LA TRILOGIE DE LA MORT

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1 LA TRILOGIE DE LA MORT Mlle Valérie CHMIELEWSKI ATC CNAM 23 Septembre 2008 Mlle CHMIELEWSKI Valérie Conservatoire National des Arts et Métiers (CNAM) Chaire de Biologie Accès , rue Conté PARIS Tél : 33-(0) Fax : 33-(0) Mél :valerie.chmielewski@cnam.fr Note aux lecteurs : pour des raisons éthiques, je demande aux personnes qui souhaitent utiliser ce document (que je vous donne en WORD!)même en partie, de m en faire la demande par . 1

2 Liste des abréviations AIF : facteur induisant l apoptose Apaf-1 : Apoptosis protease-activiting factor-1 ATG : AuTophagy-related Genes ATP : adénosine triphosphate Bar : Bifunctional apoptosis regulator Bax : Bcl-2- associated protein X Bcl-2 : b-cell lymphoma-2 BH : Bcl-2 homology Ca2+ : calcium CARD : Caspase Activation and Recuitment Domain Dad1 : Defender against apoptotic death 1 Dapi : 4-6-Diamidino-2-phenylindole dihydrochloride DD : Death Domain DED : Death Effector Domain DMSO : Dimethyl sulfoxide dntp : nucléotides DO600 : densité optique à 600nm DTT : 1,4-Dithiothréitol EDTA : Ethylene Diamine Tetraacetic Acid Endo G : endonucléase G Fadd : Fas-associated death domain H2O2 : peroxyde d hydrogène IAP : inhibiteur de protéines apoptotiques IP3R : récepteur d inositol-3-phosphate ME : microscopie électronique pb : paire de base PBS : phosphate buffered saline PCR : polymerase chain reaction PMSF : phenylmethyl sulfonide fluoride PTP : permeability transition pore PVDF : polyvinylidene difluoride RE : réticulum endoplasmique ROS : reactive oxygen species RyR : récepteur ryanodine SDS : sodium dodecyl sulfate SERCA : Sarco-Endoplasmic Reticulum Ca2+-ATPase sgfp : synthetic green fluorescent protein SRG1 : Senescence Related Gene 1 TEGT : Testis Enhanced Gene Transcript TM : domaine transmembranaire TNF : Tumor necrosis factor TNF-R1 : Tumor necrosis factor receptor TRAIL : TNF-related apoptosis-inducing ligand TUNEL : terminal deoxynucleotidyl transferase-mediated dutp nick end-labeling U : unité d activité enzymatique U.V. : ultraviolet VDAC : voltage-dependent anion channel 2

3 Table des matières Introduction Définition de la mort cellulaire : nécrose, apoptose et autophagie Les cellules impliquées dans l apoptose homéostatique L apoptose La régulation de l apoptose La voie extrinsèque La voie intrinsèque Une activité en amont de la mitochondrie L autophagie Mécanisme commun entre l autophagie, l apoptose et la nécrose Les régulateurs de la mort cellulaire programmée La famille Bcl Les caspases Apoptose et pathologies HIV : Chronique d une mort programmée Apoptose et cancer Apoptose et ischémie Mise en évidence de l apoptose / nécrose Caractères morphologiques de l'apoptose Modification de la membrane plasmique Fragmentation de l ADN Modifications des mitochondries :...46 Bibliographie

4 Table des illustrations Liste des abréviations... 2 F igure 1 : Apoptose/nécrose/autophagie... 7 Figure 2 : Les étapes de la nécrose versus apoptose Figure 3 : apoptose. intra-thymique... 9 Figure 4 : Apoptose régulatrice de la RI infectieuse Figure 5 : Apoptose de segmentation embryonnaire Figure 6 : chronologie de l apoptose Figure 7 : Les voies extrinsèques et intrinsèques de l apoptose Figure 8 : récepteur FAS et TNFR Figure 9 : Voies extrinsèques : 2 sentiers Figure 10 : La famille Bcl Figure 11 : la mitochondrie altérée Figure 12 : antiport NHE Figure 13 : Schéma représentant les principaux composants impliqués dans la régulation de l apoptose au niveau du réticulum endoplasmique Figure 14 : Schéma de l autophagie (macroautophagie) Figure 15 : Schéma de la trilogie de la mort Figure 16 : TNF : apoptose ou autophagie? Figure 17 : Structure des protéines Bcl-2 et Bax Figure 18 : les C Asp ases Figure 19: Voie des caspases Figure 20 : impact du VIH sur une cellule cible Figure 21 : régulation et p Figure 22 : Cisplatine et ADN Figure 23 : Stratégie pour augmenter ou induire les signaux impliquants les récepteurs de mort Figure 24 :Anticancer :la facilitation de la voie mitochondriale Figure 25 : ME de cellule en apoptose et corps apoptotique Figure 26 : marquage Annexin V /IP Figure 27 : technique TUNEL Figure 28 : Fragmentation inter-nucléosomale de l ADN Figure 29 :Photo d un gel agarose figure 30: QUANTIFICATION DES CELLULES EN APOPTOSE PAR CMF après ELUTION Figure 31 : perméabilisation des mitochondries Figure 32 : Utilisation du JC

5 Introduction La mort cellulaire se décline selon trois modes distincts à savoir l apoptose, la nécrose et l autophagie. En l absence d une régulation, on définit la mort cellulaire comme nécrotique alors qu en présence d une régulation, on la qualifie de mort cellulaire programmée. Il existe deux voies majeures de mort cellulaire programmée (PCD) : apoptose ou PCD de type I et mort autophagique ou PCD de type II. Ces PCD sont gérées par des cascades d activation différentes pouvant se recouper à plusieurs niveaux. En introduction, la mort cellulaire n est pas l oméga de la vie. Contrairement aux apparences, la vie et la mort ne sont pas radicalement antagonistes. Le corps humain, par exemple, est une colonie de cellules hétérogènes, dont beaucoup meurent (s'auto-détruisent) pour permettre le renouvellement organique. Dans tous les cas, la mort laisse place à une naissance assurant ainsi l homéostasie des êtres supérieurs. En résumé : tout se passe comme si le tout ne pouvait exister dans sa globalité qu à travers le suicide de la partie. La mort cellulaire a longtemps été considérée comme l'incapacité de résister aux agressions de l'environnement et du temps. Or, si ce phénomène appelé nécrose existe et résulte d une agression directe par une substance quelconque (par exemple, un acide), il existe un autre phénomène appelé apoptose qui se définit comme la capacité d'une cellule de s'auto-détruire en quelques heures et ainsi de se sacrifier pour la survie du tout. Cette aptitude à l'autodestruction est donc tout à fait vitale au plein sens du terme. La vie c est l empêchement de s autodétruire, ce qui n est pas une mission impossible. L apoptose a essentiellement deux fonctions : structurer la vie, tel le sculpteur puis la défendre non dans un état statique mais dans une dynamique de renouvellement qui s adapte au plus près des changements corporels (accidents) tant qu ils sont jugés compatibles avec la survie à l échelle cellulaire ou jugés compatibles avec la survie de l individu qui reste le seul capable d en décider. La mort à l échelle cellulaire est créatrice à l échelle de l individu. De plus, une cellule toute seule, qui ne perçoit plus de signaux émanant des autres cellules, finit par se suicider. Elle ne peut vivre seule. S agissant de l être humain 5

