étude des voies de signalisation

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1 Olivier Lascols Faculté de Médecine ierre et Marie Curie Stratégie d éd étude des voies de signalisation 1 I. Caractérisation risation d une d voie de transduction d un d signal Exemple du Signal Mitogénique de l EGF 1. Quel récepteur? 2. Quels relais intracellulaires? 3. Spécificité de ces relais intracellulaires? II. Le réseau r de la signalisation cellulaire 1. Interactions et transducteurs 2. léïotropie d un signal 3. Intégration de signaux par la cellule 2

2 La transduction des signaux: généralitg ralités Début des années 1980 ligand Système d amplification arrivée du signal membrane R transduction par récepteur? émission intracellulaire du signal quels seconds messagers? quels relais? Cibles cellulaires effets biologiques 3 La transduction des signaux aujourd hui ligand 1 ligand 2 ligand 3 Stratégie de signalisation : Directe : ligand 1 Indirecte: ligand 2 ou 3 R Transports R R Etablissement de réseaux complexes par les progrès en biologie cellulaire et moléculaire : Clonage de gènes NOAU Métabolisme Modèles cellulaires : Modification d expression de protéines Mutagénèse dirigée Modèles animaux : Souris Knock-out Souris Knock-in 4

3 I. Caractérisation risation d une d voie de transduction d un d signal Exemple du Signal Mitogénique de l EGF (Epidermal Growth Factor) 1. Quel récepteur? Méthodologie d étude des récepteurs localisation, nature, spécificité, activité, clonage, structure/fonction 2. Quels relais intracellulaires? a. Méthodes d étude test de protéines connues, recherche de nouveaux partenaires, localisation b. La voie d activation des MA Kinases par l EGF 3. Spécificité de ces relais intracellulaires? a. Méthodes d étude inhibiteurs pharmacologiques, stratégie antisens, transgénèse b. Intégration des 3 dimensions : nature, lieu, temps 5 Méthodologie d éd étude des récepteursr ETAE MATERIEL METHODES RESULTATS Localisation. tissus. Test de liaison. cellules -autoradiographie - microscopie prolifération électronique différenciation. Effets biologiques apoptose Localisation.membranes. fractionnement Cellulaire. cytosol subcellulaire capacité. test de liaison spécificité Caractérisation protéines. solubilisation. Structure. Activité solubilisées. test de liaison nature, taille enzyme. électrophorèse. immunoprécipitation. test d activité Sélection. récepteurs. chromatographie purifiés d affinité (Ab, ligand). test de liaison Clonage. ADNc. Criblage de banque. Séquence protéique. Domaines spécialisés. Expression du récepteur Structure /. récepteurs. Mutagénèse dirigée. Mode de transduction Fonction mutés. transfection. cellules cystéine transmb tyrosines 6

4 Interaction Ligand Récepteur L + R Spécificité *L : ligand radioactif LR LR totale *L + R + X *LR + *LX fixation totale *L + R *LR fixation spécifique L : excès de ligand «froid» *L + L + X *LX + LX fixation non spécifique Réversible spécifique non spécifique Saturable : nombre de site récepteur défini = Ro 7 Etude de la structure du récepteurr Structure fixant l EGF liaison de 125 I-EGF 125 I-EGF + R 125 I-EGF/R pontage covalent 125 I-EGF + R 125 I-EGF/R électrophorèse en SDS autoradiographie Identification par Western blot DSS 8

5 Western Blot protéines E E E E E E 1. Electrophorèse (SDS-AGE) 2. Transfert sur membrane 3. Immunoblot avec anticorps spécifique 4. 2 ème anticorps couplé à enzyme 5. Révélation (luminescence ) 9 Clonage d une d protéine cellule rotéine purifiée ARNm séquence partielle en acides aminés Lys-prol-trp-tyr-asp-ser-cys-ala séquence nucléotidique AAGTCCTGCGGTGACAACGGTCG = SONDE ADNc vecteur recombinant Banque d ADNc Criblage de la banque Séquence I en aa de la protéine ADNc du gène Séquence nucléotidique complète Expression de la protéine Mutagénèse dirigée roduction d anticorps 10

6 Etude structure fonction Construction de mutants du récepteur à l EGF Autophosphorylation des mutants EGFR hosphorylation de la LCγ par des mutants EGFR I par Ab anti-lcγ 11 Activation d un d récepteur r tyrosine kinase () Mb 2. hosphorylation sur des résidus tyrosines de substrats endogènes AT AD 1. Autophosphorylation sur des résidus tyrosines du récepteur substrat substrat AT AD 12

