PROGRAMME. de Sélection COllective de l'huître creuse, Crassostrea gigas, à des fins de Captage orienté (SCORE)

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1 PROGRAMME de Sélection COllective de l'huître creuse, Crassostrea gigas, à des fins de Captage orienté (SCORE) I- OBJECTIFS DU PROGRAMME Le Comité National de la Conchyliculture a déposé le projet SCORE dans le cadre de l appel à projets «programme de sélection et d amélioration de la ressource ostréicole» lancé en juin 2011 par l'etat (Direction des Pêches Maritime et de l'aquaculture), avec le concours des 6 Conseils régionaux concernés par l ostréiculture. Le projet a été retenu par le comité de pilotage du projet le 31/01/2012, après expertise par un Comité scientifique indépendant. Le projet SCORE (Sélection COllective de l huître creuse, Crassostrea gigas, à des fins de Captage orienté) consiste en un programme de sélection génétique d intérêt général en vue d un captage orienté dans le milieu par des souches résistantes. le programme mobilise l'ensemble des instances représentatives de la filière ostréicole au niveau national (CNC) et régional (Comités Régionaux Conchylicoles), les centres techniques régionaux et départementaux et les partenaires majeurs de la filière : Institut Français de Recherche pour l'exploitation de la mer (IFREMER), Syndicat des Sélectionneurs Avicoles Aquacoles Français (SYSAAF). Il réunit 14 opérateurs et implique des tierces parties ou prestataires dans le cadre d appel d offre et de relations contractualisées. Les 4 objectifs généraux de SCORE sont: 1. Caractériser et préserver les ressources ostréicoles, afin de dresser un état et un suivi de référence des stocks et des populations ostréicoles et de conserver les ressources ostréicoles d intérêt ; 2. Opérer un programme de sélection de souches présentant des caractères de survie améliorée, afin de constituer des familles sélectionnées pouvant être mises à disposition notamment pour permettre un captage naturel dans le milieu, à partir de ces familles utilisées comme principaux géniteurs ; 3. Étudier la faisabilité du captage orienté et/ou repeuplement dirigé, afin de définir les modalités techniques permettant d optimiser le captage issu des familles sélectionnées et assurer sa durabilité. 4. Assurer la gestion du projet et la communication pour un projet de filière, afin de faciliter l adhésion au programme collectif d intérêt général et prévoir la gouvernance d un dispositif pérenne.

2 II- DESCRIPTIF TECHNIQUE DU PROJET AXE 1 : Caractérisation et suivi de référence Pour sécuriser l approvisionnement en naissain, SCORE conjugue les enjeux de programmes de repeuplement d une part et d autre part d amélioration des stocks ostréicoles. Un suivi génétique de la variabilité et de la diversité doit donc être mis en place pour déterminer les impacts et les résultats. Le 1 er axe SCORE pose les bases d un suivi spatio-temporel de la dynamique génétique des stocks et des populations. 7 «sites de références» sont identifiés, renseignés et suivis chaque année. Ce suivi complète celui prévu à une échelle géographique fine dans l axe 7. Pour la durée du projet, le pas de temps annuel permet d apporter de nouvelles informations et notamment de renseigner d éventuelles variabilités inter-annuelles (notion de stabilité). Les résultats du 1 er axe permettront de prévoir les conditions de suivi et de gestion, à long terme, des caractéristiques génétiques des stocks et des populations, à l échelle des bassins naisseurs et des ressources génétiques françaises. Les informations et données existantes seront dans un premier temps récoltées pour décrire les «sites de référence» : les populations et stocks, les conditions environnementales, la dynamique des mortalités et les pratiques professionnelles. Il s agit de prévoir un tableau de bord commun des sites qui facilite leur présentation, comparaison et leur suivi. Il permet également l articulation avec les réseaux de suivi ou actions nationales, régionales ou départementales. Chaque année des «huîtres sauvages», adultes et juvéniles (moins de 1 an), sont prélevées sur 2 points de chaque «site de référence». Le premier point de prélèvement se situe au niveau des concessions d élevage, et le second est au contraire le plus éloigné possible