Etude par SNP-array 6.0 des altérations génomiques acquises dans les hémopathies myéloïdes

Transcription

1 Etude par SNP-array 6.0 des altérations génomiques acquises dans les hémopathies myéloïdes Ben Abdelali Raouf Unité INSERM U837 et Laboratoire d Hématologie ( Pr Preudhomme) CHRU Lille

2 Applications des CGH/SNP-arrays dans les hémopathies CGH-array: -Détection des anomalies de nombre: CNA ( délétions, gains) -Exemples:.délétion inter-génique : SET-NUP dans les LAL-T.délétion intra-génique partielle ou génique totale : TET2 dans les SMD SNP-array: - Détection des pertes d hétérozygotie sans perte de copie: CN-LOH ou UPD - UPD est généralement associée à des mutations somatiques du gène cible -Exemple: UPD du gène CBL dans les SMD SNP-array6.0: détection des CNA et des UPD haute résolution ( de sondes)

3 Objectifs de notre travail Evaluation de l incidence des altérations génomiques détectées par SNP6.0 dans les hémopathies myéloïdes (SMD et les LAM) Comparaison avec les résultats du caryotype Recherche d anomalies récurrentes connues ou nouvelles Impact pronostique des anomalies détectées par SNP6.0

4 Etude par SNP6.0 arrays des LAM (ALFA 0701) ALFA

5 Protocole ALFA Etude multicentrique de Phase 3 Critères d inclusion LAMde novo Age : ans ( médiane 62.2 ans ) En première ligne de traitement Traitement Induction avec daunorubicine et cytarabine Bras-A : sans Gemtuzumab-Ozogamicin (GO) Bras-B : avec GO

6 Notre cohorte - Cohorte totale de l ALFA 0701 : 278 patients - Analyse SNP6.0 : 257 patients (92%) - Validation des critères de qualité: 19 SNP6.0 exclus de l étude - Au Total : 238 patients avec des résultats de SNP6.0 exploitables 86% des LAM inclusdansl ALFA Caryotypes : 5 non faits 19 échecs 214 caryotypes : 118 caryotypes normaux (55%) 96 caryotypes anormaux dont 26 complexes

7 Résultats: Analyse globale des CNVs par SNP6.0

8 Définition du caractère acquis d une anomalie -Distinction des polymorphismes des anomalies acquises CNA -Exclusion des CNVsdécrits dans la base de données DGV (Data base of genomic variants) UPD -Les UPD télomériques -Les UPD interstitielles > 20 Mb

9 Résultats : Cohorte totale 409 anomalies génomiques chez 132 patients 324 CNA : 219 délétions et 105 gains 85 UPD Nombre d anomalies par patients: 0 à 20 ( Moyenne 3.1 ) Taille des anomalies CNA: Taille 0.12 Mb à 249 Mb Taille médiane des gains 51 Mb Taille médiane des délétions 60 Mb UPD: 2.8 MB à 158MB

10 Caryogramme des anomalies observées par SNP6.0 dans la cohorte totale -219 délétions -105 gains -85 UPD

11 Caryogramme des anomalies observées par SNP6.0 dans les LAM-CN -13 délétions -11 gains -45 UPD

12 LAM-CN 69 anomalies génomiques chez 47/118 patients (40%) 24 CNA : 13 délétions ( 13 patients) et 11 gains ( 11 patients ) 45 UPD ( 33 patients) Nombre d anomalies par patients: - 0 à 5(Moyenne 1.5 ; Médiane: 1) - 33 patients ( 1 anomalie ) - 14 patients 2 anomalies nb patients Taille des anomalies -Gains: Mb (médiane: 0.5 Mb) -Pertes: Mb ( médiane: 2 Mb) -UPD: Mb (médiane: 42 MB) nb anomalies

13 Caryogramme des anomalies observées par SNP6.0 dans les LAM à caryotypes anormaux -196 délétions -89 gains -36 UPD

14 Caryotypes anormaux 321 anomalies génomiques chez 78/96 patients (81%) 285 CNA : 196 délétions et 89 gains 36 UPD Nombre d anomalies par patients: -0 à 20 (Moyenne 4.1) - 35 patients avec un caryotype complexe ( 3anomalies) par SNP6.0 ( vs 26 patients au caryotype) - 18 patients ( 0 anomalie ):. 8 patients avec des anomalies «équilibrées» ( translocations, inversions ). 8 patients avec des sous clones : anomalies dans moins de 25% des mitoses.2 patients avec des chromosomes marqueurs

