Note Méthodologique. 1. Présentation de l aire d étude

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1 Note Méthodologique Objectif : Mettre en place un suivi des amphibiens sur le moyen et long terme permettant de connaître l évolution des espèces à l échelle du Marais poitevin.. Présentation de l aire d étude Le syndicat mixte du Parc interrégional du Marais poitevin regroupe soixante-quinze communes sur trois départements (Charente-Maritime, Deux-Sèvres et Vendée) et deux régions (Pays de la Loire et Poitou-Charentes). Le Marais Poitevin Avec une superficie de plus de hectares, le Marais poitevin représente la deuxième zone humide française après la Camargue et le premier des Marais littoraux de l Ouest. Entourée par les villes de Niort, La Rochelle, Fontenay-le-Comte et Luçon, le Marais poitevin, milieu artificiel créé par l homme, est une zone humide d une grande richesse écologique. La zone d étude s étend de la baie de l Aiguillon à Coulon, du marais desséché au marais mouillé. Fig.. Cartographie communale du Marais Poitevin

2 Cette zone d étude comprend plusieurs espaces protégés : les réserves naturelles nationales de Saint-Denis-du-Payré (07 ha) et de la Baie de l Aiguillon (900 ha), la réserve naturelle régionale de la Vacherie (8 ha), la réserve nationale de chasse et de faune sauvage de la Pointe d Arçay (05 ha), La Zone de Protection Spéciale du Marais Poitevin (680 ha), les sites d intérêts communautaires (FR , 7 75 ha ; FR5006, 0 ha), les arrêtés préfectoraux de protection de Biotopes (6570 ha) et le site classé «Marais mouillé poitevin» (855 ha). De plus, des terrains ont également étaient acquis par le Conservatoire du Littoral et des Espaces Lacustres ou par le Conservatoire Régional des Espaces Naturels du Poitou-Charentes et d autres acteurs. Biogéographie Le Marais Poitevin borde la baie de l Aiguillon parcouru par de vastes vasières propices à la conchyliculture et au stationnement des oiseaux d eau lors de leur migration. Cette vaste zone humide fait partie intégrante des marais littoraux du centre-ouest de la France. Le Marais Poitevin se trouve dans le done biogéographique Atlantique. Cette situation biogéographique particulière est une bonne explication de l originalité du peuplement d Amphibien, avec 7 taxa. L ensemble des espèces présentes sur le Marais Poitevin est typique de l ouest Paléarctique. Ainsi, une partie du peuplement d amphibien du Marais Poitevin est constituée d une composante ibérique, propre à la péninsule ibérique ainsi qu au sud et sud-ouest de la France, avec le Pélobate cultripède et la Grenouille de Pérez. La Rainette méridionale est, quant à elle, une espèce méridionale à plus large répartition, occupant une partie de l Afrique du Nord, de la péninsule ibérique, du sud et sud-ouest de la France et du nord de l Italie. Une autre composante d espèces dites du secteur atlantique, répartie à l ouest de l Europe y compris la Péninsule ibérique, est représentée par le Triton palmé, le Triton marbré et le Pélodyte ponctué. Il y a également la Grenouille agile et la Rainette arboricole qui doivent être rattachée à une distribution Médio européenne. Le Crapaud commun comme la Grenouille rousse sont des espèces à large répartition qui avec leurs différentes sous-espèces se sont adaptées à différentes régions bioclimatiques. Il est possible que dans le Marais Poitevin la sous espèce méditerranéenne Bufo bufo subsp. spinosus soit présente. La Grenouille de Pérez comme la Rainette méridionale ont leur limite nord de répartition dans le Marais Poitevin. Du fait de la présence de la Grenouille rieuse Pelophylax ridibundus dans le marais, il est possible d avoir l hybride de Graf (Pelophylax Kl. grafi) dont les espèces parentes sont la Grenouille rieuse et la Grenouille de Pérez. La région littorale du centre-ouest de la France, dont fait partie le Marais Poitevin est intégrée au réseau d aires à hautes richesses spécifiques en Amphibien de l Ouest Paléarctique qui compte au total 5 aires (Duellman, 999).. Habitats de reproduction des amphibiens du Marais Poitevin Les principaux habitats naturels utilisés par les Amphibiens pour leur reproduction et présents dans le Marais Poitevin sont présentés dans la liste suivante accompagné de leur code CORINE Biotope :