des concessions tout en restant dans le même site. Des échantillons sont prélevés pour d une part analyser leurs génotypes et qualifier leur statut sanitaire, et d autre part pour servir de fondateurs des familles de la sélection (axes 3 et 4). Pour le génotypage, les analyses porteront sur 2 panels de plusieurs marqueurs en cours de définition dans le cadre du projet GigADN. Pour le statut sanitaire, la présence de Vibrios et de virus de type Herpès sera notamment recherchée. Des outils de caractérisation génétique permettant notamment la traçabilité des stocks sélectionnés sont également développés et mis en place. AXE 2 : Préservation des ressources Pour la mise en œuvre d un programme d amélioration des stocks ostréicoles associé à des objectifs de repeuplement, il est nécessaire de disposer d une stratégie et de moyens de protection et de cryoconservation à long terme des ressources génétiques. La préservation du patrimoine génétique se justifie pour conserver une image de la diversité des ressources zoogénétiques à différents pas de temps pour les génotypes originaux, sauvages ou anciens mais aussi pour les ressources en sélection ou améliorées (évaluation du progrès génétique) qui implique de lourds investissements privés et collectifs. Un dispositif de cryoconservation permet de sécuriser les stocks face aux enjeux zoosanitaires ou d autres incidents (accidents techniques, climatiques) qui entraineraient la perte des ressources en cours d amélioration. Il permet également d optimiser l efficacité des programmes notamment pour la diffusion des progrès réalisés. Depuis 1999, un groupement d'intérêt scientifique appelé «Cryobanque nationale» fédère les

3 initiatives de cryoconservation de matériel biologique d'animaux d'élevage. Depuis novembre 2009, la CRYObanque des élevages AQUAcoles CRYOAQUA (URCEO Institut National de la Recherche Agronomique, IFREMER, Cryobanque Nationale, SYSAAF) est opérationnelle à l URCEO (Union Régionale des Coopératives d Elevage de l Ouest, St Aubin du Cormier) pour congeler et conserver les semences congelées d espèces aquacoles. L axe 2 vise donc deux objectifs : i) conserver pour le long terme la diversité génétique disponible au sein des stocks et populations présents en France, ii) et faciliter la gestion des ressources génétiques. Afin de sécuriser le projet SCORE, une stratégie de conservation ex situ par la cryoconservation est mise en œuvre pour les gamètes et développée pour les larves d huîtres d intérêt. Ce travail est complémentaire à la conservation in situ des familles sélectionnées prévue aux axes 3 et 4. Les actions réalisées permettront de formaliser un dispositif d une part pour la réalisation des prélèvements et d autre part pour disposer des moyens de conservation et de gestion des ressources avec l URCEO et CRYOAQUA. Les techniques de congélation des larves sont développées dans SCORE. Trois types de matériel biologique issus de SCORE sont ainsi conservés : - les spermes de 50 mâles sauvages échantillonnés au cours de l axe 1 et utilisé comme fondateurs du programme collectif de sélection ; - les spermes de 2 mâles de chacune des 100 familles identifiées comme présentant des caractères de survie améliorée ; - les larves obtenues par croisements entre reproducteurs (F1) sélectionnés. AXE 3 : Activation d une Unité collective et accompagnement du programme de sélection Le Ministère de l'agriculture de l'alimentation de la Pêche de la Ruralité et de l'aménagement du Territoire (MAAPRAT), l'ifremer et le CNC ont signé une charte pour une meilleure coordination de leurs actions dans le domaine de la conchyliculture (cf charte du 9/2/2007). La station IFREMER de Bouin devient une plateforme stratégique pour la filière. Elle s'inscrit dans un cadre géographique cohérent de part l'importance des activités d'écloserie et de nurserie présentes en Pays de Loire, et répons à des besoins de moyens nécessaires à l'atteinte des objectifs du programme collectif. Elle s'inscrit dans son rôle de PRI de Bouin (Plateforme Régionale d'innovation (PRI) dédiée aux huîtres ou PRI Plateforme de Recherche et d'innovation Ifremer), notamment pour la maîtrise de l'approvisionnement en naissain de la filière. En parallèle au déroulement de SCORE, les échanges entre l'ifremer, la DPMA et