6 considéré dans sa dimension humaine, «je» n existe pas sans «tu». Croire le contraire est au mieux une absence de pensée et au pire d une vanité insolente. Mais quelle que soit la raison d envisager un «je» sans un «tu» qui entre en résonance à l unisson au dernier instant, elle fait naître une inquiétude : la négation de la survie de l humanité. «Les missions du soin relèvent d une double exigence : préserver l humanité d une relation et ne pas renoncer à reconnaître l autre en ce qu il demeure jusqu au terme de son existence. Le soupçon que suscite, notamment dans nos institutions hospitalières, la confusion de prises de positions ambiguës, d apparence aléatoires avantageusement relayées au sein de la cité,s avère dès lors inconciliable avec la reconnaissance des besoins de confiance, d estime, d appartenance à laquelle aspire la personne dans ces circonstances extrêmes. D autant plus lorsque l envahit le sentiment parfois oppressant d un temps qui lui est compté, d une vulnérabilité qui s accentue et menace son intégrité». (Emmanuel Hirsch, à lire absolument! Apprendre à mourir, Paris, Grasset, 2008 Sortie le 7 octobre p.) La mort par apoptose est potentielle, la capacité à s'auto-détruire est programmée génétiquement ; mais, comme on l'a vu, le destin individuel de chaque cellule n'est pas prédéterminé. La formule du suicide cellulaire est la suivante : la cellule meurt, non parce qu'un signal extérieur la tue directement, mais parce qu'elle se tue en fonction des signaux ou de l'absence de signaux auxquels elle est confrontée lors de ses rencontres. Au Japon, on emploie des aides pour accompagner ceux qui vont se faire " hara-kiri " dans leurs derniers moments. Mais, au cas où le suicidaire serait tenté de renoncer, l'aide est chargé de l'exécuter. Or, une colonie de cellules fonctionne " à la japonaise ". Une cellule en train de se tuer implose et se détache de ses voisines, elle se détruit en se rétrécissant, elle part ensuite en morceaux qui sont phagocytés par les autres cellules avoisinantes. Mais passer un point de non retour, elle ne saurait revenir en arrière, car même si elle s'arrêtait dans son processus d'autodestruction, elle serait ingérée quand même. Exemples de suicides : L'autodestruction rapide et constante des cellules de la peau est un exemple: notre peau, contrairement aux apparences, n'est jamais la même, elle se renouvelle indéfiniment. En ce qui concerne des territoires cellulaires persistant, comme l'ensemble des neurones, la différence est de degré, mais pas de nature : en cas de fracture de la moelle épinière, les neurones coupés de tout signal se tuent également. On retrouve ici une des règles fondamentales de la colonie cellulaire : une cellule qui ne perçoit plus aucun signal de la communauté s'autodétruit très rapidement. 6

7 1. Définition de la mort cellulaire : nécrose, apoptose et autophagie Dans la littérature, plusieurs formes de mort cellulaire programmée ont été décrites dans la classification de Schweichel et Merker caractéristiques morphologiques des cellules. Cette en fonction des classification (Fig. 1) distingue l existence de deux formes principales de mort cellulaire programmée soit l apoptose (type I :où les débris sont éliminés par les lysosomes des cellules phagocytaires) soit l autophagie (type II: où l élimination procède par l action des lysosomes propres à la cellule). F igure 1 : Apoptose/nécrose/autophagie Ce phénomène peut être contrôlé ou non par les constituants propres de la cellule. Outre la régulation par des protéines, la mort cellulaire programmée se distingue de la nécrose par l intensité des signaux qui l induisent et par les caractéristiques cellulaires. La nécrose induite par des perturbations environnementales violentes se manifeste souvent par le gonflement généralisé des organites intracellulaires et par la rupture des membranes (Fig. 2). D un autre côté, la mort cellulaire programmée fait suite à des situations de stress et de développement moins sévères et peut se reconnaître par des caractéristiques cellulaires particulières qui seront précisées dans la suite. Par opposition à la nécrose, la mort cellulaire programmée nécessite un contrôle cellulaire qui s établit par l intermédiaire de nombreuses molécules. Cette mort fait suite à une variété de stimuli environnementaux, 7

8 physiologiques ou pathologiques afin d éliminer les cellules inutiles, en excès, infectées ou endommagées. En fait, ce processus est si important qu un dérèglement entraîne chez l homme des maladies importantes (Vaux & Korsmeyer, 1999). Figure 2 : Les étapes de la nécrose versus apoptose. Ce schéma montre les caractéristiques observées lors de la nécrose et l apoptose. L apoptose correspond à un "suicide" cellulaire par mort cellulaire programmée alors qu une atteinte massive et accidentelle de cellules se traduit par une nécrose tissulaire. La nécrose se caractérise par le gonflement de la cellule jusqu à son éclatement alors que l apoptose se définit par une condensation de la cellule, une fragmentation du noyau et la formation de corps apoptotiques. 8