3 Eaux libres sans tapis de Charophytes (.) Tapis algal de Charophytes (.) Formations immergées des eaux saumâtres ou salées (.) Eaux douces libres et calmes dépourvues de végétation (. ;.5) Eau avec végétation immergée non vasculaire (.) Eau avec végétation immergée vasculaire (.) Eau avec végétation flottante libre (.) Eau avec végétation flottante fixée (.) Habitats aquatiques artificiels (89.) Végétation immergée des rivières (.) Source (5.) Roselières (5.) Prairie flottante à petites hélophytes (5.) Magnocariçaie (5.) Cladiaie (5.) Bas marais alcalins (5.) Prairie humide atlantique eutrophe (7.) Mégaphorbiaie marécageuse (7.) Ourlet hygrophile (7.) Aulnaies-frênaies alluviales non marécageuses Aulnaies marécageuses (.9). Caractérisation de la présence des Amphibiens dans le Marais Poitevin Il ressort que les données concernant les Amphibiens et Reptiles du Marais Poitevin de la base de données du Parc interrégional du Marais Poitevin ont été collectées d une manière très hétérogènes : observateur, localité, espèce, temps Cette hétérogénéité spatiale et temporelle est commune à chaque dynamique d inventaire de type «atlas classique». Cela conduit a une cartographie des espèces uniquement basée sur la présence des espèces et donc par principe biaisée. En effet, la non présence d une espèce dans une localité n est pas forcément due à une réelle absence de l espèce. C est pour cette raison que les cartographies d espèce basée uniquement sur la collecte de données sans méthodologie préalable amène à une cascade de problématiques insolvables lors d analyses ultérieures. Ainsi, il est très difficile de comparer ce qui est incomparable Il faut donc établir une méthodologie prenant en compte la probabilité de détection des espèces préalable indispensable pour établir un réel état 0. Ce réel état 0 permettra de connaître l évolution des espèces à l échelle du Marais Poitevin. De nouvelles méthodes, encore peu utilisées, permettent aujourd hui d estimer la probabilité de détection d une espèce (MacKenzie et al., 006). Ces méthodes se basent sur la répétition de sessions d observations pour lesquelles on suppose une détection imparfaite des individus, détection qui sera modélisée par la suite. Elles demandent moins d efforts que d autres méthodes de suivis et permettent de calculer la réelle occupation d une espèce sur un secteur. Ces méthodes sont considérées très robustes du fait qu elles sont établies à partir de statistique Bayésienne. La mise en place de cette méthodologie, permettra de participer au programme national MARE de l observatoire national des Amphibiens coordonné par Jean-Jacques Morère.

4 .. Les Amphibiens du marais Poitevin Le Marais Poitevin comprend actuellement de 7 taxa d Amphibien : Salamandre tachetée Salamandra salamandra, Triton palmé Lissotriton helveticus, Triton marbré Triturus marmoratus, Triton crêté Triturus cristatus, Alyte accoucheur Alytes obstetricans, Pélobate cultripède Pelobates cultripes, Pélodyte ponctué Pelodytes punctatus, Crapaud commun Bufo bufo, Crapaud calamite Bufo calamita, Rainette méridionale Hyla meridionalis, Rainette arboricole Hyla arborea, Grenouille de Pérez Pelophylax perezi, Grenouille rieuse Pelophylax ridibundus, Grenouille verte Pelophylax kl. esculentus, Grenouille de Graf Pelophylax kl. grafi, Grenouille agile Rana dalmatina et la Grenouille rousse Rana temporaria Les Amphibiens peuvent être dénombrés de différentes manières : l écoute (Pélodyte ponctué, Crapaud commun, Rainette méridionale, Complexe Grenouille verte), les pontes (Grenouille agile, la Grenouille rousse), l observation directe à l aide d une lampe frontale (Rainette méridionale, Triton palmé, Triton marbré, Crapaud commun) (Joly et Deheuvels, 997). Pour cette étude, nous avons retenu uniquement la détermination de la présence de l espèce par les larves... Echantillonnage Le principe d échantillonnage repose sur un réseau de site de reproduction réparti sur l ensemble du territoire du Marais Poitevin. Nous prendrons en compte 0 quadrats échantillons comportant chacun 5 habitats de reproduction des amphibiens. Les quadrats sont répartis de la manière suivante : 5 en Vendée, 0 en Charente-Maritime et 5 en Deux-Sèvres. La présence des différentes espèces sera déterminée essentiellement par des pêches de têtards. En effet les prospections seront réalisées en journée sur les sites de reproduction. D autres méthodes peuvent être utilisées : l écoute (Pélodyte ponctué, Crapaud commun, Rainette méridionale, Complexe Grenouille verte), les pontes, l observation directe (Joly et Deheuvels, 997). Les larves seront identifiées à l aide des ouvrages de Nöllert et Nöllert (00), ACEMAV (00) et de Miaud et Muratet (00). Les prospections reposent sur la réalisation de passages par habitat de reproduction. Elles seront réalisées en journée du début à la fin du printemps afin de prendre en compte les cycles d activité des différentes espèces. Le premier passage sera réalisé à la mi avril, le second, à la mi et le dernier, à la mi. Pour chaque passage, 0 minutes de pêche par habitat de reproduction seront effectuées à l aide d une épuisette robuste à lle fine (-5 mm). Tableau I : Calendrier des prospections Amphibiens dans le Marais Poitevin (en bleu = période de prospection) er passage ème passage ème passage