le CNC permettront, au-delà du projet, de concrétiser le statut et le fonctionnement de la plateforme collective. Le site bénéficiant d'ores et déjà d'une écloserie, il s'agit d'équiper et de faire fonctionner une unité de sélection permettant l'élevage en familles séparées. Pour se faire, le «consortium» recrute via le CNC, un cadre et un technicien spécialisé, en CDD et accompagnés par les «partenaires scientifiques». L'installation prévoit 160 tubes pour l'élevage des familles individuellement et la production prévue est de 150 à 200 familles utilisables en 2012, puis entre 400 et 640 familles par an, à raison de 4 cohortes par an. Les familles sont prêtes à être testées au plus tôt du printemps. En complément de ces familles, il est prévu de pouvoir faire intervenir des tierces parties, les écloseurs pour enrichir le nombre de familles testées, notamment en 2013 et Les 2 opérateurs recrutés à Bouin participent aux différentes étapes du programme (mises en poche des familles, chantiers de mesures, échantillonnage,...). Elles sont plus particulièrement concernées par les actions associées au «site de sélection» en Pays de Loire.

4 AXE 4 à 6 : Mise en œuvre du programme de sélection Pour lancer le programme collectif de sélection, il convient dans un premier temps de calibrer son ampleur, notamment pour la prise en compte des interactions «génotype x environnement», de ses modalités de testage et pour vérifier des hypothèses. Cette étape clef permet de décider du schéma appliqué par la suite. Dans un deuxième temps deux cycles de production et de testage d un grand nombre de familles sur 2 ou 3 «sites de sélection» seront réalisés. En parallèle, une évaluation de la sélection réalisée sera conduite au niveau de 20 «sites d évaluation» pour constater la réponse à la sélection et les progrès apportés dans différents environnements et conditions de production. Dans SCORE la sélection se décompose donc en deux phases. Une phase de calibrage en 2012 (axe 4). 150 à 200 familles sont à partir des géniteurs (fondateurs) prélevés lors des actions de l axe 1, mises en élevage et leurs performances évaluées par les «partenaires techniques» au niveau de 7 «sites de calibrage» couvrant des conditions de production différentes. Les conditions opératoires sont décrites à l aide des protocoles (ex : mise en élevage, chantiers de mesures). Les meilleures familles de chaque site sont identifiées. Les résultats d analyses de génotypes et les données récoltées sur les performances des familles permettent aux «partenaires scientifiques» d estimer les paramètres génétiques, les interactions «génotype x environnement» et de modéliser deux hypothèses : celles selon laquelle la survie est un caractère oligogénique ou celles d un effet de croisement. La phase de calibrage se termine par le choix des plans de fécondation à adopter. Les familles sélectionnées sont conservées, ex situ (axe 2) et in situ au niveau de sites de conservation. Une phase de sélection (axe 5) et d évaluation de la sélection (axe 6) en 2013 et o Tester un grand nombre de familles ( ) (axe 5). Chaque année, selon le plan de fécondation défini, entre 400 et 640 familles sont produites sur l Unité Collective de Sélection d une part et d autre part entre 200 et 300 familles sont produites sur un autre site. En fonction de la phase de calibrage, 2 ou 3 «sites de sélection» sont retenus. Ces sites accueillent entre 600 et 940 familles par an (2100 poches), qui font l objet d un suivi régulier. Chaque année, les meilleures familles sont identifiées et ensuite conservées ex situ (axe 2) et in situ au niveau des sites de conservation. o Évaluer la réponse à la sélection collective ( ) (axe 6) Chaque année, des groupes d huîtres sont produits, selon un plan de croissement à définir en fonction des résultats obtenus. Ces groupes correspondent à des huîtres issues de croisements entre - des familles sélectionnées ; Groupe sélectionné - des familles sélectionnées et des huîtres sauvages ; Groupe hybride - des huîtres sauvages ; Groupe témoin Ces groupes sont placés en élevage et leurs performances évaluées au niveau de 20 «sites d évaluation». Les résultats d analyses de génotypes et les données récoltées sur les performances des groupes permettront d estimer les progrès réalisés.

