOuest - Jamet E (Bel) responsable microbiologie du groupe - Majou D (ACTIA) directeur de l ACTIA, président du conseil scientifique de l UMT SPORE RISK - Rouverand S (PAO) chef de projet du Pôle Agronomique de l Ouest et animation Bba - Stahl V (AERIAL) co-animation RMT QUALIMA - Venaille L (Bonduelle) responsable R&D France Champignon, groupe Bonduelle Tous les membres de l UMT SPORE RISK Comités de pilotage de thèses s inscrivant dans SPORE RISK - C. Trunet : S. Brul (Université d Amsterdam, Nl), M. Bouix (AgroParisTech), F. Carlin (INRA Avignon), L. Coroller (LUBEM), J. Combrisson (Danone), O. Couvert (LUBEM), G. Jeng (Danone), I. Leguérinel (LUBEM), AG. Mathot (LUBEM), F. Postollec (ADRIA), S. Rouverand (PAO), D. Sohier (ADRIA). - N. Mtimet : S. André (CTCPA), M. Bouix (AgroParisTech), F. Carlin (INRA Avignon), L. Coroller (LUBEM), O. Couvert (LUBEM), I. Leguérinel (LUBEM), AG. Mathot (LUBEM), L. Venaille (Bonduelle) RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 10 / juillet 2014

11 Annexe B - Equipe de l UMT ACTIA SPORE RISK ADRIA 6,0 ETP EQUIPE de 17 PERSONNES COZIEN Emeline, Technicienne IDEA DESRIAC Noémie (PhD), chef de projets IDEA DIVANAC H Marie-Laure, Chargée d étude IDEA GLEONEC Marie, chef de projet communication INTER HENAFF Nadine, Chargée d étude et responsable métrologie IDEA HUCHET Véronique (PhD), Chef de projets IDEA LE DOEUFF Claudie, Chargée d étude et assistante Qualité IDEA LOCHARDET Anne, Chargée d étude IDEA POSTOLLEC Florence (PhD), Chef de projets IDEA REDONDO Marion, auditrice et formatrice INTRA RIOU Armelle, chef de projets gestion de données SEVELLEC Catherine, Assistante de Direction IDEA SOHIER Danièle (PhD), MO équipe IDEA THOMAS Marine, MO équipe INTER TRAVAILLE Cédric, MO équipe INTRA LUBEM 3,8 ETP COROLLER Louis (MC), Microbiologiste COUVERT Olivier (MC), Microbiologiste DECOURCELLE Nicolas (MC), Physico-chimiste LEGUERINEL Ivan (Pr), Microbiologiste LE GUEN Valérie (MC), chimiste LEVANT Anne, Assistante de direction MATHOT Anne-Gabrielle (MC), Microbiologiste POUPON Julien (MC), Biochimiste Thèse 1 ETP MTINET N, thèse CIFRE Bonduelle débutée en 2012 TRUNET C, thèse CIFRE Bba ADRIA débutée en 2012 GAUVRY E, thèse Q RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 11 / juillet 2014

12 Annexe C Fonctionnement de l UMT ACTIA SPORE RISK Fonctionnement Un total de 4 projets associés à SPORE RISK, contribuent au fonctionnement de l UMT : 2 projets non retenus - Programme ANR ALID CELL SIDE STORY, coordonné par F. Postollec, UMT SPORE RISK - Programme ANR générique CELL SIDE STORY: coordonné par F. Postollec, UMT SPORE RISK 2 projets finalisés - Programme Programme FP7 SUSCLEAN, coordonné par T. Benezech, INRA Lilles ( ) - Programme ANR MAP OPT, coordonné par V. Huchet, UMT SPORE RISK ( ) 4 projets en cours - Programme Valorial Bba SPORE UP, coordonné par L. Coroller, UMT SPORE RISK ( ) - Programme FEDER ACID IMPACT, coordonnée par F. Postollec, UMT SPORE RISK ( ) - Programme Valorial ALTOVOP, coordonné par V. Huchet, UMT SPORE RISK ( ) - Programme Valorial AGROFILM, coordonné par C. Hamon, Végénov, ( ) 3 projets soumis - Action ITN SPORE BIO, coordonné par S Brul, Université d Amsterdam (Nl) - Programme ANR PredIncell, coordonnée par L. Coroller, SPORE RISK (20 - Programme ANR Biomics, coordonné par N. Desriac, SPORE RISK De plus, l implication des acteurs de l UMT SPORE RISK au travers du réseau RMT: - RMT QUALIMA «expertise pour la détermination de la durée de vie microbiologique», co-animé par V. Stahl (Aérial) et C. Denis (Actalia) - RMT CHLEAN «conception hygiénique des lignes & équipements pour une amélioration de la nettoyabilité», animé par C. Hermon (CTCPA) permet une interaction continue avec les acteurs nationaux reconnus au niveau des problématiques liées à la durée de vie microbiologique des aliments, notamment face aux contaminations de bactéries sporulées, ainsi que dans l optimisation des procédures de nettoyage en place des équipements. RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 12 / juillet 2014