7 I. Caractérisation risation d une d voie de transduction d un d signal Exemple du Signal Mitogénique de l EGF 1. Quel récepteur? Méthodologie d étude des récepteurs localisation, nature, spécificité, activité, clonage, structure/fonction 2. Quels relais intracellulaires? a. Méthodes d étude test de protéines connues, recherche de nouveaux partenaires, localisation b. La voie d activation des MA Kinases par l EGF 3. Spécificité de ces relais intracellulaires? a. Méthodes d étude inhibiteurs pharmacologiques, stratégie antisens, transgénèse b. Intégration des 3 dimensions : nature, lieu, temps 13 a. Méthodes d éd étude Etude des interactions : entre molécules connues Activation par le ligand Immunoprécipitation des complexes formés avec anticorps spécifique Séparation des constituants du complexe par électrophorèse Visualisation des protéines par immunoblot avec des anticorps spécifiques 14

8 Application Implication de Grb2 dans la voie de signalisation induite par EGF I : immunoprécipitation IB : immunoblot Lors de l activation par EGF: 1. Le récepteur à l EGF change de taille apparente 2. Le récepteur à l EGF est phosphorylé sur une tyrosine 3. Induction d une interaction entre EGFR et Grb2 15 Clonage d un d nouveau partenaire Fragment EGFR marqué Banque d expression d ADNc I Criblage de la banque Clones positifs radioactifs Séquençage des ADN Expression de la protéine roduction d anticorps Immunoprécipitation Immunoblot 16

9 Système double hybride (1) BD : Binding Domain AD : Activating Domain UAS : Upstream Activating Sequence 17 Système double hybride (2) Criblage d une d librairie d expressiond 18

10 Etude de la localisation d un d relais ADNc de protéine relais ADNc de protéine TAG ADNc de protéine chimère Expression de la protéine chimère stimulation par le ligand Localisation de la protéine chimère si TAG fluorescent Ex: GF Green Fluorescent rotein si TAG non fluorescent Ab fluorescent anti-tag Microscopie confocale en lumière fluorescente 19 Etude de la localisation d un d relais 20

11 b. La voie d activation d des MAK par l EGFl Activation du Récepteur R à l EGF Mb 1. Liaison de l EGF 2. Dimérisation des récepteurs 3. Transphosphorylation des récepteurs 21 Recrutement d un d premier relais par EGFR activé Domaine SH2 Domaine SH3 Mb Grb2 : Growth Receptor Bound rotein sos : son of sevenless Grb2 sos 1. Complexe Grb2/sos 2. Interaction entre Tyr et SH2 Grb2 sos Grb2 sos 3. Localisation à la membrane de sos 22

12 Activation d un d 2ème 2 relais membranaire Mb Grb2 sos ras GD ras GT ras : petite protéine G myristoylée localisation membranaire 1. Interaction sos ras 2. Echange GD-GT 23 Cycle d activationd activation-inactivation inactivation de la protéine ras ras GD i GT GTase GA SIGNAL rotéine d échange ras GD GT rotéine Effectrice Conduction du SIGNAL rotéine G : régulation allostérique activité GTase sos : protéine d échange Raf1 : protéine effectrice GA : GTase activating protein 1. ras.gd inactive 2. Echange GD-GT 3. Ras GT active 4. Interaction protéine effectrice 5. Hydrolyse du GT 24

13 Structure de la Kinase Raf-1 CR : conserved region CRD : cystein rich domain RBD : ras binding domain S : sérine T : thréonine : tyrosine 25 Modèle d activation d de Raf Ras et raf inactives 2. Activation ras - interaction raf 3. Activation de raf et déplacement de la protéine raf: sérine/thréonine kinase, phosphorylable par Src ou prot X (Current Opinion in Cell Biology (1997) 9: ) 26

14 Activation d une d cascade de Kinases Raf1 MEK Ser Ser AT AD Ser Ser Noyau MAK Thr Tyr AT AD Thr Tyr activation de la transcription MEK : MAK ou ERK Kinase MAK : Mitogen-Activated rotein Kinase 1. Raf1 ser/thr kinase sur MEK 2. MEK thr/tyr kinase sur MAK 3. Translocation MAK nucléaire 27 I. Caractérisation risation d une d voie de transduction d un d signal Exemple du Signal Mitogénique de l EGF 1. Quel récepteur? Méthodologie d étude des récepteurs localisation, nature, spécificité, activité, clonage, structure/fonction 2. Quels relais intracellulaires? a. Méthodes d étude test de protéines connues, recherche de nouveaux partenaires, localisation b. La voie d activation des MA Kinases par l EGF 3. Spécificité de ces relais intracellulaires? a. Méthodes d étude inhibiteurs pharmacologiques, stratégie antisens, transgénèse b. Intégration des 3 dimensions : nature, lieu, temps 28

15 Inhibition pharmacologique des voies de signalisation oints d impact sur la voie mitogénique de l EGF Facteur de croissance R Inhibiteur Tyrosine Kinase Inhibiteur de SH3 Anticorps SH2 Grb2, Shc Inhibiteur de SH2 sos Inhibiteur d échange Ras Inhibiteur de Ras Raf Inhibiteur de Raf Inhibiteur de MAKK LCg I3K T Inhibiteur de farnésylation de Ras MAKK MAK Inhibiteur Inhibiteur Inhibiteur Inhibiteur de MAK Noyau 29 Inhibition pharmacologique des voies de signalisation 30