15 Résultats combinés SNP6.0/Caryotype SNP6.0 : 132 patients avec anomalies génétiques :.47 pts ( caryotypes normaux). 8 pts ( échecs de caryotype).77 pts ( caryotypes anormaux) absence d'anomalies Caryo/SNP 37% anomalies caryo uniquement 8% anomalies Caryo/SNP 32% anomalies SNP uniquement 23% Caryotypes:.18 patients avec des anomalies non détectées par SNP Analyse combinée SNP6.0/Caryotype : Détection anomalies génétiques chez 150 pts (63% ) versus 40 % par caryotype seul

16 UPD du chromosome 13-8 patients : 7 patients à caryotype normal - Toutes les UPD 13 étaient sous-clonale Pas d UPD UPD 13 UPD 13 UPD 13 -Tous les patients avec UPD du chromosome 13 avaient une Flt3-ITD

17 Gènes candidats 4q24: TET2 3 délétions 6 UPD 12p13.2 : ETV6 5 délétions 2UPD

18 Gènes candidats 17q11.2: NF1 4 patients avec délétions,pas d UPD 21q22.12 : ERG 0 délétions 2UPD 4gains

19 Xq26.2 : PHF6 Gènes candidats 1 délétions 1 UPD Xp11.4:BCOR 3 patients avec délétions

20 Impact pronostique des anomalies SNP dans les LAM-CN Comparaison du pronostic des patients avec au moins une anomalie SNP versus les patients sans anomalie SNP : - EFS (HR=1.52, 95%CI: ;p=0.10). - OS (HR=1.85, 95%CI: ;p=0.043) OS

21 Pronostic des patients en fonction du bras thérapeutique Meilleure survie sans évènements et survie globale des patients traitées pargo(bras-b).efs (HR=0.50, 95%CI ). OS (HR= 0.54, 95%CI: ) Castaigne et al, Lancet 2012, accepted

22 Impact pronostique des anomalies SNP en fonction du bras thérapeutique Comparaison du pronostic des patients avec au moins une anomalie SNP ( SNP=1 ) versus lespatientssansanomaliesnp(snp=0): *Bras-A - EFS (HR= 2.89, 95%CI: ;p=0.003) - OS (HR= 2.93, 95%CI: ; p= 0.008) *Bras-B - EFS (HR=1.26, 95%CI: ; p= 0.56) -OS (HR= 1.49, 95%CI: ; p= 0.39) Dansles LAM-CN pas d impactpronostiquedes mutations géniques (NPM1, CEBPA, TET2, IDH1/2, FLT3-ITD, DNMT3a), nisurl EFSnisurl OS.

23 Le nombre d anomalies SNP est le seul marqueur pronostique d EFS dans les LAM-CN traités dans le bras-b Evaluation du pronostic des patients avec 2 anomalies SNP - EFS (HR=2.58, 95%CI: ; p= 0.032) -OS (HR=2.34, 95%CI: ; p=0.09) Un nombred anomalies 2 estle seulfacteurassociéà uneefs plus courte.

24 Conclusions / Perspectives Présence de CNA /UPD chez 55% des patients de notre cohorte Présence de CNA/UPD chez 40% des patients avec un LAM à caryotype normal Détection de régions minimales communes récurrente de taille inférieure à 5Mb contenant au moins un gène précédemment rapporté dans la LAM ou le cancer Dans les LAM-CN: Survie globale plus courte chez les patients possédant au moins une anomalie SNP6.0 Dans le bras-b un nombre d anomalie supérieur ou égale à 2 est le seul facteur prédictif d une EFS plus courte La suite : Validation de nouveaux gènes candidats potentiels ( quantification séquençage )

