Truites, génétique et continuité écologique Le projet FEP MigraSûre une approche particulière pour prioriser les aménagements

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1 Truites, génétique et continuité écologique Le projet FEP MigraSûre une approche particulière pour prioriser les aménagements Nicolas Mayon (PNHSFA) Marie-Christine Flamand (UCL-ISV) Colloque WALPHY Namur 14, 15 et 16 octobre 2013 Avec le soutien du Fonds Européen pour la Pêche Investissons dans une pêche durable

2 1. Continuité écologique La truite: qu a-t-elle de si particulier? La truite est un migrateur > nécessité de garantir la libre circulation piscicole.

3 Nils Pedersen 2. Repeuplements La truite: qu a-t-elle de si particulier? Nombreux déversements de poissons d élevage dans le milieu naturel. Risque génétique en cas d hybridation entre poissons natifs et domestiques (introgression). - Transmission de gènes à faible potentiel adaptatif > diminution du fitness de la population, outbreeding depression > déclin des populations. - Homogénéisation génétique: dilution des différences entre populations > perte de (bio)diversité. Populations sauvages = sélection naturelle = individus adaptés leur milieu = gage de survie des populations Souches d élevage = pas de sélection naturelle = génotypes peu adaptés au milieu = succès faible en rivière > Plans de conservation des populations peu introgressées

4 Continuité écologique: l impact génétique des obstacles 1. La règle générale: impact négatif Isolement de (trop) petites populations pouvant conduire à la dérive génétique (réduction des flux de gènes / fixation d allèles / perte de diversité / consanguinité / diminution du fitness). 2. L exception qui confirme la règle: impact positif Protection contre l hybridation avec les poissons domestiques à faible potentiel adaptatif (a terme, l impact n est positif qui si la population isolée présente un effectif suffisant, sinon cf. point 1). Van Houdt et al., 2005; Fausch et al., 2009 Le projet MigraSûre: objectif Restauration de la continuité écologique des cours d eau du bassin de la Haute-Sûre par la levée d obstacles à la libre circulation de la faune aquatique sur base des caractéristiques génétiques des populations de truites. > Priorisation des aménagements intégrant les risques génétiques éventuels

5 Le projet MigraSûre Quelle est la situation génétique des populations de truites du bassin de la Sûre? Echantillonnage en pisciculture + en cours d eau supposés à l abri des rempoissonnements. Echantillonnage Biométrie + prélèvement morceau adipeuse + photo Analyses microsatellites Empreinte génétique par poisson Les truites de rivière et les poissons d élevage forment bien deux groupes génétiquement différents. Constitution de deux référentiels (P et R) sur base desquels les poissons des différents cours d eau pourront être classés. Poissons de pisciculture Populations de rivière

6 Différents statuts d hybridation par les souches d élevage L appartenance à l un des groupes peut être estimé pour chaque poisson et population par des méthodes d assignation (Structure 2.2). Sur cette base, un coefficient d introgression peut être calculé pour chaque population analysée. Il représente le taux d hybridation entre truites natives et domestiques.

7 Et les aménagements? cas n 1: la Strange Linéaire déconnecté 46 km Hauteur de chute 135 cm Longueur obstacle 5,6 m Profondeur aval 30 cm Lame d eau 5 cm Catégorie Qu impliquerait la levée de cet obstacle pour les populations de truites fario?

8 Et les aménagements? cas n 1: la Strange Analyse génétique - 3 stations (aval, amont direct, têtes de bassin) - Pisciculture de la Strange «Hompré» «Hompré» CI = 0,97 Hypothèse de départ: - Pollution hydrocarbures 1998 (amont dévasté) - Présence d un obstacle infranchissable (aujourd hui aménagé) empêchant toute recolonisation par l aval - Présence de la pisciculture (source d échappées) - Société de pêche sur l amont (déversements) > Peu de chance de retrouver des truites natives en amont? Hypothèse confirmée par les analyses génétiques «Hollange» «Burnon» 1197 «Hollange» CI = 0,60 La levée de l obstacle majeur ne constitue pas un risque génétique (pas de population native en amont). En outre, cela permettra même à d éventuelles truites natives (+/- 1/3 de la population de l aval) de recoloniser l amont. «Burnon» CI = 0,49 Aménagement OK!

9 Et les aménagements? cas n 2: le Bettlerbaach 2 1. Contexte - 4 obstacles de l amont vers l aval - Lot de pêche en aval de 4 (LUX), déversements connus - Pas société de pêche en amont de 4 (WAL) - Etang de loisir entre 3 et

10 Cas n 2: le Bettlerbaach 2. Analyse génétique - Introgression marquée sur l aval - A l inverse de l exemple précédent: amont préservé «Lutrebois» CI = 0,07 «Betlange aval» CI = 0,24 «Lutremange» CI = 0,01 «Betlange amont» CI = 0,09 Situation de Lutremange - Coefficient d introgression nul: souche native MAIS attention aux autres paramètres génétiques! - Fst élevé (éloignement génétique, confirmé par NJ tree) - Fis très significativement négatif (excès d hétérozygotes par rapport à l équilibre Hardy-Weindberg) - Faible nombre moyen d allèles (NA) Un Fis négatif est caractéristique des populations à très faible effectif (peu de reproducteurs). Le faible NA est souvent indicateur d une dérive génétique (fixation d allèles). «Schaulsmillen» CI = 0,65 Population totalement isolée (montaison et dévalaison), très loin de l équilibre génétique!

11 Et les aménagements? cas n 2: le Bettlerbaach Cet obstacle ne présente aucun intérêt génétique, les populations étant peu introgressées de part et d autre de celui-ci. A aménager CI = 0,07 CI = 0,09 CI = 0,01 Cet obstacle présente un important problème pour la survie de la population de l amont. A aménager Cet obstacle semble protéger le cours amont de l hybridation par les souches non-natives. A conserver? CI = 0,24 Cet obstacle semble protéger le cours amont de l hybridation par les souches non-natives. A conserver? CI = 0,65

12 Pour conclure - SVP attention!!! Le message à retenir n est pas: «Maintenant, il ne faut plus aménager les obstacles, à cause de la génétique» Règle générale: les obstacles ont un impact génétique négatif sur les populations (cf. le cas de Lutremange). - Dans certains cas, un obstacle peut contribuer à préserver une population de l introgression par les sujets d élevage. Le cas échéant, le maintien d un obstacle ne devrait être envisagé que comme une situation provisoire, dans l attente d une prise en charge du problème de départ (= rempoissonnements > autre débat!). - Gestion des populations de truite: intégrer la dimension génétique pour prioriser les interventions pour favoriser les populations à fort intérêt conservatoire («unités de gestion» vs. niveau spécifique «truite» global). * Continuité écologique * Autres actions de restauration/renaturation (frayères, habitat ). Analyse génétique = outil moléculaire performant, directement utilisable pour la gestion des cours d eau dans une optique de conservation de la faune aquatique.

13 Merci de votre attention! + Fr. Fontaine, C. Poncelet, les équipes de pêche électrique et les truites de la Sûre!