LES AGENTS INFECTIEUX. Dr H. MANDIN - 11/09/2015

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1 LES AGENTS INFECTIEUX Dr H. MANDIN - 11/09/2015

2 CLASSIFICATION DU VIVANT Organismes cellulaires : Procaryotes (unicellulaires) Bactéries Eucaryotes : Unicellulaires Protozoaires Parasites Organismes acellulaires : =Nécessité d 1 cellule hôte pour se multiplier Présence d acides nucléiques : Virus Absence d acides nucléiques : Prions Pluricellulaires : Mycètes Végétaux Animaux

3 BACTERIES

4 Impossible d afficher l image. DEFINITION Procaryote unicellulaire d ~ 1µm Ubiquitaire : Environnement Chez l homme quantité de bactéries 10X > quantité de cellules Reproduction par scissiparité (division binaire)

5 FORMES POSSIBLES Sphéroïde = cocci gram positif : En amas : Staphylococcus spp Staphylococcus aureus = Staphylocoque doré Staphylocoques blancs En chaînettes : Streptocoques spp Streptococcus pyogenes = Strepto A Streptococcus agalactiae = Strepto B Streptococcus pneumoniae = Pneumocoque En diplocoques : Enterococcus spp Enterococcus faecalis Enterococcus faecium

6 Sphéroïde = cocci gram négatif : Neisseria meningitidis = méningocoques > méningites Neisseria gonorrhoeae = gonocoque > IST

7 Bâtonnets = bacilles : Bacilles gram négatifs : Entérobactéries Escherichia coli Salmonella spp. Pseudomonas aeruginosa (=Pyo) Bacteroïdes fragilis Bacilles gram positifs : Listeria monocytogenes Corynébactéries Clostridium difficile

8 Bactéries spiralées = spirochètes : Treponema pallidum (=Syphilis) Leptospirose (endémique aux Antilles+++) Bactéries incurvées : Campylobacter spp. Bactéries fuselées : Fusobacterium (angine de Vincent)

9 STRUCTURE Eléments constants : ADN chromosomique Membrane cytoplasmique interne bicouche de phospholipides Paroi :

10 Paroi : Peptidoglycane (PG) : Spécifique des bactéries Forme et rigidité

11 Membrane externe : LPS (lipopolysaccharide) Lipide A Endotoxine : TA, hyperthermie, leucopénie Antigène O spécificité antigénique = sérotypage Ex : Salmonella typhi (Fièvre typhoïde) / Salmonella entéritidis (GE) Adhésines : Adhérence aux cellules Formation de biofilms sur matériel étranger (KT, prothèses ) Porines : Passage de molécules hydrophiles (ex : ATB)

12 GRAM POSITIF (bleu) Membrane interne Paroi épaisse Pas membrane externe GRAM NEGATIF (rose) Membrane interne Paroi peu épaisse Membrane externe

13 Coloration de gram

14 +/- ADN plasmidique Ex : gènes de résistance aux ATB Capsule : Résistance à la bactéricidie sérique facteur de pathogénicité Ex : Klebsielle > BMR Antigène de capsule K sérotypage Ex : Méningocoque A/B/C

15 Pili : Pili sexuels : Conjugaison des bactéries transmission de matériel génétique Ex : gènes de résistance ATB Pili communs : production d adhésine adhérence aux cellules / matériel Flagelles : mobilité des bactéries Antigène flagellaire H sérotypage

16 Cytoplasmique synthèse protéique : Toxines Ex : choléra, E.coli entérotoxinogène (turista), Staph doré (exfoliations, choc toxique, TIAC ) Permettant la pénétration intra-cellulaire : Ex :mycobactéries (tuberculose), Légionelles Molécules de résistance : Aux réactions immunitaires de l hôte + ATB

17 RELATION HÔTE / AGENT INFECTIEUX Espèces commensales Flores Normalement présentes = résidentes Rôle protecteur Jamais pathogènes ou pathogènes opportunistes dans certaines conditions Espèces pathogènes Systématiquement responsables d infections Différentes localisations, différents mode de transmission Espèces saprophytes Environnement +++ Habituellement inoffensives Pathogènes opportunistes dans certaines conditions

18 Espèces commensales = Flores Flore cutanée (10 2 à 10 6 /cm 2 ) : Propionibactrium acnes Staphylocoque blanc (=coagulase négative) Corynébactéries Autres espèces (Entérobactéries ) > flore transitoire Flore voies aériennes supérieures (10 8 /ml de sécrétion pharyngée) : Streptocoque : αhémolytique, S. pneumoniae Neisseria : saprophytes, meningitidis Haemophilus : parainfluenzae, influenzae

19 Flore digestive ( bactéries/gr selle) : Aérobies (entérobactéries (E.coli), entérocoques, ) en descendant Anaérobies (Bactéroïdes fragilis, Clostridium ) en descendant Flore vaginale ( bactéries/ml sécrétions) : Anaérobies +++ Lactobacillus ++ Autres espèces : Gardnerella vaginalis / Atopobium vaginae / Mobiluncus Ureaplasmes / Mycoplasmes Streptocoque B/ Staphylocoque / Entérobactéries

20 Espèces pathogènes Localisations humaines et environnementales Pathogénicité liée au mode de transmission Tellurique : Clostridium tetani tétanos Clostridium perfringens gangrène gazeuse Bacillus anthracis anthrax Listeria monocytogenes infections NN