16 Stratégies de modification d une d voie de signalisation (1) Antisens RNA silencing Transfection cellulaire Transgénèse chez l animal Antisens RNA silencing Théorie du RNAi (RNA interférence) rix Nobel de médecine et de physiologie 2006 : Andrew Fire et Craig Mello. 31 Stratégies de modification d une d voie de signalisation (2) RNA silencing Dicer: hélicase/rnase RISC : RNA-induced silencing complexes Application: synthèse in vitro de sirna ciblé et transfection dans les cellules 32

17 Stratégies de modification d une d voie de signalisation (3) Transfection cellulaire Transfection d un gène normal ou muté dans une cellule hôte Surexpression de forme mutée «dominant négatif» 33 Stratégies de modification d une d voie de signalisation (4) Transgénèse chez l animal Surexpression d un gène : transgénèse additive Invalidation d un gène : transgénèse substitutive par recombinaison homologue : souris Knock-Out (KO) Cellules ES : cellules souches embryonnaires 34

18 Stratégies de modification d une d voie de signalisation (5) Invalidation d un gène : souris hétérozygotes et homozygotes Knock-out conditionnel et spécifique de tissu: système CRE-Lox rocessus de recombinaison sous contrôle d un promoteur spécifique de tissu Substitution d un gène par un autre : souris Knock-in (KI) 35 b. Intégration des 3 dimensions : nature, lieu, temps Nature : spécificit cificité des signaux et des récepteurs r (1) Diversité des ligands Dimérisation de diverses isoformes du récepteur à l EGF : - HER1 (ou EGFR ou erbb1), HER2, HER3 et HER4. Rq: HER3 est dépourvu d activité tyrosine kinase. - Homo- ou hétérodimères - Expression variable 36

19 Nature : spécificit cificité des signaux et des récepteurs r (2) Dimérisation et diversité des effets biologiques. 37 Lieu : établissement d éd édifices macromoléculaires culaires («( scaffold») Edifices intégrant les MAK Contribution à la spécificité du signal 1. Regroupement dans l espace cellulaire par le biais de protéines annexes 2. Reconnaissance sélective des différentes molécules d une même voie 38

20 Compartimentalisation et durée e du signal Activation soutenue des ERKs et différenciation : effet différentiel de l épidermal growth factor et du nerve growth factor Cellules C12 EGF et NGF stimulent de façon distincte les ERK (MAK) sur les cellules C12 : EGF Activité ERK EGF : activation brève localisation cytosolique NGF : activation prolongée translocation nucléaire 1h 2h ERKs cytosoliques ERKs nucléaires phosphorylent des facteurs transcriptionnels activateurs de l expression de nouveaux gènes pour la différenciation neuronale NGF Activité ERK ERKs nucléaires 1h 2h 39 II. Le réseau r de la signalisation cellulaire 1. Interactions et transducteurs a. Domaines spécialisés d interaction b. Familles de récepteurs c. Diversité des relais 2. léïotropie d un signal 3. Intégration de signaux par la cellule 40

21 Domaines protéiques pour des interactions spécifiques Site secondaire Site primaire SH2 I --X-X-hy- Domaine «Src Homology 2» 100 aa Spécificité: phosphotyrosine et environnement côté C-terminal SH3 Domaine «Src Homology 3» 60 aa Spécificité: proline TB I -hy-x-n--x-- Domaine «hospho-tyrosine Binding» 200 aa Spécificité: phosphotyrosine et environnement côté N-terminal --X-X--X- WW Domaine avec Tryptophane (W) 40 aa Spécificité: proline I -R-S-X-S-X-- DZ Dimère de protéine Spécificité: phosphosérine Domaine 100 aa Spécificité: extrémité C-terminale ---X-- H hospholipides Domaine «leckstrin Homology» 100 aa Spécificité: interaction avec phospholipides membranaires -E-S/T-D-V-COOH 41 Familles de récepteursr 42

22 rotéines relais et Domaines d Interactiond 43 Activation de relais protéiques sans activité catalytique Amarrage «docking» Adaptateur rotéine G GD Inactif effecteur effecteur GT Activé effecteur effecteur Interactions effectrices effecteur GT effecteur 44

23 léï éïotropie d un signal (1) Récepteur à l EGF : protéine d amarrage Mb Shc Grb2 -sos LCγ rolifération Motilité Différenciation Apoptose I3K 45 léï éïotropie d un signal (2) 46

24 Intégration de différents signaux Régulation de la croissance cellulaire Inter-relations entre différentes voies de signalisation : a. S/u Gα activée pour différents récepteurs couplés aux protéines G b. Transactivation de récepteurs Tyrosine kinases par RCG c. Diversité liée à hétérodimérisation de R d. Interaction nucléaire avec les signaux stéroïdiens 47 Requiem du cancer Implication des voies de signalisation de la prolifération ration cellulaire. 48