9 2- Les cellules impliquées dans l apoptose homéostatique La mort cellulaire programmée est un processus physiologique normal qui joue un rôle déterminant dans le développement embryonnaire ainsi que dans le fonctionnement du système immunitaire : Dans le système immunitaire, l'apoptose intervient, d'une part dans l'élimination des lymphocytes B et T inadaptés ou dangereux (auto-agressifs). La moelle osseuse produit 4 à 5 fois plus de lymphocytes B que ceux nécessaire à l organisme. Les cellules qui ne sont pas sélectionnées au contact de celles qui les éduquent, ne rejoignent pas la circulation périphérique et meurent par apoptose. Figure 3 : apoptose. intra-thymique Prothymocyte DN Thy-1,c-kit,CD44, Maturation extra thymique des DN ayant un TcR -γδ Réarrangement du TcR-β ou apoptose dans les 3 à 4 jours Thymocyte immature Préthymocyte DP Thy-,RAG1/2,TdT Sélection Négative des DP qui sont apoptosés ssi leur TcR reconnaît avec une haute affinité un auto-ag dans un contexte du CMH du soi. Réarrangement du TcR-α ou apoptose Thymocyte mature SP Thy-1, Cours d immunologie V.Chmielewski Sélection Positive des DP ssi leur TcR se lie aux CMH I et/ou II. Les autres sont condamnés à être apoptosé. Th ou Tc Le thymus est un organe de maturation des lymphocytes T. Lors de leur développement les lymphocytes T subissent une sélection positive et négative drastique et plus de 90 % se trouvent engagés dans un processus de mort cellulaire. (Fig. 3) D'autre part lors d une infection les cellules cibles sont détruites par les cellules de l'immunité à activité cytotoxiques. 9

10 De plus, au cours d une infection, les ganglions s hypertrophient. En fonction du signal transmis par l'agent pathogène, les cellules se multiplient très vite, il s'en crée des centaines de milliards. Mais, au bout de quinze jours environ, elles s'autodétruisent pour ne pas envahir l'organisme ; seules subsistent des cellules mémoires qui iront renforcer le système immunitaire lors d une attaque réitérée. (Fig. 4) Figure 4 : Apoptose régulatrice de la RI infectieuse Cours d 段 mmunologie V.Chmielewski Ag CPA CD4 Th Activation Expansion CMH-II TcR ｫ Processing ｻ de l 但g BcR IL-2 CD8 Th B Tc + TcR CMH-I Cellule infect馥 Th m Plasmo + Bm Tc + m Pool de lymphocytes m駑oires S馗r騁ion d 但c sp馗ifiques neutralisant 10 CTL Baiser de la mort=granzymes: lyse

11 Cellules embryonnaires : au cours du développement embryonnaire de la souris, la mort programmée de certaines cellules survient afin d assurer l individualisation de segments corporels comme par exemple la formation des doigts. Au cours de l embryogénèse un organisme se forme en multipliant ses cellules, mais aussi en détruisant une foule d'entre elles et ceci en l'absence de toute maladie. Dans l'embryogenèse, la vie et la mort jouent un rôle complémentaire. La formation des doigts illustre parfaitement cette complémentarité. La main n'est au départ qu'une sorte de moufle, dont les doigts se différencient par le suicide des cellules composant les tissus qui les réunissent. (Fig. 5). Figure 5 : Apoptose de segmentation embryonnaire De même dans le cadre de l organisation du SNC, la synaptogenèse procède à l élimination de plus de 50 % des neurones pendant l embryogenèse. Le système nerveux humain comporte quelque cent milliards de neurones! Tous les neurones sont génétiquement programmés pour former un axone qui permet la connexion avec d'autres cellules; ils sont également programmés pour voyager à l'intérieur de l'organisme. Or, les neurones finissent par se détruire, sauf s'ils rencontrent un autre neurone ou toute autre cellule avec laquelle une connexion est possible (ces cellules-partenaires envoient des signaux permettant la connexion). Le neurone se suicide ainsi dans deux cas : a) s'il ne rencontre rien avec quoi établir une connexion (synapse) ; b) s'il rentre en contact avec une cellule non-partenaire. Les neurones qui ont mal voyagé meurent de cette façon. En définitive, un corps est constitué de réseaux de survivants qui se connectent avec d'autres réseaux de survivants. Le voyage des neurones est déterminé génétiquement, mais la complexité naît en quelque sorte du hasard des rencontres. (Voir la partie pathologie et ischémie.) 11

12 3. L apoptose Figure 6 : chronologie de l apoptose Dès 1972, l équipe de Kerr a montré que, chez plusieurs types cellulaires, la mort est précédée par une condensation du noyau et du cytoplasme, une fragmentation du contenu cellulaire en corps apoptotiques (structure membranaire contenant des débris cytoplasmiques et nucléaires) et l élimination de ces dernières composantes par phagocytose ( Fig. 6) (Kerr et al., 1972). De plus, ce type de mort cellulaire n induit aucune réponse inflammatoire et n affecte en rien les cellules voisines. Comme les caractéristiques observées par Kerr contrastaient avec celles des cellules nécrotiques (Fig. 1), ce groupe de chercheurs a proposé le terme apoptose, qui, en grec, décrit la chute des feuilles en automne, pour identifier ce type de mort cellulaire programmée (Kerr et al., 1972). Aujourd hui, on reconnaît qu une cellule en apoptose se caractérise principalement par le rétrécissement de la cellule, la condensation de la chromatine, la fragmentation du noyau, la dégradation de l ADN nucléaire avec des fragments correspondant à des multiples de pb et la formation de vésicules contenant les débris cellulaires. De plus, les cellules en apoptose possèdent des organelles bien préservées alors que leur cytosquelette est dégradé. (Martin et al., 1994). 12

13 4. La régulation de l apoptose Chez ces organismes, on reconnaît principalement deux voies qui conduisent à l autodestruction cellulaire : la voie extrinsèque et la voie intrinsèque. Ces deux voies ont en commun de conduire à l activation des caspases, ce qui constitue le point de non-retour pour la cellule. Si les caspases sont activées, la mort est inévitable. Ces deux voies sont complexes et font intervenir un réseau d interactions protéiques incluant des récepteurs, des protéines régulatrices et des caspases. (Fig. 7 ). Figure 7 : Les voies extrinsèques et intrinsèques de l apoptose. Ce schéma représente les deux voies menant à l apoptose. La voie extrinsèque est induite par les récepteurs TNFR situés dans la membrane plasmique. Ce récepteur induit la cascade des caspases ce qui conduit la cellule à l apoptose. La voie intrinsèque est dirigée par les membres de la famille Bcl-2 tels que Bax, qui induit le relargage du cytochrome c et la cascade des caspases ce qui conduit aussi la cellule à l apoptose. Tirée de ((Reed, 2000). Le terme «caspase» fait référence à une famille de protéases, extrêmement conservées au cours de l évolution, possédant une cystéine dans leur site actif et clivant leurs substrats après un résidu acide aspartique, d où le terme caspase, Cystein-ASPartate protease. On compte jusqu à maintenant plus de quatorze membres de cette famille qui ont été identifiés et séparés en deux groupes : les caspases initiatrices (2, 8, 9, 10) et les caspases effectrices (3, 6, 7) (Curtin et al, 2003). 13

