Journée des Correspondants en Hygiène

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1 Journée des Correspondants en Hygiène Microbiologie 20 Novembre Dr I. MARTIN Unité d Hygiène Inter-Hospitalière CHU Saint-Etienne

2 Infection Une infection est la pénétration (porte d entrée) puis le développement de micro-organismes dans un être vivant, avec déclenchement d'une réaction immunitaire Ces organismes vivants sont aussi appelés germes, flore microbienne ou agents infectieux ou pathogènes : Virus : HIV hépatites rotavirus varicelle Champignons : candida (levures), aspergillus (filaments) Parasites : poux, gale, puces Cas particulier des prions = Agents Transmissibles Non Conventionnels ATNC (Maladie de Creutzfeldt-Jakob / forme nouveau variant «vache folle») Bactéries

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4 La flore résidente = flore de colonisation = permanente = commensale Sur la peau et les muqueuses Se reconstitue rapidement (alimentation) Rôle de barrière protectrice Diverses bactéries : Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus haemolyticus (peau), Corynebacteries, Propionibacterium acnes, Microcoques, Brevibacterium, Acinetobacter Flore cutanée, flore digestive, flore de Doderlein (gynéco.)

5 La flore transitoire = flore de contamination «en transit» Liée à l activité et l écologie du service Source de contamination : patient, surfaces, soignant Manuportage Bactéries pouvant être pathogènes : Staphylococcus aureus (peau), Pseudomonas aeruginosa (environnement), Entérobactéries (Escherichia coli, Enterobacter, Klebsiella ), Streptococoques du groupe A, Enterocoques, spores de Bacillus et de Clostridium (environnement de soins) Candida albicans (ex. immunodéprimés, diabétiques pression par antibiotiques)

6 Mise en évidence des bactéries 3 types de formes : bacille / coque / spirale Coloration de GRAM Ex. direct au microscope optique Gram positif «violet» = paroi de peptidoglycane épaisse Les cocci sont en majorité à Gram Positif sauf Neisseria, Moraxella Gram négatif «rose» = paroi fine + membrane externe de lipopolysaccharide percée de porines Les bacilles sont en majorité à Gram Négatif sauf Listeria, clostridium Développement si glucides (énergie), lipides et protéines (aliments constitutifs) - facteurs de croissance (sang, sel) - à 37 C (de 4 à 45 C) - à ph 7 - en présence d'air (= aérobies) ou non (= anaérobies)

7 Forme sphérique = coques, coccus / cocci Forme cylindrique = bacilles, bacillus (Microscope électronique)

8 Forme spiralée = spirochètes Treponema pallidum (Syphilis) Leptospire (ictère hémorragique / rongeurs)

9 Cocci à Gram Positif Staphylocoques : en amas, grappe de raisin Staphylococcus aureus = doré Staphylocoques Coagulase Négative : S. épidermidis, S. capitis, S. saprophyticus... Streptocoques : En chainette : S. pyogenes (= A / angines), S. agalactiae (= B / voies génitales) Oraux : S. pneumoniae (= Pneumocoque), S. oralis... Enterocoques (D digestifs) : E. faecalis, E. faecium... Microcoques

10 Staphylocoque

11 Streptocoque

12 Pneumocoque Diplocoque

13 EXCEPTIONS : Cocci à Gram Négatif Neisseria meningitidis = Méningocoque Méningite très grave et contagieuse / purpura fulminans Neisseria gonorrhoeae = Gonocoque Infection Sexuellement Transmissible Moraxella (ex Branhamella) catarrhalis

14 Méningocoque Aspect en «grain de café»

15 Bacilles à Gram négatif Entérobactéries : famille de différentes bactéries Pseudomonas Haemophilus Bordella pertussis (coqueluche) Légionella (réseaux d eau chaude) Pasteurella Brucella Acinetobacter Helicobacter pylori (ulcère) Etc

16 Enterobactéries Klebsiella pneumoniae, oxytoca Escherichia coli = «colibacille» (infection urinaire) Serratia marcescens Salmonella enterica typhi, paratyphi (typhoïde) mais il existe d autres sérotypes (TIAC) Shigella Enterobacter aerogenes, cloacae Citrobacter freundii Proteus mirablis, vulgaris Morganella morganii Provindencia Yersinia enterolytica, pseudotuberculosis, pestis...