21 Hydrique : Vibrio cholerae choléra Leptospirose (urines des rats) Légionellose (tours réfrigérées, bras morts ) Agents strictement humains : Chlamydia trachomatis : 1 èr agent d IST bactérienne Neisseria gonorrhoeae chez l homme (blennoragie) : 2 ème agent d IST bactérienne Bordetella pertussis : agent de la coqueluche

22 Espèces saprophytes Habituellement inoffensives Environnement Chez l homme (flore, portage asymptomatique) Environnement : Pseudomonas aeruginosa (=Pyo) tropisme hydrique Surinfections de plaies / Otites Acinetobacter baumannii Stenotrophomonas maltophilia

23 Pathogènes opportunistes Quand? : baisse d immunité surinfection altération des muqueuses. Notion de seuils établis par des référentiels différencie : 1 Colonisation 2 Infection

24 AU LABORATOIRE QUALITE DU PRELEVEMENT +++ Respect des conditions d asepsie contamination flore Ex : hémocultures positives à SCN Ex : urines contaminées par la flore vaginale et cutanée Respect des modalités de prélèvements : Ex : IST Chlamydia 1 er jet urinaire car germe intracellulaire Respect des conditions d acheminement Ex abcès, épanchement, digestif : si écouvillon : avec milieu de transport anaérobies avec l air Ex prélèvement urétral : délai d 1 heure gonocoque car fragile +++

25 Démarche de l examen bactériologique Examen direct J0 germes, cellules : Etat frais : Présence de bactéries, levures, trichomonas Numération : leucocytes, hématies Coloration de Gram : Forme : cocci, bacille Coloration : gram +, gram -

26 Cultures J1: Milieux solides : boîtes de Pétri Milieux liquides Fonction des besoins nutritionnels, sélectifs Identification des germes J2 : Caractères biochimiques, sucres Galeries d identification : API Techniques automatisées

27 Antibiogramme J3 : Sensibilité aux ATB Milieux liquides Milieux solides (disques, CMI)

28 Autres techniques : Sérologies : recherche d anticorps dans le sang Ex : Syphilis Recherche d antigènes dans les sites infectés Toxine Ex : Clostridium difficile Sérotypage Ex : Salmonelles, Méningocoques Amplification génique PCR

29 ATB : mécanisme d action 1) ß-lactamines, glycopeptides, fosfomycine 2) Colistine, Daptomycine 3) Aminosides, tétracyclines, macrolides et apparentés (MLSK), acide fusidique, phénicolés 4) Fluoroquinolones, rifampicine, nitroimidazolés 5) Sulfamides + Triméthoprime (inhibition synthèse des folates)

30 Pourquoi tester les ATB? Antibiothérapie probabiliste : Infection non documentée Spectre large plusieurs ATB Pression de sélection de résistance Antibiothérapie curative : Infection documentée Spectre restreint suppression d ATB, mode d action ciblé

31 Résistance naturelle : RESISTANCE AUX ATB Sur le chromosome bactérien transmission verticale Caractéristique d un genre ou d une espèce Phénotype «sauvage» Résistance acquise Espèce naturellement sensible 1ou plusieurs mécanismes de résistance Acquisition de gènes 80-90% Transmission horizontale Éléments génétiques mobiles Ex : plasmides Mutation chromosomique 10-20% Transmission verticale

32 Modes de résistances Imperméabilité membranaire : Résistance naturelle (taille) ou acquise (porine) Efflux actif : Protéines transmembranires > pompes Inactivation enzymatique hydrolyse des ATB Ex : Betalactamase (BLSE+++) BMR Modifications de la cible Ex : substitution de la cible SAUR SARM BMR Résistance croisée contre plusieurs familles d ATB BMR

33 Les ATB, c est pas automatique Utilisation des bons ATB aux bonnes posologies sinon : Acquisition de résistance +++ BMR = Bactérie Multi-Résistantes Impasse thérapeutique

34 Infections nosocomiales Définition : Infection contractée dans un établissement de santé Nosocomiale si absente à l entrée dans l établissement Délais (statut infectieux non connu à l admission) : Après 48h d hospitalisation Site opératoire : 30 jours Sur matériel in situ : 1 an 3500 décès/an seraient directement imputables aux IN Prévalence des patients infectés +/- 5,3% (2012)

35 Facteurs de risque : 1. Age (personnes âgées, préma ) 2. Pathologie (immunodépression, brûlés, trauma ) 3. Traitements (déséquilibre flore, chimio ) 4. Actes invasifs (sonde, intubation, KT ) Services : 1. Réanimation 26% 2. Chirurgie 6% 3. Services médecine 6%

36 Sites infectieux :

37 Germes :

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39 Mode de transmission : Infections exogènes : Manuportage +++ (personnel/patient ou patient/patient) Contamination de l environnement (eau, air, matériel ) Infection endogène : Acte invasif Fragilité particulière

40 Buts : Réduire le nombre d IN MOYENS DE LUTTE Réduire la fréquence des BMR aux ATB Dispositifs : Comité de Lutte contre les Infections Nosocomiales (CLIN) Equipe Opérationnelle d Hygiène Hospitalière (EOHH) Actions : Recommandations nationales de référence, bonnes pratiques.. Surveillance et signalement Formation, prévention et sensibilisation du personnel hospitalier +++