14 Les caspases initiatrices activent les effectrices, et les effectrices ont comme rôle de cliver des protéines bien précises, résultant soit en leur activation ou leur inactivation. Les caspases sont toujours présentes dans la cellule animale. Elles existent à l état basal sous la forme de proenzymes inactives (elles sont alors appelées procaspases) qui seront ensuite activées. Le mécanisme d activation diffère pour les deux groupes de caspases. L activation des caspases initiatrices se fait par deux mécanismes : la proximité induite et l association avec une sous unité régulatrice. Pour la proximité induite, l activation requiert un recrutement massif de procaspases dans un micro-environnement de la cellule, un récepteur de mort par exemple, et c est cette proximité qui permet à la faible activité protéolytique intrinsèque des procaspases de s autocliver entre elles, et ainsi de s activer. Pour le mécanisme d activation par liaison : l association avec une ou des sous unités régulatrices active la procaspase (Hentgartner, 2000). Une fois activée par un clivage protéolytique, la caspase initiatrice activera les caspases effectrices qui cliveront leurs substrats et mèneront ainsi la cellule à sa mort. L activation et l activité des caspases sont soumises à une inhibition directe par les protéines de la famille des IAP. Celles-ci sont capables d inhiber les caspases soit en se liant à leur domaine catalytique ou encore en empêchant leur dimérisation (Shi, 2004). 4-1 La voie extrinsèque La voie extrinsèque implique un récepteur du signal au niveau de la membrane plasmique. Plusieurs récepteurs connus appartiennent à la famille des récepteurs TNF (Tumor Necrosis Factor) tels que Fas, TNF-R1 (Tumor Necrosis Factor Receptor) ou TRAIL (TNF-related apoptosis-inducing ligand).(fig. 8) Quand un ligand se lie sur la portion N-terminal extracellulaire du récepteur. Ceci mène à la trimérisation du récepteur et à son activation qui conduit à un recrutement de protéines via la portion c-terminal cytoplasmique du récepteur, parmi celles-ci des procaspases initiatrices. La transmission du message s effectue par l intermédiaire de la protéine adaptatrice FADD (Fas-associated death domain). Cette protéine possède deux domaines d interaction, l un nommé DD (Death Domain) pour le récepteur et l autre domaine nommé DED (Death Effector Domain) qui interagit avec la caspase-8. L activation subséquente des caspases-3, 6 et 7 par un clivage protéolytique de la caspase-8 induit l autodestruction cellulaire en clivant les composantes essentielles au maintien de la vie cellulaire (Borner, 2003; Ouellet, 2004; Reed, 2000) 14

15 Figure 8 : récepteur FAS et TNFR1 À partir de ce moment, la mort cellulaire induite par les récepteurs de mort peut emprunter deux sentiers qui varient selon le type cellulaire. (Debatin et al, 2004). Dans les cellules de type I, la caspase initiatrice active immédiatement une caspase effectrice. Par contre dans les cellules de type II, la caspase initiatrice clive Bid, une protéine à domaine BH3 (voir plus bas) ce qui mènera au largage de facteurs pro-apoptotiques de la mitochondrie, à l activation d autres caspases et à l induction de l apoptose. (Opferman et Korsmeyer, 2003).[Fig.9] Figure 9 : Voies extrinsèques : 2 sentiers TNF-R Sentier cellules Sentier cellules I 15 II

16 4-2 La voie intrinsèque La voie intrinsèque a pour éléments déclencheurs des agressions intracellulaires, comme l augmentation des ROS, des dommages à l ADN, le stress du réticulum endoplasmique, l activation d oncogènes, etc. (Opferman et Korsmeyer, 2003). Via divers sentiers de signalisation intracellulaire, ces insultes convergent en un point dans la cellule :la mitochondrie. Bien que la mitochondrie soit essentielle à la vie cellulaire, elle joue un rôle central dans l apoptose. Lorsque des signaux de mort y parviennent, la perméabilisation de la membrane mitochondriale et le relargage de plusieurs protéines dans le cytosol, dont le cytochrome c, Smac/Diablo, EndoG, Omi/HtrA2 et AIF (Fig. 2).le point de non retour est atteint. Bien que chacune ait son rôle à jouer dans l apoptose, seul le cytochrome c, Omi/HtrA2 et les protéines Smac/DIABLO ont un effet sur l activation des caspases (Saelens et al, 2004). La voie intrinsèque implique une réception du signal qui fait intervenir les membres de la famille Bcl-2, (Fig. 10) famille de protéines régulatrices connue pour leurs activités pro-apoptotiques telles que Bax et Bak ou anti-apoptotiques telles que Bcl2 et Bcl-XL. Dans ce cas, la transmission du message s effectue par la protéine Bax qui est principalement localisée dans le cytosol. Suite à un stress apoptotique, l extrémité C-terminale de la protéine Bax change de conformation afin de s accrocher à la membrane externe des mitochondries (Borner, 2003). La membrane mitochondriale se perfore et devient perméable aux protéines. Les membres antiapoptotiques de la famille Bcl-2 agiraient en prévenant la perforation de la membrane mitochondriale soit en bloquant la formation de pores, soit en stabilisant la couche lipidique de la membrane externe (Borner, 2003). 16

17 Figure 10 : La famille Bcl 2 Anti apoptiqu e Pro apoptiqu e L action de Bax, quant à elle, se situe aussi au niveau de la membrane mitochondriale et varie selon le type de cellules et le stimulus apoptotique. Quatre hypothèses ont été émises pour expliquer l action de Bax : a) Bax pourrait induire le relargage du cytochrome c en formant des pores dans la membrane, Bax pourrait induire la perméabilisation mitochondriale par une interaction avec le pore de transition de perméabilité connu sous l abréviation PTP pour «Permeability Transition Pore» et permettre le relargage des protéines mitochondriales dans le cytosol, c) Bax pourrait participer à la formation de canaux chimériques avec VDAC «Voltage-Dependent Anion Channel» dans la membrane externe, d) Bax pourrait aussi induire la formation de pores lipidiques (Polster & Fiskum, 2004; Sharpe et al., 2004). b) Peu importe le mode d action de la protéine Bax, il y a une perméabilisation de la membrane mitochondriale. La perméabilisation de cette membrane entraîne le relargage du cytochrome c (voir Figure 2), du facteur induisant l apoptose (AIF) et de l endonucléase G (EndoG) (Borner, 2003; Polster & Fiskum, 2004). Le relargage du cytochrome c de la mitochondrie dans le cytosol est l étape irréversible du processus. [fig. 11] 17

