PRESTATIONS DU GROUPE VIROLOGIE

Transcription

1 Département fédéral de la défense, de la protection de la population et des sports DDPS PRESTATIONS DU GROUPE VIROLOGIE ÉCHANTILLONS CLINIQUES La meilleure méthode pour identifier les différents virus est à chaque fois indiquée en gras. Agent Analyse Méthode de accr. Méthodes spécifiques aux agents Virus Chikungunya Real-time RT-PCR Sérum, plasma, LCR IFA Sérum, plasma Sérologie IgM IFA Sérum, plasma Virus de la dengue -4 Real-time PCR Sérum, plasma Ma, ve 2 jours Oui IFA, NS Ag LFA Sérum, plasma IFA, NS Ag LFA Sérum, plasma Virus Dobrava Real-time RT-PCR Sérum, plasma, urines, biopsie rénale IFA / IB Sérum, plasma IFA / IB Sérum, plasma Virus Ebola Real-time RT-PCR Sang total Service de piquet 2 jours Non /8 N ID/Vers /0 Cote: 323-FachinfoViro\206

2 accr. Méningo-encéphalite verno-estivale (MEVE) Virus de la fièvre jaune Real-time RT-PCR Sérum, plasma, LCR Ma, ve 2 jours Oui EIA / IFA Sérum, plasma, LCR Ma, ve 2 jours Oui EIA / IFA Sérum, plasma, LCR Ma, ve 2 jours Oui Test de neutralisation (Ig complet) NT Real-time RT-PCR Sérum, plasma, LCR IFA Sérum, plasma IFA Sérum, plasma Test de neutralisation (Ig complet) NT Virus Hantaan Real-time RT-PCR Sérum, plasma, urines, biopsie rénale, hépatique, de la rate IFA / IB Sérum, plasma IFA / IB Sérum, plasma Ma, ve 2 jours non Virus Hendra Real-time RT-PCR Prélèvements pharyngés, LCR, urines, Sérum, plasma Virus Influenza A Real-time RT-PCR Prélèvements nasopharyngés, prélèvements pharyngés, sécrétions bronchiques, lavage bronchoalvéolaire 2/8 N ID/Vers /0 Cote: 323-FachinfoViro\206

3 accr. Virus Influenza A HN Virus Influenza A H7N9 Virus de l encéphalite japonaise Virus de Crimée- Congo Real-time RT-PCR Prélèvements nasopharyngés, prélèvements pharyngés, sécrétions bronchiques, lavage bronchoalvéolaire Real-time RT-PCR Prélèvements nasopharyngés, prélèvements pharyngés, sécrétions bronchiques, lavage bronchoalvéolaire Real-time RT-PCR Sérum, plasma, LCR IFA Sérum, plasma IFA Sérum, plasma Real-time RT-PCR Sang total Virus de Lassa Real-time RT-PCR Sang total Virus Marburg Real-time RT-PCR Sang total 3/8 N ID/Vers /0 Cote: 323-FachinfoViro\206

4 accr. Coronavirus MERS Real-time RT-PCR Sécrétions/prélèvements nasopharyngés, prélèvements pharyngés, sécrétions bronchiques, lavage broncho-alvéolaire Variole du singe PCR & séquençage Fragments de vésicules/papules/pustules/croûtes Ma, ve sem. Non Virus Nipah Real-time RT-PCR Prélèvements pharyngés, LCR, urines, sérum, plasma Virus O Nyong Nyong Real-time RT-PCR Sérum, plasma, LCR Virus Puumala Real-time RT-PCR Sérum, plasma, urines, biopsie rénale Fièvre de la Vallée du Rift IFA / IB Sérum, plasma IFA / IB Sérum, plasma Real-time RT-PCR Sérum, plasma 4/8 N ID/Vers /0 Cote: 323-FachinfoViro\206

5 accr. Virus de la Ross River Real-time RT-PCR Sérum, plasma, ponction articulaire, LCR Virus Sandfly Fever Naples Virus Sandfly Fever Sicilian Virus Sandfly Fever Toscana Real-time RT-PCR Sérum, plasma, LCR Real-time RT-PCR Sérum, plasma, LCR Real-time RT-PCR Sérum, plasma, LCR Coronavirus SARS Real-time RT-PCR Sécrétions/prélèvements nasopharyngés, prélèvements pharyngés, sécrétions bronchiques, lavage broncho-alvéolaire 5/8 N ID/Vers /0 Cote: 323-FachinfoViro\206

6 accr. Virus Sindbis Real-time RT-PCR Sérum, plasma, LCR Variole (virus Variola) PCR & séquençage Encéphalite de Saint- Louis Fragments de vésicules/papules/pustules/croûtes; phase précoce: sécrétions/prélèvements nasopharyngés, sérum, plasma Ma, ve semaine Real-time RT-PCR Sérum, plasma, LCR Vaccinia Virus PCR & séquençage Fragments de vésicules/papules/pustules/croûtes Ma, ve semaine Non Non 6/8 N ID/Vers /0 Cote: 323-FachinfoViro\206

7 accr. Fièvre du Nil occidental Real-time RT-PCR Sérum, plasma, LCR Ma, ve 2 jours Oui IFA Sérum, plasma IFA Sérum, plasma Méthodes spécifiques au genre et à la famille Alphavirus (p. ex. Chikungunya, encéphalite équine de l est, O Nyon Nyong, Ross River, Sindbis, encéphalite équine vénézuelienne, encéphalite équine de l ouest) 3 Arénavirus du Nouveau Monde (Guanarito, Junin, Machupo, Sabia) 3 PCR & séquençage Plusieurs real-time RT-PCR; y c. différenciation Filovirus (Ebola, Marburg) Endpoint RT-PCR 3 Flavivirus (p. ex. dengue, encéphalite japonaise, MEVE, fièvre jaune, Louping ill, encéphalite de la Murray valley, encéphalite de Saint-Louis, Usutu, fièvre du Nil occidental, Zika) 3 PCR & séquençage Sérologies spécifiques à l espèce disponibles pour dengue, MEVE, fièvre jaune, encéphalite japonaise et fièvre du Nil occidental 3 Entre parenthèses sont indiquées les espèces auxquelles s appliquent les méthodes. Pour les espèces indiquées en italique, il existe également des méthodes spécifiques. 7/8 N ID/Vers /0 Cote: 323-FachinfoViro\206

8 accr. Hantavirus (Andes, Dobrava, Hantaan, Puumala, Séoul, Sin Nombre) 3 Orthopoxvirus (Camelpox, Cowpox, Monkeypox, Smallpox, Vaccinia) 3 Plusieurs real-time RT-PCR; y c. différenciation IFA / IB; y c. différenciation IFA / IB; y c. différenciation Sérum, plasma Sérum, plasma Sérologie IgM PCR & séquençage; y c. différenciation 3 Entre parenthèses sont indiquées les espèces auxquelles s appliquent les méthodes. Pour les espèces indiquées en italique, il existe également des méthodes spécifiques. Juillet 206 8/8 N ID/Vers /0 Cote: 323-FachinfoViro\206