5 Les quadrats échantillonnés seront définis en fonction des études réalisées ces dernières années. La taille des quadrats est de,5 km par,5 km, surface suffisante pour définir 5 habitats de reproduction pour les amphibiens : mare, dépression prairiale et/ou forestière, étang, fossé Chaque habitat de reproduction est séparé par une distance de 00 à 00 mètres. Fig.. Principe d échantillonnage pour le suivi Amphibien dans le Marais Poitevin.. Description de l habitat de reproduction Les variables environnementales suivantes seront prises en compte dans une fiche : - localisation - habitats de reproduction : création d un référentiel (mare, étang, dépression ) - unité écologique où se situe l habitat de reproduction (pelouse, boisement ) - paramètres physico-chimique : ph, conductivité, turbidité, salinité, profondeur eau, profondeur vase, pentes et hauteurs des berges, surface, ombrage - description de la végétation : structure et composition des macrophytes à partir de référentiel - autres Ces données permettront d ajuster l occupation des différentes espèces d amphibiens et définir les variables explicatives de la présence des espèces. 5

6 5. Traitement des données De nouvelles méthodes, encore peu utilisées, permettent aujourd hui d estimer la probabilité de détection d une espèce (MacKenzie et al., 006). Ces méthodes se basent sur la répétition de sessions d observations pour lesquelles on suppose une détection imparfaite des individus, détection qui sera modélisée par la suite. Elles demandent moins d efforts que d autres méthodes de suivis et semblent bien adaptées à la situation qui nous occupe. Elles permettent de calculer les taux d occupation d une espèce sur le secteur (Ψ). Bibliographie : ACEMAV coll., Duguet R. et Melki F. ed. (00) Les amphibiens de France, Belgique et Luxembourg. Collection Parthénope, éditions Biotope, Mèze (France). 80 p. Duellman, W.E. (999) Patterns of distribution of amphibians, a global perspective. The Johns Hopkins University Press, Baltimore. 6 p. Hines, J.E. (006) PRESENCE.0. Software to estimate patch occupancy and related parameters. USGS-PWRC : Joly, P. & Deheuvels, O. (997) Méthodes d inventaire des communautés et des populations d Amphibiens. Université Claude Bernard Lyon, Laboratoire Écologie des Eaux Douces et des Grands Fleuves. 7 p. MacKenzie, D.I., Nichols, J.D., Royle, J.A., Pollock, K.H., Bailey, L.L. et Hines, J.E. (006) Occupancy Estimation and Modeling, Inferring Patterns and Dynamics of Species Occurrence. Elsevier. Academic Press. p. Miaud C. et Muratet J. (00) Identifier les œufs et larves des amphibiens de France. Techniques et Pratiques, INRA Editions. 00p. A Pont l Abbé d Arnoult Le, décembre 009 Jean-Marc Thirion Coordinateur Observatoire Amphibien et Reptile du Marais Poitevin Directeur de l association Objectifs BIOdiversitéS 6