18 Figure 11 : la mitochondrie altérée Le cytochrome c peut intervenir sur la production de ROS. Les ROS sont des produits réactifs de l oxygène tels que l oxygène singulet (1O2), le radical superoxyde (O2 -), le peroxyde d hydrogène (H2O2) et le radical hydroxyle (OH ). Les ROS peuvent endommager les composantes cellulaires comme les protéines, les lipides et l ADN (Brookes et al., 2004). Le cytochrome c peut se lier au récepteur IP3R du réticulum endoplasmique (RE) ce qui conduit à l accroissement du calcium relâché par le RE (Brookes et al., 2004). Le cytochrome c peut aussi intervenir sur la cascade des caspases en se liant avec la protéine Apaf-1 (Apoptosis Protease-Activiting Factor-1) pour former l apoptosome en présence d ATP. L apoptosome se lie à la procaspase-9 par son domaine CARD afin d activer la caspase-9. L activation de cette caspase initiatrice mène à l activation des caspases effectrices telles que les caspases-3, 6 et 7. L activité de toutes ces caspases, des endonucléases ENDO G et des ROS conduit à l autodestruction cellulaire (Fig 12) (Borner, 2003). 18

19 Figure 12 : antiport NHE-1 H+ FADD Na+ donc: Le flux Na+/H+par l antiport NHE-1 augmente le phi de 7.1 à 7.6 d où la désamidation des aa Asn52 et Asn 66 en iso-asn du Bcl-xl Caspase 8 initiatrice Bim, Puma,Bad: protéines BH3 seules + Chanel Bax,Bak + mais Bcl-xl + BH3 Bcl-xl + BH3 Bcl-2 Cytochrome c + Apaf-1 AIF + endog Apoptosome ROS activation Caspase 9 Clivage protéolylique Clivage de l ADN D après PLoS Biology, 2007; 5,(1) e1. A lire : fiche de publication de l article. 4-3 Une activité en amont de la mitochondrie Le paragraphe précédent montre entre autres l importance du cytochrome c et de la mitochondrie lors de l apoptose. On remarque que l effet du cytochrome c peut être multiple puisqu il agit sur diverses cibles dont le calcium. Le calcium (Ca2+) est un messager intracellulaire important dans de nombreux sentiers métaboliques. Plusieurs études ont démontré que le Ca2+ est un important déclencheur de l apoptose. En effet, une surcharge de calcium cellulaire ou une perturbation de la compartimentation du calcium intracellulaire provoque un stress au niveau du RE ce qui déclenche une mort par apoptose (Orrenius et al., 2003). En tant que réservoir de Ca2+, le réticulum endoplasmique serait aussi un organite impliqué dans l apoptose. De plus, le fait que certaines protéines régulatrices comme celles de la famille du Bcl-2 soient également localisées au niveau du RE renforce l hypothèse de son implication dans le processus. Le réticulum endoplasmique est un organite hautement dynamique impliqué dans la 19

20 synthèse et le repliement des protéines et dans la signalisation et l entreposage du calcium. Comme le calcium est la clé régulatrice de la fonction mitochondriale, la fonction du RE lors de l apoptose serait intimement liée avec celle de la mitochondrie d autant plus que cet organite tamponne généralement la concentration de calcium intracellulaire. La proximité entre les deux organites faciliterait les échanges du calcium. Son relargage du RE s établit par des récepteurs d inositol-3-phosphate (IP3R) et des récepteurs ryanodine (RyR) ou par des fuites à travers des pores aqueux. Ce relargage de Ca2+ peut être contré par la pompe SERCA (Sarco-Endoplasmic Reticulum Ca2+-ATPase) qui a pour fonction de maintenir le niveau de Ca2+ constant à l intérieur du RE (Berridge, 2002). La quantité de calcium relarguée par le RE influence la réponse de la mitochondrie. Ainsi, lorsque la concentration de calcium est faible, la mitochondrie le recycle pour éventuellement le lui retourner (Fig. 13). Une légère augmentation de calcium à l intérieur de la mitochondrie provoque une augmentation de la production d ATP et assure le maintien des activités normales de la mitochondrie au niveau de la réduction de l oxygène. À l opposé, lorsque la concentration de calcium est élevée, les activités de la mitochondrie s orientent vers l apoptose. Des travaux ont rapporté que l ouverture des PTP, le relargage du cytochrome c, la production de ROS, l induction de la cascade des caspases et la sensibilisation des récepteurs RyR font suite à un excès de calcium (Fig. 13) (Brookes et al., 2004). Chacune de ces composantes peut avoir un effet sur les autres ce qui peut amplifier le signal apoptotique et accélérer le processus. 20

21 Figure 13 : Schéma représentant les principaux composants impliqués dans la régulation de l apoptose au niveau du réticulum endoplasmique. On peut voir la proximité des deux organites ce qui permet à la mitochondrie d absorber rapidement le calcium relargué du RE. Un relargage trop important de calcium du RE provoque une saturation de la mitochondrie, l ouverture des PTP, la formation de l apotosome et la mort par apoptose. Tirée de (Bolduc, 2005). Plusieurs des membres de la famille de Bcl-2 se retrouvent au niveau du RE tels que Bcl-2 et Bax et peuvent donc être impliqués dans le contrôle du calcium. En effet, Pinton et ses collaborateurs ont démontré que la surexpression de Bcl-2 augmente les fuites de calcium et diminue ainsi la concentration de calcium à l intérieur du RE (Pinton et al., 2000). Les fibroblastes Bax-/--Bak-/- montrent d ailleurs une diminution de la concentration de calcium à l intérieur du RE (Scorrano et al., 2003). La surexpression de Bax et celle de Bak, quant à elles, provoquent le déplacement du calcium du RE vers la mitochondrie lors de l apoptose (Nutt et al., 2002). Le mode d action des protéines Bax et Bcl-2 n est pas encore élucidé, mais il semble que ces protéines agiraient entre autres au niveau des flux calciques (Distelhorst & Shore, 2004). Selon les données actuelles, il semblerait que Bax aurait pour fonction de séquestrer le Ca2+ à l intérieur du RE jusqu à la présence d un stress apoptotique. À la suite d un signal de stress, la protéine Bax laisserait le Ca2+ s échapper massivement du RE ce qui aurait pour effet de saturer rapidement la mitochondrie. Cette saturation provoquerait une 21