17 Pseudomonas Bacille à gram négatif non fermantant (mais ce n est pas une enterobactérie) Pseudomonas aeruginosa = «pyo» = «bacille pyocyanique» Autres pseudomonas : Pseudomonas mallei et pseudomallei Pseudomonas de l'environnement / eau

18 EXCEPTIONS : Bacilles à Gram Positif Listeria monocytogenes Corynébactéries Clostridium

19 Autres bactéries Bactéries atypiques : Mycoplasma pneumoniae, hominis... Chlamydia trachomatis, pneumoniae, psittaci (perruches) Rickettsia (tiques, puces) Bactéries anaérobies strictes : Prevotella Propionibacterium acnes Clostridium difficile (diarrhées liquides post antibiotiques), Clostridium tetanii (tetanos) Spirochètes : leptospira, treponema pallidum (syphilis) Mycobacteries : Mycobacterium tuberculosis = Bacille de Koch = BK (tuberculose), Mycobacterium leprae = Bacille de Hansen (lèpre)

20 Ensemensement et culture En 24 H 1 colonie = 1 clone de 10 6 bactéries visible à l œil nu

21 Géloses Bouillon de culture

22 Culture et antibiogramme sur gelose «Repiquage» d 1 colonie + disques imprégnés de divers ATB 24 48H : Développement bactérien Disque ATB CMI Concentration Minimale Inhibitrice = zone où la bactérie ne pousse plus couronne d efficacité de l ATB

23 Antibiogramme E-Test

24 Antibiogramme automatisé

25 Structure bactérienne (1) Enveloppes Membrane externe si Gram négatif Noyau Mésosome 0.2 µm

26 Structure bactérienne (2) Bactéries gram négatif = membrane externe en plus qui est située à l extérieur de la paroi Capsule = protection / antigène Noyau = ADN chromosomique = information génétique Ribosome = ARN Mésosome = invagination membrane cytoplasmique / vacuole Pili (des) = adhérence (plutôt chez gram négatif) Flagelle (1) = mobilité Plasmide = rôle aussi dans la résistance aux ATB Existe parfois des pili sexuels = échange de matériel génétique dont plasmide

27 Résistances aux antibiotiques 1. Résistance naturelle = constitutionnelle X Phénotype sauvage Résistance qui touche toutes les bactéries d'une même espèce. Ces résistances définissent les spectres d'activité des antibiotiques. Ex. BGN R aux Glycopeptides 2. Résistance acquise Pression de sélection Survenue dans une espèce naturellement sensible aux antibiotiques d'une souche résistante : Staphylococcus aureus normalement S à la Penicilline M mais devenu R E. coli normalement S à la Penicilline A mais devenu R

28 Bactéries Multi-Résistantes BMR SARM = Staphylococcus aureus Résistant à la Méticilline, existe aussi R aux Glycopeptides = GISA (très rare) EBLSE = Entérobactéries produisant des β-lactamases à spectre étendu Acinetobacter baumannii et Pseudomonas aeruginosa, quelle que soit leur multi-résistance aux antibiotiques (bactéries saprophytes non commensales du tube digestif, peu de risque de diffusion communautaire, diffusion hospitalière dans les services à risque) Enterococcus faecalis résistant aux glycopeptides (rarement impliqué dans les épidémies)

29 Bactéries Hautement Résistantes émergentes BHRe ERV : Enterococcus faecium R aux Glycopeptides (Vancomycine) Entérobactéries R aux Carbapenemes par production d une carbapénèmase Bactéries commensales du tube digestif, résistantes à de nombreux antibiotiques, avec des mécanismes de résistance transférables entre bactéries et n ayant, à ce jour, diffusé en France que sur un mode sporadique ou épidémique limité Pas de liste des pays à haut risque d importation de ces BHRe, il faut considérer tout rapatriement sanitaire ou antécédent d hospitalisation à l étranger comme à risque potentiel, et les patients concernés sont alors soumis à un dépistage (écouvillonnage rectal) avec mesures complémentaires d hygiène spécifiques si BHRe mise en évidence

30 Merci de votre attention