Maladies émergentes et faune sauvage

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1 Utilisation des données de surveillance sanitaire de la faune sauvage pour la détection de phénomènes de santé émergents Académie Vétérinaire de France, le Eva WARNS-PETIT ISPV-FCPR École Nationale Vétérinaire de Lyon AFSSA Lyon Université Joseph Fourier Grenoble Technique de l Ingénierie Médicale et de la Complexité Maladies émergentes et faune sauvage! Le rôle épidémiologique de la faune sauvage! Des émergences de plus en plus fréquentes From : Global richness maps of EID events from split by category. Maps are derived for EID events caused by zoonotic pathogens. Jones et al. 2008, NATURE Eva Petit AVF 02/04/09 2 1

2 Des méthodes de détection d éd émergences! Surveillance ciblée et surveillance syndromique! Des méthodes qui se développent en santé publique Eva Petit AVF 02/04/09 3 PLAN! Principes méthodologiques!! syndromique! d éd émergences! Perspectives Eva Petit AVF 02/04/09 4 2

3 Principes méthodologiques Principe SOURCE DE DONNEES ANALYSE INFORMATIONS Suivi sanitaire FAUNE SAUVAGE BASE DE DONNEES TYPOLOGIE SYNDROMIQUE ALERTE ALGORITHMES de DETECTION SIGNAL CARACTERISATION/ VALIDATION Eva Petit AVF 02/04/09 5 Les données : SAGIR Principe enreg. en 20 ans Afssa ONCFS FNC gestion des données animation du réseau 93 départements lièvres, chevreuil, lapin, sanglier, renard, canard, pigeon, Laboratoires vétérinaires analyses diagnostic FDC 1 interlocuteur technique départemental spécialisé ONCFS 1 interlocuteur technique Observateurs de terrain départemental spécialisé Eva Petit AVF 02/04/09 6 3

4 Les données : conclusions d une analyse préalable Principe! réseau robuste & bien coordonné, à fonctionnement flexible! variabilité dans la collecte et l analyse l des cas! sensibilité inégale selon les espèces, les milieux, les saisons " Choix des variables & méthodes de détection Eva Petit AVF 02/04/09 7 Principe La typologie syndromique (1)! Objectif : définir des entités sanitaires («syndromes»)) d intérêtd Critères : - Faune sauvage : ensemble d êd êtres exposés à leur environnement - Nature multifactorielle des maladies de la faune sauvage (Wobeser,, 2007) Eva Petit AVF 02/04/09 8 4

5 La typologie syndromique (2) Principe! Matériel : données sanitaires Ensemble de lésions décrites à l autopsie, l première caractérisation d un d phénomène de santé : Topographie - Morphologie - Etiologie! Classification statistique des données lésionnelles (T et M) de la base : les syndromes Eva Petit AVF 02/04/09 9 La typologie syndromique : classification Principe!La méthode de classification: -1) Analyse des Correspondances Multiples : structuration des données par projection sur des axes factoriels FOIE congestion trauma Eva Petit AVF 02/04/ POUMON 5

6 La typologie syndromique : classification Contexte!La méthode de classification (suite) : -2) Classification ascendante hiérarchique regroupement des modalités selon leur coordonnées factorielles Dendrogramme Eva Petit AVF 02/04/09 11 La typologie : résultats! Des «syndromes» en nombre limité : Principe! 1) Traumatismes et hématomes avec ap.. locomoteur et peau! 2) Atteinte systémique (ictère ou goutte) avec plusieurs organes! 3) Diarrhée avec Intestin! 4) Inflammations avec ap.. circulatoire! 5) Congestion et dégénérescence avec foie et rein! 6) Hypertrophie et hémorragie avec rate et trachée! 7) Hémorragies avec ap.. respiratoire et ap.. digestif! 8) Hypertrophie avec rate! 9) Autres Eva Petit AVF 02/04/

7 Le classement Principe! Tous les cas seront classés selon cette classification! Ne se classe pas? " 1 er niveau d alerted " Les syndromes forment la variable à expliquer Eva Petit AVF 02/04/09 13 La détection de phénomènes de santé émergents Principe! Phénomène de santé («syndrome») connu dont la fréquence relative augmente ou diminue par rapport à la fréquence attendue! Phénomène de santé connu, absent du territoire surveillé! Phénomène de santé inconnu " des «anomalies» Eva Petit AVF 02/04/

8 Système de détection d émergences : principe Principe syndrome «bruit de fond» «anomalies»! Trois dimensions TEMPS ESPACE NATURE Eva Petit AVF 02/04/09 15 Les autres variables de la base de données Principe DATE - Mois - Saisons - Années TEMPS ORIGINE LIEU - Déptmt. - Régions - Altitude ESPACE ESPECE - Régime alimentaire - Domaine vital - Grégarité - Sédentarité ANIMAL - Sexe - Âge - Condition corporelle NATURE Eva Petit AVF 02/04/

9 Système de détection d émergences : méthodes (1) Principe! Séries temporelles (Flamand, 2008) d anomalies: carte de contrôle selon Shewhart Analyse basée sur la comparaison entre le nombre de cas et une valeur seuil. Eva Petit AVF 02/04/09 17 Système de détection d émergences : méthodes (2) Principe! Agrégation spatiale (Mostashari 2003, SatScan ) Clusters spatiaux de West-Nile-Virus chez des chevaux en Camargue, déterminés par SatScan (Leblond et al. Vect. Zoon. Dis. 2007) Eva Petit AVF 02/04/

10 Principe Système de détection d émergences : méthodes (3)! Exposomes (Faisandier, 2007) Visualisation des informations communes entre les syndromes Du réseau bipartite à l exposome Comparaison de jeux de données différents pour identifier des changements Eva Petit AVF 02/04/09 19 Perspectives! Application rétrospective et prospective aux données collectées! Système complémentaire à surveillance classique! Elément du projet européen WildTech Eva Petit AVF 02/04/

11 WildTech (programme-cadre 7)! Nouvelles technologies pour la surveillance d infections d émergentes and ré-émergentes de la faune sauvage! Harmonisation la surveillance en Europe! Echanges de données avec d autres d pays! Recherche des données dans des sources multiples Eva Petit AVF 02/04/09 21 Merci de votre attention! 11

12 Répartition des systèmes atteints au cours du temps 100% 80% 60% 40% 20% 0% Proportions des différentes topographies enregistrés dans la base de données SAGIR, par année, toutes espèces confondues Eva Petit AVF 02/04/09 23 DIG. RESP. SRH URIN OS/MU CUT. NERV. CIRC. REPR. 12