22 perméabilisation de la membrane mitochondriale et conduirait à l autodestruction cellulaire. La protéine Bcl-2 affecterait le calcium du RE en augmentant les fuites passives des ions à travers la membrane du RE. Cet effet de Bcl-2 permettrait de contrer l effet de Bax et inhiberait l apoptose (Pinton et al., 2000). 5. L autophagie Le terme «autophagie» provient du grec autos pour soi-même et phagein pour manger donc se manger soi-même. Chez les animaux, les végétaux et la levure, l autophagie a principalement été décrite lors d une carence en nutriments pour les récupérer à des fins de survie. Cette autodigestion se fait par l entremise des lysosomes ou des vacuoles propres à la cellule. Ces organites contiennent un grand nombre d enzymes qui dégradent la plupart des macromolécules biologiques. Les caractéristiques morphologiques de l autophagie sont principalement liées à la formation de vésicules autophagiques qui dégradent des organelles comme l appareil de Golgi, les ribosomes, le réticulum endoplasmique et finalement le noyau. Cependant, puisque les microfilaments sont préservés, on suppose que le cytosquelette est requis pour l autophagocytose (Bursch et al., 2000). Ces caractéristiques sont totalement contraires à celles observées lors de l apoptose puisque, lors de ce processus, les organites sont préservés et le cytosquelette est dégradé. L autophagie est une forme de mort cellulaire programmée plus ancestrale que l apoptose et très conservée puisqu elle est présente chez les végétaux, les animaux et la levure. Dans la littérature, trois formes d autophagie ont été décrites : l autophagie influencée par les chaperones, la microautophagie et la macroautophagie. L autophagie influencée par les chaperones est une seconde réponse à une famine et contrairement aux deux autres processus, elle implique la translocation directe des protéines cibles à travers la membrane du lysosome. Aucun équivalent de ce processus n a été retrouvé chez la levure. La microautophagie est le processus le moins bien connu. Il a lieu lorsque le cytoplasme est séquestré par invagination de la membrane lysosomale/vacuolaire. La forme la plus répandue, la macroautophagie implique la formation de vésicules cytosoliques à double membrane, les autophagosomes, qui séquestrent des portions du cytoplasme. La fusion complète de l autophagosome avec le lysosome ou la vacuole libère la vésicule interne (corps autophagique) à l intérieur du lumen du compartiment de 22

23 dégradation. La rupture subséquente de la membrane de la vésicule permet la dégradation de son chargement et éventuellement le recyclage des acides aminés et des autres composants générés (Fig. 14) (Klionsky, 2005). Figure 14 : Schéma de l autophagie (macroautophagie). Ce schéma décrit La macroautophagie : c est une voie majeure du catabolisme lysosomal conservée chez les eucaryotes Sur le plan cellulaire, l autophagie se décompose en trois étapes : 1. formation d une vacuole initiale (autophagosome) qui séquestre le matériel cytoplasmique (macromolécules et organelles) généralement de manière non sélective, 2. maturation de l autophagosome en une vacuole dégradative, 3. fusion avec le lysosome. Suite à un stress, la formation de l autophagosome, est suivie de l amarrage et de la fusion à la vacuole ou au lysosome puis d une dégradation et d un recyclage du chargement du corps autophagique. Figure adaptée de (Klionsky & Emr, 2000). 23

24 6. Mécanisme commun entre l autophagie, l apoptose et la nécrose Les mitochondries semblent jouer un rôle clef dans le processus apoptotique ( Gross et al., 2007) en utilisant les pores formés par les membres de la famille Bcl-2. Figure 15 : Schéma de la trilogie de la mort. Il est intéressant de noter que malgré les différences marquées entre les formes de mort cellulaire, il semble qu elles impliquent un mécanisme commun, soit l induction transitoire de la perméabilisation de la membrane mitochondriale, mais à des degrés différents. Lorsque seulement quelques mitochondries deviennent perméables, l activation de l autophagie conduit à la destruction lysosomale des mitochondries affectées et à la réparation de la cellule. Lorsque plusieurs mitochondries sont impliquées, la perméabilisation mitochondriale commence à promouvoir l apoptose, peut-être lorsque le mécanisme de l autophagie devient inadéquat pour contenir le cytochrome c et les autres facteurs pro-apoptotiques relâchés de la mitochondrie. Finalement, lorsque la perméabilisation mitochondriale implique toutes les mitochondries de la cellule, la quantité d ATP devient profondément réduite et la mort cellulaire nécrotique s ensuit rapidement. Cette manière graduelle de fonctionner permet à la cellule d abord de promouvoir la réparation, ensuite la réabsorption cellulaire et finalement la détérioration massive et non sélective des tissus (Rodriguez-Enriquez et al., 2004).(Fig. 15) 24

25 Figure 16 : TNF : apoptose ou autophagie? 7- Les régulateurs de la mort cellulaire programmée Dans les années 80, Horvitz et ses collaborateurs identifient les premiers gènes spécifiques à la mort cellulaire programmée, soit les gènes ced-3, ced-4 et ced-9, chez le nématode Caenorhabditis elegans (Ellis & Horvitz, 1986). Ils découvrirent que la protéine ced-9 est un inhibiteur de l apoptose, la protéine ced-4 est une molécule adaptatrice pro-apoptotique et la protéine ced-3 est une cystéine protéase responsable de la dégradation de plusieurs protéines pendant la mort cellulaire programmée. 7.1 La famille Bcl-2 Chez les mammifères, le processus de la mort cellulaire programmée a été attribué, entre autres, à un ensemble de protéines impliquées dans la réception et dans la transmission du message de mort cellulaire. Parmi ces protéines régulatrices, les membres de la famille Bcl-2 jouent un rôle important soit en activant ou en 25