5 SCORE réalise en tout le testage de 1350 à 2040 familles pour identifier environ 100 familles présentant des caractères de survie améliorée, et permettant à leur tour de choisir parmi elles, les 50 familles les moins apparentées. En l attente des résultats de la phase de calibrage, SCORE prévoit de réaliser une génération de sélection sur trois ans. Le stock de familles sélectionnées ainsi généré permettra d améliorer la survie et de conserver une variabilité génétique suffisante, notamment en vue d opération de captage orienté. AXE 7 : RESOR : Etude de faisabilité d une opération de captage orienté Pour utiliser au mieux un stock de familles sélectionnées, en particulier à des fins de captage orienté, il faut appréhender la dynamique génétique des stocks et des populations au niveau des bassins naisseur français. Il faut aborder la question des impacts positifs et négatifs de la diffusion (propagation) d'un stock d'huîtres diploïdes sur les caractéristiques génétiques des populations et les performances des stocks en élevage. L'objectif global est de connaître l'intérêt et l'efficacité d'un réensemencement dirigé à partir d'un stock sélectionné et il faut pour cela mener une étude de faisabilité. Dans le projet SOCRE, l'action de repeuplement ou de captage orienté dénommée «RESOR» s'appuie sur des premiers résultats acquis en Elle concerne directement les «partenaires techniques» de Poitou-Charentes et d'aquitaine. A partir de «sites sources», identifiés comme ayant les meilleures chances de contribuer au recrutement/captage au niveau de «sites puits» pré-identifiés, RESOR met en oeuvre les moyens de suivre la diffusion d'un stock artificiel selon une analyse de la composition génétique des stocks. Des «stocks d'huîtres» sur estran sont constitués à partir d'huîtres télécaptées sur tubes, provenant de géniteurs fournies par Ifremer et disposant d'une signature génétique caractéristique. Un suivi bancs au niveau des «sites sources» est mis en place (mortalités, croissance, reproduction) et des études comparatives sont menées avec l'appui de VELYGER. Des échantillonnages de naissain au niveau des «sites puits», et de manière étendue au niveau de secteurs de captage professionnel, permettent de suivre l'apport génétique. A son terme, l'action RESOR prévoit la mise en oeuvre d'une action de nettoyage visant à enlever les bancs constitués et remettre les sites en état. AXE 8 : Gestion du projet et communication du projet SCORE La réalisation de ce programme nécessite le recours à un grand nombre d opérateurs et il conviendra d assurer la bonne gouvernance du projet : mise en place de protocoles conjoints, interprétation et validation des résultats obtenus, validation des orientations pour la suite du projet La Maîtrise d'ouvrage du programme «SCORE» est assurée par le Comité National de la Conchyliculture (CNC) qui conduit l'animation administrative, technique et financière. A ce titre, il s'appuie sur 3 «instances» : le consortium, l'assemblée plénière et 8 groupes de travail. En parallèle, le programme SCORE sera suivi par un comité de pilotage qui réunit l'ensemble des partenaires financiers (Europe, Etat, 6 Régions) sur les aspects administratifs et financiers et un comité scientifique sur les aspects «scientifiques».