13 Annexe D Echéancier des projets et actions associées à l UMT ACTIA SPORE RISK 2014 J F M A M J J A S O N D UMT14.01 SPORE Risk J J * SP1 Biodiversité Spore'up-Valorial Susclean-FP7 Agrofilm-Valorial Altovop-valorial SP2 Histoire cellulaire Spore'up-Valorial Acid impact-feder SP3 Cellule individuelle C Trunet-CIFRE Bba N Mtimet-CIFRE Bonduelle Acid impact-feder SP4 Effets barrière Map'Opt-ANR Acid Impact-FEDER SP5 Outils C Trunet-CIFRE Bba N Mtimet-CIFRE Bonduelle Map'Opt-ANR Susclean-FP7 Acid impact-feder SP6 valorisation & dissémination O O O O avancement des travaux proposition accéptée J réunion rapport d'avancement rapport scientifique & financier * conseil scientifique O colloque RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 13 / juillet 2014

14 Annexe E - Feuille de présence conseil scientifique SPORE RISK 2014 RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 14 / juillet 2014

15 RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 15 / juillet 2014

16 Annexe F Compte rendu conseil scientifique SPORE RISK 2014 UMT SPORE-RISK Compte-rendu, Comité de pilotage du 23/04/2014 Invités présents : Didier Majou, Président du comité de pilotage Jean-Christophe Augustin, Frédéric Carlin, Catherine Denis, Alice Dulas, Olivier Galet, Stephan Rouverand, Valérie Stahl, Laurent Venaille Invités excusés : Emmanuel Jamet Les autochtones du bout du monde : Louis Coroller, Emmanuel Coton, Olivier Couvert, Nicolas Decourcelle, Noémie Desriac, Jean-Robert Geoffroy, Nadine Henaff, Véronique Huchet, Ivan Leguerinel, Anne-Gabrielle Mathot, Narjes Mtimet, Florence Postollec, Armelle Riou, Danièle Sohier, Clément Trunet Nous en profitons pour remercier une nouvelle fois l ensemble des participants, et pour les discussions très intéressantes et pertinentes tout au long de cette journée d échange. Ce CR résume les discussions et orientations par sous-projet (SP), suite aux présentations réalisées, puis de manière générale en fin de réunion. RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 16 / juillet 2014