26 supprimant la mort cellulaire programmée. On note alors les pro-apoptotiques et les anti-apoptotiques en fonction de leur effet respectif d activateurs et de répresseurs. Le gène Bcl-2 (b-cell lymphoma) a été le premier régulateur de l apoptose à être identifié chez l humain. Il a été découvert à la jonction de la translocation chromosomique t(14;18) retrouvée chez des cellules B cancéreuses (Cleary et al., 1986). La surexpression de bcl-2 résultante de cette translocation empêche les cellules de mourir normalement ce qui explique la prolifération excessive des cellules et la formation d une tumeur (Vaux & Korsmeyer, 1999). Quelques années plus tard, la protéine Bax (Bcl-2-associated protein X) a été isolée grâce à sa capacité de former un hétérodimère avec la protéine Bcl-2 (Oltvai et al., 1993). Lorsque surexprimée, la protéine Bax accélère l apoptose et inhibe l effet protecteur conféré par la surexpression de Bcl-2. Depuis ce temps, au moins trente protéines de cette famille ont été caractérisées chez les animaux grâce à leur homologie structurale. En effet, tous les membres de cette famille possèdent un à quatre domaines conservés BH (Bcl-2 homology) compris dans des hélices α. Les membres de la famille Bcl-2 se divisent en trois groupes : les anti-apoptotiques (qui favorisent la survie des cellules) multidomaines comme Bcl-2 et Bcl-XL, les pro-apoptotiques (qui induisent la mort des cellules) multidomaines, comme Bax et Bak, et les pro-apoptotiques qui ne possèdent que le domaine BH-3, comme Bad et Bid. La plupart des membres de cette famille peuvent former des homo- ou hétérodimères entre eux par le domaine BH-3. L équilibre entre les protéines anti-apoptotiques et pro-apoptotiques via leurs interactions mutuelles permet donc de déterminer le sort de la cellule (Bortner & Cidlowski, 2002). La plupart des membres anti-apoptotiques possèdent les domaines BH1, BH2, BH3 et BH4 alors que les pro-apoptotiques ne possèdent que les domaines BH1, BH2 et BH3. Le domaine BH4 ne peut à lui seul expliquer la fonction anti-apoptotique, mais certaines des protéines anti-apoptotiques, telles que Bcl-2 et Bcl- XL, peuvent se faire cliver leur domaine BH4 ce qui a pour effet des transformer en proapoptotiques. BH-3 est le domaine le plus important, il peut, à lui seul, induire ou inhiber l apoptose en interagissant avec d autres protéines. Cette liaison se fait soit entre protéines pro-apoptotiques, soit avec le sillon hydrophobique formé par les domaines BH1-3 des protéines anti-apoptotiques (Borner, 2003). Le domaine BH3 des pro-apoptotiques est différent de celui des anti-apoptotiques. 26

27 Figure 17 : Structure des protéines Bcl-2 et Bax La protéine Bcl-2 possède les quatre domaines BH et un domaine transmembranaire (TM). On peut voir la localisation des neuf hélices de Bcl-2, dont les hélices α5 et α6 qui forment un pore dans la membrane. La protéine Bax possède uniquement les domaines BH1-BH3 et le TM. Les hélices α5 et α6 de Bax peuvent aussi former un pore. Tirée de (Ouellet, 2004). En général, les membres de la famille Bcl-2 sont composés de deux hélices hydrophobes (α-5 et α-6) et d environ sept hélices amphipatiques. La plupart des membres de la famille possèdent aussi un domaine transmembranaire (TM) au niveau de l extrémité C-terminale permettant une localisation aux membranes de la mitochondrie et du réticulum endoplasmique où se situe leur action (Fig. 17). L équipe de Muchmore a observé une ressemblance entre la structure tridimensionnelle de Bcl-XL et celle des toxines bactériennes comme la toxine de la diphtérie et de la colicine (Muchmore et al., 1996). Par la suite, des recherches ont démontré qu en effet, certains membres de la famille Bcl-2, comme Bax, Bcl-X L et Bcl-2, sont capables de former des canaux ioniques à l intérieur d une membrane lipidique in vitro (Antonsson et al., 1997; Minn et al., 1997; Schendel et al., 1997). Ces pores se forment à partir des hélices α-5 et α-6. Ces deux hélices hydrophobes sont essentielles pour la fonction cytoprotectrice de Bcl-2. Cependant, même si ces hélices sont nécessaires, elles sont insuffisantes pour l activité antiapoptotique de Bcl-2. Tandis que, chez la protéine Bax, une délétion ou une substitution des hélices α-5 et α-6 réduit, mais ne supprime pas l induction de l apoptose dans les cellules humaines (Matsuyama et al., 1998). Il est intéressant de noter que la régulation exercée par les membres de la famille Bcl-2 peut se faire via des interactions protéine-protéine pour lesquelles les domaines BH sont impliqués et/ou via la structure de la protéine par la formation de pores. La capacité des membres de la famille Bcl-2 à former des pores dans la membrane revêt un intérêt fonctionnel puisque l action des protéines Bax et Bcl-2 peut se 27

28 situer au niveau de la régulation du passage des ions ou des macromolécules au travers d une membrane ce qui peut conduire à la survie ou à la mort cellulaire. Suivant cette ligne de pensée, les travaux de Antonsson ont montré que les caractéristiques des canaux pro- et anti-apoptotiques, telles que la conductance et la sélectivité des ions, semblent différer. Ils ont même démontré que les pores formés par la protéine Bax laissent échapper des molécules à des ph neutres et acides alors que la protéine Bcl-2 peut agir comme antagonisme seulement à un ph physiologique (Antonsson et al., 1997). Ainsi, les stress importants qui conduisent à une acidification du cytoplasme solliciteraient davantage l activité du canal formé par Bax ce qui conduirait à la mort de la cellule afin de protéger l ensemble de l organisme ou de la population contre cet effet toxique. Un ph physiologique permet aussi à la protéine Bax d induire la mort cellulaire programmée, mais son action peut être neutralisée par celle de la protéine Bcl-2. Chez la souris, la délétion des membres de la famille Bcl-2, tels que Bcl-2, Bcl-XL et Bax, a démontré que ces protéines sont importantes et qu elles jouent un rôle non redondant dans le développement et le maintien de l homéostasie cellulaire (Vaux & Korsmeyer, 1999). Wei et son équipe ont démontré que les souris présentant une double suppression quant aux protéines Bax/Bak sont résistantes à l apoptose induite par de nombreux signaux tels qu une exposition à des radiations ultraviolettes ou une carence en facteur de croissance ce qui confirme que Bax est primordiale dans le processus de l apoptose (Wei et al., 2001). Cependant, Shimizu et ses collaborateurs ont démontré que, suite à un stress induisant la mort, ces cellules subissent plutôt une mort non-apoptotique. Cette mort peut être réprimée par les inhibiteurs de l autophagie qui dépendent des protéines de l autophagie telles que Beclin 1. Beclin 1 est une protéine animale capable de se lier avec Bcl-2 et Bcl-XL. Ces résultats indiquent que la famille Bcl-2 n est pas seulement impliquée dans la régulation de l apoptose, mais aussi dans le contrôle de l autophagie (Shimizu et al., 2004), mais le rôle exact des membres de la famille Bcl-2 au niveau de l autophagie demeure une énigme. La protéine Bax La protéine Bax, dont la taille est de 21kDa, induit l apoptose suite à un stress apoptotique en se déplaçant du cytosol vers la membrane externe de la mitochondrie. La structure de Bax est très semblable à celle des protéines antiapoptotiques. Comme Bcl-2 et Bcl-XL, les domaines BH1-BH3 de Bax forment une pochette hydrophobique à l intérieur de laquelle un peptide BH3 d une autre protéine peut venir se lier. L extrémité N-terminale de Bax est non structurée, mais 28