25 Etude par SNP6.0 arrays des SMD à faible risque

26 Protocole AZA-EPO (GFM : Groupe français des myélodysplasies) -Essai multicentrique de Phase 2 Critères d inclusion.smd résistants à l ESA (erythroidstimulating agents ),de faible risque ou intermédiaire-1 ( score IPSS de 0 à 1), Traitement Score IPSS 0 0,5 1 1,5 Blastose médullaire < 5 % 5-10% % Caryotype Bon* Intermédiaire Mauvais** Cytopénie 0/1 2/3 * normal, -Y, del(5q), del(20q) ; ** complexe ( 3 an.), an. Du 7 - Azacitidine seul( bras-a) ou en association avec epoetin-beta (bras-b)

27 Analyse SNP6.0 - Cohorte totale : 93 patients - SNP6.0 : 79 patients ( 85 % ) - Validation des critères de qualité: tous les SNP6.0 inclus dans l analyse - Caryotypes :.1 échec.78 caryotypes : 55 caryotypes normaux (71%) 23 anormaux (29%), pas de caryotypes complexes

28 Résultats 50 anomalies génomiques chez 34 patients -37 CNA : 22 délétions et 15 gains -13 UPD Nombre d anomalies par patient: 0 à 3 ( Moyenne 1.5, médiane 1 ) Taille des anomalies CNA: Taille 0.12 Mb à 191MB Taille médiane des gains 146 Mb ( Mb) Taille médiane des délétions 23Mb ( Mb) UPD: médiane 73 Mb (2-117 Mb)

29 - 22 délétions - 15 gains - 13 UPD

30 Gènes d intéret Détection de délétions / UPD touchant des gènes connus dans hémopathies myéloïdes Délétions : TET2 (n=2), ASXL1 (n=1), CBL (n=1) et RUNX1 ( n=1) UPD : 3 Larges UPD couvrant TET2 Identification de régions minimales communes Chromosome Région Anomalie n gènes q12-q14.3 gain 158 q22.1-q22.2 Perte 20 q22.1-q22.1 Perte 69 q21-q24.1 Perte 327 p13.31-p13.2 Perte 58 q14.13-q21.1 Perte 22

31 Résultats: comparaison avec la cytogénétique conventionnelle Des anomalies additionnelles ont été détectées par SNP chez 20% des patients à caryotype normal Les CNAsnon détectées au caryotype : 9 pertes :.une monsomie19.del(13)(q14.13q22.1) et del(20)(q11.22q13.2).6 microdéétions( Mb) dont une del(7)q 4 gains :.trisomie 2 et 12.dup(2)(q12.3q14.3) et dup(19)(p13.3p13.3) Une seule anomalie détectée au caryotype, mais non détectée par SNP6.0, il s agit d une del(1p) La combinaison de la cytogénétique conventionnelle/snp permet donc de détecter une anomalie génomique chez 44% de nos patients versus 29% par caryotype seul (p=0.06)

32 Résultats: comparaison avec la cytogénétique conventionnelle Des anomalies additionnelles ont été détectées par SNP chez 27% des patients à caryotype anormal. L analysepar SNP6.0 révèle5 patients avec unecytogénétiquedéfavorable; 4 caryotypescomplexes et unedel(7q) versus 0 patients au caryotype. Ces5 patients devraientdoncetrereclassésdansunecatégorieipss à plus haut risque.

33 Conclusions / Perspectives - Notre étude a montré que les SNP6.0 révèlent des anomalies chromosomiques non détectées au caryotype, ce qui pourrait expliquer l hétérogénité clinique des SMD de faible risque. - Perspectives cliniques: Comparer le génotype des répondeurs versus les non répondeurs Stratification pronostique combinée SNP6.0/ Caryotype - En cours: Séquençage des gènes candidats potentiels/ gènes du spliceosome

34 Remerciements CHRU Lille Pauline Peyrouze Nathalie Helevaut Sandrine Geoffroy Christophe Roumier Alinne Renneville Olivier Nibourel Claude Preudhomme IRCL Lille Frédéric Lepretre Meyling Cheok Martin Figeac Hopital Saint- Louis Antonio Alberdi Samuel Quentin Jean Soulier Groupe ALFA Christine Terré Sylvie Castaigne Sylvie Chevret Hervé Dombret Groupe français des myélodysplasies Calude Gardin Pierre Fenaux Je remercie le Cancéropole Nord-Ouest