17 SP1 L accent est mis sur le fait d axer certaines orientations R&D sur B. subtilis, pour encore mieux faire le lien entre données OMICs et prévisions des comportements. Sur la présentation des travaux menés sur B. lichenifomis, la biodiversité est issue de l environnement ; il faudrait donc prendre davantage de souches d environnements autres qu IAA. Ivan rappelle la thèse réalisée en lien avec la Tunisie, et la collecte de spores issues de lait de grande diversité. Florence rappelle la collecte de spores à l issue de recherche bibliographique, avec des représentants de chaque groupe : aliments impliqués dans les TIAC, de sols, de pays différents, etc. Il faut donc poursuivre dans ce sens. Des méthodes de typages ont été employées, dont la PFGE, méthode reconnue pour sa reproductibilité (cf réseau MedVetNet et analyses épidémiologiques à l échelle internationale). Une approche MLST, plus discriminante, est depuis quelque mois en cours de développement, avec le séquençage de gène dits chronomètres moléculaires autre que le 16S rdna comme rpob et gyra. Utiliser la MLST permet de faire le lien avec les autres publications et études récentes. Pour aller jusqu à la notion de risques, il faut ajouter les aspects liés à la toxinogenèse. Mais, à ce niveau, les données seront surtout apportées par d autres centres. Envisager une collaboration pour couvrir cette partie. Aller vers l UMT Armada pour la partie céréulide? Pousser l étude vers les mécanismes de régulation, par exemple envisager des travaux pouvant identifier un opéron opprimé ou non pour la synthèse de toxines de B. cereus et B. licheniformis. Des travaux comparables sont en cours sur l induction de l altération dans le cadre d Altovop. Concernant la collection, il faut peut-être mieux faire fructifier et murir l existant (B. cereus et B. licheniformis) plutôt que d élargir la collection à d autres microorganismes. Sauf si un contaminant émergent était identifié... Proposer des plateformes collaboratives, où différents centres peuvent associer leurs souches et le résultat de leur caractérisation à la base de donnée existante et lien avec les demandes de l UMT Qualima. Il faut garder B. licheniformis en modèle d altération, ce qui est confirmé par les intérêts IAA et poursuivre sur B. cereus pour l exploitation des données OMICs et collaborations externes. SP2 Aux termes des travaux de l UMT Physi opt, il serait intéressant de tester les outils moléculaires sur la souche de référence ATCC14579, Noémie confirme la proximité des séquences et la possibilité de transposer le concept. Ceci confirmerait que l utilisation des biomarqueurs n est pas souche dépendant. Des travaux pourront être réalisés conjointement avec la souche ATCC14579 dans le cadre d une thèse encadrée par l INRA d Avignon, tel qu évoqué par Frédéric. L effet matrice, de par la disponibilité ou non de certains nutriments, va certainement conditionner et moduler l expression de certains biomarqueurs. Le montage d un projet permettant de combiner avec une approche métabolomique semble incontournable. Il faut poursuivre sur la preuve de concept, avec la succession de stress et la cumulation de ces derniers. Il est rappelé que les approches sont réalisées en parallèle des équipes hollandaises, et qu à un moment donné, il faut exploiter les énormes bases de données disponibles afin de renouveler la science analytique et améliorer la justesse des modèles prévisionnels, en évaluant le pourcentage de la population résistante post-process et en début de conservation des aliments.. Il faut noter que la plupart des gènes ciblés sont des gènes de ménage ou de réponse au stress, gènes ubiquitaires pouvant permettre une transposition de l approche, Une grande partie de cette sélection de gène concorde avec les données établies par l équipe WUR en Hollande. RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 17 / juillet 2014

18 Aux termes des travaux de l UMT Physi opt, il serait intéressant de tester les outils moléculaires sur la souche de référence ATCC14579, Noémie confirme la proximité des séquences et la possibilité de transposer le concept. Ceci confirmerait que l utilisation des biomarqueurs n est pas souche dépendant. Des travaux pourront être réalisés conjointement avec la souche ATCC14579 dans le cadre d une thèse encadrée par l INRA d Avignon, tel qu évoqué par Frédéric. L effet matrice, de par la disponibilité ou non de certains nutriments, va certainement conditionner et moduler l expression de certains biomarqueurs. Le montage d un projet permettant de combiner avec une approche métabolomique semble incontournable. Il faut poursuivre sur la preuve de concept, avec la succession de stress et la cumulation de ces derniers. Il est rappelé que les approches sont réalisées en parallèle des équipes hollandaises, et qu à un moment donné, il faut exploiter les énormes bases de données disponibles afin de renouveler la science analytique et améliorer la justesse des modèles prévisionnels, en évaluant le pourcentage de la population résistante post-process et en début de conservation des aliments.. Il faut noter que la plupart des gènes ciblés sont des gènes de ménage ou de réponse au stress, gènes ubiquitaires pouvant permettre une transposition de l approche, Une grande partie de cette sélection de gène concorde avec les données établies par l équipe WUR en Hollande. Il est désormais important d imaginer quel sera l outil pour utiliser cette preuve de concept : est-ce qu on est capable de modéliser l inactivation et prévoir une succession ou cumul de stress unitaires? Combien a-t-on besoin de gènes pour tout expliquer? Probablement moins que ceux étudiés aujourd hui? Il faudra également développer tout le concept de robustesse en fonction des matrices, souches, conditions environnementales? Il est confirmé l intérêt d étudier les successions de stress d un point de vue IAA et ce serait superbe de lier les données aux approches mécanistes décrites. SP3 La droplet PCR permettra entre autre de rentrer dans cette partie mécaniste, et de développer une approche probabiliste autour des cellules résistantes et possédant les biomarqueurs précédemment identifiés (SP2). L UMT a la chance de collaborer avec Bio- Rad sur cette partie. La thèse de Clément est bien engagée et les résultats sont très prometteurs. Mais une fois encore quels outils, quels modèles J?? Il s agira bien de donner des modèles dynamiques dans le temps sur le recouvrement? Ceci permet de prévoir ce que fera une spore en début de germination quand on la met en conditions favorables ou défavorables. la réponse sera matrice-dépendante car en terme de mécanismes, l ensemble des stades cellulaires est dépendant des nutriments et des conditions environnementales testées.la méthodologie semble générique, mais avec toutefois le besoin de sélectionner les bons marqueurs pour chaque stade ou espèce, etc des difficultés sont ainsi rencontrées avec B. licheniformis et G. stearothermophilus. L utilisation de plusieurs espèces (psychrotrophe, mésophile, thermophile) permet de développer les approches méthodologiques et des modèles robustes. SP4 Molécules anti-microbiennes et matrice modèle : Il faudrait développer un protocole où la bactérie peut être soit en phase aqueuse, soit à l interface, ou en phase lipidique. Le positionnement thématique est de répondre à l évaluation de l impact des acides dans ce type de matrice. C est un savoir-faire pour clairement étudier ces acides, la matrice est un modèle stérile pour l UMT. Si on travaille à des populations élevées, ce sera un système à RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 18 / juillet 2014