29 il est possible d y déceler la présence d un domaine BH4 dégénéré semblable à celui des anti-apoptotiques. La principale différence entre Bcl-XL et Bax est retrouvée dans le domaine BH3. Chez Bax, le domaine BH3 est moins entassé contre le cœur hydrophobique ce qui permet à ce domaine de pivoter autour de cet axe pour exposer ses résidus loin du cœur hydrophobique. Les résidus ainsi exposés sont rendus disponibles pour se lier avec le sillon hydrophobique des anti-apoptotiques (Borner, 2003). Cette flexibilité du domaine BH3 est cruciale pour les protéines proapoptotiques puisque l insertion du domaine BH3 de Bax à la place du domaine BH3 de Bcl-2 convertit cette protéine anti-apoptotique en pro-apoptotique malgré la présence du domaine BH4 (Hunter & Parslow, 1996). 7-2 Les caspases L activité principale des membres de la famille Bcl-2 est de contrôler l activation ou l inhibition de la cascade des caspases. Les caspases sont une famille de cystéine protéases spécifiques à la mort cellulaire programmée clivant après un résidu d acide aspartique. Chez l homme et la souris, environ 14 caspases ont été identifiées. Les caspases se divisent en deux groupes : les initiatrices qui comprennent les caspases-2, -8, -9, -10 et -12 et les effectrices qui englobent les caspases-3, -6 et -7. Les caspases initiatrices sont caractérisées par un long prodomaine en N-terminal qui est peu conservé. Ce site d interaction protéine-protéine est nommé DED (Death Effector Domain) pour les caspases-8 et -10 et CARD (Caspase Activation and Recruitment Domain) pour les caspases-2-9 et -12 (Degterev et al., 2003). Ce site d action spécifique aux caspases initiatrices leur permet d être activé par d autres molécules et d activer à leur tour les caspases effectrices. Figure 18 : les C Asp ases 29

30 Les caspases sont présentes sous la forme d une proenzyme (30-50kDa) inactive dans toutes les cellules animales. Chaque pro-caspase est constituée d un prodomaine en N-terminal, d une grosse (20kDa) et une petite sous-unité (10kDa). Le clivage et l hétéro-dimérisation de deux grosses et de deux petites sous-unités provoquent l activation de la caspase. De plus, toutes les caspases possèdent la séquence QACXG qui est un site actif conservé (Orrenius, 2004). Les caspases initiatrices s activent par elles-mêmes lors de la réception d un signal apoptotique ou à l aide d une liaison avec une autre molécule telle que l apoptosome. Par la suite, les caspases initiatrices activent les caspases effectrices qui à leur tour activent d autres caspases initiatrices ou clivent plusieurs protéines structurales nécessaires au maintien de la structure de la cellule. Près de 100 substrats des caspases ont été identifiés. Ces cibles se séparent en six catégories : les protéines directement impliquées dans la régulation de l apoptose telles que Bcl-2 ou Bid, les protéines régulant la traduction du signal apoptotique telles que les kinases, les protéines structurales du cytosol et du noyau telles que les actines, les protéines requises pour les réparations cellulaires, les protéines régulatrices du cycle cellulaire et les protéines impliquées dans certaines pathologies humaines. Leur potentiel pro-apoptotique nécessite un contrôle strict afin de maintenir les cellules saines en vie. Pour ce faire, il existe des inhibiteurs de caspases tels que p35, CrmA et l inhibiteur de protéines apoptotiques (IAP). p35 est une protéine qui prévient l activité des caspases en se liant aux enzymes cibles de la protéase. En présence des caspases actives, une coupure intramoléculaire s effectue à des sites spécifiques par la p35 qui demeure liée à celles-ci. CrmA est l unique membre de la famille serpine qui peut inhiber l action des cystéine protéases (caspases) et des sérine protéases. L inhibiteur de protéines apoptotiques (IAP) est un régulateur physiologique de la mort cellulaire très important puisque très conservé. (Bortner & Cidlowski, 2002; Degterev et al., 2003). Mais Smac/DIABLO (Smac pour la protéine humaine, et DIABLO pour la protéine murine) et Omi/HtrA2 sont également des protéines qui résident en temps normal dans la mitochondrie. Lorsque survient un stress apoptotique dans la cellule, ces protéines sont larguées dans le cytosol. Contrairement au cytochrome c dont le rôle est d activer la procaspase-9, Smac/DIABLO a comme tâche d inhiber les IAP dans la cellule. Les IAP sont des protéines inhibitrices des caspases. Smac/DIABLO participe donc indirectement à l activation des procaspases, en empêchant leurs inhibiteurs de 30

31 faire leur action et en envoyant même certaines IAP vers le protéasome pour la dégradation. [ Fig.: 19] Figure 19: Voie des caspases 8- Apoptose et pathologies Les maladies auto-immunes correspondent, du reste, à un déficit de suicide : certains facteurs empêchent l'autodestruction des cellules défensives qui prolifèrent alors et se retournent contre l'organisme. Différemment, mais selon le même schéma, l'epo pris par certains sportifs ne fabrique pas des globules rouges; il contient simplement des produits qui les empêchent de se tuer naturellement. Le contrôle de la production d'exécuteurs qui vont permettre à la cellule de s'autodétruire, le contrôle de la production de protecteurs qui vont empêcher le suicide, et le contrôle de la production d'outils permettant aux cellules survivantes de manger les mortes ; chez l'homme, chacune des trois tâches est contrôlée par 15 gènes, ce qui laisse du choix. Certaines maladies sont dues à la disparition anormale et 31