19 SP5 Outils utilisés pour valoriser les travaux. Boites à outils conviviales, faciles d utilisation, très ciblés du type de ceux déjà créés dans le cadre de divers projets (Susclean, Salmoprev, Phymia ) Même s ils seront proposés au GIS Sym Previus, l ensemble des outils développés ne seront pas forcément intégrés à Sym Previus (biodiversité, approche novatrice sur les biomarqueurs ). S ils ne sont pas intégrés, un lien sera disponible menant à cet outil sur le site de l UMT. Il est souligné que l UMT, comme tout autre organisme impliqué dans le GIS, n est pas tenue de tout transférer dans Sym Previus. Certains développements peuvent être structurants pour Quimper, d autres pour Sym Previus. SP6 Une valorisation via Qualima est envisagée, avec un réel enthousiasme de la part des coordinatrices du RMT. Il est également souligner qu il faut mieux harmoniser, communiquer et valoriser ces résultats de microbiologie au niveau national, pour pouvoir se positionner à l échelle européenne. Didier rappelle la mise en place de RMT européen dans le cadre de l horizon 2020 à monter pour Les UMT ont pour rôle de travailler avec les IAA, entre autre les PME, et c est bien un avantage du système développé. Discussions & Orientations Générales Tout le monde souligne la qualité dans la réalisation et la préparation du comité de pilotage, et la progression réalisée au fur-et-à mesure depuis les débuts de PHYSI Opt. L ensemble des collèges est bien représenté. L UMT scelle définitivement la collaboration entre le LUBEM et l ADRIA, afin de faire reconnaître les compétences que l on peut trouver au bout du monde!! Enfin, il est noté que le taux d encadrement par les personnes titulaires de l HDR ne doit pas être négligé. Danièle doit passer son HDR, Louis et Olivier aussi Hum, juste une question de temps et de disponibilité J RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 19 / juillet 2014

20 Annexe G Exemples d actions de communications IAFP Eu 2014 IAFP Pre conference workshop Advanced Methods, Tools, and Practical Applications in Predictive Microbiology and Risk Assessments Tuesday, 6 May Novotel Budapest City & Budapest Congress Center Budapest, Hungary Organizers: Noemie Desriac, ADRIA-UMT SPORE RISK, Quimper, France Lihan Huang, USDA Agricultural Research Service, Eastern Regional Research Center, Wyndmoor, PA, USA Workshop Description In recent years, significant progress has been made in predictive modeling research and application. Many predictive models, tools, and databases have been developed for data analysis, model development, and risk analysis and are available to the industry, academia, international organizations, and governments around the world. Many of these technical resources and application tools, available online or on desktop, can provide a fast and reliable decision-making process for food safety and quality in the industry. Typical application of predictive microbiology may include prediction of microbial behavior during food processes and storage conditions, shelf-life prediction, performance and validation of sampling plans, and quantitative risk assessments. This workshop attempts to summarize, present, and discuss the most recent developments, and is designed to demonstrate both fundamental and applied aspects of predictive microbiology, with topics covering from model development to real-world applications. World-class experts will be invited to present the theory, methods, and practical tools in predictive microbiology. This workshop will show a new free all-in-one automated data analysis suite that contains sophisticated algorithms for developing primary and secondary models most commonly used in predictive modeling. This workshop will also present a collection of food safety inspection tools for strengthening HACCP plans, developing new products, quality control, and shelf-life prediction in the food industry. The targeted audience will be food scientists, food engineers, food industry personnel and students who are interested in developing predictive models for microbial shelf-life prediction, risk analysis, and risk assessments. The aim of this workshop is to list already available tools and discuss the use of these computing tools in industrial applications. Topics and speakers of the workshop include: RAPPORT UMT14.01 SPORE RISK 20 / juillet 2014